1Y25A

Structure of mycobacterial thiol peroxidase tpx
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HSQITLRGNAINTVGELPAVGSPAPAFTLTGGDLGVISSDQFRGKSVLLNIFPSVDTPVSATSVRTFDERAAASGATVLCVSKDLPFAQKRFCGAEGTENVMPASAFRDSFGEDYGVTIADGPMAGLLARAIVVIGADGNVAYTELVPEIAQEPNYEAALAALGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the inactive variant C60S of Mycobacterium tuberculosis thiol peroxidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable thiol peroxidase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 54
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1y25A00
2MZCA 2WDUA 2R4VA 4NMUA 1K0OA 2M46A 3LG6A 3QPMA 5B6MA 4Z7XA 1OYJA 4DVCA 4ACSA 3HJOA 4TR0A 2E2GA 1A24A 2ZCTA 4OFMA 2IMDA 3GKMA 3RPNA 4ZB8A 1XW9A 5IMAA 4OCFA 2C1YA 3EMPA 1GWCA 5F8BA 3ZITA 4BWSA 4ZIJA 2NBSA 4KCAA 2VM1A 1V40A 4BVXA 4TOPA 1VF2A 2ALBA 1GL8A 1NHOA 2DIZA 2HXKA 3DVXA 3EMXA 6GSSA 1XXUA 2X8GA 1EEMA 2FA8A 3C8EA 1WE0A 1GSEA 3A2WA 2VAFA 2YANA 1ST9A 1T7PB 5DALA 3UBLA 4OMVA 4DEJA 4PGTA 1R5PA 3QFBC 4NWYA 4POMA 1J0FA 1X5EA 3EC3A 4I8BA 4JR6A 4NV5A 2A2RA 3IE3A 1B4QA 4H86A 3C1RA 3PINA 5ELAA 1ON4A 4O32A 1F9MA 4GTUA 1MEKA 3GSTA 2KP2A 1HNAA 3HZ4A 3UVHA 4KX4A 2DJ3A 4PXOA 2YWIA 3U6VA 1JHBA 4JRRA 4IS0A 3GTUA 1S3CA 5ECSA 3EVIA 2HFDA 3APSA 3Q19A 5G5EA 1K0MA 3LWAA 4N0ZA 5JWRB 4N30A 2ON5A 4D73A 2C3TA 2LKUA 2OKAA 2LQOA 1YF1A 1THXA 2PMTA 2B6MA 2N5AA 2FA4A 1HNBA 1MD4A 5JWQB 1Z9HA 4TR1B 2HSYA 5CO3A 1FVJA 1I9DA 4L8EA 2B1LA 5D9VA 3TRQA 2H66A 3O3TA 3HD5A 4JU5A 1O8WA 2DLXA 2I9HA 4XHMA 3ZFLA 4MDCA 2AHEA 5JCUA 1AIUA 4P3YB 2OBIA 3O76A 1A23A 2VO4A 5G31A 3H8QA 3KP8A 1B9XC 1KNGA 3KXOA 2HLSA 3HYPA 1GSFA 5JWOB 5D8IA 1PGTA 1ILOA 1X9MB 3RPPA 3VLNA 3CSIA 1QK8A 4NAXA 1QXHA 5ECKB 3GX8A 2JU5A 3Q18A 5IMDA 3TKPA 1JLWA 10GSA 2H1AA 1TKDB 3LJRA 5EVOA 1M0UA 5LNKe 2VIMA 5CAXA 1XVWA 2GT5A 4EDZA 2IIYA 2XPDA 4AJ7A 4ZB9A 4N0VA 5GZZB 3CTFA 3WYWA 2JZSA 2GTUA 2O85A 3VFIA 1XFLA 2PBJA 1BAYA 1CQGA 1G7OA 2FUG2 4K7OA 2VCZA 3IAS2 1XZOA 2HZEB 1F3AA 2LV3A 3FYGA 4BVYA 2PPTA 2TRXA 1A8YA 1C72A 1XIYA 2O87A 2ZNMA 2CZ3A 2DJ2A 3F4TA 1AQXA 4XRDA 3LYPA 3UMAA 2F9SA 5B8AA 1X5DA 1AQWA 2A4VA 4GCIA 5GSSA 4ZB6A 4IN0A 3DWVA 1TI3A 3C73A 1O6JA 3D21A 4PNFA 3TRXA 3LEFA 3KEBA 2LEGA 1Z5YE 1AAZA 4AJ8A 3F6DA 3DMLA 3UAPA 5D73A 5DJLA 2LS5A 2KHPA 2H74A 1ZYQB 3APOA 1ABAA 3KM6A 4KSOA 5CP1A 4EL1A 4ECBA 4CHSA 4EO3A 5EL8A 5IM9A 4V1Ap 4F2IA 3QOUA 1MDIA 1SYRA 1M9AA 1B8XA 2F51A 1XOBA 5J3RA 1YEXA 1O8XA 1E2YA 2R37A 1K3LA 1U3AA 2VCVA 1UN2A 1A2MA 3H4KA 4OCEA 4LMVA 2L6CA 1WP0A 4WETA 5LCZA 3WGXA 5DBQA 2DC5A 5HR1A 3F0IA 3EINA 5G2ZA 1MD3A 6GSVA 2LSTA 1XOAA 4MK3A 1ZL9A 5CRWA 1EV9A 3KTBA 1V57A 4MH3A 2H30A 3L4NA 3MSZA 4TXVA 2X8CA 2GLRA 1F37A 3U5RE 2LQQA 3P2AA 4WKWA 1WJKA 4TRXA 2RM5A 2CZ2A 3FZAA 4GRFA 3CSJA 2AJQB 3GTUB 2IMKA 3VWXA 1RK4A 2NPBA 2XBIA 3LGCA 5C04A 1IYHA 3FR6A 2MMOA 2PERA 5HFIA 4MMMA 1M2AA 4L0WA 3FR9A 2WULA 2L4QA 3GA4A 1TRUA 2MMAA 2H0GA 4Q5QA 2N5BA 1QQ2A 3BCKA 4HI7A 3ZL5A 5HR2A 3ZRDA 4XS4A 4RQRA 1TU7A 3K8NA 1H75A 4EE0A 1FB6A 2OE1A 1DSBA 4MF6A 4I2UA 4QL7A 3TKQA 1M9BA 1TXXA 3CXGA 3VK9A 5IMCA 2DBCA 3PH9A 5JCGA 4YQUA 3GRXA 2C80A 2DSAA 3QCPA 1Z7RA 2R3XA 4G19A 1X0RA 1VF1A 1ZGNA 1PKZA 2YN1A 2H72A 3F63A 4G9HA 3HKRA 2WS2A 4F03A 3IHQA 3M9KA 1W4VA 1R5AA 4GSTA 2LUSA 4HUAA 3QDNA 2A2SA 1Z3EA 2JSYA 1SD8A 3WT2A 2H0IA 3GH9A 5EY6A 3UOMA 2RIIA 3MDKA 1UVZA 1WIKA 2AUVA 1PRXA 4IKHA 3FKFA 2C8UA 1FVKA 5ECIB 3LYKA 3KGKA 1GTIA 1OC8A 1K0BA 2DIYA 2CAQA 4X1UA 5IPHA 2BMXA 2CX3A 2XBQA 1VRSD 5ID2A 2WZ9A 3DKSA 3UIWA 4MJEA 3TOUA 20GSA 2YJHA 4GSSA 4KDYA 1BJXA 3VPTA 3TKRA 3VWVA 1OE7A 1TI1A 2H6YA 2P0GA 4NPBA 5J9CA 5G30A 2OACA 4OFNA 3VPQA 3TJJA 1URMA 2YV7A 2B7KA 1OC3A 3KIJA 2V6OA 4HQZA 1T1VA 4ILFA 3UARA 4WF5A 5B8BA 2FWHA 5D9WA 3NIVA 5AISA 2DMLA 2Z9SA 1SENA 4ISDA 3VWWA 2X8HA 1OC9A 2D2ZA 5J41A 3WD6A 4J2FA 1KBNA 4HOJA 5A4WA 1SD9A 4QL9A 2FY6A 3HA9A 3HVVA 18GSA 4MZWA 4GXZA 4GWRA 5ECRB 1ZZYA 5ECPB 4K8MA 4IW9A 1N2AA 2B3SA 3P7XA 3TKSA 1CQHA 4XS1A 3HHVA 3US3A 4K0NA 5A5KA 1SU9A 2JADA 5HR0A 4K7IA 1PSQA 1OKTA 4IBPA 3ERWA 2IMFA 1AXDA 1GTAA 3IV4A 1BX9A 2XC2A 3G7IA 3BCIA 2C0EA 2PGTA 5ECLB 3VWUA 3GH6A 5F0GA 1HYUA 2LNTA 2HSHA 3F9UA 2YJ7A 4G2EA 4DSRA 4K2DA 1LJRA 1Z7PA 2MBSA 3SWLA 3C71A 1MDJA 1TTZA 4POKA 3IRAA 4MZCA 3J7Yk 3M0FA 4MZBA 4EXJA 4ZBDA 5AGYA 2ES7A 2WCIA 4JR4A 4KA0A 4ZL8A 1U88A 4V1Ag 2DJ0A 4MPGA 1SKRB 3Q6OA 3DRNA 1XWBA 2GQLA 5DCHA 4RQXA 1TJDA 2IPAA 6GSYA 1EEJA 2LRNA 2H71A 3IR4A 2V1MA 4WBJA 3UJ1A 2P5QA 3WT1A 3GKNA 4PNGA 4MF5A 3L9UA 1NW2A 2B5YA 5H5SA 2H0HA 2HI7A 2FHEA 5D96A 1JZDA 1AQVA 1PKWA 3F8UA 1BQ7A 2O8VB 3EE2A 1RQMA 2GSTA 1QGVA 1G7EA 4XS4B 1YKCA 3W8SA 3ZYWA 2FCHA 1O85A 2JSZA 1YDKA 4XCSA 2EIQA 2CAIA 4Q5RA 1HNCA 2VL3A 2C3NA 3QMXA 1FAAA 1ERWA 2REMA 3TKSC 2PVOC 6GSXA 1FG4A 2YZUA 4FYUA 4HU9A 1OE8A 1WOUA 3P8WA 2L5LA 1YY7A 5AIVA 4ULXA 1ACVA 4PQ1A 1SL1B 1E6BA 3H79A 1PN9A 1USBA 2NDOA 2J9HA 4CDOA 2YCDA 3GMFA 1GLPA 1SL0B 4HS1A 3WGDA 3KZQA 2OJLA 1B9YC 2VL2A 3E0UA 4XTSA 3ZTLA 4FYBA 1FO5A 4K1FA 1SJZA 4V2NA 1XPVA 4HZ4A 3ZMKA 2FWFA 1BEDA 2FNOA 1TOFA 2H6XA 2OADA 3KCMA 5CRGA 4GQFA 2IJYA 4OFTA 6GSUA 1PX7A 3ZVJD 5J9BA 1Y25A 3VI7A 1PD21 5ID2B 2VM2A 4JEDA 5GAND 1EP7A 2KLXA 4NHZA 4YH2A 1FHEA 4PUFC 4EUYA 2K18A 5CRHA 2H01A 4IGJA 3QAVA 3FY7A 3E3EA 4K0GA 1M2BA 1V2AA 3KH7A 4ECIA 1G0TA 2HNLA 1XWCA 4K7NA 5E59A 1U6TA 4BL7A 2H75A 2EIRA 3M9JA 3ZIJA 1V9WA 5FT3A 3GIXA 4NHWA 1GSSA 4KUNA 4WR5A 2MYGA 2GS3A 4KNDA 2C0GA 3CRTA 1OC9B 4OWYA 2K8SA 3SBCA 4MF7A 3HZ8A 1GNWA 4N10A 3RHCA 3I69A 5IMVA 2LJAA 3LQ7A 1YJ6A 2NTOA 2DJJA 3Q74A 5INYA 1GTBA 2WRTA 4MJBA 4I6XA 4OD7A 2BTOT 3APQA 4EVMA 2K6VA 2F8AA 3FZ9A 4I2TA 1FB0A 4F9ZA 4ECCA 4KAEA 4WXTA 3TUEA 5C00A 2R5GA 1XWKA 2J23A 3CRUA 5F06A 2B7JA 3LXTA 4PX1A 3J7Yb 1KTEA 3PR8A 3TKSE 4JZQA 2MMZA 1KEBA 4TXOA 2VCTA 2VL2C 5ECMB 1TRVA 2I3YA 5IOXA 2OA7A 1YKAA 2C0FA 2L57A 3I6AA 3CBUA 5DDLA 1XWGA 1EGRA 4EDYA 3RDWA 1XW5A 2GT6A 2IL3A 5L71A 4L5OA 2YNXA 1B48A 1HD2A 1ZYEA 2MBTA 2YPMA 16GSA 3UVTA 3KP9A 4RI7A 1PX6A 1R7HA 4FIWA 3F4SA 1VGLA 1WPIA 4TKYA 2PN8A 1R26A 1JZWA 2VOCA 2AAWA 3DYRA 1Y6EA 5KN1A 3JCML 3ERGA 1T3BA 3M1GA 1A8LA 2GZYA 5JCWA 2H6ZA 4KSMA 2KOKA 5DCGA 3DEXA 3UBKA 3FHKA 4HJ2A 2G0FA 5HFGA 4O5RA 1X9WB 2YV9A 5H5QA 3BJ5A 2I4AA 2PWJA 4CW9A 1U3IA 3PGTA 4IJIA 3D0ZA 3UEMA 1A2JA 2P31A 1GNEA 3EWLA 9GSSA 2CQ9A 3KH9A 2X64A 5IMZA 2H73A 2CV4A 4DSSA 1PL2A 7GSSA 5F05A 2LJKA 5AIXA 5IO0A 1I5GA 2XHFA 3G9BA 1K0AA 3M8NA 5IPGA 3IAM2 3HDCA 1K3YA 1M99A 3CMIA 1GUKA 4YAVA 2N5FA 3IC4A 1GH2A 5ECNB 3DGQA 3ED3A 4N11A 4AGSA 1XW6A 2F3MA 4G10A 1SK2A 3GHAA 4PUAA 1K0NA 5IO2A 4HDEA 2HRNA 2IMIA 1U87A 2DJ1A 1ZOFA 1GULA 2K8VA 2L59A 2RUEA 4L0UA 3VURA 3S9FA 2GZPA 3I9V2 5A4VA 3HVXA 1AC1A 4FYCA 1TK8B 3W6GA 1R4WA 1GP1A 1XVQA 4J56E 1TU8A 2QC7A 4POBA 4E8HA 2VD0A 1FW1A 2MMNA 2HZFA 2RUFA 1WRYA 2LRTA 5KN3A 4ID0A 5DQYA 2VCXA 3I43A 2AB6A 3ERFA 4JBBA 1ML6A 2RLIA 2B5XA 4V2MA 1GUHA 2AYTA 1PQNA 1YQ1A 4HZ2A 5DQSA 2ON7A 1PL1A 3AY8A 1F2EA 4K6XA 2DMMA 2VCQA 5D93A 1V58A 3GFKA 1GUMA 12GSA 2QGVA 3MNGA 4TR3A 2KUCA 4TN8A 4LL4B 4HJMA 3DD3A 3HJPA 2LNSA 3IPZA 2HYXA 1F3BA 4NV2A 3GL5A 3TB2A 3C7MA 1K3OA 2C0DA 3ME8A 4EF0A 1HQOA 4BPYA 1DE1A 4WBRD 3A2XA 2JZRA 5B7CA 4TVEA 3ZMLA 1PMTA 3FZ4A 2GSRA 1O7UA 4TW5A 2CA8A 1F6MC 1W89A 2H1GA 1OVNA 3HVSA 1JZOA 3ZFBA 2AV4A 1EZKA 22GSA 2E7PA 5DVBA 2VL9A 14GSA 4DSQA 1SYXA 2B5EA 1ERVA 3F4RA 1XCCA 2O89A 4BWQA 2M80A 3A3TA 2LRCA 4PURA 4ECJA 13GSA 5D9TA 1G6WA 4KH7A 5HR3A 3VI5A 2OBKA 3NZNA 4YQVA 1TP9A 2WGRA 4NXIA 5ECOB 1T8EB 3QR6A 1OAZA 3GV1A 4MP4A 3M3MA 1SL2B 2OE3A 3GNJA 1S3AA 1ZMAA 3EU3A 4KW6A 5GAPD 3KJYA 4MH2A 1AW9A 5GSTA 4KDUA 1YF0A 1VF4A 1AUCA 1BYEA 3F3QA 4MLYA 3TJKA 1MDKA 3D4TA 1WWJA 2PUKC 2CVDA 5H5RA 4IHUA 4IELA 4AJ6A 1UC7A 2CVBA 1B4PA 5J4UA 3GUSA 4HEA2 3TDGA 2FWGA 4IJ3A 4J57E 4F0CA 1M7TA 2V2GA 2BJXA 4TXOB 1JLVA 2EC4A 1QUWA 5CREA 2C3QA 3G7YA 2TIRA 5LD0A 3EU4A 3H1NA 2YP6A 1G6YA 2C4JA 2I81A 4LL1B 1OKDA 1Q98A 3GL3A 2H76A 3BBYA 4HU7A 4WF4A 1SK0A 1K0DA 3TOTA 2YWNA 1EOHA 4O92A 2FWEA 1ERTA 19GSA 2B1KA 3DIEA 3F6FA 3EURA 1M2DA 1GSYA 2GQKA 2VLTA 5COHA 2IN3A 2PVQA 3ZVJA 5ENUA 3LORA 1NSWA 2GVPA 1A0RP 1A2LA 1Q4JA 3QD9A 3GKXA 1O81A 5DAKA 2LTKA 2YOIA 1DUGA 4MCUA 1TK0B 3ZLPA 4GSNA 2ZUPA 1YZXA 4I97A 8GSSA 1RW1A 3GYKA 3ZIVA 3QAGA 1EGOA 2G2QA 5EPFA 1LBKA 4IVFA 4V2LA 3L9VA 5ECHB 4YQMA 3L78A 4DSSB 1GSUA 2V41A 2HT9A 2KP1A 1NM3A 2HE3A 2V6KA 4LMWA 1TRWA 3LXZA 1TW9A 1X5CA 3GURA 2F8FA 4KGIA 3ZZXA 5F07A 3CYNA 3D4MA 3D22A 2QSIA 2YWOA 2IFQB 2XPEA 4GF0A 2O7KA 3KD0A 3UL3A 1GSQA 2GQMA 2GSQA 4GQCA 5AN1A 3HJMA 5KEJA 2CVKA 1JZRA 1N8JA 1ZCPA 2H1BA 5CNWA 2P5RA 2OE0A 3IK7A 3IXRA 3GX0A 4I5QA 3D5JA 17GSA 2JACA 3NOFA 5A4UA 1S3DA 4BA7A 2WJUA 1BG5A 4RI6A 3GN3A 4ML6A 4Q5FA 1A0FA 2R2JA 4K9ZA 2H1DA 3IK9A 3A5WA 3BOAA 4ZXGA 5HFKA 3N9JA 3G7JA 3KTLA 3CTGA 1T4YA 2LJRA 4GLTA 2WFCA 4L5LA 2VCWA 2IWTA 1QMVA 1Z6MA 3FEUA 2R6KA 3TCOA 2YWMA 1DE2A 1IYIA 3CSHA 5DJMA 4HQSA 4KCEA 4QQ7A 4E8EA 4TR4A 2WB9A 1GLQA 3MWHA 3LFLA 4F82A 4TR1A 1H4OA 1O73A 5DALB 3EYTA 2IMEA 1TRSA 3QFAC 1J9BA 4LA1A 2X99A 5E4WA 3E9JB 4PQHA 4XIHA 3MAKA 4LLRA 1FOVA 5IIZA 3O6TA 4AF2A 1VF3A 2GDRA 3FK8A 1SK1A 4IQ1A 2YZHA 1DBYA 3TRPA 3D6IA 4IP6A 11GSA 1LU4A 1T4ZA 2E2MA 1GTUA 3C1SA 2VD1A 3FW2A 3KMNA 4MPFA 3GSSA 1Z6NA 4D73B 5B6NA 3TJGA 3L9SA 1XWAA 2CX4A 2FD3A 4WEYA 3HCZA 3KMOA 3TJBA 3F3RA 3TJFA 5ABRA 2L4CA 4O7HA 1WMJA 2JZTA 3WGEA 1GSDA 3IDVA 1ERUA 6GSTA 4ZILA 4IP1A 1JFUA 2I1UA 3FRCA 4WR4A 4XS6A 3V1WA 4FH8A 5G1KA 5IQYA 3OR5A 4OO4A 4Q5NA 1T00A 1NHYA 2L6DA 1THOA 4OO5A 3DVWA 1QFNA 5D9XA 2V32A 1EP8A 3P90A 2HRFA 3GKKA 3FR3A 3IBHA 4JE1A 2CT6A 3LSZA 3BD2A 1SKSB 4POLA 1EWXA 4PQIA 2E0QA 2TRCP 5CYYA 3FZ5A 3RHBA 2H70A 2NVLA 4EKZA 2VLVA 1PA3A 4MA9A 5J5NA 1EV4A 1X9SB 3TGZA 4X0XA 3DXBA 1V98A 2DJKA 1YEPA 3L0HA 2EIOA 2RM6A 3ISOA 4X43A 2HZEA 5G1LA 3IOSA 1SJ6A 4MABA 4KDXA 2QKEA 1SJIA 2GGTA 4IQAA 4KE3A 3H93A 2M72A 5ELGA 3A2VA 2JL4A 1XBSA 4XRAA 4ZBAA 1EOGA 1J08A 4KB3A 3ZREA 1TK5B 2VUPA 5CRDA 1SKWB 2PU9C 4MJCA 4RUVA 1MTCA 2L5OA 5FWGA 3HY2A 5IMFA 5KN0A 4YAPA 3N5OA 5DAKB 2IFQA 3IA1A 2VLUA 4FO5A 2H19A 6GSWA 2GSSA 4MJAA 1UA5A 4F0BA 3HXSA 5FHIA 3RAZA 5HQPA 2FLSA 3QAWA 2H8LA 5ECQB 5IOWA 5KN2A 4ZL7A 4ZL9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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