The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
175
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structure length |
175
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Chain Sequence |
APITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVDGEVQVLSTATQSFLATCVNGVCWTVYHGAGSKTLAGPKGPITQMYTNVDQDLVGWPAPPGARSMTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPVSYLKGSSGGPLLCPSGHVVGIFRAAVCTRGVAKAVDFIPVESM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Inhibition of the Hepatitis C Virus Ns3/4A Protease the Crystal Structures of Two Protease-Inhibitor Complexes
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Hepatitis c virus (isolate taiwan)
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molecule keywords |
PROTEASE/HELICASE NS3 (P70)
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total genus |
36
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structure length |
175
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sequence length |
175
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
pdb deposition date | 2000-01-13 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02907 | Peptidase_S29 | Hepatitis C virus NS3 protease |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SBK A; 1IQE A; 2XBW A; 2FYQ A; 5L6N H; 4UEH H; 2PGB B; 1SMF E; 1AMH A; 1HB0 B; 1DAN H; 4CRG A; 5LH8 A; 4WF8 A; 3S0N A; 1FY1 A; 1V2V T; 1DS2 E; 1BOQ A; 4MPU A; 1JIR A; 4DUR A; 1Y5A T; 5JBB S; 1C2I A; 3EAJ A; 3EA8 A; 2O9Q A; 2VIW A; 1GI2 A; 1VIT H; 2FOB A; 4YZU A; 1LPK B; 3LU9 B; 3RXD A; 2IOT A; 1NY2 2; 1ZLR A; 2HNT F; 3BTF E; 5EXL A; 1SGE E; 5A0B A; 3ZVF A; 1BTW A; 4X6M A; 1KDQ A; 1XX9 A; 2A1D B; 2D8W A; 2VH0 A; 1EAT A; 5L2Z H; 1TA2 A; 3K9X B; 1NZQ H; 2Z3D A; 1SGQ E; 1NU9 A; 2ZP0 H; 2Z94 A; 3D23 A; 3ZZ4 A; 4JZD H; 1VIT G; 5T6D A; 3UPE A; 1AU8 A; 1DUA A; 1C1V H; 2BLO A; 4BXS A; 1W7G H; 3RM2 H; 3EA9 A; 3L6P A; 3GIC B; 1BMN H; 1FAX A; 1V2U T; 2XNI A; 1BIT A; 2VIP A; 3MU0 A; 4ZUH A; 1DM4 B; 1GBE A; 2BYA X; 5A0A E; 1C5Z B; 1OYT H; 1GMH F; 7GCH G; 1KTS B; 2QF3 A; 3GY8 A; 4YTA A; 3EST A; 1A5H A; 2FOD A; 1F0R A; 1TX8 A; 2JET C; 5HMA A; 1QA7 A; 2OIN A; 4BXW A; 3GY2 A; 2R3U A; 2W26 A; 2Z9L A; 4Y8X A; 2C8Z B; 4I31 A; 1BMA A; 2ZTX A; 1MU6 B; 2GV6 A; 2HGT H; 3Q00 A; 3D62 A; 3BIV H; 3TNT A; 1QRX A; 1ELC A; 1TMT H; 1CGI E; 2VIV A; 1B0E A; 3FZD A; 5EW2 H; 1LHF H; 3K65 B; 2Y81 A; 2P16 A; 2JET B; 1HUT H; 1AWH B; 3SJI A; 2CV3 A; 5T6G A; 4K8Y A; 2AGG X; 2OBQ A; 1HRT H; 2C8Y B; 1PYT C; 3UQV A; 3M5L A; 1S6H A; 3UQO A; 4Y0Y E; 1VJ9 U; 1DWD H; 1GHB G; 3E90 B; 3WY8 A; 3QN7 A; 1NM6 A; 4CR9 A; 1YKT A; 4YLU A; 1C4V 2; 2G4U A; 4B73 A; 1O0D H; 3MNX A; 2AFQ B; 3UWI A; 1RTL A; 1S82 A; 3GDU A; 1HDT H; 1IQG A; 2C8X B; 3DFL A; 3E3T A; 1V2L T; 2ODQ A; 3F68 H; 1QNJ A; 4GUX A; 1C1Q A; 3QWC H; 4PRO A; 1OYQ A; 3P70 B; 1EOL A; 1AB9 C; 4Y0Z E; 5CE1 A; 1ELG A; 1IQM A; 1DSU A; 4BAH B; 3NXP A; 3EQ0 H; 2ZHF H; 3E6P H; 6GCH G; 4GCH F; 9EST A; 2XBX A; 1D3Q B; 1UK2 A; 4XBD A; 2WYG A; 1KXB A; 1S0R A; 1Y5B T; 3DUX H; 4ZHA A; 2FYR A; 1XXD A; 1AB9 B; 1C4U 2; 1LTO A; 1VGC C; 3ATK A; 2SGD E; 2SGP E; 1T4U H; 2XWA A; 3RXK A; 2AMQ A; 3IG6 B; 1PPH E; 2RCE A; 3QGJ A; 3LOX A; 1P03 A; 1TRM A; 4UD9 H; 4Y11 E; 5C1U A; 1A0J A; 1QR3 E; 4K1E A; 1F5K U; 1MTW A; 3ZVG A; 3U98 H; 3U69 H; 2BVX H; 2DUC A; 1C5T A; 2RDL A; 4TWW A; 5LPE A; 2TRM A; 4YT7 H; 3PV5 A; 5GXP A; 1O33 A; 1L1N A; 1TMB H; 1VGC B; 3SW2 B; 3E16 B; 3EGK H; 1XUH A; 2ZFQ H; 5TJX A; 4HI3 A; 3TU7 H; 1BQY A; 2A31 A; 5FPS A; 2AGI X; 3GYL B; 5A8X A; 1GDQ A; 3BEF B; 4H6S B; 2AS9 A; 4AFQ A; 3SU4 A; 1QB6 A; 1UCY E; 4D9R A; 5CMX H; 3DFJ A; 2XCF A; 1GBK A; 4UFF H; 3CS0 A; 1ETS H; 4MLF B; 5HM2 A; 1MZD A; 1S83 A; 1BRU P; 2A5K A; 1D3P B; 4INH A; 2HNT C; 2TGA A; 3F9F A; 1YPE H; 1NN6 A; 1ARB A; 1ZSL A; 1CQQ A; 1SGR E; 4B1T A; 1GJC B; 3MNS A; 4ABG A; 3B23 B; 5CHA C; 1CGH A; 2JH6 D; 3SGB E; 2CXV A; 1SHY A; 1UHB B; 3K2U A; 1GJ8 B; 1Z8J B; 1HFD A; 1W14 U; 1Z8G A; 2A4R A; 3W95 A; 2WHX A; 2Q1J A; 2FOE A; 1AQ7 A; 2GDD A; 4K1S A; 1BTZ A; 2NU0 E; 2H9E H; 5GCH G; 2Y5G A; 2ZHE H; 2ZKS A; 4WMD A; 2G81 E; 3A87 A; 4ABD A; 2DE8 A; 4YO9 A; 1P09 A; 1L1J A; 5CHA B; 1WU1 A; 1ESA A; 1MD8 A; 2C90 B; 2M5T A; 1S85 A; 1MBQ A; 3SI4 H; 2WV5 A; 2P3F H; 1S84 A; 1SI5 H; 2FOG A; 3O8R A; 1UTM A; 2XBV A; 3O8C A; 2Z9I A; 1GHX H; 1SB1 H; 2FM2 A; 1S81 A; 3M5O A; 2RA0 A; 3PV4 A; 1GVZ A; 1OWI A; 2P94 A; 4KTC A; 2IJO B; 1CSO E; 1GMD G; 1OP8 A; 2AYW A; 4K1T A; 1GG6 C; 1WAY B; 4OS4 A; 5C1Y A; 1H8I H; 2A2X H; 1O5F H; 3SU2 A; 1LHD H; 1TIO A; 3RXO A; 3UNR A; 1O2P A; 1DWE H; 4FXG H; 1K1L A; 3RXJ A; 1YPJ H; 2Y5H A; 3PYH A; 4ISN A; 1GCT C; 1UVU H; 2WIN I; 1Z8R A; 4B76 A; 8GCH F; 4IMQ A; 1KXE A; 1ZGV A; 4ZMA H; 1GBB A; 4M9F A; 2OC1 A; 2ZCL P; 2EA3 A; 1CT0 E; 4KP0 A; 2W3I A; 1UK3 A; 1QB9 A; 3ATM A; 4X2Y A; 1JWT A; 5EPN A; 1GHZ A; 5T1V A; 1JOU B; 1Y3V A; 1WOF A; 1GCT B; 2GT8 A; 3E0N B; 5K0H A; 1MQ6 A; 1SBW A; 1MCV A; 2BY6 X; 4U32 A; 4AGJ A; 3B9F H; 1KLI H; 2ZDV H; 3QLP H; 2PR3 A; 1GI7 B; 4YLQ H; 3LPR A; 1C5U A; 1NFX A; 4AB9 A; 4XSK U; 3ZVB A; 1GI6 A; 3SU0 A; 3PMJ A; 3GCH C; 1P2Q A; 3SV9 A; 5ABW A; 1KSN A; 1C4Y 2; 2TGP Z; 4NIX A; 2CMY A; 1NS3 A; 4Y8Y A; 2BQ6 B; 2BD9 A; 3A85 A; 3BTH E; 2GCH G; 1TNI A; 2XC0 A; 1G3D A; 2BXT H; 3TPI Z; 5C5O A; 3RDZ A; 1TB6 H; 1SGY E; 3TNS A; 1TQ7 B; 1THS H; 3EE0 B; 1SGC A; 3BTD E; 1EOJ A; 2XBY A; 3GCH B; 2GMT C; 4H6T A; 5H4I B; 4X2X A; 3SNA A; 2HOB A; 2J34 A; 3AVZ A; 3R3G B; 1DXP A; 2VIN A; 5E0G A; 3BTK E; 1J14 A; 1C5Q A; 1H4W A; 3S9B A; 3MH6 A; 2XC4 A; 2VBC A; 6CHA C; 1KDQ B; 4TPY A; 2VU8 E; 4FUH A; 2D1J A; 5JYI A; 1O3N A; 4KKD A; 3VXF H; 5EXM A; 2FDA A; 1Y3U A; 2GMT B; 3GY7 A; 4IN2 A; 3OTP A; 4BTT B; 2NU1 E; 5AVD A; 1WSS H; 1XMN B; 1Y3Y A; 4NZQ A; 4UFE H; 2F91 A; 2PSY A; 1NRP H; 3A7T A; 2SNV A; 1EZU C; 3VB4 A; 1AE5 A; 1D9I A; 1AD8 H; 4JZI A; 1O2Z A; 2YOL A; 1ZPZ A; 5DP5 A; 3PWC A; 4FVB A; 4FUC A; 1HGT H; 3DHK H; 1UTK A; 3RLW H; 4RN6 A; 2ZF0 H; 3U8O H; 1UCY H; 5EOD A; 4NCY A; 5E2P A; 2OBO A; 1ZOM A; 2TBS A; 3H5C B; 4O03 A; 3QX5 H; 5T3H A; 1Z6J H; 2BDC A; 1ELB A; 1UVS H; 1C5P A; 2PLX A; 1C5V A; 1AI8 H; 1GVK B; 2A7H A; 2XYA A; 2PTC E; 1GBI A; 1NFU A; 2R3Y A; 5HYO A; 3OYP A; 3SGQ E; 1GBA A; 3Q3K A; 1J17 T; 4B74 A; 3ELA H; 4DOQ A; 1ELA A; 5EOK A; 1T4V H; 5F8Z A; 1NU7 B; 3BF6 H; 2A4Q A; 1SPJ A; 1EJN A; 2Q6G A; 9LPR A; 4JK6 A; 2GV7 A; 1QL8 A; 4R8T B; 1LVB A; 1H9I E; 2ODY B; 2VWO A; 3S9A A; 3F1S B; 1HBT H; 5EQR A; 2XWB I; 2ZGJ A; 4X8V H; 5E0J A; 1QJ6 B; 3I78 A; 1K1O A; 1OKX A; 4Q7X A; 2ZFP H; 2BY5 X; 3ATI A; 2UWP A; 2ZWL H; 3BSQ A; 4XE4 A; 5J4S A; 4J1Y A; 1GJ4 H; 3GDS A; 4Y71 A; 3PO1 C; 1UCY K; 2F83 A; 1OWH A; 1ZSK A; 5E8E H; 2FXR A; 2J95 A; 2O8U A; 3HKJ B; 1UK4 A; 3LGT A; 1VCW A; 2ZCH P; 1YPL H; 1C5O H; 1PQA A; 3C27 B; 1ELE E; 3HK3 B; 1TPP A; 3ZZ9 A; 2CGA A; 4RKO B; 1W8B H; 1EKB B; 1EZQ A; 2GTB A; 2FTL E; 2ZPS A; 3PO1 B; 5C2Z A; 1E34 B; 1VJA U; 1CHO G; 4WMF A; 1TE0 A; 1P10 A; 3TK9 A; 1MUE B; 1SGT A; 2FEQ H; 1TAW A; 3KEE A; 3AAU A; 1GHA F; 4JMY A; 2K1Q A; 3B8J A; 3PMB B; 5DJ7 A; 2OK5 A; 2FOA A; 4D76 A; 5FAH A; 3OSY A; 3PWB A; 4B2C A; 1CGJ E; 1F5L A; 3ZVC A; 2BLV A; 1HCG A; 5C5N A; 4CRB A; 2FMJ A; 2ZDN A; 3BEU A; 3STI A; 2IJD 1; 4JZF H; 3ZYE A; 1P2M A; 2WPL S; 4FVD A; 4BOH A; 4ASH A; 2P8O C; 3PV2 A; 7LPR A; 1P11 E; 1BBR E; 2BOH B; 2GKV E; 1CT4 E; 2A32 A; 3NWU A; 3A82 A; 2VNT A; 3JZ1 B; 5DK1 A; 2FP7 B; 2ZFR H; 3CEN A; 2QF0 A; 2WPM S; 1K1J A; 5EW1 H; 1AWF H; 1ETT H; 1QRW A; 2ZNK H; 4OS7 A; 1BTY A; 1ELV A; 2GP9 B; 2BB4 A; 1ELF A; 1FDP A; 2WUB A; 2P8O B; 1YGC H; 1AVX A; 3NUM A; 3OY6 U; 1O5G H; 4JYV H; 3KQD A; 4MPX A; 3M61 U; 1SHH B; 5ETX A; 1AUT C; 5DGJ A; 1O2Y A; 1A3E H; 2V0B A; 1ZRK A; 1O2U A; 2XW9 A; 3MOC A; 3U8T H; 4LK4 A; 1N1L A; 1QL9 A; 2OD3 B; 4CH2 B; 1NES E; 5GJ4 B; 4YM9 A; 1O3A A; 3TIU A; 4ZH8 A; 2Q6F A; 2VVV A; 4Z6A H; 3SV2 H; 1W10 U; 3RU4 T; 3VB5 A; 2BDA A; 1E37 B; 1HAP H; 1QQ4 A; 1A5I A; 3M37 A; 3MU5 A; 4ISL A; 1TGN A; 4WWY A; 3M7U A; 3E1X B; 1O2M A; 4EST E; 1BJU A; 1QJ7 B; 2ZDK A; 3SV7 A; 4A1X A; 1GCD A; 1NFW A; 1V2K T; 2BY7 X; 1W0Z U; 2XRC A; 1MU8 B; 3SJK A; 4D7G A; 3URC A; 1GBL A; 1C2D A; 1DX5 M; 1KXF A; 4MPW A; 3M5N A; 4I32 A; 1EUF A; 1P3E A; 3TJN A; 2WZQ A; 1KIG H; 3P6Z B; 1YC0 A; 3ZV9 A; 1FNI A; 2FLB H; 2ZDM A; 1ZRB A; 4Q7Z A; 2GZ9 A; 2ILN A; 4IMZ A; 2GVF A; 1HJA C; 1C2K A; 5EXN A; 1GJ9 B; 1O5E H; 5EST E; 1PPC E; 2BM2 A; 3LC5 A; 1RRK A; 2BY8 X; 3LGU A; 5FX5 A; 3SNB A; 1KYN A; 2WPJ S; 3VFE A; 4TY6 A; 1P9U A; 1DST A; 4NA8 A; 4E7R G; 1AUJ A; 1C2F A; 4ZAE A; 2PGQ B; 3M3T A; 2V3O H; 4IBL H; 1BIO A; 4CBN A; 1HJA B; 2F9N A; 2ZGX H; 3MFJ A; 3P92 A; 1TNH A; 2ZFT A; 1ELT A; 1GI3 A; 1TYN A; 5F03 A; 1IQL A; 4B75 A; 3UY9 A; 1ZMN A; 1PPF E; 1O3M A; 1C2E A; 3QO6 A; 1N6X A; 2C4F H; 4Z0K A; 2ANY A; 4JK5 A; 2ZPR A; 2ZG0 H; 1QGF A; 4LXB H; 1XKA C; 3SJ9 A; 1GJB B; 2P93 A; 1O2Q A; 5A2M H; 5DPA A; 1TBQ H; 3GYM A; 2O8M A; 3UR9 A; 3RXI A; 2EI6 A; 1YLC A; 1PPB H; 1S0Q A; 1O3H A; 1AND A; 3M3S A; 3ODF A; 3RML H; 5EGM A; 2BOK A; 1NC6 A; 3P8N A; 4DGJ A; 1G32 B; 1AIX H; 3QZQ A; 4YES B; 3GCN A; 1WTH D; 4GPG A; 1AZ8 A; 1GWA A; 4AOQ A; 5L30 H; 4FUB A; 1SFI A; 4DW2 U; 1SQO A; 4IW4 E; 2VIQ A; 4I33 A; 4NG9 H; 2IN2 A; 4X8T H; 4WVP E; 3NPS A; 3TLO A; 2QIQ A; 4OM9 A; 2BLW A; 2ANW A; 1C2J A; 1V2N T; 3E91 A; 4CH8 B; 3RXQ A; 1MKX H; 1TBZ H; 5AHG H; 1MZA A; 2OQU A; 3FAN A; 5F8T A; 6GCH F; 1ANE A; 2P59 A; 1SG8 B; 1DLE A; 1T8N A; 4O3U A; 1V2W T; 1G2M A; 1MD7 A; 4X6P A; 1DOJ A; 3H7T A; 4NIW A; 1DXW A; 1DT2 A; 1NRN H; 2AH4 X; 2GGV B; 2J9N A; 3MWI U; 1L0Z A; 3GCT F; 4UDW H; 1EP5 A; 1GJ6 A; 1P2K A; 3IWM A; 1O2O A; 2TGT A; 1SL3 A; 2TIO A; 4WME A; 1IAU A; 1UTL M; 3D65 E; 1HAI H; 1XM1 A; 3IIT A; 4CRD A; 3SZE A; 3SGA E; 3RMM H; 2D26 C; 1QIX B; 3GCO A; 3TH2 H; 2YNB A; 1EP6 A; 2V6N A; 3F9G A; 5FPT A; 3RXB A; 2XCN A; 4B2A A; 2ZC9 H; 2HAL A; 4DCD A; 5FHT A; 4Y10 E; 1SSX A; 1MKX K; 1V2R T; 1NRR H; 2EI7 A; 3FP8 E; 1P9S A; 3SV8 A; 3MNB A; 1N6Y A; 3KQC A; 1ZPC A; 1C2L A; 1EAX A; 3S7H B; 3LH3 A; 4BAM B; 2Z6B D; 4F49 A; 2FOH A; 1C1N A; 1W2K H; 4INK A; 1GI9 B; 1WBG B; 3M3V A; 1A2C H; 1K1N A; 3EYD A; 2BD4 A; 4NZL A; 4I7Y H; 4BAK B; 1DWB H; 1LQE A; 1UTJ A; 4B6F A; 1VZQ H; 3U8R H; 5GWZ A; 3ZZD A; 3H7O A; 1F0T A; 1TNJ A; 1BBR K; 2XTT B; 1SOT A; 2ALP A; 5JBA S; 1T7C A; 4KEL A; 4MG3 A; 3A8B A; 4MTB A; 2A2Q H; 2VB0 A; 4B71 A; 1XUG A; 1LDT T; 3A84 A; 1F0S A; 1C5N H; 3C1K A; 1QA0 A; 3LKW A; 1LHE H; 4GHT A; 3AW0 A; 4GCH G; 4MNX A; 4MPV A; 4VGC C; 1C2H A; 4AZ2 B; 3R0F A; 1YCP H; 2PKS C; 3TH4 H; 1EZX C; 1XUI A; 3LGV A; 4K2Y A; 3DT0 H; 3SU3 A; 5FXL A; 3UTU H; 4B2B A; 1AFE H; 3KID U; 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