2I81 | Genus

Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	60
sequence length	193
structure length	193
Chain Sequence	PTYVGKEAPFFKAEAVFGDNSFGEVNLTQFIGKKYVLLYFYPLDFTFVCPSEIIALDKALDAFHERNVELLGCSVDSKYTHLAWKKTPLAKGGIGNIKHTLLSDITKSISKDYNVLFDDSVSLRAFVLIDMNGIVQHLLVNNLAIGRSVDEILRIIDAIQHHEKYGDVCPANWQKGKVSMKPSEEGVAQYLST

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9505956159549047__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9505956159549047__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2I81/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9505956159549047__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9505956159549047","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2I81/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9505956159549047__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Plasmodium vivax sai-1
publication title	Crystal Structure of Plasmodium vivax 2-Cys Peroxiredoxin, Reduced rcsb
molecule keywords	2-Cys Peroxiredoxin
total genus	60
structure length	193
sequence length	193
chains with identical sequence	B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family
A	PF10417	1-cysPrx_C	C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2i81A00

2RUFA 3IBHA 4L5LA 4TW5A 6GSWA 3GN3A 1GULA 2H01A 4CDOA 4GTUA 2AV4A 4TN8A 3W8JA 2GTUA 3D6IA 4V2LA 4BVYA 4TKYA 2JZRA 5JCWA 2RUEA 2H19A 2LRNA 4WKWA 3ZFLA 1XVWA 3A3TA 2X99A 3CRUA 2BTOT 2F8AA 1XWAA 4K7NA 4HS1A 4EXJA 1XCCA 2LJRA 5DJLA 3EVIA 3GUSA 2KP1A 1GTIA 2M72A 4HEA2 2GSTA 1YQ1A 2H72A 3HHVA 3FZ5A 1MD3A 2AAWA 5EVOA 2H71A 4K0NA 3GH9A 2PGTA 3OR5A 3C1RA 3GFKA 3KH9A 4KW6A 3GTUB 2FUG2 1EEJA 3LG6A 1MDKA 3D22A 5G5EA 5COHA 2DMLA 4LLRA 2YN1A 5EY6A 1A0RP 1B4PA 12GSA 2E2MA 4V2MA 2HT9A 2H1DA 3EURA 3ME7A 5KN0A 1ON4A 1U3IA 3M0FA 1M2AA 2IMFA 3NZNA 3WD6A 1M7TA 1U88A 1X0RA 3HD5A 2GZPA 2RM6A 2ZUPA 3J7Yk 4DSRA 1JHBA 1V9WA 5E59A 3QCPA 1Y25A 3C7MA 1YF1A 4POLA 5IPHA 1DE1A 2CVDA 4GCIA 3GKMA 2DSAA 2EIOA 5ID2A 2BMXA 5A4UA 1ABAA 4NV2A 3VLNA 3HKRA 4KNDA 4TRXA 2RLIA 4J56E 3HYPA 4LL4B 1OC9B 1ZYQB 2YZUA 3LFLA 3LGCA 5L71A 1SD9A 2MBTA 3BD2A 2FNOA 1SL0B 1YDKA 2ON5A 4K7IA 4WETA 1BQ7A 2AHEA 2DJKA 3E0UA 2MMAA 4MA9A 5IMDA 1WE0A 4GQCA 4FO5A 1EEMA 2NDOA 2D2ZA 5IO0A 2XPDA 4JR4A 2C3NA 2FWEA 3M9JA 5G2ZA 2FCHA 3V1WA 2ON7A 1H4OA 3W8SA 2H0IA 4GRFA 5DQSA 3IXRA 4HQZA 2VL2C 3FK8A 2B7KA 4K1FA 2VCXA 2HRFA 3TOTA 1HNCA 1ERUA 2FWHA 4MMMA 2HSHA 2TRXA 1B9XC 3GL5A 3VWUA 1A2LA 3N9JA 2HNLA 2LV3A 4POKA 1X9MB 1G0TA 1V57A 4K7OA 1EP7A 2LKUA 1K0DA 5AGYA 5IMVA 4EF0A 2K6VA 2KHPA 2L4QA 1QUWA 1Z9HA 3IPZA 5ECMB 4AGSA 2DJ0A 2VLVA 3DYRA 5JCUA 3BCKA 4NV5A 4Q5FA 2B7JA 4XS4B 1GWCA 3J7Yb 5GAND 1I5GA 1X9WB 4GWRA 3DMLA 2XBIA 1OKTA 1Z5YE 3BBYA 3ZTLA 2M46A 2VL2A 2FA4A 2PVOC 3L9UA 2IN3A 3EWLA 5ELGA 1AXDA 2L4CA 1GTAA 2C1YA 3CSJA 3F6DA 5ID2B 1THOA 1FG4A 4EO3A 2KLXA 2YWNA 1QXHA 1SENA 5LCZA 2GLRA 3D4TA 4N0ZA 3ZITA 4YAPA 2H0HA 4JR6A 3TKPA 2CZ2A 4HQSA 2B1LA 1O85A 2QGVA 4KDYA 2IIYA 1YEPA 4ULXA 1JZRA 2WFCA 4O32A 3RBTA 3CYNA 1FOVA 1O73A 2HZEA 4XS6A 2C80A 1PKWA 2A2RA 2B5YA 1T00A 2GT6A 5A5KA 4J57E 3RDWA 4HZ4A 3VWXA 1S3CA 3FYGA 2IMDA 1ZGNA 4I6XA 3H1NA 4IP1A 2IWTA 1TP9A 20GSA 4LL1B 1K0MA 1MEKA 5ECSA 5D9VA 2PPTA 3PH9A 4X0XA 3DXBA 4BVXA 3GURA 4PUFC 2CA8A 2A4VA 5ENUA 2CAQA 4DSQA 1XW6A 1X5DA 1SL1B 4YH2A 6GSUA 1XOBA 3K8NA 3PINA 3GX0A 2H75A 2R6KA 5B8BA 4AJ6A 1GLPA 2C0FA 1GNWA 4KCEA 3VFIA 3VPQA 5ECRB 3QPMA 3F4SA 3HVSA 3LYKA 1YF0A 4TR1B 4JBBA 1O8XA 2DJJA 2JSYA 1K3LA 2H1GA 2FWGA 2IFQA 2PWJA 2K18A 1XPVA 5DDLA 1WJKA 2AJQB 4IN0A 2OBIA 2L5LA 4PNGA 3HJMA 1F3BA 1WPIA 1XIYA 4Q5QA 1EGOA 1PA3A 3CBUA 5DCGA 4PQHA 4G10A 2YWIA 3ERGA 3VPTA 2H6YA 2O8VB 4MDCA 5A4VA 2N5AA 3I69A 1J0FA 3VK9A 1XWCA 1PL1A 7GSSA 1IYHA 4L0UA 5ECHB 1K3OA 2YJHA 8GSSA 5IOXA 5F06A 1AIUA 5F05A 5D96A 2P0GA 4TR3A 2M80A 4FIWA 4GF0A 4XS1A 2FWFA 1SK1A 4I2UA 2DIYA 3LJRA 1YEXA 4K0GA 1T4YA 1URMA 2V32A 3APSA 1Z7RA 1VGLA 1NHOA 5AIVA 3TJJA 4OMVA 3M8NA 2VOCA 3P7XA 5LNKe 4KDXA 1B4QA 1XXUA 1SD8A 1J08A 2CV4A 3L78A 14GSA 3D4MA 1TW9A 22GSA 1SJZA 2LTKA 4PURA 3GTUA 3A2VA 1WWJA 2HZFA 3U6VA 3HA9A 1M99A 1SL2B 5AISA 2VCQA 2H66A 3F4RA 4ML1A 2N5FA 4L0WA 3TRQA 1CQHA 5IQYA 5DBQA 2IMKA 2L6DA 2GSQA 1BEDA 1TU8A 2O89A 2C3TA 3G7JA 3DKSA 5JCGA 1K0AA 3DRNA 1M9AA 4MABA 1U87A 4PX1A 1EOHA 2HYXA 1MDJA 4EDYA 1A8YA 4TOPA 3GSTA 1OE8A 2K9FA 1KBNA 1DSBA 1G6YA 3L9SA 4F03A 4NMUA 2G0FA 2YWMA 3VURA 2OJLA 3GH6A 2VCWA 4IS0A 2XBQA 5EPFA 2NBSA 2H74A 1Q4JA 2FGXA 4F2IA 2LJKA 1AW9A 1JFUA 3IC4A 1OC9A 3D5JA 5D8IA 3TKQA 3UJ1A 1QGVA 1SU9A 3KTLA 2DBCA 2JU5A 3F4TA 1IYIA 2VCTA 1T7PB 3IE3A 3GMFA 2H30A 2N5BA 1A8LA 5CO3A 3SBCA 2XPEA 5GSTA 5G30A 1G7EA 3L4NA 4OCEA 4BA7A 3IA1A 2PUKC 3LXZA 5CAXA 3I9V2 3TJBA 1WRYA 1TK8B 3W6GA 3HZ8A 5ECNB 3QD9A 5FHIA 1EWXA 4ISDA 2P5RA 2GQMA 4FYCA 3GNJA 5J41A 3O76A 1JZDA 1TI1A 3JCML 3QOUA 2QKEA 3ERFA 1YZXA 2R37A 4MJBA 5GAPD 2FA8A 2I9HA 4HZ2A 5FWGA 3KGKA 5B8AA 1RQMA 2X8HA 2GDRA 3BOAA 3L0HA 1TK0B 2MMOA 2OE0A 2I4AA 4ZXGA 3F9UA 3TOUA 2VAFA 2WRTA 3KXOA 1THXA 5F07A 4I8BA 4XS4A 4ZB8A 5ELAA 3CTFA 1SK0A 1WOUA 4TVEA 3FR6A 1HNAA 5ECIB 2TRCP 1XW5A 4GXZA 3HJOA 4FYBA 4ACSA 4EVMA 4MH2A 2OBKA 3TDGA 5DVBA 2LNSA 4H86A 4ML6A 3FY7A 5HFGA 3ZVJA 4POBA 4N0VA 4XRAA 2R2JA 4ILFA 1BAYA 3EU3A 1ACVA 3CRTA 1FB0A 3HXSA 1QMVA 4I97A 3GKKA 4FH8A 1GSFA 18GSA 4LA1A 2LRCA 4F0CA 3FHKA 3IR4A 2FHEA 5DALB 1SYRA 1FW1A 1TRVA 4WF4A 1XWGA 1A24A 4I2TA 1VF3A 4RUVA 3H4KA 3KM6A 4ZB6A 1G7OA 1F2EA 2JL4A 4Q5RA 4OD7A 1EOGA 4K6XA 6GSXA 4ZL7A 1SJIA 2XC2A 4IQAA 3P8WA 3QR6A 1W89A 4KE3A 3ZL5A 6GSYA 4OCFA 3FEUA 2B6MA 2FY6A 2GQLA 4AF2A 4Z7XA 4HJMA 5KN3A 1PRXA 2RIIA 4D73A 2H8LA 1XZOA 5JWQB 3C71A 4Q5NA 5INYA 2O87A 2VD1A 2BJXA 1Z7PA 3CTGA 1WMJA 5G1KA 4KX4A 5ECLB 1PKZA 3ZYWA 3GV1A 1WP0A 1QQ2A 1YJ6A 1NM3A 3HVVA 5D9XA 4N30A 3CSIA 4TR1A 4ZB9A 1F6MC 1FB6A 4TXOB 3FKFA 3QMXA 1HNBA 4KCAA 4QQ7A 3TGZA 3APQA 5IOWA 2LEGA 3WGDA 3TCOA 1SKRB 1GL8A 3UIWA 3FR3A 4KGIA 4XCSA 3DD3A 4MJEA 11GSA 4EC0A 5GSSA 2H76A 2WB9A 5J4UA 19GSA 1R5PA 5HQPA 5D9TA 1AC1A 3QAVA 4ZIJA 1K0CA 3CMIA 3WYWA 3EYTA 2XHFA 6GSSA 4MPGA 1AUCA 2DJ3A 3MDKA 1M2BA 1M9BA 4POMA 3D0ZA 1TRSA 1V98A 4JZQA 1UN2A 5G5FA 4GQFA 3GKXA 3LORA 5C00A 4BWQA 1NSWA 2B1KA 5B7CA 3ZMLA 2IL3A 3LSZA 6GSTA 4N11A 3UBKA 1E2YA 3ME8A 1R4WA 3VI7A 3QAWA 2V1MA 4G2EA 5H5QA 5DAKA 1N2AA 3DVXA 3FZ4A 4CW9A 1RK4A 2IJYA 1R5AA 2B5XA 3A2XA 1USBA 3M1GA 4IJ3A 16GSA 4LMVA 3UAPA 2F51A 3LYPA 4D73B 3WT2A 2CZ3A 3US3A 2YJ7A 3S9FA 3KJYA 3QFAC 2JZTA 3U5RE 2YWOA 3TRPA 4GSNA 4NPBA 5AIXA 4K8MA 4J2FA 1XFLA 4ZBBA 2O85A 4MF7A 3NIVA 4NWYA 2I81A 2L5OA 2HSYA 4XRDA 4BWSA 4YQVA 1GUMA 3EMXA 4TR4A 2CQ9A 3CXGA 1PL2A 4EUYA 3F63A 3TKSE 3ED3A 3ZVJD 4HI7A 2KP2A 2YZHA 4F0BA 1DBYA 1OE7A 2WCIA 4OFMA 3SWLA 2VIMA 2VL9A 1GUKA 4JE1A 1GSDA 4MP4A 1O7UA 5ECOB 4CHSA 1YKCA 2GT5A 1XOAA 5DJMA 2MYGA 3IK9A 2EIRA 4HU9A 4X1UA 3RAZA 3LEFA 4TXVA 3C73A 1Z6MA 3I6AA 4OFNA 17GSA 1TRUA 1HD2A 1PQNA 1OAZA 3MNGA 2OADA 4F9ZA 1XWBA 3TJKA 1QFNA 3C1SA 5AN1A 3WT1A 5LD0A 1AAZA 2V6KA 1V2AA 1BJXA 1GTUA 2V6OA 4XHMA 3RPPA 4MJCA 5CRGA 2KOKA 1A23A 5CNWA 4I5QA 3WGEA 3G7IA 2LSTA 2GS3A 1Q98A 2VD0A 2V2GA 3IAM2 2WULA 3GA4A 4ECIA 2CT6A 5IO2A 5J9CA 3ZLPA 5DAKB 1ZMAA 1EZKA 2E0QA 5CRDA 3IK7A 2Z9SA 1GSSA 2VLTA 5H5RA 2R5GA 2JADA 2PERA 4PNFA 2EC4A 3MSZA 3NOFA 2F9SA 4IGJA 2OA7A 2ZNMA 3TRXA 3DWVA 1MD4A 3IDVA 5HR0A 1HQOA 1A0FA 2CX4A 1PSQA 4L5OA 4LMWA 2C0EA 4MPFA 4ECJA 5B6NA 1GNEA 5CRHA 4QL7A 4HUAA 2C0DA 2YV7A 3PR8A 1QK8A 4OO4A 2MMZA 2P5QA 1OVNA 2J9HA 4ZL9A 1GH2A 4QL9A 2ALBA 2IMIA 4EKZA 2OE1A 3IHQA 2WDUA 4P3YB 3G7YA 4TR0A 3LXTA 1ZL9A 2YCDA 3UBLA 3TUEA 3GRXA 1XW9A 1GP1A 1MTCA 4G9HA 5GZZB 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1F3A A;  3F0I A;  1O6J A;  1E6B A;  4IBP A;  3EPT A;  2DLX A;  1T4Z A;  3KCM A;  1BG5 A;  5IMZ A;  5BMU A;  3ZIV A;  5A4W A;  3O3T A;  2O7K A;  2HZE B;  4MCU A;  4KH7 A;  1ST9 A;  4JRR A;  4MZB A;  4KAE A;  2PVQ A;  4WF5 A;  4N10 A;  2R3X A;  2GZY A;  5JWR B;  5IMF A;  5IM9 A;  1Z3E A;  2V41 A;  2GZZ A;  1UVZ A;  3BJ5 A;  3IV4 A;  4FQU A;  2A2S A;  2NTO A;  2GGT A;  4MF6 A;  1PMT A;  4MZW A;  2VUP A;  1XVQ A;  1V40 A;  1KTE A;  4HJ2 A;  4NXI A;  4OFT A;  2B3S A;  2LRT A;  4JU5 A;  2E2G A;  2RM5 A;  2PMT A;  3LWA A;  1GSE A;  2KUC A;  3DIE A;  4MK3 A;  1V58 A;  2LNT A;  2WZ9 A;  3ZFB A;  1XWK A;  3A5W A;  4IJI A;  1TJD A;  3TB2 A;  4O5R A;  1S3A A;  1GLQ A;  3TKR A;  4GST A;  1EV9 A;  3WGX A;  2QA1 A;  3RHB A;  1OYJ A;  2C0G A;  2WJU A;  2AYT A;  3UOM A;  1B9Y C;  2HLS A;  1K3Y A;  1ML6 A;  5DCH A;  3GIX A;  1ERT A;  1AQV A;  4IQ1 A;  4EDZ A;  5KN2 A;  2IFQ B;  1JZO A;  4DVC A;  1TXX A;  3KMO A;  4HOJ A;  3UMA A;  1LJR A;  4MF5 A;  1SKS B;  4ICY A;  3F8U A;  3G9B A;  1X9S B;  2X8G A;  3IRA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2I81A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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