2V41A

Crystal structure of the c45s mutant of the peroxiredoxin 6 of arenicola marina. orthorhombic form
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
GITLGEVFPNFEADSTIGKLKFHDWLGNSWGVLFSHPRDFTPVSTTELGRVIQLEGDFKKRGVKLIALSCDNVADHKEWSEDVKCLSGVKGDMPYPIIADETRELAVKLGMVDPDERTSTGMPLTCRAVFIIGPDKKLKLSILYPATTGRNFSEILRVIDSLQLTAQKKVATPADWQPGDRCMVVPGVSAEEAKTLFPNMEVKAVPSGKGYLRYTPQPKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of the C45S Mutant of Annelid Arenicola Marina Peroxiredoxin 6 Supports its Assignment to the Mechanistically Typical 2- Cys Subfamily without Any Formation of Toroid- Shaped Decamers.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN 6.
molecule tags Oxidoreductase
source organism Arenicola marina
total genus 72
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2007-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 2v41A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2v41A01
5CNWA 1O7UA 2C0EA 3HDCA 2JSYA 2RM5A 3IR4A 1BX9A 5GZZB 3KTLA 5HFIA 5DDLA 1B48A 1PSQA 1OKTA 2NTOA 3KMOA 2G2QA 2GT6A 2A2RA 2AJQB 3GHAA 2H8LA 3KMNA 2FY6A 3TKSA 3EE2A 4ID0A 3TRPA 1YKCA 2LRTA 3TJGA 1WE0A 2C3QA 3F3QA 2CVDA 4KUNA 5IM9A 2LRNA 1GULA 2VOCA 1X5CA 1TU7A 3IDVA 5G1KA 4EKZA 3IXRA 4IVFA 3HZ8A 1X5EA 1A2MA 4K2DA 5CREA 5G5FA 1GTBA 4TVEA 2N5AA 2WS2A 5CP1A 2R6KA 3ME7A 3HA9A 2XBIA 2X99A 2GVPA 1O8XA 4XS4B 4YH2A 4YQUA 1R7HA 5DALB 3LGCA 1AUCA 2DJKA 3FZ5A 5CRHA 1Y6EA 4HQSA 2XPEA 1UC7A 3SBCA 1F9MA 5GAND 1VF2A 4QL7A 1S3AA 4EC0A 1ZCPA 2XBQA 1V2AA 4WBJA 1WWJA 3GUSA 2WULA 1WJKA 4ISDA 2YNXA 2DJ1A 1ILOA 1SL0B 2V41A 4IQ1A 2H0HA 2GDRA 3ZVJA 1YF0A 2VM2A 3LORA 5ECRB 4G2EA 3TKQA 3MSZA 3IK7A 3UBLA 2N5BA 4LLRA 2DLXA 4V1Ag 4KX4A 4ACSA 2PU9C 4EF0A 5CRWA 5CYYA 4DSSA 5GSSA 5CO3A 4PNFA 2PN8A 1G6YA 2CA8A 2B7KA 5D96A 3KIJA 1ON4A 4KE3A 1XWCA 2YPMA 3H4KA 1QMVA 3HHVA 3W8SA 2GS3A 4IP6A 4I97A 1TI3A 3Q19A 4JZQA 5H5SA 3D21A 2DIZA 5CAXA 2O85A 4L0WA 4J57E 2JADA 1FVJA 1B4QA 2HZEA 3UARA 5DCHA 3RDWA 3HVSA 4TOPA 1ZMAA 5ENUA 5A5KA 4NWYA 1AQXA 2VM1A 4V1Ap 4K9ZA 3U5RE 2H74A 1GSFA 4OD7A 3HVXA 4ZIJA 1TK8B 3C71A 1ZL9A 1JZRA 4N11A 1ERVA 1PQNA 2OADA 2B1KA 10GSA 4I6XA 1Q98A 1G7OA 2HLSA 2AV4A 4PUFC 3A2XA 4MH3A 2E2GA 3P7XA 2X8HA 1GSDA 1O73A 3DMLA 2QGVA 1ACVA 2RUEA 3KTBA 1SJIA 4PNGA 2IFQA 3R2QA 5ABRA 4HS1A 4O92A 5IMCA 1QGVA 3F8UA 2MBSA 2AB6A 3KGKA 3O76A 1XW9A 3KEBA 4POBA 4ECCA 4RQXA 1N8JA 5LD0A 1GP1A 3GH6A 4HUAA 1SJ6A 2K9FA 4JE1A 5G30A 1VGLA 3NIVA 1K3LA 4TN8A 1XBSA 1K0MA 14GSA 3N5OA 2WFCA 2AHEA 4I2UA 1PX6A 2LNTA 1USBA 1YEPA 3CTFA 4WETA 2RM6A 2TIRA 1OAZA 4ZBAA 4AF2A 1GNWA 3ZYWA 4OCEA 3DEXA 1E6BA 2HNLA 2PGTA 2ON5A 3PGTA 1FB6A 4RI6A 3HD5A 1BQ7A 2H76A 2V2GA 3L9SA 2YV9A 3UEMA 2VL2C 2HE3A 3KXOA 3CSIA 1PKZA 3CRTA 3KP8A 2CAQA 4WBRD 4IJ3A 2GSSA 3WGEA 4GSNA 3IK9A 2IMEA 3K8NA 22GSA 5ELGA 1EP8A 3APQA 1PKWA 2BMXA 2A4VA 2AUVA 5A4WA 4Q5NA 3C8EA 1Z5YE 4EO3A 2YZUA 1GSEA 2LJRA 3D4MA 4PGTA 2CV4A 3GL3A 4HJMA 1K0CA 1AW9A 2KP2A 1SK2A 1T4ZA 3L0HA 2J23A 4IKHA 5H5QA 2FLSA 1XW5A 4IHUA 1A8LA 3RAZA 1J08A 19GSA 1JLWA 2F8FA 2Z9SA 5F05A 5DQYA 2IMIA 4MJAA 2LRCA 5D9XA 4BWSA 2J9HA 1U6TA 4ZB6A 1M99A 5EVOA 3EMXA 4KH7A 1U3IA 1TRUA 4KCEA 6GSUA 5DBQA 3F4SA 5KN2A 3FRCA 3A5WA 2B6MA 3M3MA 2FD3A 3FHKA 4MZWA 5J4UA 3OR5A 2DBCA 3VWVA 3CSHA 2HXKA 4XRAA 2GZYA 2F3MA 2OA7A 1B8XA 5IPGA 1GSSA 4NHZA 4TR4A 2LEGA 3BOAA 5AIVA 4TRXA 2O89A 2QKEA 3MAKA 1ERWA 4MZBA 1RW1A 2GTUA 3QDNA 1AIUA 1KEBA 3L9UA 4DSSB 1QK8A 2CT6A 3D6IA 2GSQA 4FYCA 1V58A 2FNOA 2ZUPA 2OACA 5ELAA 3F3RA 18GSA 3UBKA 3I69A 3ME8A 5B8AA 1XCCA 2FWEA 5ECQB 1O81A 5B6NA 1FAAA 4IELA 3W6GA 2HZEB 5B6MA 4MPFA 4WXTA 3HZ4A 1F2EA 4QQ7A 4NAXA 3UJ1A 2VCTA 2OBIA 1XWGA 4PURA 2L6DA 3LEFA 2D2ZA 3ISOA 2KOKA 3P8WA 5FHIA 2AYTA 2JZTA 3VURA 4EXJA 1GLPA 4MABA 2QSIA 2XPDA 1XVWA 4FO5A 2VL3A 3GMFA 1EV9A 4PXOA 4WR5A 2P31A 3EINA 3VK9A 4KSMA 2MMAA 3UL3A 2V6OA 1UA5A 3WYWA 3HCZA 2YZHA 2IIYA 2WB9A 4LMWA 5IMDA 3M9JA 2IFQB 1DE2A 2P0GA 4HU9A 1M2DA 2VD0A 2YV7A 2GT5A 1S3DA 2P5QA 3GFKA 3ZITA 2KHPA 5JCGA 3FZ4A 3NOFA 3P2AA 2EIOA 4KCAA 7GSSA 2IN3A 4POMA 4TR1A 4F2IA 3BD2A 1ERTA 1GSQA 4F0CA 4BA7A 3HJPA 4FYUA 3WGXA 3E0UA 12GSA 4PQIA 2IMFA 2NPBA 2H66A 5C04A 1GRXA 2H1DA 2WRTA 1TK0B 1GUKA 20GSA 2C0GA 4DSQA 3UVTA 4BWQA 4MLYA 3UMAA 1W4VA 4ECIA 1O85A 4LL4B 4MZCA 3ED3A 1U3AA 4POKA 4XTSA 3RHBA 1VF4A 2M46A 5D9VA 1CQHA 2BTOT 4JU5A 1GH2A 2X8CA 1X0RA 4GRFA 4LL1B 1TI1A 5J9CA 3H1NA 4GQCA 4XHMA 3M9KA 2FHEA 4WEYA 4EDYA 1SD8A 3GIXA 4MPGA 4K7NA 1PD21 4GF0A 1YQ1A 2YOIA 3G7IA 3US3A 2AAWA 4Z7XA 1FOVA 3HJOA 4ZL7A 3GSSA 2OE0A 4OFNA 2B7JA 1T4YA 1O6JA 4MK3A 4N10A 2E2MA 2HYXA 3IRAA 3TJJA 2VLVA 5IMZA 1NHYA 2LKUA 5B8BA 2X8GA 2VLUA 2F8AA 2JACA 3CSJA 4AGSA 1J0FA 3QAGA 1XOBA 3EWLA 1R5AA 1I9DA 4G19A 3FKFA 3Q6OA 3IE3A 1WP0A 4YAPA 4ECJA 1TU8A 4WR4A 1SYXA 3TGZA 1SYRA 4IBPA 3WT1A 4NPBA 1X9WB 1BAYA 3FK8A 2EC4A 3ZRDA 4E8EA 3IC4A 2MBTA 1PX7A 4BPYA 4Q5QA 2C8UA 4RI7A 2G0FA 1PGTA 1K3YA 2LV3A 1V40A 2VCWA 1BJXA 2IWTA 1ABAA 5F8BA 1Z7RA 5ECIB 3KH9A 2DJ2A 5IOXA 4K6XA 5D8IA 2MMZA 4TKYA 1URMA 1XWAA 6GSXA 4K0NA 2C0FA 2O87A 2CVBA 3ERGA 3MNGA 5FWGA 1ZYQB 5EL8A 4EDZA 3TRXA 3P90A 2GQMA 2OE1A 5LNKe 2GQLA 4K8MA 2PBJA 1ZYEA 1EGRA 5AN1A 4AJ7A 2VCXA 1A2JA 2WCIA 1NHOA 5F06A 2K6VA 4TW5A 1T3BA 1J9BA 2HFDA 3ZFLA 2C0DA 2DJJA 1BG5A 17GSA 1R26A 2BJXA 5J41A 3F0IA 3HKRA 3L9VA 2R4VA 1TTZA 4ZL9A 1JFUA 2FWGA 5HR1A 5LCZA 1G6WA 2DMMA 1OE8A 4EVMA 3E3EA 3APSA 1ML6A 1TRSA 16GSA 3BCIA 3M8NA 3I9V2 4WF5A 1YY7A 4N0ZA 3ZL5A 3FEUA 6GSWA 2LTKA 2PVQA 2CX4A 1QUWA 2MZCA 1MDKA 3UIWA 1GSUA 4EUYA 3TKSC 2PUKC 3GURA 3EU4A 2CVKA 2GSRA 1JLVA 5IO0A 5KN0A 5ECMB 1Z6MA 2H6ZA 2X64A 4PQHA 1Y25A 1HYUA 1V98A 3DVWA 4TR3A 1TRVA 2CZ3A 1M9AA 2DSAA 3H8QA 1GNEA 1GL8A 1F37A 3FR6A 3APOA 4E8HA 3VWUA 1TJDA 1JZOA 3V1WA 6GSVA 2IPAA 3M0FA 4OO5A 4ZILA 2F9SA 3F6FA 5IIZA 1OYJA 4MH2A 1PRXA 2DMLA 2YJ7A 1XWBA 2L5OA 4HJ2A 3CBUA 5ECNB 4MF5A 1UVZA 2MYGA 5INYA 2LS5A 1M2BA 3GH9A 2IL3A 3U6VA 4F0BA 1N2AA 3DRNA 2F51A 2CQ9A 1AAZA 1K0NA 4D73A 1LJRA 3PH9A 2VD1A 4I5QA 2NVLA 3Q18A 3KD0A 3HVVA 3LFLA 3LXZA 1CQGA 2E0QA 3GKXA 4TR1B 4YQVA 2P5RA 4ML6A 5IO2A 2OBKA 5AIXA 2H71A 1AQWA 2VCVA 1MD4A 5IOWA 1IYHA 3VPQA 1K0DA 1PL1A 4AJ8A 3GN3A 3Q74A 5J5NA 2VCQA 4OFMA 3LXTA 4IW9A 1HD2A 1M9BA 1XIYA 2L4CA 1QFNA 2EIQA 3W8JA 3KCMA 3DIEA 3ZLPA 2VIMA 3ZTLA 3TOUA 1TXXA 1MD3A 1HNAA 5EPFA 1V57A 2H72A 2FA4A 2R2JA 1PL2A 1EV4A 3FR3A 1Z6NA 2L5LA 1GSYA 2HI7A 1H4OA 5KEJA 3VI7A 2C1YA 1SJZA 1KTEA 4HZ4A 4TXVA 1LBKA 1SK0A 2DC5A 4OO4A 4JR6A 4BVYA 3ZFBA 4I8BA 3LG6A 3ZVJD 1TK5B 5A4VA 4AJ6A 1XZOA 1SKSB 4QL9A 1GUHA 2VLTA 3QAWA 3QOUA 4RQRA 4MA9A 3PINA 3LYPA 1OKDA 3O6TA 3TOTA 2ES7A 1HNBA 4V2NA 1R5PA 3IA1A 4MCUA 2JL4A 4EL1A 1TOFA 4KW6A 1YDKA 1S3CA 2FA8A 5KN3A 2V6KA 4ZXGA 1U88A 2K18A 5DQSA 4JRRA 1JHBA 4FYBA 1SKWB 5HR0A 1M7TA 2IMKA 3BBYA 5J9BA 1ZOFA 2H30A 4L8EA 5E59A 1RQMA 3F9UA 2H0GA 2L6CA 5E4WA 3HY2A 2DIYA 5DJLA 2L57A 4HDEA 3QCPA 11GSA 5F0GA 3ZREA 2MMOA 5JWQB 1H75A 2XC2A 3DWVA 3G7YA 4O32A 1SL1B 3KM6A 3D5JA 3SWLA 2H75A 4ZBDA 3QD9A 5GSTA 3RBTA 3N9JA 1R4WA 4WKWA 3IV4A 1NW2A 3G7JA 3IBHA 2NDOA 2HT9A 5ECLB 3TKPA 4EE0A 2B3SA 2VO4A 3EMPA 5COHA 1XW6A 3TKSE 3KH7A 3KZQA 2I9HA 2CZ2A 4L5OA 1BEDA 3TKRA 1EOGA 3GRXA 1GTAA 2QC7A 4FH8A 1HNCA 1TRWA 4O5RA 1GLQA 2YP6A 6GSTA 1F3BA 4POLA 1WPIA 3TDGA 3F63A 1XFLA 2R5GA 3BJ5A 4KGIA 1IYIA 5IPHA 3J7Yk 3EVIA 1T8EB 1TP9A 2L4QA 3H79A 4HEA2 2GZZA 1ST9A 4NXIA 5G1LA 2V32A 2PVOC 1OC9A 1THXA 5F07A 4V2MA 2KUCA 2RIIA 4JEDA 1B9YC 3FY7A 3QFBC 2WGRA 1FG4A 2LQOA 4F03A 1Z7PA 2YWIA 2YJHA 4K7OA 1DSBA 3J7Yb 1VF1A 4OFTA 1FO5A 3C1RA 5HFKA 5ECPB 4OWYA 2NBSA 1HQOA 4D73B 4X43A 3CMIA 3GX0A 3L4NA 1O8WA 2OJLA 3QMXA 2B5YA 1F3AA 3IPZA 4CW9A 3PR8A 2H01A 4IQAA 2H70A 1GTIA 1E2YA 2L59A 3A2WA 2VL9A 4ECBA 3IHQA 2B5XA 2TRCP 1XVQA 5ECKB 2PPTA 1QQ2A 2H6XA 2KP1A 1OC3A 4ZBBA 1K3OA 1GUMA 4MJBA 1VF3A 5HR3A 3EURA 3WGDA 1EWXA 5AISA 4BVXA 4GTUA 1VRSD 5ID2A 1TDIA 3GTUA 1A23A 2VL2A 3VWWA 2EIRA 4IJIA 2H73A 3FZ9A 3UAPA 3UVHA 3D22A 1T00A 3RPPA 5DCGA 3HYPA 4HI7A 5DAKA 1BYEA 3A2VA 3CYNA 4ILFA 3D4TA 2GQKA 3A3TA 1YF1A 2H6YA 5FT3A 2M72A 5IMAA 4XIHA 3GA4A 4NMUA 5ECSA 1SL2B 5HR2A 4DVCA 3AY8A 4FIWA 5JCWA 3GKNA 3DKSA 4ZB8A 3LWAA 3QPMA 1JZWA 2PMTA 4IP1A 2H1BA 2JU5A 1Z3EA 5GAPD 1Q4JA 2FGXA 2C3NA 2YWOA 2OKAA 3M1GA 6GSYA 9GSSA 2GZPA 2JZSA 1EZKA 2XHFA 1U87A 3DVXA 4HQZA 4N0VA 1OC8A 2LNSA 1TW9A 1V9WA 3VLNA 5H5RA 2HSHA 3KP9A 5L71A 5JWOB 4K1FA 3C1SA 3DD3A 2MMNA 2DJ3A 4TR0A 4MMMA 1A0RP 1K0AA 4MJCA 4NV5A 2C3TA 5G5EA 5C00A 4HZ2A 4JBBA 2YCDA 4JR4A 2A2SA 4NV2A 3DYRA 4K7IA 4X0XA 3RPNA 4GXZA 1DBYA 3ZIVA 2H1AA 2I3YA 1X9MB 2IMDA 1C72A 4MF7A 5ECOB 5EY6A 4O7HA 3D0ZA 3ERWA 1YKAA 4XRDA 2I1UA 1THOA 1WMJA 2DJ0A 1TKDB 1SU9A 4L5LA 4OMVA 4Q5RA 1FB0A 1MDIA 1WOUA 3GX8A 4KDXA 5DJMA 3ZIJA 1XXUA 3FZAA 5D93A 3I6AA 4KAEA 4TXOA 3F4RA 2OE3A 3LSZA 4PX1A 1JZDA 1M0UA 1G0TA 2RUFA 4LMVA 1LU4A 1X5DA 4YAVA 3DXBA 3TJKA 1AQVA 4KA0A 3L78A 1OVNA 4OCFA 2B1LA 4ML1A 2HZFA 3GNJA 5ECHB 5AGYA 4GCIA 1EGOA 2I81A 2VUPA 4H86A 1AC1A 4P3YB 1SENA 4IN0A 2CAIA 2C80A 3FYGA 2LQQA 1NSWA 2GLRA 1GWCA 5IMVA 3IOSA 4KDUA 3VFIA 2PWJA 3LYKA 1I5GA 3IAS2 2FWHA 5CRGA 1PN9A 1W89A 2JZRA 2N5FA 3GKMA 2ZNMA 4WF4A 1T7PB 4N30A 4GLTA 1ZZYA 4XS6A 3GKKA 1GTUA 4XCSA 1Z9HA 1B9XC 2H0IA 2K8SA 1K0OA 3QAVA 4F82A 2FWFA 2VCZA 1M2AA 1YJ6A 2WDUA 4ULXA 4J2FA 3TUEA 4XS4A 1KNGA 3NZNA 3VPTA 1OC9B 3F6DA 4CDOA 4MP4A 3KJYA 5DALA 2FCHA 5G31A 4GSTA 4Q5FA 5J3RA 1AXDA 4X1UA 1WIKA 2WJUA 1X9SB 1FW1A 2O8VB 1A2LA 3O3TA 4IS0A 4ZL8A 2YN1A 4DEJA 5JWRB 4CHSA 2H1GA 4YQMA 1DE1A 4F9ZA 4MDCA 1A0FA 3H93A 2YWNA 3TRQA 4G10A 3CRUA 3WD6A 1FHEA 3LQ7A 3S9FA 3EU3A 2GSTA 4MF6A 4V2LA 1YZXA 3CTGA 3GYKA 3G9BA 3HJMA 4RUVA 3GSTA 2ON7A 2ZCTA 4KSOA 2JSZA 3ZZXA 3CXGA 1RK4A 4G9HA 3C73A 4GSSA 4HU7A 8GSSA 3GL5A 1XWKA 4L0UA 3BCKA 1B4PA 5IMFA 4PQ1A 4I2TA 2E7PA 5KN1A 1EOHA 5ID2B 3GTUB 3E9JB 3WT2A 1KBNA 1XPVA 2VAFA 13GSA 2RLIA 6GSSA 2LUSA 5DAKB 1ERUA 1MTCA 2WZ9A 4K0GA 3TJBA 5CRDA 2LJKA 5JCUA 2YANA 5HFGA 3TB2A 1ZGNA 2HRFA 5D73A 1EEJA 4KDYA 1EEMA 2REMA 2YWMA 3JCML 3EYTA 1XOAA 4GWRA 4BL7A 1MDJA 4KB3A 2B5EA 4GQFA 3ZMKA 2IJYA 1A24A 3C7MA 5A4UA 3FR9A 3VI5A 2HSYA 5DVBA 5HQPA 4IGJA 3GV1A 4MJEA 1PA3A 1T1VA 3VWXA 3IAM2 1FVKA 3UOMA 1NM3A 3HXSA 3EC3A 2O7KA 4HOJA 1UN2A 1WRYA 3DGQA 3LJRA 2H19A 1SK1A 5IQYA 3FW2A 4XS1A 1PMTA 2R37A 4J56E 1K0BA 2HRNA 1SKRB 2KLXA 2K8VA 1MEKA 2I4AA 2ALBA 3QR6A 2LJAA 4PUAA 2V1MA 1YEXA 1SD9A 4LA1A 3F4TA 1EP7A 5D9WA 3RHCA 3MDKA 1A8YA 1F6MC 3TJFA 1OE7A 3ZMLA 4NHWA 3ERFA 4ZB9A 1DUGA 2FUG2 2C4JA 3I43A 4KNDA 2M80A 4DSRA 2CX3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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