The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
H/ACA RNA
|
| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein/rna
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
|
| total genus |
12
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04410 | Gar1 | Gar1/Naf1 RNA binding region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RFK C; 2EY4 C; 2HVY B; 3UAI C; 2V3M A; 3MQK C; 2EQN A; 3U28 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BMG B; 3TNS A; 3UR6 A; 4ABD A; 6CHA B; 1GHY H; 4ZMA H; 2SGE E; 9LPR A; 3SJI A; 2GMT C; 5FBE A; 1V2U T; 2W3I A; 1V2J T; 1A46 H; 1JXP A; 2A5K A; 3TJU A; 4NIY A; 4X8S H; 2TRM A; 4GPG A; 3VPK A; 2W7S A; 4XDE A; 2XW9 A; 4WF8 A; 1O5F H; 1SFQ B; 1LVY A; 3F2F A; 3SUD A; 3GCO A; 5GPI B; 1C2L A; 1G37 A; 3BEI B; 5C20 A; 1PQ7 A; 2ANY A; 1OWJ A; 1ZMN A; 2SGA A; 1DPO A; 3ZIA D; 1GPZ A; 1AVW A; 1NFW A; 2F9U A; 4Q2K A; 3SO3 A; 4Y8X A; 1ANB A; 1HLT H; 2A1D B; 4NCY A; 1NU9 A; 3RXP A; 5A8X A; 4B6E A; 1F0U A; 4FOU C; 2ZU2 A; 2Z9L A; 3VB7 A; 1O36 A; 3SU4 A; 3A7W A; 2QY0 B; 1TNH A; 4FUG A; 4UFE H; 1ELG A; 1FV9 A; 2DE8 A; 2W6I D; 4FUD A; 1SGD E; 5I46 H; 2FOF A; 4ZHA A; 2Z3C A; 2GDE H; 2G8T A; 1HAV B; 2HNT F; 2F3C E; 5C5O A; 2A4O A; 1SVP A; 1D3D B; 3MNX A; 1VGC B; 2V6N A; 3S9A A; 1GG6 C; 2V3H H; 1XUJ A; 1DIT H; 2FOB A; 3E91 A; 4MNY A; 2CV3 A; 3E1X B; 4BAO B; 2KAI A; 3U1J B; 3QWC H; 2PTN A; 4BXW A; 4U01 A; 3PTB A; 4NIV A; 3UB0 A; 3H09 A; 1S6F A; 4F48 B; 1O5B B; 1O5G H; 3SV2 H; 3U98 H; 2BDA A; 4AOR A; 1FUJ A; 1UVO A; 3VXE H; 3FP7 E; 4TWY A; 4TWW A; 3BTK E; 1GBM A; 1GBL A; 5F03 A; 4JYV H; 4XOJ A; 1ACB E; 1GMC F; 2ANK H; 2WUC A; 3MU5 A; 4JZI A; 4NA9 H; 4YM9 A; 1EZU C; 1TOM H; 4OGY A; 1QZ8 A; 1ZJK A; 2P8O C; 1G36 A; 1DS2 E; 2STB E; 2NU1 E; 2OLG A; 3EAJ A; 2IPQ X; 2XYA A; 2IOT A; 1LHF H; 2AMD A; 4K69 A; 4R8T B; 1PYT C; 2HLC A; 1C5Q A; 2Z3D A; 4J1Y A; 4NWL A; 3RXG A; 2FOD A; 4NFF A; 1ARB A; 5TJX A; 4WJG 2; 2R2W U; 1HAZ B; 2ZI2 H; 1LHD H; 2VU8 E; 8GCH F; 4B74 A; 1AU8 A; 2OC0 A; 1ZGV A; 3NUM A; 3K2U A; 3R3G B; 4Q7Z A; 4TPI Z; 2J98 A; 4TSF D; 1TGS Z; 3ZYD A; 4BTT B; 4M9F A; 2PFE A; 1EPT A; 1Z1I A; 4M7G A; 1OPH B; 1TAB E; 4Q7X A; 1SI5 H; 1NFY A; 2FOH A; 1F5R A; 4Y76 A; 2ZPQ A; 2P95 A; 1HPG A; 3A88 A; 4DII H; 1TX8 A; 3ATW A; 5EOD A; 1ZHM A; 5JYI A; 3ZV9 A; 4CRE A; 2VWM A; 1Y8T A; 2V7Q D; 3VXF H; 4E7R G; 1D4P B; 1ID5 H; 1Y3U A; 4UFD H; 3RC5 A; 4K60 A; 1L1G A; 1GHZ A; 3OEH D; 1KDQ A; 1GBJ A; 2BDI A; 2WZQ A; 2ODY B; 7LPR A; 2BY7 X; 1SL3 A; 1P2Q A; 2BOH B; 3DD2 H; 3MU4 A; 3SJK A; 3IWM A; 1SBW A; 2BY5 X; 3HPT B; 2Y81 A; 1F0R A; 3SV9 A; 2ODQ A; 4I8H A; 4E7N A; 2ZU5 A; 1J15 A; 2F91 A; 2QV1 A; 1OYQ A; 3OU0 A; 1QL7 A; 4ZXY H; 1CHO G; 1TBQ H; 2GV7 A; 3TNT A; 1C9T A; 1NRQ H; 1XX9 A; 1K2I 1; 1C2F A; 3ZZ8 A; 5A0C A; 2CJI A; 2XOK D; 2QF5 A; 1ELF A; 3RLY H; 2O8U A; 3CS7 A; 1QJ7 B; 3UPE A; 5FPS A; 1QJ1 B; 3KNX A; 5DKM A; 1IQI A; 1UTK A; 1EB1 H; 1D3Q B; 2FI4 E; 3PWB A; 2OBQ A; 2Y5F A; 1ZSK A; 2YNA A; 2TPI Z; 3PO1 C; 1W11 U; 3E0P B; 1G2M A; 1YPL H; 4B2B A; 1YCP K; 3OSY A; 1C5X B; 2BXT H; 2HNT C; 2ZHW H; 2FLB H; 1ZHR A; 1ELT A; 1PFX C; 1W12 U; 3RXC A; 1GVZ A; 4INK A; 4A1V A; 3QLP H; 3OYP A; 1ARC A; 1LCY A; 1DM4 B; 2J9N A; 4UON A; 3A8D A; 1T8M A; 1BMM H; 3AK5 A; 1PJP A; 2H2Z A; 4B1T A; 4XBD A; 4CHA B; 4TPY A; 3SOR A; 1W0Y H; 4JZD H; 2M5T A; 2AGE X; 1GI0 A; 1O5D H; 1P3E A; 3M36 A; 3QGJ A; 1SQA A; 5KGO A; 1CHO F; 2PW8 H; 1CE5 A; 1GMH F; 4FUH A; 5ETX A; 1MQ6 A; 4Q4L A; 2R3U A; 1P57 B; 4H4F A; 1C1O A; 1DST A; 1GBE A; 4PRO A; 1F5K U; 2C93 B; 1CSO E; 1P9S A; 2FI3 E; 1P03 A; 2IJD 1; 2A7J A; 2P3T B; 1ESA A; 2ZEB A; 4HI3 A; 1J17 T; 1AZ8 A; 1MTU A; 1YPH C; 2H9E H; 4DJZ B; 9EST A; 4ZKR U; 1O3O A; 4IW4 E; 1VIT H; 4AYV B; 1COW D; 1W7X H; 1HJ9 A; 2ILN A; 2NU2 E; 3T25 A; 4BNR A; 2AMQ A; 1P3C A; 1S0Q A; 1SB1 H; 1HJA B; 2BYA X; 3TGK E; 2R9P A; 1UTQ A; 2CK3 D; 3DSO A; 1MZD A; 4DG4 A; 1GJA B; 3RXS A; 1O33 A; 4AFZ A; 1N6X A; 2G00 A; 2BD2 A; 2HVY B; 1E1Q D; 1JBU H; 3NXP A; 1DUE A; 1QCP A; 4FU8 A; 3ZVF A; 2BQ7 B; 1SHY A; 1PPZ A; 2ZHD A; 3VGC B; 1K1N A; 1QQ4 A; 2FM2 A; 1KXF A; 3TJO A; 1KLT A; 4INL A; 1GBK A; 1TNI A; 3V12 A; 1SGT A; 1MU8 B; 1UTM A; 5BPE A; 3GCT G; 4ZHM U; 1OOK B; 3SV6 A; 1B0F A; 2AYW A; 2CF9 H; 3BIV H; 3KYG A; 1W7G H; 2FIR H; 4Y7A A; 1S5S A; 4THN H; 4ABH A; 3FZZ A; 3QDZ B; 4BAM B; 4FUI A; 1V2S T; 2Y7Z A; 2ZU1 A; 1HUT H; 3LGI A; 2ZDA H; 1C5Y B; 1TA2 A; 5C0T A; 3LGT A; 2BLW A; 3TH3 H; 1YYY 1; 4CR5 A; 2UWP A; 5FCK A; 1W2K H; 3UTU H; 3VB5 A; 5HM9 A; 1KTT B; 3RUO A; 2AHM E; 1LKB A; 3VB3 A; 3FFG A; 2ZHF H; 5I25 A; 2BVX H; 2ZFP H; 3LGU A; 3MH6 A; 4BAH B; 1SQT A; 2VWN A; 1T4V H; 1ZHP A; 1UHB B; 3D65 E; 6GCH G; 5JBC S; 2VVC A; 4FVD A; 1UTL M; 1F0S A; 2BOK A; 2OC7 A; 2XBX A; 5FX6 A; 3UOP A; 1XUK A; 2FTM A; 2PP6 A; 3TU7 H; 4DY7 B; 2ZPS A; 1WTH D; 3IIT A; 1UTJ A; 1QL8 A; 4JZE H; 1IQN A; 4K3J A; 3RC6 A; 5EQS A; 3SU3 A; 2ZG0 H; 4YXW D; 2AIQ A; 4JCN A; 2VVU A; 2AH4 X; 1S6L A; 1YPM H; 2H5C A; 2XXL A; 4D7F A; 2BDC A; 4UEH H; 2FO9 A; 1BHX F; 1A7S A; 5GWZ A; 2EI7 A; 2KX4 A; 1EJM A; 3LKW A; 1AUT C; 1GI8 B; 2P94 A; 3AW0 A; 5DP6 A; 2HWL B; 1F5L A; 2KAI B; 3SU0 A; 3ZZ4 A; 3U1I B; 1GJ7 B; 3SNB A; 1BTU A; 1UO6 A; 3LJJ A; 2VBC A; 3SU5 A; 1O2S A; 2FOE A; 3F9G A; 4FET A; 3PB1 E; 2BY8 X; 4WMD A; 4CRF A; 4FU7 A; 1Z6E A; 1GI9 B; 4KTS A; 4FUJ A; 3C27 B; 3SN8 A; 4MPV A; 4MDS A; 1KXE A; 1O2I A; 1GI3 A; 3S7H B; 1O30 A; 6GCH F; 2BM2 A; 1PPB H; 3GCN A; 3MHW U; 3QN7 A; 3MU1 A; 2VB0 A; 2WPM S; 3B9F H; 3EQ0 H; 1O3A A; 5EXL A; 4A7I B; 4X1S U; 5E2P A; 4ZUH A; 3URD A; 1A3E H; 1SGN E; 1J14 A; 1FPH H; 2FES H; 3CNR A; 3P95 A; 4VGC C; 1EJA A; 1GJC B; 2AFQ B; 2PWX A; 3QO6 A; 3SZE A; 5JB8 S; 2XCF A; 3U8O H; 1KXA A; 4ZKN U; 3RXB A; 1DIC A; 3GCH C; 2TGP Z; 1BZX E; 4IBL H; 4NIX A; 1L4Z A; 3RXR A; 4WH8 A; 2A7H A; 1O2M A; 3CS0 A; 4H6T A; 2J98 B; 1AMH A; 2PKS B; 1EPT B; 4Y6D A; 3RU4 T; 1EOJ A; 4I86 A; 1FY3 A; 1D3P B; 2RCE A; 5KED A; 1AUJ A; 1ZPZ A; 2A4G A; 1IQL A; 3PLB A; 1LHE H; 3S0N A; 1B5G H; 3SND A; 2Z6B D; 3BG4 B; 3B8J A; 4UD9 H; 1LPK B; 1V2N T; 3ELA H; 2CHA C; 1MH0 A; 3MTY A; 4CH8 B; 3L6P A; 5B6O A; 5TCA A; 3Q76 A; 4CRG A; 2B9L A; 4HTC H; 1KDQ B; 5F6M A; 2OCV B; 1L2E A; 2TIO A; 1JIM A; 1SHH B; 1QIX B; 4NFE A; 3RXK A; 5T6F A; 3DT0 H; 1N8O B; 3PLK A; 5HMA A; 1CBW C; 1DY9 A; 1KIG H; 1MTN C; 1TIO A; 1TNJ A; 1V2K T; 4I31 A; 5FAH A; 2WPL S; 3PWC A; 2Y82 A; 1GI2 A; 1Y5A T; 5C17 A; 1GGD B; 4IC5 A; 1C5Z B; 2PV9 B; 3M7T A; 2BD7 A; 5C0U A; 1GHV H; 1THS H; 2PR3 A; 2BTC E; 3GYM A; 1XXD A; 2VH0 A; 2OTV A; 1LMW B; 2KCO A; 1C4V 2; 1G3D A; 1E36 B; 1W3C A; 2UUY A; 2Y7X A; 5F53 A; 1DLE A; 1CO7 E; 4D8N A; 2H9T H; 1NFU A; 3FAO A; 4XBB A; 3Q3K A; 4A5T S; 1NY2 2; 1Z1J A; 3TGI E; 1EZS C; 4UFF H; 2A4Q A; 4OS1 A; 3U28 C; 3A7Y A; 4DOQ A; 2JH6 D; 4KTC A; 4KEL A; 3V0X A; 1SMF E; 1C2H A; 1SGF A; 2XC4 A; 1P2M A; 2VWO A; 4X1Q U; 4RKJ B; 1TPS A; 1O2R A; 5EPY A; 3P8O A; 1MTS A; 2VGC C; 1AWF H; 3QZR A; 3LU9 B; 1TFX A; 2RDE A; 2D2D A; 1FLE E; 2ZHE H; 3PV2 A; 4Z0K A; 2Y6T A; 1NES E; 3F0O A; 5AHG H; 2FP7 B; 4GCH F; 2BZ6 H; 3EA9 A; 4WMF A; 3CP7 A; 1TGT A; 2TGD A; 2OC8 A; 1P05 A; 1GBC A; 3ATM A; 1WQS A; 2ULL A; 3T2N A; 3GS9 A; 5LPR A; 1ZGI A; 3PMH B; 1DXW A; 5DP8 A; 2KFW A; 1LHG H; 1T7C A; 4LZ1 H; 1O2G H; 1TBR H; 1BMF D; 1LTO A; 3K6Z A; 2G4T A; 5GXP A; 1YPK H; 1BRC E; 1VCW A; 2WPI S; 4AYY B; 4Y79 A; 1V2W T; 3E3T A; 4MVN A; 1C1S A; 4AFQ A; 1HXE H; 1OP0 A; 2QAA A; 2CGA A; 1RFN A; 1C4Y 2; 2FTL E; 3M5N A; 1TPP A; 1GJ5 H; 3ODD A; 1QRZ A; 3PMA B; 1ANC A; 3LJO A; 1H9H E; 3T28 A; 1TRY A; 4YT7 H; 3HGN A; 1O2L A; 1YGC H; 1GJ4 H; 1Y3V A; 1CA0 B; 1C5T A; 1AWH B; 3T27 A; 1Q31 A; 3F9F A; 2VIO A; 3KHV A; 3FN8 A; 2J2U A; 3PV4 A; 3BTT E; 4ABA A; 5KEC A; 3ZVA A; 2P3F H; 3H7O A; 1UVT H; 1FY8 E; 5DP3 A; 3QTV H; 1EUF A; 1QTF A; 2XND D; 1RRK A; 3GYL B; 1PQA A; 1WTG H; 2CHA B; 3BTF E; 3RXT A; 4X8T H; 4YOI A; 5F8X A; 5E8E H; 3TK6 A; 1IHT H; 3A82 A; 2BDY A; 3OTJ E; 5HIY A; 1HV7 A; 1MTW A; 2FOC A; 2ZDM A; 1AB9 B; 1HAG E; 1CT2 E; 1LVB A; 1ZRB A; 5C1Y A; 2KZ4 A; 1O2Z A; 4BAK B; 1M9U A; 1HAX B; 1O2J A; 4IMZ A; 5GDS H; 1AVG H; 2Y80 A; 4TY6 A; 2GV6 A; 2QN5 T; 2BLO A; 3EDX B; 4YLU A; 1UHB A; 1AQ7 A; 4EST E; 2FOG A; 1HBT H; 1S0R A; 3OX7 U; 4RT1 A; 1O3B A; 3MNB A; 1V2P T; 2SFA A; 1TX6 A; 4ABI A; 5EW1 H; 1HGT H; 1OS8 A; 3DA9 B; 3RLW H; 5HKK D; 1RTF B; 1C2K A; 4WVP E; 1C5M D; 4Y8Z A; 1QRX A; 1DAN H; 4WXI A; 2JET C; 2Q6F A; 2BDB A; 2QF4 A; 2UUF B; 1GBB A; 5FL7 D; 4X0W U; 4MLF B; 3RDZ A; 1ORF A; 1TAW A; 2H9H A; 2OD3 B; 4CBO A; 1O2V A; 4ISN A; 4Y8Y A; 2G55 A; 3BEF B; 2VJ1 A; 5A0B A; 5DP5 A; 5HXF A; 2WPD D; 3M3V A; 4XFQ A; 1O2H A; 4H6S B; 1HAP H; 2WPJ S; 2UUK B; 3O8B A; 1A2C H; 3A8B A; 2RDL A; 1PQ5 A; 1S81 A; 3A81 A; 1AKS A; 3TIT A; 4OS2 A; 2B8O H; 3QUM P; 3SNE A; 2O8T A; 4J2Y B; 4IN1 A; 5AFY H; 3PM3 A; 5K7R A; 3D49 H; 3GIS B; 3NK8 A; 5FXL A; 3SUF A; 5JBB S; 4ASU D; 2V3O H; 3PMJ A; 1FXY A; 2QXH A; 8EST E; 5T3H A; 4O97 A; 4AG1 A; 1EAX A; 1Z6J H; 1Y3Y A; 2ZFF H; 5T6D A; 1V2T T; 4ZHL U; 2VVV A; 1FMG A; 4JZF H; 3ZZ3 A; 3A87 A; 5A2M H; 1AFE H; 1UTP A; 1B0E A; 3GY3 A; 4CH2 B; 1KLJ H; 1QBO A; 3IG6 B; 3RXV A; 1C4U 2; 3RMM H; 5C1X A; 1GBA A; 3TPI Z; 4ACA A; 5HYO A; 1C2D A; 1QJ6 B; 3BN9 A; 4K1S A; 1WOF A; 4AFS A; 1V3X A; 1AGJ A; 2OP9 A; 1GHW H; 1BTX A; 1RXP A; 1E0F D; 1YY3 A; 1O3E A; 1GJ9 B; 3RMO H; 1GCT C; 2PKA A; 1P09 A; 2AEI H; 4XD7 D; 2SGQ E; 3KN2 A; 1H9I E; 1ZSJ A; 2W3K A; 1FAX A; 5EJL A; 3Q3X A; 5H4I B; 1IQH A; 5GND A; 1O3F A; 1U6Q A; 3ATL A; 5JBA S; 2J5U A; 1VJ9 U; 1Y59 T; 2O9Q A; 4KGA A; 2GMT B; 2GX4 A; 1WU1 A; 1JIR A; 2GDD A; 5FHT A; 1OWI A; 4D9R A; 1FON A; 1X7A C; 2ASU B; 2F4L A; 1Z71 A; 2C8Z B; 2BXU H; 3HK3 B; 1W14 U; 1TPO A; 1GHA G; 2BQW B; 2JKH A; 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