1YEXA

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFDHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yexA00
3L0HA 2ES7A 5LD0A 1OKDA 2C3TA 4K0GA 4CHSA 1SL0B 1UA5A 5HFGA 2AB6A 1WJKA 3VI5A 2VOCA 5CNWA 3TJFA 1O8WA 2VCVA 5JCUA 4TXOB 4WXTA 1OYJA 4IP6A 4EVMA 1GNEA 5JCGA 3FKFA 2H71A 1FO5A 2FNOA 1B9XC 2CVKA 3TOTA 3GMFA 3LORA 17GSA 1UVZA 2O7KA 2HSYA 2AUVA 3UL3A 1K3LA 4FH8A 2YZUA 3QDNA 2WFCA 1FHEA 1CQHA 1Y6EA 2RLIA 3BCIA 1SJZA 1SYXA 2VM2A 5ECLB 4NPBA 2IJYA 1V9WA 2L6CA 4IVFA 3AY8A 3WT1A 3D0ZA 2MMZA 4ULXA 6GSXA 5IIZA 2RUEA 4ECBA 1B4PA 2LTKA 3US3A 2H6XA 2JZTA 2M46A 5KN0A 10GSA 3GTUA 1YQ1A 4IQ1A 3EWLA 3ZL5A 4MDCA 2I4AA 5J9CA 4RUVA 1PGTA 2WULA 1EOGA 2PBJA 3RHBA 1SK1A 3VPQA 4HQSA 4MH2A 1JZWA 4WBRD 3FK8A 3QCPA 4GLTA 3M9JA 3TCOA 2OE3A 2FWFA 2LRTA 2QC7A 1QGVA 3W8SA 1ERVA 3KH9A 3HVXA 1PL2A 2WGRA 1M7TA 4HS1A 16GSA 2YP6A 1T1VA 1S3AA 3IHQA 3VI7A 2JL4A 1S3CA 1XIYA 1TI1A 3Q6OA 4ECIA 2P5QA 2CA8A 2YJHA 2R4VA 2JSYA 4I2UA 2JADA 2HZEB 4XS6A 2DJKA 4ECJA 4WF5A 2GLRA 1BEDA 4ZL8A 1GUKA 4RI6A 4ZBBA 1TK0B 2KOKA 1N8JA 2V32A 3BJ5A 5CRDA 1MEKA 1FVKA 3TKSE 4HI7A 2X99A 2VUPA 3KEBA 4Q5NA 5B6MA 1N2AA 2IMEA 5FWGA 2IFQA 4KDUA 4KCAA 2CVBA 4ZBAA 4MZCA 4TXVA 2H74A 1Q98A 3Q74A 2YV7A 1OKTA 2AJQB 4E8HA 4IP1A 2AYTA 1QFNA 1X9SB 2LKUA 3HYPA 4L5OA 2JACA 1JZOA 4XTSA 1EGRA 2VD1A 2H30A 4JE1A 1XVQA 4BWQA 2LQQA 3HZ4A 3UIWA 4F0BA 3L9SA 4HZ4A 4WR5A 2HYXA 3CYNA 1M0UA 4G9HA 4MPGA 2GZPA 2LJAA 3HJPA 2VCWA 1TOFA 3TJJA 2OADA 3U6VA 1F3AA 1A2JA 3QMXA 3APSA 2EIQA 1FB0A 1DBYA 1GTIA 4DEJA 2I3YA 3BD2A 4GQCA 2HSHA 1R5PA 1XWBA 1AQWA 2OBIA 3GURA 2NDOA 4DSQA 3I6AA 1Z6NA 3VWXA 3GNJA 4BPYA 3KH7A 1IYIA 1B9YC 1XW5A 2GSQA 2LJKA 1YEPA 1MDJA 4JRRA 2O89A 1DE1A 2N5FA 2OBKA 4PGTA 5J41A 2DLXA 3C1RA 3IPZA 1TI3A 1JZRA 1GSUA 3FW2A 3TOUA 1AUCA 5H5RA 3ZYWA 3L9VA 1SKWB 4N0VA 4PURA 3FZ9A 1QXHA 5ECKB 1SJIA 2XPDA 2DIYA 4MP4A 2R2JA 4JBBA 2MMOA 4P3YB 4AJ7A 4POLA 3H1NA 4MF5A 3IAS2 1A2LA 3ZTLA 1GULA 3FZ5A 2MZCA 3IR4A 1ST9A 5F06A 2VCZA 2M80A 3TRXA 3MDKA 1V98A 2GT5A 2PPTA 5JWOB 4ID0A 2IMFA 2GVPA 1K0NA 2GZYA 3ZLPA 2PU9C 3TB2A 3UAPA 1K0CA 12GSA 1SENA 4YQUA 2A2RA 2DJ3A 3DVXA 3UMAA 1XCCA 2KHPA 3IOSA 13GSA 3WD6A 3SBCA 4KE3A 5DJMA 3DWVA 4XS4B 2GSSA 4K8MA 4OFTA 2FY6A 3VFIA 4L0WA 5COHA 3HDCA 1PX6A 4PQIA 1EP8A 5CRHA 1GRXA 5AISA 5A4UA 1ZL9A 1Z5YE 1T00A 7GSSA 2H6YA 2VLVA 1TRSA 4Q5RA 1QK8A 1PKWA 3N5OA 2PUKC 1DSBA 4FIWA 4CW9A 3NIVA 5CRWA 2PN8A 3UVTA 2CV4A 1Z6MA 3L4NA 2ON5A 4V2NA 4NV2A 1HD2A 3IXRA 4LLRA 5IMVA 5CRGA 4J57E 5HQPA 2YZHA 4YAVA 5ECQB 2LJRA 1XWAA 2K6VA 4OWYA 4BA7A 3F9UA 1WRYA 3CSIA 4PUFC 2D2ZA 3H8QA 3RHCA 4TOPA 2RUFA 2WB9A 3ME7A 1URMA 4HEA2 3KJYA 1PL1A 4LL4B 4EE0A 1K0AA 4Q5QA 1T4YA 2VCTA 4J56E 4I97A 1ZYEA 4BVXA 5AN1A 5D73A 2FA8A 2K9FA 3MNGA 1XOBA 3GH6A 2C0EA 1ZZYA 1GSDA 2FD3A 4ZL7A 4PNGA 4TKYA 2C0GA 4TR1B 3TKSA 4EXJA 4PXOA 3D21A 3W8JA 1OC8A 3Q18A 1XVWA 1RK4A 2B5EA 4TVEA 1AW9A 5E4WA 5CP1A 2XHFA 2KP2A 1SD8A 2HRNA 4GF0A 3FR9A 4MMMA 1KEBA 1YF0A 3GYKA 3VWVA 5IMAA 3VWWA 4MLYA 1PMTA 2VIMA 3OR5A 4IELA 1NHYA 3CBUA 3HJMA 2GTUA 3HJOA 5CREA 3WGEA 2R3XA 3P90A 3DRNA 3ISOA 4PX1A 5C04A 3GL5A 1WWJA 2TRXA 5DALB 2DBCA 1U88A 2I81A 2V41A 4K7IA 5G1LA 1O7UA 3ZIVA 1TDIA 3C73A 1HNAA 2YCDA 5HFKA 5D9XA 4N11A 2HNLA 5IPHA 2GT6A 4GCIA 1GSSA 3RDWA 1DE2A 1F9MA 2V2GA 2F8AA 3EC3A 1J08A 3IV4A 3TKSC 3GSSA 3HCZA 3C7MA 1F2EA 1K0OA 5ECSA 4NAXA 4HQZA 5IMFA 2DC5A 4NHZA 4F9ZA 2GQLA 3C1SA 3ZZXA 19GSA 6GSWA 4L5LA 1BG5A 1JHBA 3J7Yb 4F03A 1TU8A 3MWHA 4OCEA 4TR3A 1EEJA 4YAPA 3KTBA 2QGVA 2PWJA 1Z3EA 1VF1A 3L78A 2GQMA 2IMDA 3ZVJD 3D4TA 2H8LA 5DVBA 1PSQA 4ACSA 4K6XA 3CXGA 4RI7A 2B7JA 3A2WA 4K2DA 4IN0A 2B5XA 2DMMA 1AQVA 2OE1A 1EP7A 2K8VA 3LG6A 3VWUA 1CQGA 2PVOC 1GTAA 4K1FA 1PA3A 2K8SA 3LSZA 1H4OA 4J2FA 1OC9A 3C8EA 4TRXA 1EZKA 3APQA 4X43A 3GFKA 4NWYA 2LNSA 5J4UA 5GSSA 4KSOA 1MD4A 3EU4A 4XIHA 1O85A 1Z7PA 6GSUA 4ZIJA 3S9FA 4O5RA 1OAZA 2F3MA 2L5LA 2OKAA 3IRAA 6GSVA 1G6WA 2MMNA 3ZREA 5KN3A 4ISDA 2LV3A 4N10A 4RQRA 1M2AA 3W6GA 5DAKA 2F8FA 3TRQA 4EO3A 4MZBA 4QQ7A 2YJ7A 3QFAC 4TR0A 1GP1A 4WKWA 4HU7A 1UC7A 4FYBA 4LMVA 2E2GA 5D9TA 4XRAA 2MMAA 1JZDA 1B8XA 3GX0A 4Z7XA 1EV9A 1GWCA 3H4KA 5ID2A 3F4RA 3QOUA 2GDRA 2F51A 5ECRB 3QD9A 1THXA 5ABRA 1F37A 4EF0A 4K9ZA 2GGTA 2ZUPA 3GHAA 2N5AA 4MJAA 3KMNA 2FWHA 4F0CA 5ELAA 4HU9A 1J0FA 3M0FA 3ZIJA 1ZCPA 2VCXA 1A24A 2LRCA 3TKQA 2PERA 2A2SA 3RBTA 1O81A 3E9JB 3GH9A 2LRNA 1SL2B 3ERGA 4EL1A 1FOVA 4POBA 3M3MA 4V2MA 3APOA 5HR1A 4YQVA 1E2YA 4LMWA 20GSA 3PR8A 4OO5A 3G7JA 1U3IA 4TXOA 3EURA 1EGOA 1S3DA 2H19A 1A2MA 2H76A 3O3TA 3F3QA 4I8BA 4ILFA 3LQ7A 1X5EA 2MBSA 2PMTA 1VGLA 5G31A 3HKRA 5LNKe 1EOHA 5JCWA 3GIXA 4L0UA 1TKDB 1YY7A 2DMLA 3FRCA 1GSEA 2KP1A 2VLTA 1AXDA 1K0BA 3VPTA 1XZOA 2OJLA 2IL3A 1SKSB 3FEUA 2CX4A 1I9DA 5DBQA 3P8WA 3P7XA 2H72A 1J9BA 3IK7A 3WYWA 2HZFA 2GZZA 3UARA 5KN1A 4G19A 5ECIB 3NZNA 1SK0A 3VURA 2CAIA 2PVQA 2P0GA 3LYPA 1O8XA 5G5FA 1G7EA 5GSTA 4JEDA 1FVJA 5G1KA 2AAWA 4KNDA 4MK3A 1WP0A 3TRPA 1E6BA 3DIEA 4N0ZA 5IPGA 3ZMKA 3IBHA 2RIIA 1A8YA 1OE7A 4ZXGA 5J9BA 5H5QA 1C72A 4PNFA 5D9VA 1A23A 3MSZA 4NXIA 3LXTA 2YNXA 2WDUA 1THOA 1FW1A 2FGXA 1X9MB 4AF2A 2JU5A 3I43A 3LWAA 2QKEA 4D73B 2O87A 1YKAA 2HZEA 2XC2A 1GH2A 2CT6A 1XBSA 1ERUA 2NBSA 2WZ9A 1SD9A 2L57A 3IK9A 1XPVA 2WS2A 4O32A 1HNBA 14GSA 1O6JA 4I5QA 3UVHA 1AQXA 3TKPA 4KA0A 1X0RA 1V57A 1SU9A 2E7PA 4QL7A 1AAZA 1TRVA 3ZRDA 1WMJA 3FY7A 5IOWA 3A5WA 5G2ZA 3GKMA 2KUCA 4DSSB 3LFLA 1YF1A 4FO5A 5CO3A 1R4WA 4RQXA 2YANA 5IM9A 5B8AA 5AGYA 1W4VA 2TIRA 2IIYA 1A0FA 3CRTA 1TXXA 3MAKA 2MYGA 4OFMA 1YJ6A 1Q4JA 2BMXA 1EV4A 3LXZA 2CVDA 4HUAA 5FHIA 1H75A 1TK8B 2FLSA 2J23A 2HI7A 4KGIA 4JR4A 4HDEA 1V40A 2I1UA 4NMUA 5D96A 8GSSA 2ZCTA 3TJBA 3DYRA 5J5NA 1Z9HA 4WBJA 2C0FA 3F63A 4IW9A 1TU7A 3BCKA 3KD0A 3L9UA 4V1Ap 5G5EA 4HJ2A 1F6MC 2AHEA 5CYYA 4GXZA 1SL1B 2CZ3A 4YQMA 1ON4A 4CDOA 3HD5A 2JZSA 4G2EA 1BAYA 4IJ3A 5KEJA 4POMA 5DQSA 4WEYA 1ZMAA 4E8EA 1VF4A 1RQMA 1RW1A 1VRSD 2FWGA 4MF6A 3VLNA 11GSA 2IMKA 2C1YA 2C8UA 3F4TA 3WT2A 3KTLA 1GTBA 3UBLA 3LJRA 3FR6A 1XFLA 2FCHA 3P2AA 4AGSA 2IMIA 2HLSA 4KW6A 2LSTA 4MABA 1PN9A 2CQ9A 3GTUB 2M72A 2E0QA 5B7CA 3CSHA 1K3OA 3TGZA 5AIXA 5G30A 3PH9A 2R37A 4D73A 1M9AA 3IDVA 4WF4A 1PKZA 1G6YA 4IKHA 2RM5A 1TW9A 3KXOA 4JU5A 4O92A 2REMA 2B3SA 1U87A 4OCFA 5INYA 2PGTA 2OE0A 5AIVA 2FWEA 3QAGA 4GSNA 3ERFA 3H93A 4ZB6A 2XPEA 5F0GA 3QR6A 2L5OA 4V2LA 2NVLA 2H73A 5DJLA 2FHEA 1ZOFA 2X8CA 2X64A 4XS4A 1MDIA 2O8VB 3KIJA 2ZNMA 4DSSA 4TR4A 1BYEA 2GSRA 4KSMA 2QSIA 2IN3A 3ZFBA 3KGKA 3QPMA 1T8EB 1UN2A 1LU4A 3HA9A 3M1GA 1W89A 4TW5A 5B8BA 3DD3A 3PGTA 1U3AA 3ZFLA 3H79A 5F07A 2DJJA 4KCEA 5B6NA 1K0MA 1T7PB 2IFQB 2VL9A 4EKZA 1R26A 4HOJA 5HR3A 1T4ZA 2EC4A 4AJ6A 3GKKA 1OE8A 3EINA 3F4SA 3UJ1A 4I2TA 2LUSA 1G7OA 3A2VA 3I9V2 2H0HA 2DIZA 5ECOB 1V2AA 1YDKA 4I6XA 5IOXA 4GWRA 1MTCA 2H75A 2DJ2A 2VO4A 4GTUA 2H66A 3ME8A 4H86A 2XBQA 1OVNA 2O85A 3A3TA 1YZXA 3GX8A 2NTOA 3KCMA 1OC3A 3BBYA 1GLPA 3DKSA 1VF2A 3KP9A 2LS5A 3O6TA 5ENUA 3GKXA 2R6KA 4MF7A 1ZGNA 3EE2A 6GSYA 1IYHA 1YEXA 2NPBA 3IA1A 5J3RA 4N30A 4TR1A 5D9WA 1AC1A 1GLQA 2BJXA 2L6DA 3CTFA 4DVCA 2X8HA 2J9HA 3GSTA 1U6TA 4KDYA 2DJ1A 5IMCA 2H1GA 1B48A 1WPIA 4G10A 5JWQB 4XCSA 2WCIA 5HR0A 4XHMA 5JWRB 5GAND 1LBKA 3FZAA 3QAVA 3TDGA 5ECPB 2WJUA 2YN1A 1ERWA 3N9JA 4GQFA 4LL1B 1BJXA 2H1AA 5DALA 3FR3A 3DEXA 3V1WA 1PQNA 4X0XA 2GSTA 2H0IA 3F0IA 3RPPA 3CMIA 1I5GA 2HRFA 2VL3A 3LGCA 2EIRA 2F9SA 1SJ6A 4IBPA 1F3BA 3EMPA 3HY2A 4JR6A 2VM1A 2VD0A 2H1BA 3HHVA 1ILOA 3EU3A 1HQOA 1K0DA 1T3BA 3DGQA 1X5DA 1X5CA 2LEGA 2P5RA 5ECNB 5HR2A 1HNCA 3ED3A 3KM6A 1BX9A 2B7KA 2C4JA 2V6OA 4IQAA 4ZBDA 2R5GA 3KZQA 2Z9SA 3NOFA 5C00A 1VF3A 4OO4A 4PQ1A 5GAPD 4IHUA 4ML6A 4XRDA 4MJCA 2V1MA 4DSRA 4KB3A 3VK9A 1M99A 1A0RP 2JZRA 3LYKA 5F8BA 1TP9A 2TRCP 1EEMA 3UEMA 5A4WA 1ABAA 2EIOA 1BQ7A 3ZMLA 3FYGA 5DCGA 1QQ2A 4GSTA 4KH7A 4BL7A 4EUYA 3FZ4A 1XW6A 3M8NA 3F8UA 1AIUA 4GSSA 2VL2A 4POKA 4BVYA 1NM3A 3CTGA 2B5YA 3DXBA 1TK5B 1PX7A 1R7HA 2C0DA 4WR4A 5HFIA 3FHKA 2B6MA 2E2MA 1A8LA 4Q5FA 3RAZA 3UBKA 2A4VA 5H5SA 4KDXA 4KUNA 5L71A 5F05A 2YOIA 1DUGA 4EDYA 3GRXA 5A4VA 1Z7RA 1GTUA 3TJKA 2G2QA 4BWSA 2IPAA 2H0GA 2ALBA 2FA4A 3BOAA 2L4CA 4ZL9A 4IS0A 1QMVA 4IJIA 4L8EA 3ERWA 1R5AA 2GS3A 5DQYA 3E0UA 9GSSA 2C3QA 1GSYA 4MJBA 3CSJA 4HJMA 1WE0A 2HE3A 4EC0A 1GNWA 1TTZA 2CZ2A 2KLXA 1Y25A 4IGJA 5DDLA 3U5RE 2VAFA 2VL2C 3LEFA 2MBTA 2YWOA 3KP8A 5EPFA 4F82A 2HFDA 3WGDA 18GSA 2XBIA 4OD7A 1TJDA 3HXSA 4O7HA 3RPNA 2BTOT 4EDZA 2C80A 2CAQA 2ON7A 4ZILA 3HVVA 1FB6A 3GUSA 2I9HA 5IMDA 2YWIA 1SKRB 2RM6A 4PUAA 3CRUA 4NHWA 2H1DA 3EMXA 1NW2A 1WIKA 6GSSA 1SYRA 2DJ0A 2L4QA 1M2DA 4MJEA 1MDKA 2YV9A 3D22A 1XOAA 2K18A 2G0FA 1MD3A 4GRFA 4MCUA 3Q19A 2B1KA 1LJRA 1ZYQB 2YWMA 2LNTA 1G0TA 3ZVJA 3J7Yk 3IC4A 4V1Ag 1PRXA 6GSTA 1KNGA 4ZB9A 5A5KA 5IMZA 1TRUA 2H70A 2LQOA 1GUMA 3GL3A 4OFNA 2FUG2 3DMLA 4FYCA 3G9BA 1M2BA 1V58A 1FAAA 2VCQA 4LA1A 5IO2A 22GSA 3I69A 1XWCA 2B1LA 1HYUA 4HZ2A 1KBNA 1GL8A 1GSFA 4JZQA 1QUWA 3GV1A 5FT3A 3G7YA 5ELGA 4ML1A 5IQYA 3IAM2 3A2XA 3TKRA 4KAEA 4K7NA 3ZITA 2OA7A 1XWGA 2AV4A 3QFBC 3SWLA 5EL8A 1OC9B 1FG4A 2C3NA 2H01A 2V6KA 2N5BA 2CX3A 5E59A 2HXKA 2YWNA 3R2QA 2X8GA 3F6FA 3TJGA 4OMVA 1WOUA 5CAXA 5EY6A 1GSQA 1USBA 2GQKA 4MA9A 3E3EA 1XWKA 1JLVA 2JSZA 1PD21 1K3YA 4WETA 1KTEA 3DVWA 5EVOA 3D4MA 1GUHA 3GKNA 3UOMA 3GN3A 3QAWA 5DAKB 1XXUA 1YKCA 4XS1A 2WRTA 3C71A 3D6IA 3M9KA 4MZWA 4NV5A 1M9BA 2H6ZA 4KX4A 3G7IA 1X9WB 3HVSA 2OACA 3IE3A 5DCHA 3TUEA 4ECCA 2VLUA 3HZ8A 1TRWA 2L59A 3KMOA 4TN8A 1ACVA 1JLWA 1ML6A 1SK2A 4K7OA 5D8IA 2IWTA 1XW9A 4QL9A 5ID2B 3F3RA 4K0NA 3O76A 5KN2A 4F2IA 5IO0A 3WGXA 3D5JA 1NSWA 4YH2A 1EWXA 4ZB8A 3EYTA 4PQHA 1B4QA 4MPFA 5D93A 2YPMA 3EVIA 4FYUA 3F6DA 1ERTA 3GA4A 4X1UA 5ECMB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite