1ZOFA

Crystal structure of alkyl hydroperoxide-reductase (ahpc) from helicobacter pylori
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
MVVTKLAPDFKAPAVLGNNEVDEHFELSKNLGKNGVILFFWPKDFTFVCPTEIIAFDKRVKDFHEKGFNVIGVSIDSEQVHFAWKNTPVEKGGIGQVSFPMVADITKSISRDYDVLFEEAIALRGAFLIDKNMKVRHAVINDLPLGRNADEMLRMVDALLHFEEHGEVCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of alkyl hydroperoxide-reductase (AhpC) from Helicobacter pylori.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords alkyl hydroperoxide-reductase
total genus 50
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2005-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1zofA00
2LRCA 1E6BA 2HZEB 3ZTLA 5GSSA 1HNAA 1TP9A 3DVXA 2N5BA 4OFNA 1F2EA 1KEBA 3BD2A 3HHVA 3WGEA 2CVDA 2JSZA 2B5XA 2VLUA 2C0DA 5DALB 3H79A 1OC9A 5KEJA 3L9VA 2WS2A 1SL2B 2JZTA 1TXXA 4POBA 1FO5A 5IMVA 2KLXA 3C71A 1GSSA 2MBSA 1OE7A 1ABAA 2OA7A 4JE1A 3V1WA 2LJKA 3UMAA 1H4OA 4O32A 3UOMA 2A2SA 2IMIA 2WGRA 2EIOA 4EC0A 2FHEA 3PR8A 4FYBA 3TJGA 1M9BA 4POKA 1AAZA 1BEDA 1OYJA 2HYXA 1AXDA 4POLA 2XPDA 1JZOA 1WP0A 2LEGA 5AGYA 5EY6A 1BJXA 2OACA 1M0UA 1ZMAA 4MA9A 2YANA 4WKWA 5B6NA 3D6IA 4TW5A 1MEKA 18GSA 2LJRA 3KEBA 4XHMA 1M2AA 3ZMKA 3L4NA 3KH7A 4MJCA 4GLTA 3U5RE 3IBHA 2NBSA 1R7HA 3MAKA 1GRXA 2P31A 1X5EA 5IO0A 2FD3A 5B7CA 1TRWA 3WT2A 1XW5A 2GS3A 4K2DA 4EL1A 4LLRA 1XWKA 5DJMA 2VL2C 3O76A 1WJKA 4LA1A 3VWVA 3WGXA 3ZIJA 3QPMA 3ERWA 4HS1A 1XW6A 1SJ6A 2LKUA 5LCZA 5ECNB 5IPHA 3D21A 12GSA 1F3BA 3L0HA 1S3CA 2IMDA 3ZVJA 3APQA 2K8VA 3TKPA 1XW9A 3QAVA 4N11A 3RHBA 5JCWA 5AISA 2DIYA 5C04A 2YCDA 4HU7A 2JZSA 2H8LA 1EOGA 2HZFA 4X0XA 3PH9A 2GTUA 1TU8A 1XPVA 2EIQA 2F8FA 3G7IA 4G10A 3P2AA 4IHUA 3KGKA 5DAKB 1GL8A 3P90A 3WT1A 1Z7PA 3DXBA 1G0TA 1CQGA 4V2NA 3IXRA 1Z5YE 4E8EA 4MF6A 1K0MA 2TIRA 3CSJA 3LORA 1B4PA 2VCZA 1SKWB 2IMKA 2PU9C 4XIHA 1A24A 1JZRA 4GF0A 1ERVA 3QFBC 4KUNA 4HOJA 1GTUA 2V6OA 3PINA 3CTGA 3RHCA 5GAPD 5CNWA 4YQUA 4MABA 4ML6A 2ES7A 2PVQA 1R4WA 3DYRA 4NV2A 5ECKB 4ZIJA 3ZLPA 4NPBA 2YN1A 3K8NA 4ML1A 2AYTA 1ZGNA 1V98A 2N5AA 2ZCTA 1QMVA 1GP1A 3GA4A 3RBTA 1LJRA 4WF4A 2IL3A 3L78A 4ZBDA 2VD1A 2L57A 4MJEA 4MPFA 4AJ7A 3TKQA 2IPAA 4L5OA 1PD21 4OCEA 4ECIA 2GZPA 1ZYEA 1YKCA 4L8EA 1YZXA 4CHSA 4K8MA 16GSA 4KH7A 2PERA 2WCIA 3C1RA 3ZRDA 1GTAA 2O7KA 5B6MA 4K7OA 1YKAA 1WIKA 4MDCA 3LXZA 4JU5A 5JWQB 4GXZA 1XWCA 4PXOA 3ZREA 7GSSA 2MMZA 3TKRA 3GKNA 3GTUA 2YWIA 3ZMLA 2CA8A 3IE3A 3D5JA 3UBLA 3CSIA 4LL1B 4N0VA 4DEJA 2ON7A 5CREA 3RDWA 2FWHA 3GSSA 2JZRA 3DEXA 3MDKA 2FUG2 1T4ZA 3F6FA 4ZB8A 4IKHA 1F6MC 2LQOA 2L4QA 5IOXA 5J4UA 2H6YA 1BG5A 1F3AA 3IK9A 1OC8A 3M1GA 1M9AA 1X5CA 4TR1A 1U3IA 2X99A 2HRNA 1GSEA 1FB6A 2H1BA 5C00A 2B1LA 1VRSD 3UJ1A 4ISDA 2L6DA 4PNGA 3D0ZA 2DIZA 2AAWA 3F4SA 4TR0A 1T3BA 2C4JA 2LRNA 4MZCA 4AJ8A 3QDNA 1FVJA 3M9KA 4KX4A 4IBPA 5HR3A 2PUKC 1TK0B 1FG4A 4KDXA 2DJ1A 4WETA 1K0OA 1YY7A 4PURA 1F9MA 1ZCPA 4RI7A 2REMA 2WB9A 3FR3A 4MH3A 2VAFA 3GFKA 1OC3A 3PGTA 3IDVA 5L71A 4IQ1A 2C0FA 1WWJA 3IR4A 2AV4A 2YJHA 2VCTA 2VOCA 4ECJA 2TRCP 10GSA 3TJFA 4I2UA 3LYKA 1N2AA 1GNEA 2YWOA 3LQ7A 4F0BA 2IFQB 2WFCA 3F4RA 1EP8A 2B5YA 2YNXA 1YQ1A 2H1AA 5D8IA 2CQ9A 5ECIB 2RUEA 1EEJA 3EC3A 2MMOA 2J9HA 2K8SA 2KP2A 3HJPA 4IELA 3HZ8A 3LGCA 4MZWA 4MJAA 3IC4A 3TRXA 3P7XA 4RQXA 1ZL9A 5H5QA 1O73A 2FA4A 3GSTA 4I6XA 2L6CA 3WD6A 1O8XA 3BCKA 4XS1A 4IQAA 5HFKA 1PL2A 3GKKA 3HDCA 2DLXA 1GUKA 1SK1A 6GSYA 2DJ3A 2H71A 1T1VA 1XOAA 1EEMA 2H19A 4BVYA 2CT6A 1EGOA 4PUFC 3VK9A 2H6ZA 4DSQA 3IV4A 4WXTA 1YDKA 2PMTA 4WR5A 2O89A 3HA9A 1R5AA 3BJ5A 4DSSB 2WZ9A 3DGQA 3H93A 3CRTA 2KP1A 1UN2A 2C0GA 4ZL8A 2VCVA 2XBQA 2PGTA 4L0WA 1MDKA 4ZL7A 1CQHA 1LBKA 3BOAA 2VM1A 3FZ5A 5G5EA 1K3LA 4KCAA 4EUYA 2B6MA 2JACA 1X9WB 3GUSA 5CO3A 2JSYA 3FK8A 3GL3A 1OVNA 4OD7A 1ACVA 2OADA 1ST9A 1VF3A 4PUAA 1AQXA 4PNFA 4QQ7A 2FNOA 2D2ZA 1E2YA 3EU3A 4HU9A 4EDZA 1VF1A 1HNCA 1RW1A 1U87A 2MZCA 3TJBA 5ECOB 1MDJA 3SBCA 3HJMA 4ILFA 5F06A 2V32A 5FT3A 3NOFA 1VF2A 3QAGA 4TR3A 1Z9HA 4CDOA 4RI6A 4FO5A 1GLQA 2MMNA 2IMFA 5DQSA 4FYCA 1SK2A 1O85A 3W8SA 3RAZA 3MNGA 1K0CA 4GQCA 4K7NA 4K6XA 4GWRA 11GSA 1A2JA 3KCMA 2O8VB 2H73A 1SD9A 6GSTA 3Q74A 5J5NA 3TKSE 2F51A 5HR1A 1K0DA 4EF0A 3F0IA 2B7JA 4PX1A 2RIIA 3G7YA 2QSIA 1PX7A 4HQSA 3GKMA 4HUAA 5CP1A 2DSAA 2E2MA 2GDRA 2QKEA 2YV7A 4G19A 1Z7RA 3FHKA 1AUCA 5ABRA 3LSZA 3ZVJD 2RM6A 4IJ3A 4IP6A 1KBNA 3O3TA 4HJ2A 2IMEA 1JHBA 1XVQA 1SKRB 1T8EB 3JCML 2QGVA 3VPTA 4YAVA 3QCPA 4D73A 2MBTA 5D9XA 2YWNA 2YPMA 4X1UA 1GULA 3HVXA 1Y25A 5ECSA 3TJJA 3HY2A 4MMMA 3OR5A 2V6KA 2ZNMA 2I1UA 2AHEA 3HXSA 5F0GA 2OBIA 3C8EA 4G9HA 6GSVA 3KTBA 4MH2A 5AIVA 3F6DA 1HD2A 3UVTA 2LRTA 3C1SA 4AF2A 5COHA 4I8BA 3IOSA 2IIYA 2HZEA 2J23A 2BTOT 4F9ZA 3TOUA 3KTLA 1XFLA 5EL8A 2NPBA 4J2FA 1AQWA 2YV9A 4HDEA 13GSA 3FKFA 1ZYQB 3HVVA 1AW9A 1GH2A 3FR9A 3LFLA 3U6VA 3W8JA 2NVLA 1UC7A 5DALA 1A2MA 2R37A 5E59A 4Q5QA 3H1NA 2E2GA 3IA1A 5IMZA 4IS0A 5DQYA 1QXHA 5JWOB 6GSWA 3HJOA 4V1Ap 4JR4A 2L59A 1MDIA 1GUMA 3TRQA 1PGTA 3F3RA 4DSRA 2CAIA 1X5DA 1PX6A 3UBKA 4ZB9A 1O7UA 1N8JA 3M9JA 2L5OA 3J7Yk 3UARA 1C72A 5AIXA 3CRUA 1TDIA 1VGLA 2HSYA 3H4KA 4POMA 3ZL5A 3W6GA 1FW1A 1THXA 4E8HA 2FWFA 1Z6NA 2C3NA 2PN8A 2FWGA 2KHPA 5G31A 1BYEA 5KN3A 5FWGA 2V2GA 1SKSB 1TK5B 1BQ7A 5KN2A 1A0FA 1MTCA 2EC4A 3KXOA 4KSMA 5EPFA 3ZIVA 3GN3A 1OKDA 4TXOB 2OE3A 4XRDA 3GNJA 2TRXA 2GSSA 1O6JA 4TR4A 2GSQA 1PSQA 4G2EA 5IMAA 2MYGA 3WYWA 3KIJA 2OKAA 1HQOA 1JZWA 4HJMA 3EU4A 3VPQA 5CRHA 3GV1A 1WRYA 2R4VA 4KNDA 3LWAA 4FH8A 3QAWA 1FHEA 3CSHA 3F8UA 5IMDA 4ID0A 3HKRA 4NAXA 4O5RA 1WMJA 3F4TA 1B8XA 4V2MA 2VCWA 1R26A 1QUWA 1EGRA 3LYPA 4F2IA 1XCCA 4H86A 4PQ1A 5DAKA 4KW6A 4L0UA 1R5PA 4YQVA 3VWWA 1WPIA 2YZHA 3APSA 5J9CA 1A0RP 2WDUA 1SL1B 2WULA 2C1YA 1GSQA 3M0FA 2LJAA 2YWMA 5ID2B 4OO5A 1OKTA 2VLTA 1G7EA 1XXUA 4O7HA 1ERTA 2X64A 1HNBA 3TUEA 2GQMA 3GHAA 5IM9A 2FLSA 3MWHA 3IAM2 4OCFA 1TJDA 2K6VA 2YP6A 3Q18A 4KB3A 3TOTA 5A5KA 2LS5A 1B9XC 1ZZYA 1X9MB 1DE1A 3US3A 2CVBA 2QC7A 3TGZA 1LU4A 4MK3A 4IVFA 3O6TA 5GAND 3Q6OA 3KMOA 3I9V2 2AB6A 5G5FA 2IJYA 1JFUA 3GRXA 5D73A 1PKZA 4IP1A 3C73A 1QK8A 3KP8A 4ECCA 5CAXA 2C0EA 5INYA 4GSTA 3TKSA 4KA0A 3IAS2 2CVKA 3EVIA 1TW9A 2H0HA 2Z9SA 4O92A 2FWEA 2PPTA 4OMVA 2LNTA 2NTOA 5JWRB 2CAQA 3ME8A 4IN0A 4HZ4A 2PVOC 3KP9A 1S3AA 2OE1A 5GZZB 4ZILA 2HSHA 5DBQA 2WJUA 2F3MA 1V9WA 5DCHA 6GSSA 2H66A 2DJ0A 2L4CA 2K18A 4K1FA 4PGTA 1SJIA 8GSSA 4XTSA 4K0NA 4KCEA 3DRNA 3IPZA 1XWBA 4MLYA 3UL3A 4YQMA 4GSSA 3VURA 1EWXA 1A23A 5G2ZA 4KE3A 4IGJA 5A4UA 2YJ7A 3QD9A 1MD3A 1J08A 3F63A 3IRAA 1OC9B 3L9UA 4GQFA 2CZ2A 4NXIA 1I9DA 3CBUA 3SWLA 2M46A 3LEFA 3P8WA 3I6AA 3NIVA 2JADA 5J9BA 1XZOA 5D9VA 20GSA 2GQKA 2H01A 5H5SA 2H76A 2I4AA 4TVEA 1A8YA 3GIXA 3GH9A 2R2JA 1GUHA 4I5QA 4V1Ag 5ECPB 4WEYA 2KUCA 2R6KA 5KN1A 5ECLB 3R2QA 2H1GA 1FOVA 2DMLA 1FB0A 4TKYA 2VL3A 1GSDA 2DJKA 1VF4A 3HVSA 1M2DA 3IHQA 1TRSA 3F3QA 2JL4A 3EMXA 2R3XA 3E3EA 2LTKA 1IYHA 4PQIA 1U6TA 1K3YA 1V57A 2IFQA 2L5LA 3UEMA 4PQHA 1FVKA 2C80A 3DMLA 3BBYA 3H8QA 3QMXA 2GVPA 3A5WA 3MSZA 5IO2A 2VL9A 3CTFA 1V2AA 3EMPA 1W89A 2XBIA 3VWXA 3EINA 5IQYA 2H74A 5IMFA 3A2WA 2X8GA 2B3SA 1PL1A 22GSA 1THOA 4EKZA 3Q19A 2VO4A 1A8LA 3HZ4A 2O87A 4IW9A 3A2XA 2HFDA 4X43A 4WBRD 4KSOA 1XIYA 2FCHA 2HI7A 2O85A 4DSSA 1NM3A 5IPGA 4OWYA 4RUVA 1SENA 1UVZA 2ZUPA 1B4QA 3C7MA 1SYRA 3EURA 2E7PA 4N10A 1SL0B 2XC2A 2VCXA 4MJBA 1O8WA 1EP7A 1AC1A 3FY7A 3ZZXA 1K0BA 5FHIA 4Q5FA 5HR0A 1XBSA 2A4VA 2X8CA 3GURA 2GGTA 3FR6A 4ZB6A 3WGDA 2BJXA 2WRTA 4N0ZA 2AUVA 4HI7A 4EXJA 1G7OA 3FZ9A 2B1KA 1G6YA 3KMNA 2H1DA 3CXGA 4WR4A 5J41A 5F07A 4JBBA 1ERWA 1S3DA 1O81A 3ERGA 2M80A 3FRCA 1ZOFA 2AJQB 2P0GA 2XPEA 5EVOA 4OO4A 2NDOA 4LMVA 1OAZA 4TN8A 1HYUA 4FIWA 3ZFLA 2H30A 3LXTA 5E4WA 3HD5A 2DBCA 2FGXA 3EWLA 4ECBA 1JZDA 2CZ3A 2LQQA 2C3TA 1V58A 2YOIA 1TI3A 3KZQA 1GNWA 1MD4A 1YJ6A 5B8BA 1USBA 1YF0A 5G1KA 1W4VA 3TKSC 2R5GA 2KOKA 4Z7XA 4ZBBA 1T4YA 1K0AA 4TOPA 5ECHB 2IWTA 1J9BA 3E9JB 4EDYA 2N5FA 3L9SA 3GTUB 4QL9A 2GLRA 3VFIA 3FW2A 4QL7A 2B5EA 1K0NA 1DSBA 1U3AA 1KNGA 2ON5A 3ZYWA 5D9TA 1A2LA 5ELGA 2BMXA 4CW9A 3GL5A 1TI1A 4V2LA 2GZYA 5IMCA 3GX0A 3TCOA 3KJYA 3D22A 4I2TA 4KDYA 1QQ2A 4ACSA 1X9SB 1M99A 3G9BA 2C8UA 2MMAA 4HZ2A 5D96A 1T7PB 4F82A 1PN9A 1SU9A 3QFAC 3BCIA 3VWUA 4BL7A 1DUGA 2H0IA 5G30A 4TR1B 4LMWA 2CX4A 1ML6A 19GSA 3GYKA 1WOUA 1TTZA 2LUSA 3GMFA 2VIMA 2YZUA 4NHZA 2M72A 3CYNA 1DBYA 5AN1A 4EO3A 1RQMA 1NW2A 3APOA 1NSWA 1I5GA 5CRWA 4XS4B 3FZ4A 1XVWA 5DDLA 3D4MA 3IK7A 5LNKe 3S9FA 4NV5A 4NHWA 2FY6A 3AY8A 3VLNA 5D9WA 1NHOA 4HQZA 2VCQA 4P3YB 4MCUA 5ENUA 5JCGA 3RPPA 4F03A 1GTIA 2E0QA 1IYIA 4YH2A 4EE0A 3UAPA 1H75A 2VUPA 4L5LA 5A4WA 3HYPA 1EOHA 1OE8A 3LJRA 3D4TA 1SJZA 3DD3A 4BVXA 2CX3A 3M8NA 4OFMA 1BX9A 3N9JA 4XS6A 3QR6A 6GSUA 2P5RA 4KGIA 1URMA 3EYTA 6GSXA 5DJLA 2HT9A 1XOBA 1B48A 4K9ZA 2VM2A 5GSTA 1U88A 2P5QA 3F9UA 3KM6A 1RK4A 4KDUA 1QGVA 3ISOA 1T00A 1G6WA 4YAPA 2PBJA 9GSSA 2DJ2A 1ON4A 2RUFA 5F05A 2G0FA 1EV4A 1GSUA 1GTBA 1AQVA 4HEA2 2GSRA 3FZAA 4J57E 4MF7A 1JLWA 4ZXGA 3FYGA 2GZZA 1PRXA 2EIRA 1GSFA 4IJIA 1TU7A 1WE0A 4MP4A 2F9SA 5ECQB 4JR6A 3CMIA 1TKDB 1SK0A 2GQLA 3TDGA 1BAYA 3LG6A 4JEDA 3DWVA 4BWQA 1XWGA 4RQRA 3A3TA 3UVHA 3FEUA 3VI5A 3ZFBA 5HFGA 3QOUA 2B7KA 4TXOA 2VL2A 1F37A 2DC5A 4BPYA 2HE3A 1TRVA 1NHYA 2I9HA 5IIZA 2V41A 5ECMB 4XS4A 4BWSA 1M2BA 3ME7A 4LL4B 4KAEA 3UIWA 1X0RA 1PKWA 4XCSA 1PQNA 1YF1A 1B9YC 2HXKA 2GSTA 5ECRB 1YEXA 3TRPA 2FA8A 2CV4A 2ALBA 5F8BA 2HLSA 4XRAA 14GSA 4WF5A 1ERUA 5J3RA 3N5OA 4TXVA 5H5RA 4AGSA 5DVBA 1GLPA 4I97A 3EE2A 1JLVA 5G1LA 1ILOA 5LD0A 4JRRA 5KN0A 2H0GA 2H72A 1FAAA 2V1MA 4AJ6A 5DCGA 1Q4JA 2OBKA 3ZITA 3E0UA 4Q5NA 1J0FA 1GWCA 5ID2A 2VLVA 17GSA 3KD0A 2RLIA 1K3OA 4K7IA 1QFNA 3DIEA 5D93A 4J56E 4EVMA 1TK8B 3KH9A 5B8AA 2X8HA 2DJJA 1Y6EA 2IN3A 3GH6A 1Z6MA 3NZNA 2VD0A 1V40A 2LSTA 4F0CA 1SYXA 3RPNA 2OJLA 1EV9A 2C3QA 4DVCA 3ED3A 2G2QA 5JCUA 3GKXA 4GTUA 2HRFA 5CRDA 3I69A 4MF5A 3I43A 5IOWA 4N30A 2RM5A 2A2RA 4GRFA 4K0GA 5HR2A 2JU5A 2HNLA 2GT5A 5HFIA 2K9FA 1UA5A 3TB2A 4GCIA 4ZBAA 4FYUA 1SD8A 2F8AA 5HQPA 1TRUA 1TOFA 5A4VA 5CYYA 3A2VA 2GT6A 2H75A 3M3MA 3ERFA 1DE2A 2I3YA 1M7TA 1GSYA 4MZBA 3VI7A 2H6XA 4WBJA 4D73B 1Z3EA 1Q98A 2DMMA 3HCZA 4MPGA 4ULXA 1YEPA 2LNSA 1EZKA 2I81A 4GSNA 3TJKA 3GX8A 5CRGA 3DKSA 1PA3A 4TRXA 2H70A 2PWJA 4Q5RA 1AIUA 4NMUA 3DVWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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