The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
MSDQHDERRRFHRIAFDADSEILQGERRWEVLLHDVSLHGILVGQPQDWNGDPQRPFEARLYLGLDVLIRMEISLAWARDGLLGFECQHIDLDSISHLRRLVELNLGDEELLERELALLVSAHDD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the PilZ domain protein PA4608 complex with cyclic di-GMP identifies charge clustering as molecular readout
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein PA4608
|
| molecule tags |
C-di-gmp binding protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
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| total genus |
22
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07238 | PilZ | PilZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | predicted glycosyltransferase like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KYG A; 5EJL A; 4HG6 A; 4P00 A; 5KEC A; 4RT0 A; 3KYF A; 2RDE A; 3DSG A; 4RT1 A; 2GJG A; 3CNR A; 4I86 A; 2L74 A; 4P02 A; 5KGO A; 5EIY A; 4FOU C; 5EJZ A; 5KED A; 4F48 B; 1YWU A; 4XRN A; 5EJ1 A; 1YLN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1A4W H; 1F0T A; 4B75 A; 3RXH A; 1RTF B; 2ZQ1 A; 3BG4 B; 1GBI A; 5GWZ A; 3A83 A; 2OD3 B; 3NXP A; 2PTC E; 3EA8 A; 1F0R A; 3ZVD A; 2FOG A; 5F8X A; 1U6Q A; 2WPL S; 2QCY A; 1AE8 H; 1T8M A; 1MD8 A; 4Y8X A; 1KXC A; 3PMA B; 2B5T B; 6LPR A; 5CMX H; 3ZZD A; 1UTM A; 4DJZ B; 1HAV A; 2D1J A; 4AGK A; 1JRT A; 1UMA H; 2FLB H; 1P0S H; 2OC7 A; 1EQ9 A; 4MDS A; 1CGJ E; 1NFX A; 1K21 H; 4Z0K A; 3M61 U; 4Y79 A; 3M7U A; 1IQK A; 1F0S A; 1LMW B; 3SUF A; 2VWN A; 3LGI A; 2VGC C; 4FUC A; 1EZU C; 2ZHW H; 2W3K A; 4SGB E; 1GCT C; 2ZTY A; 2JH6 D; 3A87 A; 4NG9 H; 1DPO A; 4YT6 H; 3PYH A; 1OWH A; 1SI5 H; 3S0N A; 1SR5 C; 1NM6 A; 1TRM A; 2BQ6 B; 3SU4 A; 3A7W A; 1D3Q B; 1ZHM A; 3HK3 B; 2GMT B; 4ZKN U; 3DD2 H; 3BTF E; 3RXJ A; 4F4O C; 1OWK A; 3RLW H; 1HAI H; 1YPM H; 1G3C A; 2QE7 D; 1SGY E; 3E6P H; 3ZZA A; 2OC0 A; 3HKI B; 5I46 H; 1QB1 A; 1NBM D; 3LPR A; 5F53 A; 1TYN A; 1GI4 A; 1HAG E; 2H6M A; 5EXN A; 4INL A; 3SHA H; 1Z7K A; 4NSV A; 3K6Y A; 4BAQ B; 4BTU B; 1O2H A; 2OUA A; 1O3F A; 3ZYE A; 2A4Q A; 2SFA A; 3FZZ A; 2HGT H; 1P3C A; 2QY0 B; 3TIT A; 2Y5F A; 1MMJ N; 2ANK H; 3GYL B; 4IGD A; 2XNI A; 3ELA H; 3AVZ A; 2ALV A; 1EPT A; 1GVL A; 1EOL A; 3TVJ B; 4H42 U; 1HV7 A; 1OKX A; 1HIA A; 2A0Q B; 3PRD A; 5FPS A; 1DUA A; 3PV5 A; 5FXL A; 2PSX A; 1XUH A; 4B73 A; 4BTI B; 2LP6 A; 2ZDV H; 3RMN H; 1MQ5 A; 2BXU H; 4IN1 A; 1GBA A; 1AKS B; 2O8W A; 3TPI Z; 4GLY A; 4BTT B; 1V6D A; 1K1O A; 1YP9 A; 1C5U A; 3B23 B; 1WTH D; 3P70 B; 5A8Z A; 2VH0 A; 4MNW A; 1K1N A; 4FUF A; 1E79 D; 3M3T A; 4YOI A; 1YCP M; 2V7Q D; 2LNC A; 4U01 A; 2WUC A; 4YXW D; 1GI9 B; 1GL0 E; 1HCG A; 2BDI A; 1ETS H; 3PWB A; 1FY5 A; 3SJ8 A; 1DXW A; 1AB9 B; 3RXV A; 5FX6 A; 2BB4 A; 4TPY A; 1GJ6 A; 4FUJ A; 1TGB A; 2B9L A; 2J34 A; 3TK9 A; 3GY6 A; 1GHV H; 3LH3 A; 1IQM A; 1SQT A; 1A3E H; 1TQ7 B; 4XBC A; 2GTB A; 5CHA B; 1C1R A; 4JK6 A; 4MG3 A; 2BY8 X; 5CE1 A; 3BTM E; 1YPH C; 4CH2 B; 4HTC H; 4BXS A; 1KMH B; 1TMT H; 2C8X B; 2YMS D; 1ZJD A; 3SND A; 3K9X B; 3ATK A; 1PPE E; 1HJA B; 4CR5 A; 2NU0 E; 2ZEB A; 3BTW E; 1O2L A; 1P12 E; 1PQ8 A; 2PKA B; 2RA3 A; 2ZG0 H; 3RU4 E; 1VCP A; 1VCW A; 2H2Z A; 1TWX B; 3MO6 A; 4M9F A; 2ZI2 H; 1CT4 E; 1Z6J H; 2V3M A; 1V2L T; 1HYL A; 4RT1 A; 2H9T H; 2A7C A; 2H9H A; 3TK5 A; 4GPG A; 1A61 H; 1GGD C; 1CBW B; 1RRK A; 2SNW A; 3OEE D; 3PV2 A; 4Y7A A; 3TJO A; 1O3G A; 2DE9 A; 1DIC A; 2FOH A; 3MH6 A; 2FX4 A; 2EST E; 2ZU1 A; 5JBC S; 2Q1J A; 3LGY A; 4TWY A; 3MH7 A; 1BMA A; 1QL7 A; 1QBV H; 1OHH D; 1IQF A; 5FCK A; 3OE7 D; 4FUI A; 1P2K A; 1Y5B T; 1ZGV A; 1C5Z B; 4K60 A; 2J92 A; 3TJN A; 1HJ9 A; 2R2M B; 3RXM A; 1AFQ C; 4DT7 B; 3QZQ A; 1LVO A; 1OYQ A; 3UTU H; 1P09 A; 2VB0 A; 1TFX A; 1UVS H; 4NWL A; 1QRZ A; 3UPE A; 1C2D A; 3A8C A; 2AGI X; 1KXD A; 2OQ5 A; 4HGC A; 2GZ9 A; 3RXS A; 3FP7 E; 3NUM A; 3SZE A; 2JET C; 2VWL A; 3U8T H; 1MTN B; 1DUE A; 3SUE A; 5EU8 A; 4AC9 A; 3E90 B; 2AEI H; 4EST E; 3BG4 C; 2AYW A; 1GVK B; 1SHH B; 5FAH A; 1ELC A; 1C5M D; 2WSS D; 4Y6D A; 2ZU3 A; 5GXP A; 3BN9 A; 4CR9 A; 4WMD A; 1FN6 A; 5LPR A; 2XXL A; 2F4L A; 1EAX A; 1ZMN A; 3UR9 A; 2ZGJ A; 2HNT E; 1RTK A; 2F9P A; 2AER H; 4A6L A; 1EZQ A; 5KEC A; 5G4B A; 3F0O A; 3NK8 A; 4I8H A; 5C67 A; 1FON A; 1RTL A; 2H5D A; 1WXR A; 1TNL A; 2Y7Z A; 2P3U B; 4K2Y A; 1FN8 A; 4FU9 A; 2B7D H; 2J38 A; 2IPQ X; 3SZN A; 2G5V A; 4YOG A; 1LPG B; 1TNK A; 1E0F D; 4X1S U; 3D65 E; 5KED A; 1XVO A; 1Y5U T; 5DP4 A; 1P57 B; 5L2Y H; 1PFX C; 2VBC A; 1YF4 A; 3EDX B; 4J2Y B; 1TX8 A; 1DWE H; 1XMN B; 1LVY A; 1WQS A; 4K5Z A; 3KYG A; 3BEF B; 1SKY E; 1C5Q A; 3LIW A; 2J2U A; 1V2N T; 1MCV A; 2QXG A; 3NZI A; 1O5G H; 1UVT H; 2P94 A; 2WUB A; 4DIH H; 1WCZ A; 1GJB B; 3GY3 A; 4H4F A; 1PQA A; 3TIU A; 4Y76 A; 1BRC E; 3NKK A; 1GMH F; 4U32 A; 1H8E D; 1T7C A; 1ZPZ A; 3SO3 A; 1YYY 1; 4DII H; 1T4U H; 3GCO A; 3ZV8 A; 5FBI A; 3SU6 A; 4A1T A; 2P3F H; 1MBQ A; 2ZHD A; 5DSF A; 1MBM A; 2BX4 A; 3GIC B; 4YM9 A; 3ZZB A; 1NS3 A; 3LKW A; 2BLW A; 5EQQ A; 2STA E; 4B6F A; 5DKM A; 2TBS A; 1GBD A; 2L74 A; 1O2N A; 1FDP A; 2NU3 E; 3GCT F; 4NA8 A; 4X1R U; 4ISH H; 2FS8 A; 3M7T A; 1L1G A; 3G01 A; 3S7H B; 3SGB E; 1ZML A; 4AX9 H; 1GMC F; 1MD7 A; 1S6L A; 1T31 A; 2P3T B; 1RS0 A; 3KQB A; 1S82 A; 2O9Q A; 1GHB G; 2XC5 A; 1CGI E; 1YBW A; 1EP5 A; 4UD9 H; 4E06 H; 1P8V C; 3SJK A; 3A8B A; 3RXQ A; 1FLE E; 5IYT A; 3P17 H; 3RDZ A; 1MH0 A; 1EP6 A; 4CRC A; 2VIO A; 2XWA A; 1DLK B; 1O3P B; 5JB8 S; 1K0H A; 1AVW A; 4O03 A; 2C8W B; 4YZU A; 1O3M A; 1TON A; 2Z3D A; 4AYV B; 3PMJ A; 3N7O A; 2WPH S; 1XUG A; 3AW0 A; 1W13 U; 6GCH F; 5A0A E; 2PKS C; 5IDK A; 2XND D; 2AHM E; 2PTN A; 2HPP H; 3UNS A; 1QZ8 A; 3DSG A; 2QN5 T; 3S9B A; 2EI6 A; 1K1P A; 3L6P A; 2GV7 A; 1EZX C; 1NC6 A; 1TLD A; 3V7T A; 6CHA B; 1LQE A; 3WWF A; 3RXC A; 2ZHF H; 2G4U A; 1FNI A; 1QL8 A; 2WPI S; 3UWJ H; 3W94 A; 2WPM S; 4DOQ A; 1S6F A; 1SSX A; 2ZDK A; 4AB9 A; 4JCN A; 2BD5 A; 4CRE A; 3C27 B; 1HJA C; 2Z9K A; 5DN6 D; 3UY9 A; 4H6T A; 4H6S B; 5EOD A; 1GBF A; 3L33 A; 1GI1 A; 2Z9L A; 1A0H B; 4ISO A; 1SFQ B; 3A8A A; 1GI8 B; 2CJI A; 2ZHQ H; 1DWC H; 1AFE H; 3F9H A; 2UUF B; 1C4V 2; 2KFW A; 1O3O A; 4I32 A; 2G55 A; 1DY9 A; 1IQJ A; 1A5H A; 1O2J A; 2K8I A; 2TPI Z; 4FUD A; 1NRP H; 2XCN A; 5C17 A; 1UTJ A; 7EST E; 5FX5 A; 3PTN A; 4INH A; 1YPK H; 2BD2 A; 3OX7 U; 1NY2 2; 3LGU A; 3KNX A; 1C1M A; 1EZS C; 1VJ9 U; 2HAL A; 2F91 A; 3RC6 A; 1CA0 B; 1UCY E; 4DW2 U; 3VB4 A; 1AIX H; 2ZQ2 A; 5JBB S; 4DG4 A; 2Z6B D; 3BTT E; 3MU4 A; 1KDQ B; 2G00 A; 5DJ7 A; 1D3P B; 1HAV B; 1WUN H; 2WPK S; 4GSO A; 1F7Z A; 5A0C A; 1ESA A; 6EST A; 1V2T T; 3P8N A; 3T62 A; 1SGN E; 4RSP A; 1ZSL A; 2OC8 A; 2EI7 A; 3PRO A; 1IQH A; 1Z71 A; 4DT4 A; 2ZGH A; 1W0J D; 3PLK A; 3ZIA D; 4XSK U; 2C90 B; 4BAH B; 4GUX A; 4X2X A; 1HLT H; 1O33 A; 2ZFQ H; 4ASU D; 1ZGI A; 4JYU H; 3MMG A; 3RXA A; 3ZVG A; 1GBC A; 3U28 C; 1GMH G; 1ZHP A; 1KIG H; 3M5O A; 5EQS A; 7GCH G; 1OPH B; 1SGF G; 2CK3 D; 2KAI B; 1WBG B; 4NZL A; 1O3C A; 3PLP A; 2TGT A; 4TYD A; 4MPX A; 1EAW A; 2Y6T A; 1VIT G; 2J5U A; 5DP6 A; 5EG4 A; 1C5O H; 2XCF A; 3B9F H; 3DFJ A; 1P2J A; 1T4V H; 3P8F A; 1HNE E; 1UVO A; 4X1P U; 1O2Z A; 1AGJ A; 1CO7 E; 5DGJ A; 2FTL E; 3LGW A; 1YY3 A; 3BSQ A; 3UFA A; 2AGG X; 3H7T A; 3GCT G; 2BM2 A; 4BAM B; 3T2N A; 1SGI B; 4BAO B; 1DFP A; 4K69 A; 1GMC G; 1TA2 A; 3QTV H; 5BPE A; 1H4W A; 3CNR A; 1HAZ B; 1FZZ A; 3ZZ3 A; 1YPE H; 1L4D A; 2K0Q A; 2XC0 A; 1N8O C; 1XXD A; 4NIX A; 5C1Y A; 1TMB H; 5DO4 H; 3STI A; 1H9L B; 4ZXX H; 4TPI Z; 4XRN A; 2Y7X A; 3RP2 A; 2F3C E; 1RJX B; 5FCR A; 3MYW A; 2ZPR A; 3ATI A; 5K7R A; 3RXU A; 3RC5 A; 1H1B A; 1CE5 A; 3DCL A; 3IWM A; 2HNT F; 2ANW A; 5ETX A; 2C3S A; 1KLI H; 3QK1 A; 2G81 E; 2O8L A; 1G37 A; 4MPU A; 1C1V H; 2ZWL H; 6GCH G; 1ETT H; 1HAP H; 5ABW A; 1GWA A; 3QTO H; 5EJZ A; 3N7E A; 3SUD A; 1TB6 H; 3QGN B; 2AFQ B; 1S83 A; 4AOQ A; 4HZH A; 1C4Y 2; 1FY1 A; 2P95 A; 1AUT C; 1UHB A; 2BYA X; 1RIW C; 3V13 A; 3OAA D; 3STJ A; 4CRA A; 2EY4 C; 2FOM B; 3A89 A; 4JZI A; 5F6M A; 2B8O H; 3UQV A; 1AE5 A; 3SNE A; 2PWX A; 2ZZU H; 5ESB A; 1C2M A; 1SPJ A; 1VGC C; 3T5F H; 1O2I A; 1S81 A; 4A92 A; 1C1P A; 1Z8G A; 1QJ6 B; 4NZQ A; 1XVM A; 4D8N A; 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2VIN A; 2ZU4 A; 4FUG A; 4ZKS U; 4BXW A; 3SJO A; 3N7D A; 2DE8 A; 1QRX A; 1GPZ A; 1SVP A; 4X2W A; 1Z8I B; 4X6O A; 1BTU A; 3KCG H; 1BTW A; 4JZ1 A; 2HLC A; 4TY7 A; 3OTJ E; 1F5L A; 3BIU H; 2ZO3 H; 4WH6 A; 4KKD A; 1O2S A; 3SQE E; 2VIV A; 1C1Q A; 3VB3 A; 4Y8Y A; 1J8A A; 2BDY A; 2ZGB H; 1WDI A; 4D9Q A; 1O3H A; 1HFD A; 1WAY B; 2CHA B; 4GHQ A; 2W5E A; 1GJ8 B; 1FMG A; 3MHW U; 1UVP A; 1L2E A; 3MU1 A; 3ODF A; 3EQ0 H; 2YMS B; 3WY8 A; 2OIN A; 1DOJ A; 5FL7 D; 1C5N H; 5J4S A; 1O32 A; 1J15 A; 4I31 A; 2BZ6 H; 1C2H A; 3OFN D; 2DUC A; 3ZV9 A; 4I8J A; 4AZ2 B; 2FO9 A; 1NRN H; 3QWC H; 2STB E; 1V2J T; 2BVX H; 4MNY A; 4QT8 C; 3AK5 A; 4D9R A; 2SGE E; 4ZMA H; 2ZFT A; 4K3J A; 1HXF H; 1KXE A; 4Y8Z A; 1H9H E; 2F83 A; 1ELB A; 2C8Z B; 4Y10 E; 2A5A A; 1AU8 A; 1JXP A; 1FAX A; 3RXR A; 4FU7 A; 3M3V A; 5HKK D; 3E16 B; 1C1O A; 4KP0 A; 1SLV B; 2Y5H A; 1J9C H; 2BVR H; 1GI6 A; 3URC A; 4GAW A; 3ZZ7 A; 1G9I E; 1O5B B; 2ANM H; 2XW9 A; 4FET A; 3UOP A; 2J98 B; 1Y5A T; 2A5I A; 1QJ1 B; 2UWP A; 1YCP H; 3KQD A; 2IN2 A; 1GBM A; 2FLR H; 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