1XFL | Genus

Total Genus 36

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	36
sequence length	114
structure length	114
Chain Sequence	MASEEGQVIACHTVETWNEQLQKANESKTLVVVDFTASWCGPCRFIAPFFADLAKKLPNVLFLKVDTDELKSVASDWAIQAMPTFMFLKEGKILDKVVGAKKDELQSTIAKHLA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__378669829120762__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__378669829120762__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1XFL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__378669829120762__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"378669829120762","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1XFL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__378669829120762__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc68ed759f1dea28745ac8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc68ed759f1dea28745ac8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc68ed759f1dea28745ac8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc68ed759f1dea28745ac8/pdb.gz): 119 ms

reading 114 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

114 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 17 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:113});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Electron transport
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Solution structure of thioredoxin h1 from Arabidopsis thaliana. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thioredoxin h1
total genus	36
structure length	114
sequence length	114
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-09-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1xflA00

1OE8A 1GRXA 1AXDA 4ZL8A 3D4TA 3KD0A 2FUG2 5DALB 3EU3A 5C04A 2GT6A 1NHYA 1YZXA 1PRXA 1K0BA 3EWLA 3HXSA 2YPMA 3MDKA 2L5LA 2C3NA 2J23A 2PU9C 1WP0A 3N5OA 4RI6A 2RUFA 2LRCA 1JZDA 2XPEA 4IJIA 3CSIA 2VLTA 5DALA 4IVFA 1X9MB 4XIHA 4KDYA 1QK8A 2G0FA 1Y25A 19GSA 2KHPA 2GQKA 3HJOA 2H6XA 4G10A 4O7HA 1BX9A 2JZSA 5JCGA 5ECSA 2IFQB 1XW6A 3L9SA 4MA9A 4JR6A 5KEJA 4BWSA 3HY2A 4MJEA 2IMKA 13GSA 5GSTA 3F4RA 4WBRD 4TR3A 1ZGNA 1O81A 1XVWA 4JRRA 1A2MA 2B5XA 3TRQA 3FY7A 3UAPA 1J0FA 4YQVA 18GSA 2H30A 1SJIA 5GZZB 1VRSD 2GSRA 3Q18A 20GSA 2PERA 1TRUA 1Y6EA 2GQMA 3F4TA 2I4AA 1XWAA 2QGVA 4J57E 2IMDA 2FCHA 1OYJA 2GT5A 1FVJA 4GSSA 1GUHA 2HZFA 3LFLA 4KW6A 2OBIA 1WWJA 1M0UA 1EWXA 5H5QA 3TKPA 3FR6A 1IYHA 2LRTA 2OADA 3U6VA 3I9V2 1PKZA 3CRTA 1OAZA 4IBPA 1GTBA 2PBJA 3GA4A 7GSSA 3IE3A 3ZRDA 1AIUA 5D96A 4V2NA 2C0FA 4I2UA 1YJ6A 1SKWB 1T8EB 2VIMA 5JWOB 1XPVA 2VL2A 3QR6A 4P3YB 4X43A 1DUGA 1TRVA 3R2QA 2ON7A 5DVBA 1AC1A 3LSZA 4D73B 4DSSB 1ACVA 3CXGA 2IJYA 1GLQA 1GTUA 1AW9A 1THXA 3CRUA 2LEGA 2FWGA 2K18A 3GMFA 5ID2B 2HI7A 3HD5A 4Z7XA 1SU9A 1K3OA 4EVMA 1TK8B 2JACA 2V1MA 3C1SA 1HD2A 4D73A 4DSSA 2OBKA 1M99A 1XWGA 1LU4A 2CA8A 1GTAA 2VCVA 2YZUA 5HR2A 3LORA 1Z7PA 3G9BA 4WEYA 5ID2A 3DD3A 1ZMAA 4JZQA 3ERWA 3FEUA 4FH8A 2XBIA 3ME7A 2ALBA 3RHBA 3A5WA 4CDOA 1EP7A 3PGTA 2K9FA 4K1FA 3E9JB 1NHOA 4EXJA 1WMJA 2PPTA 1GSQA 2H01A 3TKRA 4E8EA 5D9XA 3ZREA 4LMWA 1AQVA 2Z9SA 4HJ2A 4HI7A 3I43A 4MH2A 5IO2A 2MMNA 1SJ6A 2XHFA 5FHIA 5CRDA 3KEBA 2JU5A 2WRTA 4HU7A 2C0DA 4MP4A 3QD9A 3GX8A 2LJRA 3DXBA 2WJUA 5GAND 3TUEA 1QGVA 1UVZA 1GL8A 2B7KA 2LUSA 4V1Ap 5ABRA 1PA3A 4N30A 4MZCA 1KNGA 3RAZA 1TOFA 2PWJA 3FR9A 5IMVA 2N5AA 2R37A 3IK9A 2C3QA 4TXVA 3IAS2 4XHMA 2MZCA 5ECOB 1K0OA 5FT3A 1O85A 2C1YA 4NV5A 4GXZA 1GUKA 3KH9A 1A24A 1ON4A 5CNWA 1FW1A 2R6KA 5B8AA 4NAXA 1NW2A 5IOWA 1K0DA 4WF4A 4MCUA 1LBKA 2NVLA 6GSUA 2C4JA 2YWNA 4FYCA 2TIRA 4EL1A 2NDOA 4K7IA 5B6MA 5IMCA 4MZWA 1A8LA 2DBCA 3LYPA 1I9DA 4WXTA 5IPHA 1R5PA 4JEDA 2DJ0A 2HFDA 2L4CA 3S9FA 5LNKe 3D21A 2YJHA 3VPTA 1GWCA 3KZQA 5D73A 3GYKA 3MNGA 3UIWA 12GSA 3F3QA 5HFGA 4KCAA 3DGQA 4XRAA 2D2ZA 3GKNA 2H75A 1BG5A 3GUSA 3TOTA 2DJ3A 4IQAA 5ECIB 2H70A 4OFTA 4AGSA 4IN0A 2L57A 2RUEA 4FO5A 2VL3A 2WGRA 2K8SA 2CZ3A 1EOHA 1TI1A 2CT6A 3KMOA 2L6CA 2C0GA 2FY6A 2RM6A 1V2AA 2FWHA 4OO4A 9GSSA 2E2GA 2VL2C 4HJMA 4X1UA 3CSJA 5H5SA 4GTUA 3VWUA 2HE3A 2VOCA 1IYIA 2YANA 2L6DA 4MF7A 4PQ1A 2GTUA 2YWOA 4V1Ag 4EUYA 3GFKA 5D93A 1F3BA 1THOA 2VM1A 2EIQA 1XWCA 1Z6MA 4IP1A 1W89A 5GSSA 3F4SA 4MF6A 5IM9A 4G2EA 2EIRA 3F9UA 1SL1B 1JZRA 3ERGA 2AJQB 1X9SB 2FA4A 4TN8A 2F51A 3GH9A 1WE0A 3TGZA 5JCUA 1VF3A 8GSSA 2GGTA 4KB3A 1OC9B 5ECMB 2H71A 5CO3A 2KUCA 1XFLA 2B5YA 5AIXA 4ML6A 1S3DA 3GL3A 4G9HA 3DVWA 3A2XA 3TKSA 6GSVA 1F9MA 4PQHA 3M0FA 2VL9A 3IR4A 2DJKA 4QL9A 1JHBA 1EGRA 3TKSE 2OE0A 3U5RE 4EDYA 1ERVA 5C00A 4IELA 2LTKA 2YNXA 3TDGA 3QFBC 1GNEA 5DCHA 3FR3A 4BL7A 4HZ2A 1TKDB 4OMVA 1YKCA 4WKWA 5CAXA 2CZ2A 3PINA 4H86A 1ZZYA 2VCTA 3E3EA 3WT2A 3ED3A 3D22A 4G19A 3H93A 1N8JA 3GH6A 2BMXA 1SKSB 3UBKA 2XPDA 1MDIA 2JZTA 1WIKA 3L4NA 4K7OA 1KBNA 4KX4A 4RQXA 5F0GA 2H72A 1PX7A 1GTIA 4YH2A 5B7CA 5ECQB 5D9TA 1RW1A 2B5EA 4N0VA 5J3RA 1GSSA 5B8BA 1GNWA 2C8UA 1X0RA 1TTZA 1PKWA 5INYA 3KXOA 5G1KA 3TKQA 1DBYA 2FLSA 3UVHA 2B6MA 4OCEA 5LD0A 3C1RA 5DCGA 3GX0A 3A2WA 3IAM2 2F9SA 3IHQA 5COHA 1K3YA 1SD9A 1BEDA 2CX4A 4NHWA 3CSHA 3E0UA 1KTEA 5CRHA 1SJZA 2OJLA 1ERTA 4PUFC 4ZB9A 5F05A 3BCIA 4GCIA 3IPZA 4TXOB 5DAKB 3H1NA 1EP8A 1XVQA 5HFKA 5IIZA 4K2DA 2MBTA 3GURA 2NBSA 3M9JA 1YF0A 5IO0A 1TU8A 4ZBAA 3GTUB 3HJPA 5ELGA 1SKRB 1K0MA 4I6XA 2RIIA 1WPIA 3ZITA 2O8VB 4TXOA 5DAKA 1TK0B 2N5FA 4ULXA 1G7OA 3RBTA 1MDJA 2LV3A 4HOJA 2H73A 3UL3A 3OR5A 4CHSA 3ZLPA 1JLWA 1ZL9A 1GSYA 3BOAA 3GTUA 4ID0A 2GZYA 5LCZA 2TRXA 2VCQA 3KMNA 2QC7A 2CV4A 4O32A 1U3AA 2AV4A 1PSQA 2GLRA 5AISA 2MMAA 3VWWA 4ECCA 1V9WA 4WF5A 3ZIJA 4XS6A 5KN0A 5IMZA 4POKA 1U87A 2M72A 4KNDA 1GSUA 3EINA 3HKRA 3QAGA 1M7TA 3DEXA 1B9XC 4ACSA 1LJRA 2A2SA 2PN8A 2OKAA 4KUNA 2YV9A 2ZCTA 3FZAA 2H1DA 3ZVJD 3LGCA 5FWGA 4KSOA 3LEFA 2F8AA 2HNLA 3AY8A 4HQZA 2R5GA 1W4VA 2ES7A 2VD1A 2R4VA 5IPGA 5KN2A 3A3TA 2WB9A 4XRDA 3HVSA 3Q74A 5D9VA 2VLUA 3MWHA 2P31A 1GLPA 1DE2A 2JL4A 3D0ZA 1SYRA 3IA1A 3PR8A 4OCFA 2AUVA 3ZVJA 1NM3A 4L5OA 1ABAA 1SENA 1TK5B 3N9JA 4EF0A 4BPYA 2PGTA 2RM5A 3TKSC 2YCDA 4K9ZA 3C73A 4HZ4A 2FWEA 2NPBA 2L4QA 1UN2A 1XWKA 4JU5A 3M9KA 2DJ2A 2N5BA 1TJDA 2H6YA 2PVQA 3EE2A 2DSAA 1BJXA 1T4YA 5L71A 2RLIA 1A2LA 1E2YA 3BCKA 4Q5QA 2FNOA 1T3BA 4NPBA 4AJ8A 4TR0A 3EU4A 5E4WA 4EKZA 4YQUA 2HSHA 10GSA 1WJKA 3FZ9A 3WGDA 2CVKA 4TRXA 1QXHA 3UJ1A 2VO4A 3KH7A 4ZILA 3US3A 1RK4A 22GSA 2H76A 2R2JA 6GSWA 1ZYEA 3G7JA 6GSYA 4HQSA 5JCWA 1O8WA 2ZUPA 4IKHA 3UVTA 5HR1A 4I8BA 4AJ7A 4MABA 4KDXA 1Q4JA 3SWLA 3SBCA 3KGKA 1G6WA 2WULA 3JCML 1FHEA 5J9BA 2DIZA 5KN1A 3IK7A 1U6TA 2GZZA 1EZKA 2XC2A 4JE1A 3VWVA 1C72A 1AQWA 5ECKB 1VF2A 3NZNA 5CRWA 2H6ZA 2OACA 4TOPA 2IMFA 3GKMA 2H8LA 3DIEA 5G31A 1O6JA 2YN1A 2L59A 3CBUA 3K8NA 3WT1A 4MPFA 4TR1B 5AGYA 3VFIA 4F03A 1ST9A 1A23A 2B3SA 3C8EA 2GSSA 1PL1A 2LJKA 1Z3EA 4N11A 4KA0A 4RUVA 1AUCA 4IJ3A 4PNFA 2DIYA 2YWIA 4O5RA 2DC5A 5D8IA 4ECJA 3TRXA 5ECNB 2CAIA 3LYKA 4TR1A 2F8FA 1A0FA 4JR4A 1QFNA 4IQ1A 1XW5A 4ZB6A 3ZMLA 1VF4A 1V98A 4DVCA 1OC3A 4HUAA 1E6BA 1XZOA 3F8UA 3BD2A 3GSTA 3ZMKA 4BVXA 3FYGA 4NHZA 3DRNA 1GSDA 4HEA2 2IL3A 1M2AA 4GSNA 3VI5A 5B6NA 4KCEA 2I9HA 2LSTA 3HZ4A 4EO3A 1V58A 3G7YA 2P0GA 4ZL7A 4L0WA 2I81A 1O73A 4TKYA 1AQXA 2JADA 3C71A 1R5AA 1SYXA 2GSQA 2VCWA 6GSSA 5KN3A 2LJAA 2CQ9A 4N0ZA 3APOA 3QAWA 2H1GA 1VGLA 3FRCA 4ZBBA 3ZFLA 2H1BA 1A2JA 5JWQB 1HNCA 5DJLA 4ZL9A 4AJ6A 1K0NA 11GSA 2DJ1A 4WR4A 1MEKA 1G7EA 4V2LA 2O89A 2FA8A 4EC0A 1V57A 4OFNA 4QL7A 4F0CA 3I6AA 3GSSA 3VK9A 4HU9A 4K0NA 3FHKA 5J4UA 5ENUA 3UARA 3VURA 4K7NA 1SK0A 2H0HA 2IIYA 3EMPA 3GV1A 1DSBA 4AF2A 4F82A 2HRFA 4DSRA 4GQFA 3V1WA 2AHEA 1TRSA 2GQLA 1F37A 3O76A 4FYUA 2HSYA 1NSWA 4KH7A 2KP2A 3UMAA 3HDCA 4WBJA 1QUWA 2CAQA 4ZBDA 4GRFA 1O7UA 3IC4A 1OKDA 4DEJA 1B8XA 4MH3A 1B9YC 1YEPA 1EV9A 3VLNA 4ZIJA 2LQOA 4FYBA 1B4PA 1PD21 2H74A 1MD3A 1OC8A 1URMA 5A4VA 1U88A 3CMIA 3HA9A 4POBA 3W8JA 2MYGA 2O87A 2XBQA 4PNGA 1YEXA 2LRNA 3KCMA 5ECRB 4GQCA 3D6IA 5IMAA 5AN1A 4IGJA 4ZB8A 2FD3A 3KJYA 1QMVA 2AB6A 2GZPA 1Z6NA 3W8SA 1M2DA 2LS5A 3F6DA 4Q5FA 5G5EA 1Z7RA 1G0TA 2B1KA 2IN3A 2WZ9A 3G7IA 1GSFA 3EVIA 3L9VA 1R4WA 5EPFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LJR A;  2V2G A;  1MD4 A;  2JZR A;  3QPM A;  2I3Y A;  3H8Q A;  3WD6 A;  4MZB A;  1VF1 A;  5F07 A;  3M8N A;  5G2Z A;  4F0B A;  2C3T A;  3A2V A;  4LA1 A;  3APQ A;  4PXO A;  2OE3 A;  4MJA A;  4L8E A;  1XCC A;  3UEM A;  4MDC A;  5EVO A;  1TRW A;  2PUK C;  1HNA A;  1R7H A;  3LQ7 A;  3KTL A;  4POL A;  3NOF A;  1FOV A;  1XXU A;  1GUL A;  3P7X A;  2B7J A;  3CTG A;  1HYU A;  1YQ1 A;  3EMX A;  1HNB A;  2KLX A;  2VM2 A;  3GHA A;  1RQM A;  4RI7 A;  3HJM A;  4TVE A;  4E8H A;  1XBS A;  1X9W B;  1PN9 A;  5ECL B;  3QMX A;  2HLS A;  5J9C A;  1GSE A;  4FQU A;  4KE3 A;  4ISD A;  3HHV A;  1OC9 A;  4MF5 A;  4G0K A;  5CRG A;  2X8G A;  2X8C A;  2B1L A;  3GKX A;  4IS0 A;  3TJK A;  4OO5 A;  1GUM A;  3TOU A;  2X99 A;  4KGI A;  4F2I A;  3J7Y b;  3DYR A;  3RPP A;  2GVP A;  3HCZ A;  5D9W A;  4YAV A;  3GL5 A;  2H0G A;  5ELA A;  4Q5N A;  2DML A;  1TDI A;  4IHU A;  4ECB A;  1UC7 A;  3P2A A;  5CRE A;  1SL0 B;  2MMZ A;  1X5D A;  4RQR A;  4PUA A;  2ON5 A;  1ERW A;  4NWY A;  4X4J A;  3EC3 A;  1Z5Y E;  2K6V A;  5F06 A;  1H4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1XFLA

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Chain Sequence

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