1Y25A

Structure of mycobacterial thiol peroxidase tpx
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HSQITLRGNAINTVGELPAVGSPAPAFTLTGGDLGVISSDQFRGKSVLLNIFPSVDTPVSATSVRTFDERAAASGATVLCVSKDLPFAQKRFCGAEGTENVMPASAFRDSFGEDYGVTIADGPMAGLLARAIVVIGADGNVAYTELVPEIAQEPNYEAALAALGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the inactive variant C60S of Mycobacterium tuberculosis thiol peroxidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Probable thiol peroxidase
total genus 54
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1y25A00
1XOAA 5DQYA 3TOTA 4X1UA 3KP9A 4LMWA 2H8LA 3ZFBA 2VCXA 2DSAA 3J7Yk 3BCIA 4IN0A 4MH3A 5A4WA 2GGTA 1J0FA 4MK3A 3WGXA 2OBIA 2DJ3A 4TR1A 3RBTA 1GSFA 1XW5A 2DLXA 2LRTA 2WRTA 1I9DA 1PD21 2DJ1A 4GXZA 5DAKB 1R4WA 13GSA 1YEPA 2PBJA 3DRNA 2OBKA 3IPZA 1KBNA 1XVQA 3ZFLA 1Z3EA 3BD2A 3FK8A 4WF5A 3F9UA 4K6XA 1HNAA 4DEJA 3E3EA 1B48A 3M9KA 2ON5A 3G7IA 3FHKA 1WJKA 2K18A 7GSSA 1TDIA 4KH7A 2RIIA 2H30A 2CT6A 4I2TA 3P8WA 2LRCA 3CRTA 4PUAA 1FAAA 5F8BA 3HVXA 4GWRA 3M9JA 2VLTA 1JZRA 4TR1B 3GX0A 1K0MA 1Z6MA 4GSSA 5AGYA 1B8XA 2CX4A 5H5QA 1OC9A 4PX1A 2JSZA 4L0UA 3G7JA 4G10A 5C04A 2MZCA 5GAND 1ZGNA 3Q6OA 4V1Ap 4NHWA 1PMTA 2L59A 6GSSA 1SKSB 5D9XA 2B1KA 2IWTA 16GSA 1LBKA 1OAZA 4GCIA 3GRXA 3HJOA 2REMA 2YPMA 2JZSA 1ZOFA 1X9WB 1GP1A 2WFCA 3VPQA 4F0BA 2ES7A 5DJMA 1JZOA 4RI6A 4D73A 2WCIA 3LYKA 2DIZA 4MF7A 3LEFA 4YAPA 2R3XA 1F2EA 2GZPA 5HQPA 2C0EA 1EEMA 1U88A 4FIWA 4O32A 3WT1A 1CQHA 2YANA 5CP1A 4L0WA 1MDIA 2KOKA 3FRCA 3UARA 2C3NA 4G19A 1PN9A 1NSWA 4EF0A 3KMNA 3PGTA 1PKZA 2B5EA 9GSSA 1S3DA 1EEJA 3IRAA 2C0DA 5ECIB 5C00A 4D73B 4WBRD 4IKHA 2VO4A 2JSYA 4PNFA 3EU3A 1YY7A 1DE1A 2YCDA 3P90A 4Q5QA 1SU9A 1USBA 4LL1B 3ME7A 4TOPA 3ED3A 3LWAA 2BTOT 2P5RA 5IMVA 3HYPA 1EGRA 3ZITA 3C8EA 12GSA 4MZBA 4F82A 3KP8A 2L5LA 2QKEA 3RPPA 3EE2A 2PUKC 2F8FA 1O81A 4KSMA 2HSYA 1ZL9A 2H70A 1BG5A 1XW9A 4WKWA 5J9CA 1GUMA 3KM6A 3C1RA 3UBKA 2OACA 4TR3A 2QSIA 2VLUA 1Y6EA 1EP8A 3ERWA 4DVCA 1XWAA 1O8XA 5ELAA 3FR3A 1SD9A 2WB9A 2VOCA 3TGZA 4ZB9A 4WR4A 1A23A 1T1VA 1WOUA 4GSTA 5IM9A 1WE0A 1RQMA 1IYHA 1PL1A 3FZAA 3HJPA 1E2YA 5E4WA 1G6YA 2IMKA 5ECSA 3GMFA 2VL9A 3DVXA 2DIYA 3BJ5A 1UVZA 5ECKB 3DGQA 5F0GA 1KTEA 3HD5A 2HXKA 3QMXA 1GUKA 2FY6A 3TB2A 2XPDA 5IO2A 2R5GA 1A2MA 4XTSA 4I5QA 2V2GA 5D9TA 5ID2A 4MP4A 4N0VA 3TJBA 2OADA 4CW9A 4KNDA 5ECHB 4EVMA 2N5FA 3HKRA 2LQQA 3CTGA 3W6GA 3DYRA 2YV7A 1PKWA 3IV4A 3G7YA 1FB6A 2OE3A 1XCCA 1A0FA 4K7OA 3U6VA 3TOUA 4EKZA 1BEDA 4ECBA 3DD3A 2L6CA 3KGKA 3QR6A 2O87A 2H66A 2LNTA 1URMA 4GTUA 2N5AA 4HEA2 5HR2A 3GH9A 2YWNA 5CAXA 3FY7A 2H71A 1X5CA 3TKPA 4GSNA 3Q18A 4F03A 4Z7XA 4L5OA 4MF5A 3DXBA 4ACSA 2EIOA 1G0TA 4PXOA 1T00A 1GNEA 2Z9SA 4RI7A 1QQ2A 2AV4A 1HD2A 4FYUA 2B6MA 3IOSA 3TDGA 4KX4A 3GYKA 3VLNA 1AAZA 3UJ1A 5AN1A 2LJRA 2PGTA 4H86A 3LQ7A 3RHCA 2VCQA 1YKCA 5B6NA 3IXRA 1TOFA 4IJ3A 3CXGA 5B6MA 4EO3A 1QMVA 2E0QA 5ECOB 3F8UA 4XCSA 3VWWA 1MD3A 3VWVA 4IS0A 3I6AA 5IMZA 3IK7A 4K1FA 1Z6NA 2O7KA 2ZUPA 2V32A 4ML6A 2H0IA 3HA9A 1GTIA 3MDKA 2FWFA 4HI7A 3LYPA 1DBYA 2H74A 1GSUA 4KSOA 3L9VA 2H6XA 2R4VA 2OE1A 1QUWA 1ACVA 3FYGA 3ZVJD 4WEYA 1G7OA 1OC8A 1RW1A 2AAWA 2RM5A 3C71A 1TK5B 4K7IA 4MJEA 3APOA 1H4OA 3GTUB 1SKWB 2A2SA 1V9WA 4XHMA 2B7KA 4ULXA 1UC7A 2HZEA 2H1BA 2H1AA 3CSHA 3PH9A 1TTZA 5AIVA 3VWXA 4N0ZA 2I3YA 3VI7A 3DIEA 2WJUA 3TRQA 1IYIA 5KN0A 3D6IA 5EVOA 2X8GA 5IOXA 3W8SA 1V40A 2K8VA 1PSQA 2I9HA 1YQ1A 5INYA 1SJ6A 4TRXA 2RUEA 2VL2C 1ST9A 4ZB8A 2PWJA 5CRWA 4XS6A 3LXZA 3GKMA 4Q5NA 2HZEB 3L9UA 8GSSA 1GSSA 3S9FA 3APSA 3KEBA 2WS2A 1VF2A 3GIXA 4PNGA 4K9ZA 4MABA 4NPBA 1N8JA 2MMZA 3ZREA 2L5OA 1T7PB 4KAEA 4JR4A 1GTUA 3NIVA 1EOGA 2M72A 1FHEA 2JL4A 3F4TA 1FO5A 1SJIA 1U3IA 4AGSA 2IFQA 3QOUA 4O5RA 17GSA 1OKTA 4RUVA 3PR8A 5HFIA 3F0IA 5G30A 4EDZA 5IMDA 3KH7A 3KJYA 1THXA 3RAZA 1TP9A 2CVBA 5IMAA 3QPMA 1SYRA 2LSTA 1PA3A 2EIRA 1U87A 3FR9A 2KHPA 2MMNA 4QL9A 1SK0A 3TJJA 2IMFA 1KNGA 4GLTA 4IGJA 1PGTA 1QFNA 4MMMA 4KGIA 3UVTA 1TU7A 5DJLA 2IFQB 2E7PA 3HVSA 3HJMA 4BWSA 4MH2A 4I8BA 3HZ8A 5J41A 2LNSA 1K3OA 2IMEA 5HR3A 2V1MA 3CRUA 1U3AA 3ISOA 3LJRA 3H93A 2LKUA 2ZCTA 2GZZA 1V98A 2NPBA 1XVWA 1XIYA 5B8BA 3DVWA 3TKSA 3KIJA 4FYBA 3F4RA 2GSTA 2YV9A 3GKKA 1YJ6A 1MDJA 1G6WA 3QAVA 2TRXA 4IW9A 4IBPA 4NHZA 3E9JB 2AUVA 2DJ0A 4WETA 4GF0A 1EOHA 2GTUA 4ILFA 4FYCA 2LTKA 2NVLA 4POLA 2VUPA 2EC4A 3GL5A 1M0UA 4ZBDA 2M80A 1T4ZA 4XRDA 3CSIA 3I9V2 2F8AA 3QDNA 1EWXA 4OFNA 2EIQA 2OA7A 2OKAA 1AQVA 4POKA 3VK9A 4XS4B 1JZDA 1TKDB 4MJCA 1S3CA 2DJ2A 3ERFA 5DBQA 2V6KA 1OKDA 6GSVA 1GLQA 2HT9A 4BPYA 1VRSD 5AISA 1NHOA 3ZMLA 5IOWA 1TRWA 2H72A 1A8LA 3P7XA 4JBBA 3TRXA 3US3A 2B3SA 4RQRA 6GSWA 2YNXA 2I1UA 1NW2A 3I43A 1FVKA 1MEKA 1GNWA 4KE3A 5G5FA 3GKXA 3C73A 1XZOA 2L4QA 5D9VA 1SL1B 2LQOA 5FT3A 1MTCA 2P31A 2VD1A 3LFLA 2DBCA 2GQKA 1TXXA 2HRNA 2HSHA 2H76A 5J9BA 4BL7A 3FZ5A 3GKNA 5DDLA 1ZMAA 1H75A 5CYYA 5H5RA 4KCAA 1E6BA 1M9BA 2RLIA 3M8NA 4LA1A 4OFTA 3D21A 4AF2A 2GVPA 1XFLA 3RHBA 1A0RP 5JCGA 2E2GA 3G9BA 1GTBA 5F07A 1ML6A 2HE3A 3O3TA 3F6FA 4CDOA 4OCFA 1XWBA 5J5NA 1B9YC 4OO5A 2ZNMA 4BA7A 3KH9A 2GS3A 3V1WA 3UMAA 3AY8A 4OWYA 1G7EA 1GULA 3GA4A 3CBUA 3WGDA 1EGOA 3D22A 4JZQA 2GSSA 3UBLA 2MBTA 6GSTA 1EV9A 4IP6A 5GZZB 19GSA 5ELGA 5FHIA 5EL8A 4POBA 3NOFA 3UL3A 2VCWA 3ZLPA 3RPNA 1HYUA 4O92A 3EURA 3HHVA 1GSEA 5HR1A 3TJKA 4OFMA 5ECMB 5JCWA 4I6XA 2B7JA 2CX3A 1X9SB 2L4CA 2K6VA 3ZIVA 1XWGA 4I97A 4MLYA 1YF1A 2C3TA 3M0FA 1GSYA 1ZYQB 5CRDA 1FG4A 5LD0A 5IIZA 4NV5A 4YQMA 1O7UA 1JLVA 1FVJA 1JLWA 3IC4A 3VI5A 2VL3A 1WMJA 2O85A 3L4NA 4HZ4A 4FO5A 5AIXA 5DCGA 1K0NA 3E0UA 1TRVA 4MF6A 3QFBC 2C8UA 5GSSA 2O89A 4ML1A 4PQIA 4JEDA 2DMLA 3A2WA 5CNWA 5ECPB 1X0RA 2LEGA 2K8SA 5B8AA 2CV4A 3VPTA 2DJKA 4E8HA 2F3MA 1EP7A 5B7CA 4PURA 1Z9HA 2NTOA 3UVHA 3ZRDA 2HFDA 3H8QA 2CZ2A 2FWEA 2VM1A 1PX7A 2HZFA 3RDWA 4OO4A 2H0GA 3DEXA 3GTUA 1BAYA 3UEMA 1AQXA 3KD0A 4WXTA 1HNBA 2HNLA 5GAPD 4ZB6A 3LSZA 3SWLA 3VFIA 1XBSA 1HQOA 4IQ1A 2AJQB 2H1DA 4IQAA 3TKQA 2P0GA 2KUCA 3GUSA 4F2IA 1VGLA 4HDEA 3FZ9A 2NDOA 5A5KA 3NZNA 5FWGA 4GQFA 2CAIA 3FKFA 3ZMKA 2BMXA 3GHAA 4TVEA 4MDCA 3EMPA 1JFUA 4YQVA 4AJ6A 1U6TA 2CAQA 2L57A 2GZYA 3GNJA 2IMIA 4KCEA 3VWUA 2NBSA 3WT2A 4ISDA 1R7HA 1X5DA 1T4YA 3HY2A 3F63A 4IELA 5KN2A 3OR5A 4MPFA 4EXJA 5F05A 1Y25A 1SK1A 5JWOB 4J56E 1SK2A 3IAS2 4ECCA 4ECIA 4BVXA 3ZYWA 5DALB 3D0ZA 2FLSA 3W8JA 1WP0A 5J4UA 2VCZA 2LS5A 4MJAA 3ZL5A 2FWHA 2O8VB 4MZWA 2X8CA 2X64A 1YEXA 4Q5RA 3ZIJA 4PGTA 1SD8A 1VF4A 3Q74A 1ZCPA 1O73A 2P5QA 3HDCA 2YWOA 2GT5A 1AW9A 4JU5A 1Z7RA 2CVKA 2G2QA 3TJFA 1JHBA 5D73A 4FH8A 5HFKA 4RQXA 4EDYA 4MPGA 1EZKA 2H0HA 2RM6A 2PVOC 3CSJA 4X0XA 1OVNA 2YZUA 5A4UA 3ZTLA 3P2AA 10GSA 4ID0A 2DJJA 4AJ7A 1UA5A 3HZ4A 2AHEA 2IMDA 4NV2A 3TUEA 3KXOA 3LXTA 5ECRB 3WD6A 5KEJA 2LJAA 5CO3A 2FD3A 5JWQB 2LV3A 2L6DA 4TW5A 4V1Ag 4LL4B 5ECLB 1FW1A 3ZZXA 3UIWA 2OE0A 3A5WA 2XHFA 2WGRA 3C7MA 1QK8A 3IDVA 4XS1A 3O76A 1V2AA 2H75A 4XIHA 1TI1A 1M9AA 2X8HA 5E59A 2V6OA 4MJBA 2YJ7A 3FZ4A 4DSSB 3IHQA 4WF4A 5JWRB 1ERUA 2HYXA 1WRYA 4HQZA 5DQSA 1XWKA 4ZILA 4HOJA 2VM2A 1BYEA 4HJ2A 1MD4A 1AXDA 3VURA 4TR0A 1MDKA 1M2DA 3H4KA 2IL3A 18GSA 3GV1A 3QD9A 1SL2B 3IBHA 3Q19A 4YH2A 3TRPA 2C0FA 1K0OA 1W4VA 5F06A 2K9FA 4WBJA 2JZTA 4NAXA 4XS4A 1TW9A 2IIYA 4DSRA 1SJZA 2PERA 4XRAA 2DC5A 2PMTA 2FHEA 3I69A 2WDUA 1K3YA 2GSRA 3H79A 1SENA 3IR4A 1XXUA 3FW2A 1GWCA 1ERVA 2C1YA 1Z7PA 4TXOA 2FA4A 4IVFA 5IQYA 1LJRA 1N2AA 4HZ2A 1OC3A 2A4VA 3QFAC 4EL1A 1GH2A 4JR6A 1THOA 2FGXA 3GH6A 5J3RA 4V2MA 2DMMA 4N10A 4V2NA 3KCMA 5IMFA 2RUFA 1ZYEA 4QL7A 3LGCA 1TRUA 1AIUA 3DMLA 3LORA 2YWMA 3WYWA 1I5GA 1TK0B 3F6DA 3GL3A 3KZQA 2B5YA 3KTBA 1OC9B 1PRXA 1GSQA 2XPEA 2C0GA 1R26A 2J23A 5DCHA 4TXOB 1B4QA 5IMCA 1OE7A 2HRFA 1GRXA 2LJKA 2H19A 1A8YA 2TIRA 1SYXA 4K0NA 3EINA 5ENUA 1YZXA 4N30A 1PX6A 1F3AA 1O8WA 4NXIA 2H73A 5G2ZA 2FNOA 2QC7A 4TN8A 2R2JA 3M3MA 1W89A 1WWJA 2N5BA 3DWVA 4MCUA 22GSA 14GSA 2R6KA 1VF1A 2YWIA 4NWYA 4O7HA 3DKSA 2FCHA 4JE1A 2IJYA 2XC2A 1QGVA 2CZ3A 4BVYA 5COHA 4BWQA 4CHSA 1K0DA 1TI3A 3IAM2 4MA9A 1PL2A 1XW6A 2F9SA 3O6TA 1B4PA 4G9HA 1CQGA 5GSTA 3EYTA 3MSZA 4J57E 1R5AA 1FOVA 1YDKA 4X43A 2F51A 5DVBA 5LCZA 2G0FA 3C1SA 2AYTA 5ECQB 3A2XA 5KN1A 3GX8A 3TKSC 2BJXA 4KDUA 6GSYA 1X9MB 3R2QA 11GSA 2HI7A 4ZBBA 1Q4JA 1ERWA 5IPHA 2GQMA 2PVQA 5LNKe 6GSUA 4P3YB 3L9SA 4LLRA 2LUSA 1K0CA 3CYNA 1TRSA 1QXHA 1LU4A 3CMIA 1M2AA 4F0CA 3IK9A 3QAGA 2YZHA 2VLVA 2X99A 2R37A 2WULA 4TKYA 2KP2A 2JZRA 4ZL9A 4V2LA 1VF3A 1O6JA 4K8MA 4MZCA 3TKSE 2TRCP 4N11A 1AQWA 2I81A 2MBSA 1OE8A 1C72A 2MMOA 20GSA 1XPVA 4AJ8A 1ON4A 1YF0A 2VD0A 2QGVA 4KDXA 5IO0A 3WGEA 3A3TA 2WZ9A 2YJHA 1EV4A 3D4TA 2GQLA 2GLRA 5CREA 2VCVA 1S3AA 4JRRA 1GTAA 2CA8A 2GSQA 3UOMA 1WPIA 3CTFA 1HNCA 3ME8A 4HU9A 1A24A 2C80A 1A2LA 4KUNA 3MNGA 4Q5FA 1YKAA 1DE2A 3BCKA 1PQNA 5H5SA 2B5XA 3D4MA 2FWGA 5EY6A 5ID2B 3MWHA 4YAVA 1TJDA 2VL2A 2MYGA 1TK8B 3QCPA 4OCEA 1B9XC 3HVVA 3FEUA 3J7Yb 1NHYA 3N9JA 4K2DA 2PPTA 3BBYA 4L5LA 2MMAA 5G31A 3GSSA 1O85A 2JACA 5D9WA 4IHUA 3EC3A 3IE3A 1FB0A 1KEBA 1X5EA 2I4AA 3EWLA 2C4JA 4ZL8A 2JADA 1BQ7A 1GUHA 3A2VA 2H6YA 4E8EA 2KP1A 4IJIA 4NMUA 1R5PA 3U5RE 3H1NA 3M1GA 3JCML 4HJMA 3QAWA 4L8EA 5EPFA 4KA0A 1XWCA 1ZZYA 1WIKA 2V41A 2VCTA 4J2FA 2C3QA 4F9ZA 3FR6A 1F3BA 1GLPA 1K3LA 3F4SA 3APQA 3L78A 2IPAA 3EVIA 1A2JA 1T3BA 4ZIJA 4PQHA 4I2UA 1UN2A 1DUGA 3N5OA 2ON7A 3BOAA 1F37A 1BJXA 5DALA 4ZBAA 2A2RA 5D96A 5HFGA 3HXSA 2YOIA 1V58A 3UAPA 3F3RA 4PQ1A 1M2BA 1M7TA 1ABAA 1Q98A 3GFKA 3D5JA 4GRFA 2YN1A 4TR4A 4EC0A 2HLSA 2J9HA 4ZL7A 5JCUA 3SBCA 4ECJA 5HR0A 3GN3A 4OMVA 4KW6A 2ALBA 4ZXGA 4POMA 3TCOA 1F6MC 1V57A 1T8EB 4HQSA 3IA1A 2CQ9A 2LRNA 2XBQA 4GQCA 5G1KA 4HS1A 2XBIA 4PUFC 5G1LA 1M99A 4EUYA 2YP6A 1NM3A 2D2ZA 5G5EA 2GT6A 5CRHA 1OYJA 1K0AA 3PINA 5CRGA 3TKRA 1AC1A 2FA8A 4G2EA 1BX9A 1K0BA 3L0HA 2PN8A 1AUCA 2GDRA 4EE0A 4HU7A 2VIMA 1F9MA 1RK4A 4DSQA 6GSXA 1XOBA 3EU4A 4QQ7A 5D8IA 1GSDA 5ECNB 2H6ZA 4KB3A 4YQUA 1TU8A 4KDYA 3ZVJA 1Z5YE 4LMVA 3GURA 4K0GA 2B1LA 4HUAA 1GL8A 2PU9C 1SL0B 2M46A 1JZWA 3GSTA 3KTLA 2H01A 2JU5A 2FUG2 3EMXA 2AB6A 4DSSA 1SKRB 4OD7A 3HCZA 5IPGA 4WR5A 5DAKA 2OJLA 3ERGA 2KLXA 5ABRA 3K8NA 3LG6A 1ILOA 3KMOA 4K7NA 5A4VA 2IN3A 5D93A 3MAKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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