2KP1 | Genus

Total Genus 29

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	29
sequence length	121
structure length	121
Chain Sequence	GPLGSEGPVTVVVAKNYNEIVLDDTKDVLIEFYAPWCGHCKALAPKYEELGALYAKSEFKDRVVIAKVDATANDVPDEIQGFPTIKLYPAGAKGQPVTYSGSRTVEDLIKFIAENGKYKAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__49282011514623__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__49282011514623__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2KP1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__49282011514623__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"49282011514623","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2KP1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__49282011514623__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd4d2ac468dab01de21558/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd4d2ac468dab01de21558/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd4d2ac468dab01de21558/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd4d2ac468dab01de21558/pdb.gz): 151 ms

reading 121 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

121 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:120});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Humicola insolens
publication title	Redox-Dependent Domain Rearrangement of Protein Disulfide Isomerase Coupled with Exposure of Its Substrate-Binding Hydrophobic Surface pubmed doi rcsb
molecule keywords	Protein disulfide-isomerase
total genus	29
structure length	121
sequence length	121
ec nomenclature	ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date	2009-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2kp1A00

4XRAA 4IVFA 3BD2A 5B6MA 4MF6A 3Q18A 3PGTA 2G2QA 5JCUA 4ECCA 2CVBA 3TJJA 2J23A 1Y25A 2OA7A 2HYXA 5GAND 2VLVA 4KAEA 3RHCA 1EP7A 5F05A 1ZL9A 3E3EA 2BTOT 2B3SA 1NHYA 3VPQA 3TRPA 3H1NA 4XS1A 1T8EB 3RPNA 1GLQA 4MZCA 1GRXA 2E0QA 3ZTLA 4V2LA 4TN8A 3HVSA 5ABRA 1JLVA 4D73A 4PQ1A 2AAWA 5G2ZA 5J9CA 4P3YB 1LJRA 3L0HA 2REMA 1JHBA 1FVKA 5COHA 5F07A 3APOA 4ISDA 1VGLA 4TXOB 3QFBC 2KHPA 1U6TA 1WPIA 1XW9A 1ZOFA 2N5BA 4MPFA 4OFTA 2C0GA 5DQYA 1GTAA 2YWNA 3KH9A 3U5RE 1FO5A 1W89A 4FO5A 2B7JA 2H0IA 3ZFLA 1Z9HA 3GKXA 1XW5A 2QKEA 2EIRA 2H6YA 4E8EA 4KA0A 2TIRA 4MF7A 1AXDA 3Q6OA 3IK9A 3H4KA 3P2AA 1K0AA 1K0MA 2VD1A 2FCHA 4O32A 1O6JA 1XWGA 3UBKA 2H1BA 2OE1A 3L4NA 4L0WA 1URMA 5EPFA 3IE3A 5HFIA 3HJPA 3PH9A 1XFLA 2VUPA 4YQMA 2FWFA 1MDKA 1QFNA 2VL3A 4JZQA 3TJFA 2FD3A 4K2DA 4HOJA 5INYA 3TKSC 3SWLA 4ZBDA 2YZUA 2JZSA 1MDJA 4K7IA 4MK3A 2K9FA 1JFUA 4E8HA 2G0FA 10GSA 4POKA 2J9HA 4F9ZA 3RAZA 4PXOA 1SK2A 1SYRA 4K6XA 3TJGA 2OADA 3ZREA 5GAPD 4JR6A 4DSSB 1EOGA 4RI7A 17GSA 3C73A 3FR3A 3LWAA 1AW9A 4HEA2 1X9SB 4KCAA 4ACSA 5EL8A 5F0GA 1GP1A 4MZBA 1A0RP 2B6MA 2WCIA 4MZWA 1SJIA 1T00A 2CAIA 5B8BA 2XHFA 3G7YA 1YY7A 1WP0A 4XS4A 2LTKA 2NTOA 4BL7A 6GSYA 2GGTA 1KNGA 2L4CA 1M7TA 3VURA 2E7PA 4KDYA 1O7UA 1SYXA 2LRNA 3NIVA 2FA4A 2VCXA 3UEMA 2YJHA 3F4SA 4GLTA 6GSSA 1GUHA 2DJJA 5DALA 2VLUA 1GSUA 3QFAC 4NV2A 2VIMA 2JU5A 1QXHA 2QC7A 3GFKA 2P5QA 2B5EA 3GH6A 1SL2B 1PX6A 2WB9A 3QAVA 4HZ4A 4V1Ag 3VWVA 3MAKA 3FYGA 1R5PA 1TXXA 3IRAA 5IMAA 4HQZA 2X99A 2LEGA 3KP9A 6GSUA 2VOCA 2ES7A 4IJ3A 4WF5A 2PVQA 4TVEA 3CYNA 3CMIA 1TK5B 1YKCA 4LMVA 3C8EA 3KXOA 4BWQA 1Z7RA 1EOHA 4EE0A 2JSZA 1V98A 4LL1B 4IBPA 2PVOC 3VWUA 2OBIA 3WT2A 3ZZXA 3ZRDA 1PMTA 1AAZA 2VCZA 5J41A 3F6DA 1XVWA 2HNLA 3I6AA 1PL2A 5CRHA 4G2EA 2XPEA 2GSSA 4HI7A 5ECMB 5ECSA 4N10A 3C1RA 4QQ7A 1Z6NA 2FUG2 5IMDA 1G7EA 4RUVA 4FH8A 1XBSA 2R2JA 2Z9SA 2O85A 2KP2A 1FOVA 2YANA 4OFNA 1ABAA 5J5NA 4WEYA 5KN0A 1SKSB 2PERA 1JZRA 5ELAA 3J7Yb 2PU9C 1RK4A 1B48A 2DJKA 1FB6A 4TXOA 4POBA 4FIWA 3GHAA 1B8XA 4BWSA 2MBSA 1XWCA 1ML6A 3KMOA 4I97A 5AN1A 3A2VA 1SKRB 1MTCA 1M9AA 3HDCA 2H19A 4D73B 5CREA 2IPAA 1VF3A 4WR5A 4AGSA 4DSRA 2V41A 2V6KA 5LD0A 3QD9A 4PGTA 1FAAA 5KN3A 1G0TA 1K0OA 2CV4A 3KH7A 5ECPB 2WULA 4GCIA 3W8SA 2NVLA 3LXZA 1VF1A 1T4YA 2VAFA 5IO0A 1THOA 5B6NA 1Q4JA 2GSRA 3L9VA 5IOXA 4HJ2A 5E59A 2GQKA 3GSSA 2FNOA 4IKHA 3CTFA 2QGVA 1PX7A 5G31A 1U88A 2B5YA 1GNWA 1V40A 4KSOA 5FT3A 4GQCA 4DSSA 2IWTA 4DVCA 3E9JB 5KN1A 5ECLB 5GZZB 3LEFA 1XOBA 3ZMLA 2R5GA 2GZYA 2C8UA 2YV7A 2V6OA 1B4QA 1PKWA 1UC7A 1PN9A 1USBA 2IJYA 3QCPA 3O3TA 4JU5A 5ID2B 1QMVA 1UN2A 2L5OA 1DUGA 2TRXA 3FRCA 4IW9A 4MJAA 2I1UA 1MDIA 1PKZA 3PINA 2A2SA 3N5OA 3UMAA 5JCWA 4F0BA 2VD0A 4I5QA 2OBKA 3DXBA 5D9VA 3U6VA 5F06A 1T4ZA 4ZBBA 3EU3A 4K8MA 1LU4A 2GTUA 2B5XA 5DBQA 2OKAA 1PL1A 3TRQA 1LBKA 3CRUA 4JRRA 2DIZA 3KIJA 3WYWA 2V2GA 5IM9A 3FZ5A 4XS4B 4LMWA 2GDRA 2LSTA 1M0UA 1ERWA 1GSDA 4J57E 1HQOA 3HZ4A 1VF2A 5DDLA 3DWVA 1AQXA 6GSVA 4ZBAA 3TKSE 5IOWA 2IL3A 5CNWA 2GT5A 2FLSA 2H0GA 4OWYA 5ELGA 1GULA 3VK9A 3N9JA 2YOIA 1R4WA 1SJ6A 5DALB 1R7HA 1ST9A 3GTUB 2CA8A 1HYUA 2RUFA 1OYJA 1TRWA 3IV4A 2WRTA 1OVNA 1BEDA 1GH2A 2V32A 3APQA 1U3AA 3P7XA 3GX0A 5A4WA 4GSSA 2E2GA 3F8UA 4EXJA 4MP4A 3DRNA 2NDOA 2YV9A 4TW5A 3HHVA 4ECJA 1SKWB 4NAXA 4F03A 2LNTA 3IOSA 3EVIA 5A4VA 3P8WA 2PN8A 3IAS2 1TRVA 3F3QA 2IIYA 4V2NA 4QL9A 1YF1A 3KD0A 4WBJA 2A4VA 4NWYA 1UA5A 5DJLA 2EIOA 1R5AA 4CDOA 3SBCA 3DMLA 5D8IA 3F4TA 4MJBA 1BYEA 2ALBA 4OCFA 4TR1A 1GTBA 4IGJA 3TUEA 2YWIA 4OO5A 1K0DA 4PQIA 4EL1A 1DE2A 3W8JA 5A4UA 3G7IA 3C7MA 4NHZA 4PX1A 1O81A 3A2XA 5IMZA 1VRSD 5J3RA 2XC2A 3ZITA 3DVXA 4JEDA 5ENUA 4WETA 4GWRA 4TR3A 2H74A 1V57A 3KEBA 4CHSA 1V2AA 2I81A 5CP1A 1KBNA 3US3A 1JZOA 1ZYEA 2IN3A 3TKPA 1B4PA 4IP6A 1T1VA 1ON4A 4Q5FA 1YEPA 5A5KA 2RLIA 3ISOA 1Q98A 2L4QA 4G10A 4AF2A 5J9BA 5H5QA 2C3TA 1JZDA 2O7KA 1CQGA 3GURA 3CXGA 1YJ6A 1CQHA 1AIUA 2H6XA 3R2QA 4I2UA 4TRXA 1Z7PA 3F9UA 1XXUA 1X0RA 2F8FA 18GSA 2C4JA 3A3TA 1A23A 1BX9A 4EDYA 2ZUPA 1WWJA 3GA4A 3FR9A 3BOAA 5B8AA 4K0NA 3GL3A 2HI7A 1SJZA 2O8VB 2AUVA 1XW6A 1F3BA 4F0CA 1ERTA 1X5EA 3ZYWA 5ID2A 2DIYA 4EVMA 3M8NA 2VL9A 2AHEA 4GSTA 3ZMKA 2YN1A 2IMFA 1OE7A 1T3BA 1PA3A 3HJOA 2H8LA 1A8YA 4FYCA 2VLTA 1TU8A 4Q5QA 5CYYA 3QDNA 4K7NA 2K8SA 2BJXA 1OE8A 3FK8A 3HKRA 2H1GA 3L9UA 1PGTA 1DE1A 2F8AA 4HDEA 3UVHA 3HYPA 4DSQA 2DSAA 3I43A 5ECQB 3TJKA 4XHMA 5F8BA 4IELA 2HE3A 3UAPA 3M9KA 3FHKA 2C0FA 5EY6A 1NSWA 1A2JA 5JWQB 5IQYA 1SL1B 3HJMA 3G7JA 2QSIA 3FY7A 4ZILA 3GTUA 4MJCA 4YH2A 3FZ9A 3TB2A 5FWGA 2O89A 3ME7A 3GL5A 2AYTA 2IMKA 2YWOA 2IMDA 4BPYA 1Z6MA 4DEJA 2IMEA 4LLRA 2B1LA 3GKKA 1A0FA 4NXIA 11GSA 3CSHA 1X5CA 1SK1A 1WMJA 3P90A 3QMXA 1F6MC 3QR6A 2X8CA 4G9HA 4ZL9A 1NW2A 2H73A 4KNDA 1A8LA 2IMIA 1M99A 1GLPA 1EEMA 1OKTA 3V1WA 1OC3A 2LQQA 1W4VA 2B1KA 1G6YA 4PQHA 2H72A 4PNGA 2RIIA 4MH2A 2I9HA 5HFKA 3KMNA 4AJ7A 16GSA 1YDKA 2HXKA 2H66A 1AQVA 4GQFA 2D2ZA 2LJAA 4GF0A 1MD3A 1XVQA 1F37A 2YPMA 5D9XA 1K0CA 4OCEA 3TGZA 4X1UA 4Q5NA 2HZFA 4KUNA 5D96A 4RI6A 19GSA 1XWAA 4YAPA 2WJUA 3LYKA 2LRCA 1X9MB 5LNKe 2DLXA 2JSYA 2YP6A 1ZYQB 1N8JA 4KH7A 4X0XA 4TR1B 12GSA 3ZIJA 5JCGA 1JZWA 3H8QA 2DJ3A 5ECOB 5C04A 5AGYA 1SD9A 2MBTA 4YQVA 14GSA 4OMVA 3LQ7A 3F63A 2DC5A 1F3AA 2K8VA 3RPPA 2R6KA 3L78A 3D4TA 3D22A 2AV4A 5IMVA 1T7PB 4WR4A 8GSSA 3O6TA 3L9SA 4MMMA 2M80A 3QPMA 4LL4B 3VI7A 1TOFA 2CVKA 1GNEA 1SU9A 3EYTA 1HNCA 3LJRA 3GMFA 2C3QA 4XRDA 1IYIA 3CSIA 2C1YA 1XIYA 2PBJA 4MH3A 9GSSA 2H01A 4Z7XA 2WS2A 4MJEA 5D93A 2M46A 2X8GA 3ZFBA 2LRTA 2WDUA 6GSTA 5IIZA 1OC9A 3RDWA 1ZMAA 2C3NA 3KJYA 4EF0A 2X64A 4N0VA 2GS3A 2LJRA 1QUWA 1PQNA 5JWRB 2EC4A 2JADA 2H76A 4I2TA 3IHQA 2VL2C 2I4AA 3UIWA 5HR1A 1DBYA 2E2MA 2RUEA 1JLWA 4K7OA 5DAKB 3ERFA 2CVDA 2CT6A 3D4MA 2VM1A 1ILOA 2I3YA 1GUKA 1KEBA 1WOUA 3HA9A 3ME8A 3NOFA 1FVJA 1TKDB 3CTGA 2YCDA 4KE3A 1BQ7A 5HFGA 4BVYA 1EGOA 4GRFA 2KP1A 1WIKA 1TU7A 3IXRA 1PD21 3IC4A 1M9BA 1E2YA 2AJQB 1GSQA 3OR5A 4KB3A 2R37A 4MCUA 1GTIA 3HVVA 2XBIA 4PUFC 3HZ8A 2GQLA 1TDIA 1WJKA 2X8HA 2LS5A 1U87A 1F9MA 3M1GA 5AIVA 5IMCA 2WFCA 4L5LA 4L8EA 4IN0A 1XWBA 1HNBA 3W6GA 1Z5YE 2F51A 3DIEA 3UOMA 2VCQA 2FY6A 4MABA 1EZKA 1O85A 6GSXA 4LA1A 1WE0A 5DQSA 2H30A 2HZEA 1QQ2A 4XS6A 1TI1A 3NZNA 5D73A 3MWHA 3BBYA 3BCKA 2PWJA 1F2EA 4J56E 4GXZA 1BAYA 4H86A 3D21A 1RQMA 2RM6A 4KW6A 4XTSA 1EGRA 3APSA 2WGRA 4PURA 5GSTA 2OE0A 2P31A 3LGCA 5CRGA 1YF0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OC8 A;  1Z3E A;  2H1D A;  2HRK A;  2L59 A;  2C0D A;  3TCO A;  3VLN A;  2HSH A;  1B9Y C;  1M3J A;  1X5D A;  4ICY A;  2L6D A;  3CBU A;  5AIX A;  3LXT A;  2VCV A;  3M3M A;  4TR4 A;  2GQM A;  3ERG A;  3I9V 2;  4YAV A;  1XCC A;  4OFM A;  1H4O A;  5HQP A;  1OAZ A;  5CO3 A;  4F82 A;  1GL8 A;  3D5J A;  4AJ6 A;  3IR4 A;  1THX A;  4ZB9 A;  3KCM A;  3GRX A;  1G7O A;  3TJB A;  3Q74 A;  3LOR A;  5KN2 A;  2DML A;  1SL0 B;  5CAX A;  3LW9 A;  3HD5 A;  4J2F A;  3UVT A;  3UL3 A;  6GSW A;  1ZZY A;  5GSS A;  4HQS A;  3VPT A;  1TK0 B;  3WGX A;  4CY6 A;  5H5R A;  1K0B A;  4TKY A;  3TKS A;  2PPT A;  3M9J A;  3VFI A;  3GH9 A;  1PRX A;  2NPB A;  4V1A p;  3VWX A;  4F2I A;  3LYP A;  4K0G A;  4ML6 A;  5ECR B;  4KSM A;  1A2L A;  1S3D A;  4KDX A;  2F9S A;  2CZ3 A;  2RM5 A;  4O7H A;  5IPH A;  4ZB6 A;  4ILF A;  2DKH A;  3BJ5 A;  1AUC A;  1E6B A;  2HSY A;  2HRF A;  4G19 A;  4GSN A;  4HS1 A;  4XCS A;  3GIX A;  2YNX A;  2MZC A;  4K1F A;  2LNS A;  4Z2U A;  4NHW A;  3ZL5 A;  3F6F A;  3DYR A;  2OJL A;  3F4R A;  3UJ1 A;  2DJ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2KP1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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