1YF1A

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFVHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
total genus 51
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yf1A00
4XCSA 4GLTA 1O73A 3FW2A 1AAZA 1R5AA 3CSJA 2AHEA 2I9HA 4BA7A 1YKAA 5HR2A 2PU9C 5ECPB 4YAVA 4OCEA 3C1RA 1Q4JA 3DIEA 20GSA 1V57A 3IK7A 2H0IA 1V2AA 4Q5NA 1LBKA 2VUPA 2H71A 3G7IA 1GLQA 3UL3A 4YQVA 5D93A 5ECMB 2PWJA 4POBA 4BWSA 3IAS2 3GMFA 1AC1A 3MWHA 3EMPA 1XW5A 6GSUA 2YV7A 1XBSA 3VLNA 4N10A 5AN1A 2C0GA 1DBYA 1U88A 2H66A 2C3NA 4DEJA 4ZBDA 2FD3A 3M8NA 3UIWA 3H8QA 7GSSA 1TU7A 3VPQA 3EU4A 3D22A 3G9BA 5IO0A 3TRQA 2IL3A 2F8FA 4EKZA 1U87A 3BCKA 4MJCA 3IPZA 1A0RP 2H6YA 4GQCA 1MD3A 1AQVA 1ZOFA 1B9XC 2IMIA 3FK8A 1JZRA 4KDYA 1DSBA 1O6JA 2LNTA 1VF3A 2E2GA 3TJFA 2GZPA 4WBRD 1JHBA 4TW5A 4WR4A 4HI7A 5F05A 3L9SA 3GX0A 2B3SA 3F6DA 4WKWA 2DIYA 5CRHA 5DQSA 1OAZA 1THOA 2OACA 1K3LA 3N5OA 4PUFC 5HR1A 5ELAA 3NIVA 1TRUA 3ZFLA 3F9UA 4IHUA 4TXVA 2KUCA 1YF0A 1DUGA 2VLVA 1K0OA 3IXRA 2VAFA 1R7HA 2GSQA 4NWYA 5DALA 1VF1A 5L71A 4HJMA 2GSSA 3A3TA 5DJLA 4ZB6A 1F6MC 1NW2A 2RIIA 4G2EA 1ERTA 5EL8A 3TKPA 1SJIA 2LUSA 1TRWA 5ECKB 3V1WA 2VO4A 4KDXA 5EY6A 4MF7A 4G19A 3M9JA 2C3QA 4GWRA 3F3QA 1TP9A 2HRNA 4MJAA 3M1GA 4HEA2 2IIYA 4Z7XA 5HFIA 1M99A 3VI5A 3EMXA 3D4TA 5EPFA 4D73A 4J2FA 1VRSD 2A4VA 3RHBA 4N0ZA 2DJ1A 2DMLA 1QMVA 3WGEA 1XCCA 4DVCA 4AGSA 2QGVA 2VM1A 1GSSA 2R5GA 3DEXA 2VCTA 4LLRA 4O7HA 4MLYA 4KCEA 1F2EA 2V6OA 1Y6EA 1M9BA 2AUVA 5G5EA 3TKSE 1QQ2A 1DE1A 5DAKA 1PSQA 1G6YA 2L6CA 4MF6A 3DMLA 2FNOA 2H1DA 3GHAA 5ECHB 2GS3A 2NBSA 2AV4A 5ECLB 1URMA 3UVHA 2Z9SA 2BMXA 1WMJA 3CBUA 2V1MA 22GSA 4ZBBA 1XPVA 2N5FA 2VL9A 1R4WA 2ZNMA 2HNLA 2D2ZA 3HJMA 4HU9A 2RUFA 3EWLA 4L0WA 5IOXA 1XIYA 1A8LA 1AQWA 2L4CA 1N8JA 2CX3A 2QKEA 2ES7A 2FWHA 3L9UA 3O76A 3Q19A 3HZ8A 1IYIA 5COHA 1K0MA 2X8CA 1OC9A 4HZ2A 2MBTA 4HQZA 4PXOA 3F63A 3H1NA 1UVZA 3ZIVA 4GSNA 2GSRA 5AIXA 2LS5A 4EC0A 4OFMA 5C04A 4MP4A 3KM6A 4KGIA 4ZXGA 5ECIB 2J9HA 5C00A 3ERWA 3TKSC 2X99A 2MMOA 3TKSA 1TTZA 4V2MA 3LG6A 4FYCA 2L57A 1RK4A 3PH9A 4OMVA 4TVEA 3VI7A 4KAEA 5J5NA 2WJUA 1SYXA 19GSA 1A2JA 2L5OA 1BAYA 4XRDA 3A2XA 2XC2A 3KD0A 1KNGA 5JWOB 5JWQB 5HFGA 1U3AA 3WT1A 2REMA 1V98A 3L0HA 2GZZA 4NV5A 4EF0A 2I81A 3J7Yk 1SENA 4YQUA 2OADA 4N11A 4J56E 5D9XA 1QK8A 6GSWA 3VWWA 2F9SA 1DE2A 4K9ZA 2H0HA 4LL4B 5LCZA 1FB0A 2R4VA 3IOSA 1BQ7A 1XZOA 2FLSA 1F3BA 1ZCPA 3MDKA 4CDOA 1FHEA 4Q5FA 1NSWA 4JRRA 3GNJA 4K7IA 1SL1B 4NMUA 1PGTA 4FIWA 4WBJA 1HQOA 3ME7A 2DJ0A 1K3YA 2X8HA 4HS1A 4I2UA 3CRTA 3KH7A 3TRXA 5E4WA 1FW1A 1H75A 3HVVA 4MDCA 2O85A 2YNXA 4EE0A 5ABRA 4KDUA 2HZEB 5DDLA 1X5DA 4PX1A 2R2JA 1SYRA 13GSA 1EOHA 2IMEA 3GIXA 1EP8A 4I5QA 1GP1A 3LGCA 3DXBA 4CW9A 1Q98A 3KGKA 2MMAA 1C72A 4MABA 3UJ1A 2B5YA 2CQ9A 3E9JB 3L4NA 3M0FA 3IHQA 17GSA 1X0RA 5HQPA 1BEDA 1B48A 3GKMA 3QR6A 4YH2A 5G31A 4O92A 5ECRB 3GV1A 1YEPA 5FWGA 4HQSA 1X9MB 3LEFA 1USBA 3ZVJA 4K2DA 3IRAA 3FKFA 1TRSA 4POKA 2YJHA 3QOUA 2MMZA 3QAGA 4AJ8A 2OKAA 4HUAA 3LORA 5FHIA 5IPHA 1CQHA 2PVOC 5G1KA 2F51A 2FGXA 2EIQA 3BCIA 3HVXA 2GGTA 2RM5A 4X0XA 2A2RA 3ZITA 4G10A 3QMXA 1I9DA 2VD1A 1FVJA 4JR4A 1J0FA 1T1VA 3DKSA 2CAIA 2QC7A 2YJ7A 5E59A 1UC7A 2F3MA 2CZ3A 1QUWA 2FCHA 2J23A 5CYYA 2YWIA 1BX9A 4Q5QA 1M0UA 4QL7A 4TXOB 2HI7A 5IO2A 4HOJA 4RQRA 1GUHA 5D9WA 1Z7RA 3M3MA 2M72A 2H75A 3CTGA 1YY7A 1TU8A 4K6XA 5ECSA 2VLTA 3CSIA 2AB6A 3WD6A 4FH8A 3TKQA 3GL5A 3C1SA 3LXTA 3ERGA 4TR3A 1SU9A 2DSAA 1QFNA 1SD8A 2GT5A 3UBKA 5AGYA 2K8VA 2M80A 3GH6A 1AIUA 3P90A 3KXOA 3R2QA 2RLIA 1PX7A 2H01A 4BPYA 3DGQA 4MK3A 3APQA 4P3YB 5IOWA 2TRXA 3F4RA 4ECIA 3FY7A 2VCQA 2H19A 3EU3A 5J4UA 1EP7A 4ML1A 1SJZA 5D8IA 4QL9A 4OO5A 2PERA 1WP0A 4N30A 1ILOA 3WGDA 3KTBA 3P8WA 2BJXA 2WDUA 3DWVA 1HD2A 1EEMA 5CNWA 1YF1A 3UMAA 3VURA 2YWMA 3ZMLA 3N9JA 2AJQB 2YZHA 3CRUA 4MH2A 2I4AA 1EOGA 4GSTA 1XWAA 1XWCA 1YJ6A 4L5LA 3C73A 2EIOA 3SBCA 1SKSB 4TR1B 2WB9A 3ZYWA 4MZBA 2ON5A 1SL0B 5LD0A 2G0FA 3ZRDA 3QCPA 4PGTA 3F8UA 5KN1A 4I8BA 3VWUA 2V32A 5JCUA 2C8UA 5GAPD 5IMAA 1F3AA 1IYHA 2DMMA 3A2VA 3HZ4A 1G7EA 3I69A 2DBCA 3EE2A 3DRNA 1QXHA 4IELA 8GSSA 2C0EA 2YCDA 2JL4A 3GUSA 3ZLPA 5ID2B 2WRTA 2B1LA 1PL2A 2GT6A 5GZZB 2IMFA 2AYTA 3IA1A 2LNSA 3EYTA 1X5CA 2WFCA 2HYXA 2JSYA 5D96A 3EVIA 1X5EA 3FR3A 4EO3A 1GRXA 1WPIA 4L5OA 1GUKA 3TKRA 1T4YA 3S9FA 1GH2A 2IFQB 4JEDA 3QD9A 4MPFA 2VL2A 2L5LA 2PN8A 2HE3A 1S3AA 5H5RA 5LNKe 1JLVA 2IMKA 3K8NA 4F2IA 4FYUA 3D21A 3BOAA 2H1GA 4PNGA 4IW9A 4F03A 1TK8B 5D73A 1OC8A 3CYNA 3TB2A 1O85A 1GLPA 3G7JA 4PNFA 1TKDB 1TI3A 3ZREA 4HZ4A 3UAPA 1SK0A 3DVWA 2YV9A 4OFTA 2VM2A 3UOMA 2G2QA 1WRYA 2R37A 3RDWA 4K0NA 5KEJA 3FZ5A 1TDIA 1EEJA 3BJ5A 2MMNA 3F4TA 5CP1A 4OWYA 2HZEA 5KN2A 3OR5A 2LQOA 2O7KA 2VLUA 3JCML 5DJMA 2P5RA 3KMOA 1A2MA 2C1YA 5CO3A 2GLRA 5CAXA 3FR6A 4KH7A 4LMVA 4HU7A 2F8AA 1T3BA 3C71A 4RI7A 4K0GA 1ERVA 1PL1A 3Q18A 3CMIA 3VWVA 2H76A 1RW1A 3TUEA 1M7TA 1SKWB 3GX8A 3GTUB 4RI6A 5IIZA 1JZDA 1K3OA 1XOBA 4MJEA 2EIRA 1AUCA 3TRPA 3APOA 4WEYA 1YQ1A 5D9TA 1ON4A 4XS1A 5H5SA 2OBIA 2E2MA 5G30A 4EVMA 1MD4A 1OVNA 1PMTA 2FY6A 4V2NA 3TJGA 3HHVA 4MH3A 3FYGA 1KBNA 3NOFA 3G7YA 4K8MA 3F6FA 4WR5A 3KH9A 1W4VA 1SKRB 1HNCA 2HT9A 1K0DA 2L4QA 1EGRA 1KEBA 3HKRA 4I6XA 4KX4A 2B1KA 3HJOA 1R5PA 5B6NA 2VCVA 2VIMA 2CA8A 2YZUA 2H1AA 2TIRA 3HVSA 2EC4A 1WOUA 4IS0A 1E2YA 2JACA 1UA5A 1B8XA 2K6VA 2WGRA 1OYJA 4H86A 1Z6NA 5JCGA 3BD2A 2H74A 1HYUA 2WS2A 3F4SA 5JWRB 2LJAA 4EDZA 1RQMA 2OE1A 3F0IA 10GSA 3VWXA 4BL7A 1K0CA 5ECOB 3KMNA 11GSA 4LA1A 1PN9A 5J9CA 3IAM2 2ON7A 2JSZA 4IGJA 1F9MA 1I5GA 4HJ2A 3ISOA 3UVTA 4KSMA 1GTBA 2CVDA 4KB3A 3TGZA 3J7Yb 2NVLA 5GSTA 2LQQA 1FOVA 4ZBAA 3WYWA 1ZGNA 2B7KA 3IR4A 2FUG2 2H1BA 5GSSA 5B6MA 3LYPA 2WCIA 3I9V2 1X9SB 1AQXA 2N5BA 1ST9A 1NHYA 4E8HA 2L59A 2LKUA 5CRDA 1JFUA 3LWAA 1JZWA 5G2ZA 4NXIA 3HA9A 3GA4A 3FZAA 4NAXA 1XVWA 2JZTA 4OFNA 5DBQA 5D9VA 5DCHA 1QGVA 2X64A 1Z3EA 3Q74A 4TR1A 5EVOA 2FA8A 3C8EA 4TR4A 3WT2A 1AW9A 4KUNA 4L8EA 2HZFA 2VL3A 3TJKA 3O6TA 2IN3A 3C7MA 1GUMA 1Z6MA 2WZ9A 3KIJA 3P2AA 1TJDA 4ECJA 2VD0A 4JBBA 4XS6A 1EZKA 1PRXA 2KP1A 2MYGA 3IE3A 4KE3A 2YWOA 4IKHA 3F3RA 1XWGA 1PA3A 3LSZA 3ERFA 3ZL5A 5ID2A 1UN2A 2XHFA 3HJPA 2OE3A 4DSRA 2X8GA 1F37A 4MA9A 2CV4A 1LU4A 4J57E 2YWNA 4EL1A 1G7OA 3W6GA 3VFIA 3W8JA 5KN3A 4GQFA 3GYKA 2IFQA 4TKYA 5H5QA 2GQMA 4GRFA 2IWTA 4PQHA 3FR9A 4EDYA 4JU5A 2YANA 4ISDA 2CAQA 4RQXA 4OD7A 5IMZA 3L78A 2CVBA 4ECBA 4X1UA 4ZIJA 2H8LA 6GSTA 3HYPA 2NPBA 3UARA 5AISA 2PUKC 3IV4A 5J3RA 1T7PB 3GSTA 4AJ6A 2LJRA 3TOUA 3CTFA 4ZL7A 1M2AA 2QSIA 4V1Ag 2IMDA 3WGXA 2C80A 1S3DA 2H73A 2C0DA 1ZYEA 1Z5YE 2LSTA 2P0GA 2KP2A 3KP8A 4XRAA 5IMCA 4MZCA 3A5WA 4XTSA 4QQ7A 2B5XA 1XVQA 2RM6A 2GQKA 2P31A 5DCGA 4K7OA 4OO4A 4PQIA 2JZRA 1KTEA 3LYKA 4WF5A 1YKCA 1BG5A 4BVYA 5A4WA 4K7NA 5F07A 1O8XA 1GTAA 3E0UA 2LV3A 3D5JA 3RBTA 5G1LA 2O87A 1TW9A 2K18A 5B8AA 3GKXA 3HY2A 2HLSA 3GRXA 4KA0A 4O32A 4XS4B 1K0NA 3US3A 1FVKA 3RHCA 3KP9A 3HDCA 2GSTA 1GTIA 1TK0B 1V58A 5JCWA 2JADA 3IDVA 2XPDA 3BBYA 14GSA 4KW6A 3GTUA 1LJRA 2CT6A 1PX6A 2A2SA 3QPMA 2FA4A 1YZXA 1TI1A 1W89A 3EC3A 2HXKA 5B8BA 1VF4A 1XFLA 2OBKA 3A2WA 16GSA 3FRCA 2VOCA 1R26A 2H72A 4NPBA 2BTOT 4ZB9A 2N5AA 3GSSA 4BVXA 1A8YA 1T00A 4ZB8A 1U3IA 2DJKA 1M9AA 2HRFA 2GQLA 1A23A 3KZQA 5HFKA 1J08A 1O81A 4DSQA 3CXGA 2I1UA 4PURA 5ELGA 1K0AA 3UBLA 2OE0A 2DJ3A 5J9BA 5B7CA 1MDKA 1JLWA 4I2TA 2V6KA 3MSZA 4ZILA 4F82A 2I3YA 1PD21 3KTLA 3IC4A 1O8WA 2GVPA 1OE7A 2V41A 3PGTA 4KCAA 2GTUA 1MDIA 4MZWA 2VL2C 1VF2A 2LRNA 4EXJA 2VCZA 1T8EB 3AY8A 2KOKA 3KEBA 4ID0A 2YPMA 4V1Ap 4XHMA 2ZUPA 1XXUA 2HFDA 4IJ3A 2FWGA 2R6KA 3EINA 3PINA 2FWFA 4ZL8A 2GDRA 3D4MA 4KSOA 5HR3A 4I97A 1SK1A 1OKTA 5A4UA 2YN1A 1GL8A 3HXSA 3QAVA 4JR6A 2XPEA 4FYBA 5KN0A 1O7UA 2H6XA 2DLXA 4F9ZA 1SD9A 1SL2B 2H0GA 1M2BA 1VGLA 1XOAA 1ZMAA 1ZZYA 1T4ZA 4AF2A 3TDGA 1TRVA 1TK5B 1NHOA 3H79A 1TXXA 3TJJA 3MNGA 2L6DA 5F0GA 1ABAA 3VK9A 4X43A 5IMDA 6GSSA 1ZL9A 4DSSB 2NTOA 3LJRA 3QDNA 2ALBA 3D6IA 4GXZA 2XBIA 5A5KA 3FZ4A 3ZZXA 3ZTLA 4ULXA 3GFKA 1FG4A 4ILFA 1U6TA 4AJ7A 1EV4A 5CRGA 1A2LA 1FO5A 1Z7PA 5F8BA 5DVBA 2V2GA 4NHZA 5INYA 2H30A 3KCMA 1A24A 1FAAA 3I6AA 2LRTA 3L9VA 4OCFA 3CSHA 5J41A 4KNDA 3SWLA 1WJKA 4IQAA 3GKNA 4EUYA 3KJYA 2B6MA 3APSA 3LXZA 4PQ1A 4HDEA 1BYEA 1J9BA 3U5RE 3LFLA 2PPTA 1NM3A 3TCOA 1GSQA 4TOPA 3RPNA 2PGTA 4POLA 3QFBC 3FZ9A 3ED3A 4O5RA 1OE8A 1MTCA 3NZNA 4TXOA 1V40A 1XWBA 1GNEA 2GZYA 4RUVA 4L0UA 1GSUA 1V9WA 2DC5A 2PVQA 1HNBA 1GNWA 1GSFA 1JZOA 3M9KA 3RPPA 3LQ7A 1E6BA 1Z9HA 2E7PA 4IQ1A 4IP1A 5CRWA 4TR0A 4YQMA 4IP6A 2ZCTA 2OA7A 4N0VA 4GF0A 2HSHA 2XBQA 2K8SA 5IPGA 1EGOA 6GSXA 2NDOA 2CZ2A 2DJJA 3ZMKA 1Y25A 5DALB 4XS4A 1XW6A 1EWXA 5IMVA 3GURA 2DJ2A 2C0FA 2OJLA 6GSVA 2FHEA 2H6ZA 2C4JA 2M46A 2LEGA 3DYRA 5ENUA 2PBJA 1AXDA 4IVFA 1GULA 6GSYA 4TN8A 3U6VA 1GSDA 3O3TA 2JZSA 2B5EA 3QAWA 2B7JA 4BWQA 2C3TA 4FO5A 5ECNB 3ZIJA 5CREA 3ME8A 1H4OA 2VCXA 2DIZA 2CX4A 3ZFBA 3MAKA 4JZQA 4ACSA 3QFAC 1TOFA 4LL1B 4D73B 3RAZA 3HCZA 4MCUA 4MJBA 1B4PA 12GSA 1HNAA 3GKKA 4MPGA 5IM9A 2LTKA 3E3EA 2IPAA 2YP6A 1B9YC 5F06A 4F0BA 1YDKA 1SK2A 4WXTA 1WIKA 2PMTA 4JE1A 3H4KA 4E8EA 3I43A 1A0FA 4IBPA 9GSSA 1WE0A 4WETA 1G6WA 5DAKB 1G0TA 3DD3A 4IN0A 3EURA 3IK9A 4NV2A 18GSA 4ECCA 3TJBA 1ERUA 1ZYQB 5IMFA 4GSSA 3VPTA 2MZCA 2HSYA 3GL3A 2CVKA 5A4VA 5HR0A 2IJYA 4PUAA 3W8SA 3TOTA 3D0ZA 4ML6A 4MMMA 4Q5RA 2E0QA 3DVXA 1PKWA 1S3CA 1XWKA 4K1FA 2FWEA 2MBSA 2O89A 2K9FA 2LRCA 3ZVJD 2R3XA 4GCIA 1XW9A 1GSYA 1ACVA 1FB6A 5GAND 1M2DA 3HD5A 5ECQB 1BJXA 2TRCP 4IJIA 4POMA 5IQYA 3UEMA 4G9HA 1OC9B 4CHSA 4ZL9A 3IBHA 1ERWA 2JU5A 3P7XA 2O8VB 4LMWA 5AIVA 1WWJA 1OKDA 1MEKA 3Q6OA 3H93A 2AAWA 2H70A 1PQNA 1SJ6A 4TRXA 1EV9A 2WULA 3FHKA 2P5QA 1YEXA 3GN3A 3PR8A 1K0BA 4NHWA 4YAPA 1N2AA 1X9WB 4XIHA 3GH9A 2VCWA 1ML6A 1GSEA 1CQGA 4GTUA 3FEUA 1PKZA 4V2LA 1OC3A 1MDJA 2LJKA 4MF5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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