2RUFA

Solution structure of the a' domain of thermophilic fungal protein disulfide (reduced form, 303k)
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
GPLGSEGPVTVVVAKNYNEIVLDDTKDVLIEFYAPWCGHCKALAPKYEELGALYAKSEFKDRVVIAKVDATANDVPDEIQGFPTIKLYPAGAKGQPVTYSGSRTVEDLIKFIAENGKYKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Redox-coupled structural changes of the catalytic a' domain of protein disulfide isomerase
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Humicola insolens
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
total genus 22
structure length 121
sequence length 121
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2014-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2rufA00
3DD3A 4JRRA 3TKQA 2GQLA 3TJGA 1MDIA 5D8IA 4V1Ag 3ZVJA 2YP6A 1F3AA 2L5LA 3KP9A 3GKNA 2CA8A 2YJHA 2MBTA 5DCHA 5KN3A 1G0TA 2ON5A 3US3A 18GSA 3GH6A 1J08A 4L5LA 3S9FA 2DSAA 3HJMA 2HT9A 4DSSB 2RM5A 1JZDA 5EVOA 3GNJA 1G6WA 1N2AA 3TRXA 1NHYA 2JSZA 4GQCA 3HVVA 4KA0A 2LEGA 2PVQA 2R2JA 3EWLA 3IDVA 3VPTA 1PQNA 5ECSA 3GURA 3RBTA 2PPTA 1N8JA 3ERWA 2XBQA 3A2WA 1QUWA 1SJZA 5IOWA 5ENUA 1TK5B 4L5OA 1ERUA 1F3BA 1B9YC 3RPNA 5HR1A 4GWRA 2GT5A 1H4OA 4IKHA 4GCIA 6GSTA 2KHPA 4ZILA 2HSYA 4XS1A 4BPYA 4QQ7A 2FCHA 3GA4A 4ZB8A 3JCML 5EY6A 3CRTA 2HZEA 4RQXA 1TOFA 2GQMA 4KAEA 3D4TA 5CRGA 2I81A 2YZHA 4AJ8A 3EU3A 3AY8A 1FVKA 3I69A 3M9KA 5F07A 2RUEA 4MJCA 2KP2A 1NM3A 3ZREA 4IP1A 3WGDA 2MMZA 2N5FA 3BCKA 2VCVA 2FWEA 5IO0A 5ECPB 3UIWA 4TR4A 4AGSA 1PA3A 4F2IA 2BJXA 1Z5YE 3CXGA 3DWVA 1DSBA 1O8WA 3LSZA 1ML6A 1NSWA 4J56E 1K0CA 4KUNA 5DQSA 3QFBC 4FYCA 2FY6A 3GSTA 4DSSA 1A0RP 2JL4A 1X9SB 2LUSA 4ZB6A 1JZWA 3KXOA 3M0FA 1GUKA 1T1VA 1U3IA 3L78A 4HZ2A 3SBCA 2LTKA 3UL3A 3VK9A 1XBSA 5IOXA 2VO4A 3DRNA 5ECIB 1XWGA 2FGXA 3HZ4A 2CX4A 5J9BA 1A8YA 3TJFA 3A5WA 5J41A 3APOA 3VI5A 2B5YA 1GTBA 3G9BA 3KM6A 2NBSA 3DXBA 4AJ7A 3U5RE 3SWLA 1HQOA 1TXXA 5ABRA 3LQ7A 2DJKA 3DVWA 3TKPA 3VWVA 1VF4A 2OADA 4YQMA 1KBNA 1HNAA 1THXA 4HJMA 5ECOB 1TI1A 2PU9C 4QL9A 1K0DA 1GNWA 2H1BA 4F82A 1OVNA 4YAPA 3GMFA 3UAPA 2MMNA 1QGVA 5HFIA 1MDKA 1YKAA 1O7UA 4K0GA 4J57E 5AN1A 2TIRA 2YNXA 3PH9A 5ELGA 3C1SA 4ISDA 1DE2A 1LU4A 2FNOA 4BVXA 1DUGA 2AAWA 2PN8A 3CSHA 1VF3A 4IJ3A 5FHIA 1GSEA 1USBA 3ZFLA 5DALB 3TKSE 3I6AA 1OKTA 2WDUA 3HHVA 2CVDA 2WULA 5G5EA 2O8VB 4WF5A 1PSQA 1JLWA 2V32A 4K0NA 2JZRA 5D9VA 5HR2A 2M80A 5D73A 1GSYA 2VCQA 1SK0A 3O76A 3HDCA 5KEJA 4OO4A 4ACSA 1X0RA 3A2VA 5FWGA 2I3YA 3KIJA 2DMLA 2V6OA 4KSOA 4G10A 4EDYA 1PMTA 4PGTA 1QK8A 1F2EA 5IO2A 3HYPA 2KUCA 3V1WA 1TJDA 2RM6A 4POKA 1G7EA 4XIHA 3ERGA 2CVKA 2VL3A 4POLA 2JZTA 3DGQA 2C3NA 2LRTA 2E2GA 3KP8A 3Q74A 3APSA 3EVIA 2DJ2A 2VOCA 1ZGNA 2MZCA 3IE3A 3GRXA 4RUVA 5ECNB 5CAXA 4HEA2 1GP1A 2N5BA 2HLSA 11GSA 3E0UA 2OACA 5DAKB 3KEBA 4E8EA 4L8EA 2H1DA 1XFLA 3E9JB 4XS4B 3J7Yk 1B4PA 2R5GA 1U87A 3BD2A 3DMLA 4ECBA 4PQIA 2DJ0A 2R6KA 3TJKA 4PUAA 3RPPA 2FA8A 1MDJA 2CV4A 2NVLA 2YWMA 3KMNA 1SJ6A 3CYNA 1BEDA 3ZRDA 2BMXA 2HFDA 1ZMAA 1OC8A 1SENA 1CQGA 1EOGA 3HA9A 1I5GA 2AYTA 2D2ZA 2C0GA 2IN3A 2FLSA 2HXKA 4GSNA 2NDOA 4DVCA 2PVOC 1EZKA 1TRWA 3FR3A 2TRCP 4ILFA 1EGRA 1SYRA 4MJBA 1SKWB 4MLYA 5DALA 1XWAA 3HJOA 2JACA 5F06A 4JR6A 4FYUA 3F63A 5IMZA 1GTIA 5IMVA 3NZNA 3TJBA 3IK7A 1O81A 3IK9A 4XS6A 4XHMA 2OKAA 3EE2A 2X8CA 4F0BA 2JSYA 2GSRA 1GSDA 2WJUA 2IIYA 1U6TA 1TI3A 1NW2A 1F6MC 1HD2A 4PURA 3FRCA 4K1FA 1XVQA 1WE0A 3ISOA 2VAFA 3BBYA 3WT1A 4K7OA 1G6YA 3IRAA 1M2AA 2LJAA 1X5CA 4GSSA 3GN3A 3WGEA 4H86A 2QC7A 3ME8A 2H74A 1XOAA 1J9BA 1O73A 2YWOA 1FO5A 3IBHA 3F3RA 4JR4A 5J3RA 1XOBA 5DAKA 1GSUA 1I9DA 5CYYA 1IYHA 2LJKA 2LKUA 5DBQA 2E7PA 4TXVA 4XS4A 3C7MA 1ZCPA 3GV1A 4OD7A 2ES7A 1TW9A 3F9UA 2FUG2 3BCIA 3HVSA 2YCDA 1XW6A 4FYBA 2H75A 4TRXA 3I9V2 3CSJA 4FO5A 2B7KA 3GHAA 1FW1A 1UA5A 3CTFA 1SD8A 3ERFA 2VL2A 1FOVA 4WETA 3FK8A 1XPVA 4K2DA 1FHEA 4O92A 5G5FA 1XIYA 3FR9A 2YN1A 2YV7A 1EOHA 2PUKC 4IP6A 1YDKA 3J7Yb 3M3MA 4NHWA 2VCZA 3VWXA 1XWKA 3VPQA 5B6MA 3GKXA 5JCUA 3L0HA 5JCGA 3EURA 3IR4A 4MA9A 5ECLB 4KW6A 2H1AA 4ZL7A 3L9UA 1YJ6A 2GSQA 2DJ3A 1URMA 4WBRD 4XRDA 3OR5A 1AW9A 4JBBA 2ALBA 4G2EA 4MPFA 2FA4A 6GSXA 5COHA 1O85A 14GSA 3VWUA 1Q98A 1HYUA 1DE1A 3LEFA 2FWGA 5DDLA 2FWFA 1GRXA 16GSA 3WYWA 5AIVA 2X64A 2A2SA 2VM2A 2JADA 2TRXA 5INYA 2OJLA 2CZ3A 1KTEA 5B8BA 3HKRA 3TKRA 4ZXGA 2OE1A 4O32A 3KJYA 4HOJA 3F4TA 4WKWA 1EWXA 4KSMA 1A23A 4POBA 2F51A 2PMTA 1X9WB 4KDXA 3H93A 2Z9SA 5AIXA 1AC1A 1R7HA 2I9HA 4TKYA 2LQQA 2H72A 3QFAC 4OCEA 5D93A 3GFKA 4GLTA 3FKFA 4PX1A 5AGYA 2C3QA 3KZQA 2RUFA 2CT6A 2HRNA 1ZOFA 2IL3A 2LRCA 5JWQB 1ST9A 5IM9A 4JZQA 1Z6NA 4TW5A 2NTOA 3C73A 1R26A 3KTBA 2FD3A 2WZ9A 3QPMA 4KCEA 3TB2A 2GDRA 2IMEA 2OA7A 1XW5A 3GTUB 2EIOA 4Q5RA 4J2FA 4ZBBA 3RDWA 4YQUA 3CSIA 2C1YA 2IMIA 1VF1A 4Q5NA 1XCCA 3APQA 1K3YA 4KCAA 3ZMLA 3ME7A 2I4AA 1ZZYA 1YEPA 2L6DA 4BWQA 4PQHA 4IN0A 4TXOB 3LGCA 3F6FA 2C0DA 1MTCA 2VCTA 2C8UA 1XZOA 2QKEA 1M7TA 4K6XA 3ZYWA 3ZLPA 1DBYA 2KLXA 4HS1A 4TR0A 2JU5A 2VLVA 4DSRA 4X43A 3TJJA 1M2BA 4F03A 2J23A 3DYRA 4KDYA 2LJRA 3C71A 5G2ZA 1GUMA 1PRXA 2L4QA 5A4WA 2LQOA 1G7OA 3W6GA 2H6XA 4N10A 4HUAA 1EGOA 2B5EA 3CMIA 4G19A 2EIQA 1OE7A 5F05A 4PXOA 1SKRB 3WGXA 3D0ZA 1Z7PA 3A3TA 3QDNA 2YZUA 3GL3A 1F9MA 2V1MA 3TKSC 1R5PA 5GAND 3FYGA 10GSA 1K0NA 2MMOA 4V2MA 2YANA 1O6JA 4G9HA 2H19A 1JFUA 3VURA 3E3EA 5ECQB 4O5RA 5H5SA 3ZTLA 1B8XA 5HR3A 5DVBA 1S3DA 3KH9A 4ZBAA 4I2UA 4OMVA 1XWCA 3HXSA 2C0EA 4ID0A 3G7JA 4K7IA 4BA7A 4TN8A 3GTUA 4F9ZA 2K18A 1W4VA 2DMMA 2GT6A 1ZYEA 4MMMA 4KGIA 1SYXA 3VI7A 4FIWA 3IXRA 5IQYA 4NWYA 5C04A 1YY7A 2FWHA 3IPZA 3A2XA 3MNGA 3BOAA 1T00A 2O7KA 3F8UA 2N5AA 1T3BA 4LA1A 5H5RA 4V1Ap 4TXOA 1SK2A 4IW9A 2WS2A 3P7XA 2OBIA 2VLUA 3QR6A 1Z6MA 1M2DA 3TCOA 2QGVA 4GQFA 4RI6A 4L0UA 3D4MA 2IMFA 3K8NA 3M1GA 3O3TA 2VUPA 2X99A 3Q18A 1GL8A 5L71A 3QD9A 5HQPA 4TVEA 2P5QA 4D73B 17GSA 2IMDA 2GZYA 3PGTA 3WT2A 3UBKA 4F0CA 5CREA 1EP8A 3H79A 4Q5QA 3F4RA 2HZFA 4E8HA 2GSTA 1Z3EA 1BAYA 1A0FA 3HJPA 2REMA 2GQKA 4OFNA 2E0QA 1WP0A 1GSSA 4MZBA 4OFTA 3ZMKA 5IMCA 2MMAA 4IQ1A 3TDGA 1TK0B 2H66A 3Q19A 1SL1B 1O8XA 2C4JA 5HFKA 4TOPA 1KNGA 3ZFBA 3VFIA 4HQSA 3RHBA 3IAM2 4HU7A 5CRDA 3LFLA 2LSTA 3FZAA 1SL2B 1K0AA 2ZUPA 3GKMA 1ON4A 3EMPA 13GSA 4EDZA 1K0BA 1M0UA 2CX3A 2R3XA 4ULXA 1B4QA 5C00A 1NHOA 4NV5A 4DEJA 4NPBA 2PBJA 2C0FA 1E6BA 3MWHA 4K7NA 4EC0A 2DJ1A 4KE3A 22GSA 3D21A 2CAQA 4NHZA 4RQRA 1TP9A 4GXZA 4WR4A 4MH3A 4IGJA 3ZVJD 4JE1A 6GSSA 2PERA 4HU9A 2F3MA 4K8MA 3KMOA 4MZCA 2GLRA 4BL7A 4KB3A 4XCSA 2VM1A 2OBKA 3D6IA 3FZ9A 4QL7A 3IA1A 5ECRB 4D73A 3FZ4A 4MZWA 1ABAA 1M9BA 1XW9A 2K6VA 2XPEA 2WGRA 2DLXA 5D9WA 3M8NA 3GX0A 3N9JA 2XBIA 3P8WA 4YQVA 1J0FA 4CW9A 1THOA 4NXIA 5J5NA 2L6CA 4X0XA 4HJ2A 2KOKA 3RAZA 1OKDA 5DCGA 1A8LA 4HQZA 2VD0A 2H71A 2DJJA 4N0VA 2H76A 3GH9A 1WOUA 1GNEA 5ELAA 1XVWA 2DIZA 4V2LA 4NMUA 3F6DA 2VCXA 4HZ4A 2HNLA 2HSHA 4WF4A 1PX7A 4WEYA 2GGTA 1BQ7A 3U6VA 1A24A 4GSTA 4MP4A 3HD5A 5B7CA 1CQHA 6GSYA 3HCZA 4CHSA 1MD4A 3EC3A 3ZIVA 2FHEA 3LXZA 3MAKA 1TTZA 4IQAA 6GSUA 1GUHA 1YF1A 1OAZA 1WRYA 8GSSA 2V41A 4PNFA 3FHKA 2L57A 5D9XA 4JU5A 4I2TA 12GSA 20GSA 2YJ7A 3EU4A 2IWTA 2IFQB 2XC2A 6GSWA 1SK1A 1Y6EA 4K9ZA 1GLPA 3LYKA 3BJ5A 3LG6A 5KN2A 3D5JA 4N30A 1X9MB 2RIIA 5GAPD 4TR1B 5J4UA 1TU7A 2XHFA 4V2NA 5CRHA 3GX8A 4EVMA 1TK8B 2ZCTA 4IJIA 1HNBA 4ECJA 2A4VA 1T8EB 4MF6A 2AHEA 4POMA 3QAWA 3GL5A 4ZL9A 5LD0A 5IMFA 1YKCA 2QSIA 2C80A 1EEMA 2B1LA 4MDCA 5JWOB 1K3OA 3L9SA 3KTLA 1RK4A 2V6KA 2X8HA 4GTUA 3NOFA 2O89A 4MPGA 4BVYA 2CAIA 4ZB9A 1A2JA 1WJKA 3C8EA 5G31A 2GS3A 1JHBA 3IAS2 3TOTA 3IC4A 3IV4A 2K9FA 5IPHA 3KCMA 4CDOA 3H4KA 5LCZA 1E2YA 4I8BA 6GSVA 3FW2A 1JZOA 4MJEA 1ZYQB 1VGLA 2YPMA 1QMVA 3UEMA 1Z9HA 2YOIA 4P3YB 1EEJA 5A4UA 5E59A 2NPBA 3CTGA 4ECIA 5ECKB 1XXUA 3PR8A 1M9AA 5DJLA 1RW1A 5AISA 5F0GA 1KEBA 1PKWA 1TKDB 1OC9B 4RI7A 2IFQA 2MBSA 5KN1A 2L5OA 2AV4A 2C3TA 2DBCA 1AUCA 7GSSA 2H70A 4OFMA 2K8VA 5E4WA 5A4VA 3TOUA 4OO5A 3PINA 4IELA 4EKZA 4AJ6A 1WMJA 4ML6A 5D9TA 4YAVA 4TR1A 3HZ8A 2GSSA 1S3CA 2ON7A 1BYEA 1B48A 1LJRA 1R4WA 2O85A 4PQ1A 3DIEA 3UARA 1UVZA 3WD6A 3W8SA 3UOMA 5F8BA 4EE0A 3FZ5A 1AIUA 3VWWA 3UJ1A 5IMDA 5B8AA 1K3LA 3UVTA 4GF0A 5ECMB 3QAVA 1A2MA 2HE3A 3KH7A 5HFGA 2H0HA 3KD0A 1VRSD 1OYJA 1PKZA 1H75A 4O7HA 5LNKe 3DKSA 3LYPA 1GTAA 3D22A 3LWAA 1X5DA 3ZL5A 3ZIJA 5CRWA 5D96A 4IVFA 3F0IA 4OCFA 2P5RA 5FT3A 4Z7XA 4IS0A 1AQXA 4BWSA 3P90A 3ED3A 1M99A 2YV9A 3IOSA 2AB6A 2PGTA 1PGTA 4MCUA 1SU9A 4EUYA 1GH2A 3L9VA 2IMKA 3LJRA 2CZ2A 4ZBDA 1EP7A 2LV3A 1X5EA 1SKSB 2I1UA 2H8LA 1PL1A 2WCIA 4ECCA 1YQ1A 1T4YA 2OE3A 3C1RA 5G1LA 2H30A 1GSQA 1V58A 1K0MA 3EINA 3H1NA 1V9WA 4N11A 2AJQB 3DEXA 2H6ZA 3GUSA 4MF5A 5ID2B 1ERWA 1C72A 3W8JA 1OC9A 2EIRA 1BJXA 1TU8A 2DIYA 3O6TA 4WXTA 2WFCA 1WPIA 2G0FA 3UVHA 2LRNA 2RLIA 1V40A 4LLRA 3IHQA 4YH2A 1OE8A 4DSQA 1AAZA 2B1KA 4EF0A 4KX4A 3QAGA 3NIVA 1IYIA 4WBJA 2B3SA 2L59A 5A5KA 5CNWA 2X8GA 2P0GA 3CBUA 1UN2A 3R2QA 3VLNA 3QOUA 3FR6A 4FH8A 4I6XA 1PL2A 5J9CA 5CP1A 1U88A 2H0IA 1Y25A 4I5QA 2HRFA 1PX6A 3P2AA 2O87A 1AQWA 3ZZXA 3TRPA 2VL2C 1SJIA 1YF0A 1HNCA 1JZRA 1QXHA 5JWRB 2EC4A 5IIZA 2B6MA 3GSSA 5GSTA 4MH2A 1YEXA 4MF7A 2KP1A 3Q6OA 4I97A 3GYKA 3G7IA 2F8AA 5H5QA 2H1GA 5CO3A 4MABA 2H73A 2M72A 4EO3A 4JEDA 1B9XC 5G1KA 2A2RA 1T4ZA 3QMXA 5HR0A 2LS5A 3EYTA 3H8QA 1TDIA 1SL0B 2E2MA 4AF2A 2R37A 2JZSA 4NV2A 1EV9A 5B6NA 4PNGA 1ZL9A 1V98A 3G7YA 4XTSA 2K8SA 2HYXA 5GZZB 5ID2A 5ECHB 2PWJA 1ILOA 2VLTA 5DQYA 3CRUA 3F3QA 1F37A 5JCWA 2CVBA 1W89A 4MJAA 5IPGA 1GTUA 1FAAA 3GIXA 1EV4A 4LL1B 1QQ2A 3MDKA 1XWBA 4NAXA 2GTUA 5EL8A 1FB6A 3I43A 4X1UA 1RQMA 1S3AA 3UBLA 3TKSA 9GSSA 2IPAA 1SD9A 2B7JA 3DVXA 1V57A 4KH7A 1QFNA 1VF2A 2GZPA 3QCPA 1WWJA 3KGKA 1GSFA 2B5XA 2VD1A 19GSA 4PUFC 4LMVA 1OC3A 3L4NA 2CQ9A 1MD3A 1U3AA 4OWYA 3FY7A 2BTOT 2HI7A 1FG4A 5EPFA 1TRVA 3TUEA 2ZNMA 3GKKA 5KN0A 1ERTA 1Q4JA 3LXTA 3UMAA 2VIMA 2V2GA 4Q5FA 3EMXA 4LMWA 2DC5A 4LL4B 1BX9A 1GULA 5DJMA 1FB0A 4ZL8A 3ZITA 4ML1A 5IMAA 1BG5A 1AXDA 4N0ZA 3N5OA 1UC7A 2LNTA 2YWNA 2L4CA 2OE0A 4ZIJA 1LBKA 1YZXA 3HVXA 3TGZA 2H0GA 4HI7A 1Z7RA 4TR3A 1GWCA 3RHCA 1FVJA 2GZZA 2M46A 5G30A 2WB9A 1V2AA 2WRTA 4IHUA 1AQVA 1A2LA 4KDUA 2IJYA 4WR5A 2F8FA 4GRFA 4HDEA 1MEKA 2AUVA 4IBPA 3TRQA 1PD21 5GSSA 2YWIA 1GLQA 1TRSA 2P31A 3LORA 1K0OA 2GVPA 1ERVA 1TRUA 1PN9A 4KNDA 2XPDA 2F9SA 3HY2A 2MYGA 2H6YA 2VL9A 1JLVA 1T7PB 2HZEB 1R5AA 4EXJA 2R4VA 2J9HA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite