The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
73
|
structure length |
73
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex and implications in RNA-guided pseudouridylation and dyskeratosis congenita.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Probable tRNA pseudouridine synthase B
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| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
|
| total genus |
7
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| structure length |
73
|
| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EQN A; 2HVY B; 3MQK C; 3U28 C; 2V3M A; 3UAI C; 2EY4 C; 2RFK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XTT B; 1T8N A; 1TGC A; 4GCH G; 1C5X B; 2A5A A; 1BJU A; 3PMB B; 1EPT B; 2W5E A; 3TH3 H; 1O3G A; 3RXT A; 1HCG A; 3QX5 H; 1K1P A; 5EW2 H; 1KTT B; 2ZQ2 A; 1MU6 B; 5EJZ A; 2OBQ A; 3SJK A; 1UMA H; 1GJ4 H; 1T7C A; 5AFY H; 1HAX B; 4XE4 A; 1ID5 H; 2FOA A; 1SGD E; 5FPT A; 1C5V A; 1UTO A; 1VZQ H; 2VVC A; 3MU4 A; 3ZZ9 A; 4NIX A; 1TAB E; 1BIO A; 3UWI A; 1KXA A; 2H1U A; 3UR9 A; 3S9B A; 1Z8J B; 3PO1 C; 3W95 A; 1L4Z A; 2ZU4 A; 1GMD G; 1AIX H; 3GIC B; 1C9T A; 3SQH E; 3UUZ A; 3ZV8 A; 2F9B H; 2B7D H; 2IN2 A; 1ZMJ A; 3U9A H; 5HIZ A; 2V7Q D; 1UO6 A; 1WQS A; 2PLX A; 2JJ2 D; 3P95 A; 4UFG H; 2F3C E; 2DE9 A; 1GHX H; 1DOJ A; 1V2K T; 4RT0 A; 4E05 H; 1O32 A; 1OP8 A; 1O38 A; 4DII H; 2ZC9 H; 3C1K A; 1QZ8 A; 2V0B A; 3PRD A; 1DLK B; 4M7G A; 2YMS C; 1G37 A; 2A2Q H; 4OGY A; 1SOZ A; 4I86 A; 1O5D H; 5I46 H; 2GD4 B; 3ZVA A; 4DJZ B; 2KR7 A; 5IK2 D; 1MKX K; 5IDK A; 3P92 A; 4P00 A; 1NRQ H; 4Q63 A; 3H7O A; 4D9R A; 2HNT F; 2AH4 X; 2CN0 H; 5JBB S; 3TNT A; 1SPJ A; 3A82 A; 1EJA A; 1V2R T; 3MH7 A; 5A0A E; 1P2K A; 1CE5 A; 1YPJ H; 1MQ5 A; 1UK2 A; 1NFY A; 1O39 A; 3E16 B; 4CRB A; 3UY9 A; 1HAP H; 1Y3U A; 2P3T B; 3TLO A; 3T62 A; 2ZHQ H; 2OC0 A; 1C2J A; 1TX6 A; 1HJA C; 3E1X B; 3LJJ A; 3M5M A; 1NN6 A; 4CRE A; 3ZYD A; 2KAI A; 1C1O A; 3DUX H; 1O30 A; 2H5C A; 4O9V A; 5C5N A; 2PV9 B; 3F0O A; 2J92 A; 3UPE A; 9EST A; 1O3N A; 3H5C B; 3U1I B; 2M5T A; 1GI8 B; 1P9S A; 3RXG A; 1TON A; 2YOL A; 1P2Q A; 2H5D A; 2OC1 A; 1VGC B; 1E35 B; 1O34 A; 2ZDK A; 3DHK H; 1C9P A; 1TA2 A; 1COW D; 2A5K A; 3TJN A; 1OWJ A; 1D3P B; 2J98 A; 2Z3E A; 3K2U A; 4LK4 A; 4K2Y A; 5J4Q A; 3OSY A; 1D6W A; 2ZPS A; 1RIW B; 4I33 A; 5DP3 A; 1GJ6 A; 5C17 A; 1MKX H; 4RN6 A; 1GHA G; 1YLD A; 4Y71 A; 1AVX A; 2ZFS A; 4UE7 H; 2ZGC A; 1SQO A; 1K9O E; 4NIY A; 1MAX A; 2G51 A; 1P57 B; 1BT7 A; 1P9U A; 2HNT E; 2XW9 A; 2GV6 A; 2FIR H; 4MPV A; 5C1U A; 1ZSK A; 5T6D A; 1SOT A; 1F0R A; 1V2P T; 1EB1 H; 1SHH B; 4FUI A; 1LKB A; 1ELT A; 1ELB A; 2XXL A; 1ZHP A; 2RFK C; 4R0I A; 3SHC H; 1Q2W A; 4KTC A; 4A1V A; 4ABI A; 4ZMA H; 4DOQ A; 4MG3 A; 3TH4 H; 1TIO A; 2B0F A; 1O5F H; 1W3C A; 2ZCH P; 3DA9 B; 3UNS A; 4BAH B; 1DT2 A; 1MTN B; 3GY5 A; 3FAO A; 3VEQ B; 1TRM A; 4AYV B; 1BBR K; 1C5T A; 1G30 B; 2P8O B; 1TFX A; 3KYF A; 4YTA A; 2FI3 E; 1IHT H; 4AG1 A; 2C8Z B; 1EUF A; 3OTJ E; 4XD7 D; 3RXR A; 1WAY B; 4WF8 A; 2GZ7 A; 3A7T A; 1GJ7 B; 3Q76 A; 1UW7 A; 1BBR E; 1GI4 A; 3E90 B; 3TPI Z; 1O3I A; 3M61 U; 3SZN A; 4RKO B; 5A8X A; 1ARB A; 4ABD A; 1AU8 A; 5GWZ A; 2EI6 A; 1GMH F; 3SOR A; 1C2H A; 2G8T A; 3GYM A; 2Y5G A; 4CBN A; 1GI1 A; 1VIT F; 1YKT A; 3BTG E; 4K3J A; 1ZOM A; 4U01 A; 5JBA S; 3LDX H; 4KP0 A; 3RXM A; 2GMT B; 5F8Z A; 2G55 A; 1WCZ A; 3GDV A; 1KYN A; 3BTF E; 1UTJ A; 1GWA A; 1YGC H; 1AWF H; 1DST A; 1MBQ A; 2Z94 A; 3GOV B; 5CHA C; 3ZVG A; 4O3U A; 2PGQ B; 4ZRO A; 3LC3 A; 5F53 A; 3SU6 A; 1O3B A; 1TAW A; 2QCY A; 5EPN A; 1C1R A; 1INC A; 4X2Y A; 2H9E H; 2K0Q A; 3KQ5 A; 5GND A; 1CGJ E; 1O3E A; 1S5S A; 3URC A; 1TPS A; 5DP7 A; 3RML H; 1T4U H; 1QA0 A; 4X8V H; 4D7F A; 4U32 A; 1YY3 A; 1NBM E; 4F55 A; 2PKA B; 3T5F H; 1C5Y B; 1QNJ A; 2FO9 A; 4ABJ A; 3BTE E; 5G4B A; 1YPH C; 1BBR H; 1ZTK A; 2QAA A; 1MBM A; 3MNB A; 2XC0 A; 3KHV A; 7GCH G; 1Z8R A; 5C20 A; 1RS0 A; 3KQC A; 4ZHM U; 3BTD E; 3M7T A; 5F6M A; 3P8G A; 1IQM A; 3RC4 A; 2G4U A; 1KDQ B; 3QTV H; 5H4I B; 4Y10 E; 2BB4 A; 1JOU B; 1VGC C; 2ZP0 H; 3A87 A; 4ZUH A; 4YM9 A; 2AIP A; 1TPO A; 1SI5 H; 4U2W A; 4X1N U; 5L6N H; 1ETT H; 3M5O A; 1OYQ A; 2YMS D; 1J17 T; 4JYU H; 1C2E A; 1VKY A; 1UTN A; 4H42 U; 2W6I D; 1O3J A; 2WPK S; 4YOI A; 2BVX H; 1QIX B; 4I32 A; 1EZU C; 2Z3C A; 5PTP A; 2WPM S; 4Q7X A; 1XVM A; 2HOB A; 4WXV A; 1QQ4 A; 4BAN B; 1UTL M; 1FY1 A; 1XX9 A; 3PYH A; 1OPH B; 2FS8 A; 2Y5H A; 2TGT A; 5FPY A; 1P2J A; 3MU8 A; 2H9H A; 2VGC B; 4LXB H; 1FAK H; 1AZ8 A; 2GZ8 A; 5FX6 A; 1AKS B; 2OTV A; 2Y82 A; 1OP0 A; 1KIG H; 2OP9 A; 2A1D B; 2Z9I A; 4K8B A; 1IQL A; 4D9Q A; 1AND A; 1SGR E; 3D65 E; 1BHX B; 1TPA E; 3SW2 B; 3FOA A; 1TOC B; 3RXE A; 1DXW A; 3SQE E; 1XKB C; 1OKX A; 1BA8 B; 2FMJ A; 3PRO A; 1QL9 A; 1DWD H; 2P8O C; 4OS7 A; 1AFE H; 2OXS A; 2NWN A; 1VIT H; 1W0Y H; 3L3T A; 1AHT H; 1OWD A; 3OY5 U; 5FCK A; 4HI3 A; 1ANC A; 2VWL A; 3K6Z A; 1HUT H; 1HFD A; 1BB0 B; 2FP7 B; 2VH6 A; 2BOH B; 1HBT H; 1GJ9 B; 1BRA A; 1L0Z A; 1A3B H; 1HYL A; 2PKS B; 3HK3 B; 4BXW A; 2OQU A; 4A5T S; 1O3C A; 3QN7 A; 1Y3W A; 1EKB B; 2GMT C; 1UVS H; 1QGF A; 4MNX A; 1ZPC A; 1P2M A; 1S6L A; 1EX3 A; 2BLW A; 2C8X B; 2UWO A; 1UHB A; 1W7G H; 4DY7 B; 1O3A A; 3ZVD A; 1BZX E; 2RA3 A; 5E2O A; 1Z7K A; 3P70 B; 1B5G H; 1XXD A; 5E0H A; 2ZA5 A; 4BOH A; 3AVZ A; 1SGT A; 5JYI A; 1SGE E; 3QLP H; 4X1P U; 1GBJ A; 2THF B; 3RXH A; 5GIB A; 4O3T A; 3PTB A; 3RMM H; 2W6J D; 1HPG A; 1TGN A; 3A8C A; 2V3O H; 3ZZ3 A; 1BML A; 4NA8 A; 1X7A C; 5L30 H; 1BTH H; 3RM2 H; 2GDD A; 1BTY A; 5FAH A; 1WDI A; 3U69 H; 3ZZ7 A; 4P02 A; 4M9F A; 4DVA U; 1CVW H; 1A0J A; 1SLX B; 1YF4 A; 1SMF E; 1O33 A; 1C5Z B; 3EA9 A; 4ABE A; 1AGJ A; 1GBM A; 1AD8 H; 1OX1 A; 1QL8 A; 1TRY A; 3NRL A; 3E91 A; 1BQY A; 1GJC B; 1KXB A; 2QE7 D; 3BEU A; 1HB0 B; 2VVU A; 3MMG A; 1GBT A; 1O2K A; 5EXM A; 3UB0 A; 3W94 A; 3PLP A; 1E36 B; 3KL6 A; 2OIN A; 2IJO B; 1D3D B; 5F03 A; 3WWF A; 4DCD A; 2WV4 A; 1LVO A; 1HAV B; 1GMC F; 3NKK A; 4SGB E; 3GCH C; 3BG4 B; 2AGE X; 4D76 A; 4GAW A; 1PQ5 A; 3EE0 B; 5A8Y A; 1IQK A; 3KQD A; 1WTG H; 5A2M H; 1AQ7 A; 2ZQ1 A; 5HYO A; 4ZKS U; 1G32 B; 2ZFP H; 1O2V A; 3F9E A; 4FUG A; 3CS7 A; 4IC6 A; 4B73 A; 1AUT C; 2IOT A; 3VB3 A; 4MPU A; 3Q77 A; 2VIQ A; 2R0L A; 1RFN A; 1GBH A; 1ELV A; 3FZD A; 1FAX A; 2VIN A; 3URD A; 4AOR A; 1C2G A; 3OAA D; 5HXF A; 2VGC C; 2KCO A; 1Z71 A; 1BMN H; 2FOF A; 2PHB A; 3KEE A; 3T28 A; 2AMP A; 2D26 C; 3SJO A; 3RXU A; 1L2E A; 3AK5 A; 3F9H A; 1XVO A; 3LGU A; 2AIQ A; 1HJ8 A; 4B2A A; 2ZGX H; 3Q3X A; 3NUM A; 5EQS A; 1O2X A; 1Z8G A; 1VCP A; 1KXE A; 1A4W H; 1DDJ A; 2NU2 E; 2UUJ B; 1FY8 E; 1O2I A; 4CH8 B; 2J5U A; 4DUR A; 1GMH G; 3A7Z A; 1YPL H; 1V2Q T; 2A5I A; 2HNT C; 1VIT G; 2JIZ D; 3RLY H; 1SGF G; 1GVL A; 1THR H; 1O3M A; 1PJP A; 1PPE E; 3LT3 A; 3V3M A; 3PV5 A; 1YBW A; 1BRU P; 1G9I E; 4TSF D; 1YCP K; 2WV9 A; 2BDY A; 2SGD E; 3ZZ5 A; 1ANE A; 1DIT H; 1GVK B; 1TBZ H; 2ZHF H; 3BTW E; 5T6G A; 3SHA H; 3PO1 B; 5E0G A; 1P8V C; 1EPT A; 1S82 A; 2PKS C; 3AAS A; 5FBE A; 2ALV A; 1T8M A; 1VJA U; 2F9U A; 5HGG A; 3MH5 A; 3DSO A; 4Y6D A; 4BNR A; 1PPZ A; 1TNH A; 1NU9 A; 3T2N A; 1GDU A; 9LPR A; 1TGT A; 2KCY A; 1UVO A; 3A80 A; 1RTF B; 2EST E; 6LPR A; 1HIA B; 3FZZ A; 1ZSL A; 1L4D A; 4ZAE A; 1C5L H; 1YPM H; 1P2I A; 5ETX A; 3A85 A; 3GY2 A; 3GY3 A; 2XC5 A; 1B0F A; 4XBD A; 3UQO A; 4BAQ B; 3L6P A; 3SND A; 2ZTZ A; 4YOJ A; 4Y8X A; 2QGR A; 3A84 A; 1IQI A; 3FVF B; 4CR5 A; 5LH8 A; 1TGB A; 1C1V H; 2J38 A; 5EXL A; 1SGQ E; 1BTU A; 5EQQ A; 1O2O A; 2V3H H; 2EA3 A; 5CE1 A; 4QT8 C; 1OWE A; 1C2F A; 5HMA A; 1TBQ H; 1YPE H; 1QCP A; 2TGA A; 3AW1 A; 3RXD A; 4OS5 A; 1EZX C; 1YCP H; 3HK6 B; 4INK A; 1K1N A; 1H8D H; 1ESA A; 2EI8 A; 1GCD A; 2M2A A; 4AGJ A; 2OC8 A; 4TY7 A; 4I8G A; 4WMF A; 2WPJ S; 2FOB A; 4YZU A; 2PUQ H; 3OEH D; 3KNX A; 4RSP A; 2BXT H; 3BG4 C; 1WV7 H; 5JB8 S; 1XM1 A; 2GJG A; 1K28 D; 1ABJ H; 4EST E; 5EJ1 A; 1ETS H; 5FXL A; 3T27 A; 5C1X A; 2ZFT A; 2B5T B; 1FN6 A; 1KLI H; 1FDP A; 1RD3 B; 3EYD A; 1NFX A; 2WPL S; 2SGE E; 2L74 A; 1EZQ A; 2NU0 E; 2AEI H; 1GHB F; 1FNI A; 1THP B; 1PPH E; 1NO9 H; 1K1M A; 2BQW B; 1L1J A; 4ZXX H; 1ANB A; 2STB E; 5JBT A; 3S9A A; 2A7J A; 2CF8 H; 2QF5 A; 1CSO E; 1XUH A; 4B6F A; 1P03 A; 3OU0 A; 4A1X A; 4CHA B; 2XCF A; 1GL0 E; 5C3N A; 3FFG A; 1K22 H; 3DSP A; 2A7C A; 3E6P H; 3EA7 A; 3GY8 A; 3OX7 U; 4BAK B; 2GP9 B; 3SUE A; 2YNA A; 1P05 A; 3A81 A; 5BRR E; 1UTQ A; 1GBL A; 2BYA X; 1NC6 A; 4LOY H; 1FQ3 A; 4B71 A; 3PLB A; 2R2M B; 5E8E H; 4IMQ A; 2KM0 A; 2CXV A; 3TH2 H; 4FVD A; 1QFK H; 4CRF A; 2SGP E; 5GJ4 B; 4FUB A; 1SGI B; 2FOM B; 1HJ9 A; 3N7O A; 4UD9 H; 1NS3 A; 1F5L A; 1A0L A; 1MD8 A; 3M3T A; 3QZQ A; 5EQR A; 2WPI S; 2ZDA H; 4XSK U; 2FES H; 1NTP A; 3PRB A; 4Y76 A; 2CV3 A; 1CU1 A; 4LZ1 H; 3BG8 A; 1LPK B; 3EAJ A; 7LPR A; 2CJI A; 2LP6 A; 1LHE H; 3TIU A; 2UWL A; 2O8T A; 1F0U A; 1GI0 A; 3SU0 A; 5I25 A; 1QL7 A; 2WYG A; 2HWL B; 4ISH H; 1W0K D; 3HGP A; 2QXJ A; 2TIO A; 3EST A; 1GJD B; 1FN8 A; 5C67 A; 4IS5 A; 3DSG A; 8GCH F; 1O3O A; 1PPC E; 1V2L T; 2LNC A; 1PYT C; 4X8S H; 1UCY K; 1S85 A; 2Y5F A; 1ZRK A; 3GDS A; 4A92 A; 2QF4 A; 1BCU H; 3HGN A; 1G36 A; 1BMF D; 4B76 A; 3SBK A; 2ZTY A; 3LPR A; 5CHA B; 3A8A A; 2JET C; 3RC6 A; 5EXN A; 4KEL A; 1S6F A; 1A7S A; 2GT7 A; 2B8O H; 1ZGV A; 1SGY E; 2FOH A; 2I6Q A; 1GMC G; 3LH3 A; 3QWC H; 4ZKN U; 2AFQ B; 1KSN A; 4JZI A; 1V2T T; 1OYT H; 4A6L A; 3JZ1 B; 4YT6 H; 1FY3 A; 4WWY A; 3VB7 A; 1O5A B; 3O8D A; 1XKA C; 1LVB A; 1SVP A; 1C5W B; 1Y5B T; 2WPH S; 2W7S A; 1SL3 A; 1ZSJ A; 4ZH8 A; 1MTU A; 2BVR H; 3A86 A; 1DLE A; 3SUD A; 3UNQ A; 1Y5U T; 5FPS A; 2HPQ H; 4OS2 A; 1AO5 A; 4Z1M D; 2RG3 A; 3MO3 A; 3TK6 A; 1HAY B; 2C3S A; 1RRK A; 1Z1J A; 3LGI A; 1YP9 A; 5ABW A; 2ZNK H; 3CEN A; 5TJX A; 1KXD A; 2W3K A; 1SGP E; 5A8Z A; 1O5B B; 2P93 A; 3F9G A; 1Y3X A; 1UVT H; 2ANY A; 1J8A A; 2I6S A; 2A4Q A; 2QN5 T; 1GGD B; 1K1O A; 2ZFR H; 1A5G H; 2ZG0 H; 5FHT A; 2PKA A; 1UCY H; 2HGT H; 4JCN A; 1YCP M; 4AFS A; 2ZU2 A; 3I77 A; 1V6D A; 1K21 H; 1GI9 B; 1NFW A; 2NU3 E; 3QGJ A; 4NA9 H; 1XUJ A; 2ZU5 A; 2AER H; 1Y59 T; 1XUF A; 2FTM A; 2WPD D; 2A32 A; 2PR3 A; 2ZFF H; 1TYN A; 4FU9 A; 4CHA C; 3A7X A; 3MO9 A; 1KDQ A; 4IBL H; 3RXO A; 3F6U H; 4IC5 A; 1FPC H; 1V2M T; 1YPG H; 1FI8 A; 3Q00 A; 1NBM D; 4MNV A; 2WIN I; 3RMN H; 2Y7X A; 2P3F H; 4HTC H; 1C1Q A; 1G3B A; 4SGA E; 5AFZ H; 2TBS A; 4TWY A; 3M5L A; 3JZ2 B; 3RXL A; 3UR6 A; 1CGI E; 3EDX B; 4E7N A; 4B2B A; 3ZZD A; 1S83 A; 2F43 B; 5J4S A; 1SKY E; 1IQJ A; 1GBF A; 1XUK A; 2BY5 X; 2ZGJ A; 1BTP A; 4NIW A; 3U8O H; 4OM9 A; 4ASH A; 1O2R A; 3CP7 A; 1SG8 B; 2PSY A; 3SV6 A; 3K65 B; 4CRG A; 4THN H; 1LQD B; 1J15 A; 3N7E A; 2PGB B; 2WUB A; 3BTQ E; 3V0X A; 1H9H E; 1HNE E; 2FX6 A; 5DO4 H; 2PWX A; 1QHR B; 2ANW A; 4K60 A; 1TNG A; 4NFE A; 1WUN H; 5DSF A; 1LHG H; 3NK8 A; 1PPG E; 3F68 H; 1TMU H; 3VGC B; 1O2L A; 2BDB A; 2Q1J A; 3PB1 E; 3V12 A; 5AF9 H; 2CK3 D; 4I31 A; 4Y11 E; 1O5C B; 4YLQ H; 1GHY H; 2ANM H; 1T4V H; 1P12 E; 1C5Q A; 3DD2 H; 2XWB I; 1P01 A; 1JWT A; 3A7V A; 2KCP A; 1CHG A; 2G00 A; 3TJU A; 2BLO A; 2FEQ H; 2ILN A; 1C4U 2; 2ZKS A; 2KAI B; 4X2X A; 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