2K8SA

Solution nmr structure of dimeric thioredoxin-like protein ne0084 from nitrosomonas europea: northeast structural genomics target net6
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
80
structure length
80
Chain Sequence
VASKAIFYHAGCPVCVSAEQAVANAIDPSKYTVEIVHLGTDKARIAEAEKAGVKSVPALVIDGAAFHINFGAGIDDLKGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Solution NMR structure of dimeric thioredoxin-like protein NE0084 from Nitrosomonas europea: Northeast Structural Genomics Target NeT6
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Nitrosomonas europaea
total genus 18
structure length 80
sequence length 80
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2k8sA00
1SL0B 1K3OA 9GSSA 1M99A 2MBSA 2X8GA 3EU3A 4EDZA 2DMLA 1ZOFA 2FGXA 17GSA 1ABAA 4MCUA 1O7UA 3HJOA 1YKAA 1FOVA 2GT6A 6GSSA 4J56E 1ZYQB 1MTCA 5ECOB 4MMMA 3KP9A 2VUPA 5ENUA 2V6OA 4GF0A 3G9BA 1M7TA 2E7PA 1EOGA 3GYKA 1GUHA 3K8NA 1VF1A 2FCHA 2JZRA 1PX6A 3APOA 3CTGA 4ZB6A 3UIWA 4IP1A 3GN3A 1AXDA 4PGTA 4EC0A 2PWJA 2F9SA 4YQVA 3VFIA 3VK9A 3GX8A 4IVFA 19GSA 1BAYA 4PNFA 5IPGA 4MF6A 3WGDA 3QPMA 1K0NA 2H19A 3GTUA 2WB9A 4CW9A 5HFGA 1C72A 3RAZA 1TK0B 1AQWA 2C4JA 1TU8A 2FWGA 1SJZA 2K18A 1S3CA 1A0FA 5DBQA 3VWWA 5D96A 5IMCA 3GRXA 5HQPA 1TK8B 2R3XA 2H01A 3TKSC 3EMXA 1O8XA 4MPFA 4N0ZA 4EUYA 3J7Yb 3H93A 2CVKA 2KLXA 3QAVA 3G7YA 4HU7A 1ERVA 1EGRA 1KNGA 1ON4A 3L9UA 4MLYA 2LQQA 4TN8A 3E3EA 1OYJA 1FO5A 3DXBA 4O92A 1OKTA 4O5RA 4K7OA 3IRAA 5KN2A 5JWRB 2CA8A 4GQCA 4DSSA 4QL7A 4HZ4A 3P90A 4WEYA 1PN9A 1OKDA 3CRUA 3H79A 4I97A 3UBLA 3GKNA 5IMZA 1YF1A 4XS4B 3DD3A 4KE3A 2FHEA 1HNBA 6GSTA 3HXSA 1JZDA 1YF0A 2MMZA 3PH9A 4YH2A 4JR6A 3M0FA 5ID2A 4O32A 2AUVA 4OFMA 2TRCP 2H74A 2B5YA 12GSA 5IM9A 1K0OA 4PX1A 4BVYA 1ERWA 2CAIA 3G7JA 4GLTA 1OC8A 1OAZA 1NSWA 3EC3A 3IK7A 2C0DA 1ZYEA 1NM3A 2K8SA 5ECNB 1B8XA 5ECIB 3KTBA 1SL1B 2AHEA 2PVOC 3TKSA 1OC9A 5DAKA 14GSA 3BCKA 5AGYA 3N9JA 2IPAA 3GSTA 1F3AA 3HHVA 4ACSA 3CRTA 5B8BA 3AY8A 3NOFA 5IOXA 3KXOA 2EC4A 5H5SA 2VL2C 4GCIA 4GSSA 4NPBA 3A2WA 4WBRD 2FA8A 1K0CA 3DMLA 2IMDA 2A2RA 4MF7A 5ECPB 3GL5A 4IS0A 3CMIA 4F9ZA 4AJ8A 1AW9A 3TJJA 2VL9A 1PGTA 4N10A 3G7IA 2MMOA 2HRNA 4Q5QA 4BVXA 1X5EA 3HJMA 3DIEA 4ZBDA 4OCFA 1EP8A 2HSHA 4DVCA 3TOTA 1IYIA 3SBCA 4AF2A 2CX4A 3KP8A 3F4TA 3PR8A 1QXHA 2HYXA 3TCOA 3HVXA 2EIRA 1XW5A 1GWCA 1U88A 4KSOA 1UN2A 3LG6A 2H0IA 1SD8A 1A2LA 4TR1B 4LL1B 1GSQA 2L5LA 3D0ZA 5DALA 2H1DA 2V1MA 3VI7A 4JE1A 3V1WA 2MBTA 2V6KA 1BG5A 2M80A 2AJQB 1S3AA 4POBA 2JZSA 2L4QA 3Q6OA 2MMNA 4IP6A 2I3YA 4GQFA 2CX3A 3DVXA 3PGTA 2XPDA 2VL2A 1V58A 1PA3A 4ZB9A 3HYPA 2K9FA 3FHKA 2N5FA 2C80A 2DJ2A 1TI3A 3DWVA 1O8WA 4HJ2A 1ZGNA 1U3AA 1Q4JA 5DDLA 1WRYA 1HNCA 2CQ9A 10GSA 2PUKC 5DCHA 3FZ4A 5D93A 3IAM2 2LRCA 3WD6A 3IK9A 3ZVJA 3GMFA 4J2FA 4ZBAA 3CTFA 3IHQA 1USBA 3F6FA 2HRFA 1M2BA 2TIRA 2VIMA 5L71A 1PSQA 5D8IA 2AAWA 4TOPA 3TKRA 3KTLA 3JCML 3TRXA 1QK8A 4PQ1A 3ZITA 4GWRA 1A2JA 2E2MA 4KA0A 5H5QA 5ECRB 1X9MB 3HCZA 1F6MC 2YCDA 4L0UA 4KAEA 3IE3A 1M2DA 2VCTA 3VLNA 1VF4A 3BCIA 2LV3A 3EMPA 2L6CA 4HI7A 1RQMA 4QQ7A 4EVMA 3D21A 3NZNA 4IHUA 3Q19A 3W6GA 1AIUA 1K0MA 2DJKA 3ED3A 3O76A 4IN0A 4OO5A 3ERFA 4IJIA 2P31A 1BQ7A 1TJDA 5AISA 1M9BA 1G7EA 4GSTA 4HU9A 1H75A 4POKA 1WPIA 2NDOA 4Q5FA 2C0GA 2HZFA 4ZILA 3FZ5A 2H8LA 1SJ6A 2H71A 5G31A 2K6VA 1EOHA 1F3BA 2H30A 4JZQA 2A2SA 5A5KA 5B6MA 2VCXA 3A5WA 2QSIA 2WCIA 3F4SA 2IIYA 4IELA 1E2YA 3TRPA 2CVBA 1ERTA 2FUG2 4MDCA 5ELAA 2X64A 4TR3A 4KCAA 2NPBA 3LJRA 1SYXA 2GQKA 3BD2A 1DSBA 6GSWA 2GDRA 2C8UA 5J9BA 4CHSA 4AJ6A 1QFNA 3EVIA 4ZL9A 2OA7A 3I43A 2GLRA 3WT1A 3HJPA 3GKKA 4L0WA 4O7HA 5G5FA 2JL4A 2GTUA 3VWUA 22GSA 3EINA 4XS4A 3F4RA 5CRGA 3TJGA 3LFLA 1BX9A 4XRAA 3WGEA 4E8EA 2M46A 1T1VA 2JACA 3BBYA 4RQRA 1FG4A 3TKPA 2B1LA 3IOSA 3MAKA 1TP9A 4GTUA 5E4WA 2OE1A 1ERUA 1UVZA 3LXZA 1DE1A 2H75A 1XW9A 3Q18A 5CNWA 7GSSA 5IIZA 3IA1A 4KW6A 5LNKe 1O81A 5DJLA 1YZXA 3HVSA 2FA4A 3L0HA 1M2AA 1IYHA 2J23A 4L8EA 2YJHA 1GTAA 1MD4A 1X5DA 3CBUA 1MEKA 4KUNA 3C1RA 2FD3A 1N2AA 1Z5YE 2YANA 4WF4A 4V2NA 3OR5A 1A2MA 3LORA 3GH9A 1M0UA 1V57A 5HR1A 3F9UA 2F3MA 5EVOA 4K2DA 3ZLPA 5JWQB 4ECIA 1TI1A 5C00A 2IL3A 2IMFA 3ZFLA 2PU9C 1PKWA 3GSSA 4PURA 3ZZXA 4X0XA 1E6BA 3D4TA 2GSRA 2DC5A 2FY6A 1XWGA 2LUSA 4G10A 1OE8A 1T7PB 1TOFA 5HFIA 1EGOA 1ZL9A 18GSA 2DJ0A 3FEUA 4IKHA 2RM6A 3R2QA 4P3YB 1ML6A 1O6JA 2X8CA 4E8HA 1FW1A 4KB3A 1X0RA 3GA4A 4MA9A 4G2EA 1MDKA 1HNAA 3BOAA 4FH8A 1JHBA 2H1GA 3ERWA 4NHZA 2XBIA 1GRXA 1THOA 1GP1A 4TR1A 1X9WB 5ECLB 4ZBBA 1V40A 1ZMAA 5KN3A 3TRQA 1A0RP 2XHFA 2LSTA 3HZ8A 2CV4A 2GSTA 1ST9A 5CREA 3DGQA 4G9HA 2JADA 3NIVA 4XS1A 3PINA 1BJXA 1XOBA 1HQOA 2PBJA 3Q74A 3C71A 3RPPA 2VLTA 2EIOA 1XVQA 4HOJA 2LEGA 4X1UA 4ZL7A 4I5QA 1AUCA 3LEFA 1OE7A 1RK4A 2EIQA 2RM5A 2VCVA 4POMA 2H0GA 2NTOA 1EEJA 2LJRA 3CSHA 1F2EA 4OCEA 2P5QA 5FHIA 2GZYA 2IN3A 1A8LA 3HY2A 4LLRA 1LU4A 5IMAA 1WMJA 2WRTA 1GTBA 3C7MA 3CYNA 4TR4A 1W4VA 1T4YA 1M9AA 4JBBA 5B8AA 2J9HA 3A2VA 2ALBA 4LL4B 1R26A 1NHOA 2RUEA 2PMTA 1PX7A 2WS2A 3BJ5A 4BA7A 2N5BA 5AIXA 4XHMA 1JZOA 1Z7PA 4ZXGA 3CSIA 4ECCA 2OJLA 2DMMA 3DYRA 5KN1A 3GURA 1U87A 4ML1A 5ECMB 2LJKA 1YDKA 1AC1A 11GSA 2FNOA 1XCCA 1SK1A 4BWQA 3GUSA 3TJKA 5G5EA 1GNWA 5F8BA 2WFCA 5IOWA 3L9SA 2F8AA 4TR0A 5HR0A 2LTKA 5CRWA 3UL3A 3IDVA 4K6XA 4HS1A 3FK8A 3TDGA 2X8HA 1A24A 4NXIA 5AIVA 3J7Yk 3F3RA 4BPYA 3KEBA 1U6TA 4WR5A 4EL1A 4V1Ag 5F07A 1V98A 5IQYA 1TXXA 4KDUA 2L59A 1LBKA 3CXGA 2OACA 1TRUA 3IXRA 8GSSA 2DIZA 2O85A 3LXTA 2VCQA 5A4UA 3C73A 3ZMLA 1B9YC 4PUAA 4HQSA 2ZCTA 3SWLA 5LD0A 1R5PA 4EO3A 1XWCA 2H1AA 3UEMA 3A2XA 4IGJA 4F0CA 1I5GA 1I9DA 3TJFA 1FAAA 4N30A 1J08A 5DJMA 2GQLA 3S9FA 2CAQA 3ERGA 3HZ4A 3GH6A 3MWHA 2YZHA 2HSYA 5DVBA 3VWXA 1Z6NA 2H76A 4PUFC 4NWYA 2PERA 3O6TA 2C0FA 3M9KA 4K7IA 2H6YA 3LYKA 4MJAA 3FKFA 2OE3A 2H72A 1KTEA 2YP6A 4EDYA 5D9WA 1GLPA 3GIXA 1JZRA 4YQMA 2HI7A 5JCUA 2I9HA 5G2ZA 3ZVJD 2AYTA 2E2GA 5EL8A 2RLIA 1GH2A 3IAS2 3QDNA 1THXA 2YWOA 1DE2A 2BJXA 1F9MA 4IQAA 2GVPA 4ULXA 4Q5NA 2CVDA 3TB2A 1T3BA 4F03A 4DSRA 3D6IA 4L5OA 2H70A 5ABRA 1Y6EA 2P0GA 2GSQA 1GSFA 4KDYA 1SENA 2M72A 1MDIA 2QGVA 4ZL8A 1SKSB 2HT9A 3UJ1A 2LRTA 3L4NA 3FY7A 2QKEA 6GSVA 2PN8A 1AAZA 4MJEA 3EU4A 1R7HA 1T8EB 4JRRA 1LJRA 1YEXA 1XWKA 1GUMA 2YV7A 2G2QA 4X43A 1XVWA 1K3LA 4HEA2 2KHPA 4ECJA 3IV4A 2H1BA 3TKQA 3FRCA 5DCGA 3M8NA 2VM2A 5HR2A 2YWNA 2B3SA 4OWYA 2VLVA 2DSAA 2YN1A 3F63A 3M3MA 2IWTA 5ECKB 3I9V2 4GSNA 5COHA 5CRDA 4WR4A 5J9CA 5J41A 2OKAA 3VURA 3FZ9A 5DQYA 1K0AA 1T00A 2HLSA 1XW6A 1X9SB 4AGSA 4CDOA 5HFKA 2B7KA 3RHCA 4BL7A 1W89A 3RHBA 1FB0A 4OMVA 2D2ZA 2ON7A 1QUWA 5IO0A 3H4KA 2MYGA 2BMXA 3GV1A 5GSSA 2NVLA 2WZ9A 2CT6A 1QMVA 3TKSE 3F8UA 1T4ZA 3KGKA 4TXOB 5CYYA 4H86A 2VM1A 1SYRA 1EWXA 4MH2A 1WJKA 4I8BA 2YV9A 2O87A 3FR6A 5FT3A 2LS5A 2DLXA 3EE2A 2KP2A 3W8JA 3KIJA 4PXOA 1OC3A 2IMIA 2GGTA 4F82A 1XOAA 1ZCPA 4XS6A 3KH7A 1QQ2A 4PQHA 4KSMA 1S3DA 1VRSD 3GX0A 2V41A 1B4QA 5AN1A 4HJMA 2R2JA 1K0BA 1GLQA 2R5GA 2YPMA 4I2UA 1TTZA 3TJBA 4K1FA 13GSA 3CSJA 1XFLA 3C8EA 2C0EA 1G7OA 1F37A 4MZCA 4MF5A 4JU5A 2VO4A 5J3RA 1PRXA 2MZCA 4TXVA 2CZ2A 2OADA 4NHWA 3ZRDA 2ON5A 1SKWB 2JSZA 2LQOA 5IMVA 2C3NA 1EV4A 4KH7A 4WKWA 4ML6A 5B7CA 1EEMA 4RQXA 1WOUA 2LJAA 3IBHA 3UOMA 1Z3EA 5A4VA 3WGXA 1SU9A 2B6MA 4N11A 3LYPA 3W8SA 1ILOA 2L4CA 3P8WA 4ILFA 2PVQA 3GHAA 1UA5A 4HZ2A 1XXUA 3APQA 4DEJA 1MDJA 1U3IA 2G0FA 3I69A 1GSEA 5F0GA 3EYTA 1SJIA 2YNXA 1GSYA 1V2AA 2R4VA 4MABA 4OD7A 1PQNA 2HZEB 4ID0A 2BTOT 5F05A 3KJYA 2GSSA 3MDKA 2FWEA 4PQIA 3GL3A 2REMA 3GFKA 1O85A 4KNDA 5GAPD 2YZUA 5G1KA 2RUFA 6GSYA 3GKXA 3UAPA 1WIKA 1YKCA 2O8VB 1RW1A 4IQ1A 3DRNA 4Q5RA 2H6XA 2OBIA 1Q98A 4Z7XA 1CQHA 1R5AA 4ECBA 1K0DA 2H0HA 1O73A 3TUEA 1N8JA 2VD0A 2VD1A 4POLA 1FHEA 3HVVA 4YAPA 2JZTA 1SK2A 4NAXA 5IO2A 3HDCA 1GTUA 2DBCA 2O89A 4DSQA 4FYBA 2I4AA 3L9VA 3APSA 5CRHA 5C04A 2GS3A 2IJYA 4MZWA 2DJ1A 2V2GA 3DVWA 2FWFA 4FIWA 3ME8A 2AV4A 1Z6MA 3RBTA 1TDIA 5CO3A 1X5CA 4FO5A 3HA9A 3ZIJA 3KH9A 5JCGA 3KD0A 4D73B 4NMUA 2KOKA 2GQMA 4OFTA 4MPGA 2B1KA 20GSA 4NV5A 5CAXA 5D9VA 4LMVA 5IMFA 5D9XA 2DJ3A 2L57A 2C3QA 6GSUA 1TRSA 4IW9A 2IFQB 2DIYA 4MJCA 5IMDA 1BYEA 5ECQB 4XIHA 6GSXA 5GAND 2F8FA 1PMTA 5DQSA 5ECSA 1GSSA 2GZZA 2OE0A 2PPTA 4I6XA 4K7NA 5J4UA 3N5OA 4WF5A 4EE0A 2L6DA 1TRWA 4IJ3A 4AJ7A 4TRXA 1H4OA 3KMNA 4ZIJA 1G6YA 5HR3A 3L78A 1G6WA 4L5LA 3UVTA 1GTIA 3QFAC 4K0GA 4NV2A 4K9ZA 3QMXA 1PKZA 2RIIA 1JLVA 4LA1A 4K0NA 1OVNA 3MSZA 1UC7A 2E0QA 3H1NA 1SD9A 2R37A 2VLUA 3KMOA 4EKZA 3I6AA 4F2IA 3QAWA 4FYCA 4G19A 2K8VA 1VGLA 4OFNA 1J0FA 3QAGA 2KP1A 1B9XC 1VF2A 3KCMA 2N5AA 1MD3A 4XRDA 1GULA 3ZIVA 3DEXA 2O7KA 3C1SA 5INYA 3VI5A 3VPTA 3ZL5A 3DKSA 2B5XA 1SK0A 1A8YA 1Z7RA 3ZREA 1EP7A 3TGZA 1JLWA 5G30A 3U5RE 3EWLA 3M9JA 1NW2A 1QGVA 2P5RA 3LSZA 5JCWA 3FYGA 3MNGA 2PGTA 1AQXA 2WULA 5GZZB 2FWHA 1SL2B 4EXJA 3VWVA 1YQ1A 3KM6A 5G1LA 3ZTLA 2A4VA 3RDWA 3IR4A 1XBSA 2X99A 2C3TA 2WJUA 3GTUB 4TW5A 1Y25A 2YOIA 4N0VA 2IMKA 4TXOA 4OO4A 2VCWA 2LNSA 3D5JA 3UBKA 1PL1A 2LNTA 2YWMA 2HFDA 4I2TA 5KEJA 2QC7A 3HD5A 2ES7A 5JWOB 5FWGA 2DJJA 1Z9HA 1GUKA 2XBQA 3F6DA 2LRNA 1EV9A 4HUAA 2H66A 4J57E 3GNJA 2MMAA 4QL9A 1FVKA 3P7XA 5A4WA 2YWIA 2XC2A 2IMEA 3ISOA 2V32A 3H8QA 1TKDB 2CZ3A 1YY7A 1TK5B 1DUGA 4XCSA 4YQUA 2L5OA 2OBKA 3VPQA 3ME7A 4JEDA 3TOUA 1URMA 2XPEA 3O3TA 16GSA 5KN0A 4IBPA 4HDEA 3HKRA 2ZUPA 3QCPA 3IC4A 1XPVA 4DSSB 5D73A 4RI7A 1XWAA 1TRVA 2GT5A 1AQVA 2VAFA 4KCEA 5ECHB 1BEDA 1KEBA 4GXZA 3KZQA 4XTSA 3E0UA 4KGIA 1FVJA 5CP1A 1TW9A 4JR4A 1CQGA 1DBYA 5B6NA 3QOUA 3QD9A 3WYWA 5EPFA 1WWJA 1HYUA 5ID2B 2WDUA 3FW2A 1WP0A 4KDXA 1XZOA 4MK3A 1JFUA 4HQZA 1GSDA 1XIYA 4F0BA 4BWSA 3E9JB 2HZEA 2Z9SA 4TVEA 1YEPA 3UVHA 2KUCA 3FZAA 1OC9B 5DAKB 1NHYA 4PNGA 4MP4A 2R6KA 1GSUA 5EY6A 5D9TA 3WT2A 5H5RA 1J9BA 2YJ7A 2HNLA 4TKYA 2VL3A 4RUVA 2F51A 5E59A 2LKUA 2GZPA 2AB6A 2B7JA 4WBJA 2H73A 4V2MA 3ZMKA 4V2LA 1ACVA 4MZBA 2HXKA 3P2AA 3ZYWA 4MJBA 4YAVA 4WXTA 2I81A 3QR6A 2TRXA 4EF0A 2HE3A 3ZFBA 3D22A 3D4MA 3GKMA 3QFBC 2FLSA 1GNEA 2I1UA 2NBSA 1VF3A 1WE0A 1B4PA 5LCZA 5GSTA 1SKRB 3FR3A 1K3YA 4KX4A 1HD2A 4ISDA 1KBNA 3UMAA 1B48A 3U6VA 3IPZA 4D73A 4RI6A 2JSYA 1PL2A 2JU5A 3UARA 1XWBA 4ZB8A 5J5NA 1EZKA 4GRFA 1JZWA 4FYUA 1FB6A 4K8MA 2VCZA 2IFQA 2WGRA 1R4WA 5DALB 2H6ZA 4WETA 1ZZYA 4LMWA 3US3A 1TU7A 5ELGA 1YJ6A 3F3QA 3FR9A 5F06A 3EURA 3F0IA 1A23A 3LGCA 5IPHA 1V9WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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