2LUS | Genus

Total Genus 25

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	25
sequence length	143
structure length	143
Chain Sequence	MEFIQGIKLVKKNRCEVNANEALKDKDIIGFYFSAHWCPPCRGFTPILADMYSELVDDSAPFEIIFVSSDRSEDDMFQYMMESHGDWLAIPYRSGPASNVTAKYGITGIPALVIVKKDGTLISMNGRGEVQSLGPRAFQNWAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__377574233118257__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__377574233118257__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2LUS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__377574233118257__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"377574233118257","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2LUS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__377574233118257__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd507081a2fe2a04b245f5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd507081a2fe2a04b245f5/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd507081a2fe2a04b245f5/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd507081a2fe2a04b245f5/pdb.gz): 451 ms

reading 143 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

143 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:142});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Carcinoscorpius rotundicauda
publication title	NMR structure of Carcinoscorpius rotundicauda thioredoxin-related protein 16 and its role in regulating transcription factor NF-kB activity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thioredoxion
total genus	25
structure length	143
sequence length	143
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-06-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13905	Thioredoxin_8	Thioredoxin-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2lusA00

2WCIA 1ERVA 2HLSA 6GSSA 4EXJA 5ECMB 2F8FA 2CVDA 1R5PA 1RK4A 1XW6A 2I3YA 2B6MA 5AIVA 2C3TA 3WGDA 1ABAA 12GSA 1ST9A 5IPGA 3O3TA 2C4JA 4TR1B 3LGCA 18GSA 1O81A 2LTKA 5IOXA 1PX6A 2VLTA 5J9CA 2H30A 2VIMA 3ZVJD 5IMZA 3FZ5A 2VD0A 1Q4JA 1JZDA 1W4VA 1AQVA 2WS2A 3HZ4A 2KP2A 3GKNA 1B8XA 1JLWA 3KMNA 4HU9A 1USBA 3FKFA 1M99A 2FUG2 1FW1A 4F0CA 1JLVA 3ZLPA 3HCZA 2H19A 2KLXA 2AB6A 4G2EA 4TXVA 5G1LA 3C7MA 2B5YA 4OFNA 2CV4A 4KB3A 4WXTA 3VWXA 1QUWA 2PWJA 3R2QA 2RUEA 1FB6A 3HKRA 1THXA 1U87A 3F9UA 5ELGA 3UL3A 4JR4A 3TKSA 2DIYA 1OC3A 6GSYA 2CX4A 1MDKA 2GSQA 4J2FA 2MMAA 5CRDA 4EVMA 2I81A 1SK2A 1JHBA 2LRNA 1BAYA 22GSA 1PD21 2REMA 1AC1A 2YV9A 2DMLA 5ID2B 4ECJA 2F3MA 3I9V2 3GHAA 1V2AA 2H6XA 4LMVA 1G6WA 1EOHA 3KGKA 5EL8A 3A2VA 2XBIA 3F6DA 3GSTA 3VPQA 1HD2A 3EE2A 1RQMA 2GSRA 1BYEA 5IO0A 3KIJA 5ECRB 4TR4A 3RBTA 2A2RA 4GQFA 4JRRA 4BA7A 4WKWA 1TOFA 1F3BA 1TI3A 4IN0A 4ZB8A 2GDRA 4FIWA 3DGQA 1TRUA 2L6DA 5KN0A 3SWLA 3TJFA 2VCQA 1EWXA 3HJMA 1PKZA 3NIVA 4V1Ag 3VFIA 4BVXA 1SK0A 2O87A 5F07A 4GF0A 4KAEA 4D73A 1A2JA 3D5JA 1ZMAA 5L71A 3A2WA 1ZYQB 3EINA 1A23A 3GYKA 2V2GA 3GMFA 4X43A 1J08A 5EPFA 1CQHA 1XZOA 3GURA 4QL7A 4MZWA 4HJMA 4TXOB 2B7KA 1EV4A 2PMTA 3FHKA 1XFLA 1DUGA 3ME8A 3ERGA 6GSTA 3L9VA 4PNFA 4G19A 1PL2A 20GSA 1K3YA 1Z9HA 2WRTA 5E4WA 2GTUA 4CDOA 2H1AA 1OKDA 1QMVA 5IPHA 3CSIA 1O73A 2FGXA 3TRQA 1A24A 1Z6NA 4RUVA 3L78A 3A5WA 1MD3A 4IGJA 4FO5A 2H73A 3GKXA 5DJLA 2V6KA 2VCZA 4EC0A 3QFBC 3BCKA 2KUCA 4AGSA 4YAPA 5CNWA 2AHEA 5ECKB 1GSSA 3IOSA 1FOVA 2K8SA 2FA8A 4AJ7A 2DLXA 3DWVA 2LNSA 2H6YA 2P5QA 3TGZA 3M3MA 4BWQA 1R26A 1QQ2A 2XPDA 1J9BA 4IHUA 1ERWA 1FB0A 1B4PA 4Z7XA 1XCCA 4K7OA 3GRXA 1SKSB 3RAZA 3KH7A 2VCTA 4IP6A 1OKTA 1UN2A 3LQ7A 1O6JA 6GSWA 3IE3A 3C8EA 4WR5A 3CSJA 3RPNA 2OE1A 1XXUA 3FR3A 2IMEA 3DXBA 1FO5A 2EIRA 2L5OA 5CREA 3D4MA 2LS5A 1AXDA 4HU7A 4ECCA 1TW9A 3E9JB 1K0BA 5DCGA 4FH8A 1LBKA 2DIZA 3GX8A 1GUHA 5IQYA 5IMFA 1Z3EA 3LXTA 3I6AA 3APOA 2I9HA 5DAKB 5H5RA 2VOCA 4KA0A 5KN3A 1WE0A 2PPTA 3MAKA 1O85A 4GSTA 4MZBA 3RPPA 1Y25A 4KCEA 1QGVA 5HFGA 3KEBA 3QCPA 3ERFA 4XRAA 3H1NA 3FR9A 1OE8A 3ZITA 3LWAA 1GULA 1GSDA 1R7HA 3MDKA 1WMJA 4ACSA 3ZVJA 3DD3A 4J56E 4MK3A 3N5OA 2RIIA 4ZL9A 14GSA 3IHQA 1U3IA 2DJ1A 3DVXA 3MNGA 5J4UA 1GSUA 3WT1A 2CT6A 3P8WA 2C3NA 4N0VA 3EURA 2H6ZA 1V9WA 3G7JA 2P31A 1YJ6A 3UBKA 4WEYA 4F03A 3TDGA 3GL3A 1J0FA 3F4SA 4EKZA 2IPAA 3QDNA 3J7Yb 2JACA 2H1DA 2DJ2A 1TP9A 2LEGA 3G7IA 4TVEA 1UC7A 4LL4B 1K0NA 1XVQA 2EC4A 3HXSA 5IMVA 5D8IA 2L6CA 1TRWA 1U88A 4NHWA 2X8GA 3JCML 2KHPA 2E2GA 3Q19A 5CYYA 1S3DA 4FYBA 5H5SA 5J5NA 1X9MB 4N30A 3GKMA 3GTUA 1M2BA 3MWHA 2CA8A 4O32A 4WBJA 3H4KA 3BCIA 1E2YA 4RQRA 4POKA 1B9YC 3WYWA 2K9FA 3EU4A 2CVBA 2ZNMA 1BJXA 1FG4A 4POLA 3GA4A 4HQSA 4CW9A 2CZ3A 3HJOA 2XPEA 3HA9A 1M9AA 3LJRA 4K6XA 4N0ZA 4IJIA 3RDWA 3ZREA 4LMWA 3GIXA 2PVQA 3FRCA 4GXZA 2NBSA 3F8UA 1MDJA 5A5KA 4PXOA 1EGRA 1OC9A 2OKAA 4XIHA 1XOAA 2IIYA 3HVXA 2ES7A 4DSSA 4I2UA 3HHVA 3GNJA 1V57A 2GQLA 5B6MA 2V41A 2JL4A 3VLNA 2FWGA 2VAFA 3F63A 3G9BA 4JZQA 1BEDA 4WETA 3ZZXA 3NOFA 2O85A 4QL9A 3FW2A 5DBQA 2BTOT 2R4VA 3TKSC 2JZRA 2M80A 1R4WA 3H79A 16GSA 1GSYA 1NHOA 4PQ1A 2H1GA 3M0FA 3UAPA 4MLYA 2YWNA 3FZAA 2GSTA 2N5BA 3F4RA 2OE0A 4MPGA 2CZ2A 4TRXA 3VI5A 1AIUA 2GLRA 1YEXA 2HRFA 1XBSA 5CAXA 1MEKA 6GSUA 1AAZA 4XS4B 2LJAA 1F9MA 2LRCA 2RUFA 5FT3A 4WF4A 1SKWB 1M9BA 4ZBAA 1X9SB 4L5LA 2WZ9A 2VL3A 3DIEA 1FHEA 1T8EB 5AISA 2L4CA 4QQ7A 4K0NA 2YNXA 2C0DA 3A3TA 5A4WA 2HZEB 2CQ9A 3IAM2 1VF2A 3FYGA 4V2MA 1EGOA 3UVTA 4L0WA 1PN9A 1SJ6A 2L4QA 1TDIA 1FVKA 3QOUA 2CVKA 1M2DA 1TXXA 3KM6A 1PQNA 3LG6A 3ISOA 5F05A 4H86A 1PMTA 1KNGA 2Z9SA 2H71A 1X0RA 1M7TA 3ZTLA 1T3BA 2OBIA 5F8BA 5B8BA 4MPFA 1AQXA 5J3RA 5JWRB 2QGVA 4POMA 4MF7A 1ERTA 2H01A 2GZZA 2YZUA 17GSA 2VM1A 1A8YA 4G9HA 4MABA 2YWIA 2F9SA 3KXOA 2VO4A 1DBYA 1SD9A 4E8EA 1K3OA 1YKCA 1K0AA 2HI7A 2O89A 2KP1A 5D93A 2XBQA 2GZYA 4AJ6A 5JCGA 1WIKA 3GH6A 2H72A 3S9FA 3FZ4A 4AJ8A 3GH9A 1XIYA 5G5FA 3TKRA 3IRAA 4ML1A 2GS3A 2H75A 3HJPA 4ULXA 4L0UA 2RM6A 1EEMA 2B7JA 3ZIVA 2VLUA 3VPTA 2GQKA 3I43A 3VWUA 3UJ1A 5CP1A 1TRSA 2H8LA 4OFTA 1GSEA 2IFQB 3DYRA 3D4TA 3C73A 4IP1A 4I97A 2B5EA 4TR3A 4LL1B 3W8JA 1H4OA 4NV2A 2MYGA 19GSA 4ZILA 5IMDA 4PURA 2R5GA 4MJAA 1TKDB 1AQWA 4POBA 1GL8A 4K7IA 1HYUA 5HR1A 2HSYA 1WPIA 1ACVA 4XTSA 1VGLA 4TOPA 3L4NA 1V58A 3TRXA 2OACA 1WJKA 5AGYA 3M9JA 4D73B 1Z7RA 3IAS2 3ZRDA 4Q5RA 3UIWA 3UOMA 1K0MA 1PSQA 2CAIA 2B5XA 2PU9C 4ECIA 3EMXA 3TJKA 3LYPA 1U6TA 4OD7A 2L59A 1VF4A 3GX0A 4I6XA 2JZSA 3VURA 3D0ZA 3D6IA 4KSMA 3F4TA 1HNCA 4IELA 4IKHA 2WFCA 5AN1A 4ZBBA 1A2LA 1QXHA 2YZHA 3RHBA 1G7EA 4K2DA 1XWCA 5JWQB 3ED3A 2BMXA 5DVBA 1GSFA 2K18A 1B48A 4XRDA 4KDYA 2VL2A 3MSZA 2IMIA 2GT6A 1ZZYA 3KCMA 2IMDA 4E8HA 1EZKA 1ZYEA 3BOAA 3W6GA 3APQA 4ZB9A 5GSSA 3GKKA 4NXIA 1YQ1A 5DAKA 1EP7A 2GQMA 4ECBA 1ZGNA 2C0GA 4LLRA 3CBUA 3TRPA 4X0XA 3D21A 4NHZA 1Q98A 2AAWA 5B8AA 4KDXA 1TK5B 2IMFA 1NM3A 4AF2A 2FA4A 4WBRD 1V40A 5DQYA 3SBCA 1FAAA 3H8QA 5HQPA 4MH2A 2G2QA 3D22A 3QMXA 3EU3A 2MMOA 3LSZA 1DSBA 5IMCA 1EV9A 5DCHA 4NAXA 2HE3A 4WF5A 4GSNA 1JZRA 2VCXA 2HRNA 4BVYA 3WT2A 5D9WA 4HI7A 1GNWA 1ML6A 3ZMLA 4L5OA 4CHSA 3F3QA 3Q6OA 3UARA 3DEXA 5D9TA 2X99A 1VF1A 3UEMA 1K0DA 5FHIA 4XHMA 5JCWA 3U5RE 1ON4A 4GRFA 2PUKC 2ZCTA 4MA9A 4DSRA 5F0GA 4PX1A 4O92A 5GZZB 4F82A 4ILFA 1GSQA 2N5FA 1N2AA 2VLVA 1Y6EA 5LCZA 2JSZA 5ECQB 5C04A 3FR6A 3CRTA 3Q18A 4MF6A 1QK8A 4HUAA 3F6FA 3KP9A 2E0QA 4I5QA 1NHYA 1TRVA 3IBHA 1UA5A 1OAZA 1JZOA 6GSXA 4EUYA 2H76A 2TRCP 5D96A 3QAGA 4G10A 4PUAA 3BBYA 1YF1A 1GTUA 1KTEA 5D9XA 4DEJA 1OYJA 3I69A 2O8VB 2AUVA 3GN3A 5ECIB 1ZOFA 1F6MC 3WGEA 4L8EA 5JCUA 1OC8A 1N8JA 3QAWA 3M9KA 1W89A 3EYTA 1HQOA 5D9VA 3KP8A 4Q5FA 2J9HA 3OR5A 2B3SA 2AJQB 2FY6A 3LEFA 2J23A 3LXZA 5HFIA 4PGTA 4I8BA 1O8XA 4NWYA 1A0RP 1Z5YE 1GLPA 3RHCA 1T4YA 3HVVA 4ZL8A 4NV5A 1Z7PA 2WULA 1B4QA 1OVNA 5ENUA 13GSA 3US3A 3WD6A 4F0BA 1I9DA 1V98A 1PRXA 4TW5A 4HZ4A 2F8AA 5DJMA 2P5RA 1XW9A 4IS0A 3GTUB 3TKQA 2PN8A 1GTAA 3QAVA 4XS4A 5IOWA 2PGTA 2FD3A 1M2AA 2NPBA 4YQUA 4JEDA 2NDOA 1PGTA 4IQ1A 4TR1A 2LJRA 1T1VA 5IIZA 1G7OA 3O76A 4OFMA 5G31A 1SU9A 1DE2A 1S3AA 3O6TA 3TOUA 2VL9A 1X9WB 4MCUA 1RW1A 1TU7A 2HZEA 1GLQA 2C80A 3LORA 1SD8A 3GV1A 2ZUPA 3L0HA 3H93A 4DSQA 4KUNA 3C71A 5ECNB 2H0IA 2NTOA 5G2ZA 2YJ7A 4YH2A 3P2AA 1OC9B 1SYXA 3P90A 5ELAA 4DSSB 5FWGA 1JZWA 3ZYWA 2WGRA 4F2IA 4ZB6A 3VWVA 5DALB 2GZPA 3ZFLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2LUSA

Total Genus

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Chain Sequence

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