1X9WB

T7 dna polymerase in complex with a primer/template dna containing a disordered n-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-atp as the incoming nucleotide.
Total Genus 28

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (50-53)S3 (54-59)S1 (5-6)TI4 (59-62)TI5 (60-63)TIV2 (61-64)AH1 (11-16)TI2 (16-19)TII1 (49-52)S4 (77-82)S2 (22-28)TIV3 (74-77)TI3 (29-32)3H1 (67-70)S5 (85-91)TIV4 (81-84)AH2 (33-49)TI1 (8-11)AH3 (96-106)TI6 (63-66)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*T*GP*GP*T*AP*GP*TP*GP*TP
total genus 28
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9wB00
5ECSA 2TRCP 3IBHA 5JCUA 1Z9HA 2R6KA 3TJKA 1F37A 8GSSA 2WDUA 3M9JA 1MD4A 1XWKA 3KM6A 3APSA 5HFGA 5CREA 1CQHA 1HYUA 1PGTA 1R5PA 4MJBA 4MMMA 1CQGA 2VCVA 5ECPB 3DVXA 2XBQA 5CRWA 4O5RA 2IMKA 2LS5A 2X8GA 1U6TA 3D4MA 2VCWA 2DJJA 4NMUA 3EU4A 4F2IA 2VLVA 4TR1A 2L6CA 4RUVA 5IQYA 2VCXA 2H19A 1T00A 3QPMA 1SJIA 3FZAA 2PBJA 4XRAA 2HZEA 3HY2A 3IAM2 3WGEA 1GWCA 2C0FA 1XIYA 5D9TA 4ML6A 4ZL7A 4ZBBA 1AIUA 2DBCA 1LJRA 1GSEA 2DJ1A 1DBYA 3CXGA 3CSHA 2H66A 1Z3EA 22GSA 1QK8A 3C71A 4V2LA 1AW9A 2E7PA 4KSOA 2VL2A 1R5AA 3HHVA 3ZZXA 4GF0A 5CRHA 2RUEA 2K8VA 4F0CA 3GNJA 3GHAA 1O6JA 5DCGA 1FOVA 1LU4A 4CHSA 2HRNA 1XOBA 2PWJA 3IHQA 5IOXA 2OE3A 2CA8A 1N8JA 5INYA 5LCZA 3IV4A 4GSTA 5J4UA 2CZ2A 5HQPA 3GKNA 5IMDA 2LJAA 1F3AA 2FWEA 3ISOA 3G7JA 1ZGNA 6GSYA 3TKSE 3OR5A 1G6WA 2YV7A 2MBSA 1HNBA 2OE1A 2CX3A 5HR1A 3QDNA 2KLXA 5JWQB 2YJHA 1S3AA 4K2DA 1XW9A 2JSZA 3NOFA 5ECKB 1K0MA 5IPGA 2VD1A 2B7JA 5G2ZA 3G9BA 4FH8A 2DJKA 3GA4A 2IFQB 3CSIA 5IO0A 4NV2A 1PSQA 2CQ9A 1TP9A 2VD0A 4KNDA 1FHEA 3DD3A 5ENUA 1F2EA 2QGVA 1ML6A 5GAPD 3CBUA 3KEBA 1QUWA 2L5LA 4OCFA 1V57A 4POKA 5DQYA 3HZ8A 5IPHA 4PXOA 1EOHA 4GSNA 1SK1A 4OFTA 2MZCA 1G7EA 1OC3A 3GV1A 5H5RA 3TKQA 1GTBA 2O85A 2C1YA 2H0IA 2B5YA 3TJFA 5EL8A 1TK0B 1T1VA 4POLA 1SYXA 4WF4A 1XW5A 1PX6A 3FR3A 1XPVA 4LL4B 4WF5A 4PNFA 2CVKA 4J57E 2B3SA 5LD0A 4RQXA 3KP8A 4HZ2A 3ZIJA 2R37A 5F05A 4FYBA 2VL3A 5B8BA 3KMOA 1M99A 2YWNA 3HVVA 4L0UA 4IELA 3DKSA 3F3QA 2C4JA 1ST9A 4JR4A 4Q5FA 1VF3A 3LEFA 18GSA 4HZ4A 4TVEA 2V6KA 1SJ6A 2KOKA 2PERA 1ZZYA 2OE0A 4F03A 5D8IA 3GKXA 4DSSB 5HR3A 2C8UA 1DE1A 3TKSC 5D96A 4V1Ap 2RM6A 4BVYA 1OKTA 3LSZA 3HYPA 3EU3A 2VCTA 3F9UA 4QL9A 1THOA 4IJIA 1G6YA 5G5FA 2I3YA 1F6MC 3I6AA 3IR4A 4MK3A 1GSQA 1GUKA 2FD3A 5A4UA 2OKAA 4KW6A 3MSZA 2F51A 4MH2A 4G10A 2DMMA 2FWGA 3CTGA 5B7CA 1THXA 4TW5A 4ISDA 3HKRA 2CAQA 2VAFA 4RI6A 2V6OA 4XIHA 5EY6A 2OJLA 2HE3A 1GSDA 2ZUPA 2MMZA 3US3A 2B1LA 4EDYA 2LRTA 3KIJA 1QXHA 3TDGA 4LMWA 1URMA 2A4VA 1JZDA 1K0CA 1V9WA 5ECHB 4I8BA 1A24A 2GT6A 2VL9A 1TI1A 1M0UA 5KN2A 2PN8A 3KCMA 2JU5A 1GNWA 1T8EB 1GH2A 2QC7A 4ID0A 3Q18A 5A5KA 2KHPA 5JWRB 1EOGA 5ECNB 3UARA 1BQ7A 1Z7RA 3HDCA 5KN3A 4F82A 5JCWA 1W4VA 4NHWA 4I5QA 4QL7A 3A2WA 3H79A 1FG4A 1M7TA 3ERWA 1NHYA 4BPYA 4TRXA 2F8AA 1TKDB 1K0BA 1XFLA 3UMAA 2H6ZA 5J41A 2R2JA 1C72A 5KEJA 3FEUA 2OBIA 3SBCA 5DQSA 4K7IA 1QGVA 4O32A 3QFAC 4XS4A 4WKWA 3L9SA 4XHMA 5F07A 3L9VA 4IVFA 20GSA 1BYEA 5COHA 3KH7A 3ME7A 4ZL8A 5IOWA 2HSYA 2WJUA 3C8EA 3TJBA 1SKWB 3VWWA 3UBLA 5HFKA 2H8LA 3J7Yk 5ECRB 2V1MA 4MPGA 5J9BA 3H1NA 2MMOA 3Q19A 1O73A 1PL1A 2R4VA 1HNCA 2F3MA 2DIZA 1TRSA 4X1UA 2OADA 4MA9A 3ZFLA 1EGRA 4TKYA 1Z6MA 1X5EA 2H0HA 3ZIVA 3ED3A 6GSVA 4OMVA 3WD6A 3KH9A 3PINA 3G7YA 2JSYA 3RBTA 4GQFA 2E0QA 1X5DA 1YEPA 1DSBA 3KD0A 5E59A 3APOA 1U88A 3VWXA 2B5XA 4IQAA 5DALB 4EDZA 1GTUA 1TK5B 2FHEA 1TI3A 1GSSA 2YOIA 3N5OA 1DUGA 3QFBC 2H1AA 4PUAA 2WULA 3DMLA 4Q5NA 2CX4A 2FA4A 4XCSA 1ZMAA 2NTOA 3WGXA 1QQ2A 4WXTA 3IA1A 1XWAA 1VF2A 1GNEA 3GH6A 4N0VA 2H6XA 1VRSD 5LNKe 2P0GA 1U87A 4N0ZA 1JZRA 1GSUA 1TK8B 1O85A 3M9KA 1BEDA 1LBKA 2LNSA 4P3YB 4KUNA 3L0HA 3UVHA 4IGJA 1PKZA 4NPBA 2GTUA 1PX7A 4I2TA 1E2YA 1JHBA 1K0OA 2L57A 2GT5A 2R3XA 1K0DA 4PQIA 4XS6A 3F6FA 4XTSA 4LA1A 1B9YC 2GVPA 2WZ9A 4GQCA 4TXOB 4V1Ag 10GSA 4BWQA 3M3MA 2I9HA 3QCPA 2GZZA 3DWVA 3UJ1A 1NM3A 2P31A 1AXDA 1OC9B 4FIWA 2GGTA 2XHFA 1GTAA 1XCCA 1NHOA 3UOMA 3D4TA 2RM5A 2V2GA 4WR4A 1FO5A 3K8NA 1N2AA 1OC8A 2L5OA 1EZKA 1AAZA 3R2QA 1WWJA 2LNTA 2BJXA 3Q6OA 3P90A 3DXBA 3EVIA 1BJXA 2C3TA 1K0AA 1ABAA 2WRTA 1ACVA 2CV4A 2HFDA 3LXTA 5ECMB 2LKUA 3C1RA 3HVSA 2LEGA 1AUCA 1AC1A 1X9MB 5JCGA 2AB6A 1A8YA 3IE3A 2VOCA 2ON7A 2MBTA 1FB6A 2N5BA 3C7MA 1YF0A 3L78A 4GSSA 2KP2A 6GSTA 1SL2B 3L4NA 1B4PA 4AJ6A 3BCKA 4K7NA 3F6DA 5ELAA 2VUPA 1Z7PA 2YN1A 4HUAA 4G19A 3QD9A 2HNLA 2CZ3A 2MMAA 3ERFA 4OCEA 3TJJA 2LTKA 1SKSB 3D21A 4TR1B 2WS2A 3GL3A 3IAS2 1PD21 4AF2A 3BBYA 1EEMA 1I9DA 3ME8A 2HZEB 2QKEA 2MMNA 2X8CA 3GSSA 4ML1A 5D9WA 3S9FA 6GSWA 3HVXA 3PGTA 3E9JB 3LG6A 3TGZA 3P8WA 3CRTA 2YCDA 4X43A 2P5RA 3FZ9A 3F8UA 4AJ8A 4EKZA 4IJ3A 2PUKC 3FR9A 4K6XA 4K1FA 3IXRA 2G0FA 2CVBA 1BX9A 1XWGA 4XS1A 4POMA 1WRYA 2D2ZA 5AN1A 3QAVA 1S3CA 3JCML 4HJMA 1GRXA 1A8LA 4LL1B 4LLRA 4KAEA 2FWHA 3VURA 1SD9A 2ZCTA 2RUFA 4WETA 5J3RA 2M46A 1PKWA 4Q5QA 3UL3A 1ZYQB 11GSA 5IIZA 2B7KA 4NXIA 2E2MA 2L6DA 3DEXA 14GSA 3M0FA 2DJ3A 1A0FA 3VPQA 4ECCA 3TRXA 1IYHA 2E2GA 4ILFA 3VLNA 3GKMA 4GCIA 3LWAA 5HR2A 1YJ6A 3A2VA 1V40A 1GUHA 5F8BA 2HLSA 3VPTA 3FR6A 1PL2A 3WT1A 2L59A 5DVBA 1W89A 5FHIA 4POBA 1R7HA 4K7OA 3HJPA 4K0GA 4OO5A 4I6XA 1A2MA 1TRWA 2ES7A 4BWSA 3EINA 4GRFA 2K9FA 1OAZA 1ZCPA 3CSJA 2BTOT 4KSMA 4TXVA 2GQKA 5GZZB 4ZB9A 3TRQA 1DE2A 2FGXA 1OE8A 2KUCA 4MF5A 2LRNA 1I5GA 4KX4A 1G7OA 3D0ZA 1ILOA 4J56E 2B5EA 1FAAA 3DIEA 1SYRA 1HNAA 1K0NA 2G2QA 2PVQA 2YWIA 1T4YA 5DAKB 3QR6A 16GSA 3UBKA 2O8VB 1M9AA 1GSYA 3G7IA 1T4ZA 2IMIA 4BA7A 2ALBA 2OACA 1U3AA 5J5NA 2H1GA 3EWLA 3H8QA 1SJZA 2N5AA 3D22A 4E8HA 3MWHA 2H1DA 2HZFA 4IS0A 4JEDA 4X0XA 5L71A 3TKSA 6GSXA 4NAXA 2REMA 3GTUA 1EV4A 1E6BA 3DVWA 1EV9A 1ZL9A 3VI5A 1B9XC 2FNOA 1AQVA 1T3BA 4YQUA 4O92A 3QMXA 2IMEA 2GS3A 3GX8A 2XBIA 3LGCA 5C00A 3EYTA 4IKHA 4HQSA 3UAPA 3TOUA 5B6MA 5H5QA 2V41A 1AQWA 4IHUA 9GSSA 3LJRA 5ID2A 1UN2A 2H1BA 4D73A 5HR0A 2GQMA 2H70A 1UA5A 2N5FA 3HJMA 4GXZA 5F06A 4ZIJA 4MJCA 2H73A 3GKKA 3O3TA 4KB3A 1V2AA 3LYKA 3WGDA 4KGIA 2QSIA 1XXUA 3QAWA 4WEYA 1GP1A 3SWLA 4ZILA 3IRAA 2DLXA 3KTLA 4PQ1A 3F63A 2PPTA 3GYKA 3QOUA 4KCEA 1JLWA 4JRRA 1KNGA 1GTIA 5DALA 2LJKA 2B6MA 5G31A 3TJGA 4HU9A 4MLYA 4KDYA 2IIYA 2Z9SA 3RPNA 4YQMA 4AJ7A 1Z5YE 4H86A 2AHEA 5IMZA 2CVDA 2TIRA 3H93A 12GSA 1X9SB 3TOTA 3ZYWA 4CDOA 4L5LA 2RIIA 1SD8A 2JZRA 1ZOFA 2WB9A 4LMVA 2CAIA 4OFNA 3KJYA 3HA9A 5GAND 4F9ZA 2VLUA 3M8NA 2YANA 3APQA 1TOFA 3D6IA 3KZQA 1ZYEA 2LV3A 3FW2A 4FYUA 3P7XA 3ZL5A 3BCIA 4ZBAA 4OO4A 4XS4B 3EE2A 1ERWA 1SKRB 4BL7A 1TU7A 4KA0A 4NHZA 4DVCA 3P2AA 4IQ1A 1AQXA 1GL8A 1B48A 1FVKA 2FUG2 3GSTA 5CAXA 1SL0B 2VIMA 7GSSA 2YP6A 1O7UA 1RQMA 2JZTA 4KH7A 1A2JA 3VWUA 5H5SA 4ZL9A 5G30A 1OC9A 2KP1A 2YZHA 3UEMA 4K8MA 2DMLA 3EURA 2FWFA 3E0UA 4I2UA 3F4RA 4PGTA 2HI7A 3O6TA 2DJ0A 4TOPA 3C73A 2IL3A 2C0DA 4TR0A 5CNWA 3MDKA 2YZUA 1MDIA 1TDIA 1XBSA 5G1LA 3UVTA 2AJQB 3GIXA 4EE0A 1TRUA 5D9VA 2X99A 2M80A 5KN0A 2GZYA 4DEJA 5DJMA 2C0GA 5D9XA 4KDXA 4EF0A 4I97A 3F3RA 4WBRD 3KMNA 1TU8A 5ECIB 1MD3A 1YDKA 3GX0A 2VLTA 4OD7A 5GSSA 3PR8A 4ECBA 4YH2A 2LQOA 1QFNA 2XPEA 5FWGA 1YQ1A 3DGQA 1ERUA 5IM9A 1B4QA 3IK7A 1TXXA 3NZNA 5A4VA 2VL2C 2AAWA 3GL5A 3VFIA 2WGRA 2JL4A 4PX1A 3IK9A 4AGSA 1V58A 1H75A 17GSA 5D73A 1WPIA 3MNGA 2PVOC 3ERGA 2GLRA 2YWOA 2LRCA 1TW9A 2BMXA 2TRXA 3W8JA 1KTEA 1H4OA 5DJLA 2AUVA 3BOAA 1PN9A 1YKAA 3IPZA 3TUEA 2C0EA 1PA3A 1EP8A 5EPFA 2GSSA 3BJ5A 4ZB8A 4HEA2 2GQLA 1WE0A 2NBSA 1XWCA 19GSA 1R4WA 4YAVA 3ZMKA 5CYYA 4DSRA 2IFQA 2HYXA 5IMCA 3LYPA 4MABA 3Q74A 4MZBA 1VF1A 3KP9A 1Q98A 1GLPA 2FY6A 1EEJA 3A5WA 1NW2A 1Y6EA 4G9HA 3H4KA 3O76A 3GUSA 5AIVA 2NPBA 1JZOA 3FZ4A 3GFKA 1U3IA 1Z6NA 4ECIA 3TRPA 4MZCA 4KDUA 2CT6A 3W8SA 2H71A 1B8XA 4MP4A 1UC7A 3EMPA 2OA7A 2L4CA 2ZNMA 1GLQA 2H72A 4L0WA 1PQNA 2VM1A 5AIXA 1KBNA 3TB2A 1ON4A 3KGKA 1A23A 4EVMA 5ABRA 3J7Yb 3IDVA 2HRFA 4GLTA 1R26A 1V98A 2LSTA 1MDJA 3A2XA 2WFCA 1YKCA 2EC4A 2EIRA 2O89A 1WJKA 4V2NA 1J0FA 2L4QA 2PU9C 4OFMA 3IOSA 1GUMA 4GWRA 4PQHA 4HOJA 1SU9A 5C04A 1HD2A 4L5OA 4HS1A 3L9UA 2DJ2A 4DSQA 1KEBA 2EIOA 2VM2A 2IMFA 3LORA 5AGYA 2H74A 1BG5A 2R5GA 1M2BA 2H30A 2GSQA 2HSHA 3F4TA 4IP1A 3W6GA 4PUFC 5CP1A 4PNGA 2PMTA 1QMVA 4MF7A 4IP6A 1XZOA 3VK9A 3F0IA 6GSUA 1BAYA 1X9WB 3A3TA 3QAGA 1Y25A 2J23A 2WCIA 4DSSA 2A2RA 5IO2A 1GSFA 4HJ2A 4MJEA 5FT3A 1VF4A 1O81A 3RAZA 1M9BA 4NWYA 2FA8A 3HZ4A 5CRGA 3LFLA 4RQRA 3UIWA 4N11A 5DAKA 4NV5A 2LUSA 2B1KA 4ZXGA 2XPDA 1G0TA 2IWTA 5DDLA 2YJ7A 1F9MA 2OBKA 2GDRA 4OWYA 4V2MA 2F9SA 5GSTA 2GZPA 4HQZA 4WR5A 5HFIA 1MTCA 1TJDA 1EGOA 5ECQB 3MAKA 1OYJA 1XWBA 3RPPA 1XW6A 3CMIA 1A2LA 2GSTA 1JZWA 1F3BA 1FB0A 3LQ7A 4ZBDA 2DSAA 1YZXA 2LQQA 4FO5A 4JBBA 4K9ZA 1M2AA 1S3DA 2H0GA 2H01A 3HXSA 3I69A 2O87A 4ECJA 1SENA 1Q4JA 3V1WA 1ERTA 4EUYA 5CRDA 4IBPA 5F0GA 3GMFA 3ZRDA 5DCHA 2DC5A 3EMXA 2JADA 2X64A 3HD5A 2HT9A 5IMAA 2J9HA 4ACSA 1X0RA 1K3YA 3D5JA 2VCQA 1TTZA 2XC2A 2K18A 1EWXA 2AV4A 2DIYA 3HCZA 2C3QA 4HU7A 1USBA 1XOAA 4EC0A 3LXZA 3KTBA 2FLSA 5DBQA 5CO3A 2JZSA 3E3EA 3FHKA 3PH9A 1PMTA 3I9V2 4G2EA 4TR3A 2P5QA 4HI7A 1YEXA 3ZREA 4GTUA 4IN0A 4MF6A 1EP7A 3GN3A 4EXJA 3CYNA 3TCOA 3I43A 5KN1A 2IMDA 2NVLA 2LJRA 3RHCA 4MZWA 3FY7A 1TRVA 1T7PB 3WT2A 1MEKA 1HQOA 4ZB6A 3VWVA 4K0NA 3GH9A 5D93A 1YY7A 3DRNA 1FVJA 2YWMA 2H6YA 4F0BA 3ZMLA 2M72A 5EVOA 1SK0A 3RDWA 1RK4A 2I1UA 1RW1A 5E4WA 2K8SA 2A2SA 3C1SA 4L8EA 2V32A 2IPAA 2IJYA 1JFUA 2H76A 5A4WA 2O7KA 3FRCA 2I4AA 4JU5A 1JLVA 3GTUB 2C80A 2HXKA 4EO3A 1PRXA 1WOUA 1ERVA 4RI7A 5B8AA 2YNXA 4YQVA 5ELGA 1OKDA 2PGTA 3FK8A 4KCAA 3TKPA 3KXOA 1MDKA 4TN8A 5IMFA 4JE1A 1M2DA 4MCUA 4KE3A 2NDOA 5JWOB 5ID2B 3TKRA 2ON5A 4J2FA 3FKFA 4HDEA 1X5CA 4Q5RA 3ZLPA 4BVXA 2I81A 4D73B 4N10A 2IN3A 3IC4A 4TR4A 3F4SA 4ULXA 1K3LA 3CTFA 2VO4A 4IW9A 1A0RP 3M1GA 3GRXA 3HJOA 3ZVJA 4XRDA 2F8FA 2AYTA 3FYGA 4O7HA 2RLIA 3ZTLA 1UVZA 4YAPA 3ZFBA 1XVQA 3N9JA 2EIQA 4MH3A 1IYIA 4MDCA 4TXOA 5AISA 2VCZA 1GULA 3FZ5A 1WP0A 2C3NA 4MPFA 6GSSA 3NIVA 4N30A 4PURA 1O8XA 3U6VA 1J9BA 1OE7A 5G1KA 2X8HA 3RHBA 2K6VA 3DYRA 1NSWA 4WBJA 4EL1A 4MJAA 1YF1A 5B6NA 1OVNA 2YV9A 1J08A 2H75A 4CW9A 1WMJA 2FCHA 3EC3A 1O8WA 3VI7A 3ZITA 3BD2A 3GURA 5ECOB 1FW1A 4JZQA 3AY8A 1WIKA 4Z7XA 5IMVA 4FYCA 1K3OA 1SK2A 4QQ7A 2MYGA 1VGLA 2YPMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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