2P5QA

Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the reduced form
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
ESVHDFTVKDAKENDVDLSIFKGKVLLIVNVASKCGMTNSNYAEMNQLYEKYKDQGLEILAFPCNQFGEEEPGTNDQITDFVCTRFKSEFPIFDKIDVNGENASPLYRFLKLGKWGIFGDDIQWNFAKFLVNKDGQVVDRYYPTTSPLSLERDIKQLLEIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Populus trichocarpa x populus deltoides
molecule keywords Glutathione peroxidase 5
total genus 53
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2007-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2p5qA00
1FB0A 2N5FA 3KTBA 1O7UA 1B4PA 3G9BA 5DJLA 1GUMA 2VCVA 5IMDA 5E59A 1OC9A 3A5WA 2H6XA 1XW9A 5J9CA 3KM6A 4OD7A 1HNBA 3IPZA 1AXDA 6GSSA 1XW5A 4OCEA 3DIEA 1YJ6A 2H8LA 3LEFA 3HVVA 3C8EA 3TJBA 4WR4A 3LORA 1GTIA 1TTZA 1K0DA 5LCZA 5DCHA 3ZLPA 1OC9B 4EE0A 2PPTA 1VF2A 4PQHA 3VK9A 4V1Ap 3TJFA 1GP1A 6GSYA 1A24A 4FYCA 1QQ2A 1W89A 3FZ9A 4F82A 3GN3A 2LEGA 4MDCA 1N8JA 2YOIA 2XBQA 4OO5A 4DSSA 2P31A 2LJAA 4LL1B 2R37A 2E2MA 2B7JA 2H6ZA 4I97A 4O32A 2O7KA 3UVHA 4ZBBA 1TI1A 3RPNA 3CSIA 3KGKA 5D93A 3TUEA 3J7Yk 1KBNA 3R2QA 3QMXA 2HYXA 2TRCP 3CTFA 1A2JA 1UN2A 2GT5A 2OACA 2M80A 2BMXA 4EO3A 1HNCA 3FHKA 1SL1B 1XOAA 13GSA 2YN1A 5DQSA 3DYRA 4KE3A 3LJRA 1G7OA 5CO3A 2GT6A 3EC3A 4PXOA 3TKSE 4JR6A 2QSIA 4POLA 2H1BA 2LKUA 2OBKA 1FVJA 3KP9A 3GTUA 2B3SA 4MH2A 1GUHA 2VO4A 2KP1A 3DGQA 3I69A 4LLRA 1EGOA 4HOJA 2YANA 4MABA 1TDIA 4OWYA 2X8HA 2YZUA 3M9KA 4IJIA 4MJBA 4HI7A 5CREA 2I4AA 4YAVA 2I9HA 1WP0A 3ISOA 3BBYA 2JACA 1JZRA 5F07A 1AQXA 4LA1A 1GSEA 3IC4A 3RHBA 2F8FA 1G0TA 5DCGA 1A23A 3IK9A 1ZZYA 2XPDA 1GL8A 3P90A 1AIUA 5A4UA 4ML6A 2KHPA 2H30A 5CRHA 4KAEA 2PWJA 10GSA 1A8YA 4K7IA 2CZ2A 1JZWA 3QCPA 2A2RA 4EC0A 4JEDA 3D6IA 3QAWA 2PUKC 4DSRA 3A2VA 3H1NA 2HE3A 1FVKA 2XPEA 3D21A 3F4SA 6GSUA 22GSA 4X0XA 2R4VA 1O6JA 1EWXA 2L5OA 4NHZA 3HDCA 2CVKA 3JCML 1PA3A 3G7JA 5A4VA 1F2EA 3IXRA 4DVCA 3RAZA 4V2MA 4MF5A 4PNFA 3VLNA 1GTAA 2R3XA 2GLRA 1V58A 3HD5A 4RI6A 4ZILA 1U6TA 1SJ6A 4OO4A 4TW5A 2VM1A 5G1KA 1VF3A 1A2LA 2KLXA 3LGCA 1OKDA 1OKTA 5IQYA 2VCWA 1EOHA 5AIVA 4POBA 1ON4A 2IWTA 2FCHA 1FOVA 2HFDA 2FLSA 1UVZA 4FYUA 1JHBA 3D0ZA 3EMXA 2MBSA 3IDVA 2E2GA 3S9FA 1H75A 2EIOA 4JRRA 1R5AA 1K0BA 1WJKA 1GSQA 1M9BA 4L0UA 2X8GA 3CYNA 1AC1A 4NAXA 1GLPA 3IBHA 2ALBA 3H4KA 1NW2A 3HVXA 4TR4A 2C3NA 2IMEA 5DDLA 3PH9A 3FZ5A 4WBJA 3VPTA 2ZNMA 1N2AA 1QMVA 2P5RA 3DKSA 5DJMA 4ZIJA 2F8AA 1R7HA 4XS4B 3VURA 3QOUA 3HJMA 1SK1A 1GLQA 3P2AA 1E2YA 1BEDA 12GSA 1PQNA 3WGDA 7GSSA 5G5FA 1EOGA 5F0GA 2G0FA 2B5YA 5H5QA 1AUCA 1M7TA 5INYA 4TVEA 5G5EA 1URMA 1XWBA 2DJ2A 4I6XA 5IPGA 2L59A 2DSAA 4XS6A 1TOFA 2B5XA 2DC5A 4TR1A 5G30A 2GZZA 4BWQA 1LBKA 1HD2A 3IAM2 5C04A 2JU5A 3HJOA 1M9AA 2YWOA 1ILOA 5CP1A 4X43A 3FR9A 5ECPB 2MYGA 3WD6A 4K0GA 4ZL9A 2YPMA 2GQLA 4KB3A 2E0QA 2KUCA 1FHEA 3LWAA 2L6CA 5KEJA 5HFKA 3M8NA 3FY7A 3TKQA 4KDXA 4BWSA 4J2FA 1TKDB 3G7YA 3TOTA 1A0FA 4NMUA 4KX4A 2O89A 2DMLA 4WEYA 3UL3A 2ZCTA 2RM5A 1PL1A 4KDYA 4Z7XA 1BJXA 2C3TA 4RQXA 2NDOA 4HJMA 2OJLA 1T3BA 3UOMA 3CBUA 3TKSC 3G7IA 2DLXA 3QAVA 4IBPA 4QL7A 2YCDA 5ELGA 2H19A 4G9HA 5J9BA 2LS5A 3VI5A 4EF0A 1V9WA 4HQSA 4P3YB 4G2EA 2VCQA 3GSSA 4WXTA 2YV9A 3KMOA 3F3RA 1FW1A 2VCTA 5DVBA 3EU4A 3TGZA 3FR3A 4ZXGA 2FA8A 3HZ8A 4XRAA 1AAZA 1V98A 2WULA 4TXOA 1J0FA 2FA4A 4L5OA 1TU7A 4MPGA 1JFUA 2YP6A 1GSDA 4K6XA 4PNGA 2HT9A 4I5QA 1MDKA 1SL2B 2WB9A 1GNWA 5DAKA 2H1AA 3NIVA 2K8SA 3FRCA 3GKKA 1EEJA 1EEMA 5JWOB 5COHA 1MD3A 1MDIA 1PX7A 3GNJA 1QFNA 2C0GA 3EE2A 5J5NA 2LQOA 5G1LA 1U88A 3QD9A 2YJ7A 2BTOT 4RQRA 4E8EA 2IMKA 1Z6NA 4POMA 1Z5YE 2FNOA 2FWGA 2RUEA 1SYXA 1XVWA 2MMAA 3L9UA 4JR4A 4ML1A 2B6MA 3GH9A 4J56E 4WETA 4POKA 4GQFA 2PU9C 3GSTA 3KCMA 4TOPA 4PGTA 5B8AA 1J9BA 3QPMA 4YQVA 2JL4A 1TRSA 4EDZA 2RLIA 1NM3A 4OFTA 3HKRA 4ECJA 4MK3A 5IIZA 1WPIA 3GIXA 2WCIA 5CRDA 1YQ1A 5ECRB 4GSNA 3WGEA 3UARA 3GRXA 2IJYA 1YF1A 4K8MA 3DVXA 3ZL5A 3GUSA 5ECQB 5B8BA 3V1WA 4ULXA 1KEBA 4K0NA 1X9WB 1YEXA 3VFIA 1XWAA 5HFGA 2IMIA 3FZ4A 2V6KA 2IL3A 3KD0A 1ACVA 2OE3A 2C0FA 3LG6A 1PSQA 3GKXA 3Q19A 3ZZXA 3TCOA 1F6MC 1GRXA 2RIIA 9GSSA 6GSTA 2GQKA 2H0GA 4ISDA 2REMA 5ECMB 4DSSB 5IMCA 4IQ1A 4RUVA 2G2QA 1WRYA 3LXTA 1Z7RA 2YJHA 4J57E 2VM2A 4AJ7A 1O8XA 2H74A 1U87A 1Q4JA 5J41A 2X99A 1FB6A 5IO0A 5IMFA 3ZFBA 1M2AA 1ZGNA 1GSYA 3PGTA 3AY8A 5ECIB 3WT1A 1F9MA 1GNEA 2VL2C 2B7KA 2LNSA 2L6DA 1SL0B 2EIRA 2H1DA 3PINA 2LQQA 3MNGA 5J4UA 5EY6A 2LRTA 4WF4A 1SYRA 2A2SA 3E3EA 4EVMA 3DMLA 2LRCA 3NOFA 4PUAA 1GSUA 4MJAA 4MP4A 1XVQA 2HZEA 4QL9A 2TIRA 4V1Ag 3MSZA 3FKFA 4K7NA 3GTUB 4PUFC 1T1VA 5HQPA 3E0UA 1K0MA 3GMFA 4IELA 1M2BA 4V2NA 1IYHA 1MDJA 2C0DA 1GWCA 1LU4A 4BVXA 4JU5A 4L8EA 3UBKA 2FY6A 3BCKA 5G2ZA 1GTUA 3EVIA 1T7PB 3M0FA 5FHIA 1BAYA 2J23A 3VWVA 2GS3A 16GSA 1I5GA 2NVLA 1Z7PA 3L9VA 4ZL7A 1BYEA 2YZHA 5ECLB 5EL8A 6GSXA 4PQIA 4MF6A 2ON5A 1XOBA 2L57A 5CAXA 3PR8A 2EIQA 1EZKA 1X5DA 2V1MA 1USBA 5KN3A 2E7PA 4EXJA 3UAPA 2JZRA 2CQ9A 1A2MA 3M9JA 2DJ1A 4GXZA 5AN1A 1XBSA 1H4OA 4OFMA 1C72A 1WOUA 3GX8A 5F05A 3VWUA 4TXVA 1TXXA 4GCIA 2PVQA 3GL3A 5DALA 3C7MA 1IYIA 1ABAA 2DJKA 2H0HA 1EV4A 4AGSA 4GSSA 3P8WA 2FD3A 3ZTLA 3WGXA 3KMNA 1WWJA 4IS0A 5B6NA 3W6GA 5AGYA 3Q18A 5ID2A 5EVOA 3CSJA 4KSOA 3IHQA 3GA4A 1QK8A 4NWYA 1SK2A 5D9WA 1TK0B 1F37A 2HXKA 2Z9SA 4NHWA 3TDGA 1ZOFA 2CA8A 1XWCA 2GSSA 2H70A 2R5GA 1UA5A 4CDOA 2L4QA 2ON7A 4ACSA 4K7OA 2VIMA 3F9UA 5FT3A 4NV5A 3SWLA 2VL9A 4K1FA 2CZ3A 3E9JB 3W8SA 5GSSA 3US3A 4GWRA 4N10A 4KCAA 5DQYA 4KH7A 2L5LA 2YWMA 2IFQA 2H6YA 1X5EA 3H79A 1Z6MA 5F8BA 1JZOA 1SJIA 1TK8B 2XBIA 4FH8A 3RHCA 2VLTA 2HI7A 3BOAA 2AJQB 2ZUPA 4Q5QA 3GKMA 2IFQB 2JSYA 2FGXA 3IV4A 4FO5A 2M72A 1XW6A 3HXSA 1XWKA 5CRWA 1DBYA 5JWQB 1F3BA 3GHAA 1AW9A 1YZXA 2GTUA 2I1UA 2F3MA 3EMPA 4BVYA 2J9HA 4HU9A 2O87A 3K8NA 5ABRA 3HZ4A 1GSSA 4DEJA 3C1RA 3IRAA 1OC8A 4H86A 1HQOA 3GFKA 17GSA 2KOKA 2LTKA 1EP8A 3EU3A 3FYGA 3UEMA 2K6VA 4ZB8A 1DSBA 8GSSA 4AF2A 2DJ0A 1A8LA 1VGLA 3RDWA 3UMAA 1O85A 4TR1B 2FUG2 4TR0A 1TU8A 5D96A 6GSVA 4MA9A 3Q6OA 3LXZA 1O73A 2B1KA 1PX6A 3U6VA 5IMZA 2OE1A 3F4RA 1MTCA 4GF0A 5GZZB 3O6TA 4IJ3A 2K18A 1QGVA 1ZL9A 2KP2A 4F2IA 2OE0A 5D73A 3HA9A 2H66A 4BA7A 1ML6A 3HCZA 14GSA 4I2UA 2V2GA 3TKRA 1ZCPA 1SD9A 4F03A 3DVWA 1OE7A 5ECKB 1QUWA 1THXA 5IM9A 1XZOA 2VLUA 1O81A 2K8VA 4Q5NA 1X0RA 4XTSA 2H75A 1EP7A 1ZYEA 4K9ZA 2IIYA 3VWWA 4O92A 3F3QA 4KSMA 5A5KA 4HQZA 18GSA 2LUSA 4HDEA 1MD4A 5D8IA 3I6AA 1SKRB 2DIYA 4IP1A 4TRXA 1EGRA 3IOSA 2V32A 1Q98A 4MPFA 1E6BA 1ZMAA 2VCZA 3GURA 4JE1A 3VPQA 3D5JA 5ECNB 2C0EA 2AB6A 3UIWA 20GSA 1YKAA 1G7EA 4D73A 2X8CA 4NPBA 2VL3A 1SK0A 1WIKA 4MMMA 4XCSA 1TW9A 1GSFA 4AJ6A 2VCXA 4MZCA 4AJ8A 4KUNA 4F0CA 4TR3A 2HLSA 5FWGA 4TXOB 4BPYA 2WFCA 3TJGA 4GRFA 5IOWA 5D9TA 1SJZA 2GVPA 5GAND 2RUFA 3KXOA 5DAKB 3GL5A 1K0NA 1THOA 1V2AA 3SBCA 2IMFA 4KNDA 3ZITA 1HYUA 3MDKA 1JLWA 1GH2A 2L4CA 4KA0A 1XFLA 3F6FA 1HNAA 3J7Yb 3TKPA 2XC2A 1Z9HA 3KP8A 2IPAA 1K3YA 1VF4A 2CT6A 2MBTA 1DE2A 3CSHA 5HR0A 3ZIVA 3FZAA 1X9MB 2C8UA 1OVNA 4OFNA 3GYKA 1T8EB 4MCUA 4HZ2A 3ZYWA 2HSYA 2MMOA 1XXUA 3FEUA 3CTGA 3TB2A 3ZRDA 1B9XC 1OAZA 5IO2A 1KTEA 2DJ3A 4IVFA 3MWHA 1FAAA 4ECIA 1BX9A 5H5RA 4N0ZA 1RK4A 3N5OA 3DRNA 4XRDA 1GUKA 1XWGA 2JADA 5AIXA 5B7CA 4G19A 4YQMA 1BQ7A 1T4YA 3F4TA 3TRXA 1YDKA 2GZPA 2PERA 5EPFA 4IHUA 1M0UA 1NHOA 4JBBA 3U5RE 2OA7A 2V6OA 2B5EA 4E8HA 2CV4A 4ZL8A 3TOUA 3TJJA 3OR5A 2MZCA 3IK7A 3EURA 3HY2A 3NZNA 4YQUA 2A4VA 4CHSA 3L9SA 2VD1A 1R26A 3H8QA 1BG5A 1YY7A 2CVBA 3KEBA 3ZFLA 2OBIA 1Y6EA 2GSQA 2JSZA 2R6KA 1DUGA 4LMWA 4GQCA 1V57A 2YWIA 5IMVA 3WYWA 2EC4A 2PN8A 2FWHA 1AQWA 3HHVA 2IN3A 2GDRA 5ECSA 4XIHA 2N5AA 1TJDA 4HJ2A 5KN0A 1YF0A 1ERTA 2LRNA 2C80A 5IPHA 4HU7A 3HJPA 1Z3EA 1PMTA 4MLYA 2FWEA 4HZ4A 4CW9A 5D9XA 3ME8A 1TK5B 2M46A 1T00A 1TRUA 5HR3A 4GSTA 2MMNA 5H5SA 1PD21 4ZB6A 4I2TA 1I9DA 4ZBAA 4ZBDA 4ECBA 1U3AA 5IOXA 2PVOC 1ST9A 4MJEA 2F9SA 2OKAA 2GZYA 3ERGA 1XPVA 2QKEA 2HZEB 4ILFA 5KN2A 1SU9A 1SKWB 3N9JA 1KNGA 2P0GA 1Y25A 2VOCA 3D22A 4QQ7A 5E4WA 2HRFA 2DBCA 2IMDA 3APQA 1M99A 5JCGA 3D4TA 1ERUA 4LL4B 2CAQA 5D9VA 2ES7A 5JWRB 4EKZA 2CAIA 2TRXA 4GTUA 4TN8A 2B1LA 2H72A 3W8JA 3DWVA 4EDYA 4YH2A 4HEA2 3ERWA 1R5PA 4I8BA 1PKZA 2CVDA 2AYTA 1J08A 3C73A 2HSHA 1K3OA 1V40A 2WRTA 1ERVA 5C00A 4PQ1A 2YWNA 5ECHB 5CNWA 4IN0A 2NPBA 4TKYA 4K2DA 4O7HA 2BJXA 1YKCA 5J3RA 5IMAA 3CRUA 2HNLA 3LYPA 5LNKe 3APSA 5JCUA 4IP6A 3F8UA 3ZMKA 4MZBA 3QDNA 2WJUA 1OYJA 3WT2A 2AAWA 1PKWA 1XIYA 4ECCA 3HYPA 2FHEA 4FIWA 2VLVA 3CXGA 4N11A 5CRGA 1NHYA 1FG4A 3ZMLA 4V2LA 3D4MA 3TKSA 1K0AA 4IKHA 3QFBC 2YV7A 2MMZA 4IGJA 3L0HA 5DALB 1MEKA 4WKWA 19GSA 1EV9A 1B8XA 3M1GA 2GSTA 4IW9A 4PURA 3EYTA 3ZVJD 4EUYA 5B6MA 2C3QA 3LSZA 1RQMA 5HR1A 1G6WA 4JZQA 3UJ1A 4X1UA 3UVTA 1A0RP 2VD0A 3ED3A 4L5LA 1CQHA 2O8VB 3L4NA 2P5QA 3GX0A 1TP9A 5JCWA 2H71A 5ID2B 3IR4A 3KTLA 1G6YA 3UBLA 2WGRA 3L78A 4O5RA 2AV4A 4NV2A 3KJYA 3FK8A 1VF1A 2RM6A 1SD8A 4EL1A 2H73A 4HS1A 1SENA 2NTOA 4KDUA 5ELAA 4F0BA 2PGTA 4GLTA 5ECOB 1AQVA 3DXBA 2H1GA 3KH7A 4XS4A 1ZYQB 2DIZA 4N30A 1DE1A 1R4WA 4G10A 5F06A 2I81A 1RW1A 3BJ5A 2K9FA 3QFAC 3O76A 3GH6A 3IA1A 5HFIA 2R2JA 2YNXA 4KCEA 2X64A 3QAGA 3CMIA 3CRTA 4WBRD 1M2DA 2WDUA 5AISA 3A2XA 3MAKA 4XS1A 5KN1A 2I3YA 4NXIA 2PBJA 4ZB9A 1PRXA 3O3TA 5LD0A 4MH3A 3A3TA 2C1YA 5HR2A 1WMJA 3HVSA 3KIJA 3RBTA 4HUAA 3VI7A 2XHFA 2GQMA 3ZIJA 1TRWA 3LYKA 1JZDA 3BCIA 2QC7A 5ENUA 2AUVA 4WR5A 2N5BA 3M3MA 2GSRA 4KGIA 5G31A 1YEPA 2JZTA 3C71A 3EWLA 2CX3A 4DSQA 4F9ZA 3VWXA 1GTBA 3H93A 1F3AA 5L71A 3IAS2 3LFLA 2QGVA 1WE0A 3A2WA 3TJKA 3TRPA 4ID0A 2HRNA 3F0IA 1VRSD 1FO5A 2LJRA 5DBQA 5GSTA 4IQAA 4MZWA 3APOA 4PX1A 2H01A 3I43A 1U3IA 3C1SA 1OC3A 2WZ9A 1T4ZA 2DMMA 4L0WA 2OADA 3TRQA 2LNTA 2LSTA 4MF7A 1UC7A 1S3DA 2F51A 3QR6A 3ZVJA 1JLVA 2LJKA 4YAPA 1PL2A 1QXHA 2V41A 1X9SB 4LMVA 1K0OA 1S3CA 5GAPD 4KW6A 3DEXA 3EINA 5A4WA 3ME7A 6GSWA 2H76A 1XCCA 2VL2A 1PN9A 2H0IA 2WS2A 1TI3A 3FW2A 4N0VA 3P7XA 1S3AA 3KH9A 3LQ7A 2HZFA 2C4JA 1NSWA 1GULA 3KZQA 3RPPA 3GKNA 3I9V2 2PMTA 2VAFA 4RI7A 3FR6A 3F6DA 5CYYA 2CX4A 4Q5FA 4XHMA 2LV3A 4D73B 3Q74A 2NBSA 1LJRA 1B48A 1CQGA 4OCFA 4Q5RA 4BL7A 1SKSB 1OE8A 1B4QA 1K3LA 11GSA 1K0CA 2GGTA 3ERFA 4OMVA 1TRVA 2VUPA 3ZREA 3BD2A 1ERWA 4WF5A 3IE3A 1O8WA 2DJJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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