The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
MNIGRLRDRITIQTLKQTRDITGEILETWEDGHTLWASVNMVSSKEAISSGAELAIGTVRIWIRYRKDINATSRIKVSTGPLAGRVLNIIGQPLPDAARTRLEILCREGAEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of protein SF1141 from Shigella flexneri 2a
rcsb |
| molecule keywords |
Putative head-tail adaptor
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Shigella flexneri
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| total genus |
11
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KZ4 A; 2KCA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GDU A; 3RXE A; 1HPG A; 4O97 A; 1K1I A; 2C8W B; 2OBO A; 2G4U A; 3VXF H; 1FZZ A; 1OWI A; 4SGB E; 1GMH F; 3ZVA A; 1QUR H; 2V3M A; 3PRD A; 4IMZ A; 4MNX A; 1GDQ A; 5J4Q A; 1BBR H; 1QR3 E; 1SMF E; 1Z6E A; 3QUM P; 5ESB A; 5JB8 S; 3EQ0 H; 2UUK B; 2A5A A; 1GI6 A; 4BTT B; 4F48 B; 1GBA A; 2ZDM A; 1QFK H; 1A5I A; 3TU7 H; 1DIT H; 1HLT H; 2VVU A; 2H9E H; 3B9F H; 2VWL A; 4DG4 A; 1LHD H; 4Y7B A; 2ZU5 A; 3PWB A; 3SU2 A; 3WWF A; 3BTH E; 2WPJ S; 3GY4 A; 5JB9 S; 3HAT H; 1O5B B; 1O2K A; 4DCD A; 1AY6 H; 2HAL A; 1EZS C; 2ZCH P; 1BT7 A; 1V2R T; 1EP5 A; 2KAI B; 3SNB A; 1GBM A; 1BTW A; 1XVO A; 2IJO B; 5IK2 D; 3P95 A; 1SQT A; 1TQ0 B; 5GCH F; 3KEE A; 1PPC E; 2VVC A; 2Y81 A; 3TNT A; 4P00 A; 1CU1 A; 4CRF A; 1H8H D; 4RI0 A; 1YCP H; 4TY7 A; 1SGP E; 4ZKN U; 2GZ9 A; 1XVM A; 5HIY A; 3D65 E; 2B8O H; 2NU1 E; 2ZDV H; 5HYO A; 1PJP A; 2VB0 A; 3NRL A; 4FUE A; 4X2Y A; 1V2Q T; 1TOM H; 7GCH G; 2BVX H; 1SPJ A; 3ATL A; 1ELC A; 2UUJ B; 1ZPZ A; 3U69 H; 3SJ8 A; 3A88 A; 1FDP A; 3IWM A; 2WPK S; 4P02 A; 3RXM A; 5C1U A; 1CA8 B; 1ELV A; 3KQB A; 1ETT H; 3BSQ A; 5F8Z A; 1IQJ A; 5C0U A; 1F5L A; 3ZV8 A; 3SN8 A; 4Y0Z E; 4AYV B; 1MBM A; 5FPS A; 2ZFQ H; 3C1K A; 1FY4 A; 1TPO A; 2ZIQ H; 2OIN A; 1PFX C; 3SJI A; 1GBI A; 1LPZ B; 4PRO A; 3DSO A; 5L30 H; 3Q76 A; 2SGF E; 4MPX A; 3NXP A; 3SND A; 2EQN A; 1OSS A; 3SJO A; 1QQ4 A; 2BY7 X; 5DJ7 A; 1COW D; 3F68 H; 1RXP A; 1KDQ A; 1GGD C; 1J14 A; 1ZJD A; 3GYL B; 2BQ7 B; 3RC6 A; 2F83 A; 3E91 A; 1GVL A; 1OHH D; 2Y5H A; 3TK6 A; 1SOZ A; 2IJD 1; 4LZ4 B; 2BD2 A; 4NCY A; 3RLW H; 3LGI A; 1QB6 A; 1C5M D; 3V13 A; 5C2Z A; 1C1V H; 3BTE E; 4WVP E; 3W1E A; 1LO6 A; 1LPG B; 4THN H; 4Y6D A; 1VCQ A; 1YPG H; 2VIP A; 2WV5 A; 1KXB A; 3ZZD A; 3SHC H; 1WYK A; 2QA9 E; 5A0A E; 2G00 A; 1GG6 B; 2CHA B; 3U8T H; 1J15 A; 3SU3 A; 3E0N B; 1MTS A; 3S9C A; 1KLI H; 3W95 A; 5A8Y A; 3EST A; 4TY6 A; 9EST A; 1QCP A; 4Q63 A; 5F03 A; 1V3X A; 4ABJ A; 3O8C A; 2LNC A; 3PYH A; 6CHA B; 3SV2 H; 3FVF B; 2R2W U; 1FON A; 1W11 U; 2PW8 H; 3BN9 A; 3M5M A; 4XBD A; 4FET A; 2H1U A; 4YLU A; 1WQV H; 1O3J A; 3OFN D; 1GWA A; 4X1N U; 2Q6D A; 2AGI X; 1DWC H; 3GY7 A; 4NIV A; 1P0S H; 1O3B A; 2H2Z A; 3U9A H; 3RM2 H; 3F6U H; 2Z9L A; 1ANE A; 3M7Q A; 3QZR A; 4FU8 A; 4Y8Z A; 1AVW A; 3N7E A; 2CXV A; 4IMQ A; 1O2N A; 5BRR E; 1ARC A; 2BDI A; 3TH4 H; 3FAO A; 4FVB A; 5FX5 A; 3RMO H; 5EJL A; 5FAH A; 4O3U A; 3KYF A; 1ZSK A; 2C90 B; 1UTL M; 1QBN A; 3AW0 A; 1DST A; 4OS1 A; 4FUH A; 1V2L T; 4WH6 A; 1HXF H; 2GTB A; 3E1X B; 3ZV9 A; 4X1R U; 4F4O C; 2ZHF H; 2PGB B; 2BD4 A; 4CRB A; 1GBT A; 3B23 B; 1VIT G; 2P8O C; 1GJC B; 1SGD E; 3DUX H; 7GCH F; 1GI3 A; 4ZCN A; 2GV7 A; 3RXP A; 1RTL A; 1T31 A; 3E0P B; 4HG6 A; 4X6O A; 1AKS A; 1CA0 C; 1GBK A; 1QHR B; 2BQ6 B; 1ARB A; 2DUC A; 1GBC A; 2TIO A; 4WF8 A; 1S6L A; 1JRT A; 4ZHA A; 2EI7 A; 2P94 A; 2ZI2 H; 1FPC H; 4FUJ A; 3Q00 A; 4RN6 A; 5HKK D; 1EJA A; 1MAX A; 4TPI Z; 3MYW A; 4OGY A; 4TPY A; 1NC6 A; 4YXW D; 4ISH H; 1QB1 A; 3PMH B; 1GPZ A; 3MH7 A; 1Q2W A; 3MMG A; 3KYG A; 1FV9 A; 2A4O A; 4CH2 B; 4NIX A; 1C1M A; 1E1R D; 4K1E A; 1O5D H; 4Z0K A; 2UUF B; 3FP6 E; 3SU0 A; 4B76 A; 1C1P A; 2AIP A; 1Z1I A; 1UK3 A; 3MHW U; 1N6X A; 2BD8 A; 5DG6 A; 1FX0 B; 1ZHR A; 3UWI A; 1GHW H; 4UEH H; 1XX9 A; 1O3L A; 1FIZ A; 4OS5 A; 2P3U B; 1GGD B; 2L6O A; 2A5K A; 2AYW A; 4OM9 A; 4A7I B; 1OYQ A; 1O38 A; 3N99 A; 1S6F A; 3F0O A; 3FOA A; 4I33 A; 4I32 A; 1D9I A; 4XSK U; 2STB E; 1S0Q A; 3LJO A; 1HAX B; 1G3D A; 1A3B H; 3MNS A; 1C4V 2; 3LPR A; 1MBQ A; 1UCY H; 2XND D; 2FOH A; 5C1X A; 3DCL A; 1EZQ A; 1G3C A; 2ZQ2 A; 1TGN A; 4GLY A; 2BZA A; 4MG3 A; 3P8O A; 1IQE A; 2O8U A; 3UNR A; 1MKX H; 2BLW A; 1BCU H; 1P3C A; 2FLR H; 2GMT C; 3KF2 A; 3L33 A; 1GHA G; 2C8Y B; 5K7R A; 1FNI A; 1B7X B; 3RC4 A; 2CK3 D; 1QRX A; 1T8O A; 5KEC A; 3BTG E; 1EKB B; 1EAT A; 1KXF A; 1B5G H; 1EST A; 2OQU A; 1WDI A; 4ABG A; 5GJ4 B; 1S82 A; 1O3G A; 4MTB A; 3BF6 H; 2QV1 A; 1NZQ H; 4UD9 H; 1YM0 A; 3K65 B; 1L4Z A; 3SJK A; 2ZGH A; 3NZI A; 3VPK A; 3H7T A; 2QXJ A; 3S7H B; 3A8D A; 4X6N A; 1NT1 A; 1AN1 E; 3CS7 A; 1W2K H; 3SNA A; 1XUF A; 1Z8I B; 4FUD A; 1AZZ A; 1VIT F; 1V2U T; 4KKD A; 1GJ9 B; 3WW7 A; 2ZU4 A; 3QDZ B; 1DXW A; 3T26 A; 3CP7 A; 3PTN A; 5EXL A; 1HYL A; 2WV4 A; 1IHS H; 1YLC A; 2OC0 A; 2XC5 A; 3MQK C; 2BX4 A; 3MOC A; 1TGT A; 1DWB H; 1P05 A; 2ANW A; 2KCY A; 3P92 A; 5C94 A; 1ZJK A; 3TVJ B; 1ZYO A; 1QJ1 B; 1YPL H; 2BYA X; 1HAV A; 4EST E; 5EW2 H; 3M5L A; 1G9I E; 4K69 A; 3A7T A; 2ZHQ H; 2SNV A; 3U98 H; 1CA0 B; 2A4G A; 4F49 A; 4MDS A; 3HK3 B; 4K8Y A; 2HNT C; 1FN6 A; 3BG4 C; 1DFP A; 4KTS A; 4ZXY H; 5H4I B; 2FOE A; 4GAW A; 4DII H; 2BXT H; 1PPF E; 1PPE E; 4ABH A; 4ISI H; 1F0S A; 1W0Y H; 1AWH B; 5CHA C; 5GPI B; 1W7G H; 2FOD A; 2GCT C; 1NO9 H; 3M7T A; 1INC A; 3OX7 U; 1C1R A; 4FUI A; 1WOF A; 3LIW A; 3ITI A; 2FX6 A; 1G2L A; 3DSG A; 2H5C A; 4NWL A; 5FXL A; 1AND A; 2AEI H; 2J98 B; 4ZH8 A; 3FP7 E; 1PYT D; 1W0Z U; 1LQE A; 2QF0 A; 2SGQ E; 2RCE A; 1O3O A; 2AGE X; 3A84 A; 1LVY A; 3MH6 A; 5EXN A; 1ZMJ A; 4UFD H; 3ZZ7 A; 3SV7 A; 1C2D A; 1KXC A; 3MNC A; 2WPL S; 3BIU H; 4BXS A; 2V3O H; 4E05 H; 3EE7 A; 1D3P B; 3Q3Y A; 1GHV H; 3SBK A; 4Y10 E; 2ZHD A; 2BDY A; 5EPN A; 4CHA B; 1FPH H; 1RTF B; 1C5V A; 1ABJ H; 1P10 A; 3CNR A; 4DT7 B; 1H8I H; 2XW9 A; 1S85 A; 3ZZ4 A; 3MU8 A; 1SL3 A; 1GJ6 A; 2Q6G A; 1GHA F; 1FAX A; 3HKI B; 4QT8 C; 5EOK A; 5FL7 D; 3VB3 A; 3P8G A; 1GI4 A; 3H5C B; 1VZQ H; 5FCK A; 4ABE A; 5G4B A; 4MPW A; 2Z9G A; 3MWI U; 4AOR A; 3M3T A; 3M3V A; 1AVX A; 4WJG 2; 3RXI A; 1NFX A; 2HVY B; 3DT0 H; 2RDE A; 1DWE H; 2YNA A; 3A7W A; 1HAH H; 4IC5 A; 1K1N A; 1C5O H; 3UTU H; 3RXB A; 2ODP A; 3VFE A; 3SV6 A; 2TGP Z; 4BNR A; 1ANB A; 1NPM A; 2FLB H; 3M35 A; 5HXF A; 1HJ9 A; 1YP9 A; 2BDA A; 2J38 A; 3NWU A; 3SNE A; 5JBC S; 1V2N T; 1O39 A; 2AER H; 3UQV A; 4I8H A; 1C5P A; 5A8X A; 2QXG A; 1BMM H; 3GIS B; 1HAY B; 1QQU A; 2EY4 C; 3PB1 E; 1GL0 E; 1O2L A; 1TMU H; 4IS5 A; 1IQI A; 3RML H; 1W10 U; 4B2B A; 1SGF G; 1BJV A; 2ZA5 A; 1IQH A; 3RM0 H; 2FYR A; 2ZKS A; 2W3I A; 3OU0 A; 1AMH A; 2PGQ B; 4E7R G; 3LDX H; 3MI4 A; 3I77 A; 2BD3 A; 2QF5 A; 1MZD A; 1SLW B; 1MAB B; 4K2Y A; 2ZHE H; 4ABA A; 2FO9 A; 5EQQ A; 3HK6 B; 3SGB E; 3MNX A; 1BHX F; 5EOD A; 4TYD A; 2QGR A; 2GP9 B; 3UFA A; 1H8E D; 5GIB A; 4RT0 A; 3FFG A; 2R3Y A; 2R0K A; 1SKY E; 3SJ9 A; 1GBL A; 3RXR A; 1GJ4 H; 2IOT A; 2BXU H; 5LPF A; 5B6O A; 3PTB A; 4Q7Z A; 3TGJ E; 2EEK A; 2Q1J A; 1NTP A; 1A46 H; 1UTP A; 1FJS A; 2TBS A; 5GXP A; 1G3B A; 4B2A A; 3A8C A; 3F9E A; 2VWN A; 3BTD E; 4I7Y H; 3M5O A; 2EI8 A; 3LGW A; 1C5R A; 3AW1 A; 1O5G H; 1ZLR A; 3R3G B; 2O8T A; 1XMN B; 4DJZ B; 2HNT E; 1TQ7 B; 4NG9 H; 4YES B; 2XCF A; 4Y7A A; 1EX3 A; 3ELA H; 5F53 A; 2FM2 A; 1J9C H; 1TYN A; 1MD8 A; 1ZRK A; 4YM9 A; 3LC5 A; 5CHA B; 2ODY B; 1H9H E; 1NFU A; 1WU1 A; 1E35 B; 2GCT B; 1HBT H; 1TE0 A; 1ZGI A; 2HOB A; 2V7Q D; 4UE7 H; 1IQL A; 2Z3E A; 3GY5 A; 3LH3 A; 3D49 H; 2JJ1 D; 5E0H A; 1CGH A; 1AZ8 A; 2FPZ A; 3UNQ A; 2W6I D; 1D3Q B; 3GCH C; 3TK9 A; 1O3A A; 4XOJ A; 4I86 A; 1HJ8 A; 3LGT A; 4ZKS U; 4IGD A; 1UJ1 A; 3QTV H; 1P8V C; 2ZFS A; 3V7T A; 2QYI A; 1S6H A; 2CF8 H; 4ZUH A; 4IN2 A; 3LGV A; 4ZRO A; 1GI7 B; 1P2K A; 3GY3 A; 3KNX A; 5C5O A; 4U01 A; 1SGF A; 1LHE H; 4X2W A; 2GD4 B; 1FAK H; 8GCH G; 2ZHW H; 1O5F H; 4ABD A; 5PTP A; 1GHB G; 4JZI A; 2HWL B; 3S9B A; 1P2N A; 4CH8 B; 5DN6 D; 2V3H H; 1WXR A; 4MPV A; 1F0U A; 2O8W A; 3RXG A; 1MAY A; 1BJU A; 1MTN C; 1D3D B; 2VWO A; 3QZQ A; 1VGC C; 4O3T A; 4DVA U; 1DWD H; 1KY9 A; 1M9U A; 1VCP A; 4HTC H; 2V6N A; 2GT8 A; 5GND A; 1D3T B; 3Q3X A; 2JH6 D; 1TNJ A; 2FS8 A; 1THP B; 3UNS A; 1ZSL A; 2FXR A; 1UVP A; 4LOY H; 8EST E; 4KGA A; 3AK5 A; 5T1V A; 1ZR0 A; 1ESB A; 1GJA B; 1QRW A; 1IAU A; 1N1L A; 2HPQ H; 3M7U A; 1MU6 B; 1WCZ A; 5T6F A; 4XBC A; 2G8T A; 4X8U H; 3FP8 E; 3KGP A; 4B71 A; 4CRC A; 2BB4 A; 1DY9 A; 2ZFR H; 3E6P H; 5IDK A; 1HGT H; 5B6L A; 2FWW A; 1C2J A; 2PP6 A; 1HAV B; 1O5E H; 3SZN A; 1BTP A; 1TMB H; 3A83 A; 2F4L A; 5LPE A; 1A4W H; 1P2M A; 1Y3X A; 5I46 H; 1LPK B; 2WSS D; 4TWY A; 3URD A; 2KCP A; 1C1O A; 4KTU A; 3SUD A; 1V2J T; 3DHK H; 2VWM A; 3GDV A; 3MU4 A; 2Z3C A; 2G5N A; 2BD9 A; 4AFU A; 1O2W A; 1WTH D; 3LJJ A; 3RU4 T; 1C4Y 2; 1NRR H; 2ANK H; 1BRA A; 4CRE A; 3RC5 A; 1PYT C; 2ZDL A; 1QB9 A; 3SQE E; 1TRM A; 3SO3 A; 4JZ1 A; 1DOJ A; 1LVB A; 2XWB I; 2KCO A; 3U8R H; 3TPI Z; 2ILN A; 3F0P A; 3SHA H; 4X1S U; 4I8L A; 5ETX A; 4X8S H; 3PMA B; 3QGN B; 1NM6 A; 5KGO A; 1MKX K; 4DY7 B; 1ESA A; 1L4D A; 1TPS A; 1XUJ A; 3NKK A; 1AO5 A; 4D8N A; 3PO1 C; 3BIV H; 3T29 A; 3WWB A; 2ZPR A; 3RU4 D; 4AGK A; 2UWL A; 3HGP A; 2BZ6 H; 2NU0 E; 1CGJ E; 1OX1 A; 1NU9 A; 1BBR E; 1BDA A; 4X8T H; 1G32 B; 1AIX H; 5JBB S; 1PPB H; 3HGN A; 3QO6 A; 1KSN A; 3A80 A; 1TGC A; 1TNL A; 2WUB A; 3GY2 A; 1J17 T; 3EA8 A; 3IG6 B; 2XC0 A; 5DP7 A; 4I31 A; 2Q6F A; 2KCA A; 3G01 A; 1EAI A; 1P3E A; 4WXV A; 2QN5 T; 2WIN I; 4CBO A; 1KXD A; 1AFQ B; 3EA7 A; 3ZZB A; 2J94 A; 2J2U A; 4M9F A; 5C0T A; 3LGU A; 1KTS B; 1EXF A; 2VVV A; 2BM2 A; 3P17 H; 2J98 A; 4FUF A; 2WZQ A; 4NIW A; 4VGC B; 1XXD A; 4IBL H; 3SOR A; 3T62 A; 1QGF A; 1SGI B; 2BY5 X; 8GCH F; 1ZGV A; 3P8F A; 1BTX A; 3ZYD A; 3A82 A; 2JH5 D; 1L1G A; 1TAB E; 2OXS A; 2NU2 E; 1SGR E; 1AE8 H; 1AB9 C; 3R0F A; 2A7C A; 2HLD D; 4NZL A; 4YT6 H; 5T6G A; 2BHG A; 1BHX B; 1C9P A; 4TT3 D; 3V3M A; 4A92 A; 2WPH S; 1NRS H; 2ZCK P; 3KHV A; 1O2Q A; 1BTY A; 1GJ7 B; 1A61 H; 1X7A C; 2I6Q A; 1O3I A; 2H5D A; 1PPZ A; 2AIQ A; 1A5G H; 1NRP H; 1P11 E; 2XWA A; 4HZH A; 2PUX B; 1TBZ H; 1O36 A; 2GDD A; 1Q3X A; 1UVS H; 1GJ8 B; 2ZNK H; 4CRA A; 3O8B A; 1OWJ A; 3SUG A; 1MTN B; 2CJI A; 5FBI A; 1MTV A; 3ZZ5 A; 4BAM B; 2Y82 A; 4LZ1 H; 2P3F H; 1DIC A; 5E2O A; 3LT3 A; 4GPG A; 1XKA C; 2P95 A; 2BMG B; 1NRN H; 2PSY A; 2YMS D; 5DK1 A; 3NPS A; 2THF B; 2FOC A; 3OSY A; 4XBB A; 2FOG A; 4UFG H; 2Z9I A; 4JCN A; 1BRB E; 2W7U A; 1O3K A; 4K5Z A; 2OD3 B; 1H4W A; 2UWO A; 2W3K A; 1JWT A; 1S81 A; 1OS8 A; 4BAN B; 1JBU H; 1C2F A; 3RMN H; 4A1V A; 2PKS C; 2A4R A; 1TRN A; 2O8L A; 2XOK D; 4FXG H; 3V0X A; 1E79 D; 3EAJ A; 1CGI E; 1MD7 A; 1P2O A; 2XBX A; 2J34 A; 2B0F A; 4XRN A; 5DP3 A; 2ANY A; 4D76 A; 3HKJ B; 1O2R A; 1TBR H; 3F9F A; 3S0N A; 1RGQ A; 1YPM H; 3BTW E; 4NA7 A; 1A7S A; 2VIQ A; 5JPM H; 1GI9 B; 5A2M H; 3AAU A; 4OS4 A; 1SGT A; 1CHO G; 4GHQ A; 1HNE E; 4Y8Y A; 4XDE A; 1TX8 A; 4Y76 A; 1P09 A; 1EQ9 A; 3KQE A; 1C4U 2; 1VKY A; 1ZMN A; 4LK4 A; 4MNY A; 5IYT A; 1TNH A; 2TGA A; 3ZVF A; 1ABI H; 1GBH A; 3A8B A; 1OWD A; 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