2B5EA

Crystal structure of yeast protein disulfide isomerase
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
MQQEAVAPEDSAVVKLATDSFNEYIQSHDLVLAEFFAPWCGHCKNMAPEYVKAAETLVEKNITLAQIDCTENQDLCMEHNIPGFPSLKIFKNSDVNNSIDYEGPRTAEAIVQFMIKQSQPAVAVVADLPAYLANETFVTPVIVQSGKIDADFNATFYSMANKHFNDYDFVSAENADDDFKLSIYLPSAMDEPVVYNGKKADIADADVFEKWLQVEALPYFGEIDGSVFAQYVESGLPLGYLFYNDEEELEEYKPLFTELAKKNRGLMNFVSIDARKFGRHAGNLNMKEQFPLFAIHDMTEDLKYGLPQLSEEAFDELSDKIVLESKAIESLVKDFLKGDASPIVKSQEIFENQDSSVFQLVGKNHDEIVNDPKKDVLVLYYAPWCGHCKRLAPTYQELADTYANATSDVLIAKLDHTENDVRGVVIEGYPTIVLYPGGKKSESVVYQGSRSLDSLFDFIKENGHFDVDGKALYEEAQEKAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of yeast protein disulfide isomerase suggests cooperativity between its active sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 132
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2005-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA02
2C8UA 1S3DA 4J57E 1CQHA 3IC4A 1SENA 2YN1A 1K0NA 1AC1A 4BPYA 1G7EA 1TK5B 2DBCA 2XBIA 3IPZA 4PGTA 2YWOA 4TVEA 1WJKA 4J56E 4NHWA 4HDEA 2CQ9A 2D2ZA 1WP0A 3W8SA 4EO3A 5H5RA 2IFQA 3LORA 1H75A 1AAZA 2RLIA 5A4UA 2HE3A 3UJ1A 2YCDA 3VI7A 3HHVA 1A24A 2PERA 2K9FA 1U88A 2B7KA 4MABA 1GNWA 4MLYA 3C1SA 4N0VA 4HEA2 2WZ9A 5D73A 3APSA 2V6OA 5CRDA 4Z7XA 5HQPA 2FWEA 2FA4A 1V57A 2WS2A 2MMZA 14GSA 1X9SB 1OVNA 3VURA 3L0HA 1GL8A 2PPTA 3GTUB 4EKZA 3ME8A 5ECRB 1GWCA 2K18A 19GSA 1GTIA 4JEDA 3EWLA 1V58A 3KD0A 3LYKA 1VF3A 3KIJA 5A4VA 5HR1A 1HNCA 3KGKA 1USBA 3DVWA 3E3EA 4PX1A 4POKA 1BAYA 4OCEA 2CVBA 2P0GA 1IYHA 3TJGA 3G7YA 2PU9C 5ECPB 3FR6A 3DVXA 1VRSD 1THOA 1PN9A 2P5QA 5AISA 3F63A 3M9KA 1SKSB 2VLTA 2LJRA 3RHCA 3UL3A 4D73A 5KEJA 2FWFA 3OR5A 3IRAA 4DSSA 5JCWA 1AW9A 6GSTA 2R3XA 1GH2A 4QQ7A 2H19A 1EP8A 4K7OA 3PGTA 3D22A 2AHEA 2TRCP 2HLSA 4N10A 5F8BA 3A2WA 5J4UA 4ZL7A 4MJBA 3HXSA 4RI7A 3ZIJA 5G31A 3TRQA 2LTKA 2XPDA 5JCUA 5EY6A 3Q18A 4K0NA 2GSSA 1Z5YE 3LG6A 1AXDA 5IPGA 1EZKA 1TI1A 2ON5A 3DYRA 3UOMA 3CTGA 5ECOB 3GURA 1YF1A 3PINA 2H76A 2YZHA 2LJAA 5DVBA 4WXTA 4MF5A 4WF4A 4OMVA 2HZFA 3LXZA 3HVXA 2ZNMA 3MSZA 1WWJA 4DVCA 2IWTA 12GSA 1AQWA 4HI7A 3DEXA 2E7PA 4ZBDA 3WGXA 1JHBA 4MJCA 2IFQB 2IL3A 2PN8A 3UBLA 3SWLA 1T8EB 5C04A 2GS3A 4K8MA 3QMXA 3ZTLA 1PSQA 5D9TA 4K9ZA 1ZMAA 2ES7A 2X64A 2LS5A 1QXHA 1HNBA 2DJJA 5IOXA 4O5RA 4NXIA 3APQA 5D8IA 2CT6A 1FOVA 3HY2A 1TU8A 2H66A 3DWVA 1TKDB 4OO5A 1R7HA 4GQFA 3FR9A 1WIKA 4IW9A 2I81A 2RUEA 2MZCA 1GTAA 3GH9A 3K8NA 2E2MA 2F51A 2GVPA 2C3QA 2A2RA 3DXBA 3GYKA 4XTSA 1DE1A 4XRDA 1TI3A 5DQYA 2C4JA 3IBHA 1GNEA 4KW6A 5ECQB 4DEJA 1TJDA 4EDZA 1LJRA 4IVFA 1N8JA 3UMAA 1EV9A 5J3RA 1TXXA 1FB6A 2RUFA 2K8VA 5F05A 2AAWA 3QFBC 3KEBA 1OKDA 2B5EA 2DMMA 5EL8A 3IR4A 3GIXA 1A2MA 1Z6NA 1A0RP 2OACA 3I43A 2MYGA 4L0WA 3O76A 4EUYA 1ERUA 5IMFA 2H30A 1PL2A 2HNLA 3FZAA 5ECKB 1B4QA 1TW9A 2H73A 3UEMA 8GSSA 6GSUA 4DSSB 1H4OA 1QGVA 2ON7A 4JU5A 1YEPA 1W4VA 2WULA 3G7IA 2HRFA 2OE3A 2PBJA 6GSVA 2LEGA 1TTZA 1PD21 3HCZA 3IK7A 4GRFA 2DJ2A 2FLSA 1XZOA 1TRUA 3LWAA 1M9AA 4HUAA 4KDUA 4ZILA 1J9BA 1ZL9A 2H72A 1R5AA 4PUAA 1GP1A 3IK9A 2IIYA 1WMJA 1TRSA 5HR3A 1MDIA 4ZB8A 1FVJA 4KAEA 4F9ZA 1VF1A 4PQHA 2LRNA 4ISDA 1GUHA 4MF6A 3F6FA 2HSYA 3QAGA 3GNJA 1OE7A 4K7IA 2J9HA 3IAM2 2DIYA 2KUCA 1Z3EA 4YAVA 4K7NA 4OD7A 3PR8A 1UVZA 1YF0A 3TJBA 1FO5A 1OKTA 1TRWA 4BL7A 3GRXA 4Q5FA 3F0IA 1SK0A 3DRNA 3IAS2 2QC7A 3GL5A 2CA8A 2FD3A 1B48A 5CO3A 5COHA 2X8HA 3IXRA 1XPVA 3WT2A 2V32A 2LKUA 5IMAA 4TKYA 2VUPA 4IKHA 5IO2A 2WRTA 1SL2B 1I9DA 3CRUA 2J23A 1U3IA 1A0FA 1MEKA 1EOHA 3VPTA 3CMIA 1O73A 3GSTA 3FZ9A 1GRXA 4DSRA 1ERWA 1JZOA 4IGJA 2CV4A 4K0GA 4TXVA 2YP6A 4V1Ap 4KCEA 2PVOC 4JR4A 3F6DA 5IM9A 3F4SA 4LMVA 3M1GA 3EU4A 4NAXA 2H0IA 1FG4A 2PWJA 3WGEA 2LNSA 4MMMA 1X0RA 5H5QA 3ZMKA 3R2QA 3FW2A 3TUEA 2NPBA 4YQVA 1A2JA 2L4CA 2NDOA 3ZITA 5FHIA 4ZL8A 3I69A 4MH3A 5IMDA 3H79A 2H1AA 1YEXA 3FRCA 1M9BA 2X8GA 3KJYA 3EE2A 3L9VA 2LQQA 1LBKA 5D9XA 4X1UA 4MZBA 3D0ZA 4ZIJA 3M0FA 4NWYA 3BBYA 9GSSA 2E0QA 2H0GA 3TGZA 1XWAA 1VGLA 3F3RA 2ZCTA 3EC3A 4KE3A 3L9UA 2EC4A 1R5PA 6GSSA 5B7CA 2IPAA 3D5JA 2VCTA 1ON4A 4FYUA 1UN2A 2N5AA 2H1DA 2CAIA 4IBPA 3O3TA 3TOUA 5DDLA 2FWGA 4FYCA 4EL1A 2YANA 4V2LA 4G10A 2CZ2A 2LRTA 3WYWA 2WJUA 2H8LA 5DJLA 5DAKB 2VOCA 4PUFC 4WBJA 1F3BA 4FO5A 1GSYA 5DCGA 2BTOT 3J7Yk 5C00A 4N30A 2O89A 5IO0A 1MD4A 2EIQA 2HXKA 3G7JA 3KMNA 5GAND 4WR5A 1PL1A 1V9WA 4TR4A 4TRXA 3FK8A 4IQ1A 1GSUA 3APOA 3C73A 3CBUA 4XS4B 3FR3A 3HJPA 3Q6OA 5AGYA 1O8XA 4NV2A 4PNGA 1G6WA 2XBQA 2L6CA 4HOJA 4KUNA 4AJ7A 4AGSA 1A23A 1XWCA 4PURA 4LLRA 3QAVA 3HVVA 5GZZB 1XW9A 2Z9SA 5J5NA 2R5GA 1TP9A 3GHAA 1XWGA 4HU9A 4LMWA 3IE3A 2K6VA 2RM5A 4I2TA 2N5BA 4GLTA 1JZRA 3VK9A 4EF0A 1ZYEA 2H74A 5DJMA 2GQKA 2XC2A 3V1WA 3M3MA 3ERGA 1QQ2A 5E4WA 3C8EA 1AQXA 1OYJA 2CAQA 2FHEA 4O32A 5J9BA 3RPNA 2L5LA 1OC8A 2GQLA 2XHFA 1SYXA 3QCPA 1HNAA 1SD8A 2K8SA 5IPHA 2MMAA 5ENUA 5ELGA 5F06A 5HFKA 3KH7A 1Q98A 2PGTA 4OFNA 3TCOA 4IHUA 4X43A 5F0GA 1BG5A 3C1RA 4V1Ag 1ZYQB 1K0OA 4G19A 2G0FA 2HSHA 5IMVA 4MP4A 1EEMA 3GSSA 1NSWA 2V2GA 4ZXGA 2VD1A 3EU3A 3TKQA 3NZNA 4KA0A 2X99A 1K0AA 3CTFA 1BEDA 3TRPA 5INYA 2BMXA 1ZZYA 4BA7A 5CYYA 1KBNA 1SU9A 2M46A 4POLA 4K1FA 1Z9HA 1SKRB 2DIZA 3L9SA 2MBSA 5B6MA 1QK8A 4IN0A 2GZZA 2C3TA 5E59A 4KNDA 2HZEA 3P2AA 3ZZXA 4NMUA 4I2UA 2I9HA 5H5SA 5CRGA 1J0FA 22GSA 2N5FA 5J41A 2PUKC 1CQGA 2B3SA 3GKXA 2DLXA 3ERFA 5ABRA 1PA3A 1TK0B 4DSQA 1A2LA 1RW1A 2YV7A 4FH8A 2QGVA 1K3YA 3CSIA 3UAPA 5HFGA 4YAPA 1RK4A 4PXOA 4ZB6A 2M80A 3ZYWA 2R2JA 5ECMB 1HYUA 5CRWA 2H6ZA 3MDKA 4TR1A 3DIEA 2AYTA 2JZSA 4MJEA 1O81A 2LQOA 4HJ2A 1THXA 1GUMA 1O6JA 1K3OA 3CSHA 3H93A 1X9MB 2HRNA 1F2EA 3GKMA 1HD2A 3KTLA 1ST9A 3LYPA 4KGIA 1GTUA 2IMIA 3WD6A 4MF7A 3VI5A 4F0BA 2WGRA 3DGQA 4JR6A 1W89A 2JU5A 1FVKA 5ECLB 1B8XA 2KLXA 2FUG2 1T4YA 2VIMA 4HZ4A 4ID0A 5IQYA 1GUKA 3VWWA 3BCKA 4KDYA 1N2AA 3EMPA 2MMOA 5AIVA 1BYEA 1XIYA 2A4VA 4TOPA 1M2AA 3F4TA 5JCGA 1XCCA 3GN3A 3HJMA 4RQXA 2LRCA 1BJXA 3D4TA 3GX0A 5JWOB 3FKFA 4K2DA 4LL1B 1NM3A 3KTBA 5IIZA 1ACVA 2H6XA 1T4ZA 1K0CA 1DE2A 1PGTA 1JLWA 5DQSA 2VLVA 2VAFA 5ID2A 2KP2A 3H8QA 4EC0A 2GQMA 3C7MA 2GGTA 2OJLA 3CXGA 2YNXA 3TKPA 1SK2A 2A2SA 4L5OA 2C80A 5GAPD 4KB3A 3TKSC 2H1BA 3ED3A 3A2VA 2M72A 4WR4A 4XS6A 3N9JA 5ELAA 3GKKA 1QFNA 3PH9A 1TRVA 3UIWA 4MPGA 4ECIA 3KZQA 2CVDA 2VL2C 1UA5A 2CX3A 1PX6A 3ZRDA 1FAAA 3ZL5A 2GSTA 5AIXA 4ML6A 1ZGNA 3HYPA 3LQ7A 5DAKA 3W8JA 2H75A 5HFIA 2HZEB 1PQNA 4TR3A 6GSWA 2IMDA 2V41A 3ERWA 1B9YC 1O85A 3HDCA 2LNTA 5FWGA 4KCAA 3TJKA 1ML6A 1EGRA 3O6TA 2L5OA 4AF2A 5LD0A 3TKSE 1M2DA 1M0UA 3FZ5A 4XS4A 3KP9A 2IN3A 3FHKA 3F3QA 4TXOA 5LNKe 2GDRA 3TJFA 3DD3A 1U87A 2H71A 3HA9A 1PRXA 2CX4A 2KOKA 5D9VA 4TR1B 5KN2A 2GZYA 1URMA 3U5RE 1PKWA 1YQ1A 1AQVA 2F9SA 4PQIA 3QR6A 2PMTA 5ECSA 2OE0A 3I6AA 1Z7RA 3BCIA 2AB6A 3IA1A 2B5XA 1SK1A 3VWUA 3GL3A 2O7KA 3TOTA 2R4VA 3P7XA 4GQCA 1QMVA 1ERVA 2IMFA 4MDCA 2OE1A 1G7OA 5KN3A 1X5DA 2C0GA 3LXTA 3TRXA 4F03A 3NIVA 2KHPA 4F82A 2L4QA 4XIHA 2P31A 4I97A 1Q4JA 2HFDA 1M2BA 1FHEA 4IP1A 3VWVA 1R26A 2TIRA 3VPQA 4HZ2A 1ZCPA 4V2NA 4F0CA 4GSSA 4JE1A 3H1NA 2LV3A 3U6VA 4ACSA 5IOWA 1XBSA 4GF0A 2B1KA 2IMEA 4XRAA 1GSEA 2MMNA 5D96A 1Z7PA 4J2FA 1S3CA 2B5YA 3RDWA 1DBYA 3E9JB 5HR0A 2GLRA 2KP1A 1S3AA 5ID2B 2GT5A 3ME7A 2LSTA 3GH6A 3HZ8A 1JZDA 4BVYA 1BQ7A 2EIOA 4NHZA 2PVQA 4HU7A 1BX9A 1LU4A 2C1YA 3L4NA 1WOUA 4XHMA 4EE0A 4ECJA 10GSA 4MH2A 2YPMA 3DKSA 1HQOA 2H6YA 1Z6MA 1OC9A 4IJ3A 1T7PB 4HQZA 1GSSA 2VCWA 1VF2A 4V2MA 1GLQA 4Q5NA 1EWXA 4CW9A 2DJ0A 3FZ4A 2F8FA 1XFLA 2X8CA 2B1LA 1M99A 4MZWA 1FB0A 4WEYA 4O92A 1AUCA 2XPEA 2O85A 2WB9A 3JCML 1ABAA 1XXUA 2WDUA 3G9BA 1T00A 2NBSA 4TXOB 3GV1A 4IS0A 3CSJA 1ZOFA 1NHOA 4EVMA 3MAKA 1SD9A 4AJ6A 3GMFA 5A4WA 4OCFA 3HVSA 2C0DA 1EOGA 1DSBA 1XW5A 2VM2A 3BD2A 5ECNB 4N0ZA 1A8LA 2DMLA 3W6GA 1J08A 5F07A 4ILFA 1GSFA 2P5RA 3FEUA 4ZL9A 3UARA 1X9WB 3GKNA 1ERTA 2DJ3A 3P90A 2GSQA 3ZREA 2GZPA 3EURA 1TDIA 2H0HA 2JSYA 3D21A 3A5WA 3HKRA 3F4RA 3ZIVA 3UBKA 2VL9A 3KH9A 1TK8B 2GT6A 3CYNA 4MJAA 1SYRA 2C3NA 3E0UA 2YJ7A 4WKWA 5KN1A 2OBKA 4JZQA 4OWYA 5AN1A 4GXZA 2QSIA 1F37A 4WETA 4MPFA 3J7Yb 3FY7A 3TDGA 5GSTA 4ULXA 1JLVA 2NTOA 3GA4A 3P8WA 4BWQA 4JRRA 5B8BA 1U3AA 1EEJA 2GSRA 3KCMA 5CAXA 5G1KA 4L8EA 4L0UA 4YQUA 3IV4A 4G2EA 4NV5A 1SL0B 2NVLA 3D4MA 20GSA 2DJ1A 5G30A 4LA1A 3NOFA 3ZFLA 4KX4A 1B4PA 2RM6A 4K6XA 1KTEA 2JL4A 1WE0A 3KP8A 2VD0A 1VF4A 5D93A 1I5GA 4KSOA 4ECCA 2WCIA 5DALA 3RHBA 2YWNA 4JBBA 4ZBAA 2FWHA 3ZFBA 5HR2A 5B8AA 1OC9B 4L5LA 2IMKA 4E8HA 2AJQB 2R6KA 1YZXA 2H70A 2HI7A 1NHYA 4AJ8A 3ZLPA 1IYIA 1K0DA 1V40A 3C71A 5JWQB 1XWBA 1NW2A 5FT3A 2R37A 5CREA 2BJXA 4BVXA 1F9MA 2YOIA 3KXOA 2C0FA 3FYGA 1SJIA 4OFMA 3BOAA 4H86A 4TN8A 4KDXA 16GSA 1F3AA 3RPPA 3RAZA 3LSZA 1GSDA 5B6NA 1TU7A 3ZVJD 4RUVA 4ML1A 1KNGA 1EGOA 2GTUA 4FYBA 5A5KA 2OA7A 2AV4A 2JSZA 4E8EA 1FW1A 2VLUA 5EPFA 4I6XA 4PQ1A 4IELA 1V2AA 1K3LA 2E2GA 2C0EA 2YWIA 3LFLA 1F6MC 4WBRD 5G2ZA 1O7UA 4POMA 2B6MA 2CZ3A 1YKAA 3CRTA 4GSNA 5GSSA 4GWRA 5DBQA 4I5QA 1OAZA 2O87A 4HJMA 3EVIA 4CHSA 1XWKA 1JZWA 1YY7A 3MWHA 4WF5A 3A3TA 3VLNA 3D6IA 2YWMA 6GSYA 1UC7A 1QUWA 3TKSA 3ZMLA 5KN0A 4TR0A 5ECIB 4XS1A 2OADA 3QAWA 18GSA 4O7HA 2OBIA 2V6KA 5CNWA 5D9WA 3Q74A 3QFAC 3VWXA 3UVTA 4G9HA 4OO4A 4ZBBA 2VL2A 5IMCA 1YKCA 5CRHA 1T3BA 5DCHA 3L78A 3EINA 3QDNA 2YJHA 1MTCA 4EXJA 2FNOA 2JZTA 1E6BA 1MD3A 3MNGA 3WGDA 2LJKA 4MA9A 3H4KA 17GSA 2L6DA 3LGCA 3Q19A 1U6TA 2H01A 2HT9A 3TJJA 1JFUA 4MZCA 3ISOA 3KM6A 6GSXA 11GSA 1DUGA 4GTUA 2EIRA 1Y25A 3QD9A 5CP1A 2G2QA 3LEFA 4D73B 4FIWA 1PMTA 1E2YA 2VCVA 1SL1B 4KSMA 5EVOA 5J9CA 2O8VB 2ALBA 5DALB 4Q5RA 1MDJA 5LCZA 4MK3A 1XOBA 1KEBA 1O8WA 4GCIA 1R4WA 4HS1A 3EMXA 3UVHA 3US3A 2VO4A 1A8YA 1B9XC 2REMA 5G5FA 2JZRA 2IJYA 2L57A 1OC3A 2V1MA 2CVKA 2YZUA 4KH7A 3M9JA 1GSQA 2OKAA 4POBA 3KMOA 3IHQA 3RBTA 3DMLA 1TOFA 4N11A 1EP7A 1XOAA 4RQRA 2JACA 5JWRB 1AIUA 1K0MA 3QOUA 2I3YA 1T1VA 1EV4A 4ZB9A 3N5OA 4LL4B 3GTUA 4QL7A 7GSSA 4IQAA 4XCSA 1ILOA 2LUSA 1SJZA 3GX8A 2HYXA 2B7JA 4P3YB 3F8UA 4YQMA 2VCQA 2FY6A 1C72A 2RIIA 3S9FA 3SBCA 2H1GA 3M8NA 2F3MA 3AY8A 5G5EA 2TRXA 1PX7A 3EYTA 1G6YA 2VCXA 4IP6A 1GULA 4IJIA 5IMZA 4YH2A 5ECHB 1OE8A 5L71A 1SKWB 4HQSA 2L59A 3QPMA 3HD5A 4RI6A 2DSAA 2VM1A 13GSA 1XVWA 3HJOA 2AUVA 3GUSA 4GSTA 4F2IA 1SJ6A 1XW6A 3HZ4A 2WFCA 2FGXA 3TKRA 4QL9A 1Y6EA 4CDOA 3TB2A 1V98A 4PNFA 4I8BA 2JADA 2FA8A 1WRYA 1PKZA 3ZVJA 2YV9A 1G0TA 4OFTA 2QKEA 3LJRA 2I4AA 1YDKA 3VFIA 2VCZA 2F8AA 2DJKA 1GTBA 3IOSA 1WPIA 4Q5QA 4ECBA 4EDYA 1X5EA 2VL3A 4BWSA 1K0BA 4MCUA 1YJ6A 3BJ5A 1M7TA 3WT1A 3IDVA 4NPBA 1GLPA 1MDKA 3F9UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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