1A24 | Genus

Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	189
structure length	189
Chain Sequence	AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAMALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQLNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__597758128195324__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__597758128195324__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1a24/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__597758128195324__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"597758128195324","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1a24/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__597758128195324__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d29a93247e4f93811b112cb/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d29a93247e4f93811b112cb/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d29a93247e4f93811b112cb/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d29a93247e4f93811b112cb/pdb.gz): 1767 ms

reading 189 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

189 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:188});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structure of reduced DsbA from Escherichia coli in solution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DSBA
total genus	44
structure length	189
sequence length	189
ec nomenclature
pdb deposition date	1998-01-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01323	DSBA	DSBA-like thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1a24A00

4FYUA 2OE1A 2X8HA 1GSDA 1X0RA 2LEGA 2C0DA 1XFLA 3ZRDA 4O7HA 4JR4A 3DWVA 4OCEA 4O5RA 2WRTA 2HZFA 5ECSA 5DAKB 1M9AA 3TKQA 3LG6A 2IIYA 4LL1B 2C4JA 4RI7A 1K3OA 2JZRA 4MMMA 2A2RA 2R5GA 16GSA 3I9V2 4NAXA 1BEDA 1F9MA 3ZTLA 4IVFA 4TXOA 2YJ7A 4JE1A 2IFQA 2N5BA 3I6AA 4KDXA 2VL2A 2FWHA 1JFUA 2CA8A 3UVTA 2B5YA 1U3IA 4ZBAA 1SD8A 1TTZA 1V40A 1F6MC 3HXSA 1NHOA 4IN0A 2GS3A 22GSA 14GSA 2O8VB 4PNGA 3GYKA 5HFGA 1N2AA 4OWYA 3ZREA 3L9VA 3FY7A 3H1NA 2HT9A 4MABA 6GSSA 3NIVA 4F0BA 4KUNA 1GNWA 1QK8A 4MCUA 1SU9A 2MBTA 2VM2A 2JADA 3C1SA 4X1UA 4XS4A 5IO2A 1A23A 2L4CA 3HHVA 4MF6A 5EPFA 3GKMA 1SYRA 4F82A 1WOUA 1WJKA 2FWGA 5L71A 1GWCA 4TVEA 4LL4B 1YF0A 5IMZA 3ERFA 2CVBA 1XW6A 1ZZYA 3BD2A 2K9FA 3GV1A 2HXKA 2B5XA 1K0CA 1SJ6A 1B48A 2H71A 3I69A 5ECHB 1XCCA 1GSSA 1BX9A 1XWBA 2B1KA 5DVBA 2C0FA 2HI7A 2J23A 2FUG2 4KE3A 4HU9A 1ST9A 6GSTA 1ACVA 3TRQA 1FW1A 1AIUA 2I81A 4PQ1A 4MDCA 3IPZA 1DBYA 5CAXA 3HVVA 2CAQA 3UMAA 3DEXA 3TKSC 3ZMKA 1FHEA 5CP1A 4ZXGA 1F2EA 1WMJA 3GL5A 5HR2A 4IQ1A 3P7XA 3TJFA 1AAZA 2A2SA 2WFCA 3IBHA 4XTSA 2I3YA 1THOA 4X43A 4ILFA 3VURA 3QD9A 1X9WB 4KA0A 1O85A 3D4TA 1XBSA 2FD3A 1T3BA 5B8AA 5CRGA 5F07A 4AJ7A 1PA3A 5F06A 1V98A 1A0FA 2VCQA 1OKTA 4PQIA 4Z7XA 4TXOB 3WGXA 1TXXA 1XOBA 3QMXA 2IFQB 1X5DA 1I9DA 3F6DA 2FA4A 3VK9A 3TDGA 6GSUA 2O85A 2YOIA 4POMA 2YWOA 4ZILA 1M7TA 4XRAA 3IOSA 3ZYWA 1DE2A 2PPTA 1J08A 4XHMA 4V2MA 4N0ZA 2VIMA 2L57A 4N30A 3UARA 5CNWA 1XOAA 1OC9A 3H8QA 1WP0A 5D73A 5C00A 2LQQA 2PGTA 3GH6A 5DCHA 3IHQA 1U88A 3O3TA 3FYGA 4TXVA 4NPBA 3F9UA 4K9ZA 4XS4B 2DJ1A 1WPIA 2DSAA 2X8GA 1GSFA 5ECRB 1TU7A 1Q4JA 3D21A 3EINA 3GKNA 2R6KA 4YQMA 3GHAA 2O89A 4KW6A 3TGZA 3KJYA 2MMNA 5J41A 5IQYA 1TRSA 4V2NA 2P31A 1GTUA 3M9KA 4IJIA 3ZITA 4N10A 3KH7A 5DCGA 3ZLPA 2H74A 4P3YB 3F8UA 4G10A 4PXOA 1V9WA 3EYTA 2MZCA 4KCEA 1A24A 3LYPA 1SENA 4YQUA 5DJMA 5D8IA 5J9CA 5GAND 4AGSA 3L9SA 1Z7RA 4KDUA 4IP1A 5KN0A 1YZXA 2DJKA 4HS1A 2R4VA 3FKFA 5CRHA 4AJ8A 2MMAA 1K0MA 4OMVA 2GTUA 2D2ZA 2DBCA 1KEBA 1V57A 2DJ2A 2LRNA 4WF4A 2YN1A 1K0AA 5INYA 1MD4A 2LNSA 5IPGA 3F0IA 1PL2A 3IK9A 1AW9A 4MZBA 4N11A 3TUEA 2LJRA 5J5NA 3TCOA 2ON5A 1GTIA 3LXTA 2C8UA 5E59A 2YNXA 1G7EA 3FZAA 2VLTA 3FW2A 3G7IA 4HEA2 2LKUA 3KP8A 5ECNB 3ED3A 5AGYA 4HQZA 2LSTA 1PGTA 2JACA 2K8VA 4DSSA 2WULA 1E6BA 2IMEA 1TK5B 3O76A 2HFDA 3IAS2 4MF7A 5DAKA 3DVWA 3EURA 3VWVA 1KBNA 1GL8A 1A8LA 3VLNA 2EIQA 5CYYA 5JWRB 1YJ6A 4ZBBA 1C72A 1OC9B 1O8XA 2RIIA 2TRXA 3EC3A 1T7PB 1QFNA 2VAFA 4RUVA 2GDRA 1U3AA 2DLXA 2OADA 2V6KA 3IK7A 1VF4A 3Q19A 3KXOA 4FH8A 1XWKA 1FB0A 5D9XA 3HVSA 3FZ4A 5A4UA 1Z6MA 3D22A 2DC5A 1MTCA 3ZFLA 1SYXA 1PKZA 4XRDA 1Z6NA 1GUKA 2X8CA 3C1RA 4D73A 5D9VA 3M9JA 2YCDA 3APOA 3GSSA 1A2JA 3ZIVA 3A2XA 4Q5QA 2TIRA 3W6GA 2PUKC 4PUAA 4JBBA 4ACSA 1QXHA 1Z3EA 2RUFA 1GLQA 3HY2A 3WYWA 4BA7A 4ZL9A 4HUAA 2FHEA 1YDKA 3LGCA 1FG4A 3UIWA 1PKWA 2OBKA 2I4AA 3UBKA 1O7UA 1OAZA 4CDOA 3QAGA 3PINA 2LRTA 4HQSA 1EOGA 1UA5A 2VCVA 1EEMA 1AQVA 4G19A 1R5AA 4BVXA 4F03A 1S3CA 5ECPB 1K0BA 2HYXA 3R2QA 1XWAA 1PN9A 4OO5A 2E2MA 5F8BA 3J7Yk 2O7KA 1GTAA 3F63A 5EVOA 2YZUA 1G6WA 1NHYA 1MDIA 1PD21 2LV3A 3BCKA 1ZMAA 2VL2C 2ALBA 2N5FA 3APQA 4IELA 3QFAC 2KOKA 3C8EA 5JCUA 4PNFA 1R4WA 1N8JA 1MD3A 4DSSB 2TRCP 1WRYA 1YF1A 4K7NA 2P0GA 1LBKA 5G1LA 2CVDA 4JR6A 3KTBA 3OR5A 3F3QA 3H79A 4HZ4A 1GSEA 2PN8A 2CVKA 2DJ0A 2NVLA 3IE3A 3KM6A 4MJAA 4WBJA 1HNAA 3LFLA 3GX8A 1BJXA 3ZVJD 5GZZB 4KDYA 1O6JA 3SWLA 2WS2A 3UBLA 2N5AA 1EV9A 3SBCA 1EGOA 1PX7A 5AISA 1AQXA 2FNOA 2P5RA 3GSTA 4Q5RA 3ZL5A 3LORA 2DJ3A 4MP4A 4PX1A 4G2EA 4MF5A 1GSQA 4TRXA 1XXUA 3QR6A 3CTGA 5ID2A 2HLSA 5DALB 3FK8A 4ECCA 1XW5A 4ISDA 5KN3A 3IC4A 1ZYQB 2RUEA 2VCZA 2PU9C 4IS0A 1S3AA 3JCML 1B4PA 2QSIA 4EDYA 4D73B 4KCAA 2CQ9A 3UEMA 1VGLA 4LMWA 3ZMLA 4I5QA 2DMMA 5AIVA 5J3RA 3E3EA 3Q6OA 3VI5A 1PX6A 5ELGA 1FVKA 1FAAA 4LLRA 3CBUA 5D93A 1BYEA 1X5CA 4MLYA 2HSYA 1UN2A 1ZYEA 2H0GA 1SKRB 3DMLA 2VLVA 5IIZA 2NPBA 1I5GA 2H1DA 4ZB8A 3TRPA 2KHPA 4GXZA 1TRWA 1WIKA 4I8BA 2YV7A 1EGRA 1M9BA 6GSYA 2P5QA 1ERTA 3M8NA 1CQGA 4L5LA 3V1WA 4Q5NA 5AN1A 3FR3A 3W8JA 3TB2A 4KNDA 2LNTA 20GSA 1SL0B 3I43A 4O32A 2YANA 2MBSA 4TR1A 2IJYA 3ZFBA 2H6XA 3N9JA 4I6XA 1KTEA 4NWYA 5J9BA 1WE0A 3DVXA 1SK2A 3HJOA 1H4OA 2GT5A 4BWQA 3GUSA 1X5EA 3WGDA 2IL3A 3G7YA 3KZQA 3KD0A 1XIYA 2AB6A 4TR0A 18GSA 3EWLA 4IQAA 1AUCA 3G9BA 5DQSA 4HI7A 3RAZA 2Z9SA 5G2ZA 3KMNA 1TRVA 5G5FA 2V41A 1URMA 3HYPA 1OVNA 3KTLA 5HR3A 3TJKA 2VUPA 1TRUA 4IBPA 1SL1B 4WR5A 4HOJA 4GSNA 1OYJA 3W8SA 5GAPD 3F4SA 4ECBA 2RLIA 1SKSB 1IYIA 5G5EA 5ID2B 3U5RE 3C73A 3L78A 1EOHA 3VPTA 3D6IA 4NHZA 3CRUA 4GQFA 8GSSA 2GT6A 1ERVA 3IV4A 1PL1A 5ECMB 3FZ5A 1VF3A 4GSSA 3U6VA 2FA8A 2H6YA 2K8SA 3QDNA 3A2WA 4H86A 3AY8A 1U6TA 4AJ6A 4K6XA 2H1BA 4F2IA 2R37A 1OE8A 1JZRA 2REMA 1Z7PA 1Y25A 3CSJA 3HA9A 2L4QA 3QAVA 1FOVA 4EUYA 5IOWA 4WBRD 2AYTA 2L5LA 1GTBA 4PGTA 2RM6A 2DJJA 3US3A 2YPMA 1G0TA 2AV4A 4KH7A 3L4NA 1GUHA 3Q18A 1DSBA 1RW1A 2GQMA 3RBTA 4J2FA 3CRTA 1SKWB 4EVMA 3QOUA 4I97A 4EO3A 4CW9A 2AJQB 1QMVA 4V2LA 5F05A 3TKPA 3EU4A 3L9UA 2DMLA 1M2DA 1LJRA 4V1Ag 1XWCA 3E0UA 3CSIA 5AIXA 2C0GA 3GKKA 2V1MA 4TR1B 1M0UA 1TKDB 3EVIA 2AUVA 4ZL7A 5CREA 2ES7A 4ECJA 1T4YA 10GSA 2H6ZA 2H01A 2OKAA 5JWOB 4N0VA 3EE2A 3FZ9A 4KGIA 3F4RA 4DVCA 1YKCA 2J9HA 2I9HA 3J7Yb 2O87A 3HKRA 4PQHA 1JZDA 1B8XA 2NTOA 4GWRA 6GSXA 11GSA 2PERA 1YY7A 2F8AA 2PVQA 3GNJA 2ZCTA 3LSZA 2BJXA 3GN3A 2B6MA 2V32A 4V1Ap 2IPAA 1O73A 4EF0A 2B7KA 4JRRA 5A5KA 3MWHA 4TOPA 4JEDA 4EXJA 2K18A 2EC4A 2M46A 5HR0A 3IAM2 1ERWA 1PRXA 1F3AA 4MZWA 2VM1A 5DDLA 2RM5A 2FY6A 1WWJA 2H75A 2F9SA 1A2MA 2LUSA 1NSWA 5D96A 2OE0A 4GQCA 4WEYA 2I1UA 3VWXA 4IW9A 2B5EA 4PUFC 5IMAA 5HR1A 2WCIA 4K0GA 3IDVA 3CYNA 5KEJA 1GP1A 4KAEA 2VD0A 2XBQA 1BQ7A 4WXTA 2IN3A 9GSSA 1G7OA 2CX3A 1A8YA 2YWNA 1GRXA 5B6MA 1TDIA 1OC8A 3EMPA 3TKRA 4K0NA 2JZSA 4ECIA 1EP7A 5A4WA 5IO0A 4E8HA 4HDEA 1S3DA 4IHUA 1PQNA 5DALA 2EIOA 3A5WA 2GQLA 3F3RA 2G2QA 4TR4A 2A4VA 4FYBA 4EC0A 3HJMA 1A0RP 1THXA 1VF1A 4EE0A 1K0NA 1MDJA 5ECQB 4ZBDA 2OA7A 2HSHA 2PWJA 4YAVA 4HU7A 5GSTA 1VRSD 5GSSA 4WKWA 3FR9A 3KEBA 3RDWA 3UOMA 2LRCA 3ME7A 2VO4A 4ZB6A 5HFKA 4POKA 3VWUA 4IJ3A 6GSVA 1X9SB 4OO4A 2X99A 5ECIB 2L6DA 1V2AA 2LJKA 1DE1A 4PURA 2NDOA 2M72A 5ABRA 3DXBA 2E2GA 1SK1A 2B7JA 4KSMA 3LXZA 1RQMA 4MK3A 3TRXA 1YKAA 3M1GA 4I2TA 3TOTA 3P2AA 3GL3A 5DBQA 4GLTA 3HZ4A 5D9WA 1USBA 2CZ3A 1T4ZA 4XIHA 4MJEA 5IMFA 2GZYA 2VOCA 3TJBA 4BVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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