1QXHA

Crystal structure of escherichia coli thiol peroxidase in the oxidized state
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
SQTVHFQGNPVTVANSIPQAGSKAQTFTLVAKDLSDVTLGQFAGKRKVLNIFPSIDTGVCAASVRKFNQLATEIDNTVVLCISADLPFAQSRFCGAEGLNNVITLSTFRNAEFLQAYGVAIADGPLKGLAARAVVVIDENDNVIFSQLVDEITTEPDYEAALAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Escherichia coli thiol peroxidase in the oxidized state: insights into intramolecular disulfide formation and substrate binding in atypical 2-Cys peroxiredoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Thiol peroxidase
total genus 49
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2003-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1qxhA00
2RIIA 1URMA 3Q18A 1Z5YE 2V32A 2XC2A 1V98A 1PKZA 3F63A 2LQOA 1FW1A 5G5EA 3WT1A 1XWCA 3LGCA 1S3DA 1WPIA 2K8VA 1HD2A 4I5QA 2YCDA 4HOJA 3GX8A 2I4AA 2CA8A 5DAKB 5D9VA 5KN2A 2FWFA 2VLUA 3EWLA 1B9XC 1TDIA 2C3QA 4NPBA 5ECSA 1GNWA 4MP4A 1V57A 3OR5A 1W4VA 3GFKA 1M2DA 2WFCA 2R37A 1A2MA 2D2ZA 5IOXA 5CP1A 2YWNA 2L4CA 4GWRA 3UBKA 2O8VB 3G9BA 2GDRA 2ON5A 2KP1A 2X8GA 5A4UA 4V2MA 4L5OA 3UEMA 5GSSA 2YZUA 2X99A 2HXKA 2K8SA 1K0DA 2JU5A 1MDIA 3KH9A 3VI7A 2G0FA 2HI7A 4KH7A 4K8MA 1BJXA 2HLSA 1ERUA 4TRXA 2E2GA 1K0CA 4TN8A 1XVQA 4MF5A 2CVKA 3ZLPA 4YAPA 1B4PA 1AIUA 4OFTA 3L9SA 1GSQA 3WGEA 2OACA 1X0RA 4GXZA 3UL3A 3I9V2 4H86A 2P31A 1SU9A 2MZCA 3C7MA 1OC8A 1T4ZA 3GKNA 4CDOA 1CQHA 1ERWA 1J0FA 1MDKA 3IE3A 2PVOC 3DKSA 11GSA 5DQSA 4J2FA 4RI6A 1TOFA 1F3BA 2QC7A 4PUAA 2VM1A 4NAXA 5IMFA 1JZRA 3E0UA 3UMAA 1MDJA 4AJ8A 8GSSA 2YOIA 3BD2A 3RDWA 5DBQA 4WBJA 4BWSA 4LMWA 4E8EA 2TRXA 1TRUA 1OKTA 2H0HA 4G9HA 3S9FA 5ECKB 3ZRDA 1T4YA 1WIKA 4MJEA 3KH7A 3BOAA 1FVJA 3TKQA 3C73A 1LU4A 4TR3A 3FY7A 3HDCA 2IMEA 2LRTA 4WXTA 2AV4A 3IHQA 1JZDA 5H5SA 1J08A 3D6IA 3VWWA 2IFQA 1EEJA 2LV3A 2MMAA 5D9WA 4EL1A 4LL4B 4MJBA 2REMA 4IHUA 5B6MA 1B8XA 2ZNMA 2F3MA 4BVYA 4JR4A 5ECNB 3VWVA 1M2AA 1Z7PA 3GL3A 2AHEA 5EY6A 1OC9B 2E2MA 3DD3A 4ZXGA 1O6JA 4TR1B 2HYXA 2TRCP 4GSTA 4GCIA 1U87A 2FWEA 2H1BA 2PMTA 4OO4A 4I97A 1EP7A 1XOBA 5AIVA 2IFQB 4HUAA 2B5YA 1AW9A 4PQ1A 1GUHA 1Z3EA 4IQAA 6GSSA 4MF6A 2FWHA 2L6CA 2LQQA 3QAVA 3KEBA 3ISOA 3QD9A 4HQZA 5E59A 2O7KA 4NHWA 4KSMA 2M80A 3DIEA 4BVXA 4IQ1A 3MSZA 2FD3A 5CRWA 4ACSA 1R26A 4X1UA 2IJYA 1UA5A 3ZITA 2B6MA 1TI1A 4EDYA 1ZZYA 2YV7A 4QL7A 5F07A 1A0FA 1K3OA 3M3MA 4NV5A 2VO4A 1Z9HA 5JWRB 4MPFA 3GX0A 4JE1A 4WKWA 2HSHA 4HDEA 1TK5B 4Q5RA 3O6TA 5DVBA 2AYTA 4FYBA 1B9YC 2DJ0A 2QKEA 4LLRA 2WCIA 2C1YA 3KIJA 4F0CA 4IP1A 4ECBA 3RPNA 4FO5A 3SBCA 3FRCA 4ID0A 2GQKA 3ME7A 2B5EA 2JACA 1WRYA 2X8CA 2LKUA 1TK0B 3H4KA 3F0IA 1UC7A 1U3AA 4ML6A 5LCZA 2YP6A 1GRXA 4TR4A 4MZBA 3GH9A 3HY2A 1USBA 7GSSA 2LNSA 3EYTA 2YWMA 3APQA 3A3TA 1I5GA 1V9WA 5IPGA 2V6OA 1EEMA 3N5OA 5JCGA 2GVPA 2HNLA 4DVCA 2OE0A 3GSTA 1G6WA 4E8HA 2MBSA 5IMVA 2O87A 5GSTA 3US3A 5D8IA 5C04A 1EV4A 2A4VA 2H71A 5J9CA 2BMXA 4MK3A 5HR1A 3GKMA 2H70A 5J41A 4OFMA 4HEA2 1BQ7A 3RAZA 1AAZA 5GAPD 2DJ3A 1V40A 5C00A 2CZ3A 2CAIA 2GZZA 2WGRA 4MCUA 1ST9A 4CHSA 3HD5A 16GSA 5IOWA 12GSA 5LNKe 2X64A 1QK8A 2NPBA 2VUPA 5GZZB 1TTZA 1OE7A 1VRSD 5ECPB 1T7PB 4XCSA 5A4VA 1BAYA 2EC4A 4ZB9A 2VL3A 1X9WB 2C8UA 1TU7A 5B6NA 3CRTA 1YZXA 3GIXA 2QSIA 1YF1A 1ILOA 4IKHA 5AISA 2K9FA 1N2AA 2G2QA 2M46A 2N5AA 3M9KA 3H1NA 3FYGA 4Q5FA 2DMLA 3GTUA 3EINA 1EOHA 3LFLA 4AJ6A 4F03A 2MMOA 1VGLA 2H6XA 2GSTA 1XXUA 4I6XA 3TRPA 2JADA 3PINA 2GT6A 4X43A 2HRNA 4EUYA 4I8BA 5IMDA 3VK9A 2OADA 2EIOA 4IBPA 3TRXA 3D0ZA 2DJ1A 4GSNA 1B4QA 2OKAA 5ELAA 3E3EA 3DWVA 2HZFA 3TKSE 13GSA 3CTFA 4I2TA 2P5QA 3GTUB 5INYA 4BPYA 4FIWA 1SYXA 4KDUA 1K0AA 1HNAA 5AGYA 3TB2A 2GS3A 2VCQA 4MDCA 2DBCA 2WZ9A 6GSWA 5GAND 2L5LA 1EV9A 3VWUA 1YF0A 2CX3A 3FEUA 2VCWA 3BCIA 1T8EB 2A2SA 3P8WA 4V2LA 2V6KA 4ECCA 1AQVA 2H0GA 3UAPA 1RQMA 1AQWA 1O73A 1SL2B 1T00A 1O8XA 5AIXA 3IR4A 2R2JA 5CRGA 2C4JA 2WB9A 3ZMKA 4PNGA 4EC0A 2JZTA 1MTCA 3G7JA 3ED3A 2YN1A 1U6TA 1PQNA 2OBIA 2H1AA 2C80A 3TOTA 3FKFA 5COHA 3PR8A 4PURA 2CT6A 5ECIB 4ZB6A 3PGTA 3GMFA 2GGTA 4MH2A 2WRTA 2FLSA 4HU9A 4EE0A 3DYRA 1BEDA 2WJUA 3L9UA 2H0IA 1GSDA 3M8NA 4EDZA 1NSWA 5CNWA 5ID2A 3HKRA 1F6MC 5G30A 2DJKA 5H5QA 3I43A 4GTUA 1T3BA 4POLA 3W6GA 1HQOA 2HT9A 3EU4A 1EGRA 2M72A 5D9XA 2NTOA 5G1LA 3H79A 3TJKA 3R2QA 1WOUA 3L9VA 3CBUA 4NXIA 2GZPA 3LEFA 2C0EA 4KE3A 4I2UA 4N30A 5B7CA 4MZCA 3L4NA 1ZMAA 3D4MA 3ZMLA 3IBHA 5ID2B 1BYEA 5ECHB 4MJAA 1M9BA 3U5RE 2ES7A 3TGZA 4MF7A 2IIYA 2MYGA 1MEKA 1GUKA 1AQXA 3QOUA 2C0DA 2JZRA 1H75A 3APSA 1ZYEA 1ACVA 2RLIA 4GSSA 17GSA 22GSA 3ZTLA 3FR3A 1BX9A 2DIYA 1M7TA 3WYWA 2I1UA 1WE0A 3F9UA 1SK1A 1S3AA 3KCMA 1F3AA 2XBQA 4P3YB 3CSIA 2IPAA 3Q74A 4XHMA 2I9HA 5DDLA 5CRHA 1TRSA 4JBBA 2KHPA 1PN9A 1WWJA 4FH8A 3TJGA 14GSA 2B7JA 1TK8B 3O3TA 5DCHA 4TOPA 3EMXA 2XBIA 3KP8A 5ECRB 1OAZA 2J23A 2LRCA 2F51A 1XPVA 3ME8A 1C72A 4V2NA 4BA7A 5FT3A 3CYNA 4LA1A 3KJYA 2GQMA 3IV4A 1GWCA 2YZHA 5ENUA 2H6YA 1TU8A 1PA3A 2OBKA 3DGQA 1AXDA 2AJQB 4IELA 4RQXA 3MDKA 1O85A 1PX6A 2CVDA 5CRDA 3UJ1A 5IMAA 5DJMA 3BCKA 1GSEA 2XPDA 2O89A 3I6AA 3FR6A 2R6KA 2DJJA 2YPMA 2MMZA 4HQSA 4L5LA 3P7XA 4AJ7A 1QUWA 3RHBA 1U3IA 3QMXA 6GSTA 2P5RA 4MPGA 1EGOA 5B8AA 1HNBA 4QL9A 2XHFA 3ZL5A 1M9AA 1QMVA 4J56E 2BJXA 1ZL9A 2OE1A 3UIWA 2GTUA 5FHIA 5ECQB 2YWIA 2PERA 3HVVA 1OKDA 3G7IA 1Z7RA 4LL1B 2DSAA 4L0UA 3TJJA 2MBTA 4F0BA 3GH6A 2AB6A 1FO5A 1YQ1A 2YWOA 3KD0A 1FB0A 4ECJA 4DSSA 2JSZA 2YV9A 2GQLA 3QFBC 2CQ9A 1XIYA 4OMVA 3QAWA 5B8BA 1SKRB 2NBSA 5CREA 2V1MA 5G5FA 4KB3A 1J9BA 2TIRA 3ZREA 2H72A 1M99A 1ZCPA 3QPMA 5KEJA 1ZOFA 2K6VA 3GKKA 4EKZA 1Q4JA 3RHCA 5F0GA 3EURA 4IJIA 3GA4A 2HSYA 3IXRA 4DSSB 4KNDA 3GRXA 4YQMA 1XW6A 1GSUA 5E4WA 3MWHA 1X9MB 3ERGA 1GTAA 3LXTA 2PUKC 3UOMA 3HVSA 1OVNA 4HU7A 4OWYA 1SK0A 4N11A 5J4UA 3P90A 4OCFA 1BG5A 3A5WA 5DCGA 4IN0A 2H1GA 1SL1B 2EIQA 3FR9A 1Q98A 3Q6OA 3GL5A 1XWBA 3C1SA 2ON7A 3KP9A 4KSOA 3F3RA 4PGTA 2GLRA 1A0RP 2PN8A 3F8UA 4G19A 5A4WA 5ECLB 1XZOA 1Y6EA 4K7OA 4PX1A 1FG4A 2N5BA 4POKA 1JFUA 1E6BA 1S3CA 2R4VA 2X8HA 2LRNA 1HYUA 1O81A 5J5NA 4K0NA 3ZYWA 4IJ3A 2NVLA 1DBYA 1A2LA 1F9MA 3DMLA 2JL4A 3IK9A 5JCUA 1A8LA 1IYIA 2LJAA 1SD9A 4IP6A 3O76A 3A2WA 4KX4A 3F4SA 1PL2A 4PNFA 5EVOA 3M1GA 4V1Ap 2B1LA 1IYHA 4EXJA 3PH9A 1ZYQB 2H30A 3WD6A 3VI5A 5JWQB 2KUCA 3HXSA 1M2BA 3HVXA 1KEBA 4WETA 3C1RA 1X9SB 5IO2A 1X5CA 1JZWA 4QQ7A 3CTGA 2FA8A 3D4TA 1XW5A 5HR2A 3F6DA 4KCAA 5ECMB 2C0GA 3TKRA 2B3SA 2R3XA 1DE1A 3GYKA 3JCML 3W8SA 4J57E 3DVWA 1EZKA 2HRFA 4HS1A 4O92A 1XVWA 5KN1A 4BWQA 1GSFA 1Y25A 3EC3A 3LQ7A 4OFNA 2VCTA 1XOAA 3EU3A 1EP8A 2PU9C 1XWKA 2KP2A 1R5PA 1X5EA 4DSQA 3ZVJA 2CZ2A 4XTSA 2CX4A 1G0TA 2KOKA 2PVQA 2IWTA 3HZ8A 2FNOA 1EOGA 2VAFA 4PQIA 1TI3A 2H74A 3F4TA 2FUG2 2VL2C 3LG6A 1F2EA 3D5JA 3ZVJD 3BJ5A 3GURA 1W89A 5HFKA 2I81A 5G31A 4TXVA 2LS5A 3LORA 4OCEA 2L6DA 3FW2A 4DEJA 2H76A 3FZ9A 6GSYA 3IAS2 2B5XA 3LYKA 2VLTA 3WGXA 2IMDA 1TW9A 1YEXA 3LJRA 3GSSA 19GSA 4NMUA 3CSHA 3HJPA 1GNEA 1TP9A 3IK7A 3F6FA 4HI7A 3HCZA 1GSYA 1THXA 4IGJA 5L71A 2OE3A 1M0UA 1SL0B 1XWAA 2J9HA 4K6XA 4YAVA 1KBNA 4YH2A 3UBLA 4GF0A 3KTLA 2C3NA 4O5RA 4TXOA 4XS4A 3D22A 4G10A 3L0HA 1DE2A 5DJLA 3TCOA 3ZZXA 2A2RA 1ZGNA 3CXGA 1V2AA 1YKAA 3NZNA 4O32A 2OJLA 2KLXA 2FHEA 2DLXA 4MABA 1OE8A 1JHBA 4ECIA 1VF2A 4ZBAA 5DALA 4WR4A 5HFIA 1E2YA 4EO3A 1JLWA 2IMIA 3FK8A 1GTUA 2VL2A 1TRVA 4TXOB 3N9JA 1KTEA 4XS4B 4D73A 3CRUA 3GN3A 2YNXA 3LWAA 5D93A 2V2GA 4ZIJA 4AGSA 4MH3A 1FOVA 3CSJA 4ML1A 2LNTA 1QQ2A 1VF4A 3V1WA 2GZYA 1A23A 4OO5A 5DALB 1ABAA 1YEPA 1RK4A 5LD0A 3DXBA 4HZ2A 1QXHA 2YJ7A 4KW6A 2RUFA 4IVFA 4PUFC 3UVTA 1YY7A 2LTKA 3SWLA 4POBA 2VM2A 1T1VA 3NOFA 2R5GA 20GSA 2B1KA 5D9TA 4D73B 2ZUPA 1GTIA 1K0OA 1GSSA 3DRNA 4JU5A 2YANA 5KN3A 2H01A 2H66A 1A8YA 1VF1A 4F82A 2C3TA 1SYRA 3P2AA 4TR0A 4XIHA 5G1KA 4DSRA 1QFNA 5F05A 5IO0A 4WF5A 3DVXA 3GNJA 2C0FA 4XS6A 2FWGA 1YJ6A 4JZQA 1K0BA 3G7YA 2BTOT 2VOCA 1MD3A 1G6YA 3FZ5A 1U88A 4WBRD 2DMMA 3TDGA 1TXXA 1OYJA 2B7KA 4K7IA 3H8QA 1OC3A 2AUVA 1MD4A 1NHYA 2JZSA 4G2EA 4Q5QA 1GTBA 1FAAA 3FHKA 2CV4A 18GSA 4MLYA 3VPTA 1V58A 1VF3A 3A2VA 5EPFA 4KDYA 4ZL7A 1ON4A 4KA0A 4CW9A 2H1DA 1A24A 3U6VA 3MAKA 4Z7XA 4GRFA 4IW9A 1GLPA 5KN0A 5D73A 1X5DA 4FYCA 4WR5A 1LJRA 1OC9A 4KCEA 2ALBA 2VCZA 1XFLA 3ERWA 3KGKA 4N10A 4K2DA 3ZIVA 3KTBA 2QGVA 2GSSA 2JSYA 4TR1A 3EE2A 5EL8A 3CMIA 1PRXA 3A2XA 3GKXA 1K0NA 3ERFA 5F8BA 3KZQA 4KDXA 2VD1A 1YKCA 1Z6NA 2MMNA 2WS2A 3LYPA 2PGTA 3TUEA 4K7NA 2E0QA 4YQUA 3GUSA 4BL7A 1ERVA 3IDVA 4KAEA 2DJ2A 3LXZA 1ML6A 1O8WA 4AF2A 3J7Yk 3UVHA 1XCCA 4EF0A 4F2IA 3E9JB 1K3YA 3VURA 5DQYA 5F06A 2H73A 2IMKA 2IL3A 3QAGA 5HR0A 1CQGA 4K1FA 1QGVA 6GSVA 6GSXA 3TKSC 3KMNA 5H5RA 2RM5A 4KGIA 2RUEA 5IMZA 3TJBA 3FZ4A 4OD7A 2F9SA 1JZOA 2L4QA 1R7HA 3HA9A 2HE3A 2LJRA 3GV1A 1PD21 1N8JA 2RM6A 5HQPA 5JCWA 4ZL8A 1THOA 2LSTA 2LUSA 1SKWB 2P0GA 3HHVA 5J9BA 4LMVA 3RPPA 1G7EA 4N0VA 3LSZA 4ILFA 2GT5A 4ISDA 1UN2A 5D96A 1G7OA 2HZEA 3D21A 1A2JA 1UVZA 3HJOA 3VLNA 1GH2A 4ZBBA 3AY8A 1ERTA 3QFAC 5FWGA 3TKPA 5IM9A 3J7Yb 1NHOA 4TKYA 2O85A 1TJDA 1R5AA 3W8JA 2VL9A 3KMOA 3ZFLA 1HNCA 3IA1A 2L57A 2DIZA 1LBKA 3TRQA 3GHAA 5J3RA 2H75A 1PMTA 4O7HA 3VWXA 1F37A 4IS0A 4HJ2A 2ZCTA 4HZ4A 2HZEB 2NDOA 3M9JA 2OA7A 2LJKA 1PL1A 4L0WA 1RW1A 4JEDA 2XPEA 1TRWA 1AUCA 5ELGA 1GP1A 1PX7A 2H19A 1GLQA 3TJFA 2IN3A 4Q5NA 1H4OA 4TVEA 3APOA 3TKSA 4JR6A 5HR3A 3I69A 5ECOB 1SJIA 3UARA 3KXOA 4K9ZA 2V41A 4MA9A 1I9DA 4RUVA 2FGXA 1TKDB 2F8FA 1XWGA 3QR6A 5IPHA 2H6ZA 1FB6A 4NHZA 1K0MA 2L59A 4XS1A 3HZ4A 1R4WA 4RI7A 2L5OA 2FY6A 1GULA 1SK2A 3C71A 4HJMA 1B48A 4N0ZA 10GSA 1WP0A 2YJHA 3QDNA 3TOUA 2VLVA 1PKWA 2FA4A 4EVMA 3IAM2 3IRAA 2K18A 4ULXA 3L78A 1NM3A 4F9ZA 3WGDA 2I3YA 4FYUA 2E7PA 2WULA 4GQCA 5ABRA 3KM6A 2WDUA 3EVIA 3WT2A 2GSRA 2PWJA 3ZIJA 9GSSA 4POMA 1XBSA 4ZILA 3ZFBA 3HYPA 3MNGA 3M0FA 4MZWA 5IQYA 2CAQA 3FZAA 5G2ZA 1WJKA 2HFDA 4ZL9A 3BBYA 4L8EA 1SJZA 1SJ6A 2DC5A 1O7UA 4PXOA 2N5FA 1DSBA 2VCXA 4RQRA 4MJCA 1JLVA 4KUNA 1PGTA 4NV2A 3Q19A 1AC1A 5CYYA 2CVBA 1GUMA 1EWXA 3C8EA 5CO3A 2GSQA 2LEGA 1DUGA 3IOSA 1GL8A 1SKSB 5AN1A 3F4RA 4WEYA 4XRAA 5IMCA 4NWYA 5A5KA 4JRRA 2H8LA 2VCVA 3H93A 2PBJA 3IC4A 2F8AA 5JWOB 2IMFA 3DEXA 4K0GA 1SENA 1Z6MA 4XRDA 3EMPA 4V1Ag 3HJMA 4ZB8A 3K8NA 1YDKA 1FVKA 4YQVA 2EIRA 1KNGA 2Z9SA 3F3QA 5IIZA 4PQHA 4GLTA 3VPQA 4ZBDA 3QCPA 3IPZA 4GQFA 3NIVA 2FCHA 2VIMA 1NW2A 4WF4A 5CAXA 3RBTA 6GSUA 1FHEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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