1VRSD

Crystal structure of the disulfide-linked complex between the n-terminal and c-terminal domain of the electron transfer catalyst dsbd
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
HLNFTQIKTVDELNQALVEAKGKPVMLDLYADWCVASKEFEKYTFSDPQVQKALADTVLLQANVTANDAQDVALLKHLNVLGLPTILFFDGQGQEHPQARVTGFMDAETFSAHLRDRQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and kinetics of inter- and intramolecular disulfide exchange in the redox catalyst DsbD
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein dsbD
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli str. k12 substr.
total genus 42
structure length 118
sequence length 118
chains with identical sequence E, F
ec nomenclature ec 1.8.1.8: Protein-disulfide reductase.
pdb deposition date 2005-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF13899 Thioredoxin_7 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1vrsD00
2YOIA 1TOFA 5IMAA 1QFNA 3TJJA 1K3YA 1BYEA 5AGYA 1XXUA 4JU5A 1ABAA 4DEJA 3IPZA 5E59A 3MAKA 3UL3A 3I69A 2RM5A 2DMMA 1WE0A 18GSA 3Q18A 5KN0A 5F8BA 1ERUA 3ERWA 1XZOA 4BWQA 3FEUA 4G9HA 1NSWA 1EP8A 4XHMA 3GMFA 1GTBA 4TR4A 2WB9A 5CRWA 4NV2A 2N5BA 1C72A 3ZREA 2TRCP 5L71A 2EC4A 1PL2A 4GLTA 3ZYWA 3GTUA 1DBYA 3GX0A 3P90A 3G9BA 3LYKA 4FYCA 3RAZA 1K3LA 4ISDA 2KLXA 4JR6A 3MWHA 2H1GA 2B3SA 4KSMA 4WR5A 5CYYA 3ZZXA 2FCHA 3P8WA 3BD2A 2YP6A 4J2FA 1OKTA 1SL1B 1KBNA 3TOUA 1R7HA 1UN2A 2GTUA 1AUCA 3U6VA 3LSZA 5ECHB 4GWRA 1AQWA 3IV4A 1A2JA 1GSQA 3R2QA 2H66A 4PQIA 5IMCA 1FO5A 4TRXA 5ID2B 2O8VB 3DIEA 2XBQA 3MNGA 2GDRA 2HSHA 3FKFA 2MMNA 1ZMAA 4I97A 3M1GA 3KMOA 5AIXA 5CRDA 4Q5FA 3HZ8A 2H1AA 4LMVA 17GSA 1EWXA 1R5PA 3HVSA 4TKYA 1M0UA 4J56E 1AW9A 3S9FA 4I2TA 3J7Yb 3ZIJA 5D73A 2LJKA 5IOWA 2RLIA 6GSXA 3VWVA 1EGOA 1PKWA 1GSDA 5IMZA 2YWNA 4XS4B 4TVEA 2H0IA 5A4VA 2V41A 4ULXA 3HJMA 4JE1A 3A2XA 3GKKA 4KAEA 5LD0A 4FIWA 1MEKA 5ECKB 3VLNA 1GTIA 3GSTA 4BVXA 2FLSA 1M99A 1PD21 1W89A 3UARA 2MMZA 2X99A 4TR1A 3PINA 2IMFA 1Q4JA 1WP0A 1NW2A 5ECSA 2QSIA 4NPBA 1MDIA 3E3EA 1BJXA 5B7CA 1GUMA 2CV4A 3APSA 3GIXA 1CQGA 3DRNA 2LUSA 4PURA 4TXVA 4XIHA 3ZIVA 2REMA 2C3QA 3UMAA 2HRNA 3H1NA 4GCIA 5CAXA 2PBJA 4PUAA 5IOXA 2WDUA 2V6KA 2K8SA 2CAQA 2XBIA 4MH3A 1QQ2A 3A3TA 2VL3A 1OC9A 3ZRDA 4EXJA 1U87A 2GSQA 4LL4B 2F8AA 1O7UA 3ZTLA 1AIUA 1SYXA 2NBSA 3GN3A 4MF7A 2RIIA 3PH9A 3HY2A 2NPBA 3C1RA 3F4TA 4KA0A 1A0RP 4V1Ap 4HOJA 1F9MA 2WZ9A 4ZL8A 4H86A 1A2MA 4WF5A 2YWMA 2RUFA 4Z7XA 1O8WA 2R6KA 1HYUA 2GQMA 4D73B 4FH8A 4K8MA 4AJ8A 2I1UA 4HU7A 3DEXA 3FZAA 4F0BA 5AISA 1DE2A 4EDYA 5J9CA 1TRUA 2M46A 1YEXA 2C3TA 3ZFLA 1XWKA 5ELAA 3UJ1A 4JEDA 3RHBA 4XS6A 4BA7A 4MLYA 2IFQB 2BJXA 3SBCA 4HDEA 3DD3A 4GQFA 3ZVJD 4OFTA 3DVXA 4I8BA 4CHSA 5A4WA 1GULA 5IIZA 1URMA 2AV4A 3QAGA 3ZLPA 4IHUA 3IC4A 1ON4A 2VCXA 5DAKB 2VCTA 2AAWA 2YWOA 2H0HA 3KH7A 4Q5RA 5JCUA 1EOHA 1JHBA 5D9VA 12GSA 1N8JA 2VD0A 4MMMA 4IS0A 4LA1A 2FWHA 1GLQA 2P31A 5GSTA 1G7OA 4Q5QA 1K3OA 1JZOA 4DSQA 4MJCA 2BMXA 2A4VA 1K0DA 4O7HA 3NIVA 1KEBA 22GSA 1BG5A 1SU9A 4PNGA 3WGXA 1XOAA 4HS1A 2GT6A 2VCQA 2NTOA 3HJOA 2YCDA 4XRAA 5INYA 2AB6A 3H79A 4MCUA 3EC3A 5HR0A 3ZMKA 3RHCA 3GUSA 2H6ZA 2R4VA 2I9HA 1ZYQB 1OAZA 3U5RE 2IMIA 1X5EA 3QFBC 5EY6A 3GHAA 2L59A 2OJLA 3DYRA 2KP2A 4WETA 3D5JA 2WFCA 3M8NA 4BL7A 1NHYA 1SENA 5HFGA 1M7TA 2LTKA 2YWIA 3Q19A 3GKXA 1TJDA 3ZITA 3J7Yk 4TN8A 2CQ9A 2VCVA 2IL3A 5KN3A 1Z9HA 2HE3A 5DJLA 4PNFA 3GKMA 4NV5A 5EL8A 3W6GA 2M80A 4KGIA 4DSSB 2FWEA 2HXKA 3AY8A 3HHVA 2OADA 3EYTA 4LL1B 4ZB9A 2ALBA 4ECCA 2XC2A 5ECIB 3IBHA 2C0FA 2HZFA 2GVPA 5F06A 5B8BA 1N2AA 2C0DA 3Q6OA 4OCFA 4N30A 2GQKA 2H01A 4PQ1A 6GSVA 1HNCA 5CREA 14GSA 3LXZA 13GSA 3ZL5A 1HNBA 1PGTA 3QPMA 3TRXA 3LORA 2GT5A 3HD5A 2B6MA 4YAVA 2HLSA 2G2QA 5JWOB 2H19A 1J0FA 3KCMA 1PRXA 4IQAA 1QK8A 1GL8A 2ON7A 2HNLA 3D21A 2E7PA 1QXHA 3HDCA 2HRFA 2I4AA 2PVQA 2MYGA 4OD7A 3EMPA 1OC3A 4OFMA 2JSZA 3LJRA 4ML1A 4N0ZA 1M9AA 4NWYA 4JR4A 2PN8A 2BTOT 4HU9A 1E2YA 4FYUA 1TRSA 1TK5B 6GSWA 3UAPA 1OC8A 2H72A 2VD1A 3VK9A 1MDJA 3GFKA 5AN1A 1YJ6A 2CX4A 1ERTA 3UBLA 4E8HA 3CSJA 5HR2A 1Z3EA 1X9MB 1TTZA 5ECNB 2DJ1A 4TXOB 2PERA 1V40A 3L0HA 5A5KA 2CZ2A 4N0VA 1Q98A 4IJIA 2I3YA 4MABA 1XFLA 3IE3A 2PVOC 2EIQA 1JFUA 2E0QA 3QDNA 4RI6A 2IN3A 3FR9A 3F63A 2HZEB 1RK4A 5D9XA 1FB6A 1EZKA 1ZOFA 1T4YA 3KXOA 2ON5A 4NXIA 4ZIJA 3Q74A 6GSTA 1MTCA 1WOUA 2C8UA 2X8CA 1X9SB 1ZL9A 1V98A 3RDWA 5CO3A 1F2EA 1JLWA 4ZBDA 5ID2A 2PUKC 2R3XA 5IO2A 3A2VA 1BAYA 1GSSA 2CVKA 3O76A 5DALB 3DXBA 3VI7A 6GSSA 5HFKA 2OE3A 4OFNA 2L57A 3FRCA 4LMWA 3GYKA 3C8EA 5GAPD 3IAS2 3GL5A 2TIRA 1SYRA 4PUFC 4OWYA 2FWGA 1OVNA 4HQSA 4YQMA 1NHOA 1XOBA 3WYWA 3GRXA 2DJ3A 1PA3A 1SK0A 5CNWA 2PMTA 2PU9C 4EO3A 2C4JA 2DIYA 3KD0A 2XPDA 1M2BA 4EC0A 1NM3A 1A0FA 4JBBA 4O32A 3C7MA 1XVWA 4XS4A 3QR6A 1VF1A 4MZBA 4AJ7A 1M2AA 1THXA 2QC7A 2CX3A 1TRVA 4WR4A 3WT2A 4WBJA 3WD6A 1HQOA 2MZCA 4OO5A 3EINA 1YZXA 1JLVA 2GZZA 2B5XA 2C0EA 3I43A 3UEMA 2JZSA 2B5YA 5IMDA 1VGLA 3EU4A 1EP7A 1TW9A 3BOAA 4PX1A 3G7JA 2QGVA 2H8LA 3GURA 2H75A 1TKDB 3M3MA 4POMA 1B9YC 2H73A 4KDXA 2B5EA 1XWBA 4F03A 1SJIA 1VF2A 3F3RA 1T00A 3TJBA 4AGSA 3CBUA 5D9TA 1GLPA 5GAND 4EVMA 3NZNA 1EEJA 4K7NA 5DVBA 2FUG2 2ES7A 2FY6A 1YY7A 4BPYA 2DJKA 1B48A 4I5QA 1PX6A 2YZUA 2P5QA 3KEBA 5F07A 2F9SA 20GSA 4ECBA 2WRTA 1SJZA 4FYBA 4IP6A 1WWJA 2YJHA 1XWCA 2VAFA 2A2RA 1S3DA 4K1FA 3IR4A 1FVKA 1O81A 2M72A 2J23A 5G31A 1X9WB 1GNWA 3FR6A 3TKSE 2GSRA 2LEGA 5IPHA 2KP1A 2JADA 1T3BA 3A5WA 2WCIA 4IVFA 3FK8A 4N10A 1EV9A 4HZ2A 4D73A 4KSOA 4K6XA 4ZBAA 4MJAA 2E2GA 4WBRD 3APOA 5CRHA 4L5OA 2K9FA 4L0WA 2H70A 2C3NA 6GSYA 3BCIA 3EURA 4P3YB 3W8SA 3DVWA 4WF4A 3WGDA 5B6NA 4RI7A 3TKSA 5ECMB 2JU5A 1BEDA 1UC7A 1IYHA 5DCHA 1TP9A 2IFQA 3CSHA 2C0GA 1YKCA 5KN1A 2VUPA 3JCML 1UA5A 2KOKA 2O7KA 3VWXA 2B7KA 7GSSA 1Y25A 3L9SA 1HNAA 3RBTA 4KCEA 3F6FA 1GUHA 2ZNMA 4OMVA 2GSTA 1V57A 2DC5A 1PSQA 2JSYA 1V58A 1ILOA 4XS1A 3WT1A 1SKSB 2FWFA 1TU8A 2H0GA 2HYXA 4ID0A 3SWLA 4QL9A 4Q5NA 1A24A 1KTEA 2GZPA 4JZQA 1YQ1A 4ZL7A 2VL2A 3ZMLA 4AF2A 4F0CA 4BWSA 1LBKA 1A8LA 2LV3A 4V1Ag 3LYPA 4LLRA 2FHEA 3MDKA 3P7XA 5A4UA 1ZZYA 1GTUA 1X5CA 1XPVA 1T8EB 6GSUA 1GSFA 1G0TA 3LWAA 5B8AA 5IPGA 2OACA 3D4MA 1EV4A 4MZCA 5J3RA 4KW6A 1SL0B 2F3MA 3RPNA 1G6YA 3TKPA 1GP1A 1GSEA 2H6YA 4GXZA 4POLA 5DCGA 3LXTA 3FY7A 4MJBA 3KIJA 1T1VA 3ERGA 1G7EA 4MP4A 4EDZA 1F3BA 5IMVA 2D2ZA 1MD3A 1QUWA 2FA8A 4YAPA 1SKRB 2YV7A 2YANA 1I5GA 4ZB8A 4MPFA 4IGJA 5D96A 3APQA 5EVOA 5F05A 4KNDA 2CT6A 1U88A 3O3TA 3KGKA 4HJMA 3LEFA 1AQXA 3QFAC 1FAAA 3DWVA 3DKSA 2QKEA 4YH2A 5D93A 4DSSA 4ZL9A 2LNTA 4XCSA 1G6WA 1T7PB 4OCEA 1PL1A 3FZ4A 4YQUA 1B4QA 2VLUA 2VOCA 3ISOA 3TKRA 2O87A 2YNXA 5J41A 4BVYA 4NAXA 1JZWA 3TRPA 3US3A 2VM2A 3TJFA 1TXXA 3ED3A 4ZB6A 1DUGA 5ECQB 3H8QA 1WJKA 4K0NA 3IRAA 3IK9A 5GSSA 5C00A 4HJ2A 5IMFA 4TOPA 1EEMA 2X8GA 3LQ7A 2OBIA 1DE1A 1PN9A 2FD3A 3FZ9A 1XCCA 3HA9A 1VRSD 2WS2A 3ZVJA 1SL2B 1TK8B 2LQOA 3I6AA 1GSYA 1U6TA 2OBKA 2YPMA 1R4WA 3HVXA 4TR0A 2GQLA 2PPTA 2IJYA 2DIZA 3D4TA 1GH2A 1XVQA 1O85A 2GZYA 1U3AA 2VLTA 5HR3A 4KB3A 1XWAA 9GSSA 2L4CA 3F9UA 1YEPA 1SKWB 3TUEA 5F0GA 4MF6A 1S3AA 1ST9A 2WJUA 5G1LA 1OKDA 1WMJA 1WIKA 4E8EA 5ECLB 2E2MA 2FNOA 3CRUA 16GSA 3O6TA 1K0MA 5KEJA 5C04A 5KN2A 10GSA 4K7IA 1M9BA 1FHEA 3EE2A 2HI7A 1SD8A 2B1KA 3D6IA 1QGVA 2OKAA 1BQ7A 2HZEA 2N5AA 3OR5A 4J57E 3I9V2 4EL1A 2AYTA 3HJPA 2KHPA 1FVJA 2RUEA 3TGZA 5B6MA 5LNKe 2ZCTA 2L6DA 2R37A 3LGCA 1YDKA 2MBTA 5IO0A 1SK1A 2MMAA 4ML6A 2WGRA 4MJEA 2EIRA 3F3QA 3MSZA 1WPIA 3F6DA 2WULA 2C80A 5DALA 3VWWA 3KMNA 4ECIA 2L4QA 4V2LA 3FW2A 2MMOA 1TU7A 4IW9A 3CTFA 2I81A 3FYGA 1PQNA 4K0GA 4L5LA 3VI5A 4EUYA 2PGTA 3H4KA 3F4RA 3CXGA 4KDUA 11GSA 3KH9A 1OE8A 4GSSA 2EIOA 2DSAA 2V2GA 2L5LA 1ML6A 4V2NA 4JRRA 3G7IA 3IXRA 2IIYA 2F8FA 1V2AA 3QAVA 1LU4A 4MPGA 1TRWA 3KP9A 4DVCA 4CW9A 4MH2A 3HVVA 1EOGA 1F37A 2JACA 3QCPA 3L9UA 4HEA2 2P0GA 5AIVA 4GSNA 2LRNA 4RQXA 1SK2A 8GSSA 3IOSA 5H5SA 1FW1A 2K8VA 2DJJA 3QD9A 3L9VA 4L0UA 4IELA 3DGQA 4ZBBA 3GH6A 1MDKA 3HYPA 1PKZA 4X1UA 2OE0A 4HZ4A 5CRGA 1PX7A 5JWQB 3D0ZA 2LS5A 1S3CA 1R5AA 2B1LA 3IDVA 2GGTA 3VPQA 1O8XA 3VFIA 2O89A 2AUVA 3EWLA 3GTUB 3FHKA 1CQHA 3F0IA 3P2AA 3BBYA 2IMKA 1E6BA 4NHWA 5ENUA 5ELGA 1UVZA 2H76A 4IP1A 4G2EA 3KM6A 2IWTA 4NHZA 2G0FA 2H1BA 2OE1A 1JZDA 4GSTA 3KTLA 2K6VA 1ZGNA 3UOMA 4GTUA 2LJAA 5J4UA 2V32A 2K18A 3QOUA 1K0AA 2V6OA 4IN0A 3E0UA 3W8JA 3ME7A 4FO5A 5IQYA 2P5RA 3F8UA 4ZXGA 4X43A 3M9JA 2C1YA 3TJGA 4ZILA 2LNSA 3RPPA 4IQ1A 2O85A 3FR3A 4POBA 4I6XA 3LG6A 5DBQA 5HR1A 5LCZA 4V2MA 3TOTA 4KX4A 4F9ZA 1Z7RA 3UBKA 5ECPB 2VM1A 1GTAA 2FGXA 19GSA 2NVLA 1RQMA 3VPTA 4POKA 1R26A 2YJ7A 2JL4A 1X5DA 2N5FA 3ERFA 3EMXA 3C1SA 1FG4A 4KDYA 2LKUA 5HQPA 3LFLA 1ERVA 3BCKA 4MZWA 1XIYA 2GSSA 2VCZA 1GUKA 2XPEA 5IM9A 3V1WA 1THOA 2DJ0A 4GQCA 2LRTA 4XTSA 1T4ZA 4HUAA 4K2DA 4G19A 2AJQB 3EVIA 3VWUA 3M9KA 1Z6MA 1K0CA 5G1KA 1XW6A 2MBSA 4OO4A 5ABRA 1GWCA 3UIWA 1A23A 3TDGA 3N9JA 4TR1B 5G2ZA 3CRTA 1A2LA 1I9DA 3ME8A 3WGEA 2HT9A 2IPAA 3CYNA 2TRXA 1FB0A 1XWGA 1LJRA 5G5FA 1Z5YE 1H75A 1A8YA 2CAIA 5DDLA 4G10A 3UVTA 1TI1A 1ACVA 4GF0A 2YN1A 4MF5A 4ACSA 2HSYA 4O5RA 5DQYA 3FZ5A 1FOVA 1TK0B 5HFIA 1Z7PA 2NDOA 2H71A 1QMVA 5DAKA 1F6MC 1TDIA 3QAWA 1X0RA 1V9WA 2YV9A 4XRDA 4CDOA 1OC9B 1ZYEA 4NMUA 4F82A 5ECOB 3QMXA 2RM6A 2VIMA 4PQHA 5FT3A 4IKHA 4QQ7A 3GH9A 4WXTA 2X64A 2VCWA 3IA1A 5E4WA 2CVBA 2GS3A 3IHQA 1VF3A 3CMIA 2F51A 3L4NA 1YF0A 1B4PA 4ECJA 5DQSA 1Y6EA 2R5GA 3EU3A 4EE0A 4K7OA 2H30A 3C71A 1H4OA 1AAZA 1OE7A 5ECRB 3GA4A 3E9JB 5G30A 4MDCA 1YF1A 1K0NA 3HCZA 1JZRA 3D22A 4KUNA 1IYIA 4IJ3A 5GZZB 1B8XA 5DJMA 3TKQA 1XBSA 5D8IA 4AJ6A 5JCWA 1O73A 5CP1A 4WEYA 3TRQA 4L8EA 1GNEA 3KJYA 3UVHA 4PGTA 3KTBA 2L6CA 4IBPA 1ZCPA 1U3IA 5JWRB 1KNGA 1AXDA 2H1DA 1ERWA 2JZRA 3KZQA 2A2SA 4TW5A 4QL7A 4YQVA 4MK3A 1USBA 1MD4A 3GX8A 3K8NA 4K9ZA 3VURA 1AC1A 1K0OA 1GRXA 1RW1A 3TJKA 1TI3A 1PMTA 3G7YA 2FA4A 4EF0A 2H6XA 5EPFA 4EKZA 2CZ3A 1SJ6A 2IMDA 3NOFA 2KUCA 5D9WA 2DMLA 5G5EA 2AHEA 1DSBA 1BX9A 3CSIA 2ZUPA 1AQVA 1O6JA 3TKSC 1K0BA 1B9XC 2GLRA 3GNJA 1XW5A 4TR3A 4PXOA 5H5QA 3L78A 4MA9A 4X0XA 2VO4A 1VF4A 2X8HA 5FHIA 5J5NA 3GSSA 5H5RA 3F4SA 4N11A 2B7JA 2YZHA 3ZFBA 5J9BA 4WKWA 3PR8A 4RQRA 3N5OA 1GSUA 1M2DA 5COHA 1SD9A 2IMEA 3DMLA 2R2JA 3GL3A 2XHFA 3BJ5A 3TCOA 3IAM2 4O92A 4ILFA 1W4VA 1J08A 2OA7A 2VL2C 1F3AA 5FWGA 4RUVA 2HFDA 2VLVA 3CTGA 2LJRA 3HXSA 4DSRA 2V1MA 3PGTA 3HZ4A 3H93A 4KH7A 3GKNA 2PWJA 1WRYA 1YKAA 3GV1A 2LSTA 2L5OA 3C73A 2DJ2A 2LQQA 2J9HA 2DBCA 4TXOA 4HI7A 2JZTA 4KE3A 4F2IA 2CA8A 2LRCA 5JCGA 3IK7A 3KP8A 3HKRA 2DLXA 2H74A 4GRFA 2CVDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite