1ZYQ | Genus

Total Genus 25

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	25
sequence length	105
structure length	105
Chain Sequence	KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/electron transport/dna
molecule keywords	5'-D(CPGPAPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGP*
publication title	A lysine residue in the fingers subdomain of t7 DNA polymerase modulates the miscoding potential of 8-oxo-7,8-dihydroguanosine. pubmed doi rcsb
source organism	Enterobacteria phage t7
total genus	25
structure length	105
sequence length	105
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-06-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1zyqB00

3GKXA 3IK9A 1X5CA 1SD8A 3J7Yb 5DQYA 3HD5A 2L59A 3QMXA 3IHQA 2NDOA 3WGXA 3ZREA 2JSYA 2ON5A 3GUSA 1ERVA 1X5EA 4RQRA 4ZIJA 2OE0A 2K18A 2K9FA 3TKRA 3F63A 4CW9A 5CNWA 2VL9A 1QQ2A 1MDIA 1T00A 1JFUA 3SWLA 4CHSA 3IPZA 1EOHA 1K0DA 4TXOA 3IC4A 4KSOA 5HR2A 2CX4A 3DIEA 4X1UA 1V9WA 2B7KA 2VUPA 2OADA 3N9JA 3KM6A 3N5OA 4IJIA 11GSA 2HZFA 3M9JA 2MMNA 3HVVA 4WBRD 6GSYA 1YKCA 2X8GA 5HR0A 5F06A 1AUCA 4WBJA 2KOKA 4PUFC 1OKDA 3KJYA 5CP1A 2EC4A 4KB3A 3E9JB 3FEUA 1PA3A 3ME7A 4I2TA 3FK8A 4HEA2 4I6XA 5FHIA 4OWYA 2C0DA 4JE1A 1EV4A 1ZCPA 1A23A 1BEDA 1QGVA 5ECLB 5IMFA 2B5EA 2F3MA 3APOA 1GUHA 1TK5B 4OFMA 1B4PA 2NPBA 3ME8A 3KH9A 2RUEA 2VM1A 1UA5A 4IN0A 1GH2A 3TKQA 2IPAA 2C8UA 3UOMA 2P5QA 3EYTA 2JL4A 3IAM2 2C4JA 3FZ4A 4KDXA 4OCFA 1SK0A 4V2MA 1JZOA 3HY2A 4TR4A 3VWVA 1BQ7A 3ZFLA 4ECIA 3QOUA 1JHBA 1ZZYA 2R5GA 3UL3A 5D96A 3MSZA 3KD0A 1JZDA 4TXVA 1G6WA 3FRCA 3LXTA 3KP8A 3J7Yk 5CRDA 3APSA 2NVLA 4EF0A 3PGTA 1XWCA 3IK7A 2XHFA 4TR1B 3U6VA 1VF1A 4ZB9A 2PMTA 4KE3A 5ECSA 5IMZA 1LU4A 3DRNA 1LBKA 2GT6A 6GSTA 4POKA 2WCIA 5EY6A 4EVMA 5C04A 1FHEA 1WPIA 3H4KA 4GWRA 1UC7A 1YY7A 1NSWA 4MH3A 2H73A 1QMVA 1SJZA 4KGIA 2OE1A 4MA9A 3CXGA 4F9ZA 4WEYA 3GSSA 1V2AA 4HJMA 2H74A 5FT3A 2B5YA 4HZ4A 2LJAA 2FUG2 3E0UA 4ZL9A 17GSA 5KEJA 2GDRA 4ZILA 2H70A 4HU9A 2IMIA 1GSUA 3PINA 1HNCA 4DEJA 2GSTA 1K0CA 1Z5YE 3HVSA 2VD1A 3CYNA 3I43A 5F07A 1IYHA 3EVIA 1DE2A 5J41A 2HI7A 2XC2A 5ABRA 4YQVA 9GSSA 1GULA 4IKHA 4K7IA 4JBBA 2RM5A 2H30A 3KEBA 1YF0A 4JR4A 1TXXA 1RW1A 5JWRB 4X0XA 3VWUA 4PNGA 2V1MA 1XWBA 1SKWB 2YN1A 4KDUA 5HR1A 3HZ8A 3LORA 2IJYA 5D9XA 2JSZA 3LSZA 4DSQA 3D22A 1CQHA 4IBPA 4LA1A 1E6BA 1GNWA 2X8HA 4N10A 2B1LA 1A0FA 4J56E 4XRAA 3GH6A 5AIVA 4K7NA 1HNBA 4IGJA 3VFIA 1AXDA 1EP7A 2VL2C 3M0FA 2FNOA 1GTIA 1V98A 1O8WA 4HU7A 2AAWA 4BWQA 3FYGA 3DYRA 4ECBA 2PUKC 1SYRA 3HZ4A 1U3AA 5D73A 3V1WA 4ZB8A 2GSRA 2H8LA 4NHWA 1BG5A 5ELAA 2A4VA 3TOTA 2MBSA 3EWLA 5DAKA 3HKRA 4QL9A 1KEBA 2WZ9A 4PURA 2TRCP 4K6XA 4MPGA 4WR5A 1B8XA 4IP1A 3C7MA 2MYGA 2I4AA 4XIHA 4YAPA 4EUYA 2GGTA 4BPYA 4AF2A 4TR0A 2X64A 2C3TA 4GXZA 2PGTA 5H5RA 5CO3A 1YJ6A 2DIYA 4YQMA 1JZRA 3ERGA 3G7IA 5CRGA 4I5QA 2XPEA 3L9UA 1PL2A 3CBUA 2RUFA 2YV9A 1I9DA 4G10A 2WRTA 2QGVA 3H8QA 2BMXA 4NMUA 2V6KA 2OJLA 5HFIA 1M0UA 3GTUA 1HYUA 1J0FA 3MNGA 4O32A 1XWAA 3TCOA 3TJKA 4ZL7A 4IHUA 1XXUA 4L5LA 1OC9A 2DLXA 5GSTA 1SKRB 1YQ1A 3VWWA 3H93A 3ISOA 5ID2A 5EVOA 2R4VA 2H0GA 1GNEA 3O6TA 2CVDA 3ZTLA 3F8UA 3HJOA 3IR4A 2P31A 1XVWA 2CX3A 2YJHA 1WIKA 1GL8A 4GRFA 2YZUA 3D0ZA 2EIQA 3KTBA 1GP1A 2J9HA 4MH2A 3A2VA 1FW1A 4EDYA 1B9YC 3PH9A 1KNGA 3LWAA 3M3MA 1Z6NA 3GX0A 2VIMA 1ML6A 5JWOB 3KXOA 4ZBBA 2JACA 1T8EB 4FYUA 1WJKA 1AQVA 1M99A 1QUWA 1TDIA 2V41A 1FVKA 4MK3A 3HVXA 5ECIB 4G9HA 1ZYEA 2JZTA 2DJ0A 4GLTA 1U88A 5D8IA 3KIJA 2DJJA 3JCML 4KNDA 5DDLA 5G2ZA 4OFNA 2XPDA 1YZXA 3TB2A 1M2BA 1TU8A 1FG4A 2VLUA 2WB9A 4PUAA 1FO5A 2DJ1A 2M46A 3LJRA 1XOBA 3RAZA 5HFKA 2DJKA 5CREA 19GSA 2H1DA 3CSJA 4Z7XA 2I1UA 4POLA 3GIXA 1HNAA 3GH9A 2VAFA 3F3QA 4JR6A 2KP2A 1I5GA 5ECOB 1ZMAA 18GSA 1GTAA 1ZYQB 2XBIA 2G2QA 4ID0A 1XVQA 3WD6A 2Z9SA 1TTZA 2ZNMA 5ENUA 1X9WB 1AIUA 3TRQA 2YWIA 2F51A 2ALBA 3PR8A 2YANA 3VPQA 5KN0A 3L9VA 4WKWA 3DKSA 1YKAA 4GF0A 3ZIJA 2L4CA 1YF1A 5KN2A 3VI5A 4KX4A 3P8WA 2LUSA 2IMFA 2H0IA 2DMLA 2R2JA 2B1KA 1DBYA 5IMCA 4MJAA 1BX9A 4H86A 4D73B 4XS6A 2VCTA 2MZCA 5KN1A 1WWJA 5J3RA 3RPNA 3ZL5A 1VF3A 2LRTA 3CSHA 4LL4B 3IOSA 3OR5A 2EIOA 3DWVA 1OAZA 5E59A 1THXA 3R2QA 3TKPA 3TKSC 3H1NA 5IIZA 1U3IA 3C71A 2TRXA 3ZZXA 4MJEA 2M80A 4YQUA 3QDNA 4KW6A 1OE8A 4EC0A 1A24A 1NM3A 3TUEA 1TRSA 4DSSB 3GTUB 4IELA 1DSBA 3AY8A 1URMA 1OC9B 2J23A 2ZCTA 4EL1A 2KLXA 4POBA 5EL8A 3EMXA 2DMMA 3ERFA 1SENA 4F0CA 2IN3A 3VPTA 2CZ2A 4KSMA 1EEJA 5DQSA 2WS2A 3NIVA 2O87A 1R7HA 2LKUA 2PPTA 4V1Ap 3QFBC 2C0EA 1RK4A 4TOPA 5A4UA 2XBQA 5J4UA 4O7HA 1K3OA 3SBCA 1T7PB 22GSA 2WGRA 3UVHA 3ZVJA 4XS1A 2AJQB 2VLVA 4GSSA 2O8VB 3DVXA 3F9UA 4AJ8A 2JZSA 2NBSA 1Z9HA 4IP6A 1DUGA 3CMIA 2DC5A 5B8AA 2EIRA 8GSSA 1OKTA 2RIIA 1EZKA 1J9BA 4FIWA 5LD0A 1NHOA 5DCGA 1A2MA 1XBSA 1GUMA 2GZZA 1O73A 4ULXA 4OMVA 2GQMA 3G7JA 3UBLA 4OO5A 5IMDA 2VCXA 5AN1A 4PQIA 2L6CA 2YCDA 1S3AA 4FO5A 1DE1A 4MJCA 1ST9A 1M7TA 3A3TA 4JU5A 3CTFA 3W8JA 3GKNA 1JLWA 3O76A 4JEDA 1X0RA 2M72A 1TJDA 4BWSA 12GSA 5F05A 1TRWA 3ZRDA 2C1YA 2CA8A 5C00A 4LL1B 2VCQA 2ZUPA 1Q4JA 20GSA 1EOGA 1ON4A 4V1Ag 1BYEA 2IWTA 1EGRA 2L4QA 4XRDA 3HJPA 1V40A 1WOUA 3NOFA 3TRPA 1PD21 4PXOA 4O5RA 1F3BA 2IIYA 4X43A 2IFQA 2FGXA 4XHMA 4CDOA 3EC3A 1GSFA 3P2AA 2YP6A 1SYXA 3MDKA 4IS0A 3EU4A 1E2YA 1ILOA 4DVCA 5D9TA 3RPPA 1FOVA 2VCVA 3EU3A 5D9WA 4NV2A 1VRSD 3IV4A 5GAND 4HOJA 2QC7A 1EV9A 4GQCA 1R5PA 5HFGA 3ZITA 2NTOA 4XS4A 3ZIVA 2LRCA 1LJRA 2K8SA 4OCEA 5J9CA 5GAPD 4N0ZA 3F0IA 3W8SA 3L9SA 1T3BA 3HCZA 5IOWA 1IYIA 2YZHA 2OE3A 1K3LA 1R4WA 3W6GA 2LS5A 4JRRA 3VWXA 5DALA 3TDGA 1HQOA 3LYPA 2P5RA 1VF4A 2PBJA 5AIXA 1PSQA 4TXOB 4P3YB 5A4VA 1FB6A 1G0TA 3M9KA 3GV1A 5GSSA 3FR9A 1GSYA 1QXHA 3C8EA 4PQ1A 3EURA 1ZOFA 2HRNA 3FZ5A 3RHCA 3P7XA 3ED3A 2MMZA 1O85A 1PMTA 2VL3A 3G7YA 3CTGA 1PX6A 3L0HA 2K8VA 2H6ZA 3IAS2 2OKAA 2LJKA 4EKZA 2PERA 4MMMA 4XCSA 1F37A 3BCKA 4ECJA 2DBCA 1MD4A 3FW2A 5G1LA 1SU9A 1GLQA 1YEPA 1B9XC 5A4WA 1BJXA 2HT9A 3O3TA 3D4TA 2C3NA 4KA0A 3A2WA 4FH8A 5E4WA 3QPMA 1A8LA 1V57A 1G7EA 3GX8A 4K0GA 5B7CA 1TI3A 3ZFBA 3FZAA 5KN3A 4MF6A 2R37A 1GTUA 2JZRA 4V2NA 3F6DA 2FHEA 3NZNA 2H1GA 1JLVA 2H6XA 2YWOA 2LTKA 3VK9A 1F6MC 1YEXA 2PWJA 4YH2A 1FVJA 2WULA 4ILFA 4ZL8A 3K8NA 1TP9A 3WT2A 4ML1A 2H76A 2FD3A 2B7JA 1W89A 4BVXA 4WR4A 1XWGA 2VOCA 1SL0B 4GTUA 4BVYA 1ZGNA 4Q5NA 3CRTA 5D93A 1SL1B 4KCEA 3HA9A 4JZQA 2I81A 1TK8B 3FZ9A 1ABAA 2HRFA 1A2JA 1KBNA 4ISDA 6GSUA 2H75A 5ECHB 4K2DA 4Q5QA 1GSQA 1XWKA 2LSTA 5AGYA 2O89A 4ECCA 5H5QA 2P0GA 4TN8A 3UARA 3UAPA 1MEKA 2CQ9A 2E7PA 4N30A 5JWQB 4HQSA 1H75A 1GSDA 5DCHA 4MZCA 1K0NA 3TRXA 3KP9A 5G5EA 3F4RA 3DEXA 2FWEA 4K9ZA 2IMKA 2BJXA 1AC1A 4J2FA 2F9SA 3DVWA 2KHPA 4V2LA 5IMVA 3TJJA 4K1FA 2GZPA 3LG6A 4L0UA 3GMFA 1MTCA 4GSNA 1XOAA 4GQFA 1GLPA 1Z6MA 3WYWA 3ZLPA 4TR1A 2CZ3A 2LJRA 1TK0B 3QCPA 2HE3A 4YAVA 4ACSA 1B4QA 1WRYA 1QFNA 1XW5A 2VO4A 5H5SA 5DALB 1Z7PA 3E3EA 2VM2A 3S9FA 6GSVA 3GL5A 3F4TA 2H6YA 1S3CA 2C3QA 3DD3A 2MBTA 1AQWA 4MF7A 2IMDA 2B5XA 1EEMA 4N11A 3RHBA 2H1AA 4TRXA 4HDEA 1UVZA 5F8BA 2C0FA 1GUKA 4E8EA 4PGTA 2HLSA 1ERUA 1PRXA 3QFAC 1SD9A 1PKZA 2OACA 1PL1A 3GFKA 1SK1A 3QD9A 3TJFA 1G7OA 5DAKB 5LCZA 5IOXA 2MMOA 4PQHA 1WP0A 4K0NA 1XPVA 2LEGA 4F03A 3L78A 4F0BA 2YJ7A 2LQQA 1AAZA 2LQOA 4RQXA 4WETA 3DGQA 1C72A 3BD2A 3RDWA 2FA8A 2JU5A 3EMPA 3KMOA 3UIWA 2E2GA 3F3RA 5JCUA 2OBKA 3Q6OA 1T4YA 2GS3A 2AHEA 3WGDA 2AB6A 3ZVJD 3MWHA 3WGEA 4MF5A 3FR6A 5CRHA 1QK8A 3CSIA 4K7OA 2K6VA 5DBQA 5DVBA 3LEFA 1TI1A 2N5AA 1BAYA 4NHZA 4MP4A 1PX7A 3I69A 1MDKA 2F8AA 1KTEA 4NWYA 1UN2A 3ERWA 5ID2B 4LMWA 2GQLA 3US3A 2CV4A 3APQA 1F2EA 3HHVA 1EWXA 3C73A 2A2RA 3IRAA 2A2SA 3EINA 1N2AA 2L5LA 3ZYWA 3KZQA 2MMAA 5JCWA 2LNSA 2CT6A 2L57A 2VL2A 3DXBA 5DJMA 2O85A 3KCMA 5G31A 3TJBA 3FKFA 3GKKA 1VF2A 3FR3A 3FY7A 4IW9A 2YWNA 1K3YA 3GYKA 3GKMA 1TRVA 2CAQA 4NAXA 3A5WA 3HDCA 1O6JA 2ON7A 3GSTA 3BOAA 3TOUA 1GSSA 4O92A 5F0GA 4HZ2A 4IVFA 4TW5A 1GTBA 1B48A 3GNJA 2CVKA 2D2ZA 4IQAA 2N5BA 1K0MA 4MLYA 2YNXA 1HD2A 4ML6A 5HQPA 2HXKA 1X5DA 2H71A 4AJ6A 1O81A 4QQ7A 1A8YA 4NXIA 2QSIA 5IO2A 7GSSA 5ECMB 1M2AA 2DSAA 3HYPA 4EE0A 1SKSB 5JCGA 2FCHA 3KMNA 1MD3A 1OE7A 4DSRA 1NW2A 2WFCA 1H4OA 2LRNA 1Q98A 1GSEA 4ZB6A 2VD0A 1T4ZA 5D9VA 2AYTA 2H72A 1FAAA 4ZBDA 4AJ7A 2E2MA 1X9MB 2B6MA 2V32A 4IJ3A 2RLIA 4BA7A 3TJGA 1TW9A 4AGSA 2WDUA 1A2LA 5B6NA 3LQ7A 4MCUA 2E0QA 4J57E 1OC3A 2HSHA 3D4MA 5DJLA 2LNTA 1S3DA 3VURA 1PKWA 5IMAA 1U87A 2OBIA 2PVOC 4HS1A 3C1SA 1PN9A 3M8NA 2FLSA 5CAXA 4ZBAA 2AV4A 4LMVA 5CYYA 3G9BA 2HZEA 5B8BA 4L8EA 4KH7A 1SJIA 4KUNA 2YOIA 1XW9A 2REMA 4N0VA 2AUVA 4I8BA 1V58A 2R3XA 5EPFA 1Z3EA 3LXZA 2C0GA 1OYJA 4E8HA 3VLNA 3IDVA 5A5KA 4POMA 1N8JA 4I97A 2GVPA 1TOFA 3GA4A 4EDZA 1K0AA 4MDCA 4F82A 1PGTA 1XCCA 1R26A 2H01A 5LNKe 2L6DA 3H79A 2H1BA 3F6FA 5ELGA 5G30A 1MDJA 3LYKA 4RI6A 3UMAA 3BBYA 1Z7RA 1XW6A 3D5JA 5G1KA 5L71A 5CRWA 2DJ3A 3QAVA 3HXSA 4EXJA 3GL3A 14GSA 2KUCA 4OO4A 3GRXA 4MZWA 5ECKB 1SK2A 4LLRA 4HJ2A 1M9AA 2H19A 3CRUA 2PVQA 1THOA 3Q18A 4MZBA 3LGCA 2L5OA 2H66A 1G6YA 4PX1A 1FB0A 1CQGA 2ES7A 1K0BA 4ZXGA 1T1VA 2TIRA 2BTOT 2CVBA 2JADA 4BL7A 3C1RA 13GSA 4G2EA 3A2XA 2FA4A 3BJ5A 1ACVA 1OVNA 4D73A 2C80A 3TKSE 1Y6EA 1YDKA 1USBA 3QR6A 4KDYA 4WF4A 1SL2B 2GTUA 5B6MA 3IXRA 1NHYA 3QAGA 2VLTA 3UJ1A 3WT1A 5IM9A 1GWCA 5HR3A 2DIZA 2HNLA 2GSSA 1M2DA 1JZWA 2YV7A 3UVTA 3UBKA 4L5OA 1XIYA 2YWMA 2GSQA 3I6AA 3LFLA 3FHKA 4DSSA 2V6OA 3KGKA 1M9BA 5IQYA 6GSSA 16GSA 3I9V2 3ZMLA 5IPHA 2N5FA 3TKSA 3IE3A 2GZYA 3GURA 2I3YA 3IBHA 4WF5A 5ECQB 4NPBA 2OA7A 1R5AA 2IMEA 4NV5A 1EP8A 1O8XA 2I9HA 1EGOA 5J9BA 2HSYA 1TU7A 2X99A 2HFDA 4KCAA 5ECPB 1XFLA 2R6KA 5IPGA 2HYXA 2WJUA 4K8MA 1W4VA 4KAEA 2IL3A 1PQNA 2F8FA 3KH7A 1X9SB 1TKDB 4RI7A 3EE2A 2VCWA 4HI7A 2IFQB 3P90A 4MJBA 3GN3A 4OD7A 1ERTA 4EO3A 3Q19A 1F9MA 3DMLA 2QKEA 1OC8A 1K0OA 3BCIA 1Y25A 4Q5FA 2GLRA 2KP1A 1O7UA 1AW9A 1WE0A 3M1GA 2YPMA 3QAWA 1XZOA 6GSWA 4XS4B 1SJ6A 4I2UA 4G19A 3ZMKA 2HZEB 4HUAA 2X8CA 5ECRB 1RQMA 2H0HA 1U6TA 1ZL9A 4TKYA 3HJMA 3Q74A 1J08A 3TGZA 5FWGA 1AQXA 4F2IA 2PU9C 3KTLA 3VI7A 1WMJA 3D21A 5GZZB 2CAIA 2FY6A 3UEMA 5IO0A 4HQZA 2FWHA 3GHAA 5COHA 2FWGA 4L0WA 1GRXA 5AISA 5INYA 4MPFA 1A0RP 3F4SA 10GSA 2DJ2A 4IQ1A 1TRUA 1ERWA 2VCZA 2LV3A 3U5RE 2PN8A 2O7KA 4Q5RA 5ECNB 4FYBA 2GQKA 1VGLA 3IA1A 4MABA 4FYCA 4XTSA 2G0FA 4TVEA 4RUVA 2FWFA 4GSTA 4PNFA 5J5NA 2GT5A 4TR3A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ZYQB

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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