2R2J | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	370
structure length	328
Chain Sequence	TSLDTENIDEILNNADVALVNFYADWCRFSQMLHPIFEEASDVIKEEFNQVVFARVDCDQHSDIAQRYRISKYPTLKLFRNGMMMKREYRGQRSVKALADYIRQQKSDPIQEIKRNIIGYFEQKDSDNYRVFERVANILHDDCAFLSAFGDVDNIIYKPPGHSAPDMVYLGAMTNFDVTYNWIQDKCVPLVREITFENGEELTEEGLPFLILFHMKEDTESLEIFQNEVARQLISEKGTINFLHADCDKFRHPLLHIQKTPADCPVIAIDSFRHMYVFGDFKDVLIPGKLKQFVFDLHSGKLHREFSSPPESSFQKLAPSEYRYTLLR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__109915504848031__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__109915504848031__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2R2J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__109915504848031__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"109915504848031","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2R2J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__109915504848031__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Chaperone
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human ERp44 shows a dynamic functional modulation by its carboxy-terminal tail. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thioredoxin domain-containing protein 4
total genus	97
structure length	328
sequence length	370
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin
A	PF13848	Thioredoxin_6	Thioredoxin-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2r2jA03
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2r2jA01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2r2jA02

3CSJA 3KCMA 1WIKA 2C3NA 5CRGA 5FT3A 2LJKA 2LJRA 1WP0A 1X9SB 2YN1A 2L6DA 5F05A 2HFDA 3KEBA 4WR4A 1A2LA 1K0NA 4TXOA 1ZYQB 3H4KA 2HT9A 5J41A 1XVQA 4EVMA 3D21A 4KDYA 1AXDA 3GKNA 3C71A 2M80A 2VD1A 1YDKA 2RUFA 4ZL9A 4I8BA 2C8UA 3G7YA 4HJMA 4OWYA 3ZVJD 4FYCA 2JSZA 5D93A 2KUCA 1ILOA 4IQ1A 4I2UA 3GX8A 5HQPA 2H6YA 3TJGA 4XRAA 1EEJA 2GSRA 2VOCA 3IDVA 1K0CA 2V2GA 2L59A 5CYYA 2HZEB 1TRWA 1A0RP 4G10A 2F9SA 3GTUA 6GSTA 4KCAA 1O85A 2PN8A 4KGIA 4ZIJA 3GV1A 4HJ2A 1T1VA 4HU7A 3APSA 1THXA 17GSA 1TXXA 2VM1A 4G2EA 5KN2A 2OADA 3LQ7A 4XS4A 3CTFA 2IMKA 1Y25A 5HR0A 2DJ2A 3ZZXA 1GSFA 1FVKA 1VGLA 5HFGA 2L5LA 3W6GA 8GSSA 7GSSA 1NW2A 3ME8A 4MP4A 3KTBA 1M2DA 5J5NA 3I69A 4ULXA 1T3BA 5JWOB 1TU7A 3GSTA 2F3MA 4ZL8A 2E7PA 2B1KA 2H19A 3ZVJA 3ZL5A 1USBA 5LD0A 1SD9A 2H70A 4LMVA 1XFLA 3QMXA 3WD6A 4JEDA 5H5SA 5LNKe 3EC3A 3CRTA 2QKEA 4TR4A 1FAAA 3EU4A 3HVXA 1PD21 2MBTA 3H79A 1GSEA 3H8QA 4MCUA 2NTOA 2DSAA 1Z9HA 1S3DA 1JZRA 2B6MA 2AYTA 1OYJA 4ZBAA 2G2QA 1K0DA 4Q5QA 2H75A 4WF5A 1XXUA 1K3LA 3HXSA 2IJYA 3F4TA 2FWGA 3L4NA 2GZPA 5L71A 4P3YB 3L78A 1F3BA 4X1UA 1TK5B 1TTZA 1WWJA 3D6IA 1QUWA 1ACVA 2DJKA 2CT6A 3HHVA 3GMFA 1F9MA 4TR0A 3A2VA 4HI7A 4MABA 3HZ4A 4N0ZA 3TKRA 3DIEA 1Q98A 1T4YA 2GTUA 4XS1A 5EPFA 4DSQA 4EUYA 4POMA 4KCEA 2V41A 5B8AA 1AAZA 1R7HA 4RI7A 5J9BA 2FWHA 1PQNA 2K18A 3EE2A 1UVZA 2O8VB 2DLXA 4LLRA 13GSA 1XOBA 4MDCA 4WR5A 6GSXA 3N5OA 3IK9A 2QC7A 4NHZA 1ZL9A 4PURA 2H6XA 3GKXA 1YZXA 3M9JA 2VL2C 4Q5NA 5C00A 5E59A 16GSA 1OC9B 3V1WA 2BMXA 3WYWA 4PNGA 4TXVA 1MTCA 1EP7A 2PUKC 1ERWA 3KP8A 2N5FA 3UEMA 3FHKA 2H72A 4G19A 1V2AA 4MPGA 1J08A 1K0MA 4RUVA 2F51A 3QFAC 3W8SA 4CDOA 1JZWA 4ZILA 4OFNA 2FD3A 3I6AA 1UC7A 3JCML 5GAPD 3TOUA 4EDYA 2CVKA 4GTUA 3GL5A 4HU9A 1TRVA 2Z9SA 1R26A 1B9XC 3P2AA 3KMOA 4MF7A 5JCGA 4TVEA 1K0OA 3IV4A 4ISDA 2KHPA 5B7CA 4V2MA 4DSSB 3UIWA 4NAXA 1IYIA 1GSDA 3LSZA 5DALA 2C3TA 4O5RA 3QAVA 4QL7A 4HQZA 3F4RA 1RW1A 1OKDA 3IE3A 4MJBA 4V1Ap 5B6MA 3VURA 4K8MA 4L8EA 1PMTA 4F9ZA 4WXTA 3MAKA 4BWSA 2I1UA 3CSIA 3C73A 5G31A 4WF4A 1SL1B 1O81A 2FNOA 4J2FA 1XIYA 3EINA 1ON4A 2V6OA 3FRCA 3D4TA 3LFLA 5ECRB 4TN8A 1JZDA 2NBSA 4KNDA 3IXRA 1URMA 1YF1A 2P0GA 2LV3A 4AJ8A 4JU5A 1NHOA 3VFIA 1B9YC 3QFBC 3F4SA 9GSSA 2X99A 3DVWA 4K2DA 4FYBA 4YAPA 5IMFA 2H73A 4POLA 3MNGA 3S9FA 1MEKA 3QPMA 3CRUA 6GSUA 1M99A 4K1FA 1WJKA 5IMCA 2VCTA 4LA1A 4PQHA 4HZ4A 4KUNA 3QAGA 1GULA 1V9WA 4ECJA 2VL9A 3OR5A 2C0EA 4ECCA 2TRCP 4EL1A 4J57E 3IOSA 1SL2B 1VRSD 4MF6A 4KA0A 4XIHA 1PSQA 4PGTA 2IPAA 2B7KA 1B4QA 2LKUA 4G9HA 4FO5A 2YV9A 5A4UA 1ML6A 1OE7A 1M2AA 4O7HA 2R37A 3TKSA 3KM6A 4XTSA 4AF2A 4IVFA 5HR2A 2C0FA 3VWXA 2GSSA 2LRCA 4K7OA 2YANA 3GHAA 1BQ7A 2PMTA 1R5AA 4GCIA 3IAM2 3VLNA 4IHUA 2REMA 4GQCA 5DDLA 4IELA 5IMVA 5KN3A 3QOUA 5AIXA 1PX7A 3TJBA 1KTEA 2B1LA 2P5RA 1ST9A 2VUPA 3VK9A 1VF3A 1GUHA 5ID2A 1K0AA 3TDGA 3FZ9A 4ZB9A 5A4WA 3PR8A 1XWKA 4BVYA 4F0CA 2XPDA 2MMOA 2AHEA 1YF0A 1PL2A 1HNBA 2AJQB 4BVXA 3F6FA 5IQYA 3LGCA 1G7OA 2OKAA 1VF1A 2P5QA 3RBTA 4IS0A 1TK0B 3D5JA 1TJDA 3TJFA 2GS3A 2R5GA 2YWOA 5CRHA 2H01A 1AUCA 2WB9A 1BYEA 1GSYA 2L4QA 3TKSC 2ZUPA 2I9HA 1GSUA 5FWGA 1GUMA 4NXIA 4EKZA 1DE1A 2TIRA 2ALBA 2LEGA 2NVLA 5ECOB 2GSTA 4O32A 1AC1A 4OCEA 3LXZA 2CVBA 5ECIB 3HJPA 2FA8A 1M2BA 5D9VA 4PNFA 1FB6A 3N9JA 3LEFA 3HDCA 1BX9A 1OAZA 3UMAA 2AV4A 3F8UA 4YQMA 3UAPA 2IMDA 1O7UA 3QCPA 2LSTA 1FO5A 2IMEA 5ECHB 3WT1A 3ZIVA 1GTBA 1E6BA 3EWLA 3QD9A 3M8NA 2D2ZA 2OE1A 6GSYA 2A2RA 1SK1A 1SD8A 1C72A 4KB3A 2IIYA 4ZBBA 1VF2A 3ZMKA 1U3IA 3DD3A 4PUAA 5ELGA 4TOPA 4DVCA 2O7KA 3GRXA 2HSHA 1SENA 4F2IA 1SKSB 4Q5FA 3ISOA 1KBNA 5DCHA 4F82A 4ZXGA 2YJ7A 2XHFA 2HE3A 1QMVA 1OC3A 4NV5A 1AQVA 3VPTA 3U6VA 1Z7PA 5D96A 1GWCA 1SK0A 5KN1A 3EURA 2XPEA 3M3MA 5G1LA 3FR6A 3BD2A 1V98A 2PBJA 3U5RE 2XBIA 3US3A 3BCIA 1HD2A 20GSA 3NIVA 2MMZA 5JWRB 1R5PA 1WRYA 1EGRA 5KN0A 3KMNA 1B4PA 2X64A 2RLIA 5HFIA 3WGDA 3KH9A 3Q19A 1KNGA 1HNCA 4KSMA 4DEJA 4LL4B 2VCQA 4MH2A 2G0FA 4MLYA 5J3RA 2WJUA 3M0FA 2B7JA 3CTGA 1MDIA 3KZQA 1YY7A 4JBBA 3A3TA 3TGZA 3BCKA 3FEUA 5EY6A 4EO3A 3DRNA 3F6DA 5G5EA 4OMVA 2C0GA 3HJOA 1XW6A 1SJIA 4OO5A 4MH3A 2JADA 2J9HA 1MD3A 1A0FA 2YP6A 3IAS2 2LNTA 2CAQA 1A24A 5COHA 3TRPA 2CZ3A 4F0BA 1AW9A 3PH9A 3IA1A 4LMWA 5F8BA 1FB0A 1DSBA 2P31A 1SU9A 1NHYA 5D9XA 2MYGA 2CX4A 3G7IA 3LYKA 2HSYA 1A23A 2H30A 2VIMA 5ENUA 5IPGA 1B48A 1V57A 1G6WA 1AIUA 4MZWA 2IWTA 1SK2A 4HDEA 2YCDA 1T4ZA 3VPQA 3KJYA 1Y6EA 3CSHA 5KEJA 3APOA 5GZZB 4AGSA 3RHCA 5EVOA 3SWLA 5FHIA 2EIRA 4ID0A 2LJAA 4N11A 4FH8A 5AGYA 4ZB8A 2PWJA 5F0GA 1LJRA 4TXOB 3DYRA 2KOKA 3KD0A 5AISA 5HR3A 5CO3A 5H5QA 2LUSA 5DAKA 4GSSA 4KW6A 1SKWB 3UJ1A 3E0UA 4OFMA 1JLVA 4KAEA 1UA5A 4ZBDA 2WULA 2ON7A 3IPZA 3UVTA 1G6YA 5GSSA 2C1YA 5A5KA 3FR3A 4EF0A 2CV4A 2ES7A 5J9CA 4WBRD 3GTUB 1ZYEA 1I9DA 4ML1A 1WMJA 2O87A 3GIXA 3PGTA 1BJXA 2LNSA 3LJRA 1XWBA 3J7Yb 1Z5YE 3VI7A 2F8AA 6GSWA 1YKCA 3TRXA 3DMLA 1IYHA 4XS4B 3VWUA 3NOFA 1FG4A 2LS5A 14GSA 4MMMA 2H1GA 1ZMAA 3GURA 1T00A 3Q18A 1DE2A 4Z7XA 3DKSA 2PU9C 2HZFA 5JCWA 1LU4A 2LRNA 2DC5A 5ECNB 4H86A 2YPMA 4HEA2 3QAWA 3GUSA 3ZFLA 2JSYA 2DJ1A 2DIYA 4MZCA 2IFQA 4PUFC 3IC4A 1JZOA 1K3OA 1EZKA 5IO2A 4QL9A 4K6XA 3NZNA 1TRSA 4IJ3A 1EOGA 4TR1A 2V6KA 2DBCA 4OCFA 1PN9A 1K3YA 2L57A 5ECMB 1WOUA 2YWIA 3LXTA 3ZFBA 5D73A 1EOHA 3D22A 3IK7A 3P8WA 4RQRA 4NWYA 4N30A 2R2JA 2L5OA 1W89A 1SYRA 2HNLA 4KDUA 4MK3A 4I2TA 4L5LA 4OFTA 3I9V2 2OACA 2C4JA 5EL8A 3TJKA 5AIVA 3CYNA 4OO4A 4KH7A 2AB6A 2YWNA 3FKFA 1GRXA 3Q6OA 4K7NA 4N0VA 4TW5A 2HRNA 3LYPA 4WBJA 3TKPA 3EYTA 4JE1A 4MF5A 6GSSA 4PQIA 4PQ1A 2GQLA 5B8BA 3D4MA 1J9BA 2C3QA 2GLRA 5LCZA 5CRDA 2ZCTA 2FWFA 3G7JA 2FCHA 3KGKA 4POBA 5DQSA 4TRXA 3EU3A 3HKRA 3WT2A 1K0BA 2HZEA 2MBSA 2BTOT 2JZSA 2GZYA 1SL0B 1G7EA 1UN2A 1Z7RA 2AAWA 1EEMA 3O3TA 2OBKA 5HFKA 2GGTA 3D0ZA 3A2XA 3F3RA 2E0QA 2E2GA 4KE3A 4MJEA 1ERVA 3GFKA 5ECSA 3ZYWA 5ECKB 1TU8A 1XWCA 2H76A 1H4OA 4YAVA 4K0GA 3TUEA 4Q5RA 3HZ8A 2CZ2A 1T7PB 3RPPA 1S3CA 2K8VA 1HYUA 3UL3A 2DMLA 3ZREA 1EV4A 3UOMA 4RQXA 5JWQB 1XCCA 3A5WA 4EXJA 2TRXA 3EMXA 2LQOA 2I81A 3P7XA 3HJMA 2ZNMA 1EV9A 1SYXA 2L6CA 1XVWA 1V58A 1LBKA 4LL1B 1BEDA 5IMZA 5B6NA 1TP9A 2OBIA 5DALB 3BOAA 3IHQA 1GTUA 1X5DA 4JRRA 4FYUA 3TKSE 1E2YA 5DVBA 12GSA 3HYPA 4AJ6A 3DVXA 1BAYA 3MDKA 1TK8B 1TRUA 4V1Ag 2H66A 2QGVA 3ERGA 3TOTA 3FK8A 2RM6A 3BJ5A 5INYA 1FW1A 2RIIA 2LTKA 2IMIA 2E2MA 2GQMA 4J56E 2O85A 2WRTA 2FLSA 1XWGA 2VCXA 1F37A 2PVOC 2V1MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2R2JA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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