1X9MB

T7 dna polymerase in complex with an n-2-acetylaminofluorene-adducted dna
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*
total genus 29
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9mB00
4O7HA 4DEJA 4X43A 5A4VA 1R26A 3BCKA 4HU7A 4NXIA 2GSRA 4PX1A 1JZDA 4CW9A 4XS4A 2GLRA 5GZZB 4FIWA 4XS6A 1XCCA 6GSSA 2H0HA 4G10A 4Z7XA 5INYA 4ECJA 3TRQA 1G7OA 4XCSA 3VWWA 4IQ1A 2C0EA 3JCML 1WE0A 2D2ZA 3H1NA 1WOUA 2C3NA 2WDUA 4YH2A 2PGTA 1FB0A 5HR0A 5HR1A 1R4WA 3VWXA 3TCOA 4ZBDA 3GTUB 5JCUA 1A2MA 2B6MA 4WKWA 2MMAA 1GSDA 1PQNA 3HJMA 1LBKA 2I81A 2LS5A 1Z5YE 5EPFA 4K7OA 2GGTA 1VRSD 2H72A 1BG5A 5COHA 1PL2A 4GSSA 2GVPA 4DSSB 5B8BA 2HT9A 2IIYA 5ECLB 3KIJA 1M9BA 4J2FA 3TJJA 3SWLA 2C3TA 4ZBAA 3ZMKA 3ZVJA 5IMDA 3TKSA 2YWNA 1A2JA 4EXJA 2IMKA 2JZSA 4V2LA 1YF0A 3GKKA 3LQ7A 2JSYA 4ECCA 3LG6A 4OFNA 1FG4A 2KP1A 3D6IA 5CYYA 1CQHA 4AJ6A 1XW6A 1Q4JA 4AGSA 4L8EA 2MMOA 2YP6A 1SKWB 1AQXA 1PD21 4F03A 5ELGA 1F6MC 3IPZA 4ZB6A 1ST9A 3UIWA 8GSSA 11GSA 3EU3A 1IYIA 3HZ4A 3QAWA 1OC9B 2K18A 3GIXA 4HQZA 1K0NA 1VF2A 4LL4B 3TKSC 3BD2A 4OWYA 2PN8A 5FHIA 3APSA 3G7IA 5CRWA 3KCMA 1GNWA 1QFNA 3L9SA 1GUMA 4N30A 4HS1A 1HYUA 3EWLA 3QCPA 4IP6A 1EWXA 4KCEA 3ZLPA 2BMXA 5AISA 4K0GA 4QL9A 1T1VA 1HNBA 1Z6NA 4ECIA 5D96A 4NHZA 2FA8A 4TW5A 2OBIA 4XIHA 4K6XA 3VPQA 3O6TA 5JCGA 1A8LA 1K0AA 4K7NA 1B9XC 2K8VA 1XWGA 3FR6A 4L5OA 4ZB9A 4JE1A 2HRFA 3R2QA 4KE3A 3UAPA 2CQ9A 5CRGA 1OC3A 5F05A 5IOXA 4I6XA 5DBQA 4I5QA 2N5AA 4YAVA 4MJAA 2PVQA 12GSA 2H01A 5D9TA 2R4VA 3HVXA 1S3AA 1VF3A 4I2UA 4F2IA 4X1UA 2WFCA 4OFTA 4ZILA 3SBCA 1EP7A 4NPBA 2IN3A 3IHQA 5CRHA 1ZCPA 2VAFA 3KMNA 1M2BA 3EYTA 3L4NA 5KN3A 2CT6A 4WR4A 4HZ4A 3KH7A 4NV5A 2FA4A 1GTAA 1MD3A 1QXHA 1NHYA 3HCZA 2OE0A 5H5SA 1X9MB 4QL7A 4DSQA 2VCTA 2YJ7A 4TR0A 5LCZA 3TRXA 3ZMLA 2H1DA 3UJ1A 3EC3A 3P2AA 2GZZA 3WD6A 4Q5NA 3MSZA 1WRYA 1UC7A 2C8UA 4LA1A 1U87A 4MK3A 3GHAA 2EC4A 3GX0A 3BJ5A 2X8GA 1NW2A 4HUAA 1GSEA 1M9AA 3ISOA 5A5KA 1I5GA 3IXRA 1V9WA 2WJUA 1CQGA 3TJKA 1Z7RA 2C3QA 3CTGA 2HLSA 4TR1B 1ZOFA 4KSOA 3GTUA 3Q74A 2H8LA 4QQ7A 2VL9A 1K3LA 4ZL9A 2CAQA 2N5BA 2VCVA 1Z9HA 1TP9A 4F0BA 2GZYA 1S3CA 4IJ3A 1E6BA 4RQXA 4G2EA 2YV7A 1O8XA 2H19A 1SL1B 2AV4A 3APQA 1EGRA 4CHSA 4K1FA 4DSSA 3TJBA 4IS0A 3IK9A 5IMFA 3HHVA 1BJXA 2DIYA 2M72A 1TU8A 2TIRA 4WR5A 1AIUA 3O3TA 4KGIA 1M2DA 3GMFA 3CXGA 5L71A 4OCEA 4GF0A 1R7HA 4EVMA 1GWCA 1T7PB 3QFBC 3ZITA 4DSRA 3LFLA 2YN1A 3QMXA 5IO0A 5GAND 1THOA 3EE2A 2J23A 10GSA 1PGTA 1TRWA 3P7XA 2E2MA 3TKPA 2VD0A 3ZVJD 3PGTA 4WXTA 2LNTA 4BVXA 1USBA 2VCXA 3HVSA 1K0OA 2V2GA 7GSSA 1TRSA 2LTKA 1YKCA 5F0GA 2GT5A 2LJAA 6GSXA 6GSTA 3FK8A 3F3QA 6GSWA 4GWRA 1GSQA 5GAPD 1GLQA 4F0CA 2KUCA 4MLYA 1F2EA 1O7UA 1LU4A 3UARA 3GX8A 3QAVA 4V2NA 2HXKA 3NOFA 2H0IA 1N8JA 2HZFA 3M0FA 1TOFA 2RLIA 3UVTA 2V41A 4XTSA 1VF1A 2VCZA 1O73A 5AIXA 2DSAA 5F06A 3GNJA 2HZEB 3HA9A 2OADA 4PURA 1XVWA 2YZUA 3U6VA 1SJ6A 4OO4A 2LRNA 5EVOA 1LJRA 4KDYA 3GRXA 1KTEA 3U5RE 2PUKC 2L59A 1SYXA 1O85A 3J7Yk 1AAZA 2PU9C 1MDJA 1I9DA 1WMJA 1G6WA 4TXOB 2FWEA 3CSIA 1BQ7A 4OCFA 1BX9A 1MDIA 1T3BA 1U6TA 1ZGNA 4AJ7A 5G1KA 1AW9A 2WRTA 2AB6A 4IVFA 4I2TA 1URMA 2RIIA 4KH7A 4TR3A 3EURA 2B1LA 3UBLA 1ZL9A 1NSWA 1DSBA 4PXOA 2PVOC 4MH3A 2GTUA 3ME7A 2HRNA 3CSJA 1F3BA 5E4WA 3PR8A 4V1Ap 4CDOA 1WP0A 4LL1B 1GRXA 2DJ0A 1XWCA 2E2GA 1JZOA 2B3SA 1OKTA 5J41A 1PRXA 1TTZA 3IAM2 2GDRA 2OE1A 2DC5A 3TUEA 4ECBA 2LKUA 2IPAA 4YQVA 4EDYA 2E0QA 4WF5A 2L57A 4IW9A 20GSA 1UN2A 4LMVA 1PX6A 2WGRA 1XZOA 2IFQB 2FD3A 3VLNA 1EV4A 1A23A 3VK9A 3FY7A 4TR4A 2ALBA 1BEDA 4I97A 4GQCA 1GTBA 5LD0A 1PKWA 6GSYA 3MAKA 2NBSA 3HZ8A 1O6JA 4TR1A 5ECNB 4EKZA 4PUFC 5ECMB 2JACA 2P0GA 1YKAA 3KTBA 3P8WA 3H93A 4XRDA 5IMAA 4HOJA 5DJLA 1GL8A 2NPBA 2YANA 2AAWA 3IOSA 1FO5A 2FY6A 2H6ZA 4ZL8A 5DQSA 2BJXA 4KAEA 4F9ZA 4BL7A 3ERWA 1PA3A 1B9YC 1HNAA 1TXXA 3F4TA 3HD5A 2PPTA 1Q98A 1TK8B 3GL5A 2LV3A 2L4CA 2B1KA 4NMUA 3ZL5A 2BTOT 3H4KA 3IE3A 4RUVA 1GNEA 3VI7A 2YPMA 2FNOA 3GL3A 2C0DA 3M9KA 2ZCTA 2LJKA 2HNLA 4IJIA 1TW9A 2GT6A 1FB6A 2IJYA 1YF1A 1AUCA 3IAS2 2L6DA 3GA4A 4N0ZA 2VOCA 1GULA 4GSNA 3RBTA 3N5OA 2AHEA 4BVYA 3M8NA 4IQAA 2LJRA 2YCDA 5J9BA 3DYRA 1A2LA 4MDCA 3F6FA 2CV4A 4LLRA 4Q5QA 3K8NA 3QFAC 4MZCA 2K8SA 4FYCA 3M9JA 2MBSA 1UVZA 3IK7A 3LEFA 4O5RA 2G2QA 2C80A 1YY7A 5J3RA 1JFUA 1XBSA 3C71A 3H79A 3RAZA 6GSVA 5JWQB 1XWAA 4KNDA 2FGXA 3VWVA 2VM1A 1FHEA 1RQMA 2NVLA 2K9FA 2HZEA 5C04A 3BOAA 2OE3A 2ZNMA 5J9CA 2VLUA 4E8HA 4MABA 3KEBA 2PERA 16GSA 5HR3A 4GLTA 2QSIA 3TKSE 4TKYA 3RDWA 4ZIJA 1JLWA 2VL3A 2A4VA 1B4PA 1KNGA 4TXOA 17GSA 4HEA2 2HYXA 3VFIA 1M99A 4F82A 3FKFA 1F3AA 3TOUA 3UL3A 3IA1A 2M80A 1H75A 3GH6A 2OACA 3DD3A 1AQVA 3M3MA 4YQUA 1H4OA 2REMA 3E9JB 3HVVA 5ECIB 2EIRA 4IP1A 5B7CA 3RPPA 1W4VA 3ME8A 4PQ1A 3E0UA 4V2MA 4KUNA 1K3OA 3DEXA 2RUFA 3GKMA 3KTLA 2QKEA 3A3TA 2DMLA 5G5FA 3CTFA 1FAAA 2CVDA 5DCGA 2A2SA 1K0BA 1XVQA 3TDGA 2DJKA 4IELA 2K6VA 3F8UA 3ZRDA 1V58A 2DMMA 4X0XA 2R6KA 6GSUA 3M1GA 1T4ZA 1W89A 4J56E 1G7EA 2IFQA 2VLVA 1R5PA 4FH8A 4KSMA 4IHUA 4GTUA 3C8EA 2V6OA 2MMZA 3CSHA 1OYJA 4G19A 1M0UA 1XOAA 1TK5B 3DVXA 4JR4A 1K0CA 4EDZA 3QAGA 3BBYA 2HSHA 5AGYA 4GQFA 2F9SA 2O8VB 2GQLA 2MZCA 5CAXA 1J08A 5H5QA 3L9VA 3QR6A 2H71A 2A2RA 2LRTA 3GFKA 4KW6A 2OKAA 3LXTA 4MZWA 4PNGA 3HDCA 1T8EB 2IWTA 4EO3A 1GSYA 1OE7A 4BWQA 5GSSA 3Q19A 1JZWA 3G9BA 1NM3A 3KMOA 5DAKB 2GZPA 1PKZA 2LEGA 2RM6A 4TOPA 2XBQA 4O32A 4HJ2A 2LSTA 2J9HA 3I9V2 2LQQA 2CA8A 1PSQA 3RHBA 1HQOA 2KOKA 2TRXA 1YDKA 3NIVA 2I1UA 2FLSA 4GCIA 2FUG2 2H1GA 2O85A 3QD9A 4XHMA 2V32A 4JBBA 3GSSA 3CYNA 3LXZA 4KCAA 2L4QA 2MYGA 2F51A 4RI6A 2EIQA 2P5QA 5FT3A 1VGLA 1ZYQB 1BAYA 3A5WA 1TU7A 1Z7PA 1A8YA 2JZRA 4HQSA 2CX4A 4YAPA 3A2WA 1PN9A 3IR4A 4L0WA 1MDKA 2GQMA 2AYTA 5H5RA 1WIKA 1A0FA 4L5LA 4ZBBA 1SU9A 3LSZA 2JU5A 1U88A 3ZIJA 2DJ2A 3C73A 3ZIVA 3C1RA 1GSFA 4EE0A 4MH2A 5G2ZA 3FR9A 4HI7A 3GSTA 2N5FA 1G6YA 2VLTA 2YWOA 2I9HA 3CRUA 1XOBA 2H66A 3Q6OA 4N11A 3IRAA 3IBHA 1HNCA 3LYPA 2YJHA 4ISDA 5DQYA 1GSUA 3N9JA 2IL3A 1SL0B 2CZ2A 1FW1A 3MNGA 1X9SB 4YQMA 5IMVA 4H86A 4JRRA 3LORA 3FYGA 1SJIA 3RPNA 3DRNA 5HQPA 4ID0A 2PMTA 4MJBA 1QUWA 2LRCA 2FWHA 2PBJA 4OO5A 5ELAA 5ECPB 3ZZXA 1J9BA 1ON4A 1X5CA 5G5EA 3QOUA 3GURA 3KP9A 2I4AA 1R5AA 3LYKA 1PL1A 1B8XA 3TB2A 4BA7A 5F07A 1TRUA 4GSTA 1KEBA 1K0MA 5KEJA 3TJGA 5IPGA 2LQOA 1OVNA 2VO4A 4V1Ag 2FWGA 3FZ4A 1SKSB 3WGDA 1EOGA 5AIVA 4IGJA 4POLA 1EEMA 4K8MA 3F0IA 1DBYA 3QPMA 5CREA 1N2AA 2AUVA 5A4WA 4K0NA 1F37A 1EGOA 3KXOA 5D9WA 3D4TA 1A24A 2CX3A 4WBRD 1KBNA 3TKQA 1T00A 1V98A 5LNKe 3VURA 4PQIA 1TJDA 4MPGA 4N10A 1SYRA 1YEXA 2HI7A 3MWHA 4NHWA 4RI7A 3GKXA 2XC2A 4MA9A 3LWAA 4MP4A 2OBKA 5CRDA 2X8CA 3HJPA 3HY2A 2CVKA 2IMIA 1AXDA 1EOHA 1B48A 4XRAA 5IMCA 4MF6A 1C72A 4TVEA 2CAIA 2DBCA 4E8EA 3GKNA 5IMZA 5ECKB 4XS1A 1X5EA 1K0DA 2B7KA 1MEKA 1TI3A 3TRPA 3P90A 4OFMA 2KLXA 3TJFA 3H8QA 4JU5A 1XPVA 3US3A 3PINA 3FZ9A 5CO3A 5B6NA 3APOA 5ID2A 1Y25A 5DAKA 1V2AA 5IQYA 4NV2A 2VL2C 2EIOA 3QDNA 4PUAA 4J57E 1FVKA 5A4UA 2YOIA 1SKRB 4KA0A 2VD1A 3HKRA 3LGCA 4WEYA 2WS2A 5ECHB 4NWYA 3KD0A 1ZMAA 4OD7A 2B7JA 1XWBA 4EL1A 3PH9A 3VI5A 3Q18A 2B5YA 3NZNA 5D9VA 4ILFA 1GTIA 18GSA 4DVCA 3L0HA 1X5DA 2Z9SA 4MJEA 3D21A 2DJJA 1Y6EA 2IMFA 4HDEA 2X99A 1HD2A 1O81A 1ZYEA 2KHPA 4D73B 3ERFA 3E3EA 4K7IA 2F8FA 4AJ8A 1B4QA 5G1LA 2DLXA 1TRVA 2LNSA 3ZTLA 1M2AA 1ILOA 3A2VA 3GH9A 2NTOA 3F3RA 3DIEA 5G31A 2O89A 3HYPA 1OKDA 2QGVA 1GTUA 2HFDA 1GSSA 4Q5FA 1DE2A 1O8WA 3KGKA 2L5OA 1QMVA 2V1MA 2JL4A 5ABRA 2YZHA 4TRXA 2NDOA 2X64A 4P3YB 4WETA 1WJKA 5D8IA 3FZAA 4AF2A 1QGVA 5ECOB 3I69A 3J7Yb 1SD9A 2IMDA 4EUYA 1X9WB 2WZ9A 2KP2A 5DALB 4ULXA 4WBJA 4G9HA 2F3MA 4HJMA 1NHOA 1ERUA 1G0TA 3EVIA 3G7YA 4ML6A 2TRCP 1V57A 4GRFA 2H73A 3HXSA 5HR2A 4FYBA 1K3YA 3V1WA 1M7TA 5EY6A 3ZYWA 3UOMA 3F63A 2E7PA 3AY8A 5J4UA 1FOVA 1ERVA 4K9ZA 2WULA 2XPEA 1J0FA 4HU9A 3DWVA 4K2DA 2VCQA 3DGQA 3F4SA 4GXZA 2GS3A 4HZ2A 2DIZA 1EV9A 2H75A 1RW1A 2FHEA 1XIYA 4PGTA 1YQ1A 3ZREA 2R37A 3F4RA 1DE1A 1JZRA 2JADA 5FWGA 2F8AA 4I8BA 5IOWA 2C0GA 1X0RA 3IV4A 3FR3A 5DCHA 1E2YA 1MTCA 3D5JA 4N0VA 2HE3A 4KX4A 1VF4A 5C00A 2JZTA 2OJLA 3GYKA 4ML1A 2XBIA 3KJYA 3S9FA 3EU4A 1U3IA 1GUKA 1OAZA 2DJ1A 5ECRB 3ERGA 4MMMA 3VWUA 2G0FA 3ED3A 2VUPA 3C7MA 5ECSA 3WGEA 4ZB8A 5J5NA 2LUSA 4JZQA 3IC4A 1S3DA 1ERWA 2FWFA 22GSA 3KH9A 19GSA 2AJQB 2L6CA 2P31A 3FW2A 5IM9A 5JWRB 3VPTA 1AQWA 2O87A 3D22A 4ACSA 1EP8A 2H0GA 4PQHA 1SK1A 3FHKA 2C1YA 3IDVA 2H30A 4POBA 4XS4B 3UBKA 2MMNA 3OR5A 2H1AA 4IKHA 1TKDB 3UVHA 4PNFA 2WCIA 5HFGA 1XW9A 2V6KA 3D4MA 1OE8A 5ID2B 1A0RP 1JHBA 1ERTA 9GSSA 1ABAA 2I3YA 2OA7A 1GLPA 1QQ2A 5D73A 2C4JA 1V40A 3WT1A 4OMVA 1GUHA 1SL2B 2L5LA 1GH2A 2YV9A 2DJ3A 3KZQA 4FO5A 4ZL7A 5AN1A 1UA5A 2H76A 3WGXA 1PX7A 2CZ3A 4D73A 1TK0B 13GSA 3BCIA 2O7KA 2FCHA 5B8AA 4L0UA 4MPFA 3C1SA 5ECQB 4ZXGA 1GP1A 3FRCA 2VIMA 2ON5A 1YJ6A 5D9XA 1SD8A 2YWMA 2H6XA 1YZXA 2ZUPA 4MJCA 5D93A 3GN3A 3TKRA 4POKA 5B6MA 3UMAA 3EMXA 4IBPA 2RUEA 5DVBA 3W6GA 5F8BA 1PMTA 1ZZYA 1BYEA 3CMIA 4MF7A 3UEMA 2P5RA 3FZ5A 2MBTA 1RK4A 2B5XA 4TXVA 2H6YA 3GV1A 5IPHA 2CVBA 2WB9A 1EZKA 1ACVA 2H70A 4EF0A 1T4YA 5CP1A 3CRTA 3DVWA 3L9UA 5KN2A 3WT2A 1SK2A 5DALA 3FEUA 3EMPA 1OC9A 1EEJA 1JLVA 5EL8A 5HFIA 1XW5A 5DJMA 3D0ZA 1IYHA 1DUGA 2R2JA 1Z3EA 3ZFBA 2XPDA 5DDLA 3GUSA 4O92A 3TGZA 1WPIA 5GSTA 2R5GA 1XXUA 2YNXA 3EINA 1XFLA 3I6AA 14GSA 3A2XA 3G7JA 2VCWA 4BWSA 2B5EA 3DMLA 2GSSA 4WF4A 1YEPA 2ES7A 3LJRA 4EC0A 4IN0A 1QK8A 5G30A 1FVJA 4NAXA 2C0FA 2XHFA 4KDXA 4KDUA 4LMWA 1AC1A 2YWIA 3KM6A 5HFKA 4FYUA 2ON7A 2GSQA 1THXA 3I43A 2GSTA 1SK0A 5IO2A 3ZFLA 4MZBA 3DKSA 1ML6A 1F9MA 3RHCA 3TOTA 4MF5A 3W8JA 5KN1A 1OC8A 2PWJA 1TDIA 2X8HA 4Q5RA 2M46A 2H1BA 1MD4A 1TI1A 2QC7A 4TN8A 4MCUA 4RQRA 3HJOA 2IMEA 2JSZA 1U3AA 2H74A 4JR6A 2RM5A 3F9UA 3WYWA 3MDKA 2R3XA 4BPYA 3F6DA 3KP8A 1Z6MA 3DXBA 4POMA 2GQKA 3L78A 5IIZA 5JCWA 5KN0A 2HSYA 1SENA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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