2L6CA

Solution structure of desulfothioredoxin from desulfovibrio vulgaris hildenborough in its oxidized form
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
MSAIRDITTEAGMAHFEGLSDAIVFFHKNLCPHCKNMEKVLDKFGARAPQVAISSVDSEARPELMKELGFERVPTLVFIRDGKVAKVFSGIMNPRELQALYASI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic insights into unusual thiol disulfide oxidoreductase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Desulfovibrio vulgaris
total genus 27
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2l6cA00
3GYKA 5DQSA 1X5EA 2OKAA 3ZVJD 5CAXA 3MNGA 3DVXA 2OJLA 4IHUA 5F0GA 1K0MA 2V41A 2AYTA 4GLTA 3KH7A 2FLSA 3H93A 3LWAA 4I2TA 1A0FA 2L59A 2E2MA 2IFQB 1WIKA 4EDZA 4GSNA 3EYTA 1TU7A 2PWJA 3M9JA 1DE1A 1H4OA 2O89A 2H74A 4MZBA 3KIJA 2E0QA 1EWXA 1A2MA 4BVXA 1FB0A 1SKRB 1X5CA 3FY7A 2VCTA 1AXDA 1U3AA 1G6YA 1XVQA 1ML6A 4MH2A 4RQXA 2L6CA 2KUCA 4ZIJA 4ZBBA 4GQCA 4HS1A 4V1Ag 5HFKA 1S3AA 1OC9B 1TRVA 2R4VA 4I97A 4HJ2A 4J56E 6GSXA 2RUFA 5JWRB 2MZCA 1JZOA 3L4NA 1FG4A 3EWLA 2LUSA 3C7MA 2TRXA 3H4KA 1K0NA 4WR5A 2FWEA 3LXZA 4MMMA 2I9HA 4G9HA 1GRXA 4LLRA 3P7XA 2R37A 4ULXA 2GZYA 4IN0A 2OA7A 1GWCA 1WPIA 4NHWA 2MMNA 4ZILA 5HR3A 3WGEA 2H1DA 1ERWA 3BJ5A 1J0FA 1X9WB 3VWWA 4PUFC 2ON5A 2C1YA 3KGKA 1EOHA 1PD21 4EO3A 1THOA 3IV4A 4IW9A 3TKSC 1J9BA 3M8NA 2HXKA 4JEDA 5ECSA 3GRXA 6GSTA 1DE2A 4IP1A 4JBBA 3NIVA 3ZFLA 2GT5A 5IMVA 4MPGA 3RDWA 2L6DA 4WF4A 4POBA 5CRDA 2IPAA 3IE3A 4ACSA 2DMMA 3GV1A 1YZXA 2MMAA 1PL1A 1O81A 2B1LA 3EE2A 4TR4A 1XW9A 5DAKB 1K0OA 5CP1A 2FWGA 3GIXA 3TJFA 1A23A 3HZ8A 4ID0A 1YF1A 1RK4A 20GSA 3DWVA 6GSWA 1QMVA 2YNXA 3ZREA 1X9MB 4HDEA 2C3QA 1RQMA 1XFLA 2LQQA 1EV4A 1A2JA 4KW6A 4NV2A 2FA8A 1OE7A 3CMIA 4OWYA 5FT3A 2C4JA 2CX4A 4JZQA 1FOVA 2LV3A 3ZITA 1HNAA 1GSUA 2LJKA 1B9XC 4HI7A 4RQRA 1SK1A 4N11A 1M2DA 1NM3A 2IIYA 5KEJA 2YPMA 2GGTA 4IBPA 3KP9A 3LSZA 1V2AA 4DEJA 2OADA 3L0HA 4HZ4A 3ERGA 5F07A 3ZYWA 1QGVA 4HUAA 1LU4A 2DJKA 3CXGA 1YQ1A 5GAPD 4BA7A 3QCPA 1UVZA 2H6XA 2GS3A 2YZUA 2F3MA 2FCHA 1TDIA 1PX6A 1SK2A 4FIWA 3GH6A 4YAPA 2REMA 4F03A 2NTOA 3IA1A 2M46A 5ECPB 5GSTA 4V2LA 2NBSA 3EMPA 3QPMA 3GL5A 4MH3A 4POKA 4TR0A 3A3TA 3GUSA 4ZL8A 1Z3EA 4EL1A 3IK7A 4O32A 5GSSA 1TXXA 3DKSA 4ISDA 3TUEA 3L9SA 1PX7A 1SKSB 1BJXA 3KP8A 4IS0A 1FVKA 2ES7A 3WGXA 3UAPA 1AAZA 1GSSA 2EC4A 3LFLA 1QXHA 5F06A 4K8MA 3KEBA 1OAZA 2PVOC 1YEXA 3RAZA 2CVBA 4F0BA 1F3AA 3TKSE 5B7CA 5JCGA 1O73A 5EPFA 2HZEA 2H66A 1HNCA 4ILFA 4WF5A 4K7IA 5ID2B 2GTUA 3FK8A 3WYWA 2WJUA 3DRNA 1R5PA 4IQ1A 4KB3A 2R6KA 3O76A 2V6OA 3EURA 2RUEA 3HVXA 1O6JA 2YWIA 3L78A 4QQ7A 2X8CA 2P5RA 5D9XA 1ON4A 2M80A 2K18A 1PRXA 1GNEA 2GSRA 1Z6MA 3ZLPA 2QSIA 4PXOA 1G7EA 2IFQA 4MJAA 1Z9HA 3ISOA 4MPFA 4IP6A 4K1FA 3APSA 4ECJA 1S3DA 2DJ3A 3TJJA 2I4AA 5IMDA 4YQMA 4WEYA 1XW5A 4MF5A 5AISA 3C73A 5LD0A 4NMUA 1XOAA 3MSZA 3F6DA 4V2NA 3G7JA 3GX0A 4L8EA 3FR9A 4HU7A 1B8XA 4AF2A 1OC9A 1XPVA 3KCMA 5HR2A 3QMXA 4EUYA 3H79A 4PNFA 3HVSA 3U5RE 3D6IA 3LYKA 5JCWA 4KUNA 1TKDB 1G7OA 3GL3A 2H1GA 5F05A 4F9ZA 5IPHA 5CRWA 4FYCA 5DCHA 5CNWA 4EDYA 2GVPA 3HY2A 4Z7XA 6GSYA 4AGSA 1NHOA 3IC4A 2LRNA 2EIRA 1F6MC 2A2RA 3LEFA 2HFDA 2YZHA 3TKPA 3PR8A 4IELA 2X8HA 5CRHA 3F4TA 2R2JA 3ED3A 1Q4JA 2LSTA 1F9MA 5FWGA 3VWVA 2YWNA 3D5JA 1N8JA 2PU9C 2JSZA 5ECKB 4YH2A 4O5RA 5E59A 1EV9A 2JL4A 3DIEA 4EF0A 3DVWA 1I5GA 2HLSA 8GSSA 1SU9A 3EC3A 3MWHA 4RI7A 2IMFA 2VLTA 5D9TA 3GSSA 5EY6A 3DEXA 4ZB8A 2HZFA 3WT2A 2YV9A 5ECIB 3ZMLA 1YKCA 3IPZA 2FY6A 5JCUA 1YKAA 2NVLA 1IYIA 1XOBA 1A8LA 5ELGA 4AJ8A 1XVWA 1MDKA 1U3IA 2DMLA 2GQKA 5DAKA 4RUVA 1GLPA 3UOMA 1BAYA 3QR6A 2WGRA 3ME7A 3F3RA 4KDXA 4N0VA 4TR1A 3IK9A 2MMZA 2IMDA 3W6GA 2C3TA 5FHIA 2K9FA 2BTOT 1TI3A 1SK0A 1T4YA 2FWFA 3U6VA 4BVYA 5B6NA 2LTKA 2CAIA 3E3EA 3IHQA 1GTUA 1KTEA 1AUCA 4K6XA 3GX8A 5LNKe 3MAKA 2IMIA 4ECCA 1AW9A 4E8EA 2PVQA 1EGOA 1EP7A 3GKMA 3TB2A 3I43A 5A4UA 3TOUA 3UBKA 4LA1A 2HRFA 2F8AA 3KD0A 4MABA 3HJOA 4MF7A 1EGRA 3IDVA 4NHZA 3HA9A 4WXTA 4XS4B 5HFIA 1FHEA 3M9KA 3TOTA 1FB6A 5J9CA 1BYEA 2RLIA 2YN1A 3VI5A 1CQGA 2O87A 3GTUB 3FEUA 1A8YA 2X64A 4TXOB 1ZCPA 4Q5FA 1T3BA 5DCGA 5DQYA 4MZWA 2DBCA 2PGTA 2CX3A 5AIVA 4IJ3A 1R5AA 3LQ7A 1PQNA 2LNTA 3EMXA 2L4QA 1XBSA 3J7Yk 2C0EA 2H76A 2VCVA 1Z7RA 2EIOA 1X0RA 3N5OA 1G6WA 4P3YB 3ZZXA 2PMTA 2E7PA 1OKTA 2IJYA 5JWOB 2AJQB 4GSSA 5D96A 2VD1A 3M3MA 4Q5RA 1GSQA 2H19A 2VCXA 4KSOA 3SBCA 3IR4A 5ID2A 1JHBA 4YQVA 3GKKA 1ZYEA 2H0GA 4EVMA 2XBIA 1VRSD 1QQ2A 3BCKA 3E0UA 10GSA 2BMXA 2K8SA 1JZWA 3F6FA 4I8BA 4WR4A 2I81A 3RHBA 2F9SA 5B8BA 4V1Ap 1TK8B 1URMA 1K3YA 2O85A 1AC1A 1ERUA 4MA9A 4X1UA 1SL2B 1RW1A 3UARA 1K3LA 19GSA 4K7OA 2MYGA 1THXA 2HT9A 1Y25A 1VF3A 1VF2A 1EP8A 3H1NA 3CRUA 1FO5A 4BL7A 3UEMA 1R7HA 4TR1B 4MDCA 2A4VA 4TN8A 3PH9A 5A4VA 1SYXA 2L5OA 4CDOA 1YDKA 4EKZA 2F8FA 3FW2A 1N2AA 2DJ1A 3KJYA 1TRWA 2GSQA 4IVFA 1XIYA 2GLRA 3D0ZA 4MK3A 4IJIA 4N0ZA 1MEKA 1PN9A 1XWBA 4G10A 5G5EA 1GTAA 3Q18A 3KXOA 4TRXA 2GQMA 2DIYA 2YV7A 2GQLA 1UN2A 1K0DA 2FUG2 4XRDA 1EEMA 4XIHA 3JCML 1NSWA 6GSVA 2C8UA 3UVHA 2PBJA 1B48A 1DSBA 1ST9A 3DYRA 3MDKA 3TRXA 2H70A 1JZDA 3US3A 2XPEA 1ACVA 3KZQA 4WKWA 3TJKA 4PNGA 2PUKC 2LQOA 4GWRA 4KH7A 1K0AA 2VD0A 5DJLA 2R5GA 4DSRA 4GXZA 1M9AA 3LG6A 2DIZA 2H01A 4CHSA 1OC3A 4LMVA 1KNGA 1UC7A 3UVTA 2H0HA 3QDNA 2I3YA 3F9UA 4YAVA 2RIIA 3AY8A 3FYGA 2CT6A 1ERTA 2VCQA 3FHKA 5EVOA 3VWXA 3KMNA 3FZ9A 4KDUA 5D93A 1XWKA 2DJ0A 5DBQA 3VI7A 2L5LA 11GSA 4MP4A 1ZOFA 2IN3A 1EOGA 5ECNB 2C0FA 2M72A 1PKZA 4XS1A 2RM5A 3FRCA 2ZCTA 3C1RA 4O7HA 3FR6A 2FWHA 2JSYA 5KN1A 4ZBAA 5JWQB 4I2UA 2B7KA 2LRCA 4WBJA 2CVDA 3HZ4A 1AIUA 2I1UA 4ZB6A 2H30A 3K8NA 3GURA 3I6AA 2CVKA 2J9HA 4GQFA 1BQ7A 4IGJA 3F8UA 1YF0A 1K3OA 2AHEA 2DJ2A 3TKRA 1T4ZA 1U6TA 2JZRA 2VL3A 1OYJA 3VPTA 1V57A 1IYHA 3FR3A 4TR3A 1M99A 4FO5A 4ECBA 3LYPA 1Z7PA 2G0FA 5GAND 2FA4A 4K0GA 4HJMA 3I9V2 4XCSA 2TIRA 3RBTA 3O3TA 4JU5A 1FVJA 5CRGA 5CYYA 3A2XA 2X99A 5G5FA 2C3NA 3EVIA 3CSIA 4KSMA 5IMCA 1ZMAA 3KTBA 4KCAA 4J57E 4XS4A 1WJKA 5C00A 1X9SB 4KNDA 2AB6A 4H86A 5IIZA 1GNWA 4XRAA 2H72A 2WDUA 1BEDA 1YY7A 3CTFA 3FKFA 1TP9A 13GSA 1PGTA 2CQ9A 1XWCA 1R26A 3GTUA 1QK8A 1O85A 1SD8A 1T7PB 4TXOA 1V9WA 4KAEA 3WGDA 2P5QA 2WFCA 5IO2A 4DVCA 2MBTA 3DMLA 3CSJA 3FZ4A 2VO4A 2VCWA 2V6KA 5ECQB 4OO4A 2HE3A 2O7KA 1ABAA 2PN8A 1MD3A 2HNLA 2B6MA 2VLUA 5ECHB 4F0CA 1WE0A 3QFAC 2VLVA 4V2MA 5D9VA 2H6YA 3ERWA 3QOUA 5KN0A 2YJHA 4PURA 3NOFA 3PINA 4F2IA 5IO0A 5IMZA 4RI6A 1SD9A 4EE0A 5ECMB 1XWGA 3PGTA 1TRUA 3IOSA 2OBIA 4XS6A 5AIXA 4ZBDA 3TGZA 4KX4A 2H71A 1K0BA 1G0TA 3LJRA 4D73B 4FYUA 1ERVA 5DJMA 5INYA 2JU5A 3GNJA 4LMWA 3ZFBA 4WBRD 2YCDA 5DALA 3GN3A 2H1AA 1VGLA 3D22A 2HI7A 2KP1A 1GSEA 3GFKA 2LJRA 3G9BA 4N30A 3ZRDA 1O8XA 4MF6A 4HQSA 1AQWA 3HHVA 2JZSA 3GH9A 1ZZYA 2FNOA 1M2AA 5IOXA 3F4RA 2ZNMA 1VF4A 2A2SA 1NHYA 2B5YA 2VCZA 1PMTA 4BPYA 5L71A 2J23A 3EU4A 3TKQA 2JZTA 1ZGNA 1O7UA 3CYNA 2DSAA 5HR0A 1Y6EA 3J7Yb 1GTBA 1TRSA 1A24A 4KA0A 3Q19A 1OVNA 3F63A 1WMJA 2YP6A 4BWQA 1XCCA 2IWTA 4AJ6A 4E8HA 5ECRB 2Z9SA 3QAGA 4PQIA 4ML1A 3TCOA 3KH9A 3HCZA 2P31A 3V1WA 4YQUA 1LBKA 3HD5A 1GTIA 5D73A 2KP2A 2K8VA 1EEJA 4TVEA 1M7TA 2VL9A 3GHAA 3HDCA 1MTCA 4KDYA 3LXTA 3N9JA 1MD4A 1W89A 2V2GA 2GZPA 3G7IA 3Q6OA 2JADA 4IQAA 1HNBA 2YJ7A 3OR5A 3VK9A 3L9VA 1XWAA 1E2YA 5IMFA 4ZB9A 3GMFA 1XXUA 4XTSA 3ZIJA 1V40A 1WOUA 3ERFA 3APOA 3NZNA 17GSA 1TK0B 2LKUA 2VL2C 5IPGA 3HXSA 3IBHA 2H75A 2YANA 1PSQA 2H8LA 5G30A 5D9WA 5HFGA 1JZRA 1J08A 1S3CA 4EC0A 4EXJA 3APQA 2MBSA 1M2BA 2WS2A 22GSA 2O8VB 3DGQA 1M0UA 1A2LA 3CBUA 2EIQA 3D4TA 4GSTA 2G2QA 3H8QA 5ECLB 7GSSA 3GKXA 5KN2A 1U88A 1GH2A 2CZ3A 4OFNA 4NWYA 2CV4A 3IXRA 4PQ1A 1HD2A 3FZ5A 2LEGA 4DSSB 4Q5QA 3HVVA 4QL9A 4NAXA 4ZL7A 4K9ZA 2VL2A 1ZYQB 5J5NA 1CQHA 1TW9A 3VPQA 1JFUA 1VF1A 4L0UA 5DALB 4HQZA 4OCFA 4Q5NA 1DUGA 4NV5A 2GSSA 12GSA 1SJ6A 5EL8A 2OE0A 5B8AA 1V58A 16GSA 3ZTLA 5G31A 1TOFA 3HJMA 4G19A 1T1VA 1GUHA 1SYRA 3TJBA 1ILOA 2RM6A 1GSYA 2HRNA 3A2VA 2ALBA 1KBNA 4GF0A 5GZZB 5H5QA 1XW6A 1GL8A 4K2DA 3VLNA 2VM1A 1F37A 2YOIA 2VAFA 2XBQA 2XC2A 3DXBA 5CO3A 5J4UA 3UL3A 3LGCA 1GP1A 3QAVA 3W8JA 1GLQA 2F51A 4K7NA 3TKSA 1GSFA 4I5QA 2VIMA 4ZL9A 3EU3A 3TDGA 3F0IA 2TRCP 5COHA 1NW2A 4L5OA 3ZL5A 2R3XA 2QC7A 2IMKA 3E9JB 1B4QA 3BOAA 4J2FA 3C1SA 3O6TA 1Q98A 1WP0A 3VWUA 2NPBA 4MJCA 3LORA 1OKDA 2WRTA 2CAQA 1JLVA 2XPDA 2DLXA 1Z6NA 3Q74A 4IKHA 1WWJA 2MMOA 5AN1A 2LJAA 3P90A 3UIWA 2VM2A 2H6ZA 14GSA 3KM6A 5C04A 2E2GA 5G1LA 1TK5B 2WCIA 4FH8A 1AQVA 2D2ZA 4I6XA 2V1MA 2WULA 5H5SA 4PUAA 5J41A 4KE3A 3UJ1A 2WB9A 3A5WA 2QKEA 2IMEA 2FHEA 2HYXA 2L57A 4DSQA 3TRQA 5DVBA 4D73A 3RPNA 1BG5A 3R2QA 1TU8A 1A0RP 2QGVA 1MDJA 2PERA 2LS5A 4TXVA 4KGIA 1LJRA 5H5RA 1I9DA 2N5BA 4OMVA 1H75A 1B4PA 4AJ7A 3CTGA 1SJIA 2DC5A 2P0GA 4HU9A 4NPBA 3P8WA 3ZMKA 5IQYA 1OE8A 2GT6A 3QD9A 2HSHA 2GDRA 4GRFA 3W8SA 4OCEA 1O8WA 5A5KA 3HYPA 3A2WA 4TOPA 3FZAA 3RHCA 3IAM2 1EZKA 1FW1A 1K0CA 4MCUA 3HJPA 3GKNA 4G2EA 5A4WA 3KMOA 4WETA 4JE1A 4GCIA 2AV4A 4L5LA 2V32A 2YWOA 5AGYA 1GULA 4TW5A 3C71A 4MJEA 2AUVA 3TRPA 2C80A 2NDOA 1U87A 2B5XA 4O92A 2C0GA 2WZ9A 5ENUA 1WRYA 1GUMA 4OD7A 4GTUA 2IL3A 3D21A 1C72A 2VUPA 4MZCA 5G1KA 4ML6A 2H0IA 2X8GA 3DD3A 2AAWA 5HR1A 2PPTA 2VOCA 2GSTA 4F82A 4POMA 1SL0B 1YJ6A 3IAS2 2ON7A 1AQXA 4POLA 5IOWA 6GSUA 5HQPA 3C8EA 1DBYA 3QFBC 1YEPA 2DJJA 3ZVJA 4L0WA 4KCEA 5D8IA 3GSTA 3QAWA 4LL1B 3S9FA 4X0XA 4HEA2 1HQOA 2OACA 4MJBA 3BCIA 3KTLA 1R4WA 1QUWA 4PGTA 3EINA 2K6VA 4FYBA 1FAAA 3UMAA 1TI1A 2H73A 5KN3A 4BWSA 4K0NA 4ZXGA 5IMAA 5DDLA 4CW9A 1SL1B 1TJDA 1OC8A 3CSHA 1B9YC 1SJZA 3SWLA 2FGXA 5J3RA 3P2AA 4HOJA 3CRTA 3BD2A 1ZL9A 4JR4A 4HZ2A 5ELAA 3TJGA 1KEBA 4JRRA 1X5DA 3F3QA 4QL7A 1PKWA 1F2EA 3ME8A 5B6MA 2YWMA 3M1GA 4TKYA 3G7YA 3F4SA 2OE1A 2GZZA 2OBKA 2BJXA 1GSDA 3VFIA 3ZIVA 2CZ2A 2FD3A 5F8BA 4OO5A 1Z5YE 4DSSA 1UA5A 9GSSA 5E4WA 4PQHA 2KHPA 1JLWA 2B7JA 1SENA 1M9BA 2N5FA 2XHFA 4JR6A 3VURA 4LL4B 2B5EA 2B3SA 3WD6A 1QFNA 18GSA 3UBLA 3WT1A 5ECOB 2C0DA 4XHMA 1W4VA 3RPPA 4MLYA 5CREA 2KLXA 1SKWB 3BBYA 3D4MA 1T8EB 4PX1A 1TTZA 1HYUA 2N5AA 2L4CA 5IM9A 4N10A 3M0FA 4X43A 2OE3A 2LRTA 1XZOA 3HKRA 3I69A 6GSSA 2HSYA 1GUKA 1MDIA 5LCZA 5G2ZA 2KOKA 1BX9A 1T00A 1E6BA 2HZEB 3GA4A 2H1BA 4NXIA 4OFMA 1F3BA 2B1KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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