2N5BA

Structures of the oxidized state of the mutant d24a of yeast thioredoxin 1
Total Genus 26

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
103
structure length
103
Chain Sequence
MVTQFKTASEFDSAIAQDKLVVVAFYATWCGPCKMIAPMIEKFSEQYPQADFYKLDVDELGDVAQKNEVSAMPTLLLFKNGKEVAKVVGANPAAIKQAIAANA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYAH1 (8-16)TIV3 (78-81)TI2 (47-50)AH2 (31-46)S1 (20-26)TI3 (56-59)TI1 (27-30)AH4 (92-102)S2 (51-56)TI4 (57-60)AH3 (61-67)S3 (74-79)TIV2 (71-74)TI'1 (79-82)S4 (85-87)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
publication title Structures of the reduced and oxidized state of the mutant D24A of yeast thioredoxin 1: insights into the mechanism for the closing of the water cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin-1
total genus 26
structure length 103
sequence length 103
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2n5bA00
3WGXA 5F8BA 3GH6A 1AUCA 1THXA 1ZOFA 4XS1A 2I4AA 4BA7A 4PNGA 3AY8A 4MDCA 1GULA 1ERWA 5JWQB 3QDNA 3GL3A 1PQNA 1YZXA 1JZRA 1O81A 3QFBC 1PRXA 1JHBA 2PBJA 5GAND 2WCIA 3DWVA 3EINA 4ZL8A 1XOAA 1U87A 5G2ZA 3RPPA 1K0NA 5F06A 4JR6A 3TRPA 2FWGA 4V1Ag 4YH2A 5D96A 4HOJA 5B7CA 3UIWA 2HNLA 1EGOA 1XPVA 5C00A 2OE0A 5IMVA 2X64A 4QL9A 4OCEA 1U6TA 4IN0A 1T00A 5IMAA 3F3QA 3GKMA 4MA9A 5DBQA 4PURA 5B6MA 11GSA 1TI3A 2H1DA 3GKXA 2YCDA 1TU8A 2LNSA 4EL1A 3DD3A 2FD3A 1EV9A 1WE0A 3FK8A 2EIQA 3BOAA 1PGTA 1JZDA 3BD2A 3PGTA 5EY6A 3HJOA 1ST9A 1H75A 4LMWA 2H74A 5IQYA 4ULXA 5ECKB 4GCIA 1XXUA 2CZ2A 2PN8A 4ACSA 3BCKA 1WMJA 2B5XA 5F0GA 3HD5A 1TP9A 1RQMA 3ZL5A 3V1WA 3HHVA 1ZGNA 3D5JA 4PGTA 4OFNA 4L8EA 1SJZA 3H1NA 1WWJA 5DALA 1FVJA 2GDRA 5D93A 3HKRA 1R26A 1U3IA 2FWFA 1OC8A 4ZB9A 3GHAA 2FA4A 3LG6A 2KUCA 3DVWA 2BMXA 2H72A 2DLXA 4DSSA 1OAZA 1BJXA 3EURA 1IYHA 3LEFA 3RDWA 2YP6A 4HZ2A 5IMDA 3EYTA 20GSA 4KUNA 1EOGA 2FUG2 2IMKA 1Z6NA 1ZYQB 3W8SA 1ON4A 5J5NA 1G6YA 4MK3A 3UOMA 2C0DA 4WF5A 3TDGA 4OD7A 3APSA 5ECSA 1TTZA 1AQWA 5KN3A 2I1UA 3NZNA 3WYWA 1ERUA 3HXSA 5HFIA 2L5LA 2R5GA 2HYXA 1WPIA 1YKAA 3W8JA 1XWGA 1W4VA 1JZWA 3HCZA 4ZB6A 4TRXA 1OE8A 3M1GA 2O87A 1S3DA 3KXOA 3KCMA 4OCFA 4CW9A 1GSUA 4TR0A 1MDIA 1SU9A 4K7IA 2VL9A 5HR1A 4KH7A 3ERWA 4NHWA 1XBSA 2R3XA 1OC9B 4ZILA 3KH7A 3P7XA 2K8VA 1YJ6A 1Q4JA 4PX1A 4EKZA 2X99A 4I2TA 5FWGA 3GH9A 4X0XA 5A5KA 2WGRA 1YY7A 3IAS2 3WGEA 2ES7A 5B6NA 1K3LA 4IVFA 3DGQA 1K0DA 3QCPA 2LEGA 1S3AA 2OADA 4JU5A 2WULA 3QOUA 2PVOC 3GFKA 4LL4B 2GSTA 5DQYA 2VM2A 4I6XA 2ON5A 2GGTA 3G9BA 2GSRA 1LBKA 3FZAA 2AAWA 3APQA 1PMTA 2MBSA 2LJAA 4FO5A 4ZBDA 1O7UA 2F51A 1QUWA 4BL7A 3RBTA 5AIXA 2V32A 2DBCA 1VF3A 1BAYA 2CT6A 1A0RP 2E2GA 4F9ZA 4EDZA 1FB0A 2YANA 4XCSA 4ZL7A 1EV4A 4I8BA 2E2MA 2VD0A 4QL7A 2NDOA 1PX7A 1RW1A 3F6DA 1G7EA 1F2EA 2GZYA 3VI5A 1J9BA 3QR6A 4HUAA 5EPFA 4KGIA 2VLUA 2QC7A 2X8GA 3TKPA 2GSSA 3FEUA 3O3TA 2PU9C 2KP2A 9GSSA 1YF0A 2GQKA 4ZB8A 4TVEA 2NPBA 1GTIA 1GUHA 1PL2A 1UVZA 2EC4A 1YEPA 4ZXGA 3CSIA 1T1VA 5IO0A 4IQ1A 5CRDA 1USBA 5J9BA 3FW2A 2BJXA 1G0TA 4N30A 1V57A 4EO3A 3UVHA 1HNBA 4N0VA 5IOWA 2LTKA 3O6TA 4J56E 4IKHA 2Z9SA 1GSYA 4ISDA 2NBSA 5EVOA 2DJ2A 3MDKA 1XCCA 4H86A 2JZRA 1K3YA 4J2FA 3LGCA 4IP1A 4MJEA 3A5WA 4KDYA 5G1LA 2B7JA 2OBIA 4MP4A 4K0GA 2GQMA 1PD21 2B5YA 1WIKA 4ZBBA 1AC1A 4POLA 3EWLA 1A2LA 1K0BA 3D6IA 3ZFLA 3HZ4A 5JWRB 1X0RA 2CAQA 2LRNA 2CA8A 2LKUA 3MWHA 3VFIA 6GSWA 1YDKA 2CVBA 1B4QA 2E7PA 2GT5A 3UL3A 4WBRD 2C3QA 5G5FA 5C04A 1XW6A 4HEA2 1KTEA 3F6FA 1R4WA 3MAKA 2DC5A 4NXIA 2TRXA 6GSXA 4F82A 2FNOA 3ZMKA 5AISA 3C8EA 1V2AA 5JCWA 2P0GA 2L57A 2RLIA 4IELA 1ACVA 1T8EB 4HZ4A 4V2MA 2GVPA 2IFQA 4EC0A 1G7OA 1TRVA 5LNKe 1J0FA 3DVXA 3PH9A 3TGZA 3FRCA 1GP1A 1GSDA 2H0GA 3KZQA 2A2RA 4EXJA 1V98A 5IMFA 3A2VA 2VL2C 3J7Yk 1X5EA 1YQ1A 1VF1A 3C1SA 3CYNA 3QD9A 4XTSA 6GSYA 3IXRA 4JZQA 5COHA 5ECIB 4J57E 4WXTA 2R37A 3I6AA 4RQXA 3GL5A 5HR3A 2F3MA 4L5LA 4HS1A 3W6GA 5JWOB 4AGSA 1WRYA 1J08A 4NAXA 3A2WA 2HRFA 2YWMA 3VI7A 3KTBA 2VCWA 4IJIA 2JL4A 2AB6A 4K9ZA 3KIJA 2HZFA 3GYKA 2JACA 2CVDA 3TOUA 4X1UA 5DJLA 4IBPA 5INYA 2FY6A 4KAEA 1N8JA 4XS4B 4OFTA 2C0FA 2HXKA 4GQFA 2CX3A 1O8XA 3TJGA 2VLVA 4HI7A 2BTOT 2FLSA 1HNCA 4MH3A 3HY2A 3IA1A 5D9TA 4BPYA 4N11A 1C72A 4Q5FA 2DJKA 1U3AA 5B8AA 4MZWA 1GNWA 4Z7XA 2GT6A 2R2JA 1PSQA 13GSA 4LA1A 2YV7A 1XW5A 4YAPA 3M9KA 1IYIA 3GNJA 2O8VB 2YZUA 2JZSA 4HU7A 5IM9A 3GV1A 1NHYA 1OE7A 2AV4A 5ECQB 1SJ6A 8GSSA 3QFAC 2O89A 2PPTA 1R5PA 3F4TA 2HLSA 2DJ0A 2NVLA 3A3TA 2NTOA 1QK8A 3GSTA 4POKA 1EP8A 4E8HA 3TKSA 5JCGA 1SYRA 1ZCPA 1B48A 4MF7A 2FWEA 3HYPA 1X9WB 2DIZA 4DSQA 5J9CA 4V2NA 2GTUA 1MTCA 2JADA 1NHOA 4ZBAA 2H6ZA 4YQUA 5CRGA 2IL3A 3ZITA 1GH2A 5DVBA 2K18A 3TJJA 3LORA 1X5DA 3APOA 1M9BA 2C3NA 5FHIA 1TDIA 2MBTA 1Z3EA 4PQ1A 3G7YA 1YKCA 1PA3A 3HJMA 3ME7A 1HNAA 3WD6A 2K8SA 3FR6A 1M2AA 3IR4A 3R2QA 1SL2B 1QFNA 1AQVA 3RHBA 3C73A 5G5EA 4KDXA 3VWVA 4TW5A 4DSRA 3GKNA 5DALB 1FOVA 2WB9A 5CO3A 2R4VA 4KDUA 4AJ6A 3IAM2 1ILOA 1THOA 2B3SA 4GSNA 5HR2A 1H4OA 1XVWA 2DJ1A 1Z9HA 1XIYA 4DSSB 2H6YA 4YAVA 2IMDA 4O5RA 4PQHA 2CX4A 2YN1A 3DYRA 2H75A 5GAPD 2DIYA 3CBUA 1M2BA 3TB2A 3ISOA 4RI6A 1GTBA 4WBJA 5ENUA 1X9SB 4OWYA 2LJKA 4OMVA 4XHMA 2CQ9A 3K8NA 1OC3A 1K0AA 2L6DA 1JFUA 2M72A 3UMAA 2WDUA 1NW2A 3IK7A 2P5QA 1M0UA 1K0CA 2VCTA 5J4UA 3EE2A 1GWCA 1U88A 4ML1A 2VM1A 3H4KA 2RUFA 2C1YA 4F03A 2WFCA 2VIMA 4O7HA 1OC9A 1SKSB 2O85A 3EU3A 3F0IA 5L71A 1DE1A 5JCUA 3UBKA 2L6CA 2C8UA 4WR4A 2VAFA 2H30A 5KN2A 1YF1A 2L4QA 4KCEA 5GSSA 5G31A 5ECNB 1SK1A 3HVVA 2B6MA 3CMIA 2IMFA 4POMA 1WP0A 2H0HA 3CRTA 1DE2A 3FR9A 1EP7A 3F4RA 2REMA 3DIEA 1MDJA 3KEBA 4WR5A 2F8AA 4ZIJA 1FG4A 2I9HA 4KNDA 5D8IA 1TK0B 3IE3A 4FYUA 3M0FA 4TOPA 2G2QA 3KMNA 4GTUA 1F3AA 4KSOA 2E0QA 4RUVA 1SKWB 1EEJA 5D9XA 3F4SA 2OKAA 2YV9A 1PL1A 3S9FA 2IJYA 4EE0A 4X43A 5DAKA 1BQ7A 3KTLA 2MMOA 3TKQA 4GLTA 2HI7A 2PMTA 5ID2A 2OE3A 3ZTLA 2H01A 2JSZA 3UAPA 1T3BA 2OA7A 1PX6A 2YWIA 3D21A 4Q5NA 5KEJA 4MF6A 3Q6OA 3P2AA 3L4NA 4PQIA 3U5RE 2LQOA 5AN1A 2F8FA 2MZCA 3MNGA 2OJLA 2XHFA 1DBYA 3FR3A 2QGVA 1S3CA 2AJQB 2JZTA 3HVSA 3FHKA 2H66A 2LS5A 3KH9A 2WJUA 4EF0A 1TI1A 1Z5YE 2LJRA 2WRTA 3WT1A 1M7TA 4JE1A 4Q5QA 2MYGA 2V41A 2M46A 1HD2A 2XPDA 3M8NA 3UJ1A 5IMZA 3QAVA 3TJFA 1TJDA 3HVXA 3U6VA 1I5GA 1URMA 3J7Yb 1O73A 2FWHA 2VCQA 2L4CA 3RAZA 2K9FA 1QMVA 1LJRA 2P5RA 2FHEA 4MF5A 4TXVA 3D0ZA 4KCAA 2IMIA 1O8WA 5F05A 3VWUA 4TXOA 3GTUA 1ERTA 4AJ8A 2V6OA 2YZHA 3PINA 3FYGA 5ELGA 2H1AA 3CTFA 2VL2A 2KOKA 5IPGA 2IIYA 2H1BA 1GSQA 3KMOA 1I9DA 3CRUA 4DVCA 4HJ2A 1WOUA 2TIRA 3VK9A 3E3EA 1OKDA 1BYEA 5HQPA 2J23A 2VD1A 2AYTA 2VOCA 1SD9A 3IC4A 1GUKA 4TR1A 1TRSA 4TN8A 4ILFA 3G7JA 3SWLA 4WF4A 4K7OA 4BVYA 3VLNA 5IIZA 2IWTA 2RIIA 5IOXA 3ZLPA 3L9VA 1SJIA 3SBCA 2H73A 4MZCA 12GSA 1DUGA 2YWOA 2FGXA 4G10A 1FW1A 5DJMA 1GNEA 2YOIA 5DDLA 3IBHA 2DJ3A 1VGLA 2IMEA 3PR8A 3CSJA 4DEJA 1A8LA 1VF4A 1HYUA 3VPQA 4WETA 3C7MA 4FYBA 4ID0A 2FA8A 4JR4A 1A24A 3GKKA 4IW9A 3Q19A 4TKYA 1EOHA 2LSTA 1FB6A 1V58A 2I81A 2B7KA 4D73A 5G30A 2MMAA 3VWWA 2HZEA 3BCIA 4K6XA 1TK8B 3JCML 1XW9A 2G0FA 4K7NA 18GSA 5KN0A 2IFQB 3VURA 1OYJA 2V6KA 3LXTA 1T4ZA 2KLXA 2TRCP 3UARA 3N5OA 5A4UA 3GX8A 4OO4A 2LV3A 1E2YA 1F37A 4XRDA 2MMNA 1M9AA 3FKFA 3US3A 5ECHB 2PGTA 2N5FA 1GL8A 4RI7A 3GA4A 3ME8A 4G19A 4ML6A 2ZUPA 1AXDA 2CV4A 1PN9A 3IHQA 2LNTA 2CAIA 3G7IA 1FVKA 1Y25A 3O76A 3GN3A 4NHZA 4PNFA 5FT3A 5GZZB 4KE3A 2GS3A 3CSHA 4PUFC 2P31A 3I9V2 4F0CA 22GSA 3TJKA 2HFDA 2A2SA 2VCVA 2M80A 3TRXA 1XVQA 1DSBA 5AGYA 3EC3A 3TUEA 1ML6A 1XFLA 3N9JA 1WJKA 1XOBA 1GLPA 3KD0A 1O85A 3NOFA 1B9XC 3EMXA 5J41A 3H93A 4I5QA 3M3MA 4K1FA 2DMMA 3ZFBA 2HE3A 4JEDA 4GWRA 5A4WA 4AF2A 3DEXA 1XWBA 1TKDB 1ZZYA 2PERA 2HSHA 3TKRA 2LUSA 1QXHA 3ZVJA 1SL1B 2XBQA 4HDEA 6GSUA 4XS6A 4IGJA 4MZBA 1SK2A 1MD4A 1UN2A 1K3OA 4JBBA 1YEXA 1KBNA 2EIOA 4I2UA 1QQ2A 1GUMA 3GURA 1PKZA 4K8MA 2LQQA 4CDOA 4I97A 4YQVA 4WEYA 4JRRA 3FZ5A 2RUEA 1NM3A 2YJHA 5ECMB 1GTAA 3LQ7A 1SD8A 4POBA 2XC2A 3GIXA 1GTUA 2N5BA 2A4VA 1T4YA 5ABRA 3I69A 3ZYWA 3D4MA 3BJ5A 4E8EA 4PXOA 2V2GA 2IN3A 4MJAA 3A2XA 3C1RA 1SENA 1RK4A 1UC7A 4QQ7A 3L78A 5ELAA 2H6XA 3LJRA 2H0IA 1EZKA 4OFMA 1OKTA 3L9UA 5ECRB 1TK5B 1FAAA 2KP1A 3ZRDA 2YJ7A 5DQSA 4ECCA 2DMLA 3UBLA 3RPNA 4O92A 2O7KA 2GZZA 3LXZA 4GSSA 3LWAA 3KP8A 4ECBA 2OBKA 1QGVA 1UA5A 1A2JA 5E59A 3DMLA 3OR5A 1V40A 3TOTA 1EGRA 4KX4A 3ZMLA 5CYYA 2JU5A 4N0ZA 5ECLB 3TKSC 1JLVA 3KJYA 4EVMA 1XWAA 5IO2A 1OVNA 5LD0A 3RHCA 3LSZA 2D2ZA 2DSAA 3EMPA 3ZVJD 1ZL9A 1K0MA 2QKEA 3ED3A 19GSA 1ZMAA 2C4JA 2L59A 2LRCA 3LFLA 2FCHA 2J9HA 2X8HA 2V1MA 3D4TA 3M9JA 1B4PA 4NV5A 4BWQA 4LL1B 4IP6A 1Z6MA 3P90A 4KB3A 4KA0A 4O32A 1NSWA 5GSTA 3C71A 3ZREA 1BG5A 1R7HA 4NPBA 1TXXA 3HA9A 2AUVA 4YQMA 3EVIA 1CQGA 3IV4A 5D9VA 2H70A 3QPMA 4ECIA 4GF0A 2H19A 2IPAA 1EEMA 1MDKA 3TJBA 5HFGA 1M99A 3D22A 17GSA 3DRNA 3E0UA 3P8WA 4L5OA 5IPHA 1Y6EA 5A4VA 1A8YA 4IS0A 2WS2A 4K2DA 3H79A 2OACA 3E9JB 1GRXA 5ECPB 1Z7PA 2HSYA 5CP1A 1BX9A 1GSEA 2PVQA 5H5RA 4IJ3A 4KSMA 3F3RA 2RM6A 2H71A 2C3TA 4AJ7A 1FO5A 1TU7A 2K6VA 1TRWA 1A0FA 1JLWA 3ZIJA 1CQHA 3DXBA 1ZYEA 1G6WA 4GXZA 3TKSE 2OE1A 4IHUA 5G1KA 3LYPA 3KGKA 2C0GA 3F8UA 2RM5A 1HQOA 5DAKB 1KNGA 2N5AA 5DCHA 1SK0A 4FIWA 1XWKA 3ERFA 4ZL9A 2KHPA 1AW9A 1XZOA 2WZ9A 2GQLA 3BBYA 2H1GA 3FZ9A 1N2AA 5ID2B 1Q98A 16GSA 4L0WA 4IQAA 1O6JA 2H76A 5DCGA 5CREA 2XPEA 2VCZA 3GX0A 2VUPA 2I3YA 3Q74A 4MCUA 2VCXA 1VRSD 4L0UA 14GSA 2B5EA 3MSZA 2H8LA 4GQCA 3QAGA 1F6MC 1X5CA 5HR0A 1E6BA 4MJBA 3IDVA 4FH8A 1B9YC 4G9HA 3IRAA 2GLRA 4HU9A 3I43A 2CVKA 2YPMA 1VF2A 4TR3A 4MABA 1TRUA 1FHEA 3GRXA 2HRNA 5J3RA 3ZZXA 5HFKA 1LU4A 4GRFA 2VL3A 2DJJA 6GSSA 3VWXA 2L5OA 3HJPA 1F9MA 4HJMA 5F07A 4F0BA 2PUKC 3KM6A 2ZCTA 1A23A 1A2MA 3F63A 1GSSA 2GZPA 1AQXA 4N10A 4BWSA 1TOFA 4K0NA 1K0OA 4TXOB 3GTUB 3Q18A 4ECJA 4TR4A 1ABAA 4LMVA 3VPTA 3H8QA 1PKWA 2C80A 4CHSA 4G2EA 1M2DA 3QMXA 2CZ3A 4MMMA 5KN1A 1SKRB 1X9MB 3CTGA 2R6KA 4NV2A 2XBIA 1SYXA 1GSFA 1KEBA 3F9UA 1TW9A 1XWCA 3LYKA 4LLRA 4TR1B 4RQRA 4XRAA 3FZ4A 3HDCA 1MEKA 2QSIA 6GSVA 4V2LA 4OO5A 3FY7A 5H5SA 3HZ8A 5E4WA 1Z7RA 5CNWA 3KP9A 3WT2A 2EIRA 3ERGA 4EDYA 10GSA 1R5AA 4MJCA 2C0EA 2MMZA 3WGDA 4MLYA 5D9WA 4XIHA 4HQSA 1GLQA 5LCZA 2F9SA 1B8XA 2VLTA 3CXGA 1AIUA 6GSTA 5AIVA 1MD3A 4NMUA 1T7PB 2B1LA 2LRTA 7GSSA 4BVXA 3GUSA 4GSTA 4P3YB 1AAZA 5CRWA 3IK9A 3NIVA 1JZOA 5B8BA 4MPGA 2YNXA 1SL0B 4WKWA 1EWXA 2PWJA 2ON7A 1W89A 3IPZA 3IOSA 3UVTA 2YWNA 4FYCA 3UEMA 4PUAA 4V1Ap 5CRHA 1F3BA 4D73B 4MH2A 4Q5RA 5D73A 2HZEB 5CAXA 2B1KA 3L0HA 5EL8A 4F2IA 2VO4A 4EUYA 2ALBA 5ECOB 2X8CA 3TRQA 2AHEA 1V9WA 3ZIVA 3L9SA 2JSYA 2HT9A 4MPFA 4XS4A 3DKSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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