The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
91
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structure length |
91
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Chain Sequence |
MRIKGVVLSYRRSKENQHNNVMIIKPLDVNSREEASKLIGRLVLWKSPSGKILKGKIVRVHGTKGAVRARFEKGLPGQALGDYVEIVLEHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of the ribosomal protein RP-L35Ae from Pyrococcus furiosus.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule keywords |
50S ribosomal protein L35Ae
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| total genus |
18
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01247 | Ribosomal_L35Ae | Ribosomal protein L35Ae |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | translation elongation factor selb, chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ACA A; 4ACB A; 4AC9 A; 2LP6 A; 1SQR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PPZ A; 1SGF G; 1BA8 B; 2G4U A; 2XWB I; 2D8W A; 5A8X A; 3DFJ A; 1BBR H; 3P8G A; 2J5U A; 4GAW A; 4ACA A; 3E0P B; 2ZP0 H; 3LPR A; 2EC9 H; 1EP6 A; 3SNA A; 1JRT A; 1GI2 A; 3ZYE A; 3I78 A; 1WXR A; 3EST A; 1P3C A; 2EA3 A; 1IQG A; 1W14 U; 4ZHA A; 4Z6A H; 1P2M A; 4Q80 A; 2BDI A; 2C8Y B; 1TNJ A; 1YCP M; 1CE5 A; 2BY9 X; 1NRO H; 3TNT A; 1O2U A; 3KQC A; 2Q6D A; 1QRX A; 3D62 A; 3SV9 A; 4INK A; 5J4Q A; 1CO7 E; 1Y8T A; 1GL0 E; 1O5C B; 1V2W T; 2I6Q A; 1DWB H; 1DWE H; 3RXL A; 4UEH H; 5DP7 A; 2ZG0 H; 4GCH F; 3GS9 A; 4FUH A; 1A5I A; 4K1S A; 1K1I A; 5DJ7 A; 2ODQ A; 3GCO A; 2WPJ S; 1UCY H; 3DSP A; 1O2L A; 4X1N U; 2QGR A; 2XND D; 1FNI A; 1XUJ A; 1AE5 A; 3LC3 A; 3KCG H; 2O8W A; 2ZF0 H; 2G81 E; 5T3H A; 1TGS Z; 1BRC E; 1LO6 A; 1NC6 A; 2GJG A; 1TGB A; 5GDS H; 1ELV A; 2OUA A; 1T32 A; 4RN6 A; 1KXA A; 5C94 A; 2OP9 A; 5GWZ A; 3VGC B; 1TON A; 2QXG A; 5K7R A; 1EB2 A; 5L2Z H; 3E6P H; 1WBG B; 3STI A; 3PRB A; 3SI4 H; 2H9T H; 5JBA S; 3P95 A; 1GVK B; 1OP2 A; 5JPM H; 1AFE H; 1PPB H; 3K65 B; 1G9I E; 1OXG A; 4BAK B; 4X1R U; 1KDQ A; 3TJV A; 1VIT F; 2QF0 A; 1EPT A; 2BM2 A; 3PV5 A; 2GV6 A; 4ZH8 A; 5T6D A; 1NU7 B; 3ZVD A; 3BTE E; 1AI8 H; 2KAI B; 2Y5G A; 5DK1 A; 3DCL A; 2PUX B; 1QNJ A; 5T1V A; 2WPI S; 4YOI A; 2TRM A; 1FY4 A; 1SGF A; 1O3J A; 5EQR A; 1W13 U; 2HOB A; 3G01 A; 8KME 2; 4CR5 A; 4I8G A; 1PQ8 A; 2BY5 X; 1J14 A; 1YPE H; 2JDI D; 3RLY H; 5I25 A; 2GX4 A; 1GBT A; 2B5T B; 1WYK A; 1OPH B; 1OX1 A; 1EP5 A; 5E0J A; 2K0Q A; 4Y71 A; 3BIV H; 4LZ1 H; 3A8B A; 3ODD A; 3LKW A; 1GJ7 B; 4IC6 A; 2UWO A; 3BG4 C; 4UFF H; 3ZZ5 A; 3TGJ E; 1CBW B; 1A7S A; 2A2X H; 1HCG A; 3KNX A; 2BD9 A; 1LVB A; 3V0X A; 4ZKO U; 4MVN A; 5F53 A; 1GCT C; 1RXP A; 3ZVF A; 1DAN H; 3A87 A; 3FVF B; 5EXN A; 1RIW B; 3A7T A; 4D9Q A; 4XBD A; 1G3E A; 1MBQ A; 3EYD A; 1W0K D; 2FOG A; 2YMS D; 2OBQ A; 3MU0 A; 5FHT A; 1NZQ H; 2NU1 E; 2JH5 D; 1Y59 T; 9LPR A; 1Z71 A; 1QBN A; 3UNS A; 1V2T T; 3NUM A; 1GDQ A; 5FPT A; 3SZN A; 2AMD A; 4Y8X A; 1SSX A; 1NRS H; 1JWT A; 3SGB E; 1C2F A; 3A88 A; 1BTX A; 2QCY A; 2VVV A; 4ISH H; 1JIR A; 3KEE A; 4F55 A; 2XNI A; 1C1V H; 2ZFQ H; 3UWI A; 2CK3 D; 3F9F A; 1EJN A; 4Q7X A; 1UVT H; 2DUC A; 4OS7 A; 4DGJ A; 4B2A A; 1HAZ B; 1UTK A; 3LOX A; 1O2X A; 3BTD E; 1O5B B; 2P3F H; 5EST E; 1QJ7 B; 1XKA C; 4VGC C; 2Z3D A; 1GBJ A; 1P09 A; 1OP0 A; 1P01 A; 1E0F D; 2J97 A; 1AGJ A; 1CQQ A; 1VCQ A; 1MZA A; 1TPA E; 1DE7 H; 2ZHD A; 3RU4 T; 3WW7 A; 2D2D A; 1B5G H; 4HFP B; 4Q7Z A; 1UCY K; 1GBM A; 3FFG A; 3DSO A; 8GCH G; 4IMZ A; 1NM6 A; 3OYP A; 1GMC G; 1P2N A; 1AVG H; 3ZZ3 A; 4D9R A; 2ZU1 A; 3SUD A; 1E1Q D; 3DFL A; 3QN7 A; 2VH6 A; 4UFG H; 1DDJ A; 3SU6 A; 1O5A B; 1C2G A; 1EX3 A; 2W26 A; 3A8C A; 4FUF A; 3RC6 A; 4INL A; 4Z0K A; 2BXU H; 1GBL A; 3GDS A; 1H8H D; 3UTU H; 4J2Y B; 4D7G A; 4F48 B; 5BRR E; 3SND A; 2RCE A; 1C5R A; 1E36 B; 3QGN B; 2JH0 D; 3SNE A; 1O3O A; 1PYT C; 1H8D H; 1O3H A; 4HGC A; 3ZZC A; 4Q4L A; 2KM0 A; 3UY9 A; 5JBC S; 1RTL A; 2FX4 A; 1YLN A; 3QZR A; 5HXF A; 1C5L H; 3KHV A; 1MKX H; 1AB9 C; 2VVC A; 2AYW A; 1O0D H; 4BAO B; 2PGQ B; 2RFK C; 1SI5 H; 1F0U A; 1FY5 A; 1QL9 A; 1Z6E A; 1OYQ A; 1GBH A; 3MU1 A; 3AW0 A; 4I33 A; 4NIV A; 2B9L A; 5EJ1 A; 4JZE H; 2FX6 A; 1P10 A; 2FOA A; 2AMQ A; 1A3B H; 1ARB A; 4FUI A; 2BDA A; 4ZCN A; 1DUE A; 2BX3 A; 1ELF A; 1XUH A; 2VH0 A; 1GI1 A; 4AFS A; 2B8O H; 3SV8 A; 1W3C A; 1GI7 B; 4R8T B; 1O3N A; 4ABG A; 3EA8 A; 5FX5 A; 4B2C A; 2SGA A; 2W6I D; 1H9L B; 2FTL E; 2ZDN A; 4RSP A; 1FJS A; 1H8I H; 5C5O A; 2FIR H; 3NRL A; 4BXW A; 1TGN A; 3BG4 B; 3KQ5 A; 1E38 B; 3U9A H; 2F9N A; 5HKK D; 3LDX H; 3SU1 A; 1V3X A; 2XC4 A; 4E7R G; 1OWE A; 4MTB A; 1P2J A; 2EEK A; 1O38 A; 2AIP A; 1LCY A; 1GMD F; 3DD2 H; 2PGB B; 3STJ A; 2J94 A; 3P6Z B; 1BUI A; 1GHA F; 1RTF B; 3SZE A; 3U28 C; 4K60 A; 1CHO F; 2F9V A; 4Y76 A; 3P8N A; 3F9H A; 4X2X A; 1LPZ B; 1B7X B; 3ATI A; 3QDZ B; 1TQ7 B; 1C5Z B; 3A83 A; 5EPN A; 3HPT B; 1AU8 A; 1WQV H; 3L33 A; 4NIW A; 2ANK H; 1GI9 B; 4TPI Z; 5EOD A; 1ZPZ A; 1KLI H; 3Q77 A; 1O2Q A; 1KXF A; 1F0R A; 4GUX A; 2OXS A; 2VWO A; 2H5D A; 1K2I 1; 2ZA5 A; 3BTG E; 4DG4 A; 1O3F A; 3MNC A; 2G4T A; 2UWP A; 5EJL A; 3A7W A; 1D3Q B; 1P2K A; 1FIZ A; 1QL8 A; 2J98 A; 4TY7 A; 4VGC B; 3KGP A; 2JKH A; 4A1V A; 4AGK A; 1OWI A; 1MH0 A; 1PJP A; 2FOF A; 1A0L A; 1BTW A; 2HNT F; 5A8Y A; 3M5O A; 1AZ8 A; 3W94 A; 1L1G A; 2QN5 T; 2P16 A; 1GI5 A; 1A4W H; 3OEH D; 5DPA A; 3GCH C; 3SGA E; 2KX4 A; 1HV7 A; 2KFW A; 3DSG A; 2A7C A; 4MPX A; 1CA8 B; 3U1J B; 3T27 A; 2Z9L A; 1O3C A; 1P2O A; 2OLG A; 3RXC A; 3ZZ9 A; 1O3A A; 4CR9 A; 2PW8 H; 2F83 A; 5DG6 A; 3NCL A; 2YMS B; 3R3G B; 2QXI A; 1O2I A; 4A5T S; 1GG6 C; 1BMN H; 3ATK A; 1P2Q A; 2BD4 A; 4NFF A; 4TY6 A; 2ZDL A; 3A86 A; 4RKJ B; 2Y81 A; 5DO4 H; 2IPH A; 3FP7 E; 3S0N A; 1L0Z A; 3W95 A; 4UD9 H; 2OD3 B; 1GHX H; 1ZGI A; 3O8D A; 5CDF E; 2FI3 E; 3QTO H; 1DT2 A; 3KQE A; 5H4I B; 1AB9 B; 1IHT H; 2WPD D; 2BY8 X; 3LJJ A; 2HVX A; 2VB0 A; 1XUG A; 4TT3 D; 7GCH G; 1HAI H; 1KMH B; 1DUA A; 1FV9 A; 4P00 A; 4Q63 A; 3ZVG A; 1GJ6 A; 3PLK A; 2I6S A; 5C1Y A; 2Y7X A; 1N6Y A; 1T7C A; 2BD2 A; 3SJO A; 2TGD A; 8EST E; 2F91 A; 3RMM H; 4NSY A; 3QTV H; 2BDB A; 3MO3 A; 1H9I E; 1T8O A; 3GIC B; 4MQA A; 1AE8 H; 1BOQ A; 1QB1 A; 3ZZA A; 2TPI Z; 2XBX A; 4ZAE A; 1NFU A; 1IQH A; 4X8V H; 5C0U A; 3MNB A; 3SJK A; 1BHX F; 1ANE A; 4J1Y A; 2BVR H; 3F2H A; 1VJA U; 1WTH D; 2W3I A; 2CGA A; 1QFK H; 2Y80 A; 1A46 H; 4Q7Y A; 5B6L A; 5KEC A; 1GBB A; 1KSN A; 3T29 A; 1Q31 A; 1CA0 C; 4GHT A; 1UVS H; 2OTV A; 4U32 A; 1QCP A; 2BD7 A; 4Y7A A; 3RXM A; 4B75 A; 5EG4 A; 1YYY 1; 1UTQ A; 1UTP A; 3OY6 U; 4EST E; 1F0T A; 4H42 U; 5DN6 D; 1THP B; 3QZQ A; 1GBC A; 1FY3 A; 3LON A; 4K8Y A; 2H5C A; 1O30 A; 1MTU A; 2Y7Z A; 1HDT H; 2XC0 A; 1C1Q A; 1ZJD A; 1A0H B; 1Y3U A; 1ELB A; 1Y5A T; 4I32 A; 4KP0 A; 3K2U A; 4AFU A; 2PSX A; 2FOC A; 4GPG A; 2QXJ A; 5C1X A; 3ELA H; 5IK2 D; 1BTH H; 3LIW A; 3RXS A; 4JZ1 A; 1NS3 A; 3LGW A; 3UUZ A; 4BAN B; 1BT7 A; 1PPC E; 2Z9I A; 1YLD A; 1O2G H; 2BDY A; 3OAA D; 3SJ8 A; 3P8F A; 2SGD E; 4X8U H; 1OWD A; 2FOM B; 5T6G A; 5CMX H; 2ZGX H; 2BB4 A; 2ZPQ A; 3LH1 A; 3ATM A; 4B6F A; 3PMH B; 2XCF A; 4KGA A; 3SV7 A; 1MTN C; 2OCV B; 1SOZ A; 1AMH A; 3GY3 A; 1C5W B; 4SGB E; 4BTT B; 4YO9 A; 5C2Z A; 1EOL A; 1Y3X A; 2ZFP H; 2HNT E; 1C5S A; 1C5N H; 2KCA A; 1KIG H; 4H4F A; 1GJA B; 1L4Z A; 1KLJ H; 3U8O H; 3VG8 A; 1FIW A; 4HZH A; 1O2O A; 5A0B A; 2V3O H; 1JOU B; 1O3B A; 1GI6 A; 1ESB A; 4TWY A; 3NKK A; 3JZ1 B; 3ZVC A; 3D49 H; 4YM9 A; 2FXR A; 3GCH B; 4O03 A; 1SGP E; 4FUC A; 1MAY A; 1OHH D; 3MH6 A; 3SV6 A; 1QR3 E; 1ZLR A; 1KLT A; 1ZPC A; 1XVM A; 4X6N A; 1ZSL A; 1NBM E; 1EXF A; 1TBR H; 2V3H H; 3MH4 A; 3ZIA D; 4O3T A; 2BQW B; 1RTK A; 2QF4 A; 1FLE E; 3N99 A; 2BLO A; 1DLK B; 2SNV A; 4M7G A; 2FLB H; 1EAW A; 3UQV A; 1G32 B; 3P92 A; 3D23 A; 3UPE A; 3A7V A; 4X2V A; 7KME H; 1UVO A; 4CBN A; 1GJ9 B; 1LKB A; 2Z3E A; 2TGP Z; 4X8T H; 1NRP H; 3Q3K A; 1O37 A; 1S85 A; 3U8T H; 1QZ8 A; 1IHS H; 1P03 A; 1Y5U T; 5A0A E; 2R0K A; 2XBV A; 1PPH E; 4YLQ H; 1HRT H; 2F9B H; 1Z7K A; 1MD8 A; 1O2W A; 2VIO A; 1BIT A; 2GTB A; 4WXV A; 5FBE A; 2WV4 A; 4NWK A; 4U30 A; 5LPE A; 1GJD B; 2DE8 A; 4GVU A; 1HFD A; 1FPH H; 1GJ4 H; 4JZF H; 1TPP A; 2Z9G A; 3PLP A; 4DII H; 2NU0 E; 5L30 H; 4WJG 2; 1EOJ A; 2BLW A; 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2LEL A; 4BNR A; 5J4S A; 3RXT A; 1EFR D; 3TK9 A; 2KZ4 A; 3GCT G; 1FY1 A; 1BRB E; 1JIM A; 4NA9 H; 4XD7 D; 1MU8 B; 4GSO A; 4YOJ A; 1HIA B; 2OC0 A; 1W10 U; 2H1U A; 4ABI A; 3MQK C; 4R0I A; 1AUT C; 1THR H; 2JIZ D; 2WPL S; 1DPO A; 1O2R A; 1SGC A; 3T28 A; 2P94 A; 3M3S A; 4YLU A; 1LHE H; 4ZHM U; 3RP2 A; 1QTF A; 2PKS B; 2A32 A; 4FU7 A; 3TH2 H; 1BJV A; 3D65 E; 3T62 A; 1JBU H; 3SUG A; 2GD4 B; 2RDE A; 1BTZ A; 1SG8 B; 1QJ1 B; 1L2E A; 4BXS A; 1IQE A; 2Y82 A; 1BBR K; 1NRN H; 4AN7 A; 2SNW A; 3NK8 A; 2BDH A; 3TJO A; 2V6N A; 1XUI A; 3BSQ A; 3HK6 B; 4E05 H; 5EIY A; 3O8C A; 2FEQ H; 3OY5 U; 1CT0 E; 1TMB H; 1YPJ H; 3KQB A; 1UVU H; 4MNY A; 4WXI A; 2CHA B; 1DWD H; 2GDE H; 5PTP A; 3K6Y A; 1PYT D; 1GBE A; 3TIU A; 3T26 A; 3MO9 A; 1GHV H; 2D26 C; 4SGA E; 3ZZB A; 5EXL A; 1C5Y B; 1LHG H; 3A8D A; 3MWI U; 2BVX H; 2FZZ A; 1F0S A; 3TVJ B; 3F68 H; 3VB7 A; 1C4Y 2; 1TMU H; 1ELG A; 1GHY H; 1JXP A; 1QRZ A; 1TAL A; 3GIS B; 1DST A; 1AN1 E; 2ZKS A; 1W0J D; 1O32 A; 2UUK B; 1TRY A; 4KEL A; 2ZU4 A; 3ITI A; 1S6H A; 2NU2 E; 1SLV B; 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