1X5C | Genus

Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	18
sequence length	121
structure length	121
Chain Sequence	GSSGSSGPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQSGPSSG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__532063129135644__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__532063129135644__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1X5C/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__532063129135644__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"532063129135644","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1X5C/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__532063129135644__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc6370151889812f84962a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc6370151889812f84962a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc6370151889812f84962a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc6370151889812f84962a/pdb.gz): 64 ms

reading 121 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

121 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:120});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
publication title	The solution structure of the second thioredoxin-like domain of human Protein disulfide-isomerase rcsb
molecule keywords	Protein disulfide-isomerase
total genus	18
structure length	121
sequence length	121
ec nomenclature	ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date	2005-05-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1x5cA01

1MDIA 2GT5A 1XOBA 3KGKA 4JR4A 4KH7A 3QAWA 5HFKA 1N8JA 1USBA 2V41A 2YV7A 2FY6A 3IR4A 3FK8A 3VFIA 3VK9A 1AQXA 3EWLA 1F9MA 4GSNA 4MJEA 2IMEA 1GSSA 2X8GA 5DJLA 2GZYA 4OFNA 2F9SA 1GUKA 3ERWA 5EPFA 2MMOA 3ERFA 5ECLB 3LJRA 4DSSB 3LXTA 4I2TA 1XZOA 1PN9A 1SYRA 1XVQA 2R2JA 5IOWA 5JWOB 3ME8A 1K0NA 4EKZA 1WJKA 4EDZA 1DUGA 5H5RA 3IRAA 3GKNA 2H19A 2YPMA 3FZ5A 8GSSA 1XXUA 5FWGA 2FWHA 2VCTA 4GSTA 3KXOA 2FA8A 5HR1A 5L71A 3D4MA 3GHAA 3I69A 4I97A 4K7NA 6GSWA 1T00A 3H93A 11GSA 4V1Ag 3BJ5A 2L5LA 2O7KA 2VL9A 1YEPA 2FA4A 2LJKA 4GF0A 5ABRA 1EGRA 1YZXA 2ALBA 2O89A 1TU7A 4MH3A 3I6AA 2H75A 3RAZA 3APOA 5HFIA 4KDXA 3DXBA 2IMIA 5G1LA 4AJ8A 1TRSA 5B8BA 2FD3A 4LA1A 3F3QA 3ME7A 2H72A 1GL8A 2CAIA 3GNJA 3UIWA 3M0FA 3TJJA 1Q4JA 1H75A 4HUAA 1XFLA 5CO3A 3TB2A 2GS3A 5IMZA 5G2ZA 1K0MA 5D9WA 5IQYA 2VM2A 3L0HA 2QKEA 3GL3A 4L0UA 2H71A 1O73A 1A24A 3QDNA 2RM5A 4MK3A 4GRFA 4LL1B 2I81A 1EP8A 2PWJA 4POLA 1MD3A 2F51A 1TRUA 5ECQB 3AY8A 5A5KA 18GSA 1AC1A 6GSUA 1WOUA 5J9BA 4ZL8A 5ID2A 4HQSA 5F8BA 20GSA 3CXGA 1XWCA 2GQLA 4JU5A 3ZRDA 2GT6A 2KHPA 3IXRA 2V6OA 4XCSA 6GSTA 3WT2A 5EY6A 4EF0A 2B7JA 1PD21 5A4UA 2L59A 2JL4A 5DDLA 4MZWA 1WE0A 2KOKA 2F8FA 5CRWA 1XIYA 3Q18A 2F3MA 2C0FA 4XS1A 3KMOA 4HZ2A 2GLRA 1B9XC 3IAM2 4RI6A 4KUNA 2DSAA 4KAEA 2WZ9A 1GSUA 3GTUA 4CDOA 1EOHA 3C1RA 3SWLA 4IGJA 3D21A 3TRXA 3VWUA 3MWHA 3TKPA 1NW2A 2R4VA 2JU5A 4NHWA 4K7OA 2HZEA 2H1GA 4N0ZA 4YQMA 1PA3A 3D6IA 1JFUA 1X5DA 4BWSA 2WRTA 3F9UA 4IW9A 4LL4B 2IMKA 1PKWA 1U88A 2BTOT 3GMFA 4OCFA 5KN1A 2H6ZA 4PX1A 2HT9A 3LYKA 1XW9A 2GDRA 1V57A 5AISA 1ZYEA 1FVKA 3KTBA 4WETA 2O87A 5CRHA 1FHEA 2OE0A 4KNDA 1ST9A 2I9HA 3VLNA 1SL1B 2YV9A 3KP9A 5B6NA 5F0GA 3TCOA 6GSVA 3LGCA 2KP1A 3IAS2 1B4QA 2GZPA 4L5OA 3VPQA 1ERTA 3C7MA 3C8EA 5FT3A 1K0BA 5H5SA 1GH2A 1ZGNA 3LG6A 2B5EA 4KCEA 5B6MA 1TOFA 4I5QA 3GV1A 2WCIA 2B6MA 4K0GA 1K0AA 3HZ4A 1WMJA 3LFLA 5IIZA 1M2AA 4IVFA 2L5OA 2PUKC 4L5LA 2X99A 1SKSB 1DSBA 4GLTA 1M99A 3A2XA 2YCDA 2PMTA 2L57A 3BD2A 5KN0A 3S9FA 3F8UA 4OFTA 3LORA 2DJJA 1AXDA 2OE1A 1F6MC 2AHEA 1V9WA 3GX0A 1K0OA 1ON4A 3WT1A 3IK9A 1SD9A 3EU4A 3QAGA 4Q5QA 5AGYA 3F6DA 1GSDA 4CW9A 5ECMB 1KEBA 3SBCA 2N5AA 2EIQA 4N11A 5IM9A 4RQXA 4KDUA 4ULXA 5IMVA 3FZ9A 1IYHA 3D0ZA 4OO4A 4WF4A 2L6CA 1XWBA 1U3IA 3VI7A 2M72A 1A0RP 3F4TA 2OBIA 1T3BA 3HYPA 4TR0A 3A2VA 1JZRA 4POBA 1ILOA 4ECJA 4ECCA 2PU9C 1M2BA 1VF2A 5DALB 1XWGA 2VL2C 5D9XA 3IBHA 1XWAA 1GTIA 4KCAA 5KN2A 3QR6A 5ECOB 1Z7RA 2VAFA 4LMVA 3GKKA 4FH8A 5F05A 3VWWA 1O85A 2HRNA 2IWTA 1OKDA 4KW6A 2GQMA 3F63A 3HA9A 1F37A 2FWEA 4AJ7A 3DD3A 4TR1B 3BBYA 2HZFA 3FKFA 2VOCA 2GQKA 3UARA 2X64A 4NMUA 1ZL9A 1HNBA 1G7OA 3VURA 2QSIA 1XW6A 2CV4A 5D93A 2DIZA 2YJ7A 5GSSA 4L8EA 4D73B 2HE3A 4K9ZA 1ACVA 5KN3A 1EGOA 1OC9B 2MZCA 4XS6A 1Z3EA 4X0XA 4TRXA 5DCGA 3CMIA 2K18A 1X9WB 2HXKA 3HJPA 4N0VA 3MAKA 1V58A 1SK2A 1B8XA 2H01A 3Q6OA 1PGTA 2A4VA 1I9DA 4ZBDA 4BL7A 2ES7A 3TOTA 2X8CA 4MF5A 2LRCA 1AIUA 1ZYQB 4YH2A 5EVOA 2LJRA 1TRVA 2LJAA 1U3AA 4NHZA 16GSA 4ML1A 4WXTA 4ZL7A 1TW9A 4ILFA 3WGEA 1WWJA 3DYRA 4XIHA 5DAKA 4GSSA 1EEMA 4RI7A 1N2AA 2H6YA 2DBCA 4AJ6A 2VCWA 4NAXA 1XVWA 5LCZA 2RM6A 1A2LA 4IKHA 4MABA 4L0WA 2MBSA 2E7PA 1ZMAA 1TK8B 1PQNA 3HVSA 4X1UA 1EWXA 3KZQA 3MNGA 3O6TA 5G31A 1ML6A 1W89A 2HYXA 2IL3A 4MPGA 4MH2A 3GSTA 4OD7A 4GTUA 4ID0A 2CVKA 4O92A 4H86A 2WFCA 1OVNA 4XS4A 3R2QA 2PERA 2OADA 5AN1A 3E9JB 1OE7A 3RDWA 4POKA 3ED3A 4EE0A 1TK0B 4K8MA 2LSTA 1DE2A 4RUVA 1A0FA 2WS2A 1T8EB 4TW5A 3RHBA 1MDJA 5DVBA 5ELGA 3EINA 2I4AA 1TKDB 3GH9A 1FG4A 1GULA 4HU7A 1HNCA 4ACSA 1TI1A 1BYEA 1PRXA 3TRPA 1BX9A 4MLYA 1SJIA 3QOUA 1FO5A 1S3DA 3HJMA 2LS5A 3A5WA 4EVMA 1J0FA 3F6FA 4BA7A 3PR8A 3RPPA 4ZILA 1SK0A 3QFBC 3F4SA 3CRTA 1X9MB 2XBIA 4ZXGA 2PPTA 1F2EA 1GWCA 2XPEA 3O76A 2CT6A 2VO4A 3U5RE 3L9SA 1PX6A 1O8XA 1GNEA 5INYA 4Q5NA 4EC0A 5C04A 4PQHA 1PMTA 4OCEA 5A4VA 3FZ4A 2FUG2 3WD6A 3UJ1A 1OC3A 4F03A 4TXVA 2LUSA 3ZIVA 3QCPA 1T4YA 1A23A 4IQ1A 5F07A 2L4CA 1M2DA 5HR3A 3GSSA 1K0CA 3GUSA 3EMXA 4P3YB 4MF6A 1UN2A 1RQMA 3IA1A 3QPMA 1URMA 2CAQA 1V40A 6GSXA 3FR3A 1SD8A 4HJMA 5B8AA 1F3AA 2FHEA 1SKRB 1QFNA 2MMNA 3PINA 5DQSA 5DQYA 4AGSA 3E3EA 2R37A 1M7TA 3FEUA 9GSSA 3IDVA 2IPAA 3L78A 3KMNA 3UMAA 3IE3A 2LNTA 3DRNA 4MDCA 2MYGA 4OO5A 1MDKA 2AB6A 2GSTA 2C1YA 1K3YA 1RK4A 2IJYA 1J9BA 1FW1A 3DIEA 3TKQA 4TOPA 3LYPA 3TJBA 3HKRA 5GAND 1UA5A 4ZL9A 2Z9SA 4YQUA 3UBLA 2YP6A 2YWOA 2H1DA 1X9SB 4NV2A 3HHVA 2H8LA 1MTCA 3IK7A 2GSRA 3HD5A 4AF2A 4ZB6A 1EZKA 2VCVA 3DEXA 2ZCTA 1YF0A 3TJKA 2C3QA 3KH7A 5J5NA 2WB9A 1GTAA 2K8SA 17GSA 2F8AA 2MMZA 2IFQA 3O3TA 4MMMA 3ZLPA 3H1NA 4QL9A 3DGQA 5D9VA 3C73A 4POMA 3EYTA 4MCUA 2FGXA 3PGTA 3C71A 1O8WA 2OE3A 3F0IA 2HI7A 3ZMLA 2DLXA 1YQ1A 2M80A 1QMVA 4NXIA 3RBTA 2JZTA 4EL1A 1JLVA 3UVTA 5ID2B 1Z9HA 4Q5RA 4O7HA 4BWQA 4JEDA 5DBQA 3G7IA 3TJGA 3ZL5A 3VPTA 2JZSA 1OE8A 4RQRA 2YWIA 3DVXA 7GSSA 3CSHA 1ERUA 1YY7A 2QC7A 2JACA 4TR4A 1CQGA 5HR2A 4JE1A 4WBJA 2YNXA 2H1AA 5CNWA 2YJHA 3GTUB 4N30A 2WULA 1GP1A 2V6KA 3IHQA 2LRNA 4ECBA 4DSRA 1YJ6A 4K2DA 1R5PA 1LBKA 2IIYA 2HZEB 1KTEA 2H73A 5LNKe 4MJCA 3RHCA 4DVCA 2JSZA 5J9CA 2H76A 3TDGA 2A2RA 3P7XA 1AUCA 2QGVA 5JCGA 4ZB9A 2H0HA 3TKSC 1WP0A 4EDYA 1PL2A 1G6YA 5FHIA 1PSQA 4K7IA 1K0DA 2EIRA 4PQ1A 4XRDA 3M1GA 2EIOA 2IMFA 4DEJA 2LEGA 3D22A 2C80A 3IC4A 3QD9A 1FVJA 1KBNA 5AIXA 4V2NA 5DALA 3ZFLA 2RUFA 5ENUA 2O85A 2DIYA 1THXA 4DSQA 3GN3A 2P0GA 1HYUA 2ZNMA 4PQIA 1GSQA 4IBPA 5E59A 3KP8A 1DBYA 5IMAA 1VRSD 2VCZA 4V2LA 4BPYA 5D9TA 3CTGA 3GA4A 4WR5A 2J23A 4TXOB 1SK1A 22GSA 3J7Yk 1JZDA 4K1FA 3UAPA 2YOIA 4D73A 3D5JA 3HJOA 3ZIJA 2DJ1A 4KB3A 4EO3A 1OC9A 2OKAA 3F4RA 2DJKA 1JLWA 4YQVA 1ZCPA 2B7KA 2VCQA 3G7YA 1LU4A 1H4OA 2OJLA 2OBKA 3IPZA 2P5RA 4WBRD 2VIMA 1GSEA 4XRAA 1OC8A 4GCIA 2HRFA 4FO5A 4WR4A 1BJXA 3QFAC 1VF1A 3IV4A 1GUHA 1PX7A 2B1KA 4KSOA 3ZITA 2GVPA 1SJZA 2TRXA 1XOAA 2CQ9A 4O5RA 5ELAA 2GGTA 3CRUA 1X5CA 1K3LA 1Y25A 2WGRA 1K3OA 2BMXA 2YZUA 1Z6NA 5CRDA 3BCIA 1GNWA 3MDKA 3K8NA 5ECPB 2VLTA 3N9JA 4MZCA 4MJBA 1AQWA 1BEDA 3BCKA 2RUEA 1TP9A 4KDYA 5ECNB 3ZVJD 5CAXA 4WEYA 2L6DA 3KM6A 2NVLA 2XC2A 4KE3A 3HZ8A 4IHUA 1V2AA 2HSYA 2B5YA 2PN8A 1NHYA 4PUFC 5D96A 2R5GA 3KJYA 3DMLA 1R4WA 2KLXA 2LTKA 1GSYA 2ZUPA 2AAWA 1VF4A 4G9HA 1Z5YE 2I3YA 3KEBA 5IPGA 4HOJA 4DSSA 2DJ0A 2CVBA 3CTFA 1AW9A 2LQQA 3GKMA 3DVWA 3BOAA 1T7PB 5CRGA 5HQPA 4HU9A 1A2JA 1FOVA 1Z7PA 3DKSA 1XW5A 3ZVJA 3TJFA 5J41A 1G6WA 1O7UA 5ECKB 3VWVA 1YF1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1X5CA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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