The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
98
|
structure length |
98
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Chain Sequence |
GDRRVRLIRTRGGNTKVRLASDTRINVVDPETGKVEIAEIRNVVENTANPHFVRRNIITRGAVVETNLGNVRVTSRPGQDGVINGVLIRELEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
SOLUTION STRUCTURE OF 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8E FROM Methanothermobacter thermautotrophicus, NORTHEASTSTRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) TARGET
rcsb |
| molecule keywords |
30S ribosomal protein S8e
|
| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| source organism |
Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
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| total genus |
12
|
| structure length |
98
|
| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KCO A; 2KCY A; 2KCP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GPG A; 1GBE A; 1O3D A; 4UFE H; 2JH0 D; 1OWD A; 1BMN H; 4NIW A; 5CMX H; 4Z0K A; 4F55 A; 4B71 A; 1GI7 B; 4BAQ B; 1UTK A; 4YXW D; 1ELF A; 2ZC9 H; 3T2N A; 1GBK A; 4ISO A; 2CXV A; 1EUF A; 1O3J A; 1A2C H; 1QGF A; 1K2I 1; 1C5P A; 1WQV H; 1XKA C; 1HPG A; 3HK6 B; 1F5K U; 1TQ7 B; 1KXD A; 2ALP A; 1NT1 A; 2ZHQ H; 4Y10 E; 3F3B A; 1GHZ A; 5FL7 D; 3L3T A; 3S0N A; 2GZ7 A; 2OC7 A; 3TGI E; 1O3M A; 3K2U A; 5C2Z A; 3ZZC A; 1EPT C; 1ZHP A; 3KQD A; 1EJM A; 4MPX A; 4X1N U; 5EW2 H; 3P8F A; 4A7I B; 1O34 A; 2HNT E; 4F4O C; 5JB8 S; 1NM6 A; 3LH3 A; 2TRM A; 3LC3 A; 2BM2 A; 2WPH S; 1MQ6 A; 2GV7 A; 1AO5 A; 4WH6 A; 1K1P A; 3LH1 A; 1C5S A; 1T4V H; 4WH8 A; 4K69 A; 3M3V A; 1F2S E; 3TJN A; 3W1E A; 3ATK A; 5C67 A; 2VU8 E; 1GVZ A; 2A5A A; 3EE7 A; 4D8N A; 3MO3 A; 4K8B A; 2FXR A; 1GGD C; 2ZI2 H; 4BNR A; 1MAY A; 5C0U A; 1E35 B; 1D3T B; 1GBI A; 2FOH A; 5J4Q A; 2ZTX A; 1ZR0 A; 2Y5F A; 3E8L A; 1Z8R A; 2OCV B; 1GI3 A; 1EKB B; 3NXP A; 4NZQ A; 1JBU H; 4FUE A; 2H9H A; 1OX1 A; 2CJI A; 3MWI U; 1BZX E; 7LPR A; 1V2P T; 2JH5 D; 2VIW A; 3BTE E; 2R0K A; 4A92 A; 2ZKS A; 2B5T B; 1O3N A; 1QL7 A; 1QA7 A; 2ODY B; 2R0L A; 3FAN A; 1GHW H; 1L1J A; 1F0R A; 1N1L A; 1DY9 A; 3FN8 A; 4ABI A; 1QCP A; 5F8T A; 2RG3 A; 2GP9 B; 2G00 A; 2O8U A; 2ASU B; 2AIP A; 5K7R A; 1TB6 H; 4E7N A; 4YM9 A; 1EXF A; 1UCY K; 1MU6 B; 1ZHR A; 3SU5 A; 3RMM H; 1BHX B; 1TLD A; 1EST A; 5L2Y H; 2GZ8 A; 1PPF E; 1EQ9 A; 2SGP E; 4UFF H; 1W14 U; 1GGD B; 1L1G A; 1TA2 A; 2Q1J A; 3EA7 A; 1P05 A; 1C5N H; 1GI2 A; 2FTM A; 5JBB S; 5EG4 A; 5I25 A; 4JMY A; 4AFU A; 2BD7 A; 1FY8 E; 2Z9L A; 3HKI B; 3A7T A; 1TPO A; 2JKH A; 2B7D H; 1PQA A; 2P3T B; 3WY8 A; 1S6F A; 3FP7 E; 1GMH G; 1LHC H; 1PPB H; 2KAI A; 2QXI A; 4AX9 H; 1C4Y 2; 1O3L A; 1SGE E; 2J4I A; 1F5L A; 3GY6 A; 1KXF A; 1C5L H; 5E2O A; 1ANC A; 2W6I D; 3SV2 H; 2BB4 A; 2P8O B; 1FMG A; 3M3T A; 5E8E H; 5GJ4 B; 3PMA B; 5SGA E; 1KLJ H; 4XFQ A; 1O3A A; 1YCP M; 2ZTZ A; 3SQE E; 1B7X B; 2AGI X; 3H5C B; 3A8B A; 3LIW A; 3VG8 A; 1GI0 A; 1KDQ B; 2C3S A; 3A83 A; 3VXE H; 5C1X A; 1CHG A; 3GCH B; 4RN6 A; 3A8C A; 1Z1J A; 1THS H; 3E0P B; 1T4U H; 4O03 A; 1AI8 H; 2GT7 A; 5JYI A; 1LVY A; 1N8O C; 3PYH A; 4AYY B; 1A4W H; 2O8T A; 1O3P B; 1DFP A; 1T8N A; 3ZZ3 A; 1A3E H; 2AGE X; 3N99 A; 1CHO F; 2OD3 B; 1AN1 E; 3RC6 A; 2CK3 D; 1XUI A; 2WPM S; 3UNR A; 2CN0 H; 2WV4 A; 5JBC S; 1CO7 E; 1P2K A; 1G3D A; 4MDS A; 1A0H B; 2J98 A; 3QTO H; 1OYT H; 2NU0 E; 3BTK E; 2HPQ H; 1C1W H; 3SGQ E; 2A5I A; 1CGI E; 1GVL A; 1Y3W A; 5DP5 A; 3SU3 A; 3PTB A; 4ZKO U; 4INH A; 1ETR H; 2C93 B; 2XBY A; 2V3H H; 3ZZ8 A; 1A5H A; 1ZTJ A; 1A0L A; 3BEF B; 4WY3 A; 2G4U A; 3P6Z B; 1ESB A; 1C5Q A; 2QIQ A; 4BAN B; 1FY5 A; 8GCH G; 1C1U H; 3VGC C; 1O3O A; 1EB1 H; 1T32 A; 5LPF A; 1BT7 A; 1DUE A; 3SZN A; 1HGT H; 1PQ8 A; 3KN2 A; 4H6T A; 2C8Z B; 2FZZ A; 2PKS C; 1NZQ H; 3AAS A; 2RFK C; 3SN8 A; 1YPJ H; 1TGT A; 3DCL A; 2VH6 A; 1OWJ A; 2FOG A; 2TBS A; 4IN1 A; 1MTN B; 4RKJ B; 1VGC C; 4AN7 A; 1NU7 B; 1PPC E; 7EST E; 3VB4 A; 3GS9 A; 4AZ2 B; 1C1T A; 4GHQ A; 3LKW A; 1O2U A; 1GMD F; 1W0Z U; 1D3P B; 3A88 A; 1B0F A; 1QHR B; 1GJC B; 4DVA U; 4KP0 A; 3PRD A; 1Y3U A; 4JYU H; 4HTC H; 2J38 A; 1H8H D; 1HUT H; 1S84 A; 3UOU A; 3NPS A; 1O2K A; 3UNQ A; 6LPR A; 4LZ4 B; 3BTW E; 1CVW H; 1IHT H; 2Y7Z A; 4Q80 A; 2A7J A; 2EC9 H; 3SU2 A; 4TPY A; 5C17 A; 4CR5 A; 4CRG A; 1TFX A; 4OS2 A; 4I32 A; 4ABE A; 1O32 A; 2TGD A; 1DDJ A; 1QB1 A; 1KIG H; 3Q00 A; 1FIZ A; 2L6O A; 1SQO A; 1MKW K; 2PKS B; 1NES E; 3T5F H; 1RTL A; 2ZDL A; 1NC6 A; 1GI4 A; 2LP6 A; 2B8O H; 3GY5 A; 3BTT E; 3MU0 A; 4CRD A; 5ABW A; 1V2N T; 2A1D B; 3RM2 H; 1YPL H; 2A4G A; 3LT3 A; 1NFW A; 1KLI H; 4Y8Y A; 1C2G A; 3K9X B; 2GCT C; 3VB3 A; 4B2B A; 2BDB A; 1ZMN A; 4BOH A; 3M36 A; 4AGK A; 2F83 A; 1DX5 M; 2AS9 A; 1LKB A; 3TLO A; 2ANM H; 1HAX B; 1IQJ A; 1W0K D; 3VB5 A; 3LJO A; 1L1N A; 4JZE H; 1BRB E; 1C1Q A; 5C20 A; 1EAU A; 2HPP H; 3URD A; 4NWL A; 1SGF A; 3FP8 E; 2ZCK P; 1P3C A; 1GBA A; 2EA3 A; 2OIN A; 4ZXX H; 1D6W A; 3RXA A; 3VXF H; 1SGC A; 1G3E A; 2C4F H; 2AYW A; 3RXU A; 5EQS A; 5TCC A; 1DLK B; 1SBW A; 1OP8 A; 2W7U A; 4NGA H; 3TNS A; 1YCP K; 1OPH B; 4RI0 A; 1SLW B; 2ZGC A; 1TX8 A; 1UCY E; 2BTC E; 2QA9 E; 4XSK U; 1ABI H; 1GDQ A; 3E0N B; 1Q2W A; 1S0Q A; 1NFX A; 4HI3 A; 5T6F A; 4Y8X A; 4X1P U; 7GCH F; 3SUF A; 3M7T A; 1HLT H; 1NBM E; 2NU1 E; 2ZF0 H; 5HIZ A; 3ZZ5 A; 2PHB A; 1VIT H; 4GVU A; 1TNG A; 2C8X B; 5T3H A; 2J94 A; 5F6M A; 4X8T H; 1O2T A; 2XC4 A; 4RKO B; 3MNB A; 3P92 A; 4SGA E; 1UVT H; 1GCT C; 1NS3 A; 2ZDM A; 1NBM D; 2W3I A; 4X1Q U; 1C5O H; 3ZVA A; 1BBR K; 3BF6 H; 2FI5 E; 3AK5 A; 2OC0 A; 4LXB H; 1W2K H; 4MNV A; 2WHX A; 1FAK H; 3MYW A; 1BTY A; 2LNC A; 1O2M A; 1LDT T; 2OBO A; 2D2D A; 4K3J A; 2Z3D A; 3DSP A; 2BXT H; 1HJA B; 3RXD A; 3A7Z A; 2FYR A; 2ZEC A; 1ID5 H; 3ATL A; 4HZH A; 3M35 A; 5LPE A; 2FYQ A; 3RXT A; 4I8L A; 4NFF A; 2QGR A; 1O2P A; 4Q2K A; 2JET C; 3ZVE A; 4TPI Z; 1EJA A; 1ZYO A; 2XCN A; 3AW1 A; 5DSF A; 2QAA A; 5DO4 H; 1RIW B; 1EOL A; 1JIR A; 2PTN A; 1O2X A; 1QRX A; 4LOY H; 1Y5U T; 5AVD A; 2FI3 E; 4KKD A; 1UK4 A; 1O2Z A; 3GDV A; 1CHO G; 1GCT B; 3CEN A; 4ABD A; 3F2F A; 3I77 A; 3QN7 A; 2BD9 A; 5FPY A; 4X6O A; 2A32 A; 1CA0 B; 2UWP A; 2ZGJ A; 1BML A; 4WMF A; 2G4T A; 1TA6 A; 2VVC A; 1TNH A; 1ABJ H; 2GV6 A; 4P02 A; 3ZVC A; 1SGR E; 1W11 U; 1DY8 A; 1GCD A; 1RFN A; 1A61 H; 3H09 A; 1W7G H; 4UD9 H; 2KZ4 A; 3A87 A; 3UR6 A; 4ACB A; 3KGP A; 2OXS A; 3OTP A; 4AGJ A; 2G52 A; 3F0O A; 2ZU2 A; 2FEQ H; 1TBR H; 1ZOM A; 1J16 A; 4A1T A; 1Y5B T; 3GOV B; 2Y5G A; 4NA9 H; 3OE7 D; 1WYK A; 4XRN A; 4I8H A; 2O8L A; 3GDS A; 2ZHD A; 3ITI A; 1MTW A; 2YNB A; 1O36 A; 1PQ5 A; 1ZMJ A; 3MOC A; 2Y81 A; 2NWN A; 3SU1 A; 3T27 A; 1HAH H; 1S6L A; 3GY2 A; 4ABA A; 4B2A A; 1XUF A; 5F03 A; 3VEQ B; 2VVU A; 2UUK B; 2FOF A; 1W0Y H; 1XXD A; 1GMD G; 1YPH E; 1BHX F; 1ZRB A; 3A7W A; 4OM9 A; 2ZTY A; 3F9E A; 1N6X A; 3AVZ A; 1LPG B; 2VIP A; 1GBF A; 1GWA A; 1Z7K A; 2D8W A; 4B74 A; 3SW2 B; 4BTU B; 1J8A A; 1ZZZ A; 1V2O T; 1T8O A; 3BIV H; 3OEH D; 1JRT A; 1O5A B; 4D76 A; 1TNI A; 2ZHF H; 4MPW A; 1AWF H; 2JIZ D; 3HKJ B; 4DIH H; 2VIQ A; 1E38 B; 4FUF A; 1XKB C; 2GCH G; 2XC0 A; 3EE0 B; 5HM9 A; 1BTW A; 1AU8 A; 1WAY B; 4F48 B; 4O3T A; 1Z6E A; 4XBD A; 1OWI A; 4CBN A; 4H6S B; 3SNB A; 2Z9G A; 1JIM A; 1V2J T; 4K5Z A; 1EPT A; 1TAL A; 2V7Q D; 5H4I B; 4WF8 A; 1H4W A; 2D26 C; 1ANB A; 1O5D H; 3MO9 A; 3BG4 B; 4KEL A; 4Y11 E; 3M7Q A; 4TYD A; 1YPK H; 2OTV A; 5DKM A; 2STA E; 1EAS A; 2PSX A; 3E3T A; 3BEI B; 2I6S A; 3SQH E; 2BZ6 H; 2ZDV H; 3LDX H; 1HAV A; 5IYT A; 1WU1 A; 5IDK A; 1TGB A; 3ZZ6 A; 5HMA A; 3ZZ4 A; 3UAI C; 3A86 A; 1ZHM A; 4AFQ A; 1PYT D; 1DLE A; 2HLD D; 3DD2 H; 1BQY A; 2Z9I A; 3S69 A; 4X0W U; 2ODQ A; 1VIT F; 2CHA C; 4MNX A; 1KTT B; 1LQE A; 2KCP A; 1GJ4 H; 3MH6 A; 5GXP A; 3TGK E; 3QTV H; 3H7T A; 1GHV H; 1OP0 A; 1QJ7 B; 4LZ1 H; 2OC1 A; 1KXB A; 7GCH G; 2RCE A; 5L2Z H; 4GHT A; 2WSS D; 1Z1I A; 2O8M A; 1K1O A; 2FX4 A; 2FMJ A; 1UVO A; 1TIO A; 2C8W B; 2ZFF H; 3KQC A; 1BBR E; 4NSY A; 3FO8 D; 1ELB A; 3UQO A; 1GBH A; 2EST E; 2BLW A; 4WME A; 1GBL A; 2H5D A; 4ZUH A; 1MCT A; 2IPH A; 2Y5H A; 3GCO A; 2HWL B; 1AVX A; 1P2N A; 1XVM A; 3ZVG A; 1V2W T; 2IPQ X; 3EA9 A; 4Y0Z E; 4I86 A; 3M5M A; 3RXV A; 4AOQ A; 1LHG H; 1AGJ A; 1EZU C; 4AC9 A; 4MNY A; 2OUA A; 2F43 B; 3DUX H; 2HGT H; 3FP6 E; 4Y0Y E; 2XND D; 3PMH B; 1ESA A; 3SHC H; 1EX3 A; 4ASH A; 3JZ1 B; 3QX5 H; 4X1S U; 5C1U A; 4UE7 H; 3ODD A; 3N7E A; 2P3F H; 4A1X A; 1K1L A; 3A8A A; 1P0S H; 3A85 A; 5A8Y A; 1OP2 A; 1TGN A; 4KGA A; 1HRT H; 1FJS A; 1BJV A; 1GJA B; 1QL9 A; 3W94 A; 2F9O A; 2GDD A; 2ZCH P; 3CS0 A; 3ELA H; 4IN2 A; 3BTH E; 4XD7 D; 3BTF E; 3LGY A; 1E79 D; 1V2K T; 3Q76 A; 8EST E; 5AFY H; 2PKA A; 4OS7 A; 2GX4 A; 5BPE A; 1PFX C; 3A84 A; 5KED A; 3GY8 A; 2PLX A; 4WMD A; 5DN6 D; 3TNT A; 5ESB A; 3A81 A; 1TAW A; 1K1N A; 3C27 B; 3SI4 H; 3QWC H; 1GG6 C; 4CH8 B; 4CRB A; 1BA8 B; 3IG6 B; 5HKK D; 4AG2 A; 2J2U A; 4Z1M D; 1QRW A; 2WPJ S; 2ZDA H; 2KFW A; 1AKS B; 2ZZU H; 3CNR A; 1RJX B; 1D6R A; 3GY4 A; 2XC5 A; 1LVO A; 1SMF E; 3U8T H; 3A7X A; 1O5C B; 1TGS Z; 1MBQ A; 2FWW A; 1O2Y A; 2OQU A; 1FZZ A; 2XNI A; 2HVY B; 1C5Z B; 4ZKR U; 3A7V A; 5FX6 A; 1T7C A; 2GVF A; 3RU4 E; 2EI7 A; 1C1V H; 1FPC H; 4H42 U; 1AHT H; 3RMO H; 1DXP A; 2D1J A; 2ZIQ H; 1JOU B; 3ZZ7 A; 1AMH A; 1GMC F; 2K8I A; 3WW7 A; 2XWA A; 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2STB E; 1QA0 A; 5AHG H; 1Y3X A; 2OP9 A; 1IQF A; 1DS2 E; 4AB8 A; 1SOT A; 1ETT H; 1XMN B; 1CT0 E; 1UTP A; 2Z94 A; 1TNJ A; 1Y59 T; 2G55 A; 1ELG A; 1A5I A; 3F68 H; 5IK2 D; 1P9U A; 1UVP A; 1GI5 A; 1DSU A; 1COW D; 2TGP Z; 1WXR A; 2NU4 E; 1AND A; 3UPE A; 1GI6 A; 3P8N A; 2Y80 A; 1HJ9 A; 3A89 A; 1C1S A; 1BBR H; 3RXP A; 3TJO A; 2G81 E; 3ZV8 A; 2SGF E; 3S7K B; 5FXL A; 4K60 A; 1W12 U; 5T6G A; 1QRZ A; 4JK5 A; 2PFE A; 1TON A; 3I78 A; 1VCW A; 3LC5 A; 4TWW A; 1G32 B; 1GHX H; 1HCG A; 3JZ2 B; 2K0Q A; 1C2K A; 4ZXY H; 4D9Q A; 1KMH B; 1MKX H; 2ZFR H; 2XTT B; 2I6Q A; 3QZQ A; 4X6M A; 3UWJ H; 1XXF A; 1MD8 A; 2R3U A; 2Z3E A; 2ZFP H; 3RXO A; 4J2Y B; 1FUJ A; 4AOR A; 1C9T A; 1G37 A; 1MAB B; 1C5Y B; 1P12 E; 1D9I A; 5E0G A; 1LTO A; 2BDI A; 2VJ1 A; 3PTN A; 5FBE A; 1E1Q D; 1NRQ H; 4ZKN U; 3MQK C; 1C5W B; 4X1R U; 2IN2 A; 1MD7 A; 1RXP A; 2XXL A; 4ISI H; 2FS9 A; 3OEE D; 3SJ9 A; 3RXC A; 4R8T B; 1B5G H; 1FLE E; 3OX7 U; 5C5O A; 1QIX B; 2GCH F; 3LGT A; 2GKV E; 3PWB A; 2AMD A; 2A0Q B; 1UJ1 A; 1MMJ N; 2ANW A; 3RLW H; 2AMQ A; 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