2FA8A

Crystal structure of the putative selenoprotein w-related family protein from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
86
structure length
86
Chain Sequence
TKPRIAIRYCTQCNWLLRAGWMAQEILQTFASDIGEVSLIPSTGGLFEITVDGTIIWERKRDGGFPGPKELKQRIRDLIDPERDLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Putative Selenoprotein W-related family Protein from Agrobacterium tumefaciens
rcsb
molecule keywords hypothetical protein Atu0228
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
total genus 22
structure length 86
sequence length 86
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10262 Rdx Rdx family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2fa8A00
1R5AA 5G5FA 2BJXA 4AJ6A 3H8QA 2DJ0A 4BWQA 4OFTA 4F2IA 4PQIA 3FR9A 6GSTA 3KM6A 2VCZA 3ZIVA 1RQMA 1E6BA 4BWSA 5CO3A 4FYCA 3UIWA 3GURA 2H72A 2NBSA 5IO2A 1F37A 2KLXA 1GTUA 2LRTA 2LUSA 4OCEA 5L71A 2EIOA 3F0IA 4ZILA 1WJKA 2VOCA 3IK9A 1ACVA 4ZL8A 3TCOA 2HFDA 4JU5A 1GULA 5D73A 4XRAA 2IMIA 3HY2A 5DALB 3HJMA 1TRVA 2VM2A 4RQRA 1Z6NA 2H0IA 4X0XA 4OMVA 3VWVA 1PN9A 1SD9A 1ERUA 2DIZA 2IL3A 1WE0A 2VLUA 2XBIA 1O73A 1O7UA 5INYA 5J41A 3P7XA 5J3RA 2VUPA 1T00A 3GKXA 1OC8A 1XBSA 1XW5A 4KGIA 1B4QA 1EV9A 4KCEA 5ECPB 4EXJA 2R37A 1XOBA 3TKSC 4V2NA 4MA9A 4CW9A 4DVCA 4KDXA 3FYGA 3ISOA 5H5QA 3P90A 5C00A 1PRXA 5GZZB 1E2YA 6GSUA 5G1KA 4ZB9A 3E0UA 1H75A 2K9FA 1OKTA 3F9UA 1UN2A 2CVDA 4IJIA 3NIVA 3F3RA 1RW1A 3DYRA 2PERA 3DMLA 2LNSA 1PKZA 3TRXA 5HR3A 1T1VA 1XWAA 3SBCA 1GTAA 5HR2A 1I5GA 3WD6A 2I3YA 4G2EA 2AB6A 1SK2A 4IGJA 2CA8A 3Q6OA 3FR3A 1ZL9A 4DSRA 3F4RA 1OC9A 1M0UA 4N0VA 2PU9C 3GSTA 4AF2A 4LA1A 1SL2B 4KB3A 3FKFA 3HA9A 3M1GA 3TKQA 1ZMAA 2K8VA 5G1LA 5IMFA 1VGLA 1YF0A 1SYRA 1IYIA 2V6OA 1TK8B 12GSA 1O85A 5G30A 2H70A 4TR1B 4IVFA 4GQCA 4WF4A 4GLTA 1T3BA 3L4NA 3HJPA 3IK7A 2F9SA 2VL2C 4HDEA 4AJ7A 2C3TA 2N5FA 3MWHA 2C0DA 2H1GA 2AJQB 2VD1A 3CXGA 4KUNA 2V32A 1X0RA 2EC4A 4ZBAA 1TI1A 4MK3A 4TRXA 3OR5A 2DLXA 2OJLA 5KN3A 4MPGA 2DBCA 1ON4A 4I97A 4BA7A 4V1Ag 2O87A 1OYJA 1SKWB 3KP8A 1X5EA 4KA0A 2CX4A 1J9BA 3GH9A 2PUKC 1PMTA 3TOUA 4XHMA 4JRRA 4MABA 3TDGA 4L8EA 2VD0A 3ZMKA 1FO5A 3D0ZA 4KNDA 1K0AA 2L5LA 4CHSA 1SL1B 3H79A 4K8MA 4D73A 3F63A 2FHEA 3MSZA 4NXIA 4MZWA 2FNOA 2I1UA 1IYHA 3RPPA 1GUKA 2MBTA 4HQSA 2XC2A 3M8NA 1JHBA 1TDIA 2HZEB 3UJ1A 3LJRA 4ECIA 2VO4A 2X8CA 1AQVA 16GSA 4ILFA 2YPMA 4XCSA 3P8WA 4YQUA 1A2JA 2IIYA 1BEDA 2AAWA 3QFBC 4WETA 2LQOA 4CDOA 1YJ6A 1YKAA 2L6DA 4KDUA 2V41A 3IAS2 4J56E 1NM3A 4G10A 2J23A 1A2MA 1GSSA 3EURA 1U6TA 5G2ZA 1XWBA 1Q98A 5JWQB 3ZREA 2YV7A 2QGVA 3ME7A 3LFLA 4IELA 3TKPA 1FG4A 3D4TA 4LMWA 1A0RP 5F06A 3QAGA 3ZL5A 1VF2A 3Q18A 3CSHA 2FCHA 1Z6MA 1LJRA 1Q4JA 4AJ8A 4HJ2A 3L9SA 5B7CA 3EINA 1GTBA 4PX1A 1HNBA 3S9FA 3A2XA 3I69A 1JFUA 4PQ1A 1EGOA 2YZHA 1SKSB 2OE3A 1YZXA 1NHYA 3GTUB 1A24A 2IFQA 3FZ9A 4IQ1A 2KP2A 3ZVJD 3KMOA 1X9SB 3EC3A 5LD0A 1M9AA 3IE3A 1BQ7A 2YWOA 3QDNA 1SENA 2JACA 3IV4A 2FWHA 5G31A 4OD7A 4J57E 1QXHA 1A8LA 4F03A 1FB0A 1TRUA 1LU4A 3CRTA 2JADA 1WWJA 2I9HA 5EY6A 3EU3A 2HYXA 3H1NA 1GLPA 1I9DA 3D4MA 2C0FA 3MDKA 4I6XA 3HVSA 3DWVA 1ABAA 1R4WA 3N5OA 1XCCA 3KCMA 2CVKA 3C73A 3TRPA 2BTOT 3CMIA 3ERWA 4Q5RA 1USBA 3FK8A 1EGRA 4N11A 3UBLA 3C1RA 5H5RA 4GCIA 2PPTA 2WCIA 5J4UA 1UC7A 3GUSA 4GTUA 4I2TA 2P5QA 2LEGA 2GGTA 1K0NA 2FY6A 3DD3A 4XS4A 3LGCA 5HFKA 4IBPA 3CTFA 1DE2A 4NWYA 3KEBA 3F6DA 2LRCA 3US3A 3G7IA 5DCGA 5CYYA 5EVOA 5B6MA 1KBNA 4F82A 1EV4A 1T4ZA 5EPFA 3L78A 1PD21 1WMJA 2YOIA 2B5EA 3VWXA 1J0FA 2YJHA 5DQSA 5JWRB 4JEDA 4ZL9A 1M2AA 3D21A 3GNJA 1EP7A 3J7Yb 3I43A 5JCWA 2GSTA 2C0GA 4OFNA 2DJ2A 4WEYA 4P3YB 2VCVA 3DXBA 4DEJA 3LYPA 2HSYA 3A2VA 5HR1A 1HQOA 3M9KA 2VLTA 1G0TA 2I81A 3HDCA 5HR0A 2ON5A 3K8NA 2FLSA 3TGZA 2YV9A 1AXDA 5FT3A 2IPAA 3GHAA 4QL7A 1MDIA 1CQGA 2GLRA 1O81A 2VM1A 2ON7A 2L59A 2GDRA 4FIWA 4MF5A 2HNLA 3IRAA 2GQMA 3QOUA 4JR6A 2FUG2 4D73B 1TK0B 4OFMA 4JE1A 1V58A 2HI7A 2IMDA 5B8AA 2M80A 2LSTA 1XWGA 1AW9A 4K7OA 3QAWA 1G6WA 1ERWA 5ECQB 2F51A 1PQNA 2JL4A 3KIJA 2R6KA 1S3CA 1JZRA 3C7MA 1W4VA 4BL7A 3EU4A 2F8FA 5F05A 3KXOA 4NV2A 4K7IA 2YJ7A 3M9JA 3VPTA 2YCDA 6GSVA 4FH8A 2GQLA 3L0HA 2VL3A 5D96A 4RI7A 2YP6A 4O32A 1F9MA 4HS1A 2VCWA 3LG6A 1S3DA 2V1MA 3GL3A 1O8WA 2GS3A 4EKZA 4F0CA 5IM9A 5HFGA 2I4AA 3KP9A 1XIYA 3E9JB 3ZMLA 2DJ3A 4KDYA 3A2WA 1TU7A 4PXOA 4TR3A 3PINA 3O3TA 5ECRB 1GUMA 1KEBA 4ECJA 3D6IA 3TRQA 5D9XA 3W6GA 1GUHA 1WIKA 4PQHA 4EO3A 4IJ3A 1DE1A 2QSIA 1MDJA 3HHVA 3KTLA 4MJEA 1EZKA 2WJUA 3GYKA 2H71A 4ECCA 4O5RA 4IKHA 2P0GA 1M2BA 2IFQB 1G6YA 2LJRA 1G7EA 4HQZA 1U87A 1QK8A 5A4WA 3D5JA 1FAAA 5DAKA 1YEXA 3A3TA 3U6VA 2L4CA 2L5OA 4JR4A 2O7KA 1F3AA 3GKNA 5HQPA 9GSSA 4MH3A 1X9MB 4WF5A 1A8YA 3WT1A 3TOTA 1XWKA 3G7YA 2C80A 2VLVA 1B8XA 1A0FA 2LQQA 3RPNA 1SYXA 3HJOA 3FRCA 2VL9A 1PA3A 4MH2A 3A5WA 3IA1A 2MMNA 1MD3A 4TR4A 2FA8A 1SJIA 2PVOC 3TJGA 2PGTA 2FWFA 2KUCA 2DJKA 2YZUA 5D93A 5JWOB 2K6VA 5GSTA 2B5XA 3GKKA 3VPQA 5F07A 4XS4B 1TXXA 3DRNA 2EIRA 3F4SA 1F6MC 4ZB6A 1JLWA 3EYTA 4MJBA 1OE7A 4GSSA 1VF4A 2REMA 3NZNA 5IOXA 2C3QA 5A5KA 4POBA 2ZCTA 1NW2A 3DVWA 5IPGA 2FD3A 2RM6A 4DSSA 1YF1A 1BX9A 4TKYA 3LYKA 2H66A 4FYUA 1R26A 4WBJA 1EEMA 2AHEA 1WRYA 4JBBA 3RDWA 5CP1A 5KN2A 4TXOB 20GSA 3ZYWA 2FWGA 4IP1A 5JCUA 1R5PA 3G9BA 1K3OA 3RHCA 5DDLA 2CZ3A 2P5RA 2LNTA 2FWEA 4XS6A 3WGDA 2KHPA 3GSSA 2B3SA 4KE3A 2IJYA 3I6AA 1FOVA 5IMVA 2C8UA 2TIRA 1YY7A 3I9V2 5ID2A 3UMAA 1TTZA 3LSZA 1PX6A 1EWXA 4L0UA 4ZL7A 5CRWA 1V2AA 2HE3A 3FZ4A 4DSQA 1C72A 1GL8A 2GSQA 3P2AA 1DBYA 3M0FA 1A2LA 1W89A 3TKSE 3VWWA 1ZZYA 3CRUA 3R2QA 4OWYA 1TK5B 1OAZA 3GX8A 3KH7A 1XOAA 2IN3A 5J9BA 4EDYA 2LS5A 3GN3A 4IW9A 2IWTA 1ZYQB 4HJMA 1H4OA 3H93A 1FVJA 2A2SA 2X99A 3QFAC 2Z9SA 4HUAA 5D9TA 5ECHB 1SK0A 3CSIA 4KH7A 22GSA 1TRSA 3GX0A 3FZ5A 3ERFA 3KD0A 3Q19A 4BPYA 1GH2A 4XRDA 4O92A 4MCUA 2LKUA 2DJ1A 1QQ2A 4HU7A 4QQ7A 1YEPA 1MTCA 1X5CA 4YAPA 2VAFA 6GSSA 4FYBA 1OE8A 4GSTA 4POLA 5ECLB 1QMVA 2H1AA 2NDOA 4GF0A 14GSA 3KMNA 1GNEA 3CBUA 4PUAA 3FR6A 2O89A 5KEJA 1B48A 1XW9A 2P31A 3DIEA 3IAM2 2IMEA 2NPBA 2HT9A 1YQ1A 2YWNA 3BJ5A 4YQVA 4IQAA 2H76A 3CSJA 4V2LA 1Z3EA 4I5QA 2LV3A 3FY7A 1PKWA 4EVMA 1XVWA 5DJLA 2B5YA 3VWUA 1U88A 1SL0B 1GNWA 3QCPA 1ILOA 1K0CA 3MNGA 3GH6A 4HI7A 3DEXA 4MZBA 1SK1A 3KTBA 4HEA2 1CQHA 5DAKB 2GSRA 1GTIA 5LNKe 2YWMA 4XIHA 5D8IA 3HXSA 1GSYA 4MPFA 3C1SA 1OKDA 1QFNA 3FZAA 4ZXGA 2F3MA 2OA7A 4QL9A 3BCIA 5GAND 3F8UA 10GSA 5AISA 2D2ZA 3IOSA 4E8HA 4ID0A 5IIZA 1OC9B 3CYNA 4X43A 2LJKA 5CRDA 2HXKA 1JLVA 4MLYA 6GSYA 2XHFA 4POMA 13GSA 5COHA 1O8XA 2MMZA 5ENUA 1RK4A 2QKEA 1ST9A 3ME8A 2ZNMA 1FVKA 4OO4A 1AQWA 2WDUA 4MDCA 4TR1A 5IMCA 1GWCA 2YNXA 2CQ9A 3GKMA 3IBHA 4WKWA 3IC4A 2H30A 4NHZA 1PSQA 2RIIA 1TJDA 3HZ8A 4YAVA 5DJMA 2PBJA 3UEMA 4Z7XA 2HSHA 2XPDA 4L0WA 4GWRA 1XXUA 1K0MA 2M46A 3VFIA 2GQKA 4WR4A 1EOGA 5ECSA 2WGRA 2WB9A 3FEUA 4H86A 2OADA 4KW6A 1T4YA 2H6YA 1MDKA 1Z7PA 4WXTA 1QUWA 3ZLPA 1PX7A 2B7JA 1V98A 3TB2A 1DUGA 2V2GA 3IR4A 1V40A 3VI7A 1Z9HA 2CAIA 1URMA 4PGTA 2IMFA 2AUVA 3E3EA 5ECNB 5A4UA 4EUYA 4MF7A 3J7Yk 1VF1A 2GVPA 3VLNA 3TUEA 2H74A 4WBRD 2E2GA 2JSZA 5ID2B 2MBSA 1TP9A 2G0FA 4KSMA 3BCKA 5E4WA 2B1LA 3GV1A 4LL4B 2ZUPA 4GRFA 1UVZA 5FHIA 8GSSA 2GTUA 3HZ4A 5B8BA 1XZOA 3AY8A 3QMXA 3ZVJA 3HVXA 1PL1A 4TVEA 4PURA 1TOFA 3EMPA 4FO5A 4GQFA 5AGYA 1HNCA 3GA4A 1K0OA 3IHQA 4NMUA 4TN8A 2DMMA 3KJYA 1WOUA 2DJJA 1ERTA 1OC3A 4KSOA 4EE0A 3ZITA 1F2EA 3WGXA 2X8GA 3ERGA 3IXRA 4IP6A 1EP8A 2AV4A 1XWCA 4TW5A 1A23A 5CNWA 4OCFA 4KX4A 5D9WA 4ML6A 3KGKA 1PGTA 3O76A 1XW6A 4AGSA 2PN8A 2C0EA 1GRXA 1B4PA 4NHWA 3TKRA 4ZB8A 4RI6A 5DVBA 1DSBA 5IQYA 2CVBA 3GMFA 1R7HA 2VCQA 1AAZA 5AIVA 3DKSA 2F8AA 1SJ6A 3TJFA 1ZCPA 1Z7RA 1J08A 2E2MA 3HD5A 1FW1A 2BMXA 2H0GA 2A2RA 3GFKA 1JZDA 2DIYA 2JSYA 4I8BA 1Y25A 2YWIA 2O8VB 4GXZA 4O7HA 1WPIA 3HYPA 4LL1B 3KZQA 3GTUA 4TR0A 2E0QA 4X1UA 2OBIA 2H19A 3HVVA 3PH9A 4NAXA 1GSUA 1GSEA 4L5OA 1WP0A 2XBQA 2H6ZA 2GSSA 3L9UA 5JCGA 4TXVA 2H01A 1K3LA 1U3IA 4K2DA 5AN1A 3DVXA 2GZZA 1BAYA 2H1BA 3APOA 1FB6A 2HZFA 2MYGA 2B1KA 3C71A 2RM5A 1KTEA 2FA4A 3ZZXA 3EE2A 2C4JA 2H8LA 3O6TA 5IMDA 5ABRA 1ML6A 3UAPA 4EL1A 4F9ZA 2M72A 1KNGA 3HKRA 2AYTA 1U3AA 5DCHA 3H4KA 4IN0A 3VI5A 4L5LA 1SJZA 19GSA 1XVQA 2R2JA 3BBYA 1TU8A 2X64A 1UA5A 4ECBA 1TRWA 2OE0A 5FWGA 2R4VA 4LMVA 3IDVA 3ZFLA 3F4TA 5G5EA 2VCTA 3LEFA 5ECOB 2GZPA 4MP4A 3ZRDA 5F8BA 1TI3A 1AC1A 3LORA 4HOJA 1YKCA 1ZOFA 17GSA 4TOPA 4KAEA 2OKAA 4MJCA 2MZCA 3SWLA 4E8EA 3EWLA 3QR6A 2B7KA 2H6XA 3UARA 3LQ7A 4IHUA 2H1DA 2PVQA 4HU9A 5CREA 2PWJA 5EL8A 4ZBDA 3WT2A 3IPZA 3EVIA 2HRNA 2JZRA 3EMXA 1JZOA 2WRTA 4G9HA 4N0ZA 5IMZA 4MF6A 3WYWA 2WFCA 4GSNA 2H0HA 1B9XC 5LCZA 2PMTA 1G7OA 1AUCA 3NOFA 3JCML 7GSSA 5F0GA 2K8SA 3ZFBA 2WS2A 4MZCA 2MMAA 3KH9A 5IPHA 4EDZA 1M9BA 2HRFA 5CAXA 4POKA 4WR5A 4LLRA 1Z5YE 1GSQA 1MEKA 3UL3A 3PGTA 1TW9A 3L9VA 11GSA 3U5RE 1M99A 1HNAA 4ISDA 3TJBA 1K0BA 2KP1A 1QGVA 2A4VA 3ZIJA 3RAZA 2WZ9A 5DBQA 2VIMA 3W8SA 1N8JA 3UOMA 2E7PA 4F0BA 3ED3A 3BOAA 3MAKA 3TKSA 1THOA 4EF0A 2LTKA 4EC0A 5ELGA 1NHOA 4K7NA 4BVXA 4K9ZA 1V9WA 1TKDB 1F3BA 1SKRB 4I2UA 3F3QA 3LXTA 2C1YA 2L4QA 2YN1A 4BVYA 2TRXA 1N2AA 5CRGA 2WULA 4Q5NA 5D9VA 3VURA 6GSXA 4ML1A 1YDKA 3WGEA 5DALA 2V6KA 5ECMB 4Q5QA 3UVTA 2RUFA 1O6JA 2EIQA 1JZWA 2X8HA 2YANA 4JZQA 3V1WA 3QAVA 5A4VA 4PNFA 1THXA 3QD9A 5J9CA 5KN0A 2N5BA 2N5AA 3FHKA 2L6CA 3VK9A 2C3NA 1GLQA 1BG5A 3DGQA 3D22A 2NVLA 3TJJA 2KOKA 2H73A 2XPEA 4NV5A 5ECIB 3LWAA 3GRXA 1X9WB 5ECKB 4MJAA 1T7PB 1ZYEA 5HFIA 2QC7A 3PR8A 3HCZA 5KN1A 2G2QA 5AIXA 1HD2A 2VCXA 2R3XA 4K0GA 1EEJA 1V57A 3RBTA 1BYEA 2K18A 4OO5A 2VL2A 3ZTLA 4YH2A 5H5SA 1K0DA 2H75A 4KCAA 2L57A 4NPBA 4ACSA 4RQXA 2DC5A 2JZTA 4V2MA 4RUVA 1LBKA 3RHBA 2HLSA 4HZ2A 3APSA 1OVNA 3G7JA 2JU5A 2OBKA 5ELAA 3M3MA 2CV4A 5GAPD 4N10A 2GZYA 5IMAA 2J9HA 2IMKA 1GSFA 4N30A 2TRCP 2DMLA 1BJXA 2CZ2A 1XFLA 2CAQA 3CTGA 2ALBA 4G19A 4IS0A 1HYUA 2B6MA 18GSA 3UBKA 1Y6EA 3LXZA 2GT5A 5J5NA 1PL2A 2R5GA 4V1Ap 2O85A 2LRNA 1ERVA 5GSSA 3GIXA 4K1FA 4YQMA 3GL5A 2OE1A 2FGXA 2LJAA 5E59A 1X5DA 1T8EB 5CRHA 1K3YA 1GP1A 4DSSB 2RUEA 4ZIJA 5C04A 4MMMA 1XPVA 1SD8A 2DSAA 4XS1A 1B9YC 2NTOA 4ZBBA 4HZ4A 1FHEA 4TXOA 3UVHA 3W8JA 1EOHA 1SU9A 3FW2A 2GT6A 4Q5FA 1ZGNA 1NSWA 3Q74A 3QPMA 1MD4A 2ES7A 3N9JA 4PNGA 5IOWA 1S3AA 1AIUA 3BD2A 2CT6A 1VF3A 2MMOA 5DQYA 3TJKA 3C8EA 1VRSD 5B6NA 3APQA 4K0NA 5IO0A 4K6XA 1M7TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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