The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
257
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structure length |
251
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Chain Sequence |
IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYEANIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of thrombin in complex with fibrinogen gamma' peptide.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Homo sapiens
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molecule keywords |
Prothrombin
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total genus |
55
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structure length |
251
|
sequence length |
257
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chains with identical sequence |
D
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ec nomenclature |
ec
3.4.21.5: Thrombin. |
pdb deposition date | 2006-08-01 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
B | PF00089 | Trypsin | Trypsin |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ARB A; 1HAV A; 1TYN A; 2W5E A; 1EKB B; 1EPT B; 1PPH E; 1V2L T; 1C5L H; 2QV1 A; 1BIO A; 1CA0 C; 1FN6 A; 2Z94 A; 2BQ6 B; 1F0R A; 1Z71 A; 1O38 A; 3A7Y A; 3EQ0 H; 1P8V C; 1ACB E; 3LDX H; 3VB4 A; 2BOK A; 2GZ7 A; 2ODP A; 4NIV A; 1ZTK A; 3BIU H; 2AS9 A; 2FDA A; 1CVW H; 4BTT B; 1GBK A; 4DGJ A; 4DJZ B; 2TGA A; 2AGI X; 4WH8 A; 4ZH8 A; 1OYQ A; 2BY8 X; 1GG6 C; 1SGF G; 1QFK H; 5JDU B; 3QTV H; 1AND A; 1UHB A; 1SR5 C; 1TOM H; 1O2Z A; 4MNX A; 5FBI A; 4Q7Y A; 1K1M A; 2HWL B; 1EZS C; 2XW9 A; 4Q80 A; 1ZJK A; 2W3K A; 5I25 A; 3LC5 A; 5FCR A; 1XXD A; 1GBB A; 1C5Q A; 3BEI B; 1LHD H; 1ETS H; 3SGQ E; 4M7G A; 1GBM A; 3UNS A; 4Z6A H; 2V0B A; 1P04 A; 4ZKR U; 4QT8 C; 1MMJ N; 2ANY A; 2PTN A; 2XYA A; 1MTN B; 1QHR B; 1TA6 A; 3T27 A; 3PO1 C; 1SLW B; 3U8T H; 1Y5A T; 1GI4 A; 4Y10 E; 5DP4 A; 2FM2 A; 5C5N A; 1FIW A; 1S82 A; 1E0F D; 3KQD A; 4Y11 E; 3GY5 A; 2SGD E; 2ALV A; 1FY8 E; 4JK6 A; 4ZHM U; 1T7C A; 1BHX B; 1C5S A; 5LPF A; 1UTJ A; 2O8M A; 1LHG H; 2OC0 A; 3VGC B; 1ARC A; 1THP B; 1Z1J A; 1VIT G; 4X8V H; 1C5N H; 4ABB A; 3RXV A; 4GHT A; 1K1L A; 3HKJ B; 1C2E A; 2CHA C; 2A45 B; 1GBJ A; 1AVG H; 1F7Z A; 1NFW A; 5DPA A; 3KQE A; 3LGW A; 1JOU B; 2HNT E; 4GPG A; 1SI5 H; 4JK5 A; 3F9H A; 4B73 A; 2ZIQ H; 5AFY H; 1ZLR A; 3ZZ9 A; 1DXP A; 3RXF A; 5CMX H; 2ULL A; 1O5F H; 4I32 A; 1ZTL A; 1EOL A; 1FN8 A; 1RD3 B; 1LKA A; 4CBO A; 1AQ7 A; 2QXJ A; 1O3F A; 1QRZ A; 1JMO H; 1L1N A; 1P12 E; 2ZPS A; 5C3N A; 1K2I 1; 4BAH B; 3P92 A; 1O2Q A; 2DE9 A; 1MCV A; 2Z9L A; 3SNB A; 4WMD A; 1LPK B; 2A5A A; 3RXT A; 3MO3 A; 1AO5 A; 3D49 H; 2THF B; 2VWL A; 1B0E A; 1BTZ A; 1Y8T A; 4A7I B; 3MYW A; 1Z8G A; 4K1E A; 3W95 A; 4A92 A; 1PFX C; 4AFU A; 3SV2 H; 2G8T A; 5DP8 A; 1O2P A; 3QZQ A; 2FOA A; 3NUM A; 3E0P B; 2BYA X; 2BOH B; 2K1Q A; 1BCU H; 6CHA C; 3HK3 B; 4H42 U; 3C1K A; 3S7H B; 2VWM A; 1C2M A; 1NRP H; 2F83 A; 2ZDL A; 2SGA A; 4DII H; 2G4U A; 1DWE H; 4CRC A; 1JRS A; 1LHC H; 2WYG A; 1UTO A; 1CT4 E; 5A0A E; 3LON A; 4X6N A; 1J9C H; 3HPT B; 2A7J A; 1A4W H; 2STA E; 1CHO F; 1BTP A; 1P09 A; 2PFE A; 1BQY A; 1C5U A; 5ABW A; 1D3T B; 2TBS A; 5FX5 A; 1GHB F; 9EST A; 1E36 B; 3H7O A; 1P2M A; 3M5N A; 3V7T A; 1T8N A; 2ZFF H; 1P06 A; 1S5S A; 1MZD A; 2B0F A; 1AKS B; 1L1J A; 4JYV H; 1TPP A; 4AOR A; 3RXE A; 1KXD A; 1HFD A; 1DM4 B; 3NKK A; 1JRT A; 1DLK B; 2WPK S; 3ZYE A; 1QRW A; 1O2J A; 2R2W U; 1O35 A; 4X6M A; 4D8N A; 1CGH A; 1PPZ A; 1W0Z U; 5A2M H; 3PWC A; 1TRY A; 1ELF A; 2ODQ A; 4THN H; 1KXE A; 1IQF A; 3GY7 A; 2HLC A; 3O8R A; 4CR9 A; 4JCN A; 1NRS H; 3EA7 A; 2C3S A; 1OXG A; 2VWN A; 2P3F H; 5IYT A; 5T6F A; 1ELV A; 1F5R A; 5DJ7 A; 2OBQ A; 1RS0 A; 2EI6 A; 2ZGX H; 1XUG A; 1YCP M; 5BPE A; 8LPR A; 1GHY H; 4CRA A; 2SGE E; 2FI4 E; 5FPT A; 4O03 A; 3QO6 A; 2GZ9 A; 1AN1 E; 3P95 A; 4IN2 A; 4RKO B; 3DFJ A; 2A2Q H; 2V3H H; 3ENS B; 1C2D A; 2AYW A; 3K6Z A; 4NWK A; 3A8D A; 1ELC A; 2HPP H; 3TK5 A; 1G2M A; 3PTN A; 1QQ4 A; 2FXR A; 2HOB A; 1GMC G; 3LU9 B; 1AWH B; 2PHB A; 4D9Q A; 4AOQ A; 3P8G A; 4MG3 A; 4X2X A; 1GI0 A; 2D2D A; 2KAI A; 3M5O A; 3RDZ A; 2BX3 A; 3ATM A; 4I33 A; 4UDW H; 3RMM H; 2FLB H; 1NFU A; 1GHW H; 4XBC A; 5EQQ A; 1A5H A; 2HRV A; 3EAJ A; 3U98 H; 4ABI A; 1M9U A; 1UTM A; 3SOS A; 3UQV A; 1C1M A; 1E35 B; 4NA9 H; 1AU8 A; 1LQE A; 2AH4 X; 1XUK A; 3FP7 E; 4R8T B; 3BEF B; 3RXB A; 3GDV A; 1G37 A; 2VVV A; 4GCH F; 3ZZC A; 5EU8 A; 1FPC H; 1AWF H; 5LPE A; 2UUY A; 3AVZ A; 1IQK A; 1ZHR A; 5E0H A; 3ODF A; 1B0F A; 3Q3X A; 4UD9 H; 3SUG A; 4WH6 A; 3ITI A; 1LPZ B; 3TLO A; 2A1D B; 1J16 A; 1P9U A; 1LDT T; 3PMA B; 3UR6 A; 5CHA C; 3GYM A; 3ZZB A; 3UUZ A; 2B9L A; 1OWK A; 3V3M A; 1D4P B; 1Y5B T; 2AMQ A; 4Y7B A; 3BG8 A; 1O5G H; 2OP9 A; 2D1J A; 2FS9 A; 1GDN A; 3Q76 A; 2QGR A; 3T25 A; 3ZZ4 A; 1WTH D; 1UVP A; 1GBL A; 5I46 H; 2QY0 B; 1HNE E; 4CHA C; 1HJ8 A; 1C2I A; 1GBF A; 3SW2 B; 2J38 A; 1TAB E; 3O8B A; 2AMP A; 3U69 H; 3BTE E; 1DY9 A; 2VVU A; 3RXL A; 2O8L A; 4ZHL U; 3Q00 A; 1C1S A; 4XBB A; 1SFI A; 2P8O B; 4MLF B; 2FES H; 2PW8 H; 1TA2 A; 4HZH A; 1QY6 A; 2ZFR H; 1EOJ A; 3U1J B; 3E91 A; 4ISI H; 1O2O A; 2EI8 A; 3R3G B; 4Y76 A; 4YOJ A; 1TLD A; 2WPH S; 3TH4 H; 1TQ0 B; 1GGD C; 1P9S A; 5FX6 A; 4ABA A; 1HV7 A; 1ZPZ A; 2F9N A; 4K3J A; 3GYL B; 5A0B A; 5EST E; 1BML A; 3PWB A; 1NRO H; 1TWX B; 1YGC H; 1BB0 B; 2RDL A; 4MQA A; 1O33 A; 3JZ2 B; 2NU3 E; 2QXH A; 2XBV A; 3VB7 A; 1P2O A; 3OYP A; 1BMM H; 1TX6 A; 2ALP A; 2PV9 B; 4AFQ A; 4FUB A; 5JPM H; 2Z3D A; 2FMJ A; 3BTK E; 1L2E A; 1DX5 M; 5L30 H; 1GI9 B; 1H8I H; 1XUH A; 2HNT F; 2I6Q A; 1FAX A; 9LPR A; 1MAY A; 1VJA U; 5CE1 A; 1GI6 A; 3LOX A; 1NY2 2; 2CF9 H; 3D62 A; 1E38 B; 1O2L A; 1Y59 T; 1AUT C; 1JBU H; 1O2K A; 2H6M A; 3SNA A; 1ZMN A; 1DDJ A; 3NXP A; 4JZE H; 2XCF A; 1UTN A; 1EZU C; 2UWL A; 4XSK U; 3RC5 A; 1C5Z B; 3EA8 A; 4FUH A; 5DP7 A; 4WWY A; 3MO9 A; 3KF2 A; 3NCL A; 2ZQ1 A; 1ANC A; 2BD8 A; 3RU4 D; 5EQR A; 8GCH F; 5JBC S; 2AFQ B; 2IPH A; 2ZO3 H; 3RXD A; 4BAQ B; 3ZYD A; 2XWB I; 3ZVF A; 2F9O A; 2UUK B; 3MH4 A; 1S83 A; 3MU0 A; 7GCH F; 1C1Q A; 3ZVC A; 2GCT B; 2PKA B; 3RM2 H; 3O8C A; 1YPH E; 4FU7 A; 3A87 A; 2GT8 A; 1NTP A; 2ZP0 H; 4JZ1 A; 1BJU A; 1C1W H; 1CT2 E; 1NFY A; 3F1S B; 4Y6D A; 2OTV A; 3FP8 E; 3K65 B; 1C1U H; 4JYT A; 3ZV8 A; 3W94 A; 3DT0 H; 3F68 H; 3LIW A; 1YPL H; 1DIC A; 3V13 A; 1CHG A; 1TNH A; 1XUI A; 2G00 A; 2OBO A; 3LJJ A; 4IBL H; 3P8N A; 4MDS A; 1IQG A; 1FON A; 4X8S H; 3RXR A; 4GSO A; 3A80 A; 3D23 A; 1PQ5 A; 1TNJ A; 1T8L A; 1IQI A; 1DWD H; 3S9A A; 1UCY K; 4OS1 A; 3SOR A; 2R9P A; 4BNR A; 4X2W A; 2FI5 E; 3STJ A; 1SHY A; 1AVW A; 1GVK B; 1ZRK A; 3A7X A; 1LVY A; 1QL8 A; 1SGP E; 1G3B A; 2ANM H; 4Y79 A; 1FJS A; 3V0X A; 4PRO A; 3PM3 A; 1ZGI A; 1GHZ A; 1TBR H; 5LH8 A; 3SUD A; 1CBW C; 1YP9 A; 3ZVD A; 1F5K U; 3D65 E; 4YT6 H; 1FPH H; 1UTP A; 3SQH E; 2Y7X A; 4HI3 A; 1UCY H; 5AF9 H; 2WUB A; 1YBW A; 3GCT F; 1L1G A; 4A1X A; 5FBE A; 1P11 E; 1KTS B; 3IWM A; 5EXL A; 2TRM A; 3TK6 A; 1PQA A; 2YOL A; 1HPG A; 2BLO A; 2BY7 X; 3PMB B; 2Y6T A; 1AFQ B; 1LMW B; 1QTF A; 1S81 A; 3LGT A; 1H9L B; 1INC A; 1UMA H; 1OWE A; 3TVJ B; 4AGK A; 4Y8X A; 3MWI U; 1OSS A; 1O2Y A; 3M3T A; 1L4Z A; 2XC5 A; 1GI3 A; 2R0K A; 5FXL A; 3GOV B; 1EPT A; 2ZHQ H; 1MH0 A; 1C1P A; 3MI4 A; 1EP6 A; 5GJ4 B; 2A0Q B; 1G36 A; 2OC7 A; 2A4G A; 3VB5 A; 2EST E; 3BG4 C; 2GP9 B; 3UTU H; 4NWL A; 1HAO H; 2P93 A; 1NPM A; 1O3C A; 2UUF B; 3SU4 A; 1TRM A; 1NU9 A; 4MTB A; 2ZHD A; 1GPZ A; 5GXP A; 2R3U A; 1A46 H; 3TJU A; 2G52 A; 5DK1 A; 2PTC E; 1V6D A; 2AIP A; 1TIO A; 3E90 B; 1CSO E; 3P6Z B; 3BSQ A; 5EPY A; 4J1Y A; 5TCA A; 1HRT H; 1ZSJ A; 4K1T A; 2ZPQ A; 2ZTX A; 5C20 A; 2V6N A; 4WMF A; 2DUC A; 1P2I A; 1SQT A; 1C5M D; 1D6W A; 2HNT C; 1V2K T; 3STI A; 2AER H; 1AI8 H; 4O3U A; 4CRF A; 2Z9K A; 4H4F A; 1ZML A; 1BRC E; 1SB1 H; 4NIW A; 1MQ5 A; 3SGA E; 3S69 A; 5FPY A; 1UK4 A; 2SGF E; 4U01 A; 1GVZ A; 1EB2 A; 1TX7 A; 4MPX A; 4DT7 B; 1O2W A; 1V3X A; 1GMH F; 1HDT H; 1BMA A; 3PTB A; 3KHV A; 5EXM A; 1FUJ A; 4UFD H; 3RMN H; 1ZSK A; 2BTC E; 5GCH G; 3A8A A; 4B74 A; 2FOE A; 1B5G H; 3LPR A; 3MU4 A; 1Z8R A; 2GDE H; 2A4Q A; 2BD7 A; 3T26 A; 1GHA F; 3KNX A; 2G5V A; 4ZMA H; 1O3N A; 1UVT H; 1O5D H; 1C5Y B; 2WPJ S; 2ZGB H; 2ZZU H; 2B7D H; 1DE7 H; 4MPV A; 3DA9 B; 2FS8 A; 1A3B H; 3LGV A; 1BIT A; 1ZR0 A; 1GBH A; 3RLW H; 5EXN A; 3SJO A; 1A5I A; 4RKJ B; 2XWA A; 1EJN A; 1GI1 A; 1KIG H; 5AVD A; 1L0Z A; 4AG2 A; 1DSU A; 1RTK A; 1C2K A; 4JYU H; 3TH2 H; 3ATL A; 1EAU A; 1TMT H; 1GCT C; 1BTU A; 1P3C A; 2WV5 A; 2EEK A; 4KEL A; 4Y8Z A; 5A8X A; 1NRN H; 2J4I A; 2RCE A; 1TAW A; 1OPH B; 1GJ7 B; 2STB E; 4U2W A; 4FUE A; 5DP6 A; 3E6P H; 3QLP H; 2BX4 A; 5GIB A; 2JKH A; 4MNY A; 3P8F A; 2OIN A; 1Y3V A; 3S9C A; 1C1O A; 3FAO A; 3RC4 A; 3RU4 E; 3RXA A; 4DY7 B; 1HAH H; 1SSX A; 4FVB A; 1HAI H; 2FIR H; 3ATI A; 1TNK A; 2FI3 E; 3UY9 A; 5EOD A; 1K21 H; 3ZZD A; 2ZU2 A; 1C9P A; 4X1Q U; 2FO9 A; 5HGG A; 1TPO A; 3EDX B; 1ZHM A; 1RTL A; 4YO9 A; 5GWZ A; 5JYI A; 1O2G H; 1WSS H; 2ZA5 A; 3KEE A; 2A2X H; 4B2C A; 3BV9 B; 2CN0 H; 1S0R A; 1PPE E; 2BXU H; 2VU8 E; 4UE7 H; 3PB1 E; 3RXH A; 4K60 A; 2D8W A; 1EST A; 1TNI A; 3PMJ A; 3RC6 A; 1CE5 A; 4A1T A; 1SC8 U; 3K2U A; 1CHO G; 1W0Y H; 3P8O A; 4JZD H; 2GTB A; 1V2O T; 2PUQ H; 2BLV A; 1BHX F; 3MH6 A; 3P17 H; 3HK6 B; 4OGX A; 1GJB B; 3L33 A; 1O2M A; 1AKS A; 1MU8 B; 3A82 A; 1SHH B; 4D76 A; 3SN8 A; 5L6N H; 1RIW B; 2EI7 A; 2HPQ H; 1KTT B; 1D9I A; 3OX7 U; 3GCN A; 3LJO A; 3TIT A; 1EAT A; 2GDD A; 1S0Q A; 1SQA A; 5C1Y A; 2CXV A; 2BDC A; 2XC0 A; 2F91 A; 2H5D A; 5J4S A; 2CF8 H; 3H5C B; 4X1S U; 4ABD A; 5BRR E; 4LXB H; 2VIW A; 2M5T A; 1AUJ A; 1TGB A; 3ATK A; 5C67 A; 3MO6 A; 1ELT A; 1GJD B; 5F8X A; 1LVB A; 4LK4 A; 1O3I A; 3PYH A; 1GVL A; 4H6T A; 1ANE A; 2ZDA H; 5A0C A; 2ANW A; 4IS5 A; 1C4Y 2; 2ZU3 A; 1WBG B; 5H4I B; 1CT0 E; 1P01 A; 2A4R A; 1TBQ H; 2GMT B; 1SGE E; 2OLG A; 3EST A; 1V2T T; 1DY8 A; 3TGI E; 1A0H B; 3URC A; 1TQ7 B; 1QJ7 B; 3HGP A; 3LGU A; 2PLX A; 5E0G A; 2W7U A; 1GJ8 B; 3Q3K A; 2QF3 A; 1ZOM A; 4ABJ A; 2EC9 H; 4DVA U; 5C2Z A; 1V2N T; 1EZQ A; 3HKI B; 1GHV H; 1BTX A; 2XNI A; 3EE0 B; 1C1R A; 1SQO A; 3RXS A; 2PKS B; 2VNT A; 3ZVG A; 1PYT C; 3PMH B; 5ETX A; 1UK2 A; 1SL3 A; 1Z7K A; 4ZKN U; 3SZN A; 1SGT A; 2WUC A; 3B23 B; 4ABE A; 4K5Z A; 5TJX A; 8KME 2; 5HXF A; 4XE4 A; 1OP2 A; 4AFS A; 3E16 B; 3NK8 A; 1WQV H; 1V2P T; 2GV6 A; 1EPT C; 4NGA H; 3CS7 A; 5A09 A; 2GCH G; 1K1O A; 1AB9 B; 4GCH G; 1CO7 E; 4NG9 H; 3SUE A; 1OP8 A; 1P10 A; 3RP2 A; 2QYI A; 2J94 A; 1HJ9 A; 1P02 A; 1PPF E; 1XKA C; 3TU7 H; 3MHW U; 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