1X9MB

T7 dna polymerase in complex with an n-2-acetylaminofluorene-adducted dna
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*
total genus 29
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9mB00
2OBIA 1UC7A 1PGTA 4XHMA 1I9DA 1USBA 2DMMA 2YCDA 1XOBA 4ML1A 5ECNB 1GSDA 1JZRA 3L9VA 1GTUA 5A5KA 1AXDA 6GSVA 5ECLB 1GUKA 2LNTA 4GSSA 1PKZA 2IMKA 3UVTA 2GZPA 2B5EA 1YQ1A 1B9YC 5F8BA 3TDGA 3VWWA 3GH9A 2YJHA 2YWIA 1K0MA 1M99A 1B4PA 22GSA 1F3BA 3L0HA 4YQMA 1SD9A 2RM5A 2WRTA 3GV1A 4YAVA 3EURA 4Q5FA 2IWTA 1T4ZA 1XW6A 1TI3A 3M0FA 5G30A 2I81A 1DE2A 2G0FA 4V2MA 12GSA 2X8HA 5E4WA 3IPZA 1O85A 1U87A 3Q19A 3LYPA 5IMAA 3IXRA 3FR9A 2HZEA 3HY2A 2H72A 4RQXA 1ZMAA 1H75A 2LSTA 3QMXA 3EU4A 1ZYQB 5F06A 3HZ4A 1K0DA 5DBQA 3UJ1A 1OKDA 3LSZA 3FK8A 2P5RA 1O81A 3FKFA 1S3DA 2LS5A 3UEMA 3TRPA 1XVQA 1SL1B 1ERVA 4QQ7A 1KEBA 1A2JA 5F07A 3C1SA 1DE1A 3DGQA 2H1GA 1V58A 1ERUA 2PU9C 3KH7A 3HD5A 2DIYA 4TRXA 4GWRA 5CRGA 1FG4A 4GLTA 4K6XA 1YKCA 3P7XA 5IMDA 2PGTA 4HS1A 2LTKA 5ECSA 1GSEA 2X8GA 2GDRA 2H0GA 4PX1A 3QFAC 3UAPA 1N2AA 1K3YA 1W89A 2GSSA 1V98A 2WS2A 3TOTA 4V1Ap 2CT6A 1PQNA 3F4RA 4DEJA 4TOPA 2JU5A 4E8EA 3UL3A 5H5SA 2A2RA 2NBSA 4JU5A 2JZTA 2MBTA 3F0IA 1A2LA 4MF6A 2VAFA 2VD0A 2KP1A 4OWYA 1ZL9A 1Z7PA 1GTAA 2PVQA 3US3A 2CVBA 3MSZA 2O85A 1T8EB 4BWQA 3ZLPA 4POKA 2VCTA 1PX6A 2ZCTA 2KP2A 3D4TA 4ZXGA 2H19A 1RK4A 2P31A 3BD2A 2GT5A 2GVPA 4EXJA 2YV7A 3F6DA 2PERA 3C1RA 2YANA 1ON4A 1EV4A 2RUEA 2K6VA 3E0UA 4X0XA 3GA4A 4XRAA 4OD7A 3MAKA 3UIWA 1OYJA 8GSSA 3G7JA 2D2ZA 4KSOA 3QAWA 2EC4A 3HA9A 3Q6OA 2CQ9A 2A2SA 3EWLA 6GSUA 4ACSA 4K8MA 3PR8A 2B6MA 4G19A 1TI1A 3F6FA 4HI7A 3W8SA 2V1MA 5ABRA 1OE7A 4QL7A 3FR3A 3ME8A 1ZOFA 3E9JB 3C7MA 2YWMA 3QPMA 2VL3A 3DVWA 3KH9A 1JZDA 3CSHA 4N0ZA 2KOKA 2H1BA 5CP1A 1O73A 2L57A 3IE3A 2DC5A 3LWAA 1WWJA 3N9JA 3W6GA 3TJKA 1F3AA 3UOMA 4KA0A 4HQZA 5IOXA 4ZILA 3K8NA 2KLXA 3CTFA 1FO5A 3UARA 4GXZA 2HYXA 4LL4B 4V2LA 4EC0A 4J57E 3VWUA 4Q5QA 4ECJA 1OC8A 5COHA 2C0FA 1SYRA 2DMLA 2XC2A 4LL1B 3GMFA 2CV4A 3ERFA 4WF4A 4EUYA 2B3SA 3IHQA 2VCWA 3KGKA 3ZL5A 1X5DA 4NPBA 4Z7XA 2GZYA 3L9UA 1PA3A 4V2NA 3UBLA 2R37A 2K18A 5ENUA 3GTUA 1NSWA 4MF7A 1J9BA 1FVJA 4MH2A 4ZB8A 2XBIA 4TR3A 4P3YB 4MH3A 3LJRA 2YJ7A 4FO5A 4I97A 1HNAA 2L5OA 4PGTA 3VWXA 1JZWA 4ID0A 3LQ7A 4CW9A 2OBKA 4G9HA 5HR2A 3U5RE 3DRNA 1AAZA 2IMDA 6GSSA 2MMOA 5DDLA 5F0GA 2JSZA 3VI7A 4HZ2A 4O5RA 2FCHA 4XS4A 1TK8B 4WBJA 1GH2A 1JFUA 4X1UA 4TN8A 3DMLA 3HCZA 5CAXA 5KN0A 1WOUA 4WXTA 1MEKA 2J9HA 5C00A 4MZCA 4N0VA 2OJLA 4ZBBA 1O8WA 2FWHA 2IIYA 5JWQB 5A4UA 3GYKA 1A24A 2JSYA 4JRRA 4GRFA 1NHOA 2P5QA 2KUCA 2OACA 2REMA 4IW9A 2L4CA 1SK1A 3KP8A 3GSSA 2C80A 2PVOC 2R4VA 1YZXA 2I4AA 3HJMA 3O3TA 5F05A 1PL1A 5CNWA 1A23A 1EGRA 4MA9A 3HVSA 2F51A 5JCGA 4K7IA 2V2GA 3QFBC 4F9ZA 3TKQA 1RQMA 4BA7A 3A3TA 4NAXA 4ILFA 1FAAA 1K0BA 13GSA 3WD6A 1JLWA 3GURA 1FOVA 5HQPA 2B1KA 1M9BA 3HKRA 4FIWA 1YF0A 3KJYA 1K0AA 3ZMKA 3V1WA 2EIQA 4LLRA 3ZFLA 2ZUPA 3IC4A 2BTOT 5B7CA 1GWCA 4TKYA 3FY7A 2HRNA 4TR1B 1Q4JA 4TXOB 4LA1A 4GTUA 3TJFA 5HR0A 1PMTA 2N5AA 1EEMA 2C3NA 3EINA 2IFQB 3TRQA 1AQXA 1SK0A 5AGYA 3RPNA 3GKKA 2AAWA 3QOUA 1F6MC 5H5QA 1BG5A 17GSA 2H6YA 3ERGA 3QCPA 3D6IA 5A4VA 1BYEA 2H1DA 2HSYA 1PN9A 3BBYA 1WMJA 1ST9A 4N11A 1MTCA 1SJIA 1TU8A 1V40A 1V2AA 3S9FA 1WP0A 4MLYA 5HR3A 4MPGA 3NIVA 3KTBA 2PBJA 2JACA 4K7NA 2ALBA 4J2FA 5JCUA 1ERWA 4HEA2 4BVXA 1Q98A 4K2DA 1F9MA 4EVMA 3TUEA 11GSA 2L59A 2VLVA 1DSBA 3VLNA 4PXOA 1YEPA 5CYYA 2EIRA 2K8SA 3MDKA 5DJLA 3J7Yk 2YZUA 3GKXA 3PH9A 3GL5A 3HJPA 2P0GA 4DSRA 2E0QA 4K7OA 3L78A 3DIEA 4I8BA 2DJJA 4MJCA 5A4WA 2B1LA 5EL8A 4OCEA 1ABAA 5CRDA 3WT1A 1BX9A 4BWSA 5LNKe 4O7HA 2IMEA 1SL2B 1FVKA 3W8JA 4JR4A 4XTSA 4PQ1A 2HSHA 2H6ZA 4WR5A 1BQ7A 4KB3A 3EVIA 2YV9A 1F2EA 4GSNA 1VRSD 2C8UA 3DWVA 1UVZA 1MDJA 2LNSA 4POMA 3VWVA 3IOSA 1BJXA 2HRFA 4N30A 1PKWA 1XWKA 2V32A 4WKWA 3ME7A 2VIMA 1O8XA 2YZHA 1X0RA 1SKSB 3DYRA 4K0NA 1CQGA 2GQLA 2H76A 2FA8A 4MJEA 4JE1A 4HDEA 3EU3A 2O89A 2B7KA 3RDWA 1ZGNA 1QK8A 1PL2A 4WETA 4FYUA 3TKSC 3GN3A 4WR4A 2DJ3A 3ZZXA 1Z6NA 4MJAA 3GKMA 5HFIA 3G9BA 2YWNA 4L0WA 4KDUA 1TRUA 1EV9A 4ZBAA 3ED3A 4XS1A 1TRVA 4NMUA 4EF0A 4ML6A 2YWOA 5DQYA 3UMAA 1T4YA 3IAS2 2YP6A 1UN2A 1OE8A 1URMA 1QFNA 3A2VA 4PQIA 4F0CA 1GULA 3EE2A 5DALB 4HU7A 4NV2A 1YEXA 3N5OA 3ZYWA 2F8FA 3G7IA 3MNGA 1HYUA 1XWGA 1WRYA 1PX7A 5D9VA 1GUHA 1N8JA 4PUAA 5D9XA 1GSYA 4POBA 3VPTA 7GSSA 5G1KA 3VURA 3TJJA 4ECIA 1XXUA 2H1AA 4HU9A 1EEJA 2OA7A 3KZQA 1G7EA 2C0DA 5D9TA 3EMXA 4V1Ag 2QC7A 3KCMA 3L9SA 5IMZA 4WBRD 5J9CA 4H86A 4MZWA 5GAPD 2HNLA 4IQ1A 1TU7A 3FZ9A 4KAEA 1GLQA 1LJRA 5B6MA 2C0EA 5IOWA 1FHEA 3NOFA 1JZOA 5J5NA 5HFGA 2R2JA 2F9SA 1ACVA 1MDKA 1YDKA 4EDYA 2OE3A 3CTGA 2VCZA 5IM9A 1XWBA 4NXIA 3A2WA 2E2MA 3R2QA 3GHAA 3TKSA 4KSMA 1GSQA 2H6XA 3PGTA 4J56E 4TR4A 3CRUA 4PURA 2AUVA 5CRWA 3TCOA 1XZOA 1GSFA 5EY6A 1SJ6A 4CHSA 2WB9A 5DJMA 4KW6A 4I2TA 1OC9B 1T1VA 2OKAA 5CRHA 2DJ2A 1U3AA 4D73B 3I9V2 4DSQA 2XPEA 3KM6A 2M72A 3QD9A 1GTBA 4OFMA 5CO3A 2CZ3A 2OE1A 1IYIA 2M80A 4HOJA 4ISDA 3UBKA 5H5RA 3UVHA 4AJ7A 3GUSA 3FHKA 1WE0A 3FW2A 1Z3EA 3SWLA 1OKTA 4F03A 2RM6A 3RHBA 4Q5NA 3A2XA 1J0FA 5KN3A 5G5FA 3BCIA 1Z9HA 5IMFA 1TXXA 2CZ2A 20GSA 2VL2A 2ZNMA 1SL0B 2NTOA 1NM3A 2RLIA 4IJ3A 4LMVA 1VF1A 2YPMA 3M1GA 2H71A 2TRCP 4DSSB 1DUGA 4RI7A 4ULXA 3FZ4A 2IL3A 4EKZA 5KN1A 1GSUA 4XCSA 1AUCA 1X9WB 1X9MB 4NHWA 3DEXA 2FUG2 3F63A 3LYKA 2B5YA 1XWAA 2PMTA 3IRAA 4K1FA 3KP9A 5ID2B 1B4QA 4Q5RA 4IP1A 1ZZYA 3ZMLA 1WPIA 3ZITA 1O6JA 2LRNA 4G10A 5L71A 1V57A 3F3QA 3GFKA 2CX4A 2VLTA 2AV4A 1GSSA 4WF5A 2EIOA 2CX3A 2L6CA 1PSQA 1Y6EA 3M9JA 5ECKB 2PPTA 5G1LA 3SBCA 4KE3A 4O92A 6GSWA 1M7TA 4IP6A 2GS3A 3J7Yb 4RQRA 4YH2A 2HT9A 4K9ZA 1M2DA 2FLSA 5AISA 5LCZA 1IYHA 3WT2A 3MWHA 1Y25A 4JR6A 2VLUA 1XCCA 4X43A 4IHUA 5AIXA 1BAYA 3M8NA 5B6NA 4PUFC 1YY7A 4XIHA 4AJ6A 4TXOA 4I6XA 2Z9SA 5DAKB 2QSIA 3VPQA 5GSSA 1V9WA 2WULA 4AF2A 2IFQA 3H4KA 5FT3A 4CDOA 1QGVA 19GSA 4EO3A 2LEGA 3CXGA 2L4QA 5E59A 1TK5B 2PN8A 2C3TA 1TOFA 1T00A 2ON7A 2WZ9A 3ZFBA 4NHZA 3GX0A 3TKRA 1NHYA 4E8HA 2TIRA 5J41A 1HNBA 1A0FA 4TVEA 5FHIA 1XPVA 1K0OA 2H01A 4EDZA 3CBUA 4TR0A 1TKDB 4OFTA 5ECRB 3HXSA 2YNXA 2H70A 1Z7RA 4GQFA 1EZKA 1K0CA 2AB6A 4MDCA 3HYPA 2I1UA 5IQYA 2PWJA 2OE0A 3AY8A 2L5LA 1LU4A 3FYGA 5ECMB 2IMIA 2H8LA 5B8BA 4AGSA 9GSSA 2HI7A 4F82A 2IN3A 1T7PB 3FEUA 5KN2A 4ECCA 4HJMA 3KXOA 1EP7A 1S3AA 2MMAA 2H73A 4AJ8A 4L8EA 1KTEA 4N10A 3FRCA 2X8CA 2R3XA 5D93A 4ZL9A 2OADA 5ECHB 4PNGA 4POLA 4KDYA 3KD0A 2R5GA 5C04A 3QR6A 5B8AA 2FHEA 1ILOA 3VFIA 4I5QA 1M2AA 2ON5A 2HE3A 2I3YA 5EVOA 4TW5A 4L5LA 2V41A 3BJ5A 3WYWA 1Z6MA 4O32A 3P8WA 5ECIB 1FB6A 3E3EA 3I69A 3JCML 1B48A 1XIYA 1G7OA 1GP1A 5AN1A 3H79A 3C73A 2LRTA 2GSRA 3ZTLA 2O8VB 1MD3A 2DJ0A 1E6BA 2WDUA 4MMMA 2GQMA 2X64A 2HFDA 1B8XA 5DCGA 1QQ2A 4I2UA 1XW9A 2MYGA 3D4MA 3IBHA 3F4SA 2C4JA 1R4WA 4XRDA 3O6TA 2WGRA 1SKRB 3CSJA 3FZAA 2H0HA 2GTUA 1AC1A 1TJDA 4JBBA 2LJKA 2CA8A 2GQKA 4MF5A 2TRXA 2AHEA 2XBQA 5D73A 1G6YA 3EC3A 5IPGA 2GSQA 2HXKA 2J23A 3IDVA 3LG6A 1TDIA 3D5JA 4OO4A 3C71A 2YN1A 2K8VA 4GCIA 1GLPA 3C8EA 3ZREA 1AQVA 1JHBA 4K0GA 3IK7A 4MZBA 2NPBA 2JL4A 2VCXA 4KGIA 1E2YA 4IN0A 3ZIJA 5IMVA 2V6OA 3APOA 2G2QA 3WGXA 1RW1A 2CVKA 1X5CA 5DALA 4GQCA 4KX4A 1VF2A 2N5BA 2HZEB 4F2IA 4IELA 3ZRDA 1ZCPA 4IQAA 1WJKA 3H1NA 6GSXA 3H8QA 1EWXA 3F9UA 3TGZA 5JWOB 4LMWA 4OMVA 2RUFA 1ML6A 3IAM2 3GIXA 1GL8A 2E7PA 3LGCA 3RAZA 2LQQA 1G6WA 4IBPA 4IJIA 1YJ6A 5D96A 5J9BA 2LRCA 2IPAA 3LFLA 3Q18A 4RI6A 3L4NA 5G2ZA 1H4OA 3GKNA 2O87A 2FA4A 2WCIA 3GNJA 1Z5YE 2GSTA 4MABA 4DVCA 2AYTA 1TP9A 2VL2C 2N5FA 1A8YA 5DVBA 3LXTA 1YKAA 2VM2A 4L5OA 2HLSA 3TJGA 4YAPA 16GSA 1G0TA 3KIJA 1K3OA 3TOUA 1K3LA 2FWFA 4RUVA 2XHFA 1EOGA 3G7YA 1THXA 5JWRB 1A8LA 5ECPB 2JADA 4MPFA 2B7JA 1OAZA 1QXHA 2DSAA 4ZIJA 2CVDA 1OC9A 5DCHA 3FR6A 1BEDA 1F37A 1XW5A 4PNFA 2H30A 4D73A 4MJBA 3GH6A 5D9WA 2FWGA 4WEYA 3KMNA 5ECQB 4OCFA 3VI5A 5J4UA 2MMZA 3QAGA 1NW2A 1CQHA 2CAIA 5EPFA 4ECBA 4ZB9A 1VF3A 1FW1A 2LV3A 1EOHA 3NZNA 5IMCA 2GZZA 4OFNA 3CYNA 4IKHA 3CSIA 3QAVA 1M0UA 5AIVA 2F8AA 1MDIA 4NWYA 5INYA 1EP8A 1SENA 3O76A 4IGJA 3EMPA 2FD3A 3I6AA 1KBNA 4KDXA 5GAND 5ELGA 1R26A 4GF0A 4YQVA 5D8IA 3TJBA 4DSSA 1YF1A 5IO2A 4GSTA 1R7HA 1HNCA 1ZYEA 5G5EA 3ZIVA 3TKSE 3P90A 4KCAA 1LBKA 4HZ4A 3TRXA 4MK3A 4ZBDA 3HHVA 5GZZB 1ERTA 2H66A 3F3RA 1PD21 3GL3A 5ID2A 1TTZA 1TW9A 3ISOA 3WGDA 5IO0A 14GSA 2DLXA 1KNGA 2E2GA 2HZFA 2IJYA 2FGXA 2M46A 4ZL8A 3VK9A 1JLVA 5G31A 1R5PA 2DIZA 2LQOA 2R6KA 5J3RA 3HJOA 2BJXA 1W4VA 1EGOA 4JEDA 4F0BA 2JZSA 1TRWA 2LJAA 1O7UA 2QKEA 3PINA 2VUPA 4KCEA 2JZRA 2A4VA 3IR4A 4KNDA 2LKUA 2VOCA 3LORA 2H0IA 4L0UA 2DJ1A 1U3IA 2LJRA 1SJZA 1MD4A 5IPHA 2B5XA 2L6DA 3CRTA 4KUNA 2WJUA 3BCKA 2IMFA 4QL9A 4EE0A 1OC3A 3P2AA 3GTUB 4MP4A 2FNOA 3DD3A 5ELAA 3I43A 3D21A 2I9HA 2H75A 3Q74A 5DAKA 1A0RP 3HDCA 1B9XC 2AJQB 1FB0A 2DJKA 6GSTA 1VF4A 2PUKC 5HFKA 1XVWA 1AQWA 2K9FA 2QGVA 3F4TA 2C1YA 5KEJA 3RBTA 5ECOB 10GSA 1U6TA 4KH7A 1TK0B 1QUWA 1VGLA 2XPDA 1X5EA 1SKWB 5JCWA 5CREA 2FWEA 4HQSA 1A2MA 3H93A 2MMNA 1HD2A 2VCVA 4TR1A 5LD0A 3WGEA 4ZB6A 2C3QA 4XS4B 18GSA 2NVLA 3BOAA 2MBSA 3KMOA 2RIIA 3D0ZA 3KEBA 1GNEA 3IA1A 2VL9A 1SK2A 1PRXA 3KTLA 4TXVA 4EL1A 2VO4A 4FH8A 1UA5A 1DBYA 1S3CA 5DQSA 4FYCA 1SYXA 4PQHA 3IV4A 1GRXA 1SD8A 4JZQA 1X9SB 2VM1A 4BVYA 3A5WA 1T3BA 3FZ5A 3RHCA 4HJ2A 2O7KA 3HZ8A 4OO5A 2NDOA 2GT6A 4G2EA 3QDNA 3ERWA 1SU9A 3APSA 5HR1A 2H74A 1AW9A 1XOAA 2GGTA 3CMIA 2BMXA 1XWCA 3M9KA 1GUMA 2VCQA 3GRXA 1QMVA 2WFCA 2V6KA 3RPPA 4ZL7A 3LXZA 1AIUA 4FYBA 4XS6A 4YQUA 6GSYA 3HVVA 3LEFA 1C72A 1HQOA 2FY6A 3M3MA 4NV5A 1K0NA 1THOA 3D22A 4MCUA 1M2BA 2GLRA 3ZVJA 5IIZA 1WIKA 3HVXA 3U6VA 1OVNA 2DBCA 1M9AA 5FWGA 2F3MA 3F8UA 2YOIA 4HUAA 4IS0A 2VD1A 5GSTA 3GSTA 4BL7A 1XBSA 3DVXA 1J08A 2X99A 1R5AA 1GTIA 3APQA 3DKSA 3OR5A 3TB2A 4BPYA 3IK9A 3DXBA 2LUSA 1XFLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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