2RLI | Genus

Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	170
structure length	170
Chain Sequence	SFTGQGDFHLLDHRGRARCKADFRGQWVLMYFGFTHCPDICPDELEKLVQVVRQLEAEPGLPPVQPVFITVDPERDDVEAMARYVQDFHPRLLGLTGSTKQVAQASHSYRVYYNAGPKDEDQDYIVDHSIAIYLLNPDGLFTDYYGRSRSAEQISDSVRRHMAAFRSVLS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__33831264707874__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__33831264707874__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2RLI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__33831264707874__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"33831264707874","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2RLI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__33831264707874__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Metal transport
source organism	Homo sapiens
publication title	A Structural Characterization of Human SCO2 pubmed doi rcsb
molecule keywords	SCO2 protein homolog, mitochondrial
total genus	44
structure length	170
sequence length	170
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-07-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02630	SCO1-SenC	SCO1/SenC

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2rliA00

5CNWA 4GRFA 1BYEA 2R2JA 2LRTA 1TK5B 5AGYA 4GTUA 2GZZA 3E3EA 3M1GA 4E8HA 1JZWA 4IHUA 4MJAA 1K3OA 3EU4A 2MBTA 2OADA 2JZTA 5ECSA 3R2QA 5J3RA 2B7KA 3LQ7A 2LTKA 2MMNA 3CRTA 4XS4B 1ERWA 1BAYA 3HY2A 2IMIA 2LNTA 4LA1A 2C0FA 5G1LA 1OKTA 4PXOA 3L9UA 1XWAA 3NZNA 1TKDB 3ZL5A 1OE7A 2AYTA 2DBCA 2K8SA 4JE1A 4I5QA 4TR4A 5IOXA 1XVQA 4JR4A 1X9SB 3KCMA 5J4UA 2H1GA 2OE0A 3F9UA 3I6AA 4OFMA 2H0GA 3BCIA 1TU7A 4KE3A 4YQVA 2IMEA 5C00A 4D73B 1NM3A 3EMPA 4K0NA 2WULA 3W8SA 5AIXA 3HHVA 1IYIA 1EEJA 1GSYA 4QQ7A 3IAS2 1NHYA 1GUHA 4LL1B 3ZLPA 2VL9A 1FO5A 2DJ1A 1U3AA 2C80A 1A23A 4MH2A 3WYWA 5CAXA 1GSEA 5IPHA 3UARA 3BBYA 4QL9A 3GNJA 4O5RA 4XS4A 3GSSA 1TXXA 1GLQA 2V2GA 1SK1A 3GKNA 4X1UA 1K0MA 2WZ9A 1DSBA 5IMFA 2HSHA 2YV7A 2XBIA 2ALBA 5F0GA 1CQHA 7GSSA 3LGCA 3HJPA 2VIMA 1ERTA 2YOIA 1XVWA 1OE8A 4J2FA 2CT6A 2OA7A 3GX8A 3TGZA 4D73A 4ECBA 5B8BA 1GLPA 4HEA2 5CO3A 1WOUA 3Q19A 2XC2A 4N30A 1PL1A 2TRXA 1WRYA 1W89A 4PUFC 1MD4A 3QR6A 3EVIA 2R5GA 4PNFA 2HZFA 2KLXA 2DIYA 5ECHB 2X8HA 4X0XA 3VFIA 4E8EA 12GSA 2AUVA 4EC0A 3WGDA 5LNKe 3M9KA 4V2MA 2C1YA 1GH2A 4KDUA 2REMA 2E0QA 3TKSE 2RUFA 1KTEA 1FB0A 5ABRA 2NBSA 3NIVA 3IDVA 5F05A 2QSIA 4IBPA 4EDYA 2J23A 2VL3A 1AQVA 2V6OA 2KP1A 2V41A 2VCZA 3TB2A 1FAAA 3G7JA 1PKZA 4IQAA 3GIXA 4L0WA 1RK4A 4EO3A 3PH9A 4BWQA 3IAM2 1HYUA 5F8BA 2VM2A 3RPPA 4KAEA 3NOFA 5IOWA 4I2TA 3DD3A 4MP4A 10GSA 1XWKA 2AV4A 4MF6A 5IO2A 3KXOA 3APSA 4Q5RA 4EXJA 1Z7RA 2O89A 5D9XA 11GSA 1O85A 4OFTA 3TKPA 1M7TA 1OYJA 3M9JA 3IV4A 5J9CA 1TK8B 3HZ8A 3TJGA 2B6MA 2C3QA 3L9VA 1GP1A 1RW1A 3KIJA 4PGTA 2CZ3A 3WGEA 4L5LA 4RUVA 3FZ4A 1PGTA 5IIZA 2I9HA 1WP0A 5ECRB 2YN1A 4Q5NA 2PU9C 3UIWA 4IKHA 3DMLA 1FG4A 4ULXA 2IMKA 1GSDA 2LEGA 3CTFA 1TP9A 2NVLA 1ZYQB 5JCWA 4BL7A 4KUNA 2OKAA 2VCWA 1IYHA 1LU4A 1A0FA 1PSQA 1XW6A 1TK0B 1TRSA 3IK9A 3FRCA 2H0IA 1E2YA 4ZB9A 2H74A 2XHFA 5DAKB 1T00A 2DC5A 4MF7A 2RM5A 3D22A 1HD2A 2VLTA 1A2MA 1SK2A 2WGRA 4HI7A 1J08A 4MABA 3IHQA 2I3YA 5G30A 4MCUA 1B4PA 4OCEA 5G2ZA 4I97A 1DUGA 2ES7A 2NDOA 3ERWA 2GDRA 5JWOB 2ON5A 2CV4A 1F3BA 2ZUPA 4PQIA 5HR3A 2GT6A 5LCZA 2GS3A 3KGKA 4AGSA 1R5AA 2CQ9A 2HZEB 1R4WA 1VF2A 4G2EA 4NV2A 1B48A 1NSWA 1T4YA 4Q5FA 1SKWB 5ID2B 4HQZA 2L6CA 4TOPA 4PX1A 3F3QA 1V40A 3APOA 3O3TA 4IJ3A 3FZ5A 4JBBA 2DJ0A 1Q98A 1WMJA 5DAKA 3DVWA 3FW2A 4NWYA 6GSXA 5A4VA 1G6WA 2V6KA 2OJLA 1AXDA 4F2IA 1T1VA 2KHPA 2FWFA 4TR3A 1THOA 4K2DA 2GTUA 1K3YA 2WCIA 2B3SA 6GSYA 3GTUB 4IJIA 3O6TA 1HNCA 4I8BA 4G10A 3A2WA 4FH8A 3IC4A 1OAZA 5A5KA 2K9FA 1X9WB 3Q6OA 2PPTA 3CSIA 1S3CA 2C0EA 2HXKA 3TKSA 3VWVA 2HLSA 1DE2A 4O32A 2C4JA 3FZ9A 2JSZA 1Z3EA 3UJ1A 1PN9A 2WS2A 1KBNA 2AB6A 3IE3A 2HZEA 3UVTA 2WRTA 1TRVA 4XHMA 4KX4A 1B9YC 4YQMA 2LV3A 5ID2A 1H75A 2LJRA 1QGVA 3IBHA 4HU7A 1AIUA 3ISOA 2JSYA 4N0VA 2OE3A 4XS1A 5IO0A 3EC3A 1K0CA 4XRDA 2LJKA 4XS6A 1X5CA 5C04A 3RPNA 3EU3A 2JADA 4MZWA 2C3TA 4PURA 4L0UA 3F3RA 1X9MB 3VLNA 4JEDA 3SBCA 5D9TA 3QFAC 2Z9SA 4FIWA 4MK3A 5IMVA 3GTUA 2FA4A 3CSJA 4J56E 4WR5A 2PBJA 4QL7A 3L9SA 1T4ZA 3DVXA 1M0UA 1UA5A 2KUCA 2L5OA 5DJLA 4TN8A 1WWJA 1ML6A 5DVBA 2LRNA 4CHSA 1T7PB 3QAGA 2RIIA 1NHOA 1ZZYA 2EIQA 5EPFA 2E2GA 3GURA 3H8QA 4J57E 4WBJA 2VCTA 2CX3A 1Z7PA 1XW5A 2KOKA 3QCPA 1TOFA 3ZZXA 3C73A 2DJJA 5GSSA 3KTBA 4MH3A 3RHCA 2P5RA 5D9VA 2NPBA 2O7KA 4GLTA 1OC9B 1LJRA 5FWGA 5F07A 3G9BA 4ISDA 4MZCA 1JFUA 4LLRA 5LD0A 3L0HA 13GSA 3VPQA 4ZB8A 5FT3A 2BMXA 5DALB 1JLWA 5D73A 1JLVA 3HJOA 3LYPA 4LL4B 4IP6A 4KH7A 2FA8A 2I1UA 1O8WA 2YPMA 1FVKA 1QXHA 4TKYA 2H6XA 2L6DA 1O7UA 5F06A 1GTUA 1QFNA 2VCVA 4JR6A 4F0BA 2GVPA 5H5QA 4EUYA 2IPAA 4ID0A 1MEKA 4BVXA 1BJXA 1PX6A 4K8MA 2TRCP 3GV1A 4K6XA 1AW9A 1WIKA 4EDZA 5IQYA 1QUWA 2C3NA 2C8UA 2DJ2A 2K6VA 3FZAA 1XW9A 1XIYA 4IGJA 2FNOA 4NPBA 1OC9A 2IN3A 3BOAA 1YF1A 1EOHA 2CX4A 3TDGA 3UVHA 1XOBA 3F8UA 4ECCA 2XPDA 5DJMA 2FGXA 1I5GA 1SJIA 1M2AA 2V1MA 3HDCA 1XXUA 2DMLA 5ECNB 3W6GA 1JZOA 2HNLA 3FK8A 5HFKA 3A2VA 3TJJA 2YV9A 1USBA 1FVJA 4TXVA 3WT2A 3ZVJA 2LS5A 4EF0A 1WE0A 3ZMKA 3ZRDA 5ECQB 3DXBA 16GSA 4G19A 4N11A 1FHEA 5ECPB 2O8VB 3SWLA 4V2NA 3WD6A 4G9HA 3VWXA 2FUG2 3VURA 3D0ZA 2IMFA 2IL3A 1QQ2A 5CP1A 3C71A 2QC7A 3F63A 2YWIA 4N10A 3HJMA 3D21A 4ECIA 2X99A 4ZBAA 2H6ZA 4GQFA 3GH9A 2P5QA 3ZIVA 3PR8A 2VCXA 5KN0A 2VO4A 3HVSA 2PVQA 1Z6NA 2F3MA 1WPIA 1Y6EA 3UBLA 2YJ7A 5IPGA 2RM6A 2HRFA 1ABAA 2F51A 2LJAA 3VPTA 1GSSA 2GZYA 5GZZB 4L8EA 5JCUA 3CTGA 1KNGA 1XWGA 4EVMA 1Z6MA 4BVYA 4WEYA 3QPMA 1K0AA 2GSTA 5H5SA 4ILFA 14GSA 3N5OA 3E0UA 4JZQA 2X8GA 3WGXA 1BQ7A 3TUEA 5B6MA 2D2ZA 3CRUA 3KJYA 2JACA 3GYKA 3QAVA 1U3IA 2H72A 3LEFA 1GTAA 1THXA 3TCOA 3P2AA 3UAPA 1ACVA 2YZHA 3FKFA 4HZ4A 2HSYA 2K8VA 5G31A 2M80A 3GMFA 2VCQA 2X8CA 2NTOA 5E4WA 1O6JA 2LUSA 3OR5A 3VI7A 4RQXA 2J9HA 4POMA 3TKRA 1M2DA 2IIYA 2VOCA 1VRSD 4IW9A 5D8IA 5IMDA 1TDIA 4OWYA 1GTIA 1T8EB 4NHWA 2M46A 4MMMA 3GKMA 4IVFA 4RQRA 2AAWA 4DSRA 1MD3A 1ZCPA 4IN0A 1K0OA 1F3AA 1TI1A 1EP7A 3QAWA 5HFGA 1N8JA 1S3AA 3D6IA 3LYKA 1YDKA 2IFQB 4KNDA 4K9ZA 2RUEA 3FR9A 3EYTA 2TIRA 3FY7A 4WF5A 5J9BA 1PKWA 4K1FA 6GSWA 3UBKA 2WFCA 5ELGA 4IQ1A 1N2AA 2HE3A 1A2JA 1EGRA 4NXIA 3JCML 3GX0A 4EKZA 2WB9A 3QOUA 4LMWA 4ZILA 2P31A 4HZ2A 2PMTA 2PGTA 2R37A 3BCKA 5JCGA 9GSSA 1ZYEA 2BJXA 20GSA 3QFBC 1YQ1A 1ON4A 5HR2A 1Z9HA 2LQOA 2HT9A 4GSNA 2OBIA 1A8YA 2R6KA 4V2LA 4WETA 1M9AA 4WKWA 2LKUA 2MBSA 6GSSA 5A4WA 4FYCA 2MYGA 1SU9A 2CAQA 5A4UA 2B1KA 5GAPD 2IFQA 4EE0A 4I2UA 2VD1A 3US3A 3HD5A 5ECMB 3VWWA 1ERVA 1TTZA 4GF0A 1GTBA 5HQPA 2O87A 4FO5A 4CDOA 2LSTA 1OC3A 3FYGA 4RI6A 1TI3A 4NAXA 1M99A 4GXZA 3BD2A 3APQA 3HKRA 1EGOA 3UMAA 4ZB6A 1GNEA 3DKSA 2V32A 2PERA 1EZKA 3HA9A 3KTLA 4MDCA 1PX7A 3TRXA 1A8LA 1XWBA 3M3MA 3P7XA 4XCSA 3E9JB 2H8LA 1GWCA 1SK0A 1MDIA 2H76A 2K18A 4K7NA 4NV5A 3KEBA 4HDEA 3F4TA 3GUSA 3ERGA 3GFKA 3TJFA 1ZGNA 4JU5A 1YEXA 1J0FA 2FWHA 4KW6A 2G0FA 3LORA 3GHAA 4CW9A 1PMTA 3F4RA 1QMVA 2H01A 3V1WA 1A0RP 5EL8A 3RDWA 4EL1A 2GQMA 1A2LA 1G7EA 2CAIA 5HR0A 2N5AA 2DJKA 4O92A 3KH7A 3IR4A 4HOJA 1X5EA 3C7MA 4XRAA 2MMOA 3N9JA 4YAPA 1SYXA 2VD0A 2OBKA 2E2MA 2VUPA 3KP9A 4ZBBA 2X64A 1PD21 5DQYA 4KA0A 6GSVA 2A4VA 2VAFA 3GL5A 3ZREA 4WF4A 1F37A 1G6YA 4OD7A 5B7CA 1TRUA 5ECIB 3QD9A 1R5PA 2A2RA 1A24A 1V57A 2FY6A 1ERUA 3CYNA 3H93A 4YH2A 3LXTA 3ZMLA 4ZL9A 1VGLA 5ECLB 5E59A 2VLUA 3F4SA 2VL2C 4ZBDA 5H5RA 5CRWA 3KMOA 5ENUA 8GSSA 2RLIA 5AN1A 1K3LA 4ECJA 1XBSA 3GRXA 2B5XA 1TU8A 1XCCA 1GUMA 3LG6A 4F03A 4XTSA 2EIOA 1HQOA 5G5EA 5DCHA 1J9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FEU A;  1O8X A;  2EIR A;  3MIX A;  4OFN A;  4Z7X A;  3UL3 A;  1M9B A;  3LJR A;  2H71 A;  4RI7 A;  4MPF A;  2YP6 A;  4K5S A;  5AIS A;  1X0R A;  4MJE A;  2YWM A;  3L78 A;  5CRG A;  4MPG A;  4AJ7 A;  1YKA A;  4TR1 B;  1GL8 A;  4TVE A;  1B8X A;  2GSS A;  5D96 A;  4TRX A;  2GSQ A;  3HZ4 A;  1TJD A;  3FR6 A;  3TRQ A;  4KSO A;  1H4O A;  1MTC A;  4Q5Q A;  2B5E A;  5KN3 A;  4KDX A;  3GL3 A;  3HCZ A;  1UN2 A;  3FR3 A;  1XPV A;  3DWV A;  2B1L A;  1R26 A;  3A3T A;  3TOU A;  1EV9 A;  3ME8 A;  4XIH A;  3MDK A;  5HR1 A;  2PUK C;  5B6N A;  5DBQ A;  3GA4 A;  2H75 A;  2FCH A;  1BG5 A;  2CZ2 A;  3CQF A;  1V9W A;  18GS A;  3MAK A;  3M0F A;  5INY A;  4MJC A;  5EVO A;  2OAC A;  2F8A A;  2L4C A;  3IPZ A;  4TXO A;  5G5F A;  4Z2T A;  3IK7 A;  4OO4 A;  1XFL A;  3H4K A;  1PQN A;  5JWR B;  3TRP A;  3VWU A;  1AUC A;  4WBR D;  3CXG A;  3H1N A;  3I43 A;  5CYY A;  2FHE A;  3KZQ A;  3ZVJ D;  4H86 A;  5ECK B;  3EE2 A;  2MZC A;  5L71 A;  3S9F A;  4AJ6 A;  3VI5 A;  3D4M A;  4TR1 A;  4MJB A;  1SKS B;  3LWA A;  3J7Y b;  2DJ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2RLIA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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