2A4VA

Crystal structure of a truncated mutant of yeast nuclear thiol peroxidase
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
DVNELEIGDPIPDLSLLNEDNDSISLKKITENNRVVVFFVYPRASTPGSTRQASGFRDNYQELKEYAAVFGLSADSVTSQKKFQSKQNLPYHLLSDPKREFIGLLGAKKTPLSGSIRSHFIFVDGKLKFKRVKISPEVSVNDAKKEVLEVAEKFKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the C107S/C112S mutant of yeast nuclear 2-Cys peroxiredoxin
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin DOT5
total genus 57
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2005-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2a4vA01
3GMFA 1BQ7A 3GN3A 4E8HA 1UC7A 2OACA 4BPYA 5FHIA 3BOAA 4BL7A 1MDKA 1A23A 4XCSA 4F0CA 3APSA 1X5CA 3GIXA 4DSQA 4ID0A 2GSQA 3H8QA 3EINA 4ZBAA 1T4YA 2LJKA 1GH2A 1XWGA 3FRCA 2I1UA 4OD7A 5EVOA 1T8EB 3VWVA 4X0XA 2HSYA 2WULA 2CV4A 1ERTA 1SK2A 1UN2A 5D9XA 5G1KA 1T7PB 2RM5A 2HRFA 1ERWA 1M7TA 3SBCA 3ZMLA 4RQXA 2JZRA 3CXGA 2XPEA 2O7KA 5G2ZA 2F8AA 5F8BA 2KUCA 3TKSC 2MMAA 4MP4A 3ERFA 1GWCA 2CVDA 2NTOA 2VD1A 2FWEA 3O76A 1M99A 3D4TA 2LQQA 1SKSB 2GQLA 2PN8A 5IPGA 1GUHA 5C00A 4LA1A 3RPNA 4WR4A 1SL2B 3A2WA 3FHKA 4I8BA 2FA8A 5ECMB 5LD0A 5G5FA 1TI3A 1TP9A 3CRUA 4KW6A 2H0GA 4IBPA 1YDKA 2D2ZA 1XOBA 3GURA 1SYRA 4MMMA 3KP9A 1JZRA 1V57A 3IR4A 3FZ9A 1YQ1A 3RHCA 5J3RA 3TOUA 1VF3A 3APQA 1YY7A 4BA7A 1FB6A 2DMLA 1EEMA 3G9BA 5KN0A 1G6WA 3G7IA 3Q19A 1ML6A 1XIYA 2G0FA 1TRWA 2GSSA 3UVHA 2MZCA 1WIKA 3DVXA 4RI7A 4GLTA 1J0FA 1KEBA 3TJKA 2PU9C 5COHA 3QR6A 2HYXA 3HJPA 3VWWA 3KMNA 4XS4B 1FG4A 1S3AA 17GSA 4EDZA 1TW9A 2GSRA 2P5RA 3EMPA 3ZMKA 3GUSA 2NVLA 3LXTA 1MD3A 3GHAA 1GNWA 3CSHA 3WGXA 2NDOA 2JSZA 5G30A 4F03A 2L59A 3QAWA 2PERA 1ILOA 1TU7A 2K18A 4WEYA 3A2XA 3ERWA 1NHYA 1VF4A 4TR4A 1Z6NA 4WF5A 1QUWA 4IP1A 1IYHA 1A2LA 5DCHA 2MMOA 2GGTA 3KH7A 1M2BA 1WPIA 3FZ4A 4OCEA 2LSTA 2R5GA 1SYXA 4XS4A 3GSSA 3ERGA 4KCAA 3H93A 4EUYA 2LKUA 4ML6A 2AHEA 4POLA 1UVZA 1DE2A 2LJAA 3UVTA 5HFIA 3W8JA 2F8FA 2X99A 3HZ4A 2GZYA 2VLUA 3GKXA 1FO5A 5JWOB 1QMVA 1U3AA 4LL4B 2CT6A 3VPTA 2VCWA 4QQ7A 4PQIA 1B9XC 4L5OA 3W6GA 2OBIA 1G0TA 2YNXA 1XVQA 4MZWA 1X9WB 3BCIA 4HZ4A 5DQSA 4O7HA 4MK3A 1GLQA 4YQUA 2VLTA 3ZIJA 4V2LA 1G7OA 4IN0A 3C73A 3ZFLA 4EDYA 3F3RA 4PUFC 2A2SA 3GSTA 5ECRB 2NPBA 4HQSA 1TK5B 1EWXA 1NSWA 3FR6A 2DC5A 5AIVA 2L57A 4HUAA 2IL3A 2KLXA 3KCMA 2XBQA 1HNCA 2H0IA 2CZ3A 2VL2A 2H1GA 2OJLA 2IMIA 2F51A 2LS5A 5F07A 4AJ7A 3QCPA 4KUNA 3Q74A 2ALBA 4IELA 3TB2A 4QL7A 1YEXA 3IC4A 1PKWA 2FLSA 1EOGA 4EL1A 4HEA2 2FWGA 5A4VA 1IYIA 1JZWA 5D93A 2GQKA 1SD8A 5CRHA 4ILFA 2H76A 2HFDA 3GH6A 2H72A 4Z7XA 4OCFA 3GKNA 2CX3A 5ECNB 3P8WA 4KDXA 5DAKA 1T1VA 1HD2A 1SJZA 3F6FA 2P0GA 1XWAA 3US3A 3D5JA 5C04A 5G1LA 1K0DA 4YH2A 1BX9A 2P5QA 3WYWA 3F4SA 4GCIA 3IK7A 1K0BA 2B3SA 3KM6A 4EVMA 4PQ1A 4NPBA 2H1AA 2WCIA 5DJLA 1O8WA 1EZKA 4XRDA 3VI7A 3GA4A 2YANA 1GRXA 3IAS2 5IMVA 4NV5A 4CDOA 1GP1A 4G10A 3C7MA 1PSQA 1T00A 1ZMAA 3J7Yk 2PUKC 2PMTA 3IXRA 2AB6A 4NXIA 5DJMA 2C0FA 4V2MA 4X43A 4WBRD 1GLPA 1YZXA 2YP6A 2VCXA 3H4KA 4G2EA 3IOSA 1TDIA 3LEFA 5A4WA 5IMDA 1EOHA 2RIIA 1TRVA 1FB0A 3ZLPA 2MMZA 3ME7A 1NHOA 5GAND 3IV4A 2K8SA 1LBKA 3QMXA 1GSFA 4QL9A 1YF1A 4TR1A 2HZEA 4AF2A 10GSA 1U6TA 1G6YA 4PX1A 5AISA 1SK1A 2OBKA 3IA1A 1BJXA 1YF0A 19GSA 2R6KA 1N2AA 3DMLA 3SWLA 2TIRA 1SD9A 2YJHA 4DSSB 1WP0A 2LV3A 3TKPA 2K9FA 3F4TA 3HKRA 3GL5A 1A2MA 2JADA 4KSOA 2LRTA 3A2VA 1SL0B 1GTIA 2YJ7A 3UARA 1F9MA 2G2QA 1HNAA 1PN9A 2M80A 2V6KA 2X8HA 1XW6A 1DE1A 3C1SA 3DEXA 1OYJA 4MF6A 4I2TA 1RQMA 3ZL5A 2H30A 2QC7A 4N0VA 4Q5FA 2H73A 1ON4A 1XBSA 4IQAA 1OVNA 4TXOA 1R7HA 1USBA 1FVKA 2N5BA 3QPMA 3ZVJA 4N11A 1MEKA 2YV7A 3ZFBA 5ECIB 4IVFA 2DIYA 1XCCA 3ZREA 16GSA 5A4UA 4MA9A 3ED3A 3HVVA 5KN3A 3A3TA 3BBYA 1EP8A 1A8LA 2VO4A 5KN2A 1GSUA 1THOA 3KJYA 2C1YA 2WGRA 4DSSA 2HE3A 4X1UA 2REMA 2OA7A 2HLSA 3IHQA 2GVPA 1URMA 3HJOA 2YPMA 5DBQA 5HR2A 1SJIA 2C0EA 3DRNA 4ZB8A 1AAZA 3CSJA 5DCGA 4AJ8A 2B7JA 1X0RA 1AC1A 3H79A 1KBNA 1X9SB 4JU5A 2B1LA 3F4RA 1GSEA 2PBJA 3HCZA 2FHEA 1Z6MA 3DWVA 5ECSA 2M72A 3WGDA 4OWYA 3NZNA 2PPTA 3G7YA 5IMCA 3DVWA 3TJGA 1XXUA 2DBCA 3LORA 5DQYA 1X5EA 2K6VA 1ZCPA 2JSYA 2EIOA 2NBSA 1H4OA 4JEDA 4KSMA 1TTZA 2I81A 4NHZA 5IOWA 3KD0A 1E6BA 4P3YB 4MDCA 2N5AA 3VFIA 1Z9HA 2IMDA 3GTUB 4TVEA 1GTAA 2YCDA 4CW9A 4D73B 3E9JB 3F0IA 5ECLB 3VLNA 2RM6A 3MSZA 2CVBA 2EIQA 2BMXA 1TJDA 1AW9A 5KEJA 3M3MA 3CBUA 1NM3A 3CYNA 2JZTA 2X64A 3C71A 5J5NA 1PX6A 2LRNA 1AQWA 1GUKA 1FAAA 1THXA 4MH3A 3IE3A 2YWIA 3FZAA 2XPDA 4YQMA 1QGVA 2IJYA 5FWGA 1ZGNA 3QFBC 3TJBA 6GSXA 3LXZA 1PX7A 5IMFA 2ZNMA 1GSSA 3IPZA 2MBTA 1WRYA 1PQNA 2H19A 4K9ZA 2DMMA 2LEGA 5CAXA 3HY2A 1VF2A 1ZOFA 1QK8A 2C4JA 2H74A 1V40A 3VI5A 2O8VB 2IWTA 4BWSA 3KH9A 4YAPA 3VWXA 3MAKA 1J9BA 3D4MA 4L0WA 4EC0A 2OE0A 3D6IA 3L4NA 2FD3A 1JHBA 3ISOA 4J2FA 2F9SA 4ZL8A 2O85A 5D9VA 2VL9A 1V58A 2M46A 1OC9B 3VPQA 1YJ6A 1GSQA 3LJRA 5J9BA 4N10A 9GSSA 3DGQA 2DJ0A 6GSUA 2RUEA 5F05A 4IQ1A 1XPVA 4G19A 2VM2A 3F8UA 1V9WA 4KDYA 3V1WA 2C0GA 3F63A 2OKAA 4ZILA 1JZDA 3JCML 1B4PA 3D0ZA 5H5QA 4IJIA 3E3EA 2YWMA 1ERUA 4LLRA 3NIVA 4LMVA 2DJKA 2DIZA 4Q5NA 4F82A 2GSTA 4IJ3A 3UBKA 4N30A 3DYRA 3EWLA 4PUAA 5J4UA 2CA8A 2DJJA 2VL2C 5J9CA 2FGXA 2QGVA 1V98A 4HU9A 1ZYQB 1YEPA 2ES7A 2WDUA 5D73A 14GSA 3DD3A 2I3YA 4ECBA 2V32A 1ZL9A 2O89A 3QOUA 2YZHA 3GKKA 4MZBA 2QKEA 1N8JA 2GQMA 2A2RA 1OE7A 3LGCA 2LNSA 1TXXA 1GSYA 3APOA 2B1KA 2L5LA 4ZL7A 1OKTA 2V1MA 3TDGA 4EO3A 2I4AA 1WWJA 3GV1A 5IQYA 3KP8A 4J57E 3GNJA 2X8CA 2R4VA 2H6ZA 3WD6A 2XBIA 1F2EA 1TOFA 3S9FA 2PWJA 4KH7A 2BJXA 5JCGA 4ZIJA 2KOKA 18GSA 4JE1A 1SENA 1S3CA 3EYTA 1A0RP 3M0FA 1M2AA 5E4WA 4ZB6A 1EP7A 1O81A 4HI7A 4XS6A 1RW1A 5KN1A 4FO5A 2F3MA 4WKWA 1C72A 2H6YA 4HQZA 5B8AA 1FOVA 1K0OA 1WJKA 1BEDA 2E0QA 5ELGA 4K2DA 4MABA 2J9HA 3TUEA 3KGKA 3IBHA 2CAIA 2H70A 1O8XA 3CTFA 4AGSA 1I5GA 2L4QA 2JU5A 1LU4A 1PKZA 2H6XA 4V1Ag 1R5PA 3CRTA 1Q4JA 2H1DA 2E7PA 3TRPA 2LUSA 1JZOA 2B6MA 1DUGA 3EC3A 4V2NA 1F3AA 1A0FA 4J56E 3UJ1A 3LG6A 2AUVA 1K3YA 2QSIA 4ML1A 5G31A 4K1FA 3HXSA 1AIUA 3UOMA 3KTLA 4RUVA 1M2DA 1JLWA 4CHSA 1B8XA 3LFLA 2L6DA 2IPAA 3O6TA 3M9KA 1B9YC 2YZUA 3FW2A 4NWYA 1R5AA 4GQFA 13GSA 1F6MC 2ZUPA 2E2GA 2HNLA 4ZB9A 2CZ2A 4ACSA 3HZ8A 1UA5A 3QD9A 1YKCA 5IMZA 3C8EA 1XOAA 1HYUA 1MDJA 4O32A 2X8GA 2FWHA 3I6AA 4L5LA 1OE8A 2HT9A 4K6XA 3KIJA 4JZQA 3IAM2 3A5WA 1H75A 2YV9A 4KCEA 1BAYA 4MF7A 1K0AA 2GLRA 4MPFA 1XW5A 5F06A 5CREA 1M9AA 4F0BA 1QFNA 4IHUA 4MPGA 3D22A 2AV4A 2OE3A 3IRAA 1O85A 2B7KA 4DSRA 2IFQB 4AJ6A 3GX0A 5EY6A 2GT6A 2KP2A 4GF0A 4EXJA 6GSVA 1I9DA 5AGYA 4WETA 3UL3A 12GSA 1MDIA 4MZCA 3GYKA 3ZRDA 2N5FA 5B7CA 4F9ZA 2FA4A 3TRQA 5IMAA 2JL4A 3HA9A 4PQHA 4OMVA 4TOPA 3MNGA 3NOFA 4WXTA 2LJRA 4MJCA 2GDRA 4ZL9A 1SJ6A 4MJAA 4ECIA 1DSBA 1WE0A 2C3QA 1TK0B 3GKMA 2C3TA 1X5DA 4L0UA 3VK9A 2AYTA 4HU7A 1PD21 1K0MA 6GSYA 5HR3A 3DXBA 2IFQA 4DEJA 5HQPA 2DJ3A 2IN3A 1EEJA 6GSTA 3CSIA 1M0UA 4TRXA 1K0CA 5CNWA 3RHBA 4GQCA 2C3NA 2VCTA 3W8SA 4K7NA 4KNDA 5HR1A 5GZZB 2RLIA 5GSSA 5G5EA 2FNOA 5CRGA 4NHWA 4GSTA 4NV2A 2FWFA 2K8VA 2C8UA 3KEBA 4ISDA 1AUCA 3PGTA 4K0NA 3VWUA 3KMOA 1SU9A 4TW5A 5B6MA 2YN1A 2ON5A 1OAZA 5HR0A 1NW2A 3HDCA 3LSZA 3PR8A 1FW1A 1LJRA 5AIXA 5A5KA 2VAFA 4WR5A 3TOTA 1R4WA 1PA3A 1ZYEA 2Z9SA 1O7UA 3D21A 5IM9A 1J08A 2HZFA 5AN1A 1K3LA 1R26A 1PRXA 3QAGA 2V2GA 3KXOA 4FYBA 2KP1A 1Z3EA 3WGEA 4TKYA 2ZCTA 2LTKA 3OR5A 3F3QA 5EPFA 3LWAA 4O92A 2YWNA 5CRWA 5JWQB 2XC2A 3U6VA 3BD2A 1WMJA 1AQVA 1U3IA 1E2YA 1M9BA 5IIZA 1A2JA 5ID2B 4GTUA 4POMA 1PL1A 2TRCP 1W89A 3DKSA 4LMWA 4FH8A 2OE1A 4JRRA 1XWBA 3QFAC 4XTSA 3QDNA 3TJFA 1ST9A 2MBSA 1SKRB 1AQXA 3RAZA 4PURA 2LRCA 2HXKA 4GSSA 2A4VA 3HYPA 4HDEA 1O6JA 5GSTA 1TU8A 4OFMA 1VF1A 1FVJA 5F0GA 2WZ9A 1WOUA 4IGJA 4OFTA 2VCZA 3L9UA 1EV4A 4N0ZA 3Q18A 3GTUA 4GWRA 3HHVA 3KTBA 3M9JA 4EF0A 3FZ5A 4Q5QA 4D73A 4BVYA 5INYA 4RQRA 2R2JA 4JBBA 4YQVA 1JLVA 5IPHA 1S3DA 4IS0A 4ULXA 1SL1B 1BYEA 2R37A 2ON7A 5ID2A 1GL8A 3ME8A 2H66A 4MH2A 3F6DA 4TR0A 5ABRA 3HVXA 5GAPD 1PMTA 4TXVA 2L5OA 4DVCA 5CYYA 2V41A 4E8EA 1ERVA 1Q98A 2C0DA 3N5OA 4MJBA 5D9TA 3EE2A 3WT2A 3ZITA 4MF5A 2EIRA 5DVBA 2CAQA 4ZXGA 5ECKB 4MJEA 3FYGA 5CRDA 1ZZYA 4I6XA 22GSA 3TKSA 2PGTA 3EU3A 5IO2A 3HVSA 4ECJA 2LNTA 2HI7A 2B5EA 2B5XA 3RBTA 1X9MB 3IK9A 4WF4A 2C80A 3FR9A 1SK0A 3FEUA 5ECOB 3ZYWA 2H75A 3IDVA 3GFKA 3FY7A 2DSAA 1K3OA 3MWHA 5DDLA 3L78A 5IO0A 1TI1A 2H0HA 2B5YA 4RI6A 1TK8B 3H1NA 1OC9A 3P2AA 4WBJA 1XFLA 4XHMA 3C1RA 4LL1B 3GRXA 4HJMA 3LQ7A 5ECQB 1XWKA 2VIMA 1SKWB 3ZIVA 2GZZA 3L9VA 1G7EA 2GZPA 4V1Ap 3J7Yb 1GTBA 3F9UA 1U87A 3U5RE 5E59A 3M1GA 1XZOA 2L4CA 2WS2A 4K0GA 3O3TA 3FR3A 4POBA 2GT5A 3N9JA 5HFKA 1KNGA 1CQGA 4GRFA 3M8NA 5CP1A 3GL3A 1Z5YE 3TRXA 1A24A 4GXZA 5HFGA 3DIEA 1O73A 4IKHA 5IOXA 3E0UA 5B8BA 4FYUA 5JWRB 4O5RA 3HJMA 3TCOA 2IIYA 1XW9A 4NAXA 1GTUA 4L8EA 3ZVJD 1OC3A 1EV9A 3I69A 5DAKB 1GSDA 1K0NA 2DLXA 1HNBA 4KGIA 1CQHA 4KX4A 4KE3A 2WB9A 4PXOA 3TGZA 5L71A 20GSA 5D8IA 5ECHB 3I43A 1JFUA 3P7XA 1DBYA 3CMIA 8GSSA 1B48A 3K8NA 4ECCA 2DJ1A 1GNEA 4KAEA 5JCWA 3PINA 4OO4A 4H86A 1F37A 2VCVA 4XIHA 1B4QA 1HQOA 5D96A 4ZBBA 2VCQA 1W4VA 2IMEA 2VD0A 1QXHA 5DALB 4OFNA 3TKSE 1GUMA 1BG5A 5H5RA 4K7IA 2V6OA 1MD4A 1ACVA 2LQOA 2BTOT 2GS3A 1Z7PA 2VL3A 5LCZA 4KA0A 1EGRA 1FHEA 1Z7RA 4PNGA 2IMFA 2XHFA 1VGLA 2YWOA 3HD5A 3L9SA 3WT1A 2I9HA 3FK8A 4BWQA 1OKDA 2MMNA 4GSNA 2HSHA 4I5QA 3ZTLA 1GULA 4TR1B 5J41A 2H71A 2HZEB 4IW9A 1XVWA 3VURA 5ELAA 2J23A 2L6CA 2AJQB 4HOJA 2PVQA 2TRXA 1RK4A 3PH9A 4KB3A 5DALA 4TR3A 2WFCA 2H01A 4YAVA 2IMKA 7GSSA 1V2AA 4Q5RA 5EL8A 5LNKe 3EMXA 3EURA 4MCUA 4XRAA 4BVXA 4XS1A 3EU4A 3I9V2 1PL2A 4HS1A 3GX8A 4FIWA 3P90A 11GSA 5ECPB 3GH9A 2FUG2 3UEMA 4TXOB 2VM1A 4K8MA 1EGOA 3KZQA 3RDWA 1PGTA 3LYKA 2H8LA 2VOCA 4F2IA 3CTGA 4PGTA 4IP6A 2GTUA 4TN8A 4EE0A 1TKDB 5JCUA 1MTCA 2PVOC 2RUFA 4G9HA 1AXDA 2JACA 5ENUA 2YOIA 4HZ2A 1F3BA 1U88A 3AY8A 1VRSD 3EVIA 1T3BA 4EKZA 2CVKA 3TJJA 3TKQA 4PNFA 3R2QA 2JZSA 2HRNA 2EC4A 5H5SA 3ZZXA 4JR6A 4K7OA 2R3XA 2CX4A 5D9WA 1Y25A 2E2MA 3BJ5A 2AAWA 1Y6EA 1T4ZA 2P31A 3MDKA 1TRSA 4HJ2A 2FCHA 1YKAA 3G7JA 4FYCA 3UIWA 3RPPA 2WJUA 1TRUA 3QAVA 4JR4A 4ZBDA 3LYPA 3Q6OA 2O87A 3FKFA 2KHPA 3BCKA 2CQ9A 6GSSA 1KTEA 5FT3A 2VLVA 4I97A 4NMUA 2WRTA 5B6NA 2DJ2A 4I2UA 2H1BA 1OC8A 1XWCA 3UAPA 5CO3A 4KDUA 2VUPA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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