1SKSB

Binary 3' complex of t7 dna polymerase with a dna primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 27
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1sksB00
2H70A 1TXXA 3HY2A 1GUKA 4IQAA 2B7KA 4QQ7A 2JSYA 3EINA 3HYPA 3IR4A 1EEJA 1ZYQB 1HNCA 3VPQA 1A8YA 2B1LA 2DMLA 1QMVA 3LORA 2XPDA 1UVZA 3C1SA 2DJ2A 2GSRA 2I3YA 1YF1A 1TK0B 2B6MA 3RPPA 3GMFA 3ZVJD 3IK7A 4F0CA 3U5RE 3ERGA 5ENUA 5ELAA 4TW5A 5LCZA 4IBPA 2DJKA 2H0GA 1GTBA 4I2TA 4OFTA 1OE7A 2LUSA 5GSSA 2H66A 3A2WA 3EYTA 3HXSA 1USBA 2LNTA 4ZB9A 1FVJA 1R26A 4HZ4A 3F4RA 1ZCPA 1R5AA 3KMNA 3QFBC 4MDCA 4KNDA 5H5SA 2PBJA 3D4MA 5J41A 2LQOA 3EC3A 1O8XA 5JCGA 2CV4A 4WEYA 2PMTA 1ZL9A 3R2QA 3IOSA 2HFDA 4BVXA 2H8LA 1PA3A 3KTLA 3TCOA 4L8EA 5C04A 4OO4A 3TUEA 2E7PA 2C3NA 4O32A 3GUSA 1KTEA 4KA0A 1M2AA 8GSSA 5D9WA 1T00A 1XXUA 1JZDA 5CP1A 4YAPA 2R6KA 4NV2A 2CZ3A 1X5DA 1WP0A 1EOHA 2FLSA 1HYUA 1GSSA 1WE0A 3ZMLA 1R7HA 4HJMA 4OFNA 4J2FA 5DQSA 4XIHA 4FYCA 4MA9A 2VIMA 3C8EA 4X1UA 3ZFBA 1SK1A 2PUKC 2LJRA 2ZNMA 3QCPA 4XS4B 2JSZA 2AUVA 1JHBA 1ZOFA 4RUVA 4MP4A 3BOAA 3GN3A 2CAQA 4K8MA 5CRDA 2GLRA 2P0GA 2VL9A 2CQ9A 2PVQA 3IK9A 2JZTA 1O8WA 3UARA 2ZCTA 1JZOA 3DVXA 4GQFA 5ID2A 3U6VA 5HR3A 3O76A 5G31A 3RBTA 3EU4A 1YF0A 1TKDB 3GIXA 18GSA 5EY6A 3W8JA 2PWJA 5F05A 1XVWA 4DSSA 4PUFC 2VAFA 2FHEA 4PQHA 4PX1A 1F3AA 3UVTA 4JRRA 4DEJA 5DJMA 1SK2A 5H5QA 5CNWA 1GNWA 1PKWA 3M0FA 4PXOA 3DYRA 5DQYA 2K6VA 1T8EB 3LEFA 3PR8A 4PQ1A 1O73A 2JADA 3FEUA 4FYBA 4TR3A 2V41A 3KH7A 1XW6A 3M1GA 1FW1A 1SKRB 3FRCA 4X0XA 3BCKA 2F8FA 2H71A 4L0UA 5AIXA 5AGYA 3TKSE 4KE3A 2BJXA 2O8VB 4HI7A 1GL8A 2OADA 1CQGA 3GV1A 4GWRA 3GX8A 2O85A 4MMMA 4Z7XA 3DD3A 5EVOA 3GNJA 2H0HA 3IE3A 5GAND 5CAXA 1T4YA 3NIVA 4D73A 3Q6OA 1GSUA 4NHWA 3TGZA 4X43A 3GTUA 3F3RA 2OE3A 1S3CA 2IFQA 4NWYA 2GT6A 1B48A 5F06A 2H1DA 4GSNA 4TR4A 5HFGA 2LSTA 1B4QA 2QC7A 2LKUA 2KP2A 3EE2A 3QAWA 3VWXA 3J7Yb 2HI7A 4MABA 3GFKA 1PKZA 1GWCA 1UC7A 4MZBA 1LJRA 1Z7PA 5CRGA 1T3BA 2FA8A 3RHBA 3L9VA 1O85A 3KEBA 3FHKA 2HZEA 1V57A 2L59A 3MAKA 4FIWA 3QAVA 2LTKA 2YWIA 1BX9A 5A4WA 1EV9A 2LRCA 1FB0A 1B9YC 1VRSD 1SKWB 2FD3A 2JL4A 5F0GA 3Q74A 3ZLPA 1FB6A 1WPIA 2TRCP 5ECLB 2B5YA 1K3YA 3C7MA 2VL2C 4PUAA 1ERTA 2P5QA 1JLVA 3CMIA 4TXVA 2H72A 2AB6A 3FK8A 1MTCA 4XCSA 1TJDA 3P7XA 3HJMA 4G9HA 2FUG2 1T7PB 1SYXA 4NAXA 1KEBA 1A23A 1PD21 4KGIA 4N0VA 3PGTA 3V1WA 2GSTA 2IIYA 4MCUA 1M7TA 1Q4JA 1WRYA 2WZ9A 5DAKA 2H01A 3HZ4A 2VCWA 3HHVA 1SJ6A 3TJKA 1M9AA 1O81A 3GHAA 1F37A 2C3QA 3KD0A 3G7JA 3KXOA 4GXZA 3FZ4A 13GSA 5HR1A 2YPMA 1GULA 1UN2A 3D22A 4K2DA 3LQ7A 1HQOA 3IAS2 4HQSA 2ALBA 1SL0B 4MLYA 2M46A 2VLVA 2X8HA 3WGXA 2MYGA 1RK4A 4K1FA 1BG5A 1EP7A 2LS5A 2N5FA 1ERWA 4KDXA 3P90A 5DCHA 4ZILA 3KCMA 2DIYA 4G10A 4AJ6A 3G9BA 2PGTA 4N0ZA 3BD2A 4CW9A 3F0IA 3L78A 4MPFA 1OVNA 4NXIA 4KCEA 2VOCA 3H4KA 1F9MA 3SBCA 4TVEA 4AJ7A 4MF7A 4N11A 5D9XA 2YWOA 4GLTA 5CREA 3M9JA 3RDWA 1J9BA 4AF2A 3CBUA 3ZFLA 4ZBDA 2I9HA 3HKRA 6GSSA 4RQRA 1R5PA 4IQ1A 4JEDA 1URMA 3LXTA 4GQCA 4L0WA 2JACA 2YCDA 2H75A 4AGSA 3QOUA 2K8VA 4WR5A 3TB2A 4XS1A 2C0GA 4BVYA 2HZFA 4KAEA 4F03A 5B6NA 2GZZA 4QL7A 1XWKA 4WBJA 4BWQA 3HVSA 4GSTA 5LD0A 2VLTA 5ECHB 2C0EA 3GURA 3G7IA 4HEA2 5IMDA 3MNGA 3DIEA 2PERA 1PRXA 1XOAA 1SD9A 3BJ5A 3TRQA 1R4WA 4BL7A 1OKDA 2YWNA 5ID2B 1VGLA 5DBQA 2DMMA 3MWHA 1DUGA 1N8JA 1A0RP 3GKNA 2IMKA 4RI7A 4ECIA 4OMVA 3CSIA 3ED3A 2J23A 4HU9A 3ERWA 12GSA 3TKPA 1FO5A 5LNKe 1ACVA 1PX6A 1DSBA 2J9HA 3RAZA 4GSSA 2C8UA 1JZRA 4WXTA 1TRSA 1VF4A 1XVQA 3L9SA 2H6YA 1S3DA 1GTAA 2VL2A 4E8EA 3HD5A 1GUHA 3KM6A 1E2YA 3GH6A 1U87A 1K0DA 5ECIB 1A2JA 2R2JA 2FWEA 4JR4A 4AJ8A 4CDOA 4YH2A 5DVBA 1H75A 2FWFA 1XBSA 4JU5A 5AIVA 5D9VA 4ECJA 3M3MA 3F63A 4JE1A 3W8SA 1NM3A 2YANA 3TDGA 2MMAA 3HVXA 2AJQB 4D73B 3HA9A 3GTUB 2IFQB 4WR4A 5ECQB 3QPMA 4ZL9A 2AHEA 4V1Ap 3D0ZA 2HRFA 3ZREA 2L6DA 1ZZYA 3KTBA 5IMAA 2GGTA 4KH7A 2CAIA 2GQLA 3EWLA 1EEMA 3GX0A 1G7EA 4EF0A 3ZYWA 3TKSA 1OE8A 1EGOA 2RUEA 1GRXA 3IC4A 1PL2A 2C0FA 2CVKA 3TRPA 5ECNB 4K7OA 2I4AA 5A5KA 6GSUA 1ML6A 1SU9A 1X9SB 1B9XC 2HZEB 4MH2A 2VCVA 4TRXA 1VF1A 2GZPA 5B7CA 2KOKA 4WF4A 5ECSA 4KCAA 2CVBA 2IMEA 4IELA 4IP6A 4LMWA 2IN3A 2DSAA 2LEGA 2N5AA 2K8SA 3LGCA 4FO5A 3IA1A 4KSMA 3TKQA 1GSEA 5IO2A 4G2EA 5HR2A 10GSA 2X99A 5KN2A 2HE3A 5J4UA 4EVMA 3DKSA 4FH8A 1V9WA 3APOA 4EDYA 3BBYA 1HD2A 2FWHA 1TRVA 1QGVA 2P31A 4IN0A 3RPNA 4I2UA 3Q18A 2WDUA 3KJYA 1B8XA 5DAKB 1BJXA 4KW6A 3KIJA 1G6YA 1OKTA 2NVLA 3QFAC 2DJ3A 4LA1A 1W89A 5EPFA 2XBIA 4ECCA 4FYUA 5FT3A 5B8AA 2CVDA 3ZL5A 1ERVA 5HFKA 2I1UA 4EXJA 2YZUA 5AISA 1KBNA 2GZYA 4EE0A 2HSHA 1W4VA 5G2ZA 4ILFA 4L5LA 1MDKA 1WJKA 1TI1A 4WBRD 4Q5QA 1RW1A 2VM1A 3QAGA 5IOWA 4KUNA 3WT2A 4KDYA 3APSA 5COHA 6GSTA 3JCML 2LJAA 2B5EA 4ZIJA 1ERUA 4IS0A 3KH9A 4F82A 2C1YA 3TOTA 1DE2A 11GSA 1T1VA 4OCFA 1PQNA 4HQZA 3I9V2 5HR0A 5G1KA 3GL3A 1GSYA 1YZXA 2WGRA 3FW2A 1G6WA 3FYGA 4BWSA 5JWQB 1Z3EA 2HNLA 3GL5A 1EGRA 2MBSA 1ABAA 4MJEA 3QDNA 5CRWA 3CYNA 3KZQA 3UVHA 1GTIA 1K0NA 4IJIA 5H5RA 3TJGA 3VWUA 3UL3A 1PMTA 4EUYA 2C0DA 3G7YA 3EMPA 1TRUA 3ZTLA 3LJRA 1GP1A 2CT6A 3VPTA 2G2QA 4TR0A 4V2LA 1AIUA 1OC9A 2WJUA 3Q19A 2OJLA 1K0AA 4POLA 2GTUA 3AY8A 2EC4A 2C80A 2FA4A 2L4CA 1NW2A 3WT1A 2H30A 4ECBA 1YEPA 2RLIA 2H6XA 1U88A 2RM5A 4HZ2A 3WGDA 3ERFA 1XFLA 4IGJA 4K6XA 4F0BA 3DWVA 3IRAA 6GSYA 1CQHA 2M72A 2YNXA 3CSHA 3LG6A 4PQIA 5IQYA 4PURA 1HNAA 3HDCA 4BPYA 2V6KA 3UIWA 1G0TA 2E2GA 3D5JA 4XRAA 1GSQA 2BMXA 1Z5YE 3E3EA 5GAPD 1XOBA 5D9TA 5ECPB 2YV9A 4MZWA 2RM6A 3ZZXA 4I97A 4ZBBA 2ES7A 3FY7A 2VD0A 1EP8A 3M8NA 1K3LA 3D6IA 3HJPA 5AN1A 1M0UA 2QGVA 4OO5A 2RUFA 2YWMA 1GSDA 1JFUA 4ZB8A 2H74A 2IMDA 2G0FA 1MD3A 2H76A 5HFIA 3HJOA 4ID0A 1SJIA 3O3TA 1ILOA 1AUCA 3D4TA 3C1RA 1YKCA 2GVPA 2CZ2A 4P3YB 2HYXA 4Q5RA 1TI3A 4POMA 1I9DA 2I81A 1GUMA 3GH9A 4K0GA 5D8IA 3NOFA 3VWWA 1XZOA 5G1LA 4EDZA 2L5LA 2LRNA 1MDIA 3S9FA 1J08A 3F9UA 4IVFA 5B6MA 4IKHA 3VFIA 4WETA 4XS6A 1A2MA 2JU5A 1MEKA 2NBSA 3LFLA 4CHSA 1V98A 2D2ZA 3A3TA 1SL2B 1TK8B 2BTOT 4DVCA 3VI7A 2WULA 3CRTA 1GLPA 2PVOC 1AXDA 3IBHA 4GF0A 3ZIJA 1Z7RA 9GSSA 3BCIA 2VL3A 3IPZA 5L71A 2TRXA 5IPHA 4IP1A 4TXOA 4EO3A 1FHEA 4MZCA 3GSTA 2H6ZA 5JCUA 4E8HA 2EIRA 2OBIA 1U6TA 2ON7A 1IYIA 2JZRA 17GSA 1TW9A 2YV7A 4I5QA 5IMVA 3ISOA 1M2BA 4PNGA 1XW9A 5KN0A 4WKWA 4DSQA 1PSQA 2HSYA 1EZKA 2OA7A 2LRTA 3DEXA 1DE1A 6GSWA 2R3XA 3ZVJA 5IO0A 4XRDA 2B3SA 2IJYA 1ZGNA 1V58A 4O5RA 20GSA 2PN8A 3EVIA 4I8BA 4HDEA 1YEXA 4ULXA 3TJJA 3F6FA 1WOUA 5IMFA 2VCXA 1QUWA 1PL1A 3L0HA 1AC1A 3H93A 2DJJA 4IW9A 1EV4A 1U3AA 2QKEA 2V1MA 1K0OA 4KX4A 1UA5A 1BAYA 5J9BA 2VLUA 4N10A 3L4NA 3F4SA 1OAZA 2KP1A 2WFCA 1QK8A 2B1KA 3ME8A 2V32A 5J3RA 1IYHA 5KEJA 1WMJA 4V1Ag 1K0MA 3ME7A 1GSFA 3UAPA 5IM9A 5ECMB 1XPVA 1EWXA 1XW5A 1TP9A 1BEDA 1YQ1A 3A2XA 2OBKA 1X9WB 3KGKA 2IMIA 3F4TA 3UEMA 1U3IA 4NV5A 1VF3A 2K9FA 19GSA 2V2GA 1I5GA 3UBKA 3H8QA 4XTSA 1O6JA 4BA7A 3FZ5A 1OYJA 2XBQA 2R37A 2WRTA 4IJ3A 1PGTA 2AV4A 2NTOA 1OC9B 2C3TA 16GSA 1NHOA 3VI5A 5ELGA 1GNEA 1X5CA 2HT9A 3QMXA 2OKAA 2YP6A 2B5XA 5C00A 3VK9A 1EOGA 4MF6A 1E6BA 4JR6A 3DXBA 4LLRA 1TTZA 1O7UA 1G7OA 3TJBA 4TN8A 1BYEA 2HLSA 2X8CA 1AAZA 3LXZA 3GYKA 2AAWA 1LU4A 4NMUA 3APQA 1A8LA 2NDOA 4F2IA 4MJAA 3D21A 5DDLA 4ZL8A 1FAAA 1XIYA 3GKMA 4LL1B 2OACA 1THXA 2ON5A 3KP9A 5CO3A 3E9JB 1HNBA 3HVVA 1VF2A 2GQKA 2DIZA 1Y25A 2AYTA 2IMFA 2VO4A 1DBYA 4HU7A 2H1AA 4ZB6A 2N5BA 5G5FA 3H1NA 2VM2A 2FGXA 2GSSA 1THOA 3QD9A 3TJFA 3KP8A 3LYKA 4YAVA 1YKAA 1SYRA 4G19A 5ECKB 1SJZA 2CX3A 5DJLA 3L9UA 4OWYA 2O7KA 3IV4A 3FR3A 3US3A 2DLXA 5CYYA 1S3AA 1GLQA 3NZNA 1OC3A 4EL1A 2O89A 2LV3A 1BQ7A 1K3OA 2MMNA 1SK0A 4IHUA 2KUCA 5E4WA 4GTUA 4KB3A 6GSVA 2F51A 5DALA 4YQVA 2F9SA 2H1BA 2OE1A 5KN1A 3FR9A 5ECRB 2X64A 2WCIA 2EIQA 3UOMA 3F8UA 2LNSA 4NPBA 1ZMAA 3O6TA 1SKSB 4XHMA 4WF5A 4ZBAA 3FKFA 1T4ZA 4TKYA 1WWJA 4YQUA 4ZL7A 3CTGA 3LSZA 2M80A 3CRUA 5IPGA 3GSSA 4V2NA 2VD1A 4MF5A 4POBA 4TR1B 4PGTA 3DRNA 2H1GA 3ZITA 2XPEA 3HZ8A 3IDVA 2DJ0A 2FY6A 2X8GA 4TXOB 2A2RA 2R4VA 1ZYEA 2Z9SA 4ACSA 3C73A 2GS3A 4JZQA 3I69A 3OR5A 1XCCA 4F9ZA 3MDKA 3EMXA 5B8BA 2E0QA 2P5RA 1KNGA 3EU3A 5FWGA 3FZ9A 3RHCA 1Z6NA 2B7JA 2CX4A 2L57A 2YZHA 4K7IA 1J0FA 4YQMA 2A2SA 2H0IA 3PH9A 1B4PA 3GA4A 1F6MC 3WD6A 1YJ6A 4Q5FA 2PPTA 1ST9A 4QL9A 22GSA 3UBLA 4HS1A 3EURA 1M2DA 4HUAA 3W6GA 1FOVA 4RQXA 1K0BA 3VURA 4POKA 2FWGA 1SENA 2REMA 4ML6A 5JCWA 2OE0A 3VWVA 1Q98A 5JWOB 4O7HA 1M99A 2IPAA 3LYPA 2H19A 1AQVA 5E59A 3CSJA 2HRNA 4JBBA 3SWLA 1QFNA 5EL8A 4OCEA 3F6DA 3GRXA 3DVWA 4MJBA 1Y6EA 3IXRA 3QR6A 3DMLA 1M9BA 2R5GA 5CRHA 2F3MA 5KN3A 2DC5A 1ON4A 3P8WA 4J57E 5D93A 3KMOA 3CXGA 3DGQA 4GRFA 2DBCA 1GH2A 2K18A 3HCZA 4RI6A 1TDIA 2F8AA 3UMAA 4DSRA 1A0FA 1Z6MA 5G5EA 5F07A 4ML1A 2QSIA 3LWAA 2LQQA 2MBTA 5IMZA 1LBKA 1XWBA 1A24A 1MD4A 3FR6A 4OD7A 1YDKA 5J9CA 1FVKA 3I43A 1X9MB 3IHQA 3P2AA 3ZMKA 3ZRDA 5HQPA 1AQWA 5G30A 2KLXA 4LMVA 2WS2A 4GCIA 3PINA 4L5OA 4HJ2A 3TKRA 3FZAA 3IAM2 2E2MA 5IIZA 1N2AA 4XS4A 1XWGA 4NHZA 4O92A 14GSA 2YOIA 1XWAA 4EC0A 5IOXA 1WIKA 5A4UA 5IMCA 5F8BA 2VUPA 1PX7A 5D73A 1YY7A 2GDRA 3CTFA 2FNOA 3K8NA 1XWCA 2L4QA 4V2MA 1QXHA 1TU8A 2WB9A 3TKSC 2A4VA 1A2LA 4K7NA 2VCQA 2ZUPA 3H79A 4MH3A 2FCHA 4KDUA 5D96A 4TR1A 1Z9HA 2V6OA 1TK5B 4OFMA 2C4JA 4ZXGA 1TOFA 3TRXA 5J5NA 1X0RA 1F2EA 3A5WA 5INYA 3TOUA 2L6CA 5GSTA 4K9ZA 2VCTA 4LL4B 2IWTA 7GSSA 1FG4A 1NSWA 2RIIA 2MZCA 3VLNA 1K0CA 1C72A 2EIOA 4I6XA 2LJKA 2L5OA 4K0NA 4N30A 3I6AA 4Q5NA 3N9JA 4MK3A 1AW9A 3M9KA 4J56E 2XC2A 3GKKA 1OC8A 3N5OA 4PNFA 2YJHA 1V2AA 2DJ1A 1JZWA 3A2VA 5DALB 2XHFA 4H86A 5FHIA 2YN1A 1AQXA 3WYWA 2GSQA 3C71A 3F3QA 4HOJA 1X5EA 4TOPA 2IL3A 3GKXA 2MMZA 1RQMA 2PU9C 1F3BA 2JZSA 5ABRA 5DCGA 2H73A 4MJCA 2YJ7A 4ISDA 2HXKA 1TRWA 1TU7A 5JWRB 1SD8A 4MPGA 1PN9A 2KHPA 6GSXA 1QQ2A 3ZIVA 1H4OA 2MMOA 1V40A 2CA8A 3UJ1A 3E0UA 2VCZA 1GTUA 2GQMA 3MSZA 4DSSB 5GZZB 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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