1SKRB

T7 dna polymerase complexed to dna primer/template and ddatp
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 25
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1skrB00
1O73A 1BQ7A 3C1RA 1FVJA 1V58A 1YY7A 4HU9A 4K2DA 5HFKA 16GSA 5HR1A 3VWUA 3TB2A 1V40A 2WULA 3EMPA 1FB0A 1V98A 1VF2A 3QFBC 5GSTA 1WP0A 3MAKA 5IMZA 5HR0A 3G7JA 3O76A 1YKAA 5AIVA 2VCZA 3GN3A 4F9ZA 2A2RA 4OMVA 5EVOA 4ZXGA 1SYRA 2H70A 2TRCP 2PUKC 2CVKA 3APOA 3NOFA 4XS6A 22GSA 3GKMA 3KGKA 2FWHA 4XRAA 4HU7A 5J5NA 2QKEA 3ERFA 2V6KA 1DBYA 1O7UA 1GSEA 3UBLA 1T00A 1K0CA 1J9BA 3CSIA 3HZ8A 1HNBA 2O89A 5AISA 3P2AA 3HJMA 3UJ1A 1XVQA 1AUCA 4H86A 3M3MA 4G2EA 3GNJA 3G7IA 3DMLA 5A5KA 1Q4JA 2YV7A 3UARA 1YF1A 5IMAA 5AGYA 1FW1A 2X8CA 4GRFA 6GSVA 1NM3A 3EWLA 1WPIA 1E2YA 5G1KA 5ENUA 2VL2C 4MMMA 1TK5B 3TKSE 5ECOB 1EP7A 2FCHA 4OFNA 3F63A 3CTFA 2F3MA 1GL8A 1Z9HA 1M2BA 4TR0A 5F06A 2YCDA 5IQYA 4EUYA 3P7XA 4GSNA 2MBTA 5CYYA 4F0CA 2YN1A 4PNGA 4E8EA 4IQ1A 3KCMA 2PERA 3D22A 1FVKA 1FOVA 4YAPA 1GUKA 5IMFA 4E8HA 5DALB 2DSAA 3HJPA 3GUSA 5FT3A 4ZL8A 2XPEA 4WR4A 4MJBA 3VPTA 2HLSA 1MDKA 3F0IA 2YZUA 4YH2A 4ZILA 2KP2A 4N0ZA 3LQ7A 1EOGA 3EVIA 2VOCA 2C8UA 4JR6A 3GH9A 3IXRA 1ZMAA 4WKWA 3IK9A 4IS0A 3GSSA 3ZITA 1QFNA 3PGTA 4TR3A 1XIYA 4L0WA 2JZRA 1F3AA 4EVMA 5KEJA 2WRTA 4MF5A 4YQVA 2HRNA 1MD3A 1TJDA 1OE7A 2CAIA 2MZCA 4O7HA 6GSXA 5J3RA 1SK1A 3RPNA 2FGXA 4NPBA 3TJJA 2VAFA 3EMXA 4G10A 2FWEA 5DQYA 1SJ6A 3LYKA 1BJXA 2H0HA 1EV9A 1ZYEA 5INYA 1XFLA 2K8SA 2VD0A 3HD5A 1K0DA 4MJCA 4IGJA 3N5OA 2IN3A 4I6XA 3HXSA 1JZRA 3O3TA 2HZEB 3QCPA 3GV1A 2HE3A 4WBJA 1YQ1A 2O7KA 2ZCTA 1ZGNA 4ML1A 3RHCA 1GTUA 2VLUA 1VF4A 2DLXA 3CRTA 5D9VA 3IHQA 1SKWB 3DXBA 2E2GA 3H8QA 3HY2A 2LNSA 2RIIA 2VLVA 2TRXA 5DALA 4GSTA 2GT5A 2XC2A 1U87A 3HVXA 1ABAA 3F6FA 4KCEA 2E7PA 5KN2A 2PN8A 2JU5A 4TRXA 4TR4A 3ERGA 5ELGA 2H1AA 2PMTA 5CP1A 2R3XA 1R26A 1SL0B 1B8XA 1TRWA 5FWGA 1JLVA 2YZHA 2BMXA 3F4TA 3L4NA 5IIZA 3KMOA 1GSSA 4JRRA 4PUFC 5ECHB 3QAGA 4EF0A 2E2MA 4HQZA 4KDUA 2LS5A 1LBKA 1XPVA 2GSRA 2AB6A 4O32A 3F4RA 5KN0A 4TW5A 1SJZA 14GSA 2GSSA 1JHBA 1Z3EA 2X99A 2QC7A 4FYUA 3C7MA 3LYPA 3DKSA 5DCHA 2LRNA 3LORA 1F3BA 2H6YA 1A24A 1ZOFA 4POMA 1EGOA 3D21A 2YPMA 1GUMA 2VCVA 2VLTA 3ZIJA 4I97A 4YAVA 2QSIA 3FR3A 3BOAA 1ERTA 2HZEA 3R2QA 4BL7A 2VUPA 1OC9A 1F6MC 3AY8A 4KCAA 4LMWA 3ZMLA 1R7HA 5H5RA 4GTUA 4ILFA 4DSRA 2VCXA 5B6NA 3DYRA 1BAYA 1Q98A 5DAKB 2H66A 3VWXA 2KHPA 1IYHA 2LQQA 4ZL9A 2AJQB 4KDXA 4KE3A 2CX4A 1GSUA 2GSQA 2AV4A 3FZ9A 1A0FA 3WD6A 8GSSA 2C0DA 5ELAA 3C1SA 3GL5A 1VRSD 5G2ZA 3IAS2 3I9V2 1XZOA 1A0RP 2H72A 4PNFA 1TXXA 2HI7A 5EPFA 1OAZA 2CZ3A 1TDIA 3LSZA 3ED3A 3SWLA 4P3YB 11GSA 3U6VA 3F3RA 2KUCA 4IJIA 1K3OA 2CX3A 1Z6MA 4WETA 2OA7A 4KA0A 4BWQA 3C8EA 5G5EA 5J9CA 1R5AA 2WS2A 5JWOB 4PQ1A 3EE2A 1WIKA 4EKZA 3VURA 3ZL5A 4LMVA 4YQUA 1ON4A 4TR1B 2LTKA 1AC1A 2LKUA 2F8FA 4IN0A 2G0FA 4WF5A 2FY6A 3M8NA 5JCWA 2I4AA 1GSQA 1A2JA 3L9VA 4PGTA 3RDWA 3EC3A 3LWAA 4XTSA 1ERVA 3VPQA 2ZUPA 2ZNMA 2R37A 3M9JA 1BG5A 1K3LA 1SENA 2IFQB 3BBYA 3CXGA 2A4VA 1X9MB 2DJJA 5IOWA 3FW2A 2LRCA 1ERWA 2NPBA 2C3NA 2DMMA 1DSBA 1U6TA 1X0RA 5IPGA 2B6MA 2DJ0A 2RM6A 4PUAA 4NAXA 2CAQA 4GQCA 2V1MA 2FLSA 1K0MA 1DE2A 5DAKA 4J56E 4K6XA 1YZXA 3QFAC 1OYJA 2MMNA 5HR2A 4CW9A 1MD4A 4QL7A 5CREA 3ZZXA 4F82A 2R6KA 2WB9A 2IPAA 2N5AA 1J0FA 1RK4A 2L6CA 4XCSA 4YQMA 3EYTA 3I69A 4ZB6A 4BA7A 2H75A 1QQ2A 3NZNA 2EIOA 4DSQA 2NVLA 3IAM2 4V2MA 5A4VA 4NHWA 4DSSA 1QUWA 3S9FA 2HNLA 2JSYA 2VM2A 5DVBA 2LRTA 3I6AA 4IKHA 4OO4A 1X5DA 3IPZA 2RUEA 1A2LA 1N2AA 3Q19A 4LL1B 2K8VA 10GSA 1A23A 4K7IA 4TR1A 2B7KA 1W89A 1USBA 4OWYA 2L6DA 2FHEA 3RBTA 3CTGA 2AUVA 4FIWA 4POBA 4ISDA 5F05A 2ON5A 1M0UA 2PVOC 3GFKA 5HQPA 1M99A 1ERUA 3H93A 1RQMA 2H1DA 1T8EB 2YP6A 2B3SA 2GZYA 4BVYA 1KNGA 2NDOA 1U3AA 1CQGA 1VGLA 3E0UA 3F4SA 1DUGA 2MYGA 2RLIA 3TGZA 4EC0A 1PSQA 1ACVA 1SKSB 3DRNA 2IFQA 5FHIA 4BWSA 1DE1A 1KTEA 4I5QA 2BJXA 1T4YA 4N0VA 1NHYA 3PINA 3DD3A 2CA8A 1F9MA 4D73B 2H76A 3C71A 1HNAA 5D96A 2C3TA 1MTCA 2CQ9A 2I1UA 5JWQB 2VCQA 2IMEA 2I3YA 2OE3A 4GLTA 3LFLA 1JFUA 4MCUA 4ZB8A 4ZL7A 4N11A 4IW9A 1V57A 4AJ8A 5KN3A 2HZFA 2L4CA 4HI7A 2P31A 1T3BA 1PKZA 4OCEA 3DVXA 3OR5A 4RQRA 3FHKA 1M9AA 2EIQA 2LJKA 2B7JA 4POLA 2HYXA 3A2VA 3TKSA 2L4QA 2M72A 1T7PB 2AHEA 2F9SA 2BTOT 4K1FA 3M1GA 4MJEA 1G6WA 4HJMA 2LV3A 3W6GA 2V6OA 4XHMA 1WJKA 3WGDA 4WEYA 4K7OA 3ZMKA 1SU9A 2YJ7A 1F37A 3K8NA 2FWFA 2GZZA 3FZ5A 3FK8A 3IRAA 3QOUA 1SL1B 2OBKA 2FWGA 4FYCA 3KTBA 5F0GA 1ZL9A 2V2GA 4MK3A 4HQSA 3M9KA 4WXTA 2J23A 3MWHA 5KN1A 1HQOA 1TRUA 1GRXA 1R5PA 4JR4A 1GLPA 3N9JA 4XIHA 1TP9A 1LJRA 3J7Yk 3G9BA 1EEJA 1GULA 4D73A 1ST9A 4WR5A 2H8LA 2F51A 3HHVA 1K0BA 3DGQA 4O5RA 4F03A 1O6JA 1S3AA 1M2DA 2MMAA 3D5JA 1GNWA 4X43A 3TCOA 2H19A 4GXZA 3UAPA 1K0AA 1E6BA 1XOAA 3GKNA 1AW9A 2JZSA 4KH7A 4ECBA 2YWOA 4KGIA 3C73A 3KH7A 1TU7A 3GX8A 4DVCA 1R4WA 2Z9SA 3ME8A 5ABRA 4MPGA 3WGEA 2HSHA 3CSJA 2F8AA 3TKSC 1GP1A 5J41A 1WMJA 4PQIA 2H71A 2C0EA 3EURA 1GWCA 2AAWA 3KJYA 1IYIA 1WE0A 1OE8A 1T4ZA 2L5OA 1FAAA 5CRGA 2VO4A 2CZ2A 2WGRA 1H4OA 5C04A 2WFCA 1ZZYA 3L0HA 3TRXA 3LXZA 5IMDA 1GNEA 2I81A 1AQVA 4JE1A 2VL9A 3ZREA 13GSA 3KZQA 4NV5A 4GQFA 5B6MA 2CVBA 4HJ2A 4EE0A 1SD9A 5E59A 2EC4A 5DJLA 3HVVA 4I2TA 3GMFA 3VI5A 1JZWA 4ECIA 2FA4A 3H4KA 3V1WA 2NTOA 1LU4A 3HVSA 4KUNA 1SD8A 4K8MA 2B5EA 4OD7A 4MPFA 5AIXA 4TXVA 3KH9A 3GYKA 3KD0A 2HFDA 3WT1A 4MP4A 3Q18A 5H5QA 1NW2A 3IA1A 1K3YA 1M7TA 2GS3A 2IMFA 4NV2A 2H1GA 2HSYA 2DIYA 3IK7A 5B7CA 1EV4A 4ML6A 3TOTA 3M0FA 1GSYA 1B9XC 1U88A 2PWJA 2DBCA 3BJ5A 3CMIA 5G1LA 2CVDA 2CV4A 2OE0A 2IIYA 3UMAA 2GT6A 3TJFA 3G7YA 1TW9A 1G7OA 1UN2A 3MDKA 4KX4A 1FB6A 2H6ZA 2YV9A 3E9JB 3LG6A 1VF1A 2P5RA 6GSWA 1BYEA 2LNTA 2VCWA 5ECNB 2HXKA 4RQXA 1XW9A 4G19A 1TK0B 1SK0A 2X8GA 4OFMA 4AJ7A 1GSFA 4L0UA 2E0QA 5HR3A 1YEXA 3F9UA 3UVTA 1XOBA 4HUAA 2DJKA 2KLXA 4NMUA 4ECJA 17GSA 2YOIA 4L8EA 5ECRB 3L78A 3TKPA 3TOUA 3RHBA 1GH2A 1PL2A 4AJ6A 3KMNA 5IO0A 1XCCA 3DVWA 4ID0A 4F2IA 3BCIA 3ERWA 4LLRA 5CNWA 2O87A 3ISOA 1WWJA 2JADA 3D0ZA 1Z7RA 2NBSA 3ZFBA 2WJUA 4K0GA 5D8IA 2M80A 4J57E 3FR6A 3GURA 1SL2B 3FEUA 2GQKA 4ZIJA 4BVXA 5LD0A 5E4WA 1PKWA 1M9BA 1QXHA 1SJIA 2C1YA 2RUFA 1YKCA 2H01A 4EO3A 2O8VB 4MF6A 3VI7A 3H79A 2YWMA 4L5LA 5F8BA 1G6YA 4FO5A 3IOSA 4IBPA 3APQA 4MABA 2C3QA 4TKYA 1XWGA 5ID2B 1G0TA 4AF2A 4DEJA 4MZCA 2XBQA 5DBQA 1YEPA 2H0GA 2YANA 3IE3A 1TOFA 3ZLPA 1K0NA 2JACA 1ML6A 1H75A 2MMZA 1S3CA 1T1VA 5A4WA 1EGRA 3SBCA 4MZWA 5ECMB 3DWVA 4KDYA 3CYNA 1JLWA 4QL9A 3Q74A 2GQMA 1PQNA 3QDNA 6GSUA 1EWXA 2B1LA 3TJBA 1ILOA 1URMA 1OC8A 2G2QA 5IOXA 2QGVA 1V2AA 3ZFLA 4J2FA 3APSA 1N8JA 1OKTA 4MZBA 4MH2A 1XBSA 2PGTA 3FR9A 1RW1A 3KIJA 1VF3A 1GUHA 4QQ7A 7GSSA 2FA8A 4KSMA 1PA3A 2DIZA 4LL4B 3D4MA 2I9HA 4MA9A 4MJAA 2DJ2A 3KP8A 2HT9A 1M2AA 6GSTA 1EEMA 2V41A 1HYUA 3LEFA 4IJ3A 3MNGA 4ECCA 12GSA 3BCKA 3UIWA 2IWTA 1YDKA 1TKDB 5CO3A 2PU9C 2D2ZA 4JU5A 5DCGA 2GZPA 4IQAA 4XS1A 3P90A 2IL3A 4X1UA 1TI1A 3DEXA 3MSZA 5ID2A 5AN1A 6GSYA 1EP8A 2VL3A 3KTLA 4ULXA 5CRWA 3FZAA 5A4UA 3QD9A 3O6TA 3ZYWA 4NWYA 2ALBA 2R2JA 1WOUA 5EL8A 2OACA 1XW6A 1CQHA 3CSHA 4OCFA 3A2XA 1J08A 4Q5RA 2LUSA 5DQSA 3IBHA 3HJOA 2XHFA 3W8JA 9GSSA 1TI3A 2LQOA 2OJLA 3FZ4A 2LEGA 2K6VA 2P0GA 4NXIA 1JZDA 3D6IA 4V1Ag 4ZB9A 1QGVA 4EDZA 2ES7A 1XWCA 5DDLA 2X64A 1MDIA 1TU8A 2TIRA 3HZ4A 3F8UA 1V9WA 2B5XA 4XS4B 2AYTA 3HDCA 1AXDA 3PH9A 4EDYA 4CDOA 4Q5QA 4ACSA 5J4UA 2WCIA 4ZBDA 3GKKA 2YWIA 4OFTA 2OKAA 2FD3A 2R5GA 1Y6EA 4HDEA 1KBNA 2EIRA 4KNDA 4L5OA 4AGSA 2LJAA 3UEMA 1UA5A 2V32A 2C80A 1GTAA 1NHOA 4GSSA 2J9HA 2JL4A 3LJRA 5IMVA 1G7EA 1O8WA 1XWKA 4MLYA 5GZZB 3GKXA 4CHSA 1A8YA 1QMVA 1U3IA 4TOPA 2H6XA 1OKDA 3KP9A 2GGTA 3GHAA 2H74A 5CRHA 2PVQA 2XPDA 4BPYA 3ZVJD 1QK8A 2MMOA 4GWRA 4K0NA 5EY6A 5ECIB 2P5QA 5D73A 3Q6OA 1PMTA 1BX9A 1I9DA 3EINA 3TDGA 5G30A 3ZIVA 3ZVJA 2OE1A 1B9YC 4HS1A 5IMCA 1GTBA 1HD2A 1Z6NA 2RM5A 3GIXA 3KEBA 4IHUA 4MF7A 2H1BA 3D4TA 3L9SA 1F2EA 3E3EA 1A2MA 4V2NA 4KSOA 2WDUA 2JZTA 3EU4A 3VFIA 3LXTA 3UL3A 5DJMA 3L9UA 4WF4A 3ZTLA 2H0IA 3GRXA 3RPPA 5J9BA 4TVEA 4XS4A 1Y25A 1ZYQB 2GSTA 3W8SA 3QAVA 5GAPD 4MDCA 3HKRA 1OC9B 5ECPB 1TTZA 3P8WA 18GSA 5JCUA 4JZQA 3CRUA 1S3DA 3KXOA 2PBJA 5CAXA 1KEBA 4WBRD 3HYPA 3TJGA 2VIMA 1C72A 3GSTA 1OVNA 5CRDA 2YWNA 1A8LA 1PX6A 1TRSA 6GSSA 3GH6A 2IJYA 1SKRB 5GSSA 4I2UA 1EOHA 1FHEA 4N30A 1YJ6A 4PQHA 3TRQA 5ECLB 1GTIA 4K7NA 4TXOB 3GTUB 5HFIA 3FKFA 2L57A 1Z7PA 5D9TA 20GSA 5IM9A 4IP6A 1THXA 2KP1A 1W4VA 5H5SA 2DJ1A 3GA4A 1K0OA 5LNKe 1PN9A 3F3QA 3UOMA 3US3A 3IC4A 5ECSA 3QPMA 4XRDA 3UVHA 1X9SB 1TK8B 1THOA 1AQXA 1FG4A 3FY7A 2JSZA 4GF0A 4Q5FA 1AIUA 2N5BA 5HFGA 2OADA 3GL3A 1PGTA 3TKRA 3A5WA 2DJ3A 2VCTA 3HA9A 3QMXA 4Z7XA 1B4PA 1GLQA 3H1NA 3VWVA 19GSA 5GAND 2HRFA 5C00A 3WYWA 5JWRB 3VLNA 3F6DA 4POKA 4KB3A 1X5CA 2XBIA 5B8BA 3WT2A 5IO2A 5IPHA 5L71A 4JBBA 3PR8A 1GSDA 4V1Ap 2L59A 2IMKA 4HOJA 1B48A 4I8BA 2C0FA 4LA1A 3EU3A 2H73A 2FUG2 2GVPA 4EL1A 3UBKA 4K9ZA 2L5LA 4G9HA 4PXOA 2B5YA 3IDVA 4ZBBA 5D93A 4IP1A 4MH3A 4N10A 2OBIA 1AAZA 2LJRA 4KAEA 3VK9A 4NHZA 3GTUA 4TXOA 5F07A 4F0BA 4DSSB 4IVFA 2O85A 3BD2A 1SK2A 4HZ4A 2C4JA 3WGXA 5LCZA 2REMA 1XWBA 2PPTA 3I43A 4RI7A 1UC7A 1EZKA 2YJHA 4ZBAA 2IMDA 1PX7A 3HCZA 2VM1A 1PD21 3CBUA 3J7Yb 1FO5A 4GCIA 2CT6A 2VD1A 1XXUA 1BEDA 4PX1A 4KW6A 2DMLA 1MDJA 3IV4A 1I5GA 1SYXA 3VWWA 5G5FA 1UVZA 3QAWA 1X5EA 3QR6A 5JCGA 2B1KA 1PRXA 5COHA 4RUVA 3A2WA 3GX0A 3TKQA 2IMIA 2GLRA 2K9FA 2KOKA 2YNXA 2DC5A 4HEA2 3KM6A 3A3TA 3JCML 1PL1A 1YF0A 2MBSA 3TUEA 5D9WA 2GDRA 5G31A 1O81A 4JEDA 1AQWA 4V2LA 3NIVA 2H30A 5ECKB 1XWAA 5B8AA 2ON7A 1XW5A 4O92A 3FRCA 3DIEA 1MEKA 2X8HA 4TN8A 1TRVA 3TRPA 2M46A 3FYGA 3TJKA 4IELA 3ZRDA 2GQLA 2C0GA 2GTUA 3U5RE 1X9WB 1JZOA 1B4QA 4OO5A 1O8XA 1Z5YE 1ZCPA 3IR4A 5D9XA 4X0XA 4RI6A 2K18A 1O85A 4FH8A 3RAZA 2FNOA 1WRYA 2A2SA 3ME7A 2VL2A 2R4VA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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