2K8SA

Solution nmr structure of dimeric thioredoxin-like protein ne0084 from nitrosomonas europea: northeast structural genomics target net6
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
80
structure length
80
Chain Sequence
VASKAIFYHAGCPVCVSAEQAVANAIDPSKYTVEIVHLGTDKARIAEAEKAGVKSVPALVIDGAAFHINFGAGIDDLKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution NMR structure of dimeric thioredoxin-like protein NE0084 from Nitrosomonas europea: Northeast Structural Genomics Target NeT6
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Nitrosomonas europaea
total genus 18
structure length 80
sequence length 80
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2k8sA00
3EU3A 2CVDA 2MMNA 4TR1B 1EP8A 1SD8A 4Z7XA 1THXA 3HHVA 3UVHA 5DAKB 3ZTLA 1G6YA 2H6XA 2VL9A 3L9SA 2GVPA 1PMTA 1JHBA 1HNBA 1SKSB 3R2QA 4IJIA 2BJXA 2C0DA 1UA5A 5DBQA 3HXSA 5AGYA 5F05A 2EIQA 2KLXA 3VLNA 4HDEA 3EURA 20GSA 5CRGA 1AC1A 2FCHA 2R37A 4V2LA 4BPYA 2FHEA 3HDCA 1A23A 5LNKe 1EP7A 2VD0A 4LMWA 4TXVA 4IGJA 3GFKA 5ENUA 2M80A 3L0HA 1EOHA 3GHAA 4G19A 2TIRA 3IOSA 2CV4A 2LRTA 5ELAA 1TRSA 3BJ5A 4ZXGA 5D8IA 3G9BA 4P3YB 1SKRB 2DLXA 1I9DA 4DSQA 2B1LA 5AN1A 1Z6MA 5ELGA 4ZB6A 3QR6A 3UBLA 1S3CA 2CAQA 1W4VA 2MYGA 1ABAA 1XWAA 1O81A 1XVWA 1TRUA 4TR4A 2EC4A 2NVLA 4TRXA 2GDRA 2GT6A 1BX9A 1EGRA 1K0DA 2LRCA 4FH8A 1PD21 4MCUA 2I4AA 3CSJA 4JR4A 4JE1A 4MJEA 2YNXA 3W6GA 1DSBA 4GSNA 3HVSA 2NBSA 2JZRA 5DDLA 1SL1B 2OE3A 2REMA 3KTBA 3VWUA 1R7HA 3BCKA 4XRDA 3TB2A 2KOKA 4PQ1A 4JU5A 1FHEA 3EC3A 5J5NA 3Q6OA 4IBPA 1MEKA 1RK4A 2DJ3A 1BAYA 2NDOA 2QC7A 3PH9A 3ZZXA 5IOWA 3KXOA 1FB6A 3DYRA 2DJJA 2PN8A 2LSTA 3C71A 2L6DA 2H1DA 1NHYA 2Z9SA 3M8NA 3GURA 2V32A 1GUHA 4ACSA 5EPFA 3RPPA 3ZMLA 1H4OA 1M2BA 2FWGA 1T4ZA 1YEPA 1A2JA 3IHQA 2K18A 2H6ZA 4YQVA 2IFQA 1O85A 5E4WA 4TW5A 2C0EA 2VCQA 3EE2A 5D9TA 2XC2A 5DVBA 5EY6A 3Q19A 3F4RA 4LLRA 3O76A 4OCEA 4K0GA 4LMVA 1FB0A 3CXGA 2CZ2A 3H93A 3A3TA 4IVFA 4GWRA 2B7JA 3C1SA 4MPFA 1AW9A 5JCGA 2CVBA 3FKFA 4KUNA 1UVZA 4AGSA 1A0RP 2WJUA 1PN9A 3O6TA 1R5PA 5HFIA 4LA1A 1K3OA 2L57A 2I9HA 3LGCA 4MZBA 4QL7A 6GSSA 5IPGA 2HZFA 3BD2A 3QAVA 3VWWA 5JCWA 1OKDA 4YAVA 1SK2A 4KCEA 2J23A 1U87A 2YJ7A 1T3BA 2F8FA 4N11A 1VRSD 4OO4A 2BMXA 2IWTA 4DSSB 1K3LA 2FUG2 2VCZA 4RQXA 2H74A 4E8HA 2RUFA 4ZL7A 3C1RA 4TN8A 2IJYA 2H1BA 4CW9A 4OMVA 3PR8A 2PUKC 2MBSA 1VF1A 3D4TA 2GS3A 2WS2A 5IO0A 2WZ9A 3F4SA 2CVKA 2PPTA 5L71A 1G0TA 4TXOA 3HY2A 4GTUA 3W8JA 2C8UA 3U6VA 4HUAA 4K7OA 1J9BA 2VM2A 3VPTA 3GRXA 4FYBA 2H71A 3HJMA 2HZEB 1OKTA 1Q4JA 2WGRA 1AQWA 5J41A 3LWAA 2C3NA 1EWXA 2FGXA 3IDVA 4HQSA 5JWQB 2HYXA 5G1KA 9GSSA 3LXZA 5IMCA 3MSZA 2H6YA 3KH9A 1R4WA 3UBKA 1THOA 1ZZYA 3E9JB 4XS6A 4BL7A 3M0FA 5ID2A 5ECPB 4KDXA 3DMLA 1GLPA 1HQOA 5EL8A 3ZMKA 4PURA 2YWIA 3G7JA 5ECMB 3J7Yb 1URMA 2VIMA 1GTIA 1FVKA 1MDIA 1BG5A 2MMAA 2H19A 3P7XA 2P5RA 1XOBA 3QD9A 1QMVA 1G6WA 2HE3A 2DIZA 2DMMA 1BQ7A 5KN3A 2LRNA 5IMFA 1QFNA 3ZFLA 1T7PB 5CAXA 4HJ2A 3BBYA 2H0GA 1N2AA 1NW2A 4YH2A 4J57E 1XWCA 3FYGA 4PGTA 1PX6A 2GSTA 4K7IA 1K0MA 1TP9A 3HJPA 2HNLA 3D4MA 4MDCA 1K3YA 3MAKA 1XIYA 3IPZA 4PXOA 4KCAA 2YN1A 2IN3A 1JZDA 3ZREA 8GSSA 1T00A 2GZPA 2N5AA 4I5QA 3KGKA 1A2MA 3US3A 2HI7A 4Q5FA 5J3RA 5HR0A 2GLRA 4ZBAA 1FVJA 2XHFA 2IMFA 2DMLA 1DE2A 1ZOFA 5CO3A 2CA8A 1GULA 1FW1A 4IQ1A 1OE8A 3TKSA 2VAFA 3EMXA 2PMTA 4RQRA 1LU4A 5AISA 1M0UA 2OACA 3IC4A 3KD0A 4F0BA 4EF0A 4ECCA 3VURA 4KSMA 1OVNA 3GKXA 3IAM2 1YEXA 2GSQA 4F2IA 3WT2A 2ES7A 3UJ1A 4ZB9A 1TXXA 3Q74A 3EMPA 2LNSA 4PNGA 1WMJA 1YQ1A 4KA0A 4V2MA 1GSUA 1T8EB 2YWMA 1Z5YE 1EEMA 3GKNA 4L5LA 3GKKA 4IN0A 1MDJA 5C04A 4Q5NA 5COHA 3TRXA 2G0FA 2PU9C 2B5EA 3IAS2 1B9XC 1GL8A 3V1WA 12GSA 2HXKA 1ZGNA 1HYUA 4OD7A 2K9FA 2VLUA 2AJQB 3CRUA 3FZ4A 2GQLA 4MF6A 3IA1A 1GSQA 4IW9A 2YWNA 1IYHA 5F0GA 10GSA 1MDKA 3GNJA 3KMNA 3HKRA 4I97A 1O8XA 3IV4A 1NSWA 1U6TA 1EEJA 2DIYA 1X5EA 3IRAA 2H66A 3PINA 5IIZA 1NM3A 3GL3A 1PKWA 2VUPA 2VD1A 4LL1B 3KIJA 3P90A 4DSRA 4LL4B 4GF0A 3ZFBA 4IELA 3TJKA 2H8LA 3D5JA 4JR6A 4KDYA 17GSA 3L78A 1J08A 3C8EA 1UC7A 3VI7A 1QQ2A 2EIOA 3TJFA 3ZITA 3GH9A 1LBKA 2OA7A 4IHUA 2AAWA 2G2QA 2O87A 2VCTA 4EKZA 2IMDA 4POBA 5ABRA 2V6OA 3A5WA 2VLTA 2C0FA 6GSTA 2M72A 3TOUA 3QFAC 1B8XA 5GAND 3GMFA 5FHIA 2GZZA 3QMXA 5F06A 4GQCA 3J7Yk 2I3YA 3S9FA 2H30A 1GUMA 1ST9A 2B5YA 2ZUPA 3WGXA 2X8GA 2ON7A 4D73B 4O92A 5G5FA 5HFGA 3L9VA 4BVXA 4IJ3A 4X1UA 1TI1A 2R3XA 3GKMA 1MD4A 4O5RA 3LQ7A 4IP1A 4OO5A 4JZQA 4KAEA 2YANA 1SJZA 1TRWA 5ECSA 4AJ8A 2JSYA 1F2EA 5ECLB 3ZVJA 3ERWA 3ZVJD 1TK0B 1SU9A 4EUYA 3C7MA 2FLSA 3UMAA 1QGVA 3QPMA 5DALB 1YKCA 1C72A 4IP6A 3APSA 1O7UA 3GTUB 2IIYA 5LD0A 1AIUA 1TJDA 2CQ9A 1S3AA 1RQMA 2C3QA 3VI5A 3HZ4A 1GP1A 4WR5A 2B5XA 4XS4A 4MZCA 3TJGA 3HYPA 4FO5A 3GIXA 4ECJA 3N9JA 3M9JA 3F6DA 2M46A 3FR3A 4AF2A 4ZBBA 3H1NA 2NPBA 3IE3A 4MJCA 4WF4A 1E6BA 3CBUA 4MPGA 5DQYA 4GSSA 1X9SB 5KN0A 3GL5A 2L5LA 3LYKA 2YPMA 4X43A 5G31A 1K0AA 3TGZA 16GSA 4CHSA 3Q18A 3ZRDA 2JADA 1R26A 1YZXA 1AXDA 1PKZA 2FWFA 4GLTA 4EDYA 2B3SA 3L9UA 2BTOT 1VGLA 5B8AA 5DQSA 4ZILA 3FZAA 2WDUA 1GSEA 3NZNA 3KZQA 4Q5RA 1PQNA 5AIXA 2FA8A 2OBKA 5CRDA 1M99A 3DIEA 1H75A 4L5OA 1OE7A 2KUCA 3UARA 1I5GA 4WR4A 5IMAA 4AJ7A 4MA9A 3ED3A 3LJRA 3GYKA 4J56E 2AYTA 1SK0A 1CQHA 4WF5A 2CT6A 2DJ1A 4FIWA 1SKWB 4OFTA 2VCVA 1PX7A 3KCMA 3DVXA 5F8BA 4ZL8A 3H79A 3EWLA 1W89A 4K6XA 3QAWA 2B6MA 1OC9A 2GZYA 1XWGA 4GXZA 3DGQA 1NHOA 4ECBA 2A4VA 4NMUA 2LKUA 1GNEA 2ZNMA 2RIIA 1YKAA 1TU8A 2R6KA 1GTAA 3VWVA 4KNDA 1E2YA 3HJOA 2LNTA 4WKWA 4TR1A 2IL3A 2A2RA 1JLVA 3TJBA 2DC5A 3TKSE 1DBYA 1X5DA 2LUSA 5ECQB 4AJ6A 3RAZA 5DAKA 4POMA 1SL0B 3HZ8A 4BA7A 3F6FA 1AAZA 1V98A 2IMKA 2VO4A 3FZ5A 1O8WA 1SD9A 1GSDA 1U88A 2C3TA 3H8QA 4KSOA 4NHWA 4WBJA 3KM6A 3DWVA 4RI6A 1PRXA 1FAAA 2JACA 3APOA 3W8SA 5JWOB 2K8VA 1MTCA 2GQMA 2H01A 3QOUA 4EXJA 1RW1A 2X99A 3NOFA 1YF0A 3UAPA 3CRTA 4MABA 2GT5A 4J2FA 3ZIVA 5A4VA 2V2GA 1GWCA 2IPAA 6GSVA 4G10A 3CYNA 19GSA 2ZCTA 1Q98A 1XW6A 1Z7PA 3EVIA 2GQKA 4JBBA 2IMIA 4N10A 3P2AA 2TRXA 1QUWA 2WFCA 4MK3A 5JCUA 3LSZA 1DE1A 2WCIA 1SYRA 3TUEA 1G7EA 4FYCA 2AV4A 5ECKB 2X64A 2JZTA 3VPQA 2JSZA 2PVOC 1K0CA 1JFUA 3BCIA 3F4TA 2DBCA 2LS5A 1O73A 3KEBA 2ALBA 2YZUA 4I2TA 4D73A 2C4JA 4ILFA 4HZ4A 5CREA 4F03A 3M1GA 4POLA 2OBIA 4POKA 3GX0A 4OCFA 2DJ0A 1X9WB 2F9SA 4FYUA 2CZ3A 1UN2A 3RPNA 3P8WA 1M2AA 1QK8A 4MF5A 3TKQA 3TOTA 1J0FA 5IMZA 2LJRA 4I6XA 2OE0A 3TCOA 4L8EA 1KBNA 3M9KA 2VCWA 1K0NA 3DEXA 1A8LA 1HNAA 1TW9A 5CP1A 3TJJA 5IMVA 2P31A 5JWRB 3F63A 5LCZA 1GLQA 4XHMA 3O3TA 3SWLA 5KN1A 2IFQB 2R2JA 4QL9A 3ERGA 3VK9A 3I43A 1XBSA 1AQVA 1V40A 5E59A 1GNWA 2MZCA 1SL2B 2N5BA 2ON5A 4MJBA 4NPBA 2I81A 4F9ZA 3HA9A 2C80A 2YWOA 3OR5A 4YAPA 2RUEA 2HLSA 4DEJA 6GSYA 3KP9A 4MH2A 4OFNA 2C1YA 2AHEA 3UIWA 4KW6A 3ISOA 2V6KA 3HVVA 2FWEA 4QQ7A 3EYTA 4KE3A 2QSIA 4F82A 2OE1A 2AB6A 5DJMA 2R4VA 2VL2C 3UOMA 3M3MA 3GH6A 4YQUA 1F37A 4G9HA 1TKDB 2FWHA 1ZYEA 4NHZA 2H1GA 2FD3A 3GX8A 4NWYA 2H0HA 3NIVA 5ECNB 1PL1A 3FR6A 2OJLA 4Q5QA 4ID0A 1TK8B 5EVOA 1ON4A 2RM6A 5FT3A 3D22A 1GRXA 3F3RA 2LEGA 1VF4A 5ECOB 2YJHA 3F8UA 2L59A 1B48A 1G7OA 2O85A 1ZMAA 1WRYA 3ZIJA 2D2ZA 5IPHA 3TKRA 1B4PA 4WBRD 11GSA 3F3QA 2HRFA 4TXOB 3KP8A 2GGTA 5ECIB 2E2MA 4BVYA 2H0IA 4MF7A 3EINA 5HFKA 1OYJA 2X8HA 4I8BA 4ZB8A 2GSSA 1M2DA 1WWJA 4DSSA 2WULA 1XXUA 3MNGA 2CX3A 5ECHB 2LV3A 3QCPA 1WOUA 4NAXA 1GSYA 4MP4A 3SBCA 1WP0A 3IK7A 2VL2A 4XCSA 4EC0A 4YQMA 5AIVA 2VOCA 3F9UA 3A2WA 2MMOA 4GQFA 4KX4A 4HOJA 5ID2B 1A24A 3HVXA 1XW5A 3A2VA 1Y25A 2GSRA 1K0BA 1ACVA 4HJMA 3FHKA 4IS0A 2B7KA 2HFDA 3APQA 5FWGA 3RDWA 1EV9A 1SJ6A 2A2SA 4EO3A 3CMIA 2HZEA 4PUAA 2H73A 1ERTA 4MZWA 2XPEA 4N0ZA 3H4KA 1T1VA 1O6JA 4IKHA 1Z9HA 2YV7A 4XS1A 4TOPA 3TDGA 4PNFA 3ZL5A 13GSA 2K8SA 2YV9A 3UEMA 3CSHA 1LJRA 1V2AA 18GSA 6GSXA 1ERWA 2B1KA 3G7YA 4HEA2 2JZSA 2YZHA 2HT9A 1OAZA 4WEYA 1FG4A 3UL3A 5H5RA 5CRHA 1AQXA 2VL3A 4PX1A 3UVTA 1N8JA 4ULXA 1WJKA 5CNWA 2K6VA 1XCCA 2LQQA 3VFIA 3KTLA 1JZWA 5GSTA 1VF2A 3CSIA 4ISDA 1EGOA 2JL4A 3EU4A 2CX4A 4EDZA 1YJ6A 4H86A 5D9WA 3FK8A 3LORA 1GUKA 1JZRA 2H76A 2XBIA 5CYYA 4K9ZA 1U3AA 5H5QA 3WD6A 3RBTA 2EIRA 3K8NA 7GSSA 4HI7A 1AUCA 2V1MA 3I9V2 2PERA 4XRAA 3E0UA 2GTUA 4XTSA 2XPDA 4KH7A 4L0UA 1TK5B 2H70A 2F8AA 2JU5A 3FY7A 4OFMA 2RLIA 3U5RE 4BWSA 4EL1A 4HU7A 1B4QA 1GSSA 4MH3A 1XWKA 1XW9A 4L0WA 2DJKA 3WT1A 1A0FA 2C0GA 5D73A 1Z3EA 2KHPA 4TKYA 4V1Ap 2KP1A 1F9MA 4WETA 2H75A 2L5OA 4NV2A 4PQIA 3D0ZA 1JLWA 1CQGA 3C73A 1OC3A 2HRNA 1XFLA 1Y6EA 4HS1A 3FRCA 3IBHA 2E7PA 2YCDA 2LQOA 5G1LA 1XWBA 3GN3A 4X0XA 2LJKA 4BWQA 1EV4A 1A2LA 1XZOA 2MBTA 3LYPA 5A4WA 3I6AA 5HR1A 1USBA 1EZKA 2I1UA 2NTOA 4PQHA 3KMOA 1WE0A 1GTUA 2F3MA 1IYIA 3DVWA 1F6MC 3LXTA 1GSFA 3CTGA 2J9HA 3FEUA 4O32A 4ZIJA 5D96A 1TOFA 5DCHA 1KEBA 1HNCA 1SYXA 4RUVA 3L4NA 3DD3A 2H1AA 5ECRB 3DRNA 1BYEA 1FO5A 1BJXA 2V41A 1GTBA 3I69A 5F07A 5IMDA 3GSTA 1F3BA 5A4UA 3DXBA 4CDOA 2IMEA 3TKPA 5KN2A 4G2EA 5GSSA 2YOIA 1V58A 2WB9A 2PVQA 3LG6A 1Z6NA 1A8YA 4O7HA 5B6MA 1PA3A 1ERVA 3WGEA 4HQZA 4K1FA 5J9CA 5J4UA 5D9XA 5IM9A 3CTFA 5D93A 2L6CA 4EE0A 3TRQA 4HU9A 3FW2A 4MJAA 1M7TA 2R5GA 1JZOA 2KP2A 1FOVA 3D6IA 2VLVA 4KB3A 2LJAA 5G30A 1SK1A 3KJYA 5C00A 4K7NA 4EVMA 2RM5A 1PSQA 3AY8A 2MMZA 22GSA 5GZZB 4NV5A 1S3DA 2O89A 1K0OA 4TVEA 3DKSA 3GA4A 1ZYQB 2DJ2A 1Z7RA 2N5FA 2AUVA 1TDIA 1MD3A 1PGTA 4KDUA 5B6NA 5INYA 3ZYWA 1X0RA 1YF1A 3JCML 2FNOA 5A5KA 5KEJA 3TKSC 3FR9A 2L4CA 5IOXA 1XOAA 2PGTA 4RI7A 3TRPA 4N30A 5IO2A 2P5QA 4TR3A 2OADA 4ML1A 3IXRA 2H72A 1M9BA 3D21A 1ML6A 3GSSA 3QAGA 2CAIA 5CRWA 4ECIA 2QKEA 1F3AA 3G7IA 2WRTA 4V1Ag 5G5EA 2LTKA 3QFBC 2E2GA 4KGIA 1EOGA 2L4QA 3E3EA 5DJLA 1V57A 1V9WA 1VF3A 4XS4B 1T4YA 5HR3A 4F0CA 3A2XA 3BOAA 1TI3A 1HD2A 3GV1A 2O8VB 1BEDA 3LEFA 2PBJA 4E8EA 2P0GA 1TU7A 4DVCA 5DALA 5G2ZA 4TR0A 1TRVA 3HCZA 3MWHA 5GAPD 5IQYA 3IK9A 3QDNA 2O7KA 1KTEA 3GTUA 3MDKA 2HSYA 1X9MB 1DUGA 4HZ2A 3VWXA 5H5SA 5DCGA 3N5OA 2E0QA 2DSAA 4K2DA 4NXIA 1X5CA 3F0IA 3IR4A 4XIHA 5D9VA 1XPVA 4I2UA 1YY7A 1WPIA 2QGVA 4JEDA 5HR2A 1M9AA 3WYWA 1WIKA 1QXHA 2OKAA 4GCIA 3ZLPA 1SJIA 4ZL9A 5J9BA 4K8MA 1ERUA 5HQPA 3ME7A 1ZCPA 2PWJA 3WGDA 4MMMA 1OC8A 6GSWA 2X8CA 2HSHA 6GSUA 2FY6A 2XBQA 2FA4A 1TTZA 3HD5A 2VCXA 4ZBDA 3KH7A 1XVQA 1ILOA 5B7CA 4WXTA 1KNGA 2VM1A 2TRCP 1GH2A 4ML6A 4GRFA 4GSTA 5B8BA 1ZL9A 1PL2A 2F51A 1U3IA 3ERFA 4IQAA 1YDKA 3ME8A 1R5AA 4N0VA 4OWYA 4V2NA 3GUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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