2RM5A

Glutathione peroxidase-type tryparedoxin peroxidase, oxidized form
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
GMGSSIFDFEVLDADHKPYNLVQHKGSPLLIYNVASKCGYTKGGYETATTLYNKYKSQGFTVLAFPSNQFGGQEPGNEEEIKEFVCTKFKAEFPIMAKINVNGENAHPLYEYMKKTKPGILATKAIKWNFTSFLIDRDGVPVERFSPGASVKDIEEKLIPLLGSARL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a distinct catalytic mechanism in Trypanosoma brucei tryparedoxin peroxidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase-like protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei
total genus 38
structure length 167
sequence length 167
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2007-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2rm5A00
2LQQA 4POMA 1XVQA 4AGSA 3IAS2 2X8GA 3VPQA 1AC1A 2C8UA 3F4RA 4KDUA 1K0DA 2K9FA 3UVTA 3M3MA 1HNBA 4NXIA 1SK1A 4MPFA 4FYCA 1X9MB 1NW2A 2YWNA 6GSSA 4F2IA 4TRXA 1VF1A 2GZZA 5ECLB 4XHMA 2PVQA 5ECQB 3CRUA 4MPGA 1XPVA 3F3QA 4ZBBA 4K0GA 2YOIA 5JCUA 5C04A 1T1VA 2LRTA 2AHEA 1GSEA 3IHQA 5G30A 5JCWA 1UA5A 1M2DA 4XS4B 4MF7A 3FKFA 1ZYEA 2LNSA 2VL9A 2H74A 2KLXA 5DAKA 3CTFA 5B6NA 3IOSA 3LFLA 3F9UA 4PNGA 2VL2A 4WR4A 2OKAA 3RPPA 2C80A 3RHCA 4HZ4A 3HY2A 1QXHA 2GSRA 1YJ6A 2H75A 2JSZA 2AAWA 2I81A 3DMLA 2FNOA 1WJKA 3GX8A 1ILOA 3US3A 2YWIA 2NDOA 4ZL7A 3UJ1A 1WP0A 2E2GA 2YANA 4X1UA 3TJJA 2L4QA 3KGKA 1TI3A 3NZNA 1A0FA 3ZMLA 3TCOA 4IP6A 1K3OA 1XWKA 3L0HA 2F3MA 2IFQB 4BWQA 1YDKA 4EE0A 1IYHA 4K1FA 1A8LA 2P5RA 3WT2A 4EKZA 2C0DA 4LL4B 5D9TA 4L5LA 5DJLA 1XWAA 2C0FA 3GKKA 1ON4A 1YZXA 3DEXA 2NVLA 4MF6A 3TJGA 1T4YA 4MH2A 3D6IA 1T7PB 1N8JA 3GKNA 5DCHA 3HA9A 1ZOFA 5ECHB 1HYUA 1A2MA 1XWCA 4MA9A 1GSFA 1TDIA 4MJBA 1SL1B 4BPYA 4TW5A 2DJ3A 5COHA 2YWOA 2TIRA 1K0OA 1GTUA 2B6MA 2I4AA 3HCZA 5J3RA 2N5AA 2V1MA 1DUGA 1YEXA 5IMAA 4AF2A 4K2DA 1SK0A 4NHZA 2JL4A 20GSA 2J9HA 4WEYA 3RAZA 1GNWA 2L4CA 3VWUA 1GP1A 1EP7A 4MMMA 5JCGA 1R7HA 3TJBA 4PNFA 1OAZA 2H6ZA 2HRNA 3L9VA 3OR5A 2YPMA 4MH3A 2PU9C 5IPGA 4QL9A 4KSMA 2DJKA 1HD2A 3ZIJA 4PURA 4CDOA 3W8SA 4ZL9A 3HZ4A 4I5QA 1R26A 4KH7A 4ZB9A 3KZQA 2R3XA 4KDYA 5CP1A 4ZILA 3QDNA 1BX9A 5CREA 4PUFC 4MABA 4TXVA 1KTEA 2GTUA 3VPTA 1ERWA 3FZ5A 1YKCA 4EDYA 3H79A 2GZPA 1UVZA 9GSSA 1EZKA 4QL7A 1JLWA 2AB6A 4MZWA 3TKSE 2HLSA 2LJKA 2FWGA 1B4QA 3F63A 4XRDA 2VOCA 1TKDB 3M9KA 1EV4A 3VI7A 2VCXA 1K0BA 4F9ZA 4MJEA 3GH9A 1C72A 4V2MA 1U88A 1LU4A 1Z6NA 3IE3A 1XVWA 2GSQA 4GTUA 2BTOT 2IMFA 5KEJA 3ERFA 4OO4A 4N11A 3FZ9A 4JRRA 3UAPA 1F9MA 4RQRA 2F51A 1O6JA 4Q5QA 1OC9A 2FHEA 2E0QA 3FEUA 2MMZA 1JFUA 1IYIA 2GZYA 4YH2A 1YF1A 4PXOA 2X8HA 2LTKA 5KN3A 4LMVA 4Q5RA 1S3AA 2R5GA 4IHUA 4X0XA 4ZBDA 5KN0A 2I3YA 3TJFA 4DSSA 4KUNA 4ILFA 1GSQA 1B4PA 1OVNA 4PGTA 2GQLA 4KAEA 3MDKA 1Z9HA 4IS0A 3AY8A 1N2AA 5CRGA 1Z3EA 4V1Ag 1SKSB 3GHAA 4HQSA 5D8IA 4OCEA 4J56E 5JWOB 1F3AA 2F8FA 1ACVA 2EC4A 3DGQA 4NPBA 2WCIA 2XBQA 2LJAA 4FH8A 4TKYA 1WIKA 2B5EA 1TOFA 5DALB 5EVOA 5J9BA 1W4VA 4HU7A 4IQAA 3IDVA 4FO5A 2A2SA 4RQXA 1YY7A 4WR5A 5E4WA 3IXRA 2MBTA 3D4TA 5CYYA 5H5QA 2L5LA 2ES7A 3KCMA 2CVDA 2GSSA 2KOKA 2VCVA 1GSYA 2IIYA 5FT3A 5IO2A 1NSWA 5CRDA 2JSYA 3JCML 2VM1A 4K8MA 1THOA 4OWYA 5H5SA 2VL2C 1J08A 2HE3A 4ULXA 2PN8A 2ZNMA 3G7IA 1ZYQB 1EGRA 3GL3A 4N30A 5LD0A 3CBUA 4IJ3A 3M0FA 2F8AA 1ERVA 4DSRA 1I5GA 1JZDA 3IBHA 3TJKA 1PL2A 3I6AA 2PERA 1K0MA 1SU9A 3BCKA 3M8NA 4JZQA 4RUVA 5JWQB 1M2AA 3DKSA 1WMJA 3G9BA 4NAXA 2OJLA 3C1RA 3RHBA 1FW1A 5D9WA 1FOVA 1YKAA 4TOPA 2FY6A 1XW5A 1A0RP 3HJOA 3GFKA 1ZMAA 4HOJA 2QC7A 3Q6OA 4MP4A 1AIUA 2V41A 1OKTA 1V40A 3KIJA 2C4JA 2YP6A 2IMIA 4H86A 3WD6A 2KHPA 2YV9A 3QD9A 2QSIA 3ZLPA 2VCQA 1BG5A 3H93A 3LGCA 4MJAA 1TI1A 1ST9A 1G6WA 3DXBA 3ZVJA 1OE8A 4IW9A 5ELGA 4ZB8A 2HSYA 10GSA 1V57A 22GSA 4ECBA 2IFQA 5LNKe 3WGDA 1KBNA 3HYPA 1T3BA 14GSA 3IC4A 5HFIA 1SKWB 5CO3A 3HD5A 1ZL9A 1ERUA 1NHYA 2I9HA 3VWVA 1OC8A 1F3BA 4JR4A 1U3IA 3CRTA 4TXOB 1PD21 2X99A 2IMEA 1FVKA 2CAIA 2B1LA 2FUG2 3VFIA 3GL5A 3QR6A 3ME8A 3MWHA 2GVPA 5L71A 4O5RA 4CW9A 2XBIA 2VLVA 2O85A 5ECRB 4BVYA 4I8BA 1M0UA 5J41A 4HJMA 3EINA 4ECIA 2XPDA 5IO0A 3QPMA 3DVXA 5G31A 4MZCA 2HFDA 1GNEA 1GL8A 3Q18A 3PH9A 3TRPA 3UIWA 2M80A 3GTUB 4N10A 2XC2A 3KD0A 3IRAA 1X5CA 4K9ZA 1TRVA 3EC3A 5G5EA 2YWMA 5D96A 4JBBA 3DD3A 3KH7A 5DBQA 4YQUA 4HZ2A 2JZTA 5IMZA 2B1KA 2GT6A 2VCWA 2JU5A 2X64A 3QFAC 3E3EA 3QOUA 1AW9A 2MBSA 2K8VA 1Z7PA 2GS3A 1YQ1A 3HKRA 4HJ2A 3DIEA 3UVHA 2H6YA 2GSTA 3A3TA 4N0ZA 1VF2A 4I6XA 4K7OA 1B9XC 1CQHA 2B3SA 1UC7A 4OO5A 2K6VA 3D22A 5C00A 3EU4A 1MDKA 12GSA 3WT1A 3IK7A 5G1LA 1O7UA 1XWGA 4IVFA 2VIMA 1VRSD 1CQGA 2P5QA 4WF5A 2VLUA 1PX6A 1O8XA 2CX3A 1WPIA 2KP2A 3KP8A 3QAWA 5DQSA 3M9JA 4JR6A 3FR6A 5KN2A 1SKRB 4PQ1A 1URMA 1WE0A 2LUSA 3LSZA 4OFTA 4GF0A 3FZ4A 5IIZA 2M72A 1GTIA 3RDWA 4KW6A 2K18A 4KCAA 4LMWA 2TRXA 4K6XA 4NV5A 1TW9A 5KN1A 2FLSA 5A4WA 3EE2A 4CHSA 3FK8A 4RI6A 3VWXA 3FZAA 2CAQA 4MLYA 4BL7A 3E9JB 2OACA 3MNGA 4IBPA 3LXTA 4EF0A 3CTGA 2IMDA 5CRHA 2H0HA 2A4VA 2H70A 4FIWA 4MCUA 1GWCA 1M99A 2E2MA 4Q5NA 4F0CA 3LYKA 4G2EA 1AQVA 5A4UA 4PX1A 3GYKA 2H76A 5J5NA 2V32A 3VI5A 3PINA 1THXA 3EVIA 5F05A 1Q4JA 2MMAA 5ECPB 1HNAA 1EWXA 3F8UA 1FHEA 3HVSA 3CMIA 4DVCA 2YZUA 4J57E 2MMOA 3FW2A 5A5KA 1QK8A 2RLIA 4I2TA 2HZFA 2ON5A 2DJ0A 5ECMB 1Z6MA 1USBA 1O81A 2GDRA 1X9WB 4MDCA 1TXXA 2C0GA 1HNCA 3E0UA 4LLRA 1GLQA 2H0GA 2JZRA 3A2VA 4TR1A 5CAXA 3RPNA 3HVVA 2WZ9A 2PGTA 4KE3A 3ME7A 2OADA 5B7CA 1BEDA 4KA0A 2OA7A 2AV4A 2PUKC 3UMAA 1QMVA 11GSA 3KP9A 1GULA 3DWVA 1MDIA 1XW9A 2P0GA 3EWLA 4HU9A 4MZBA 3BJ5A 3W8JA 2LV3A 3PR8A 2NBSA 3Q19A 3TDGA 5INYA 3ERGA 3I69A 1GTAA 5DAKB 3D5JA 2EIQA 3LORA 1MD4A 5AIVA 1Z5YE 3UEMA 1G0TA 3FY7A 2I1UA 3ZIVA 2OBKA 1AQXA 2G0FA 3QAVA 2HI7A 1QFNA 1TJDA 2CQ9A 1Q98A 4TR0A 4OD7A 2Z9SA 5G2ZA 4ACSA 2C0EA 3KMOA 2CV4A 1KEBA 3QAGA 2V2GA 4WKWA 4MK3A 2MYGA 1YEPA 2VLTA 4ID0A 1U3AA 3O76A 4Q5FA 1OE7A 2V6OA 2H30A 2C3NA 2H1DA 3K8NA 1XXUA 4TXOA 3QMXA 5JWRB 3LEFA 4ZL8A 2FA4A 2AUVA 4V1Ap 2N5FA 1OKDA 2YJHA 3U5RE 2F9SA 2QGVA 3ZRDA 2WRTA 1XWBA 4WXTA 3HDCA 3P90A 1SYXA 1ABAA 2FWFA 1G7EA 4XIHA 2DBCA 3UOMA 1UN2A 3RBTA 2LQOA 2OE3A 3ISOA 1ZGNA 5HR3A 4F03A 5ECNB 1PL1A 1TRSA 3GSTA 4TN8A 3VLNA 1QUWA 3GTUA 3L4NA 4Z7XA 2IJYA 1VF3A 3GIXA 5IOWA 4JEDA 4BA7A 1EOHA 5ID2B 4NMUA 3IK9A 4YQMA 5IMFA 3V1WA 2NTOA 2IWTA 3J7Yk 19GSA 5D73A 2LRCA 4PQHA 3GURA 4TR3A 4EO3A 4XS4A 4JE1A 6GSTA 2AYTA 1TU7A 3C73A 3VK9A 3WGXA 1F37A 2XHFA 3APQA 4ZXGA 2CZ3A 1FB0A 1BQ7A 4LA1A 1V58A 5J4UA 4V2LA 6GSWA 4NV2A 5AIXA 3BBYA 1EEJA 2ON7A 2O7KA 3GX0A 3I9V2 2GT5A 4OFNA 5EL8A 4WBRD 1QGVA 5ELAA 1MTCA 4G9HA 1DE2A 4EDZA 2KUCA 2O8VB 5CNWA 1O85A 4IELA 2DJ2A 5A4VA 2VL3A 3P7XA 3WGEA 5HR0A 2FGXA 3EMPA 1A2JA 4GSTA 4POKA 4EUYA 3BD2A 3LJRA 1GH2A 3TRXA 3GV1A 4MF5A 3BOAA 3ZZXA 2A2RA 4I97A 4FYBA 2H73A 4HS1A 2IN3A 4JU5A 1T8EB 4GSSA 4OFMA 5E59A 4PUAA 1OC9B 2L57A 3BCIA 3TRQA 4IJIA 4K0NA 1GSSA 1FG4A 4O7HA 2WB9A 1V2AA 1FAAA 2LRNA 2L5OA 5HFGA 2P31A 2DIYA 2CX4A 2H71A 5F0GA 2FD3A 3HVXA 3MAKA 6GSVA 2O89A 2HYXA 5GZZB 6GSUA 3G7JA 4DSSB 2GQKA 4D73B 2VM2A 4ECJA 4XTSA 2C1YA 1U87A 1PMTA 1RW1A 3FHKA 2JZSA 2DJ1A 3U6VA 5FWGA 4ZIJA 2VAFA 5AGYA 4K7NA 2B7JA 1S3CA 2D2ZA 2CVKA 1SYRA 5B6MA 2VCTA 2RIIA 2JACA 4GXZA 1SD8A 1WRYA 3LQ7A 5D9XA 5IMDA 1PN9A 4HI7A 2DC5A 4XCSA 4OCFA 3L9SA 1TRWA 2G2QA 1G6YA 1YF0A 1MD3A 2O87A 4HUAA 3W6GA 3D0ZA 1M9AA 1ZCPA 3SWLA 2OE1A 2R4VA 4O92A 3KJYA 1DSBA 3KXOA 1RQMA 1K3YA 3GA4A 1DBYA 2WS2A 3HJPA 1WOUA 1F2EA 3ERWA 1AAZA 3F0IA 5GAPD 5F8BA 1GSDA 5DVBA 4XS1A 4ISDA 5HFKA 5EY6A 7GSSA 1SL0B 3A5WA 5D9VA 3H8QA 4GQCA 1JZRA 2WJUA 1R5AA 2EIOA 1XBSA 2IL3A 1K3LA 4GWRA 3GRXA 4O32A 1JLVA 4F0BA 4BWSA 2LNTA 1BJXA 3S9FA 3CSHA 3DYRA 2X8CA 1M2BA 2RM5A 5IMVA 5F06A 2RUFA 5D93A 3ZITA 3TGZA 2B5XA 3TKPA 5B8BA 2J23A 4GLTA 6GSYA 3NIVA 1MDJA 2GLRA 1EV9A 3C1SA 4KDXA 2YJ7A 1X5DA 1XOAA 5DDLA 4KX4A 4KB3A 2K8SA 4GRFA 1PX7A 4XRAA 4EVMA 2R6KA 1RK4A 3O6TA 1J9BA 1XFLA 3GMFA 3IPZA 4DEJA 1SD9A 1V9WA 4KSOA 2HT9A 3R2QA 3UBLA 4K7IA 1W89A 2TRCP 1A2LA 3ZFLA 2BMXA 2DMMA 1PKZA 3KTLA 3UBKA 3GH6A 2CZ2A 3ZYWA 1H75A 3TKRA 4EC0A 2LEGA 3C71A 3GKXA 1OYJA 4AJ7A 5GAND 2WGRA 3QFBC 1XZOA 5G1KA 2L59A 1BYEA 2HZEB 4MJCA 2RM6A 6GSXA 2KP1A 4YAVA 1JZOA 3PGTA 5DALA 2BJXA 1Z7RA 2RUEA 4GQFA 3NOFA 5J9CA 2PVOC 3ZREA 4PQIA 3H1NA 3F4SA 1WWJA 3WYWA 3EURA 17GSA 3FRCA 4OMVA 2H01A 1PSQA 4WETA 8GSSA 1T00A 3VWWA 2DLXA 1J0FA 2QKEA 3FR3A 2H8LA 2B7KA 1ZZYA 2HNLA 1K0AA 5HR1A 3IAM2 5F07A 2NPBA 3F6DA 1TU8A 3ZTLA 1PA3A 2MMNA 3L9UA 4E8HA 1NHOA 3GSSA 1GRXA 1PRXA 5ID2A 16GSA 3UARA 3N9JA 4AJ8A 1EP8A 2WFCA 3CYNA 3A2XA 1T4ZA 2DSAA 5IM9A 2REMA 2EIRA 3KM6A 2XPEA 5FHIA 3DRNA 2FWEA 1O73A 2YCDA 2ZCTA 3APOA 3IV4A 4YAPA 2VD1A 3UL3A 18GSA 4WF4A 2M46A 2N5BA 1GSUA 1EGOA 3N5OA 4QQ7A 5ENUA 1X9SB 4NWYA 1XCCA 2HRFA 1K0NA 1X0RA 2C3TA 1EEMA 2MZCA 2GGTA 1PKWA 1PGTA 3G7YA 3F4TA 4KGIA 3FYGA 4XS6A 5DCGA 3CXGA 5GSTA 2H6XA 1TK0B 3TKSC 3L78A 3M1GA 2FWHA 4IN0A 1SK2A 2H66A 3APSA 2HXKA 1XOBA 4X43A 2ALBA 3GKMA 1R5PA 3TOUA 1A23A 5AN1A 1TP9A 3HZ8A 1O8WA 3LWAA 3TOTA 1E6BA 1GLPA 1BAYA 1FB6A 4TVEA 1SJZA 3F6FA 5H5RA 1GTBA 2L6DA 1H4OA 1TRUA 2H1GA 3MSZA 1A24A 1XIYA 4FYUA 1Y6EA 3QCPA 5IOXA 4AJ6A 4YQVA 3A2WA 1E2YA 2H0IA 2YZHA 4D73A 1VGLA 1GUHA 1NM3A 3ED3A 2H72A 1VF4A 2IPAA 3J7Yb 1LJRA 2DJJA 1PQNA 2LS5A 3EYTA 2JADA 3H4KA 3D21A 3GUSA 1X5EA 3LG6A 1I9DA 1AXDA 1GUKA 5DJMA 1SJ6A 2VUPA 2YN1A 3DVWA 4GCIA 2C3QA 4L0UA 4KNDA 5LCZA 2HSHA 3IR4A 4HDEA 1K0CA 4BVXA 1B9YC 3P8WA 1S3DA 4WBJA 2H1BA 3D4MA 3EMXA 1JZWA 3LXZA 5EPFA 5IMCA 3GNJA 4ML6A 3SBCA 5ECIB 4G19A 5HQPA 3HHVA 1V98A 2VCZA 4KCEA 1EOGA 1TK5B 1FVJA 2DIZA 3IA1A 1TK8B 4IGJA 4E8EA 2R2JA 2L6CA 4ECCA 2OE0A 3VURA 4IQ1A 2PBJA 2VO4A 2H1AA 3HJMA 1LBKA 1GUMA 4TR1B 2PPTA 1F6MC 1R4WA 4RI7A 2LSTA 4HQZA 5DQYA 1AQWA 2YNXA 3F3RA 3P2AA 3KMNA 3Q74A 2PMTA 2GQMA 4POBA 1Y25A 1SENA 13GSA 4IKHA 1TTZA 5HR2A 4HEA2 1M9BA 4DSQA 5B8AA 5ECSA 3KH9A 2E7PA 3I43A 3C7MA 3TB2A 1FO5A 3FR9A 1B8XA 1AUCA 2FCHA 1DE1A 2R37A 3O3TA 4IP1A 3ZL5A 2ZUPA 3KEBA 3ZMKA 4I2UA 4ZB6A 3LYPA 4POLA 3TUEA 3ZFBA 1SJIA 4GSNA 3TKQA 2AJQB 3TKSA 5CRWA 4F82A 4ML1A 4G10A 4L0WA 1M7TA 2B5YA 1MEKA 2DMLA 2CT6A 1HQOA 3EU3A 5IPHA 4L5OA 2YV7A 4P3YB 4EXJA 2PWJA 2CVBA 5ECOB 1KNGA 2H19A 2OBIA 5ECKB 2HZEA 1ERTA 3ZVJD 5AISA 5G5FA 4N0VA 1OC3A 1XW6A 3HXSA 1G7OA 2FA8A 3CSIA 2V6KA 5IQYA 5GSSA 1ML6A 4J2FA 4ZBAA 4NHWA 5ABRA 1A8YA 2VD0A 2WDUA 4V2NA 3C8EA 4LL1B 3GN3A 2LKUA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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