1YF1A

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFVHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
total genus 51
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yf1A00
3FK8A 2IWTA 3P2AA 1LU4A 3RPPA 3S9FA 2A4VA 5A4UA 2DJKA 4TXOB 3KP8A 1NSWA 1M2DA 2YANA 2XBQA 2WS2A 3F0IA 2C80A 3SWLA 3L9VA 2YP6A 4GQFA 2C3NA 1B4PA 4MJEA 1F3BA 1BYEA 3GUSA 2RIIA 1G0TA 2IPAA 1A0RP 3GN3A 3EURA 3ISOA 4Q5NA 3ZYWA 2CX3A 3KZQA 2K8VA 4ECJA 3TOUA 1AQVA 5LCZA 1C72A 3P90A 5DCGA 2M72A 1WPIA 1PGTA 4OCEA 1MD4A 3HZ4A 4OFNA 5ECKB 5EPFA 4F2IA 3D6IA 4LLRA 1UVZA 1G6YA 1GLQA 3KMNA 5AN1A 4PXOA 5IPGA 3UBLA 2MMAA 1N2AA 3ZRDA 5D9WA 3TCOA 3TKSC 2YCDA 3ZLPA 2RM6A 3M9KA 4IJIA 2DLXA 4KB3A 3VWUA 4ZB6A 1TU7A 4HU7A 4KAEA 4PUAA 4AF2A 1TJDA 3SBCA 3VWXA 1J08A 5F06A 3DYRA 2JACA 3C1SA 1SD8A 2VL2A 1GNEA 3IR4A 4ZBDA 1K0NA 2L4QA 2PVQA 1XOAA 1TK5B 2GZYA 2EIOA 3LQ7A 3MDKA 1KNGA 1B8XA 4YH2A 1M7TA 2WZ9A 1A23A 5DVBA 4KDUA 5DQYA 2L57A 5F07A 1V58A 3QAGA 4NXIA 5G30A 2YWIA 2E2MA 2HRNA 3F6FA 1ERVA 2LJKA 4HZ2A 1T3BA 3R2QA 1TI1A 2F8AA 1H75A 5HR2A 2LRCA 3CSIA 4O92A 5D9XA 2GSTA 3TJBA 3C7MA 4LMVA 1VGLA 3ZMKA 4HUAA 2CVDA 1WIKA 2GGTA 1PL1A 1PMTA 2YOIA 4OFTA 5IMAA 1OC3A 1VRSD 4JR4A 3DD3A 3UJ1A 1HNAA 4HEA2 1V57A 1DE2A 1M9BA 2Z9SA 1GSEA 2WRTA 3GTUA 1OVNA 4Q5RA 1HYUA 2EIQA 3QOUA 3MAKA 2CVKA 2A2RA 6GSYA 3ME7A 3C8EA 4ZB8A 2FA8A 1XW6A 4L5LA 1PL2A 1VF4A 4J56E 1FB0A 1ERTA 4YQUA 4N0ZA 5IMFA 1QXHA 5HR3A 5HR0A 2X8HA 3F9UA 2BJXA 2O8VB 1BX9A 2RLIA 1RK4A 1SJZA 1TTZA 2FY6A 5A4VA 2J9HA 4PNGA 2WDUA 2M46A 3GKXA 3RHCA 3LGCA 1MTCA 2VLTA 1GTAA 3CYNA 2VCWA 2C1YA 4K7OA 5H5SA 2V41A 2WULA 1AUCA 4IHUA 3PH9A 5A5KA 3GIXA 1THXA 3G7YA 5CAXA 2BMXA 2NPBA 3L9UA 2JZSA 2M80A 3NIVA 1QK8A 5D9TA 1ZYEA 4WXTA 2H6YA 3KMOA 2MBSA 1TW9A 4IBPA 2IJYA 1H4OA 5CO3A 1S3DA 1XVWA 2GSQA 3CMIA 4EF0A 1GRXA 4MZBA 2LKUA 4POKA 3ZITA 3D4MA 2VM1A 4RQXA 4ZL9A 1SKRB 3QPMA 2GVPA 5G2ZA 2H74A 4I5QA 2FD3A 3QAWA 2IMDA 3GH9A 4BA7A 4ACSA 5J4UA 2L5LA 3P8WA 3CRUA 4NV2A 5IOXA 2FCHA 1PKZA 4POBA 1K0DA 3H8QA 1F9MA 1Z7RA 4KH7A 1EEMA 5CP1A 2CA8A 3VLNA 3DWVA 10GSA 2C8UA 2LV3A 1AXDA 3VI7A 2L59A 3M9JA 2LQQA 1O73A 3IOSA 4K6XA 1FAAA 1SJ6A 3BJ5A 1YKCA 1U88A 1PSQA 1A24A 5B8AA 1GWCA 1XWGA 4I2TA 2HFDA 2HYXA 5DDLA 4F82A 1F37A 1TRUA 1PX6A 3QD9A 3UARA 3EU3A 3ME8A 1CQHA 4BVXA 1AAZA 4QL9A 2TIRA 3I9V2 4YAPA 5IMCA 1B9YC 3VI5A 1U3AA 1QMVA 2K9FA 4RI6A 4ILFA 3EVIA 1PA3A 3H93A 4KW6A 4AJ8A 1A0FA 2B5YA 1K3LA 2MMOA 1ZCPA 2IMEA 1YF0A 4MPGA 1XZOA 1NM3A 4JBBA 2YZUA 3G7JA 4TR1A 1XFLA 3A2WA 1OAZA 4KSMA 2X8CA 4KA0A 1FOVA 4KE3A 2JU5A 4GF0A 1RQMA 1GUMA 1V98A 5COHA 5JCGA 1TKDB 2CZ2A 2NBSA 2L5OA 2HZEB 2GS3A 1X5CA 3GRXA 4QQ7A 2WFCA 1EP7A 3A5WA 2B7KA 4ZL7A 4LA1A 1EP8A 3E9JB 3Q19A 2H0HA 2KP1A 1ERUA 4JRRA 3TJJA 2HSYA 2VL9A 5GSSA 4N0VA 2H71A 3HJMA 4CDOA 2VCZA 1MDKA 3PR8A 1ZYQB 4WBRD 3DKSA 3W8SA 1GH2A 1X9WB 6GSUA 4WETA 5CRHA 4KSOA 6GSWA 2TRCP 1QUWA 5J5NA 1GSSA 4TR0A 2QKEA 1EV4A 3FY7A 5ECIB 4K0GA 2J23A 3E3EA 3FZ5A 5EVOA 3UIWA 1YKAA 3KCMA 5ECMB 2CV4A 2GZZA 2H1DA 5A4WA 3IDVA 4L8EA 1EWXA 3UAPA 4NV5A 4L0WA 2DMLA 2GZPA 1AW9A 4KX4A 3HY2A 3TKSA 2H0IA 3EC3A 13GSA 1NW2A 4DSRA 2I3YA 2VLVA 4MF6A 2I9HA 5CRDA 2H6ZA 4WKWA 4IP6A 1UC7A 4LMWA 2CX4A 3IK9A 4RQRA 3VPQA 3ZTLA 3FZ9A 3QFAC 5B6NA 1EGOA 1SL1B 1G7EA 1KBNA 1PN9A 2L6DA 2DBCA 5ELAA 1ZOFA 1THOA 4ML6A 4GSSA 4MJAA 3C73A 1PD21 3W8JA 3G7IA 2AB6A 3FYGA 4MH3A 2IMKA 2B5EA 1AIUA 2HZEA 2O85A 2X64A 1SYRA 3TGZA 3KM6A 1VF1A 2AJQB 1M0UA 3GKMA 3A2XA 4HZ4A 1XW5A 2WJUA 4EUYA 1OC8A 2C0FA 2G2QA 5C00A 5HR1A 5KN2A 2YWMA 3MNGA 3C71A 3ZFBA 3IXRA 5HFGA 2F8FA 4ID0A 1BEDA 5DALA 3DVWA 1J0FA 1U87A 3BCIA 1XCCA 1QFNA 4DSSB 1ZL9A 1K3OA 2KUCA 3ERFA 2QC7A 1HNCA 4DVCA 1TK8B 5CRWA 4I2UA 4WR5A 1FB6A 4TW5A 2P5RA 2B5XA 4OMVA 2GQKA 1KTEA 4OWYA 4JE1A 3ZREA 3UVHA 1TOFA 1F2EA 4PQ1A 4ZL8A 3HHVA 5IO0A 1MD3A 1K0OA 1CQGA 3KJYA 2KLXA 2HI7A 4O7HA 4K9ZA 1HQOA 4KNDA 4ZILA 5CREA 1FVKA 2F9SA 3BCKA 5ABRA 1DE1A 4EC0A 1JZWA 1Z6NA 2B1LA 3GYKA 1WP0A 5IMVA 1BAYA 3CTGA 1OKTA 1E2YA 1WWJA 4AJ6A 3RPNA 1SKSB 4EDYA 3GTUB 1ST9A 1OE8A 2LRTA 3IPZA 4EXJA 3ZL5A 1JZDA 3DMLA 2RUEA 4J2FA 3WT2A 2FWGA 2CAQA 4F0BA 3GURA 2AV4A 2GQMA 1URMA 1XPVA 2R37A 3MSZA 1SKWB 2CZ3A 4I6XA 1R26A 5GZZB 3FR6A 4DSSA 3C1RA 2E2GA 3QDNA 1JFUA 2FHEA 3DXBA 3WGDA 3GL5A 1Z9HA 1GSQA 2VLUA 4MH2A 3U6VA 2GLRA 3FHKA 1X5DA 2V1MA 3Q74A 3LORA 2FUG2 1S3CA 3HJOA 4MZCA 4XRDA 3KP9A 2VD0A 4KDYA 5DJMA 2R3XA 2N5AA 1A8YA 1X9SB 4XCSA 2DIZA 1R5PA 1EOHA 4K7NA 5D8IA 5JCWA 1T7PB 3CRTA 1K0BA 3HJPA 5IO2A 2V6KA 4V2MA 4EVMA 1AQWA 1SL0B 3ZIJA 4NHZA 1I9DA 3WGXA 2FWFA 1G7OA 4IP1A 4OCFA 4FIWA 17GSA 4IN0A 2GSRA 3KIJA 1EV9A 4HI7A 1R5AA 2DIYA 4POLA 4N10A 2A2SA 3UOMA 2F3MA 3WT1A 5J3RA 4XRAA 4L5OA 1GL8A 2VM2A 2B6MA 3P7XA 3DRNA 3LYKA 2R2JA 5GAPD 3CSHA 4NWYA 4O32A 1GSDA 3HVVA 5JCUA 3F8UA 2YPMA 2VD1A 4MF5A 1S3AA 4WBJA 2H19A 2XPEA 1B48A 5ID2B 2CVBA 1JLWA 2HSHA 4XS6A 2OE0A 4PNFA 3HCZA 3HA9A 1TU8A 2ZNMA 4P3YB 4QL7A 5DAKB 3FZAA 2HT9A 4TR4A 4JZQA 2IFQB 3L78A 16GSA 4LL4B 2AUVA 3LYPA 3GA4A 2GSSA 2TRXA 3D22A 2B3SA 4MLYA 3EINA 1QQ2A 3IAS2 4MK3A 2NTOA 4KGIA 2FLSA 4EL1A 1GSUA 1XWKA 1X9MB 3ED3A 1TRVA 4TR1B 4ML1A 5L71A 4GWRA 2OADA 2PERA 4X43A 2B7JA 3F6DA 4ECCA 2QSIA 2LEGA 3UMAA 5JWRB 2VIMA 4KCEA 3GX0A 4G19A 2LJRA 4ZBAA 2DSAA 2XBIA 3D21A 2OKAA 1SD9A 2ZCTA 5IQYA 5E59A 4IELA 3ZVJD 5IMDA 4WR4A 3RHBA 2OA7A 1YF1A 2YNXA 4RUVA 4TRXA 4OO4A 6GSXA 1JHBA 3QMXA 2VL2C 4NAXA 3NZNA 2GDRA 3KXOA 2XHFA 5D9VA 1SK0A 4EDZA 1GTIA 2AYTA 4OD7A 3FEUA 1N8JA 4Q5FA 5ID2A 2C4JA 5DBQA 12GSA 4LL1B 2YJ7A 2IL3A 2YV7A 3EWLA 1T8EB 5DAKA 1R4WA 2JZTA 5EY6A 4OFMA 3VK9A 2IFQA 6GSSA 1FW1A 5LNKe 11GSA 14GSA 3FKFA 1HNBA 1X5EA 3WYWA 3TKPA 1PQNA 5EL8A 1JZOA 5H5RA 3EE2A 5F0GA 1PX7A 3IC4A 3GHAA 2LS5A 2H8LA 3I43A 2R4VA 4FO5A 4BVYA 1GSYA 1FG4A 2DMMA 3Q18A 1FVJA 4NPBA 3LXTA 2PGTA 2P31A 4K7IA 3L4NA 5HFKA 4K2DA 5ECHB 4MABA 2VAFA 4Z7XA 3IBHA 2FWEA 3F4RA 3TRXA 2YV9A 3KH7A 4MA9A 2REMA 3HXSA 4XS4A 1MDIA 2JL4A 2QGVA 1T4YA 2WGRA 3H1NA 2H70A 4FYBA 2DJ0A 3HYPA 3CBUA 3O6TA 3F4SA 4MJCA 5HQPA 2FNOA 2E7PA 1I5GA 3KEBA 2H66A 3IE3A 20GSA 3DIEA 3M8NA 3VWWA 1ABAA 1VF3A 8GSSA 3APSA 4JU5A 3PINA 4F9ZA 5DALB 3W6GA 1SL2B 4GTUA 1GULA 1M9AA 4D73B 3DGQA 4HDEA 1LBKA 1M2BA 2C3TA 2VCVA 5KN3A 3A3TA 4GRFA 3TKQA 2GT6A 1NHOA 2EC4A 2D2ZA 1YDKA 9GSSA 4HOJA 4IQAA 3A2VA 4BWSA 1BQ7A 2FWHA 2P5QA 4IS0A 5C04A 1GLPA 4Q5QA 5ECLB 3N9JA 4IQ1A 3VPTA 1TP9A 3KTLA 5ECQB 2MBTA 2OE3A 2PPTA 2MMZA 3GSTA 3IAM2 4ZXGA 3APOA 5FHIA 4E8EA 2DC5A 1T4ZA 2O89A 3LFLA 4HJ2A 3EMPA 3CXGA 3AY8A 1ZZYA 3TRQA 1TK0B 2GQLA 1AC1A 3LEFA 5FT3A 2O7KA 1Z6MA 3GKNA 3ZZXA 4PQHA 2MMNA 1GSFA 4MMMA 1E6BA 2N5BA 4I97A 3ZMLA 2KP2A 2CAIA 4TKYA 1FO5A 1V9WA 3F63A 2HRFA 1HD2A 4BPYA 3NOFA 2R5GA 3QR6A 3APQA 3WD6A 1FHEA 1Q4JA 1BG5A 1SU9A 1GTUA 4L0UA 4AGSA 2KOKA 3M3MA 4NHWA 5GSTA 1A2JA 3E0UA 2OJLA 2YZHA 1XWAA 4D73A 2OBIA 1WE0A 2H75A 3BOAA 1ILOA 1TXXA 3M1GA 4GXZA 2H1BA 3LSZA 1YQ1A 1X0RA 1SENA 1XBSA 1TI3A 5IM9A 1ACVA 5B6MA 2F51A 3US3A 4CW9A 1Y25A 3U5RE 3L9SA 5KEJA 3FRCA 4GSNA 2MZCA 3VURA 2NVLA 5ENUA 2VOCA 3TOTA 3I69A 19GSA 4WEYA 2X99A 1XW9A 4J57E 3LJRA 3UL3A 4PQIA 2O87A 1R7HA 3KH9A 1IYIA 2N5FA 1A2LA 3EMXA 4KDXA 1EZKA 1TRWA 4MPFA 1BJXA 1SYXA 2ON7A 1UA5A 1LJRA 1XVQA 5IIZA 2K18A 2H30A 2PVOC 5E4WA 1MDJA 4HS1A 1EEJA 3KD0A 2HNLA 3D0ZA 2JSYA 5D73A 4I8BA 4K0NA 2VCXA 4HJMA 4MP4A 5J9BA 4G10A 1GUHA 1K0MA 3LG6A 3BD2A 22GSA 4EO3A 1U3IA 1TRSA 4NMUA 5HFIA 1WJKA 2PBJA 1K3YA 2VUPA 3TDGA 5JWOB 3QFBC 3IA1A 3IHQA 5AIXA 3L0HA 2VCQA 2MYGA 1DSBA 2LNSA 4V1Ap 4TXOA 3CSJA 4GSTA 3ERWA 5CNWA 1Z5YE 2H73A 1DUGA 1GTBA 3DVXA 2HE3A 3GL3A 5DCHA 4IW9A 4TXVA 3LWAA 1A8LA 4TR3A 3ERGA 3N5OA 2VO4A 5DJLA 4YQVA 2VCTA 2H6XA 18GSA 2JSZA 3LXZA 3O3TA 4K1FA 3JCML 2LUSA 4HQSA 5G31A 4CHSA 3WGEA 1WRYA 1Z7PA 1DBYA 2NDOA 2ES7A 3GMFA 1F6MC 2LJAA 5FWGA 4N11A 3GV1A 1YEXA 1OE7A 5D96A 3F3QA 5AGYA 5ECRB 2IIYA 5B8BA 4XIHA 1K0AA 3H79A 3TJGA 1JLVA 1M99A 1OC9B 3EYTA 4XHMA 1ML6A 4ULXA 3QCPA 4MDCA 4BWQA 3G9BA 2CT6A 4DEJA 4E8HA 2IMFA 3GX8A 4G9HA 5CYYA 1ZGNA 4YAVA 2PU9C 3ZVJA 4OO5A 2KHPA 4O5RA 2H72A 2V2GA 1V40A 3GNJA 2L4CA 3UVTA 4POMA 2B1KA 5ECSA 3HZ8A 7GSSA 5JWQB 1WMJA 1O7UA 4JEDA 2OBKA 1Z3EA 3EU4A 3DEXA 3V1WA 4MZWA 4H86A 4FH8A 3J7Yk 2JZRA 2CQ9A 2IMIA 1YEPA 2C3QA 4KUNA 2PN8A 5F8BA 3VFIA 4ECIA 3J7Yb 1SJIA 4FYCA 6GSTA 1SK2A 3TRPA 3HVXA 3KGKA 5ECPB 1M2AA 5KN1A 1EOGA 1JZRA 4N30A 3BBYA 4IKHA 1B4QA 1O8WA 5GAND 1O8XA 3H4KA 2JADA 4IVFA 2LTKA 3F3RA 3FR3A 1XWBA 4GLTA 4WF5A 1XIYA 4KCAA 4PX1A 1KEBA 4HU9A 4XS4B 2K6VA 4FYUA 4GCIA 4X1UA 4ISDA 1OC9A 3VWVA 4RI7A 5G5FA 5ELGA 4EKZA 3RBTA 2WCIA 2EIRA 3HVSA 2L6CA 1ZMAA 3RDWA 1GNWA 2P0GA 2V6OA 1ERWA 2LNTA 2RUFA 3Q6OA 2XPDA 2H1GA 2RM5A 5KN0A 4V1Ag 3O76A 6GSVA 1V2AA 1G6WA 1O85A 1WOUA 5H5QA 3IRAA 4YQMA 5AIVA 1GP1A 1U6TA 1IYHA 1VF2A 3IK7A 1SK1A 1W89A 2HZFA 1W4VA 2PWJA 3K8NA 3HKRA 2DJ2A 2OACA 2H0GA 1NHYA 4TN8A 2FGXA 2PMTA 5J41A 5CRGA 2WB9A 4K8MA 3D4TA 4G2EA 4X0XA 3UEMA 4IGJA 1O6JA 2ALBA 2V32A 3GFKA 5G5EA 3IV4A 1XXUA 4PGTA 1OYJA 1PKWA 2YN1A 2ON5A 3TKRA 1GUKA 2YWOA 2E0QA 4AJ7A 5G1KA 3KTBA 4DSQA 4TVEA 2C0EA 4JR6A 4F03A 4EE0A 3TJKA 5IMZA 4BL7A 2LSTA 5INYA 4ZBBA 2HXKA 1A2MA 5LD0A 3CTFA 5IPHA 2PUKC 3I6AA 2FA4A 2I1UA 2H76A 3QAVA 2I81A 4WF4A 4ECBA 2DJ1A 2DJ3A 5J9CA 2YJHA 5IOWA 5B7CA 1T1VA 3TB2A 3MWHA 2I4AA 4HQZA 4MCUA 4ZIJA 3TJFA 3OR5A 1O81A 4V2LA 2C0GA 1MEKA 5ECNB 2R6KA 1USBA 2ZUPA 1XOBA 4XTSA 5G1LA 3F4TA 2OE1A 1Y6EA 1B9XC 2HLSA 1AQXA 1F3AA 4TOPA 3PGTA 2DJJA 2K8SA 3FR9A 5D93A 2VL3A 5AISA 4MJBA 2BTOT 4IJ3A 1RW1A 3TUEA 3ZFLA 2IN3A 1XWCA 2GTUA 1QGVA 4F0CA 2LQOA 1EGRA 2AHEA 1K0CA 4MF7A 2YWNA 1YZXA 2GT5A 2G0FA 4PURA 3ZIVA 1PRXA 5DQSA 3M0FA 2H01A 2AAWA 2LRNA 3GSSA 4PUFC 2H1AA 1YY7A 4GQCA 1YJ6A 1OKDA 3HD5A 1ON4A 5F05A 1TDIA 3GKKA 4ZB9A 4V2NA 3HDCA 3D5JA 3TKSE 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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