2RM5A

Glutathione peroxidase-type tryparedoxin peroxidase, oxidized form
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
GMGSSIFDFEVLDADHKPYNLVQHKGSPLLIYNVASKCGYTKGGYETATTLYNKYKSQGFTVLAFPSNQFGGQEPGNEEEIKEFVCTKFKAEFPIMAKINVNGENAHPLYEYMKKTKPGILATKAIKWNFTSFLIDRDGVPVERFSPGASVKDIEEKLIPLLGSARL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a distinct catalytic mechanism in Trypanosoma brucei tryparedoxin peroxidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase-like protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei
total genus 38
structure length 167
sequence length 167
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2007-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2rm5A00
1TW9A 4PUFC 4X0XA 2H1BA 1XVWA 2HZEA 1GSSA 4PX1A 5DJLA 3TKSC 2GQKA 2I9HA 3Q19A 4EE0A 1J0FA 4HUAA 4NXIA 5DALA 3GSTA 4HJMA 2NBSA 5D9TA 5FT3A 2KLXA 3F4TA 1A23A 3GTUA 2OJLA 3H93A 1B9YC 1V9WA 3VI7A 4KE3A 2AYTA 3HHVA 4ZBAA 4WEYA 2FHEA 4ZL9A 2HZFA 4ECBA 1HD2A 2PBJA 3UVTA 2YN1A 1WMJA 3TJJA 1AQVA 3UVHA 4XRAA 2IMKA 1LJRA 2B5EA 3LG6A 2MMNA 1E2YA 2P5QA 3IK7A 4L5OA 5DAKA 2VOCA 2B6MA 2F8FA 4IQAA 1FW1A 3MWHA 2M80A 2YANA 3ZFLA 3TGZA 2XC2A 2RUEA 1TOFA 1BX9A 1GSYA 1O8XA 4N30A 3L0HA 3LEFA 1PQNA 2IL3A 3D6IA 3LORA 2DC5A 2VCTA 1M2DA 5ID2A 3LJRA 2OBKA 5IQYA 1NHOA 2XPEA 1AW9A 3P7XA 3CTFA 2JACA 4Q5FA 2GSRA 4K0NA 4EUYA 2KUCA 2IJYA 3KM6A 5G2ZA 5CYYA 4KA0A 2H72A 3ZIJA 4BWQA 3LXZA 3HZ8A 4PQIA 4MCUA 5D9XA 1PL2A 4IGJA 2AJQB 2XBQA 3VURA 3DEXA 2L4CA 6GSWA 2OACA 4O32A 3KH7A 1XWCA 3UMAA 1SJIA 2AHEA 1TXXA 1XOBA 3UJ1A 1EWXA 1QFNA 4RQXA 3ZIVA 2VD1A 2LJRA 3WGEA 2LRNA 2VCZA 5DQSA 4NV5A 5F05A 2C4JA 3ISOA 3F6DA 4F0CA 1SL1B 3LXTA 4YQMA 4GCIA 4QL7A 4GXZA 1GUKA 4OO4A 2N5AA 1XIYA 1AAZA 5G31A 3PGTA 4EKZA 3QFAC 3F8UA 4EDZA 2GZPA 3TOTA 4HU7A 1XWAA 2VCVA 2FY6A 3UL3A 1OE8A 4I5QA 1ZOFA 4LL1B 2JU5A 4IKHA 4NHZA 1ZL9A 4MMMA 2YWNA 3KTLA 5F0GA 5HFIA 1OAZA 1NM3A 1W89A 2GQLA 1GTAA 2YWMA 3HZ4A 1XPVA 4WR4A 3V1WA 1PKWA 1XCCA 2OKAA 3VWVA 3DXBA 3P90A 1SENA 4MH2A 5E4WA 1VF1A 5COHA 1S3AA 3FR3A 4FIWA 4ML1A 5IMZA 4CW9A 1V98A 1TRVA 4K9ZA 3TB2A 3HKRA 2K8VA 4MPGA 1KEBA 2JSZA 3VPTA 1PX6A 3LGCA 2HYXA 4WF5A 2HZEB 4MZCA 2F3MA 5J41A 2PPTA 4PGTA 5C04A 3ZVJD 1XWBA 4EO3A 3HVSA 2E2MA 5DALB 3TKSE 1YQ1A 2MMOA 1J08A 2WB9A 2TRCP 1F3BA 4TR4A 3ZREA 3TJKA 2YV7A 4XCSA 3HJMA 4ECJA 3GTUB 19GSA 4ULXA 4CDOA 5CRGA 2YJ7A 3GRXA 3M9JA 4KSOA 1SL2B 2R5GA 4GF0A 1XZOA 3C73A 5KN2A 1HYUA 3FYGA 3EE2A 1O6JA 3D21A 1Z5YE 4MJEA 2DSAA 5DBQA 2TIRA 5D9VA 1QQ2A 5JWQB 3CSHA 1EOHA 1VF2A 2N5BA 5GSSA 3H1NA 5ELAA 2B1KA 8GSSA 2VCWA 18GSA 5LNKe 2B1LA 4AJ8A 4ZL8A 4E8HA 2I3YA 1G0TA 1SYRA 2LV3A 2ON7A 4GRFA 4JR4A 5DAKB 3GFKA 3F3RA 1DUGA 4BPYA 3ME7A 3C8EA 1AIUA 2FNOA 3L9VA 2IMFA 3GH6A 1WRYA 4HI7A 1Q4JA 2FA8A 2WFCA 3UBKA 5KN1A 1GL8A 2GGTA 4OWYA 5ID2B 3FK8A 4KUNA 5JCUA 3IAS2 3ZITA 2AUVA 4POKA 1MDJA 2I1UA 2MZCA 1F9MA 4KX4A 4G2EA 2K8SA 4ECIA 4K6XA 2P5RA 1GSFA 1A24A 4HEA2 3HDCA 1SU9A 4FH8A 2L6DA 4IN0A 3IAM2 4IHUA 1A8YA 1LU4A 2VL2C 5D9WA 4I6XA 1AUCA 2D2ZA 5D93A 1NSWA 1U88A 2PVQA 1THXA 1AQWA 4O5RA 4DVCA 3GHAA 5JWRB 5HR1A 4TR1A 4MK3A 1F2EA 3RHBA 4X1UA 3EURA 4WF4A 5J9CA 4EL1A 4O92A 4TVEA 4MJBA 1PA3A 4AGSA 2CAIA 3UOMA 1A8LA 2O89A 4ID0A 2CX4A 2H6YA 4MP4A 5G5FA 3M8NA 4XHMA 1X5EA 1QXHA 3HY2A 2DLXA 5IO0A 3UARA 2L57A 4WR5A 4AJ6A 1R4WA 2CVBA 4WBRD 5DCHA 1YF1A 1GNWA 4KDYA 3C7MA 2YOIA 3G7IA 3QCPA 2FCHA 2CQ9A 1PN9A 1OC3A 1Q98A 3TKSA 3F6FA 2DIYA 3D22A 1SKWB 1KBNA 3QD9A 4ZB6A 3F3QA 4J2FA 3VWXA 3IOSA 2DJ1A 2H0GA 3PINA 1XW5A 1A2JA 3QPMA 1RK4A 3N9JA 1VGLA 4ZB8A 1TK0B 1YDKA 1GWCA 1JLVA 2DJ3A 3G7JA 1A0RP 3TJGA 2H75A 2LNSA 3GYKA 5E59A 3P2AA 4EDYA 20GSA 3UEMA 4JE1A 3DIEA 4WXTA 3TRXA 3L9UA 1YKAA 5CREA 4TXVA 3KTBA 3FR9A 2WRTA 1XFLA 1YJ6A 1URMA 2NVLA 13GSA 4IJIA 2O7KA 3GNJA 3E3EA 1PRXA 2BTOT 2LRTA 3IPZA 1BEDA 1S3CA 3QAVA 3M3MA 2QGVA 2EIRA 4PQHA 5ECRB 4MH3A 4PQ1A 1ABAA 5ECMB 1K0BA 1K0CA 1TU7A 1Z7PA 3LWAA 4L8EA 4HZ4A 5IMFA 4PXOA 3GURA 3IC4A 2PUKC 1DE1A 2GZZA 2LUSA 1GTBA 3CRUA 1KNGA 3US3A 1MD4A 1X5DA 2WS2A 5D73A 6GSVA 3M9KA 3Q6OA 2L5OA 1K0DA 5J5NA 3WD6A 3ERGA 2LSTA 3JCML 2LNTA 5ECHB 4RQRA 3TUEA 2DBCA 2A4VA 2F9SA 5B7CA 3TRPA 2JADA 4QL9A 4XIHA 4TR3A 1K0NA 3EWLA 4OMVA 4MJCA 5IPHA 1XWGA 4V1Ap 2YNXA 1U6TA 6GSUA 5IMVA 2GZYA 1JFUA 1OKTA 2PGTA 1M2AA 3M1GA 5ECQB 5ELGA 5FHIA 3APOA 3C71A 3LFLA 5CAXA 1B4PA 1FO5A 12GSA 4NWYA 1WIKA 3DYRA 1ZYQB 1USBA 4GQFA 5CO3A 3Q18A 5J4UA 1EV9A 2TRXA 1N2AA 2A2RA 3H8QA 1F37A 2KP1A 2KHPA 2HNLA 4XRDA 1F3AA 3KJYA 4FYUA 4NAXA 5H5RA 4LA1A 1X9SB 1JZDA 4K7OA 1ERWA 4E8EA 5GAPD 5KN0A 5ECOB 1OKDA 4KH7A 2Z9SA 2P0GA 2GT6A 1OC9A 1NW2A 5DQYA 1SJ6A 3DRNA 14GSA 3KIJA 4MLYA 4TR1B 2X8CA 2E7PA 1PD21 4BWSA 4POBA 4V2MA 4YH2A 2EIOA 3GKXA 2X99A 3QMXA 5IMAA 1GH2A 4MPFA 1VF3A 3TKRA 2GQMA 2WDUA 4PURA 4D73A 2H73A 1SKSB 4ZBDA 3QAGA 1SD8A 4K7IA 1Y6EA 1TRUA 3MSZA 3U5RE 4I97A 2EIQA 1C72A 1PMTA 1TI1A 4V2NA 2B3SA 4MA9A 2R6KA 2R2JA 2GT5A 2ES7A 3D5JA 1ERTA 1WJKA 5C00A 3CTGA 1SK2A 2GDRA 1ST9A 2LS5A 3L78A 2IN3A 3IA1A 2CX3A 2PERA 3EMPA 2GLRA 4KB3A 4RI7A 4QQ7A 4GWRA 3SWLA 3GX8A 4ISDA 1OE7A 1QK8A 1ZZYA 3CYNA 5H5QA 3IR4A 4IQ1A 3G7YA 5ECIB 3H4KA 1ACVA 4POMA 4G19A 4ZB9A 5HR3A 2H01A 3LQ7A 3GL5A 4I2UA 4CHSA 1T4ZA 3GL3A 2ON5A 3IK9A 2C8UA 1YEXA 4EXJA 3LYPA 1DE2A 2ZUPA 1JZWA 2B5XA 3KEBA 2IIYA 4HZ2A 4XTSA 1A2LA 2B5YA 3I43A 3VLNA 1KTEA 3KMOA 3IHQA 1GSQA 3W6GA 4BA7A 1X0RA 5ECPB 1T4YA 3TJFA 4G10A 1M9AA 1V58A 1T00A 2LQOA 4K7NA 1R7HA 4IP6A 4KCEA 4ILFA 1OC8A 2LJAA 2O8VB 1TI3A 1BAYA 1A0FA 2H0IA 2RUFA 1ILOA 1Z7RA 1YY7A 2WJUA 2REMA 3F0IA 2M72A 2H74A 4KCAA 3KCMA 2E2GA 2AAWA 2VCQA 5H5SA 1UA5A 2LRCA 2VL2A 2OE0A 3EMXA 3MNGA 3TDGA 4ZBBA 2VLUA 1WE0A 1NHYA 4HJ2A 2VLTA 4L0WA 5J9BA 3EU4A 1PL1A 1GUMA 1SK0A 4KW6A 3IXRA 3BBYA 2K18A 3P8WA 3W8JA 4KDUA 5CNWA 1K0MA 1M2BA 2RIIA 1S3DA 5L71A 3TJBA 4DEJA 4LL4B 5F07A 1G6WA 2PMTA 2CVDA 5GZZB 4YAVA 2I81A 2VM1A 1I9DA 3KD0A 2VLVA 1CQGA 1Y25A 2CV4A 4LMVA 4IJ3A 2WULA 3CSJA 1X9WB 4KGIA 1OC9B 1EEJA 3I6AA 3NIVA 2HFDA 2QC7A 3CBUA 1W4VA 4NHWA 4MF5A 2DJJA 5IMDA 1GLPA 1SJZA 2DIZA 5D96A 2JZRA 3TRQA 3WGDA 4N0ZA 16GSA 3WYWA 3EVIA 3WGXA 2MBSA 1MTCA 3GIXA 1QGVA 1WWJA 3F4RA 4IW9A 4D73B 3H79A 1TP9A 2VAFA 4TOPA 2F8AA 1GUHA 3FZ5A 1H75A 5AN1A 1ZCPA 3D0ZA 4FYBA 4JZQA 2VL9A 1IYIA 1RW1A 2AV4A 4KSMA 1OYJA 1SK1A 1FHEA 4NMUA 1V2AA 3ZMLA 1GSEA 1WPIA 3R2QA 1PKZA 1T1VA 2DJ0A 3FW2A 3U6VA 1GTUA 1X9MB 3L4NA 3QFBC 1WOUA 4POLA 22GSA 2J23A 3G9BA 4TN8A 3MDKA 1BJXA 4KDXA 1SL0B 4I2TA 2MMAA 3VK9A 3FZAA 1K3OA 3GN3A 3RPNA 1G7EA 5ECKB 3VWUA 5IMCA 2H0HA 3J7Yb 1B48A 2G2QA 1J9BA 4YQUA 2RLIA 2VL3A 1VRSD 1ZYEA 4XS4A 2KOKA 11GSA 2L6CA 1YF0A 3VPQA 3BD2A 1FB6A 2MYGA 4GQCA 4PUAA 3RPPA 3ZMKA 4XS1A 3W8SA 5ECLB 3RBTA 2PWJA 2GS3A 5B6MA 2XBIA 2IFQA 5KN3A 5F06A 3C1RA 1HNBA 2KP2A 3IDVA 3ZVJA 3GKNA 5GAND 3FEUA 2V1MA 4X43A 3O76A 5ABRA 1B4QA 1FAAA 5AIVA 3RDWA 4OO5A 2CAQA 3SBCA 5FWGA 3FY7A 1TDIA 1XOAA 5A4VA 2JZTA 3FKFA 4HQSA 4K1FA 3HVXA 5G5EA 4AF2A 1FVJA 3KH9A 3VI5A 3GMFA 4MZBA 5CRWA 2QSIA 3I9V2 5DCGA 4HS1A 5ECSA 3QOUA 3GUSA 3FR6A 3ZYWA 5HFGA 5JWOB 2OE3A 2I4AA 2YP6A 1I5GA 3NOFA 1A2MA 2HRFA 2LQQA 1MEKA 2DMMA 2RM5A 2FGXA 3ZFBA 1TK8B 4IELA 5B8BA 4EVMA 1G7OA 4TRXA 3QAWA 1T8EB 1PX7A 6GSXA 3PH9A 5KEJA 4NV2A 4ML6A 5EPFA 5EVOA 4J57E 3HD5A 5EL8A 3DD3A 1TKDB 3WT2A 2GVPA 3ERWA 1HNAA 2DJKA 1PGTA 1K0AA 1RQMA 1Z6NA 2MBTA 4HDEA 3L9SA 3A2VA 2C0EA 3F63A 1M9BA 1HNCA 4F82A 4HQZA 4JU5A 3J7Yk 1M99A 3IBHA 2BJXA 1XW6A 1ZMAA 2L4QA 4ECCA 4N10A 4JBBA 1BYEA 3BCIA 1IYHA 5LCZA 2PN8A 3GSSA 1XWKA 2YZUA 3DGQA 1EZKA 1FOVA 3ZZXA 1UC7A 3FZ4A 2C3TA 2H71A 1F6MC 2H6ZA 2F51A 4P3YB 1WP0A 2CZ3A 3C1SA 2K9FA 2YWIA 4NPBA 5LD0A 2H76A 4F2IA 4PNGA 1UVZA 2IPAA 1YKCA 4TXOA 1XXUA 2ZNMA 4DSSA 1GRXA 5JCWA 2LKUA 3KMNA 2V6KA 4MDCA 1GULA 3UAPA 1T3BA 4GSTA 4YAPA 5CRHA 5DVBA 5IOXA 3MAKA 3GH9A 2HLSA 4Q5NA 5IPGA 2V6OA 1X5CA 2B7JA 2IMIA 1THOA 3BOAA 1EP8A 2VM2A 3ME8A 4Q5QA 1FVKA 2L5LA 4MF7A 1O81A 3KXOA 3A5WA 2PU9C 3F4SA 2M46A 2C80A 2C3QA 4FYCA 2YV9A 4PNFA 1JLWA 2FWEA 9GSSA 3D4TA 1EGRA 1Z3EA 1ZGNA 1O7UA 3LYKA 3TKQA 4K2DA 2OA7A 4OFNA 1UN2A 1TJDA 2FWFA 4RI6A 3HVVA 1MD3A 4XS4B 2HT9A 1M0UA 4JR6A 2JL4A 4GSNA 2VCXA 7GSSA 3GV1A 3OR5A 2V41A 1TRSA 2C0FA 2R3XA 3E9JB 2FWGA 1MDKA 1PSQA 4IP1A 2IFQB 3TOUA 2RM6A 2G0FA 1VF4A 2A2SA 2HI7A 3ED3A 4EF0A 4Q5RA 1AC1A 4Z7XA 2XHFA 1T7PB 3O6TA 1OVNA 3RHCA 1SYXA 1U3IA 2PVOC 4WETA 4MZWA 2LTKA 1DBYA 2H1GA 1TU8A 2O85A 1B8XA 2C0GA 1YEPA 3HXSA 4V2LA 2H1AA 1O73A 2AB6A 2ALBA 1JZOA 3APQA 1ERVA 3RAZA 3A3TA 1GSDA 1TTZA 1FB0A 2H8LA 3ZRDA 3A2WA 3FHKA 4V1Ag 5G30A 5GSTA 1XBSA 4O7HA 2B7KA 2HXKA 2K6VA 2HSHA 2XPDA 3D4MA 4JEDA 2IMEA 2CZ2A 2QKEA 2CA8A 2EC4A 3LSZA 5A4UA 3CRTA 2H70A 2P31A 2JZSA 6GSSA 2HRNA 4IVFA 1XVQA 2VD0A 5EY6A 3F9UA 3GA4A 2FD3A 4OFMA 2WCIA 2LEGA 4L5LA 4BVYA 1SD9A 4JRRA 3BJ5A 1GP1A 4F0BA 5G1LA 2GSSA 1FG4A 4TR0A 1K3LA 3CXGA 3EINA 2VO4A 1TK5B 4ZL7A 3DKSA 3CSIA 5A4WA 4N0VA 4FO5A 1ON4A 3O3TA 2YZHA 3DWVA 1EGOA 10GSA 1Z6MA 2H6XA 1M7TA 3KP8A 3GKKA 3FZ9A 2HSYA 2IMDA 4OFTA 2H66A 2E0QA 1GLQA 3EU3A 1EV4A 4MJAA 2H19A 3ZLPA 5ECNB 1Z9HA 5IOWA 1HQOA 4BVXA 2FLSA 5B8AA 4F03A 3KGKA 3UBLA 1QUWA 3I69A 1YZXA 2DMLA 3ZTLA 3HJOA 4TKYA 4HU9A 3A2XA 4TXOB 4ZIJA 4OD7A 4DSSB 1R5AA 4YQVA 5INYA 4H86A 2FUG2 1B9XC 2FWHA 4WBJA 3EC3A 5JCGA 3EYTA 4I8BA 5DJMA 1O8WA 1BQ7A 3HJPA 5B6NA 2GTUA 5IIZA 2OBIA 1G6YA 4J56E 4OCFA 3KP9A 1GNEA 2YWOA 3QDNA 4G9HA 2V32A 5HR2A 3BCKA 3APSA 3QR6A 2X8HA 5IO2A 17GSA 1E6BA 4N11A 2V2GA 2YJHA 3TKPA 3IE3A 3TCOA 3IRAA 4ZILA 3WT1A 5CRDA 3FRCA 2VUPA 5A5KA 4GSSA 5G1KA 5AIXA 4GLTA 4IS0A 4MABA 2FA4A 4KAEA 2YCDA 2MMZA 3PR8A 2OE1A 1DSBA 1QMVA 2NPBA 1CQHA 2YPMA 1AXDA 5J3RA 1K3YA 3ZL5A 1V57A 5DDLA 2HE3A 3K8NA 2ZCTA 3E0UA 3M0FA 2GSTA 4EC0A 2C3NA 3HA9A 2GSQA 4DSQA 4RUVA 1TRWA 1XW9A 3HCZA 3ERFA 1JHBA 5HQPA 1O85A 2NTOA 4L0UA 4XS6A 2LJKA 3N5OA 2J9HA 1ML6A 1JZRA 2O87A 2WGRA 1AQXA 2BMXA 6GSTA 5HFKA 2NDOA 1R26A 5IM9A 1EP7A 4GTUA 3NZNA 3DMLA 4WKWA 1U3AA 3S9FA 3IV4A 4HOJA 3GKMA 3AY8A 5AISA 3DVWA 1H4OA 2H30A 1EEMA 5CP1A 4AJ7A 3CMIA 4K8MA 2N5FA 3GX0A 2X64A 1GTIA 1N8JA 2IWTA 1MDIA 5HR0A 2CT6A 2R37A 2R4VA 4ZXGA 2L59A 3VWWA 5AGYA 4BL7A 5D8IA 3UIWA 2X8GA 2C1YA 4F9ZA 2JSYA 3VFIA 5ENUA 4LLRA 3Q74A 4KNDA 4ACSA 1EOGA 1GSUA 2CVKA 1U87A 3KZQA 4IBPA 4DSRA 1R5PA 4MF6A 2VIMA 1ERUA 2WZ9A 2H1DA 1K0OA 2DJ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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