2B5EA

Crystal structure of yeast protein disulfide isomerase
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
MQQEAVAPEDSAVVKLATDSFNEYIQSHDLVLAEFFAPWCGHCKNMAPEYVKAAETLVEKNITLAQIDCTENQDLCMEHNIPGFPSLKIFKNSDVNNSIDYEGPRTAEAIVQFMIKQSQPAVAVVADLPAYLANETFVTPVIVQSGKIDADFNATFYSMANKHFNDYDFVSAENADDDFKLSIYLPSAMDEPVVYNGKKADIADADVFEKWLQVEALPYFGEIDGSVFAQYVESGLPLGYLFYNDEEELEEYKPLFTELAKKNRGLMNFVSIDARKFGRHAGNLNMKEQFPLFAIHDMTEDLKYGLPQLSEEAFDELSDKIVLESKAIESLVKDFLKGDASPIVKSQEIFENQDSSVFQLVGKNHDEIVNDPKKDVLVLYYAPWCGHCKRLAPTYQELADTYANATSDVLIAKLDHTENDVRGVVIEGYPTIVLYPGGKKSESVVYQGSRSLDSLFDFIKENGHFDVDGKALYEEAQEKAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of yeast protein disulfide isomerase suggests cooperativity between its active sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 132
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2005-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA02
2VCWA 1A2LA 3TJJA 4PUAA 1BJXA 2MMZA 2H1GA 5KN2A 1C72A 2O7KA 5LNKe 4X0XA 2M72A 3GH9A 5J9CA 4XS6A 1GRXA 2YNXA 3C7MA 1FO5A 3MDKA 1FG4A 4DSSB 4K0NA 5D9VA 1J0FA 1GSQA 1WOUA 1PRXA 2EIOA 2VLTA 4FO5A 1O73A 2LQQA 1DUGA 4BWSA 1F2EA 4EXJA 3BD2A 1XCCA 1J9BA 2AAWA 1GP1A 2R37A 3E3EA 4MABA 2QKEA 4WR4A 1XBSA 2F3MA 4BWQA 1GNEA 1ZYQB 4OD7A 4XS4B 4IHUA 5DJMA 2RM5A 2QSIA 2FGXA 2OACA 3FR3A 3TKPA 1O8WA 2IMIA 4XTSA 4HQSA 4CW9A 2IPAA 4GCIA 2F8FA 2LJKA 3GL5A 2H1AA 4F0BA 2YANA 1YEPA 2H72A 4POMA 1GSYA 1S3CA 1H4OA 5IMDA 2LQOA 2AUVA 4GQCA 3ZFLA 2CT6A 3WD6A 1TK0B 3ZVJA 2H0HA 4N11A 1GTAA 5ECKB 5B8AA 2CX4A 2WULA 2PVQA 1M99A 2GZPA 4YQUA 1XXUA 2YWIA 4GLTA 5IQYA 4JEDA 2YN1A 2C8UA 2A2SA 3ED3A 2DJJA 2IMKA 1M2AA 1PKZA 2VAFA 3DVWA 2ZUPA 5EVOA 1VF2A 3Q18A 3HJOA 4HQZA 1OE8A 1WPIA 1F37A 2DBCA 4K6XA 4V1Ap 5FWGA 3IK9A 4KDUA 4V2NA 2FLSA 4KCEA 4I6XA 1QMVA 1XPVA 2B6MA 2X64A 2HRFA 1F9MA 1U88A 14GSA 1ST9A 3A2VA 3CTFA 3LYKA 3P7XA 4LA1A 1YEXA 1KEBA 5ENUA 1R26A 1U87A 1ZCPA 5KN1A 3TB2A 3H4KA 5IPHA 3KXOA 3GSTA 5JWOB 2L57A 3KCMA 4HZ2A 3F4RA 2ES7A 2XPDA 2V6OA 4IW9A 1R5AA 2YJ7A 2LNSA 2CA8A 1W4VA 4OCFA 3LORA 2KP2A 4F03A 3UIWA 1TXXA 3FKFA 1ZGNA 4POBA 4HU7A 4NWYA 2R6KA 3UOMA 3GTUB 2JZRA 4TOPA 1U6TA 3JCML 3HY2A 3WT1A 1ZOFA 2K6VA 2L4CA 3ZMKA 3LFLA 2R3XA 2NPBA 3TGZA 2XPEA 2N5AA 3TRPA 1OC3A 3IR4A 2RLIA 1X9MB 4V2MA 4WXTA 5AIVA 2FD3A 2ON7A 3M1GA 2FWEA 4G9HA 22GSA 1JLVA 3HA9A 3CMIA 1GNWA 3VI7A 5ID2A 1VF4A 2FUG2 2WGRA 2C0DA 4L5LA 2DLXA 1FVKA 4TR3A 5D73A 3EU3A 5IIZA 1SL2B 2IN3A 3IC4A 1N2AA 1H75A 3BJ5A 3I43A 5B6MA 1PL1A 2OE0A 2LS5A 3VPTA 3DVXA 5JWRB 2NTOA 3L9SA 2V2GA 4YQMA 1SD8A 1ERVA 5ECIB 2F9SA 1K0OA 2I3YA 2C3NA 2OADA 5A4UA 2TRCP 1ZYEA 3EMPA 1X9WB 5CO3A 4AJ7A 2FHEA 1E2YA 4WKWA 2C4JA 3IE3A 3WT2A 4D73B 1XWKA 5H5RA 3RPPA 1XW6A 2YWOA 2KOKA 1SK0A 2Z9SA 3BOAA 3RAZA 2DIYA 2B5XA 3GKKA 2YJHA 3ERWA 3GKNA 4WR5A 1G7EA 3P90A 1TRSA 4H86A 3K8NA 1SJ6A 1GSUA 4TKYA 2PPTA 3RHBA 3EURA 3G7YA 2JL4A 3BBYA 1V40A 3C1SA 1HNAA 2QGVA 3D5JA 5IO2A 1EGOA 4ZL9A 5COHA 4NV5A 2O8VB 1GULA 4OFNA 2JADA 5ECOB 4KX4A 2CVKA 1XFLA 1AW9A 4ACSA 4PUFC 3FZ5A 3DEXA 4O7HA 5CP1A 1PGTA 2VD0A 3KIJA 20GSA 1SD9A 2HT9A 3QAWA 4ZL7A 3H79A 4ZBDA 4IKHA 5ABRA 1NSWA 5ECNB 1ABAA 2LJAA 1GUKA 2R5GA 4TXOA 3APSA 2DIZA 1JZWA 5F0GA 5LCZA 2FA8A 2HLSA 3RHCA 5F06A 1M0UA 4IQ1A 1QXHA 3IV4A 5INYA 3ME7A 1MDKA 2VUPA 1TU8A 5J41A 4NXIA 1U3IA 1EV9A 2AB6A 3W8SA 3GIXA 2IWTA 3A2XA 3GKXA 5JCGA 2H1BA 4EC0A 1AUCA 4ZBAA 3TDGA 3KD0A 3VFIA 2CV4A 3UJ1A 5HQPA 1FW1A 5KEJA 2I9HA 2PUKC 2YOIA 4IJ3A 1T4YA 4HS1A 4XIHA 1SKWB 3D0ZA 5GSSA 3L78A 2GT6A 2IIYA 4DEJA 2NVLA 1BX9A 1JZDA 1OKDA 4J56E 3ME8A 3TJBA 1K0BA 2L5LA 4KSMA 4LMWA 4IVFA 3LSZA 3GX8A 3GURA 2GT5A 4TRXA 1VF1A 3J7Yk 3HJPA 3EMXA 1XW9A 1B9YC 2HZEA 2FCHA 1PKWA 5B6NA 1JHBA 5D9WA 1X9SB 3C73A 3WGDA 1G6WA 5ELAA 3ERGA 2XBQA 1NHYA 2VD1A 3GNJA 2KUCA 3UBLA 1SYXA 4O92A 5EPFA 1K3LA 3MSZA 1ERWA 1BYEA 1R4WA 2EC4A 2GQLA 3EC3A 3Q6OA 1B4PA 3KM6A 4G19A 5DQYA 2M46A 4Q5RA 1A8LA 5D93A 2PBJA 3H1NA 4MZCA 1XZOA 5HR2A 1R7HA 3DRNA 5DVBA 3H8QA 4AJ8A 5GAPD 4MZBA 3M8NA 3C1RA 2JZSA 2J9HA 3M3MA 4GWRA 5L71A 2PVOC 4FIWA 1A24A 1JZRA 3TKSA 5DCGA 1FHEA 1TW9A 3UVTA 1A23A 4PXOA 2O89A 8GSSA 5GAND 4V2LA 3KTBA 3H93A 1SENA 3KMNA 4PQ1A 2EIQA 4IP6A 1ERTA 4IS0A 1WMJA 4ZILA 4MJEA 2JU5A 3GHAA 3FK8A 2B5YA 4MK3A 3MAKA 5G30A 1PX7A 5EL8A 2GSSA 1YY7A 1SU9A 2DSAA 3GUSA 1UA5A 3FRCA 1YJ6A 3DKSA 6GSWA 2P5QA 5KN3A 2GTUA 5ID2B 1TU7A 2H1DA 1MDIA 1V58A 4CHSA 1EOGA 4ZXGA 3WGEA 3VWXA 1X5CA 3U6VA 2CVDA 4I2UA 1JZOA 4K1FA 4LL1B 4X1UA 4HU9A 4JR6A 2VOCA 5G31A 1WJKA 4KSOA 1YKCA 2VLUA 2B3SA 1ZL9A 4HI7A 2OE3A 3ERFA 3FZAA 4K7NA 2XHFA 3QDNA 4WETA 3IAM2 3BCIA 3FHKA 2VL3A 19GSA 1GTBA 1SKRB 2L4QA 2IMEA 3F4SA 4TR1A 2HSYA 3M9JA 4ILFA 3L9VA 1TP9A 4XRAA 1EP8A 3CYNA 4LLRA 3GRXA 2H76A 2OKAA 5DQSA 2GDRA 4XCSA 4J2FA 4GSSA 1M2DA 3O3TA 3UARA 3KTLA 4ZB9A 5AGYA 5J5NA 2WCIA 4NHWA 3CBUA 2TIRA 1G0TA 2VM2A 1JLWA 2GZYA 3CSJA 3DD3A 1T8EB 1EV4A 3LG6A 4NPBA 1RW1A 1SK2A 3TRQA 3ZLPA 1O85A 1VRSD 1AXDA 2GSQA 3ZITA 6GSSA 3C8EA 4IN0A 1FAAA 11GSA 2VCVA 5KN0A 4O32A 1K0MA 1WIKA 1V9WA 1B9XC 5IM9A 2H0IA 1SJZA 3VLNA 1GH2A 1O8XA 3VK9A 4N10A 4K2DA 9GSSA 1XWGA 1XWBA 1IYIA 1G6YA 3LXZA 3GSSA 4MMMA 2CZ3A 4RQRA 2AHEA 2M80A 1F3AA 1JFUA 1Z6MA 4NMUA 3GMFA 1GWCA 1NM3A 4ZL8A 1TI3A 3TJGA 4TXOB 3GYKA 3LGCA 4MZWA 1PA3A 4MF6A 3HKRA 2REMA 1AIUA 4QL9A 4XHMA 4MA9A 2H74A 4MPGA 2ALBA 16GSA 4MH3A 3TCOA 4F2IA 3ZVJD 2GSRA 2HI7A 3NZNA 2WDUA 4GXZA 3Q19A 1MEKA 3I9V2 1EP7A 2VIMA 5G2ZA 3L4NA 4RQXA 4JU5A 2IJYA 5IMFA 1B4QA 1K0AA 1FB0A 2JSZA 3MWHA 3UEMA 1F6MC 2H70A 4MF5A 5G1KA 2B5EA 3VWVA 2OBIA 5E59A 1GUMA 4ECCA 1IYHA 5C00A 4KE3A 4PQHA 3UMAA 2LRNA 3N9JA 2LUSA 5CAXA 2QC7A 1VF3A 1FB6A 4TR4A 3TJFA 1LU4A 1QQ2A 3WGXA 3QAVA 3FZ4A 5ECSA 3UAPA 1TI1A 5AN1A 1EEMA 2X8CA 2VCQA 2HZEB 1TK8B 17GSA 2R4VA 1J08A 2NBSA 3FW2A 4MH2A 3GN3A 3A2WA 2I4AA 1GSSA 4BVXA 2XBIA 2RUEA 2JZTA 3G9BA 3GA4A 3UVHA 2E2GA 4RI6A 5IO0A 2DJ2A 1TDIA 2X99A 2KHPA 1OVNA 4N30A 5CRGA 4GRFA 1TRUA 5ECPB 1DE1A 1ON4A 5FT3A 3J7Yb 3ZIVA 1U3AA 5D96A 2FWHA 2E2MA 5DALA 2JSYA 1O81A 2LRCA 2GGTA 3DXBA 1USBA 3IA1A 5D8IA 2X8GA 4KW6A 1AQWA 1OYJA 3FR6A 2V41A 3DIEA 4KGIA 1ACVA 1HQOA 2K8SA 2WJUA 2IFQA 3EU4A 3IDVA 3CSHA 1F3BA 2N5FA 4PNFA 1TOFA 2H19A 5IOWA 2K8VA 5CRDA 3FYGA 4GTUA 1M9AA 2MZCA 2H73A 3TUEA 3G7JA 4PURA 1Z3EA 4HDEA 4L0UA 1SL0B 4Q5NA 3IBHA 1OE7A 1GLPA 4XRDA 3HJMA 2WS2A 1YF0A 3O76A 5HR0A 3U5RE 3ZREA 1Z6NA 5DAKA 3S9FA 3VWUA 2MYGA 4K7OA 4ULXA 3PH9A 1WRYA 2G0FA 2WB9A 1FVJA 2XC2A 4Q5FA 5ECHB 3TJKA 2WZ9A 2CQ9A 2VCZA 4RUVA 5HFIA 2VL2C 4TN8A 1Z7RA 4MLYA 2HYXA 1PQNA 1MDJA 1ILOA 1HNCA 1T00A 5IMVA 2K9FA 1I9DA 5ECRB 2DMMA 3F0IA 3HVVA 3LJRA 4NV2A 2YPMA 2ZNMA 4WEYA 5DCHA 3KGKA 5DJLA 3E9JB 3D6IA 3ZIJA 2H6XA 2MMAA 4JZQA 4YH2A 4GQFA 2E0QA 3FZ9A 3ZFBA 2IMDA 4KB3A 1TJDA 2A4VA 3QPMA 1BG5A 4KDXA 2HE3A 2PU9C 4JBBA 1M7TA 2CAIA 2HZFA 4NHZA 1KNGA 2CZ2A 5JWQB 1WP0A 1VGLA 4Q5QA 5G1LA 3GX0A 2F51A 3TKSC 1GUHA 4IJIA 1XOBA 3F3RA 3LEFA 2B1KA 2GSTA 2MBSA 3UL3A 1OC9A 3HZ4A 5ECLB 2LKUA 3W8JA 2VL2A 2BJXA 3MNGA 4L8EA 1GL8A 2LV3A 1QGVA 2PERA 2PMTA 1XW5A 3RBTA 2HNLA 4FYBA 2A2RA 5IMAA 5FHIA 4KNDA 4MCUA 4TVEA 1AQXA 1AC1A 1AQVA 3IRAA 5IOXA 4ZB8A 3TKQA 2O87A 1EZKA 2V6KA 2GZZA 3APQA 6GSYA 2LSTA 3IOSA 1T1VA 12GSA 1O6JA 1QK8A 1EWXA 5J9BA 4ID0A 2FY6A 1AAZA 3A3TA 1DSBA 2KP1A 2B7KA 3IHQA 4CDOA 4EF0A 2R2JA 5JCWA 1W89A 4MJBA 4JE1A 3IAS2 4G2EA 1X0RA 4OMVA 4K8MA 2OJLA 3DWVA 1ZZYA 4ECBA 4WF5A 4KH7A 4DSRA 3ZYWA 2OA7A 4IQAA 1G7OA 1UC7A 3F63A 4PQIA 3KH7A 4ISDA 4HUAA 5CREA 3EWLA 2H30A 4TW5A 4I8BA 2IMFA 4GF0A 1KBNA 3VI5A 1X5DA 1Y6EA 4E8HA 1WE0A 4YAVA 2YV7A 3SWLA 4FYCA 3KJYA 2JACA 3LYPA 4MPFA 3D4MA 1WWJA 1MD4A 2VM1A 1E6BA 1XWAA 2DJKA 1SKSB 2ZCTA 3V1WA 2BMXA 1MTCA 1XOAA 2H01A 5J3RA 4N0VA 4F9ZA 2HRNA 2MBTA 4BL7A 2VLVA 3HDCA 1K0CA 1PX6A 2OE1A 5GSTA 5C04A 4DSQA 1K3OA 3A5WA 3ZL5A 1TRVA 2C80A 4EL1A 3FY7A 5AISA 1UVZA 1A2MA 1M9BA 5HFKA 4PNGA 3EYTA 6GSVA 3QMXA 4O5RA 1CQGA 4KUNA 3HXSA 4J57E 2H6YA 3IK7A 2H6ZA 2LRTA 5A4VA 3KH9A 2V1MA 1Y25A 3VURA 5A4WA 1A8YA 5G5FA 4ML1A 4YQVA 3LQ7A 4EDYA 3UBKA 5HR3A 1A0FA 2HFDA 3OR5A 3TKSE 2CAQA 4MJAA 5B7CA 5F8BA 5F07A 5IMZA 5ECQB 3ISOA 1PD21 1A0RP 4ZB6A 2LNTA 5DALB 3PGTA 3F9UA 4E8EA 3QD9A 3IPZA 1Z9HA 4EVMA 1ZMAA 2PWJA 4YAPA 3QFBC 3P8WA 4Z7XA 1YZXA 3VPQA 3ZRDA 1URMA 4POLA 1YDKA 4ECIA 3N5OA 3L9UA 5CYYA 4EUYA 2YZUA 1NHOA 1K3YA 4EDZA 3KP8A 2IFQB 1PMTA 1SL1B 2LJRA 3FR9A 1BQ7A 1HD2A 4OFMA 2CVBA 2RM6A 3KEBA 2I1UA 1GLQA 3QOUA 1GTIA 1N8JA 2BTOT 3HZ8A 4NAXA 2IL3A 4EE0A 4L0WA 3HD5A 4IP1A 1SJIA 2K18A 2D2ZA 1KTEA 1A2JA 3O6TA 2FA4A 1TKDB 3D21A 3LWAA 4PGTA 4DSSA 2RIIA 6GSXA 1XVQA 4WBRD 3NIVA 4ZIJA 3F3QA 4IGJA 5DAKB 2LEGA 3DGQA 5A5KA 3KZQA 5HR1A 4HOJA 2OBKA 3P2AA 4GSTA 3HYPA 1GSDA 3CTGA 5ECMB 3NOFA 1R5PA 3SBCA 1DBYA 4MF7A 5F05A 2C0GA 13GSA 4POKA 2J23A 2VL9A 1OC8A 2P5RA 4HJ2A 1GSEA 3TOUA 1RK4A 1NW2A 2FNOA 2RUFA 2B1LA 1PSQA 4MDCA 3QAGA 4EO3A 3RPNA 5E4WA 4F82A 1MD3A 1V57A 1OAZA 4XS4A 2PGTA 4HJMA 2C3QA 1S3DA 3W6GA 3GFKA 2C0EA 5H5SA 2VCXA 5ELGA 1LJRA 3L0HA 2GVPA 2H71A 3M0FA 1CQHA 4FYUA 2HXKA 3RDWA 5IPGA 5CRWA 3DMLA 4F0CA 1QUWA 2VO4A 1YQ1A 3EE2A 2V32A 1EEJA 2FWGA 5GZZB 4OO5A 4OO4A 4HZ4A 3CRUA 4X43A 4N0ZA 4KAEA 5G5EA 1DE2A 1XWCA 4G10A 1T3BA 1OC9B 4XS1A 3ZTLA 1X5EA 3CXGA 5D9TA 2YV9A 2AV4A 1ML6A 1T7PB 1Q4JA 4LMVA 4I2TA 3APOA 2ON5A 2DMLA 2EIRA 4I97A 1LBKA 3HCZA 2G2QA 1PN9A 2TRXA 1S3AA 4AJ6A 1TK5B 1HYUA 3KMOA 1GTUA 4K9ZA 4PX1A 3ZZXA 5AIXA 3G7IA 3VWWA 4BPYA 3QR6A 5J4UA 3D4TA 4BVYA 2YCDA 2L6DA 2MMOA 5JCUA 4QQ7A 2VCTA 4KDYA 1GSFA 3E0UA 2X8HA 3F6DA 3PINA 1K0NA 4P3YB 18GSA 4V1Ag 2L5OA 2LTKA 3Q74A 4ML6A 3TOTA 3F6FA 5B8BA 1QFNA 1TTZA 4TR0A 2F8AA 2C0FA 2MMNA 7GSSA 1BEDA 2YP6A 2AJQB 3ZMLA 2C3TA 1YF1A 3HVXA 1B48A 4TXVA 1EGRA 3QFAC 1THOA 1XIYA 2GS3A 1V98A 3HVSA 2NDOA 1TRWA 1YKAA 5CNWA 1B8XA 2WRTA 2L6CA 5HFGA 1M2BA 3F4TA 3GTUA 3CRTA 3GL3A 5EY6A 3GH6A 2C1YA 1UN2A 5D9XA 2AYTA 4K7IA 5DDLA 2WFCA 4KCAA 6GSTA 4JRRA 4EKZA 4GSNA 3M9KA 2GQMA 3EVIA 1XVWA 3F8UA 1SK1A 6GSUA 3PR8A 3WYWA 3CSIA 2KLXA 3GV1A 3DYRA 1Z7PA 4MJCA 3LXTA 2N5BA 4WF4A 2DJ1A 2DC5A 4TR1B 2H75A 4I5QA 3BCKA 4OWYA 1K0DA 2H8LA 4IBPA 4RI7A 2YZHA 5LD0A 3TKRA 4FH8A 5IMCA 1SYRA 2B7JA 4ZBBA 3GKMA 1V2AA 1ERUA 3US3A 4JR4A 3TRXA 4DVCA 2P31A 3FEUA 2E7PA 4LL4B 2YWNA 2H66A 2YWMA 4AF2A 3EINA 4MP4A 2FWFA 4BA7A 4QL7A 1HNBA 4WBJA 1Z5YE 4D73A 1PL2A 3I69A 2GLRA 5H5QA 2PN8A 2DJ3A 3HHVA 5DBQA 2H0GA 3AY8A 4AGSA 1O7UA 5CRHA 4OCEA 4HEA2 2HSHA 2GQKA 4K0GA 10GSA 1RQMA 1THXA 1BAYA 1OKTA 2DJ0A 2P0GA 2O85A 3I6AA 2CX3A 1Q98A 1T4ZA 4KA0A 4IELA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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