1TK5B

T7 dna polymerase binary complex with 8 oxo guanosine in the templating strand
Total Genus 28

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH2 (33-49)EMPTYS1 (5-6)S3 (53-59)TI4 (59-62)TI5 (60-63)TVIII1 (61-64)AH1 (9-16)TI1 (16-19)TIV1 (49-52)S4 (77-82)S2 (22-28)TIV3 (74-77)TI2 (29-32)O1 (92-94)AH3 (96-106)3H1 (67-70)TIV4 (81-84)S5 (85-91)TI6 (63-66)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*A*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*(DDG)P*TP*
total genus 28
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk5B00
5D9TA 1OKTA 4MH3A 2IMFA 3C73A 3APSA 3ZITA 2VCVA 1YKAA 3DRNA 4LL4B 4KSMA 4IQAA 3HYPA 1RW1A 1DE1A 3HKRA 4TXVA 3H93A 1ZOFA 2A2RA 1X0RA 5JCWA 1GLPA 3FZ4A 4KX4A 5ECHB 5J41A 4K0GA 2EIRA 4MF6A 2L4QA 1O6JA 3GTUB 3IA1A 5H5SA 3P8WA 3ZTLA 1PX7A 2KP1A 1YY7A 4MMMA 5EY6A 2JZTA 1S3AA 2HE3A 1VGLA 2WGRA 3F4SA 4GQCA 2GZPA 4CW9A 2IJYA 1GL8A 3EVIA 4N0VA 2OE0A 1XWGA 2X8GA 3TRPA 4O92A 2KOKA 3VK9A 3CXGA 5CP1A 1OC9B 1LJRA 2C0FA 1V58A 4ZL7A 3GMFA 3GTUA 3WYWA 2O87A 1XWCA 4EUYA 2X8CA 4JR4A 3DKSA 2C4JA 1PQNA 2JADA 3PH9A 3FYGA 1J08A 2AAWA 5AIXA 2F8FA 5ECIB 1QUWA 1R7HA 4KCAA 2H6XA 2N5AA 1USBA 4TRXA 2H19A 1S3DA 2QC7A 4JEDA 3UBKA 5B6NA 1YF0A 2VL3A 1B4PA 2A2SA 4ZL8A 5JWQB 4TR1A 5ID2B 1OC9A 2L6DA 1HNBA 4XTSA 2IMEA 1AQVA 2I3YA 2O8VB 5B6MA 3CSJA 4TXOB 2DMMA 1K0NA 3RHBA 4EL1A 3UVHA 3UAPA 3TJJA 2BTOT 4RQRA 1AQWA 4WR4A 2XPEA 1SJ6A 5DAKB 1TRVA 1T00A 3OR5A 2WULA 3F63A 1ZGNA 1GULA 3IHQA 4K6XA 1GSDA 5ID2A 2MMNA 3QMXA 5J9CA 4NWYA 2WDUA 5G1LA 4TXOA 1OC8A 3LJRA 3D6IA 3WGEA 1ERUA 1A0RP 2IN3A 3R2QA 3M3MA 4F0CA 4TKYA 1HD2A 5DAKA 4J56E 4MDCA 1GLQA 2JSYA 2FHEA 3H8QA 1H4OA 5A4UA 1FVKA 5JWRB 4I97A 1Y25A 1DBYA 1HYUA 1F3BA 4AF2A 1V40A 1YEXA 1O85A 1M7TA 2DMLA 18GSA 5JCGA 2WRTA 2H1BA 2LJAA 3ZIVA 4K7OA 4D73B 1XW5A 1DUGA 3BOAA 2Z9SA 1SL0B 3QFBC 4GLTA 2AV4A 1GSFA 2LS5A 2EIQA 5HR3A 1RQMA 4FYBA 1GUHA 3VLNA 4ECJA 4FYUA 4GF0A 3UBLA 2FCHA 1BJXA 4I5QA 2VCTA 2LTKA 3HJMA 1SL1B 3G7IA 2H6YA 1T8EB 1GTBA 3HY2A 1GSEA 1XVWA 2X8HA 3TCOA 5HR0A 4D73A 2G2QA 1GWCA 4ZB9A 2OE1A 2C1YA 1Z5YE 2OBIA 5LCZA 5J5NA 1N8JA 3GURA 4ZILA 2V6KA 4ECCA 5EPFA 2ON7A 5L71A 2O85A 1OC3A 4WBRD 1WP0A 3IBHA 2CVDA 2X64A 4WXTA 3QAVA 1CQGA 1H75A 4TVEA 1PSQA 2GQLA 2GT5A 3GSSA 3RPNA 13GSA 5DCHA 3VURA 3TKRA 3KH7A 6GSVA 1Z7RA 3KMOA 4PUAA 1ZYQB 4MLYA 2HFDA 1PKZA 3L9UA 3J7Yb 5G31A 1MTCA 2OADA 3KTLA 4NAXA 5AIVA 1G7OA 1J0FA 2XBIA 1I9DA 2TRXA 3ME7A 3G7JA 2RM5A 3DWVA 3H79A 5DBQA 4O5RA 2PVQA 3MNGA 1OAZA 5HFKA 2AYTA 3UEMA 2DLXA 1BX9A 1K0CA 5JCUA 2DJ1A 3MSZA 1GSSA 5A4VA 2WZ9A 3F6FA 2ZCTA 1XBSA 4PGTA 4JU5A 3RHCA 1C72A 2QKEA 1TP9A 2I4AA 2NTOA 4IS0A 4EDYA 5B8BA 4IP6A 5F0GA 3D21A 4CHSA 4AGSA 4LL1B 3GV1A 2L5LA 3LWAA 4POKA 3IRAA 3O76A 4MJEA 4OMVA 3IDVA 3KJYA 2H8LA 1O73A 4Q5NA 4RI6A 3J7Yk 3DGQA 1MDJA 1GH2A 1K0MA 1SYRA 2RLIA 4TR4A 2RM6A 3KCMA 1U3IA 4G19A 5F06A 4AJ7A 4JRRA 1TXXA 2GQKA 1Q98A 2YOIA 4O7HA 1V98A 1XFLA 3ED3A 3HVXA 5B8AA 4NHWA 2FA4A 2LUSA 4OO4A 3QAGA 2EIOA 4YQUA 2CAIA 2LEGA 5D9VA 1QQ2A 1Y6EA 2B1KA 4ISDA 3CBUA 5FT3A 3ZVJD 4MF7A 1BG5A 1XWBA 1PRXA 4YAPA 3EU3A 3IC4A 2GT6A 4KDUA 1SK0A 4LMWA 5AISA 2C3NA 1I5GA 3TKSA 1QK8A 5ECLB 2H72A 4HOJA 1TOFA 1NW2A 2PGTA 3FKFA 17GSA 3GRXA 3N9JA 2PN8A 3FK8A 3C7MA 4KNDA 3GUSA 3LXZA 1X5DA 2E2GA 2OA7A 3FHKA 3LFLA 1QGVA 1PMTA 2BJXA 4MA9A 1J9BA 3BD2A 16GSA 1EWXA 1Z7PA 4PQ1A 4ZBBA 2DSAA 4V1Ap 3KIJA 2ON5A 2NPBA 3RDWA 2G0FA 2P31A 3H1NA 3GKNA 4KAEA 3FZ9A 4HU7A 1XWAA 1PGTA 2MMOA 5DCGA 5G30A 2YV7A 4L0WA 5LNKe 3DYRA 4G10A 1E6BA 2NDOA 1UVZA 2GDRA 4MZCA 3TKSE 5G2ZA 4K7IA 2YWNA 3L9SA 1YF1A 3RPPA 2OE3A 2GQMA 4L5LA 3WGDA 4V1Ag 2K8VA 3CSHA 3UVTA 3FR6A 4QL9A 3HXSA 3P90A 2PPTA 1VF4A 1XOAA 4ZB6A 1B48A 2X99A 1EOGA 3GX8A 1U3AA 5IPHA 3A5WA 4ACSA 2LNSA 4MF5A 1B4QA 4BL7A 3NIVA 1MD4A 5HFIA 3HHVA 5DJMA 2FA8A 4NHZA 4K1FA 1PKWA 2K8SA 1TK8B 3QOUA 4PURA 5IIZA 4K7NA 3GKKA 5CRWA 3HZ8A 5ECPB 5HR1A 3BCKA 2FY6A 1GUKA 3CTFA 4V2NA 3UARA 2GVPA 6GSTA 2H70A 1LBKA 3EINA 1ML6A 3GH6A 1BQ7A 3UIWA 5F05A 2V2GA 1E2YA 4KCEA 5J9BA 4ML1A 2VOCA 4JR6A 3LEFA 3DEXA 2DJJA 2JZSA 2N5BA 1B9YC 2GSSA 2VLUA 2TIRA 3N5OA 1JZOA 2N5FA 3F3QA 2OBKA 3CYNA 1PX6A 3VPTA 2PUKC 5KEJA 3US3A 5IMFA 4LA1A 2YNXA 3TJGA 1SD8A 1BYEA 3TKQA 4MJCA 4BPYA 1A2MA 3GKXA 2JZRA 1JFUA 1X5CA 4ECBA 1TK0B 3IXRA 3HD5A 4FO5A 1YJ6A 2OACA 4O32A 3F6DA 4HS1A 3ERWA 4JZQA 3P2AA 3I6AA 2C3TA 5AN1A 3ZMKA 5INYA 4FIWA 1OYJA 3TUEA 2KUCA 3LQ7A 4ILFA 1BAYA 1GSQA 3AY8A 2OKAA 3WD6A 5KN2A 1OE7A 2WB9A 14GSA 1EV4A 2FWEA 1GNWA 4Z7XA 4K8MA 3D5JA 3I9V2 4WKWA 4HZ2A 3LGCA 2F9SA 1YQ1A 4KE3A 4V2LA 1MD3A 5ECSA 3EURA 4K0NA 2XPDA 1O8WA 2PWJA 2PBJA 3SWLA 1GNEA 1UC7A 2DJ0A 2CZ3A 1XIYA 5KN0A 3FZ5A 4XS6A 3U5RE 2YZUA 1A23A 3KMNA 2H76A 4PXOA 3A3TA 1A2JA 4G9HA 3KTBA 3O3TA 4BWQA 2H6ZA 4OFTA 5COHA 1ON4A 2NVLA 2MYGA 3GN3A 4ID0A 1JLWA 2VCQA 1KTEA 3TGZA 1ACVA 5G5EA 1R5AA 1B9XC 2FWFA 2H0IA 3DMLA 1PA3A 4POMA 4POBA 2I1UA 2LQQA 3M9JA 4KUNA 5AGYA 2F51A 2NBSA 3A2VA 2L59A 3S9FA 3TJKA 4WETA 4E8HA 2CT6A 2VM1A 1CQHA 5ELGA 4MPFA 4GXZA 2ALBA 5EL8A 5DALB 3PGTA 2RIIA 4HJMA 3CRTA 1HQOA 3LYKA 1UN2A 4ML6A 2VLVA 3EC3A 2M80A 4HU9A 1GRXA 4HZ4A 5HQPA 1GTIA 2C3QA 3EWLA 5IMZA 2VD0A 4F82A 2JACA 3F3RA 5E4WA 4DSQA 5IO0A 1AXDA 6GSUA 1MEKA 2YV9A 3IR4A 2EC4A 1FW1A 1JLVA 2GSRA 1VF1A 3MWHA 1OKDA 3WGXA 1FG4A 3FR3A 4XHMA 4LMVA 4OWYA 3F9UA 4LLRA 2QGVA 3Q19A 3EMPA 1R26A 5G1KA 2PU9C 2QSIA 3KP8A 3QDNA 2YJHA 2YANA 1M0UA 2XHFA 4N0ZA 5J3RA 1KEBA 4IGJA 2C0EA 3W8JA 1TU8A 1NHOA 3Q74A 1MDKA 1FB0A 1K0OA 1QXHA 5LD0A 1UA5A 1T4YA 2P5QA 3GKMA 4GSNA 3BBYA 4KDYA 2WS2A 1SJIA 2R2JA 4MJAA 2E7PA 1GTUA 4F03A 1TK5B 1AQXA 1GTAA 4GRFA 3Q18A 5C00A 3TRQA 2PVOC 2H01A 3UL3A 2H1GA 1EP7A 4BVYA 5D9XA 1WPIA 1RK4A 3VPQA 5D8IA 4EC0A 4OD7A 2DJKA 2B1LA 2CV4A 2LJKA 4I8BA 2FGXA 5CYYA 3TKPA 3K8NA 5ELAA 2B3SA 4IJ3A 2LQOA 4OCFA 2AB6A 4MP4A 5DJLA 2WCIA 2JU5A 1AIUA 1JZDA 1R4WA 3HJOA 3ISOA 4PUFC 3QPMA 3KZQA 3UJ1A 2L4CA 3D4MA 2JL4A 2YN1A 3LYPA 3VWXA 2IMKA 3F4TA 1THXA 5B7CA 4OO5A 3TKSC 4L5OA 5DDLA 5CO3A 5DQSA 3C8EA 3VFIA 2R4VA 3ZZXA 2O89A 2VCZA 1A0FA 1URMA 1VF3A 4NV2A 1YZXA 4KA0A 2YZHA 3V1WA 3DVWA 1TW9A 1M9BA 1K0BA 2R37A 4IJIA 4DSRA 5DQYA 4ZIJA 2YCDA 2VCWA 3M0FA 1OE8A 3IPZA 1SK2A 4KW6A 4EE0A 4OFMA 1OVNA 4XRDA 1LU4A 2V1MA 2GGTA 2VIMA 2D2ZA 1W4VA 4WF5A 6GSXA 1TI3A 2HXKA 2XC2A 4HUAA 2J9HA 4FH8A 4QL7A 3SBCA 2XBQA 2AJQB 3NZNA 3M9KA 2HNLA 3TOTA 2H71A 3W8SA 9GSSA 3QD9A 1Z9HA 1ZZYA 1A24A 3TJBA 1A2LA 11GSA 1WOUA 4IN0A 1IYIA 3GL5A 3HVSA 2OJLA 1AC1A 4HEA2 4EVMA 1X9WB 4ZXGA 1F6MC 5CRGA 2FWGA 2GS3A 4J57E 5IQYA 2P0GA 3F0IA 3KP9A 4PQHA 3IE3A 4TW5A 1FOVA 2H74A 2B5YA 3GIXA 1GSYA 1Z6MA 2C8UA 3ZLPA 5IMVA 3L0HA 2CA8A 4GSTA 1ZMAA 2VD1A 4F9ZA 2HI7A 4HI7A 1K3OA 2VO4A 4FYCA 4GWRA 2WFCA 3F8UA 4MPGA 4WF4A 1SJZA 1F2EA 1YDKA 4KDXA 2MMAA 2H75A 2YP6A 2DJ3A 4N11A 4ZBAA 3FZAA 2H73A 3DXBA 2F8AA 1IYHA 2VM2A 3KXOA 1EZKA 1ZYEA 1JZRA 2LKUA 2FWHA 3EU4A 3G9BA 3QFAC 3FW2A 4MZWA 3ZIJA 3ZVJA 3KEBA 6GSWA 5F07A 4Q5RA 5ECQB 2K18A 1V9WA 2C80A 2CX4A 2IIYA 5JWOB 3KH9A 4N30A 4YQMA 4F2IA 2FUG2 2AHEA 1EEMA 8GSSA 4X43A 1SKSB 3ERGA 1M2DA 3F4RA 5GAPD 2F3MA 2CX3A 2GZYA 5H5QA 4YAVA 1W89A 2FNOA 1PN9A 5IOWA 4KH7A 1SKRB 2H66A 4HQSA 2IPAA 4X1UA 3GA4A 3BJ5A 1JZWA 2HRNA 3Q6OA 3PINA 2P5RA 3DIEA 3GYKA 1K0AA 2GSTA 1ERWA 2CVKA 3EMXA 1G6WA 4YQVA 2V32A 3IK9A 1EGOA 2VAFA 3RAZA 5IPGA 1WIKA 2HSYA 2TRCP 1Q4JA 4IKHA 3HVVA 2M72A 4TR0A 5GAND 1X5EA 1XWKA 3I43A 3EE2A 1TRWA 3FRCA 3D4TA 1WE0A 3ZMLA 4EO3A 3TJFA 2HRFA 4ECIA 2K9FA 3CMIA 2HZFA 5IO2A 22GSA 1GUMA 2B6MA 4QQ7A 4TOPA 4JE1A 4GTUA 2IMIA 1EOHA 20GSA 4OCEA 4TR1B 2V6OA 2VL2A 4N10A 3IAM2 2R6KA 1Z3EA 4TN8A 4TR3A 3LSZA 3MAKA 3KGKA 1QMVA 3M1GA 1U88A 3P7XA 4ZBDA 2VLTA 4L8EA 4DEJA 4H86A 5GSSA 2ZNMA 1JHBA 1AUCA 3ZREA 1G7EA 3QAWA 1BEDA 5J4UA 4IHUA 2H0GA 2PMTA 4BVXA 1X9SB 4DSSB 4JBBA 2R3XA 2WJUA 2FD3A 4EDZA 4NMUA 2LRTA 3FR9A 2KLXA 4WBJA 5D73A 4K9ZA 3DD3A 1PD21 1K3LA 5GZZB 2DIZA 5ECOB 1SYXA 3GSTA 3LORA 4XS4B 1TI1A 3EYTA 4MH2A 5D93A 1O8XA 1T3BA 2GZZA 1DE2A 2CVBA 3D0ZA 2L5OA 4EF0A 2HYXA 3E0UA 3TRXA 5HFGA 5CREA 4HQZA 1SU9A 3HZ4A 3ZFLA 4DSSA 1AW9A 3GHAA 4PX1A 1SENA 1O7UA 3HA9A 2LJRA 3JCML 3IK7A 3M8NA 3GNJA 4Q5QA 4I6XA 1XPVA 4L0UA 4YH2A 1ILOA 2DIYA 4XS4A 5KN1A 3TDGA 2H0HA 3WT1A 1S3CA 1M9AA 3IOSA 3TOUA 4AJ8A 4MJBA 1U6TA 3HJPA 2B7KA 2ES7A 4ZB8A 4ZL9A 1HNAA 3BCIA 1PL2A 3E9JB 4BWSA 5CAXA 1VF2A 2H1AA 1A8LA 3ZL5A 4XRAA 3CSIA 5D96A 4XIHA 4MABA 1EGRA 4NV5A 2B5XA 2LRCA 4GQFA 4EXJA 3WT2A 5IOXA 3FEUA 3GH9A 1TRUA 1SKWB 5DALA 3RBTA 2I9HA 3C1SA 1ZCPA 5CNWA 1V2AA 1AAZA 4EKZA 2E2MA 1GP1A 2GTUA 4HDEA 4PNGA 1G0TA 1K0DA 2MBSA 2H1DA 3G7YA 2YWMA 4RUVA 2L57A 5HR2A 3ME8A 3APQA 5CRHA 3GL3A 2YWIA 1DSBA 2I81A 1VRSD 3A2XA 5A5KA 1NSWA 1TKDB 2DC5A 4XS1A 2M46A 5D9WA 3QCPA 5CRDA 1M2AA 4MZBA 1YEPA 2K6VA 2VL9A 1T1VA 3TB2A 4X0XA 1F3AA 5DVBA 3L4NA 1XW6A 1M2BA 4OFNA 4E8EA 2RUEA 3KM6A 2FLSA 3KD0A 2YPMA 3E3EA 4I2UA 1V57A 3CRUA 1NHYA 1KNGA 4IVFA 1XXUA 2HLSA 2GLRA 2LNTA 1WRYA 4KSOA 3GFKA 2JSZA 5ECRB 5ECMB 2REMA 5ABRA 4WR5A 2B5EA 4DVCA 3UMAA 3IAS2 5ECKB 1MDIA 2C0GA 2KHPA 2RUFA 1ZL9A 5IMAA 4HJ2A 4I2TA 1TRSA 1ERTA 3C1RA 4GCIA 1EV9A 4POLA 5IMDA 1F37A 4IW9A 2PERA 1EEJA 2CAQA 1XOBA 1M99A 1F9MA 4IELA 4XCSA 1GSUA 1SK1A 3MDKA 2GSQA 12GSA 1SD9A 1WJKA 1FAAA 1G6YA 1TTZA 3ERFA 3L78A 1QFNA 1YKCA 1EP8A 2KP2A 3CTGA 4IP1A 3VWVA 2HT9A 3H4KA 5A4WA 3NOFA 2B7JA 3ZYWA 2J23A 1B8XA 6GSSA 6GSYA 2E0QA 3I69A 1K3YA 3LG6A 2LV3A 4RQXA 3IV4A 3FY7A 5ENUA 1T4ZA 5FWGA 3D22A 4K2DA 4BA7A 4P3YB 1XW9A 3APOA 5IMCA 2L6CA 2HSHA 2IWTA 4G2EA 3W6GA 1FB6A 3U6VA 4AJ6A 4PNFA 10GSA 1FO5A 3DVXA 2H30A 2V41A 1XCCA 5FHIA 1A8YA 4J2FA 2BMXA 3VI5A 4WEYA 3HCZA 1X9MB 1TU7A 2DBCA 2MMZA 4CDOA 1FHEA 5H5RA 3C71A 4RI7A 2DJ2A 3PR8A 2VCXA 1WWJA 1O81A 3ZFBA 2ZUPA 1TDIA 4GSSA 4NPBA 4Q5FA 5EVOA 3VWUA 1SL2B 3A2WA 2IFQB 4KGIA 2HZEB 1R5PA 4NXIA 1XVQA 4ULXA 3L9VA 1U87A 3QR6A 5F8BA 3ZRDA 1TJDA 2MZCA 4PQIA 2C0DA 1FVJA 2R5GA 19GSA 4F0BA 3LXTA 2A4VA 4V2MA 1ABAA 5KN3A 1KBNA 1HNCA 2IMDA 2LRNA 5GSTA 2CZ2A 2IL3A 4IQ1A 1ST9A 3HDCA 1Z6NA 4KB3A 1N2AA 2YJ7A 2VUPA 3VWWA 2IFQA 4MK3A 7GSSA 5IM9A 3UOMA 3O6TA 2HZEA 5ECNB 5C04A 1WMJA 1NM3A 3VI7A 2MBTA 1XZOA 2LSTA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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