2I3YA

Crystal structure of human glutathione peroxidase 5
Total Genus 54
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
DCHKDEKGTIYDYEAIALNKNEYVSFKQYVGKHILFVNVATYCGLTAQYPELNALQEELKPYGLVVLGFPCNQFGKQEPGDNKEILPGLKYVRPGGGFVPSFQLFEKGDVNGEKEQKVFSFLKHSCPHPSEILGTFKSISWDPVKVHDIRWNFEKFLVGPDGIPVMRWSHRATVSSVKTDILAYLKQF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (40-42)S1 (44-47)EMPTYAH3 (147-155)TI1 (47-50)S2 (52-55)TIV1 (48-51)S4 (94-100)3H2 (56-59)TII1 (59-62)S3 (63-69)TIV2 (70-73)3H3 (76-78)TI2 (73-76)TIV4 (104-107)AH1 (79-89)3H4 (90-92)AH2 (115-122)TIV5 (106-109)3H5 (112-114)TI3 (142-145)TI'1 (125-128)TVIb1 (122-125)TIV6 (165-168)TII2 (181-184)S6 (184-188)TIV3 (103-106)TI4 (166-169)TIV7 (171-174)TI5 (175-178)Updating...
connected with : NaN
publication title Crystal structure of human glutathione peroxidase 5
rcsb
molecule keywords Epididymal secretory glutathione peroxidase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 188
sequence length 188
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2i3yA01
1U88A 1SENA 1X9SB 3C73A 1W89A 1ERWA 1AQXA 6GSWA 4ZL8A 1SKWB 1B4QA 2FHEA 1Z5YE 1RW1A 2JZSA 1AXDA 2PVOC 1NSWA 2AV4A 3F63A 3KZQA 3H1NA 1XVQA 3DRNA 5F07A 1WIKA 4MJBA 4PXOA 1GUKA 4CDOA 1M7TA 2GDRA 3FR9A 5ECHB 2B5YA 1XZOA 2C4JA 4PQHA 4V1Ag 4TXOB 1SYXA 3IK7A 2NBSA 2AAWA 3LFLA 2WZ9A 2B7KA 2ZCTA 3M0FA 1YEPA 3ZFBA 5IMCA 4ISDA 3ZMKA 3DVXA 4ECCA 4JZQA 4ML6A 4HJ2A 3GL5A 3FW2A 1ZYQB 3CBUA 3HZ4A 3G7IA 2CVBA 3GL3A 1PKWA 2C0FA 2JACA 3ZIJA 5IMDA 3HJPA 3IC4A 3QPMA 1O81A 3UBLA 3FHKA 1H4OA 1E6BA 3M1GA 3CSJA 3H93A 3KGKA 2OJLA 4IN0A 4AJ7A 4OD7A 5ECKB 1Y6EA 2PWJA 3TDGA 4JU5A 2CT6A 4IKHA 1X5DA 2C3NA 1X0RA 3FEUA 5A4VA 1TRSA 3QDNA 2HNLA 1ML6A 3G7YA 3QFBC 2C8UA 1F3BA 1V2AA 4DEJA 4YH2A 5J4UA 3Q6OA 1K0AA 5IMFA 2HZEB 5ECPB 2GVPA 4XRDA 3H79A 1B9XC 2E7PA 4TXOA 5KN0A 1R5PA 3BD2A 3GYKA 1VGLA 4E8HA 1BX9A 2FY6A 2C3QA 5D93A 2FA8A 2HRNA 3VURA 2ES7A 2LQQA 5CRWA 5IOWA 3HYPA 3GURA 4MMMA 1LU4A 2QGVA 1K0DA 1PL2A 2GZYA 5IM9A 3NIVA 3CRUA 1GULA 4O7HA 3KH9A 2CAQA 4ZB8A 2H0HA 4PURA 5F05A 1AUCA 4IGJA 2C0GA 4IBPA 3CSHA 3GKXA 2PN8A 1XXUA 2F9SA 1M9AA 4XRAA 1S3CA 4J2FA 4Q5QA 4NWYA 3LXTA 2M80A 1G0TA 2NDOA 1ABAA 3WT1A 3N5OA 18GSA 3I69A 4BA7A 2FWEA 4MJEA 4I97A 3C1SA 4WBRD 3DXBA 1EOGA 1SD8A 5ECRB 1DE2A 2C80A 4KGIA 4L8EA 5EL8A 2MBSA 3APSA 1AAZA 5LNKe 3CXGA 2WS2A 4PQIA 2HZEA 1A2JA 1K3LA 1MDKA 1QMVA 2VIMA 2OE0A 3LEFA 4WKWA 3GKNA 2O8VB 2ZNMA 5AIXA 3UJ1A 1QK8A 3L9SA 4I6XA 4WEYA 3TUEA 3AY8A 4DSRA 2YPMA 3CTFA 1O7UA 1ST9A 1OYJA 5KN1A 5L71A 3J7Yb 5IO0A 3TCOA 3MDKA 1EWXA 2VD0A 4LMVA 3ZITA 1V57A 4KDUA 3TGZA 4PUAA 1V58A 4WETA 4EUYA 2VCVA 2GQMA 1O8XA 1NM3A 4PQ1A 5E59A 3VPQA 5J3RA 2H76A 5J9BA 4KA0A 4F0CA 3KXOA 3A5WA 4HS1A 6GSSA 1VF3A 4YQVA 4PNFA 3IE3A 1I5GA 3HY2A 1TTZA 3HD5A 4EE0A 5J9CA 2B5EA 1MD3A 2DJKA 2V1MA 1FW1A 1T4YA 3FK8A 1TXXA 4N30A 3I43A 3UAPA 1IYHA 5E4WA 1FVJA 5CO3A 1U3AA 4LLRA 3ZMLA 2LRNA 4K2DA 20GSA 1KNGA 2X8CA 4POBA 3LYKA 5LD0A 3I6AA 4ZL7A 4DVCA 2JSYA 1QGVA 2M46A 4DSQA 2KP2A 3CRTA 3GSSA 3HCZA 3UMAA 3VWWA 4F0BA 2VM1A 3C7MA 2VCTA 1GWCA 3EMPA 3M3MA 1KBNA 1SL2B 3IV4A 2C0EA 4K1FA 4MZBA 1Z9HA 4JE1A 3U6VA 3TKSA 5A5KA 2X8HA 4LMWA 4ZB9A 4K7OA 2H6YA 2L4QA 1TK8B 4TR0A 2REMA 4FYUA 3DYRA 5HR2A 1R26A 3FZAA 4D73B 4TOPA 4Q5RA 3TRPA 2YV7A 1GLQA 1NHYA 2PGTA 4K6XA 5G1KA 1F6MC 1OKTA 1OC3A 4K0GA 1DE1A 1QFNA 2RUEA 4X0XA 1XBSA 4V2LA 1YF1A 5DCHA 4MPFA 1A24A 2LSTA 1GNEA 2CA8A 3P8WA 1T00A 1TRWA 3UVHA 1F37A 2JL4A 2X8GA 2DIZA 4GSSA 1TU7A 3ZREA 2KHPA 1AW9A 3D4TA 3KD0A 1Z6MA 4EO3A 4KSMA 2L57A 1U6TA 2YNXA 16GSA 6GSVA 4K9ZA 2H66A 1N2AA 2AB6A 2WCIA 1M2DA 4GTUA 2VCQA 1PKZA 3GIXA 3GTUA 5D8IA 3VI7A 2F51A 3K8NA 5B8AA 1EGRA 1XFLA 5AGYA 4ZBAA 5G31A 1VF1A 3TKSC 2VL2A 5CRDA 3RBTA 2H8LA 3ME7A 3EWLA 5G30A 2P5QA 2K8VA 3NOFA 2H01A 2PU9C 5ECLB 2HI7A 2PMTA 4TR1B 4NHWA 5IQYA 3TOTA 4N10A 4K8MA 1LBKA 4D73A 4IP1A 3IAM2 5IO2A 4OMVA 5J5NA 5CRGA 1OC9A 1AQVA 2CVDA 1JZRA 3D22A 1EV4A 3KMNA 2OE1A 2LTKA 3DGQA 2HXKA 4F82A 4K7IA 5EVOA 3F3RA 3IXRA 2N5BA 2DMLA 4WBJA 1M9BA 1DBYA 4YAVA 3IA1A 3I9V2 3LSZA 1BYEA 3O6TA 5ID2B 3WT2A 1QUWA 1YF0A 1FHEA 1PX7A 2CVKA 5DDLA 3CYNA 4TKYA 2EC4A 1U3IA 2VUPA 2C3TA 1SK0A 3KIJA 4KAEA 2GSSA 2I4AA 2RM6A 1A2LA 2V32A 2VL3A 2GQKA 3F4TA 2M72A 3GUSA 2GLRA 3F4SA 3H8QA 5IOXA 10GSA 1V9WA 3M9KA 4ZB6A 3TB2A 3UVTA 5JCGA 1WJKA 3ZYWA 1M2BA 3QAWA 1UC7A 4OO5A 2BMXA 2ON5A 1GSFA 5AN1A 1O6JA 1SJ6A 3TKSE 4EC0A 4ZBDA 2IMIA 5CYYA 4TR1A 3WYWA 2WULA 4GF0A 1O8WA 2H73A 3EURA 4HJMA 2RLIA 1M0UA 1PGTA 4POKA 4ULXA 1CQGA 1JZOA 3LYPA 2LKUA 4JRRA 2B1LA 5B8BA 1YEXA 2AHEA 2LV3A 4GLTA 1BAYA 2P31A 5HFKA 3C8EA 4E8EA 2TIRA 2DJ3A 4GRFA 1JZDA 2YN1A 2VLTA 3KJYA 4FYCA 5ECOB 3UL3A 3FR6A 4GCIA 2VL9A 5DVBA 4HZ4A 1T8EB 3F6FA 4JEDA 1A2MA 2E0QA 4G9HA 3TJBA 4BVXA 3ERWA 3HVXA 1T3BA 3VWVA 2V6OA 3QAVA 2VCZA 2OKAA 4ZL9A 3IRAA 4EL1A 1W4VA 2LQOA 3EU3A 2HE3A 5D9VA 1HNAA 5CNWA 4IELA 4MJCA 5DCGA 1T1VA 3TJFA 3ZTLA 1SKSB 4XIHA 1MEKA 3ZFLA 2GQLA 3KH7A 3O76A 2VLUA 4RQXA 1K0BA 2X99A 1PL1A 1B48A 2B5XA 4MP4A 1TI1A 3G7JA 5COHA 1TOFA 3MWHA 1M2AA 2KUCA 2VAFA 1XOAA 4NHZA 3L9UA 2WFCA 3FYGA 2HRFA 5DBQA 3Q74A 1ILOA 2HYXA 4KUNA 1RQMA 1O73A 1GSUA 4ILFA 4L5OA 4ECBA 2I1UA 4KE3A 1PMTA 4WR4A 4ZBBA 2YP6A 4LL4B 2AYTA 3QD9A 3GMFA 4FH8A 4MK3A 4V2MA 1T7PB 2XBQA 4OFMA 2GZZA 3APQA 2H19A 1E2YA 3EINA 3D5JA 2G2QA 1CQHA 1EP7A 2DJ1A 2PUKC 1XCCA 3KEBA 1GSDA 2K9FA 2D2ZA 4MZWA 1XWBA 4Q5FA 4RUVA 4NPBA 5HR1A 4DSSB 2WB9A 2C1YA 2CZ2A 4IJIA 1SD9A 3RHCA 4HUAA 4I2TA 1OC8A 1I9DA 4N0VA 1FG4A 2LJKA 3F0IA 1FVKA 3KMOA 1URMA 1VF4A 4XS1A 1B8XA 2C0DA 3HJOA 3GFKA 3EE2A 1QXHA 3WGDA 1GSSA 1MDJA 1Y25A 4LL1B 4PNGA 3L78A 4XS4B 1EEJA 5A4UA 2IFQB 1JZWA 1K0NA 1GSYA 1C72A 4HQZA 5DAKB 3HA9A 4K7NA 2O7KA 5ECQB 2O87A 2A2SA 2IWTA 4WF5A 3WGEA 3R2QA 2B3SA 3M8NA 3Q19A 3HJMA 1AQWA 1ZCPA 12GSA 9GSSA 1J08A 4BL7A 1H75A 3ERFA 3Q18A 3RHBA 5GZZB 1K0MA 2CX3A 2GS3A 4I8BA 4MH2A 1THXA 3A2WA 1PX6A 1FOVA 3L0HA 4MF5A 2AUVA 4HQSA 2YJ7A 1MDIA 5F0GA 1VRSD 2N5FA 3ZLPA 2R6KA 2GSQA 2K8SA 5A4WA 3F6DA 4TVEA 2NTOA 2ALBA 3L4NA 2V41A 5AISA 1WMJA 1XPVA 4HDEA 1BG5A 1YDKA 8GSSA 1UA5A 4OCEA 2LRTA 2V2GA 4BWSA 4KSOA 1A0RP 5KN3A 4YQMA 4DSSA 3QMXA 3UOMA 5D9XA 1USBA 5LCZA 4I5QA 5D9TA 3GV1A 2JADA 1EGOA 2R2JA 4GXZA 4XTSA 4IP6A 4TR4A 2CZ3A 1WPIA 1G7EA 3C71A 3D0ZA 3DKSA 3KM6A 5HQPA 4XS4A 4EVMA 3GRXA 2IFQA 2OE3A 3LG6A 1X5CA 5DAKA 3MAKA 1SKRB 2EIQA 2KLXA 2H70A 1SL0B 4MABA 4X43A 5F8BA 4MCUA 3S9FA 1X5EA 3HDCA 1MD4A 1Z6NA 4ECIA 1F2EA 4WF4A 17GSA 1SK1A 2L6DA 4EDZA 1UVZA 3PINA 3RDWA 3HXSA 4JR6A 3CTGA 4AJ6A 2EIOA 4JBBA 4RI6A 2YV9A 5FHIA 3M9JA 1G6WA 1GRXA 2IMKA 3GA4A 5GSSA 2AJQB 3FZ5A 2VO4A 1XWGA 1JLVA 1WP0A 4OFNA 5D96A 5IMAA 1EV9A 5C00A 4EF0A 2OBIA 1Z7RA 3F4RA 2ON7A 4HEA2 2WDUA 3EVIA 3IAS2 4IHUA 3VLNA 2F8AA 2RIIA 2XBIA 4FO5A 4CHSA 4QL9A 4N0ZA 2JZRA 3C1RA 4O92A 2LNTA 1EOHA 2VOCA 2L4CA 4KB3A 2K6VA 4KDYA 3ZRDA 2JZTA 1XOBA 3ED3A 2GZPA 3TRXA 1JHBA 4XCSA 4G2EA 2H6XA 2TRCP 3GH9A 1FAAA 5B6MA 1SYRA 1TI3A 5EY6A 2X64A 3ZVJD 5AIVA 4POLA 3ME8A 4F03A 2ZUPA 3DVWA 3VWXA 1AC1A 2IL3A 5FWGA 2O89A 1R5AA 2H1AA 4KNDA 3E3EA 3ZL5A 4OO4A 5C04A 2K18A 1GTBA 1PN9A 1ERUA 1JFUA 4QL7A 3ERGA 3TKPA 2IJYA 5DQSA 2CX4A 1ZL9A 2QKEA 5H5SA 2L6CA 1SU9A 1OAZA 4Q5NA 5ECMB 3NZNA 4ZILA 4KCAA 1LJRA 3J7Yk 2DJ0A 1HNBA 2R5GA 2A2RA 2IMEA 2XPDA 3HZ8A 4OCFA 2YANA 3P90A 1B9YC 3P2AA 1ZMAA 5CREA 7GSSA 2HLSA 1PA3A 4F2IA 3CSIA 3DIEA 1KEBA 4L0UA 4KW6A 4TW5A 3TKRA 1K3YA 2BTOT 2VLVA 2DJJA 3GHAA 4KCEA 5IMZA 2B6MA 2DMMA 2IIYA 3IBHA 4J57E 2H1BA 2E2GA 2OADA 2H0IA 2FLSA 2BJXA 2LEGA 1JLWA 2YZHA 3GH6A 3VPTA 2VL2C 5B7CA 6GSUA 1AIUA 5INYA 2L59A 2MMOA 1XWCA 4MF6A 1KTEA 2H30A 5IMVA 2YZUA 3EYTA 2LS5A 2YWOA 5B6NA 1GSEA 4V2NA 5HFGA 4L0WA 3KP8A 2E2MA 4WXTA 4FIWA 3BJ5A 1HYUA 2H6ZA 1T4ZA 3IOSA 3DMLA 1PRXA 4KX4A 1K0CA 4IQAA 3H4KA 2NVLA 2MBTA 1QQ2A 1ERVA 1OE8A 3UARA 1YQ1A 2LJRA 1GTAA 5ID2A 1OKDA 2DSAA 3IHQA 2L5OA 4AJ8A 2FCHA 5ENUA 3W6GA 3HVSA 3VI5A 2HT9A 4MLYA 5H5RA 2YCDA 3CMIA 3V1WA 3HKRA 2H74A 3TJKA 1GSQA 4IVFA 2A4VA 5HFIA 4QQ7A 2B1KA 2FUG2 2FA4A 3UIWA 3BCIA 2OA7A 1G7OA 4PUFC 1YY7A 1EEMA 4HU7A 2TRXA 2WJUA 2YJHA 5JCUA 1XW9A 4O5RA 4JR4A 1YZXA 2FNOA 2R37A 5KN2A 1FB0A 1ACVA 2VCWA 3RPNA 1GTUA 1S3DA 1A0FA 4O32A 3WD6A 3EC3A 6GSTA 14GSA 4IQ1A 3MNGA 3GKKA 5ELGA 2B7JA 2NPBA 4RI7A 4HU9A 2WRTA 1TRVA 1NHOA 4HZ2A 2CAIA 1TU8A 2I3YA 2Z9SA 1R4WA 2JSZA 4G10A 5G5EA 1EP8A 2H0GA 4K0NA 2DBCA 4NXIA 1J0FA 5DJLA 4GQCA 3TOUA 2R3XA 1TRUA 2H1GA 4NV5A 5D73A 3UEMA 1GUHA 5J41A 4NMUA 1TW9A 3TKQA 3A2XA 2MMAA 3P7XA 1SK2A 3WGXA 3KCMA 3LWAA 1SL1B 5JWQB 4MH3A 5ELAA 3D6IA 2WGRA 4ECJA 2PPTA 4KH7A 4AGSA 3QAGA 5ECSA 2HSHA 3KP9A 4OWYA 3TJJA 5DJMA 2HZFA 1TDIA 2CQ9A 4IW9A 1GNWA 2LJAA 1IYIA 4FYBA 2XHFA 5G2ZA 3JCML 4TR3A 5ABRA 5CP1A 2I9HA 4WR5A 3HHVA 3QCPA 1DSBA 4AF2A 3GX0A 4F9ZA 1YKCA 4N11A 4ACSA 2R4VA 2V6KA 3DD3A 4IJ3A 1ON4A 5H5QA 2CV4A 1V40A 4PGTA 2OACA 2GTUA 1GUMA 3QFAC 3IR4A 1M99A 2QSIA 1ZGNA 4YAPA 3GKMA 4Z7XA 3ZIVA 3G9BA 1NW2A 2LNSA 1K0OA 4IS0A 2VD1A 1Z7PA 2VM2A 3GX8A 2FD3A 3A2VA 4I2UA 1UN2A 5DALB 5FT3A 3EMXA 3IDVA 5JWRB 1XVWA 5IPGA 3DEXA 1XW6A 2H1DA 2F3MA 2H71A 4GSNA 5G5FA 2IN3A 4GQFA 4TXVA 6GSYA 4MDCA 4GSTA 1DUGA 1V98A 1B4PA 3HVVA 1OVNA 3ZVJA 3VFIA 1PD21 3F9UA 2PERA 1U87A 4MPGA 1HD2A 4P3YB 3U5RE 1TP9A 3MSZA 3GNJA 1XIYA 3F3QA 3O3TA 5KEJA 5ECNB 3FRCA 3LQ7A 1Q98A 3IPZA 3GSTA 2YWNA 4EXJA 5G1LA 2PBJA 4KDXA 2YWIA 4HOJA 3W8SA 1WOUA 1GTIA 1ZYEA 1THOA 2L5LA 4GWRA 1TK5B 2DJ2A 1Q4JA 13GSA 1BQ7A 2IMFA 5DQYA 1F3AA 2GT6A 3TRQA 4XHMA 2GT5A 5GSTA 1ZOFA 2I81A 4ZIJA 3DWVA 3GTUB 1GL8A 4ZXGA 1BJXA 1WE0A 3E0UA 1XWAA 4MF7A 3IK9A 1G6YA 2GSTA 5IPHA 4TN8A 3L9VA 5DALA 1PSQA 3FKFA 5CRHA 1XWKA 3BBYA 6GSXA 2GGTA 1SJZA 3D4MA 3RAZA 1J9BA 3TJGA 1TK0B 1ERTA 4EKZA 3W8JA 1S3AA 2P5RA 3LJRA 2H75A 1OE7A 2QC7A 4ID0A 4ML1A 4MZCA 4POMA 1OC9B 2J23A 4TRXA 1GP1A 1F9MA 1WRYA 3FZ4A 5GAND 2HFDA 1A8YA 1TJDA 3LGCA 2P0GA 5GAPD 2HSYA 5IIZA 4BPYA 1ZZYA 4EDYA 2DLXA 2GSRA 1HNCA 2IPAA 5CAXA 3FY7A 5HR0A 5D9WA 4YQUA 5JCWA 2IMDA 2RUFA 3E9JB 2O85A 22GSA 4X1UA 1Z3EA 3BCKA 4BVYA 2KP1A 11GSA 3F8UA 1YJ6A 5ECIB 4OFTA 4J56E 1O85A 4HI7A 2N5AA 1R7HA 1BEDA 3RPPA 1XW5A 2FWHA 3D21A 2RM5A 3LORA 1X9MB 19GSA 2VCXA 4NV2A 2LRCA 4V1Ap 1FO5A 3VK9A 3QOUA 2FWGA 3OR5A 1N8JA 2F8FA 2XPEA 2MMNA 4LA1A 2J9HA 3EU4A 2JU5A 1EZKA 4RQRA 3N9JA 1FB6A 3GN3A 2MZCA 3FR3A 5F06A 3APOA 4CW9A 3KTLA 3BOAA 1GLPA 3ZZXA 2MMZA 4H86A 3SWLA 1WWJA 4BWQA 4NAXA 4G19A 4PX1A 1VF2A 5JWOB 4XS6A 2YOIA 3VWUA 3PGTA 4L5LA 1SJIA 2DIYA 5HR3A 1RK4A 2KOKA 2H72A 1A8LA 2PVQA 1MTCA 4MA9A 1HQOA 2XC2A 1YKAA 2MYGA 1GH2A 2G0FA 3KTBA 1A23A 2YWMA 3A3TA 1K3OA 3PH9A 2DC5A 3US3A 2LUSA 3SBCA 3LXZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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