The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/rna
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| publication title |
Substrate RNA positioning in the archaeal H/ACA ribonucleoprotein complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
guide RNA 1
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| total genus |
7
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U28 C; 3MQK C; 2HVY B; 2RFK C; 2V3M A; 2EY4 C; 2EQN A; 3UAI C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2STB E; 1GMC G; 1GI9 B; 4AGK A; 2SGF E; 5DP5 A; 4JZI A; 9EST A; 3LGY A; 4BNR A; 3RXG A; 3S7H B; 4CH2 B; 1TON A; 2H6M A; 1CHO F; 3BEU A; 2ANM H; 1GI7 B; 3Q3X A; 4TPY A; 5EQQ A; 3SOS A; 2CF8 H; 2JET B; 5JBA S; 1SGF G; 1TGN A; 1FI8 A; 4OS5 A; 2O9Q A; 3MO6 A; 2ZF0 H; 2JH5 D; 4Y71 A; 2BOH B; 1NC6 A; 3RXT A; 2OBO A; 1MTN C; 3RXA A; 2QV1 A; 3ODD A; 1CT2 E; 4X6P A; 2SGP E; 1O35 A; 4HZH A; 1GVL A; 2ZC9 H; 1SGN E; 1QL9 A; 1DDJ A; 2UUK B; 3UTU H; 1DPO A; 3W1E A; 1TMB H; 1GMD G; 4AB9 A; 2DE8 A; 1QBN A; 1LHC H; 3VB3 A; 3GY3 A; 3WWB A; 8GCH F; 5I25 A; 5E0H A; 1BTZ A; 1NRN H; 1SQO A; 1UMA H; 1V2T T; 3URC A; 1UCY E; 1G37 A; 4MG3 A; 1F0U A; 1O2N A; 2J5U A; 1GJ5 H; 1QRX A; 5A8Z A; 1PPH E; 4J1Y A; 3BTK E; 1DY9 A; 2ZU5 A; 1TLD A; 4Y76 A; 3OY6 U; 4TY7 A; 5EQR A; 2ALP A; 3O8C A; 2ZPQ A; 4OS2 A; 5CHB A; 1S0Q A; 2EQN A; 4WMD A; 2ZCL P; 1T8M A; 3HPT B; 4BAM B; 2BVS H; 1O37 A; 1K1I A; 3OAA D; 3QDZ B; 1MAY A; 2ODQ A; 1GHA G; 1PPG E; 2ZGH A; 1O2M A; 1FN8 A; 1NRO H; 1O31 A; 2VH6 A; 3A86 A; 2BLQ A; 1C5S A; 4EST E; 2FOH A; 2B8O H; 4HTC H; 2PLX A; 2ZHD A; 3LDX H; 1GJB B; 1O2K A; 2RDL A; 5HM9 A; 1GBC A; 1H9H E; 4FUJ A; 2P59 A; 1K1J A; 2V3M A; 1NPM A; 4WXI A; 2ZKS A; 3OFN D; 1CGH A; 1TOC B; 3MNB A; 3Q76 A; 1GBK A; 1GJD B; 1FY5 A; 1T8O A; 2GZ7 A; 5EJL A; 2OBQ A; 7KME H; 2FDA A; 1BIT A; 2HVY B; 1SFQ B; 3RM0 H; 4NG9 H; 4NZL A; 3LH1 A; 2C8W B; 2OCV B; 1IHS H; 2GP9 B; 1QQ4 A; 1O3A A; 3VG8 A; 1HXE H; 1ZGI A; 4RKO B; 1GL1 A; 1EAW A; 3UNR A; 1ELC A; 2BLV A; 2HNT C; 4CRB A; 4YT7 H; 2NWN A; 1BCU H; 1TMT H; 1ANB A; 5GDS H; 1NO9 H; 5F6M A; 4Y8X A; 3SV7 A; 1HAI H; 2FOE A; 3EE7 A; 4LK4 A; 5LPF A; 1IQE A; 4BAN B; 3ZYD A; 1EQ9 A; 1IQN A; 3GCT F; 1HRT H; 1P09 A; 4CR9 A; 4GCH G; 1TFX A; 4ZHM U; 5L30 H; 2ZG0 H; 2FOC A; 1TAB E; 3Q00 A; 4AFU A; 3U9A H; 4H6S B; 1IQF A; 1GJ9 B; 4X0W U; 1S5S A; 4AG1 A; 3A7Z A; 3K65 B; 2XNI A; 3OEH D; 3HKI B; 2GV7 A; 3U69 H; 2QYI A; 3LOX A; 5FCK A; 3S69 A; 3LGT A; 1DWE H; 1Y5B T; 1QL8 A; 5T6D A; 2HWL B; 2ZFP H; 2TIO A; 2Q1J A; 1TPO A; 1CHG A; 5TCA A; 4B6F A; 3OSY A; 1TRN A; 1DUE A; 3A8D A; 2H5C A; 4AX9 H; 2OUA A; 3TLO A; 1T8L A; 3MH4 A; 3CEN A; 1NRP H; 4Q7Y A; 1RXP A; 2FI3 E; 2VIQ A; 5T1V A; 2WPI S; 1GI5 A; 1GI0 A; 1VR1 H; 2EC9 H; 1S6L A; 2G00 A; 1QQU A; 2J98 A; 1AZ8 A; 1LHE H; 2Z9J A; 2A0Q B; 1SKY E; 3LU9 B; 2BD9 A; 1A2C H; 1GDU A; 1G9I E; 3NCL A; 2XCF A; 1BBR E; 1K1P A; 1EB2 A; 3A89 A; 2J9N A; 1P2J A; 5CMX H; 1J9C H; 1MU8 B; 1SQA A; 2Y5G A; 1KXF A; 1N1L A; 1Y59 T; 2OTV A; 5L2Y H; 1DUA A; 3M5M A; 1EPT A; 1C1Q A; 2XWA A; 1C4V 2; 1DLE A; 4J2Y B; 5EIY A; 1E35 B; 1SLV B; 2I6Q A; 1INC A; 1Z8G A; 3F9E A; 4DCD A; 3FO8 D; 4D7F A; 1GBF A; 1U6Q A; 1P05 A; 4ZMA H; 1C9P A; 3RU4 E; 1L0Z A; 3MNS A; 2FEQ H; 2A1D B; 2VWM A; 2LNC A; 1L1J A; 2A2Q H; 2SGD E; 1E34 B; 2ZDV H; 3BV9 B; 1C2K A; 3PLK A; 4K60 A; 1XKB C; 4B75 A; 2AHM E; 4Z6A H; 3UNQ A; 4Y6D A; 1DWC H; 1LKA A; 3KN2 A; 1E1Q D; 1GMH G; 2GKV E; 1GJA B; 3MNX A; 4ISO A; 1OSS A; 2F83 A; 2ULL A; 1O2R A; 4JZ1 A; 5FL7 D; 3A7X A; 1GBA A; 2Y5F A; 1ZTK A; 1P01 A; 4FUC A; 5EOD A; 4Y7B A; 1DWD H; 4P00 A; 5GPI B; 2G5N A; 2BVX H; 1G30 B; 3NK8 A; 2CK3 D; 1W11 U; 3BTG E; 5E8E H; 3HAT H; 1TNK A; 3A8A A; 3SI4 H; 2THF B; 1N6X A; 1O34 A; 3TK5 A; 3RXJ A; 2ZIQ H; 4JCN A; 2XTT B; 4I8K A; 3BTH E; 4TT3 D; 4Y0Z E; 4Y0Y E; 3TPI Z; 3L3T A; 1XUJ A; 4ZKS U; 2PKS C; 3D23 A; 4I8G A; 4UDW H; 2QIQ A; 2Z3C A; 2Y82 A; 4VGC C; 5TCC A; 3TJV A; 1OX1 A; 1PQ7 A; 1UO6 A; 2SGA A; 3M5L A; 2M5T A; 2YMS D; 2HLC A; 1GG6 B; 3EE0 B; 1PQ5 A; 3GCN A; 3BTD E; 3S9A A; 2H9T H; 2AMP A; 3A7V A; 1HJA B; 4H6T A; 1A5H A; 4ZKN U; 1O2Z A; 2F9V A; 1RTK A; 1PPB H; 4UFG H; 1BIO A; 2FLB H; 2GZ9 A; 2BHG A; 5EOK A; 2P95 A; 2PW8 H; 1P2Q A; 1O5G H; 2FOG A; 4FUG A; 2PKA A; 2VID A; 1TA2 A; 1QB1 A; 3TGJ E; 1K9O E; 3PMJ A; 3M7Q A; 4B1T A; 1RTF B; 3FAO A; 1EZQ A; 1HFD A; 1EOL A; 1KTS B; 5JBC S; 3M3V A; 1IQG A; 1P3C A; 5C2Z A; 5GXP A; 5A09 A; 3QGJ A; 1TQ7 B; 5DP6 A; 2KZ4 A; 1YC0 A; 1VCQ A; 2RG3 A; 1TX8 A; 1TPP A; 1ELF A; 2Y80 A; 1D6W A; 1V2W T; 2VVU A; 3LGU A; 2WPJ S; 2C8Z B; 5LGO A; 4CBN A; 1DAN H; 1C5V A; 2HGT H; 5DJ7 A; 2JH0 D; 4YT6 H; 2VIV A; 1T7C A; 1T31 A; 2VGC B; 1MQ6 A; 1MCT A; 2A5K A; 1TQ0 B; 1Y3Y A; 1GJ7 B; 1VJA U; 5A2M H; 2WIN I; 1DOJ A; 4A7I B; 3M3T A; 1ZPZ A; 4TYD A; 1V2K T; 2ANK H; 1DVA H; 3DSO A; 4KGA A; 4WXV A; 4ZKO U; 1EX3 A; 1THS H; 2NU4 E; 2ZCH P; 5F53 A; 3F9G A; 1DX5 M; 2Z9K A; 7GCH F; 4ABI A; 3SNE A; 1SGF A; 4AYY B; 1OWE A; 3E6P H; 3SO3 A; 2ZHW H; 3M5O A; 3PLP A; 4XOJ A; 1YCP M; 4O03 A; 4ISH H; 3RP2 A; 2YMS C; 5IDK A; 3N7E A; 3TJU A; 1Z71 A; 1FZZ A; 2P16 A; 3Q3K A; 2ZHE H; 4A1V A; 4ZCN A; 1EOJ A; 1W13 U; 1IQI A; 3QO6 A; 2AGE X; 1KMH B; 2UWP A; 1HAV A; 3EA9 A; 3P6Z B; 2JDI D; 3BTF E; 1CHO G; 4GVU A; 3RU4 D; 1P57 B; 2W3K A; 3MYW A; 3GY6 A; 1NT1 A; 3QZQ A; 4OS4 A; 1A0H B; 3SU4 A; 1TIO A; 3U28 C; 1CVW H; 1A1R A; 1ID5 H; 2J95 A; 1SMF E; 5J4S A; 1ABI H; 5LPE A; 3ELA H; 4WH6 A; 1XMN B; 1W0J D; 3LON A; 1AFE H; 1L4D A; 2JKH A; 4TY6 A; 2FOB A; 1O3O A; 3QTV H; 2OC8 A; 2F43 B; 3A8B A; 2W6J D; 1QBO A; 3M35 A; 1SC8 U; 4XRN A; 1ZJK A; 2KAI A; 4K8Y A; 1SBW A; 1FLE E; 4F48 B; 4NWL A; 4XFQ A; 2FOF A; 3O8D A; 1GG6 C; 4AN7 A; 1KIG H; 1GI3 A; 1YPK H; 1EAT A; 4DII H; 4A1X A; 2LPR A; 1SVP A; 1GI6 A; 2JIZ D; 1HJA C; 4FUE A; 4R0I A; 3WY8 A; 5K0H A; 3T27 A; 1BML A; 3HK6 B; 3K9X B; 3D49 H; 1QA0 A; 3UNS A; 2QXH A; 4Y11 E; 3B8J A; 3ZVA A; 4ABG A; 4JZE H; 1CBW C; 1VIT H; 1HNE E; 1GI2 A; 3ZVC A; 1O3E A; 1TBR H; 3MU1 A; 4X1P U; 5I46 H; 1UK4 A; 3P70 B; 4X1N U; 1KSN A; 1KLT A; 1O3N A; 4TSF D; 1OP8 A; 3PWB A; 2BTC E; 1J16 A; 1KXC A; 1UTM A; 3RXL A; 4AYV B; 3S9C A; 2ZQ1 A; 5DP7 A; 4CRE A; 4BXS A; 1QJ7 B; 1UW7 A; 4X2V A; 1SHH B; 2C8Y B; 2H2Z A; 2R2M B; 1TYN A; 3ZZ7 A; 3VEQ B; 1G2M A; 2K0Q A; 1FY3 A; 3QLP H; 1UHB B; 3V12 A; 1ELD E; 4KTS A; 2AMD A; 1OKX A; 2PR3 A; 2VGC C; 2WV5 A; 3N7O A; 4DUR A; 2CGA A; 1V2J T; 1C4Y 2; 2GX4 A; 3KQB A; 3SGQ E; 4IS5 A; 3NKK A; 3RXU A; 2BY9 X; 1J17 T; 1KTT B; 2CHA B; 2A2X H; 2JJ1 D; 3UPE A; 2Y5H A; 4BAH B; 2GCH F; 3TVJ B; 2AFQ B; 4Q2K A; 1ETT H; 3SJ9 A; 1A3B H; 1C5N H; 1C4U 2; 2CF9 H; 1MTW A; 4FU7 A; 3P17 H; 1GJ6 A; 4CBO A; 2VVC A; 3PB1 E; 2H5D A; 2BY6 X; 3SUE A; 2XBX A; 3KNX A; 3M36 A; 1O2U A; 1MBM A; 3BIU H; 2Y7X A; 3TK9 A; 2R9P A; 4KP0 A; 1H9I E; 4HGC A; 1K28 D; 1SGP E; 2BDI A; 2BDB A; 2C90 B; 1QGF A; 2TBS A; 3EAJ A; 3BG4 C; 1SGQ E; 1ELG A; 1BTU A; 1FY1 A; 1OP2 A; 1DE7 H; 1SGD E; 1A61 H; 2BD7 A; 2P94 A; 3ATK A; 3FP8 E; 4WH8 A; 4FET A; 3RXI A; 1AO5 A; 3UQO A; 4YOI A; 1JRT A; 3ZZ9 A; 5C0U A; 3SQE E; 3SV2 H; 1GBE A; 3DSP A; 2Z3D A; 1TBQ H; 4Q4L A; 2RDE A; 4GHT A; 3GDU A; 3ZZ8 A; 3R0F A; 5PTP A; 1Z8I B; 1ESA A; 2J97 A; 1OS8 A; 1AB9 C; 1BHX F; 1C5O H; 1BB0 B; 1N8O B; 1K1O A; 1UTP A; 4LZ4 B; 1B0F A; 4GPG A; 4X2Y A; 2XXL A; 2RCE A; 4KTC A; 5DK1 A; 4I8L A; 1GHW H; 2HOB A; 3E91 A; 4MNV A; 4NWK A; 1FPC H; 2WPK S; 1DLK B; 1K1L A; 2CJI A; 3PTB A; 1ZSJ A; 3MH5 A; 1IOE A; 4MPW A; 3DT0 H; 1CT0 E; 2HPP H; 4M9F A; 2C93 B; 1B5G H; 4B2B A; 1CO7 E; 2OLG A; 2BXT H; 1PJP A; 1TPS A; 3URD A; 1OYT H; 1GBM A; 2F9O A; 4NZQ A; 3A7Y A; 5HXF A; 5ETX A; 3OTP A; 3LH3 A; 2ZDA H; 2TGA A; 1ZSL A; 1YGC H; 1SB1 H; 1LPK B; 2GD4 B; 3RXQ A; 4D9Q A; 4MDS A; 5ESB A; 1PPZ A; 1O3B A; 2BB4 A; 1AKS A; 1PYT D; 1YWU A; 3FVF B; 3PMA B; 3SJI A; 3M37 A; 1HAY B; 1AUT C; 2VIO A; 1SGC A; 2IN2 A; 2OK5 A; 1DXW A; 2SFA A; 3U1J B; 2WV9 A; 4GHQ A; 2EI8 A; 5FPT A; 1QJ6 B; 1G3C A; 2QC2 A; 3SZN A; 2ZHQ H; 1AWF H; 4NFF A; 2OD3 B; 3AW1 A; 2A4Q A; 1SGI B; 1V2U T; 2EST E; 1SLW B; 1AMH A; 3L33 A; 2AIQ A; 1XUG A; 5EU8 A; 5B6O A; 1VIT F; 2CV3 A; 2ZI2 H; 1Z6E A; 5E2P A; 2QXI A; 1SG8 B; 1G3B A; 1EXF A; 3ATI A; 1F5L A; 1O3L A; 3F1S B; 2KCA A; 3WWF A; 5C3N A; 1P8V C; 1EFR D; 2Z9G A; 5C94 A; 1MZA A; 1HPG A; 4TPI Z; 1OYQ A; 1F0R A; 1C5X B; 1NRQ H; 4ZKR U; 4YOG A; 4YM9 A; 1MTS A; 1C1U H; 1WAY B; 3A82 A; 1AWH B; 1A5G H; 3EGK H; 1UJ1 A; 2WZQ A; 5E2O A; 2Z94 A; 4B6E A; 2M2A A; 2BXU H; 1C5W B; 3ZZB A; 1C1S A; 1O5D H; 2TRM A; 3VGC C; 1C1T A; 2VWL A; 1G2L A; 3A7W A; 2BD2 A; 2SNV A; 2ZU2 A; 1V2R T; 1O2G H; 2ZZU H; 2ZU1 A; 3GCH B; 2TGD A; 4O3U A; 3LIW A; 1O32 A; 2O8M A; 1LVM A; 3SOR A; 1ARB A; 1KDQ B; 2GT8 A; 2TPI Z; 1Z1J A; 3B9F H; 3HKJ B; 3TH4 H; 1C2L A; 4OGX A; 5EPY A; 1C1M A; 2IJD 1; 2AGG X; 4O3T A; 1LPG B; 2A7C A; 3SU5 A; 4B2A A; 7LPR A; 2G51 A; 2PV9 B; 1PYT C; 1V2M T; 2FX4 A; 1XXF A; 2G55 A; 4YES B; 2EI7 A; 3NPS A; 4Y7A A; 1OPH B; 1YM0 A; 4X1R U; 1YLC A; 2IPQ X; 5GCH F; 1AU8 A; 5C1X A; 1HAH H; 1LPZ B; 2XCN A; 2J4I A; 4FVD A; 2ZWL H; 1B0E A; 3NUM A; 4IC6 A; 1SQT A; 2PFE A; 3UR6 A; 4BTU B; 1EZX C; 2PUQ H; 4PRO A; 1KXD A; 2BY7 X; 1NZQ H; 4DIH H; 1O3D A; 1OXG A; 2HAL A; 1Q3X A; 2R0L A; 2AGI X; 3KQE A; 1GBL A; 4MNX A; 1TGS Z; 2QGR A; 1UK3 A; 1TX7 A; 1UTO A; 3O8R A; 3RUO A; 1UTN A; 3MOC A; 3A87 A; 1ZZZ A; 3E0N B; 2DE9 A; 2CN0 H; 2V3O H; 1O3K A; 3UQV A; 1T8N A; 4AZ2 B; 3JZ1 B; 2B5T B; 1JXP A; 3RM2 H; 2ZPR A; 3GIC B; 4NIV A; 2ODY B; 4DGJ A; 1RD3 B; 3P8O A; 4WY3 A; 3MH6 A; 1JOU B; 1VCW A; 1HAP H; 3UWJ H; 1WU1 A; 1W3C A; 2A5I A; 3SUG A; 4XBB A; 1P9U A; 2ZEC A; 1H8H D; 2AH4 X; 1A0L A; 1LKB A; 2QXJ A; 5C5O A; 4U01 A; 1ZTL A; 2JET C; 4WME A; 2W5E A; 3MNC A; 3RMO H; 4R8T B; 2BQ6 B; 2QE7 D; 5FX6 A; 1GHX H; 1ZOM A; 2NU3 E; 3RU4 T; 3TNT A; 1EB1 H; 2ZDN A; 1TOM H; 2WPM S; 3BTT E; 3TH3 H; 1VGC B; 1S6F A; 1GJ4 H; 4ABA A; 2BY5 X; 4Y79 A; 3W95 A; 1BHX B; 1LCY A; 1FXY A; 2KR7 A; 2QCY A; 3A83 A; 2O8U A; 1A7S A; 1HUT H; 1C2M A; 1YYY 1; 1ANE A; 1D3D B; 1CQQ A; 1O2Y A; 1Y5U T; 4MLF B; 2FX6 A; 2FS9 A; 5AF9 H; 2BQ7 B; 3NXP A; 3H7T A; 2BD5 A; 1G3E A; 1ZHM A; 3DHK H; 1EST A; 2VVV A; 2FI5 E; 2CMY A; 4WJG 2; 2A4R A; 5DN6 D; 1D3Q B; 1E79 D; 4AOR A; 2G5V A; 1FDP A; 3B23 B; 4NSY A; 2BMG B; 1BTX A; 1GBJ A; 3ATM A; 4P02 A; 1JWT A; 2GDD A; 4H42 U; 2PGQ B; 1ZYO A; 3ZYE A; 5B6L A; 3I78 A; 3ATW A; 3V13 A; 2AER H; 3SQH E; 1IAU A; 2L6O A; 5JB8 S; 3KQ5 A; 5EQS A; 2AMQ A; 1RIW B; 1EP5 A; 1AND A; 3M61 U; 3SZE A; 1O36 A; 2XBY A; 1CA0 B; 4NFE A; 1PQ8 A; 4Y10 E; 5EJ1 A; 3PRO A; 3C1K A; 4WWY A; 2ANY A; 5H4I B; 1EAS A; 1NFW A; 3TU7 H; 2UUF B; 3GY8 A; 2PSX A; 4A5T S; 2ZDM A; 3MU8 A; 3SU2 A; 3P8G A; 1GI4 A; 1E37 B; 3T28 A; 1C2F A; 2I6S A; 1ELT A; 1KLJ H; 4B76 A; 4E05 H; 1YPG H; 1AFQ B; 3F0P A; 4ABD A; 1D4P B; 3E16 B; 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