2H30A

Crystal structure of the n-terminal domain of pilb from neisseria gonorrhoeae
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
ATVPHTMSTMKTADNRPASVYLKKDKPTLIKFWASWCPLCLSELGQAEKWAQDAKFSSANLITVASPGFLHEKKDGEFQKWYAGLNYPKLPVVTDNGGTIAQNLNISVYPSWALIGKDGDVQRIVKGSINEAQALALIRNPNADLGSLKHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Thioredoxin Domain of Neisseria gonorrhoeae PilB Can Use Electrons from DsbD to Reduce Downstream Methionine Sulfoxide Reductases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
molecule tags Oxidoreductase
source organism Neisseria gonorrhoeae
total genus 41
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 1.8.4.11: Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase.
pdb deposition date 2006-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2h30A00
5C04A 2C0GA 1GH2A 1F3AA 2CA8A 2VM2A 3I9V2 3S9FA 5FWGA 3KXOA 5AN1A 3US3A 4MLYA 3E3EA 5D9WA 1OE8A 4XS4B 3QDNA 4XIHA 4F2IA 1GSFA 3CTFA 4MF7A 4HDEA 4BPYA 4XHMA 3FEUA 5J5NA 4IJIA 3LFLA 1X5DA 4EXJA 1SL0B 4LL1B 1F9MA 4ISDA 3FZAA 2PERA 3HZ4A 1KBNA 2AB6A 3UIWA 3CSJA 3KP8A 1TXXA 4FIWA 1X5EA 4JEDA 2LRTA 2LUSA 2DJ2A 1Z7RA 1B9YC 3N5OA 3RAZA 2C3TA 2H74A 5HR0A 4X0XA 2FWGA 1SU9A 3GMFA 1M9AA 1T00A 3LORA 1X9MB 1SKWB 4OD7A 3IPZA 4ZB9A 2V32A 2ES7A 4GCIA 4O32A 1NW2A 4L5LA 4HS1A 3UAPA 2WCIA 3Q19A 1UC7A 3GTUA 14GSA 2NTOA 2CX4A 2KHPA 4K2DA 4EKZA 2JACA 3EMXA 4ZL7A 1M9BA 4N11A 1A2LA 2RM5A 1ZL9A 1GSUA 1WPIA 1XXUA 2V1MA 3NOFA 4K7NA 3U6VA 1CQGA 4ZBBA 1SENA 4K7OA 2FY6A 3SBCA 2C80A 2H0IA 5DALB 4NV5A 2B1LA 3PH9A 2KLXA 2RLIA 3WT2A 5IMZA 2KOKA 5LCZA 2KUCA 2C1YA 1WP0A 1E6BA 1M2BA 4XRAA 1V9WA 1TOFA 3ZZXA 5D73A 2RM6A 3DGQA 4ZXGA 3FZ4A 5KN0A 2VL9A 1XOAA 2HRNA 1YZXA 2X64A 2GQKA 4E8HA 4BL7A 3WYWA 3W8JA 3QAWA 2XBQA 4LMVA 3FR6A 3TB2A 5ECHB 5JCUA 3JCML 1OC9B 2EC4A 3UOMA 1IYIA 1Y6EA 1KEBA 3HHVA 4WKWA 4HJ2A 2IMKA 2CZ2A 4J57E 4OCEA 1YDKA 2OE1A 1LU4A 2V6OA 1GTUA 1GSDA 3ZFBA 4KB3A 4WF4A 3O76A 1A23A 5G31A 2ZUPA 4EO3A 2IL3A 3BOAA 2XC2A 3A2XA 3TCOA 4TR3A 2LKUA 2WZ9A 3GNJA 4HZ4A 2I3YA 5D9XA 3HJMA 3QMXA 2ZNMA 3TRXA 2H76A 5DQYA 2ALBA 3VK9A 1ERUA 4CHSA 1A0RP 13GSA 3D5JA 1ERWA 4YQVA 4POKA 5IMFA 2RUEA 1HYUA 3GN3A 2K8VA 11GSA 4ACSA 5B8BA 3M3MA 4YQUA 1XPVA 1OVNA 1JLVA 2FWEA 2OBKA 4MJAA 2C8UA 2OBIA 1B48A 2IWTA 2O89A 3ZVJA 3KEBA 4ECBA 2DIZA 3CTGA 2K18A 2LJKA 4GSTA 4KNDA 4PNFA 2YNXA 22GSA 4NAXA 2YANA 2OE0A 5G1KA 2B5EA 2IIYA 3L0HA 2DBCA 2GDRA 5AIVA 3IV4A 4PQ1A 1F3BA 1N2AA 2IJYA 3M0FA 3D6IA 1XOBA 3QR6A 2FWHA 3IE3A 3MSZA 4F03A 4MA9A 3NIVA 4NHWA 5H5RA 4AF2A 1QK8A 1SYXA 2XPEA 2GGTA 1S3DA 4MJEA 4NHZA 3L9SA 2I4AA 4YAPA 4ZB6A 5ID2B 1DE2A 2MMAA 1ACVA 5B8AA 4AJ7A 1U3IA 4KDYA 2IMEA 5J9BA 4V1Ag 2NPBA 1VGLA 4V2MA 5CRGA 2P31A 2CAQA 5DCHA 1U87A 3P90A 2OA7A 3F4TA 1YF1A 1QQ2A 3FZ5A 3CRUA 3KH7A 1A8YA 3GX8A 2PU9C 4V1Ap 2DJ0A 1NM3A 3CBUA 1RK4A 2CVKA 4MK3A 1GTIA 1J0FA 1VRSD 1TW9A 4F9ZA 4WETA 4K1FA 2GQMA 3OR5A 1H4OA 2YJHA 4EDYA 2VUPA 4KW6A 5ENUA 2RUFA 1S3AA 1JZRA 5IO2A 4RQXA 5HFGA 5DDLA 5F8BA 1TU8A 3TKSA 4IJ3A 2H19A 2HI7A 3LWAA 4IP1A 2EIOA 3I69A 1GNWA 3TKRA 3ERWA 3EVIA 4NXIA 2AJQB 4JBBA 1ABAA 1S3CA 3LXTA 4Z7XA 5D93A 2G2QA 1SJIA 2CQ9A 3GL5A 5ECMB 1XFLA 3KD0A 1VF1A 2ON7A 3IBHA 3DMLA 4D73B 1Z3EA 1K0BA 5DQSA 4ZIJA 4OMVA 3BD2A 1EGRA 3MWHA 5ECQB 2HYXA 4MPFA 1AC1A 4MZCA 4KAEA 4MP4A 1XBSA 3WD6A 1TRVA 1PX7A 4EE0A 2R3XA 2PVOC 2LSTA 3MDKA 3LQ7A 4IQAA 4LMWA 3O3TA 4O7HA 2O85A 4FH8A 2AV4A 4IELA 2MMOA 1ZMAA 3CXGA 2LEGA 2H6XA 3TJJA 5J9CA 2A2SA 6GSWA 3MAKA 2VLTA 4ECIA 2TRXA 5HFIA 2K6VA 4XTSA 4QL7A 3IK9A 2HLSA 2DLXA 4NV2A 1SL2B 5DAKA 3WGXA 3TRPA 2IFQB 1DSBA 4LL4B 2VCQA 1G6WA 3ZIVA 2E2GA 2VL2A 4Q5FA 4I6XA 4XS6A 5H5QA 2M80A 1B4QA 3TOTA 2YZHA 3GUSA 2VM1A 3VPQA 3GKNA 3DRNA 2O87A 1SJ6A 6GSYA 3L78A 2YP6A 5EVOA 2PUKC 3ZIJA 2MBSA 4KDXA 4GSSA 4EL1A 2O7KA 4GQFA 3KZQA 2GVPA 1BAYA 2GSRA 5A4VA 2ZCTA 1WOUA 1GNEA 5A4WA 1M0UA 5JWOB 1A24A 3ZMKA 4KCAA 2IN3A 2E2MA 4J2FA 4L5OA 2CV4A 1ZOFA 1YKCA 1XW6A 1K0NA 1SD9A 4F0BA 3UARA 3ED3A 5FHIA 4JZQA 3LGCA 5IMAA 1T4YA 2VCVA 2HNLA 3QOUA 5CRDA 4CDOA 4GWRA 3D21A 2MMNA 1QXHA 4NWYA 2R37A 2Z9SA 1TDIA 4ZILA 5AISA 5F06A 16GSA 3TOUA 1UVZA 2YV7A 2RIIA 3DKSA 1EWXA 3DEXA 1JZWA 2VLUA 2B7JA 3U5RE 1I5GA 3LG6A 2H66A 3F6FA 1NHYA 1NHOA 1XWBA 1FOVA 2VOCA 1B4PA 3J7Yk 3E9JB 1G6YA 2P5QA 2PWJA 3FZ9A 1OE7A 2VLVA 1GLPA 4GTUA 3KH9A 2F3MA 1JLWA 2B6MA 3PGTA 2OE3A 3L9VA 4G10A 2C4JA 1JFUA 1ML6A 2E7PA 1YQ1A 3UMAA 7GSSA 3EWLA 1BEDA 10GSA 1FVKA 3G7IA 2V41A 4TN8A 1O7UA 3CRTA 2QGVA 3IAS2 1AAZA 1XVWA 4ID0A 4MH2A 3F3RA 1GSQA 1K3YA 3FR3A 4MABA 2YOIA 1F2EA 1TKDB 3HXSA 3VWVA 5L71A 3GH9A 5ELGA 1M99A 4LLRA 5IIZA 2GSSA 3FY7A 2LJAA 3HVXA 4XRDA 4XCSA 2QKEA 1H75A 3IRAA 1XWKA 2CVDA 3K8NA 2LNSA 4EVMA 2A4VA 1ERTA 2FLSA 2FNOA 1G0TA 3D4MA 3TDGA 3HY2A 1MDIA 2HFDA 2B1KA 3M9KA 1Z6NA 1XWAA 4EUYA 4PQIA 2H1GA 2HSYA 3D4TA 4MZBA 3QCPA 2B7KA 4MZWA 4FYBA 2TRCP 4DSRA 1WMJA 1TK8B 3W6GA 5B6NA 4TXOA 5A5KA 1GSSA 4BWQA 17GSA 4V2NA 1EOGA 2AYTA 1A0FA 2K8SA 1QGVA 2L5LA 4TR1A 4N10A 5DJLA 1EOHA 3GSTA 3VWWA 1GTAA 5B6MA 3F9UA 1Q98A 1DE1A 4WR4A 4HUAA 3EURA 4DSSB 1O73A 1X5CA 4I97A 3F6DA 3RHCA 2C0DA 1TP9A 4HQZA 2PPTA 2LRNA 4WF5A 1XZOA 2AHEA 2P5RA 3KP9A 4IP6A 4ZBAA 1BG5A 3HD5A 2BMXA 1VF4A 3PINA 3KCMA 1OKTA 3UL3A 3IDVA 3IHQA 1O6JA 1SKRB 1OYJA 1SKSB 5GZZB 1HNAA 2YN1A 1URMA 1X9SB 2GZYA 2MZCA 4IBPA 3ZLPA 3UJ1A 3APQA 5ELAA 3C71A 3HJOA 3HVVA 4QL9A 1EEMA 3G7JA 3TJKA 1YY7A 2DMMA 1ZYQB 1Z5YE 1U88A 4KUNA 3ME8A 8GSSA 2GZZA 3C73A 4OFTA 1TI1A 1M7TA 4YH2A 1T8EB 4O92A 3EU4A 5CAXA 2NBSA 1V2AA 3RPPA 3R2QA 4DSQA 2VCWA 1AW9A 1PRXA 3GX0A 2P0GA 2VIMA 2X8CA 1GRXA 2YCDA 19GSA 2H73A 4F0CA 1G7OA 4XS4A 5KN3A 3HDCA 1ON4A 5CRWA 1TJDA 2H01A 3ZL5A 4IVFA 4CW9A 5GSTA 3ZMLA 1W89A 2R4VA 1GL8A 1TTZA 4NMUA 2X8HA 3IR4A 3C1SA 2DJ3A 5ABRA 3EU3A 5ECIB 4PXOA 3HZ8A 4WR5A 4OFMA 1XWGA 1HD2A 3F8UA 1SK0A 5G5FA 4BWSA 4X1UA 2NVLA 2FD3A 3GTUB 5J4UA 2H0GA 4MJBA 5COHA 3RPNA 3TRQA 2TIRA 5HFKA 5JCWA 3UEMA 2CZ3A 5CREA 3TKSE 1PL1A 4AJ8A 4YQMA 4DEJA 3M8NA 4POLA 1K0OA 5DVBA 2H1AA 1OKDA 3UVHA 4IS0A 1SL1B 2LQOA 5CRHA 1U6TA 5G1LA 2F8FA 6GSSA 4Q5NA 2FCHA 1O8XA 2QSIA 4DVCA 1PKWA 2HZEA 4Q5RA 5DALA 3GFKA 3C8EA 4PQHA 4KGIA 1EGOA 1GWCA 2L4CA 5KN1A 1THOA 1HNCA 5G5EA 5JWQB 4TOPA 3VI7A 2L6CA 1J08A 3G7YA 4L0WA 4IHUA 2HXKA 9GSSA 2DJJA 4GF0A 4POBA 1XCCA 4N0VA 3GHAA 1YJ6A 4L8EA 4WEYA 2AAWA 4MJCA 4TKYA 2J9HA 4WXTA 3ZTLA 2H6ZA 1ST9A 3UBKA 3A3TA 1GUKA 4MDCA 1JZDA 3WGEA 3D22A 1TRUA 2WJUA 3RHBA 4TXVA 1GSEA 3TKSC 5IMVA 5DJMA 5GSSA 3Q6OA 1PD21 4WBJA 3DXBA 2HT9A 3HJPA 5ECKB 2PMTA 2OJLA 1NSWA 3E0UA 12GSA 2VD1A 1MEKA 5ECLB 1OC9A 4GRFA 3GIXA 1K3LA 2B3SA 2EIQA 2OACA 4HQSA 2KP2A 3QD9A 1FG4A 4TVEA 4V2LA 1RQMA 1SK2A 3CSIA 3GSSA 3FKFA 4K9ZA 4K8MA 2M72A 3GH6A 4HU9A 3DIEA 4EDZA 3LEFA 1EP8A 2JZSA 3RDWA 3EINA 4HJMA 5C00A 3H93A 3KGKA 3SWLA 2H72A 2J23A 4PUAA 5FT3A 1PQNA 1PL2A 5D8IA 2YZUA 1QUWA 4BVYA 3DVWA 3VFIA 3MNGA 1O85A 4OO5A 1V57A 4BVXA 3GKKA 4HZ2A 5CO3A 2JADA 3WGDA 1OC8A 4PGTA 3KTLA 2JZTA 3AY8A 2GLRA 3GURA 1ZCPA 4ILFA 1SK1A 2GZPA 2N5FA 3P8WA 2H71A 4KE3A 4OO4A 5KN2A 3GYKA 1X9WB 3UVTA 3IXRA 2I9HA 2LNTA 4WBRD 4PNGA 2OKAA 5H5SA 5F07A 3APSA 3FHKA 5IO0A 3NZNA 5HR1A 5ECSA 1I9DA 2FWFA 4MPGA 1FVJA 1BYEA 3M1GA 2CAIA 4IW9A 1LJRA 3DVXA 2B5YA 2GSTA 3L4NA 4K7IA 4MH3A 1FB0A 4MF5A 3EC3A 4QQ7A 3EE2A 2VL2C 3UBLA 4JE1A 3EYTA 4O5RA 2F8AA 3APOA 3LJRA 5AGYA 5ID2A 1KTEA 4ML1A 3FK8A 3FRCA 3FW2A 4E8EA 1M2AA 2PGTA 1QFNA 3BBYA 5EPFA 1T7PB 3TUEA 1BX9A 2X8GA 3GA4A 3Q74A 1Z7PA 3I6AA 4ZBDA 1EP7A 4K6XA 5GAPD 1X0RA 2C3NA 5ECPB 3VLNA 1G7EA 3CYNA 4OFNA 3VWXA 1PN9A 4RI6A 3ZFLA 4LA1A 4PUFC 2XBIA 2L6DA 3KM6A 1FAAA 4JU5A 2QC7A 1EZKA 1A8LA 1TI3A 3HA9A 2H70A 4KA0A 3F4SA 4POMA 2GT6A 1OC3A 4EC0A 2D2ZA 2H1DA 4L0UA 2VD0A 3W8SA 5ECOB 1VF2A 2H30A 3IC4A 2GQLA 1GTBA 3ZRDA 2JU5A 3ERGA 1DBYA 1HNBA 3KMNA 1B8XA 2M46A 4KDUA 2WRTA 1TRSA 4F82A 5IPGA 2H75A 2HZEB 4PX1A 3TKPA 3IK7A 4H86A 4KSOA 1XW5A 3H1NA 2FA4A 4FYCA 4JR4A 5IMDA 4ECCA 1VF3A 3ZREA 5HQPA 2WB9A 5CNWA 1K0MA 3TGZA 3H4KA 2IPAA 2DJKA 2H8LA 5CYYA 2X99A 4D73A 2IMIA 3M9JA 2K9FA 2DMLA 1A2JA 2YWIA 2MMZA 1FO5A 2N5BA 2CVBA 2LS5A 1GUHA 2DC5A 1CQHA 1PKZA 1T1VA 3QFBC 2CX3A 3J7Yb 3DD3A 4ML6A 5J3RA 1ILOA 3A2VA 4ECJA 2HE3A 3F3QA 4TR4A 5D9TA 4BA7A 1EV4A 5G2ZA 1ZYEA 4TRXA 3DYRA 1WJKA 2L4QA 3LXZA 1C72A 2VCTA 2HRFA 4ZL9A 4AGSA 5HR2A 2FA8A 6GSTA 5DAKB 2R5GA 2LQQA 3HCZA 3ZITA 1AQWA 2YV9A 4GSNA 2HSHA 1MD3A 3BJ5A 1PA3A 2F51A 1FHEA 1WIKA 1WRYA 3Q18A 1FW1A 4PURA 4JRRA 2IFQA 5LD0A 5F05A 1R26A 1SD8A 4JR6A 1ZGNA 4XS1A 4HI7A 4IN0A 2YWOA 1BQ7A 2OADA 5B7CA 1SYRA 5J41A 1TK5B 3GRXA 1QMVA 1AQXA 3G9BA 1R5PA 3CMIA 4N0ZA 1W4VA 2E0QA 3ERFA 4P3YB 3WT1A 4OCFA 5JWRB 2FHEA 4RUVA 2XPDA 1OAZA 4I2UA 2GS3A 4ZL8A 2NDOA 3CSHA 4MMMA 3ZVJD 4NPBA 2VL3A 5IQYA 2L5OA 5EL8A 1MDKA 3IA1A 1B9XC 3GKXA 1E2YA 2L57A 1MDJA 5IOWA 2DJ1A 4RQRA 3V1WA 2IMFA 1BJXA 2DSAA 3KMOA 1WWJA 4KX4A 1PGTA 1USBA 2G0FA 3HKRA 2WDUA 2YWMA 5CP1A 4GXZA 1GUMA 3GL3A 3O6TA 2JSZA 1N8JA 2FGXA 4KSMA 3VWUA 4GQCA 4EF0A 1A2MA 1DUGA 4MF6A 2WFCA 1FB6A 1K3OA 4N30A 3F63A 1F6MC 2C3QA 6GSVA 3QFAC 2V6KA 4RI7A 2WS2A 3HYPA 2VCZA 2MBTA 4KH7A 3HVSA 4Q5QA 2V2GA 3P2AA 2FUG2 4I8BA 3C1RA 1F37A 1UN2A 2L59A 1Z9HA 2LV3A 3QPMA 3GKMA 4HU7A 2JL4A 1T4ZA 2R6KA 2PVQA 2DIYA 1TK0B 3BCKA 4HOJA 5ECNB 1HQOA 1YF0A 3ISOA 4ULXA 3VI5A 2C0EA 5DCGA 3LSZA 3EMPA 2ON5A 1TU7A 1ZZYA 3QAGA 1O8WA 3H79A 3TJFA 4X43A 1U3AA 2GT5A 1O81A 2GTUA 3FR9A 2B5XA 4GLTA 3PR8A 1TRWA 4FO5A 1PSQA 1K0AA 5IPHA 2YJ7A 5IM9A 1ERVA 1MTCA 2R2JA 1UA5A 1R4WA 3IOSA 1R5AA 2LJRA 3VURA 2VO4A 1T3BA 1V98A 1XVQA 1AXDA 5INYA 3TJGA 1J9BA 4G2EA 1YKAA 1JZOA 3KIJA 3FYGA 20GSA 4HEA2 1XWCA 4K0GA 1K0DA 5DBQA 1PMTA 1GSYA 2H0HA 2LTKA 1WE0A 4IKHA 4IQ1A 3L9UA 3P7XA 1R7HA 1JHBA 3A5WA 2GSQA 2WULA 1LBKA 3D0ZA 2WGRA 5JCGA 1RW1A 1YEPA 4TXOB 3A2WA 3KTBA 3TKQA 3N9JA 2I81A 18GSA 4FYUA 1YEXA 3TJBA 2N5AA 4TR1B 3RBTA 2EIRA 4K0NA 2A2RA 4G19A 2BJXA 5F0GA 1XIYA 3BCIA 3KJYA 5ECRB 3F4RA 3I43A 5E59A 2YWNA 3IAM2 3DWVA 1SJZA 1AQVA 3LYPA 1GP1A 3H8QA 2I1UA 4YAVA 1PX6A 5GAND 2JSYA 5EY6A 1MD4A 2F9SA 4KCEA 4DSSA 1GULA 2CT6A 4AJ6A 4TR0A 1Y25A 2PN8A 2LRCA 5AIXA 2H6YA 2MYGA 2KP1A 2REMA 2VAFA 1XW9A 4I2TA 4MCUA 2XHFA 5G30A 2O8VB 1IYHA 1Z6MA 4G9HA 4IGJA 2H1BA 1EV9A 5LNKe 4I5QA 3F0IA 1V40A 1Q4JA 2PBJA 1KNGA 5D9VA 2VCXA 1EEJA 3ZYWA 2YPMA 2JZRA 3QAVA 4TW5A 5IOXA 3VPTA 6GSUA 3LYKA 2IMDA 4ZB8A 2BTOT 3GV1A 2HZFA 1AUCA 4OWYA 2AUVA 4J56E 5HR3A 3C7MA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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