2VAFA

Crystal structure of human cardiac calsequestrin
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
GLNFPTYDGKDRVVSLSEKNFKQVLKKYDLLCLYYHEPVSSDKVTQKQFQLKEIVLELVAQVLEHKAIGFVMVDAKKEAKLAKKLGFDEEGSLYILKGDRTIEFDGEFAADVLVEFLLDLIEDPVEIISSKLEVQAFERIEDYIKLIGFFKSEDSEYYKAFEEAAEHFQPYIKFFATFDKGVAKKLSLKMNEVDFYEPFMDEPIAIPNKPYTEEELVEFVKEHQRPTLRRLRPEEMFETWEDDLNGIHIVAFAEKSDPDGYEFLEILKQVARDNTDNPDLSILWIDPDDFPLLVAYWEKTFKIDLFRPQIGVVNVTDADSVWMEIPDDDDLPTAEELEDWIEDVLSGKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Characterization of Human Cardiac Calsequestrin and its Deleterious Mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CALSEQUESTRIN-2
molecule tags Metal binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 72
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vafA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vafA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vafA02
3FR6A 2IN3A 1CQHA 2H0IA 1HD2A 3SWLA 2CVBA 3EC3A 1ERVA 5CNWA 3WT1A 3HD5A 2MMAA 5B6NA 2O7KA 3RAZA 4K1FA 1K3LA 4HQZA 3HY2A 4POBA 1XW5A 1OAZA 2C0EA 1AUCA 3EURA 1T7PB 7GSSA 1PQNA 1TW9A 1K3OA 1M99A 1EEJA 5EY6A 2V2GA 8GSSA 18GSA 5DALA 4GCIA 3FR9A 6GSUA 5DJMA 4I8BA 4K8MA 4QL7A 3R2QA 2H19A 3F4TA 5JWQB 4EUYA 4MA9A 5F07A 2CQ9A 4BWQA 2YWOA 4BVXA 2JZTA 2G0FA 1EZKA 1K0BA 6GSSA 2IMKA 4I6XA 4KGIA 1NHYA 2DMMA 2C4JA 4WEYA 1GRXA 4HU9A 4MMMA 4JU5A 4MJAA 1U88A 3CTFA 2PGTA 2H6XA 4GLTA 3F4RA 3TKSC 3IDVA 2LS5A 5CREA 2R37A 3KP8A 4HU7A 5C04A 1MTCA 4IQ1A 3QAVA 3LQ7A 3P2AA 2IJYA 2XPDA 1M9BA 1NM3A 4HOJA 1HQOA 3E9JB 5AN1A 2ON5A 4G9HA 4JR6A 5ECLB 3U5RE 1FVKA 1B9YC 2R5GA 3QFBC 2RIIA 2GZYA 2RM5A 3D4TA 5GSTA 4KUNA 1M9AA 3FW2A 4XS4A 2ES7A 1GTAA 2H75A 5D9VA 3DVXA 5CAXA 4WR4A 3CSHA 3TDGA 3ED3A 5KN1A 4ZBDA 4ZBAA 3DWVA 4MCUA 2K18A 3FK8A 2DJ0A 5GSSA 1XOBA 2B5XA 1GSSA 2JADA 4K2DA 2CX3A 1ON4A 3A2XA 1DE2A 3ZL5A 4YAVA 5JWRB 1Z7PA 3BBYA 2LEGA 1VRSD 4DSRA 1PD21 3C7MA 3K8NA 4KAEA 3A5WA 3F4SA 1J9BA 1FOVA 3RDWA 2KOKA 3F63A 1ACVA 3H79A 1ABAA 1R4WA 1LJRA 4KSOA 4BPYA 4TR0A 1CQGA 1WMJA 2VM1A 4ZB6A 2LKUA 1O8WA 1XVQA 2TRCP 2VL3A 3QD9A 2V6KA 1EGOA 4X0XA 5CRWA 2GSRA 4XRAA 3CSJA 3ZRDA 5F05A 3HKRA 4MH2A 2JU5A 3ZTLA 1TRUA 3D5JA 4TXOA 2GQKA 2B7KA 1EOHA 4IHUA 4HEA2 1SK1A 3VI7A 3L9SA 4K9ZA 2E7PA 2DJJA 2KP2A 4TRXA 1YKAA 3VWUA 3MNGA 3GA4A 2H72A 2L6CA 2AV4A 2B6MA 1ML6A 1ZGNA 1XWKA 2L4QA 1TI3A 1DE1A 1SK2A 2ON7A 2GZPA 4K7NA 4PX1A 1U3IA 4MP4A 4FYCA 2H76A 4KDUA 1TI1A 4EL1A 2XBIA 4OO4A 3DYRA 3BOAA 1O6JA 1WJKA 1JZOA 5COHA 5KEJA 13GSA 2DLXA 1GWCA 5IQYA 5CO3A 2VOCA 4KNDA 1M2AA 3W8JA 3NIVA 3UMAA 5EL8A 1GTBA 2Z9SA 3HZ8A 2LJKA 4FYBA 4GSNA 3V1WA 1KEBA 4QL9A 3LGCA 2IMFA 1BYEA 2R2JA 2JSYA 4G2EA 5DJLA 4DSSA 2XC2A 2P5RA 1GULA 5IIZA 2JZRA 2MMZA 3LORA 2JZSA 2CVKA 2VCWA 5JCUA 1ILOA 2WZ9A 3WD6A 1SYRA 4PURA 5A4VA 4JE1A 4JRRA 4RQXA 3H4KA 1X5CA 3EINA 1G0TA 1VF4A 2HRFA 4MZCA 2VUPA 1OVNA 1G6YA 3L0HA 2DMLA 2K6VA 5G30A 1SKSB 1IYHA 4KDYA 2H71A 1OC3A 3ZFLA 3IAS2 1TK8B 5JCWA 1GLPA 5IO0A 3QFAC 2H6ZA 4NHZA 1N2AA 4MJCA 2WFCA 2HZEB 4J56E 1O73A 4EO3A 1ZYEA 4I2TA 4NPBA 1VGLA 2DJ3A 3ZLPA 1T4YA 1B4PA 5LNKe 1XFLA 1A24A 2X8CA 3HVSA 2QKEA 1SJIA 1HNAA 2PVOC 5FWGA 3TB2A 1M0UA 1JZDA 3P7XA 1PKWA 5JWOB 3VI5A 5J9BA 3EMXA 2ZNMA 4X43A 3GRXA 1O81A 2HSYA 1OC9A 1EEMA 4PXOA 1B9XC 3HJMA 4EDYA 3FHKA 1X5EA 1V2AA 1YDKA 5H5RA 4WXTA 5CRDA 4PUAA 1K0DA 5ECRB 3LYKA 5AGYA 2D2ZA 2WGRA 5AISA 5ECPB 2C3TA 4OCFA 2GSQA 5IM9A 1F9MA 1WPIA 2A2RA 2GLRA 2XBQA 1XPVA 4IP1A 3TOUA 1R7HA 1XW6A 1Z5YE 3C71A 4KCEA 1GH2A 2BJXA 3EWLA 4GWRA 2K9FA 1SL0B 2VCZA 1WP0A 2LJAA 3FRCA 5ID2A 5B7CA 1TTZA 2VAFA 2ZUPA 2H30A 3HJOA 1W89A 1ERWA 2YV7A 2AAWA 3RHCA 1GTIA 5LD0A 4NMUA 5D96A 2H1DA 3FZAA 1BAYA 4IVFA 3C8EA 4AGSA 3KD0A 2AYTA 1ERUA 3QR6A 4RI7A 1SJZA 2EC4A 5D93A 3MDKA 2R3XA 2LSTA 2MZCA 3ERWA 3LFLA 1MEKA 2OACA 5DAKA 4F9ZA 1YKCA 1VF2A 4NHWA 2GQLA 4J2FA 2YNXA 1VF1A 3ZITA 2DIZA 1SYXA 4MPGA 1V9WA 1AQVA 3GN3A 3HDCA 3IBHA 1TU7A 1AQXA 4HDEA 3UEMA 1FG4A 3IXRA 3G7YA 2YANA 3FEUA 1PRXA 1N8JA 4HJMA 1H4OA 2GVPA 4NV5A 4LMVA 4F2IA 1JLWA 4GRFA 4MPFA 3SBCA 3F8UA 3US3A 1FB0A 2GSTA 3ERGA 2FWFA 2GS3A 3HXSA 5G5EA 2I3YA 2LNSA 2IMEA 1BX9A 1XZOA 1SKWB 2F51A 2IMIA 4ZB9A 3L9VA 3DIEA 17GSA 3F9UA 3UL3A 4RUVA 6GSWA 3KXOA 4KA0A 4L5OA 2VCXA 3UBKA 2CA8A 5GZZB 2GQMA 4TXVA 4HZ2A 1JHBA 3DGQA 2GT6A 2RUFA 3HVXA 4IBPA 2FNOA 4EC0A 4H86A 4EDZA 1GSEA 1OKDA 3M9JA 4YQVA 1WRYA 3ZREA 2VL2A 2FUG2 2DJKA 2I9HA 3CMIA 4D73B 2LJRA 3E0UA 1TKDB 1TOFA 1SD8A 1ZMAA 2DJ2A 5KN2A 2C8UA 4E8HA 2FWEA 4OFMA 2YZHA 1Z9HA 5ECHB 4N10A 2ZCTA 3IC4A 4XTSA 5JCGA 12GSA 1NW2A 3ZVJA 2NPBA 4WBRD 1QMVA 3F3QA 1XWAA 1PA3A 3H93A 2BMXA 2HI7A 4MZBA 1T1VA 4MDCA 5J4UA 2J9HA 3KCMA 2VCQA 2M80A 1Q98A 1SK0A 3KTLA 5IMAA 1TK5B 4KX4A 4IKHA 4QQ7A 5G2ZA 4P3YB 4WF4A 2V32A 3GKXA 3ZYWA 3KMOA 3M0FA 14GSA 2L59A 1K0OA 3GX0A 3OR5A 4O92A 1R26A 2DSAA 4EKZA 6GSXA 3F6DA 3UAPA 3VWVA 4IW9A 5IPHA 2LUSA 3KGKA 4FIWA 3WGXA 2GGTA 3W6GA 1OE8A 2IIYA 1TRSA 2WS2A 3WGEA 4OFTA 2LNTA 1AAZA 2B1LA 4L8EA 4N11A 4O7HA 5HR3A 2NBSA 4AF2A 1BG5A 1B48A 1XIYA 1FAAA 5F06A 2V41A 4NV2A 4GXZA 2TRXA 4Q5FA 3RHBA 2PU9C 2YWNA 1FB6A 3QAWA 5H5SA 4ECJA 2N5BA 3UOMA 3EVIA 4XS4B 2R4VA 3A2VA 3GSTA 4POLA 3CRTA 5G31A 1MD4A 5H5QA 4XS1A 20GSA 3LG6A 4N0ZA 1V58A 2VCVA 4PQHA 3APSA 1DUGA 3O3TA 3KM6A 3VWWA 1YF1A 4KH7A 1B8XA 4YQMA 1GSQA 2CV4A 5J5NA 4NXIA 2HXKA 3TJBA 1YQ1A 4OO5A 6GSYA 2HLSA 2C1YA 2NVLA 4IJIA 5AIXA 1S3DA 2C80A 1U6TA 3ISOA 2YJHA 2JL4A 2VM2A 3H8QA 3EU3A 1B4QA 2E2GA 1TK0B 3GKNA 3L78A 2A4VA 3QAGA 4XCSA 2AHEA 2HSHA 1S3AA 3GHAA 3MAKA 2K8VA 2YN1A 4DEJA 3P90A 2HE3A 1JZWA 1TJDA 2B1KA 2F9SA 1T8EB 3GIXA 1X5DA 3GNJA 3HA9A 1WIKA 1VF3A 5DBQA 1M2BA 2CT6A 1F2EA 1AXDA 4JBBA 2MMOA 3LWAA 4HS1A 1RK4A 2EIOA 3UVHA 4HJ2A 5ECMB 1M7TA 3TRPA 5CRGA 2CAIA 11GSA 1QK8A 3C73A 2C3NA 4LA1A 4NAXA 4MH3A 4YAPA 4Q5QA 3KH7A 2WB9A 5ELGA 1A2JA 1GUHA 4KDXA 2FD3A 1E6BA 2VLTA 2GDRA 2CZ3A 3IK7A 3LJRA 4HQSA 1URMA 1RQMA 3HCZA 1EV9A 1YZXA 2X64A 5FHIA 3CXGA 16GSA 5G5FA 3IE3A 4MLYA 4RI6A 5D9TA 3FYGA 3I69A 3P8WA 1O85A 2J23A 4PGTA 5C00A 3I43A 2CX4A 2B3SA 2AB6A 3D4MA 4IS0A 2LQOA 5HFIA 2HZEA 1AIUA 4I97A 1AQWA 9GSSA 4V2NA 1PL1A 2JACA 2LV3A 1A0RP 2K8SA 1EOGA 5ECQB 1ZYQB 5IMVA 3KEBA 1SKRB 3APQA 1H75A 3DVWA 1SL2B 1ERTA 3VPQA 3PR8A 3MWHA 4XS6A 3QPMA 4V2MA 1Q4JA 5GAPD 2PWJA 4FO5A 3GH9A 4MJBA 5B6MA 3PGTA 4XRDA 1UA5A 1GSFA 3EU4A 1X9WB 1HYUA 4BL7A 1NHOA 1TP9A 2WDUA 2I1UA 5HFKA 1XVWA 3ME7A 3AY8A 4PNFA 5DVBA 1EGRA 4TR3A 3BJ5A 1K3YA 3H1NA 2L5LA 4HUAA 5DDLA 2H8LA 3QMXA 3HHVA 4POMA 3O6TA 2RUEA 3M1GA 1GTUA 6GSVA 1PL2A 3NOFA 5F8BA 3HVVA 5HFGA 2F8AA 3VLNA 3VWXA 2H1BA 2RM6A 3EYTA 4ACSA 1OC9B 2IFQA 2VL9A 1KTEA 5DCGA 1A8YA 2DJ1A 4JZQA 1AC1A 4ISDA 5A4UA 4E8EA 5EPFA 2DIYA 2L4CA 2H1AA 2FA4A 2FHEA 1HNCA 2VIMA 5IO2A 5E59A 4OMVA 2YWIA 2YP6A 1TRVA 3KP9A 2WJUA 1V98A 5ECIB 5B8BA 2PERA 1XXUA 4BA7A 3IHQA 1SJ6A 4F03A 3FY7A 4CW9A 2WRTA 5ID2B 3WT2A 5DCHA 1ZCPA 3BCKA 3UVTA 3MSZA 1Z6NA 2TIRA 1K0CA 5ELAA 1V57A 3ZMLA 4TVEA 3UBLA 5J41A 3BD2A 4IN0A 2H6YA 2R6KA 4YH2A 5INYA 1TDIA 2YPMA 2NDOA 3QCPA 4TR1A 4EF0A 4TN8A 1M2DA 4ZBBA 1BEDA 5DAKB 2OE0A 4Z7XA 2DC5A 2OE1A 4X1UA 2O89A 1AW9A 2IMDA 5IMFA 4GSSA 1JFUA 4TW5A 2F3MA 2H0HA 4EE0A 3GL3A 3TCOA 4MF5A 4GQCA 5AIVA 3L4NA 2H66A 1YEXA 3KZQA 4ZIJA 4OWYA 4LL1B 1O8XA 5EVOA 4AJ7A 5CYYA 1R5PA 2DBCA 2WCIA 3GFKA 4TKYA 2PBJA 2VLVA 2HT9A 2VL2C 3ZVJD 2LRCA 1XWBA 1XCCA 4D73A 1Y25A 1TU8A 1XOAA 3GMFA 1OYJA 2FLSA 1ST9A 3GTUB 4MF7A 3GYKA 4CDOA 4KSMA 2YOIA 3GH6A 3C1SA 4MJEA 4FYUA 5J3RA 1MDIA 1MD3A 3ZMKA 1PMTA 2M72A 4GSTA 4EVMA 2YZUA 1LBKA 3UIWA 3TRXA 2E2MA 2HYXA 4LL4B 4F0BA 5HR0A 4MK3A 1THOA 4AJ8A 3A2WA 1Z6MA 4PQ1A 3APOA 4AJ6A 4Q5RA 1X9SB 5DALB 1T00A 2CZ2A 1A2LA 1QXHA 4ILFA 1SENA 3TOTA 3WGDA 3I6AA 3CSIA 2CAQA 2REMA 3N5OA 3FZ4A 2FCHA 1PX7A 1PGTA 2GT5A 3Q74A 2V6OA 4V1Ap 5DQSA 2VCTA 2AUVA 2HRNA 4J57E 5HR1A 1GUMA 1OE7A 4IGJA 1K0NA 2RLIA 3GX8A 1EV4A 2V1MA 2L5OA 2PMTA 5KN3A 2A2SA 4ZL9A 2L6DA 4KB3A 1BQ7A 1MDKA 5D8IA 1MDJA 3PINA 3TKSA 2LTKA 3F6FA 3IRAA 4Q5NA 3Q18A 3KJYA 2VO4A 3Q6OA 1XWCA 2B5YA 4TOPA 1O7UA 2JSZA 3J7Yk 3KH9A 5D9WA 4WR5A 2IL3A 2I4AA 2IWTA 1UC7A 1ZZYA 4PNGA 3ZZXA 1A0FA 3TKQA 1Z7RA 1KNGA 3TRQA 4ZXGA 2FA8A 3JCML 1QFNA 4YQUA 2KLXA 3IV4A 4K0NA 1YY7A 1F3BA 2PN8A 1J08A 2HNLA 2HFDA 1E2YA 1NSWA 2F8FA 3TKPA 4BVYA 3A3TA 3M3MA 1EWXA 4K7IA 2N5FA 2G2QA 2QGVA 5LCZA 2EIQA 2KUCA 2H70A 3U6VA 2KHPA 1F37A 4JR4A 4XIHA 3DKSA 4F82A 1FW1A 1J0FA 5ECNB 2I81A 2MBSA 5ENUA 5FT3A 19GSA 4MZWA 4K6XA 3C1RA 4ULXA 2YCDA 3ERFA 3CRUA 2OE3A 3G7JA 3TJKA 3EE2A 1G7EA 1G7OA 1LU4A 4NWYA 1QGVA 4IELA 1A8LA 3M9KA 2QSIA 2KP1A 2O8VB 4L5LA 4OCEA 4IP6A 3IOSA 2O87A 1GP1A 2LRNA 1GNEA 4WBJA 1OC8A 1FO5A 2LRTA 3FR3A 5G1KA 1G6WA 2OJLA 3ME8A 2XHFA 3LEFA 3FKFA 4KCAA 3E3EA 2N5AA 1YF0A 4WETA 1BJXA 3N9JA 4DSQA 2PVQA 4TXOB 1QUWA 3D6IA 4OD7A 3ZIJA 5IOWA 1PKZA 1Y6EA 2MBTA 4O5RA 2P5QA 3IPZA 3TJFA 2H1GA 1GL8A 4IQAA 1F3AA 2YV9A 2VD1A 4V1Ag 1V40A 2H74A 3DRNA 5ECSA 4ZB8A 1DSBA 4PQIA 4GQFA 4F0CA 2B5EA 2OADA 1EP8A 1FVJA 3LXZA 4KE3A 1SU9A 3GSSA 4RQRA 4N30A 1PSQA 5CP1A 1SL1B 3PH9A 3UARA 5G1LA 3BCIA 2E0QA 3KTBA 3GURA 5B8AA 2O85A 4LMWA 1IYIA 1OKTA 5DQYA 2C0DA 3VURA 4GTUA 4ECCA 4DSSB 4KW6A 3W8SA 3DD3A 3F3RA 1UVZA 4EXJA 3LSZA 3DEXA 2YJ7A 1K0AA 2WULA 3CBUA 3RPNA 3GUSA 5D73A 1XBSA 5IMCA 3HZ4A 4ML1A 4BWSA 3QDNA 4L0UA 1GSDA 2CVDA 1RW1A 3D22A 2OBIA 2P0GA 4MABA 5A5KA 2MMNA 1ZOFA 2GZZA 5ECKB 4I2UA 1GSUA 1F6MC 3LYPA 2X99A 1X0RA 4ZILA 5L71A 2OBKA 4TR4A 3G7IA 1JLVA 2FY6A 1WOUA 1I5GA 3DXBA 4ECBA 1YJ6A 1WE0A 4ZL8A 3FZ9A 1X9MB 3RPPA 2C0GA 2X8GA 2YWMA 3G9BA 2H01A 2NTOA 2VD0A 4L0WA 2FWHA 6GSTA 1GSYA 3D21A 2BTOT 3CYNA 1U87A 3TKRA 5HQPA 1UN2A 2GTUA 5IMZA 3IK9A 3IAM2 4O32A 2FGXA 4ECIA 3UJ1A 4CHSA 4FH8A 1T4ZA 2HZFA 4DVCA 1XW9A 3EMPA 3GL5A 1T3BA 3Q19A 1EP7A 1TXXA 3L9UA 2PPTA 5D9XA 2B7JA 2XPEA 1Z3EA 2C3QA 2LQQA 4WKWA 1GLQA 2L57A 3TGZA 2PUKC 3DMLA 1C72A 3KIJA 3KMNA 4K0GA 3RBTA 2GSSA 2EIRA 3NZNA 4V2LA 3QOUA 4MF6A 4ML6A 1K0MA 3I9V2 2IFQB 4GF0A 5ECOB 1I9DA 3TJJA 1WWJA 3WYWA 3GV1A 1A23A 2C0FA 4WF5A 1QQ2A 5E4WA 2VLUA 3VFIA 4HI7A 5ABRA 4IJ3A 3FZ5A 1GNWA 1XWGA 1HNBA 1JZRA 3O76A 3GKKA 2QC7A 3IA1A 3TJGA 3CTGA 5HR2A 3J7Yb 4N0VA 4POKA 3F0IA 3D0ZA 2FWGA 2OKAA 3HJPA 1USBA 1U3AA 1TRWA 3VK9A 4I5QA 5J9CA 1ZL9A 5GAND 3ZFBA 4OFNA 1GUKA 5IMDA 1SD9A 1W4VA 2M46A 2MYGA 5CRHA 3ZIVA 1KBNA 2AJQB 2X8HA 3VPTA 1A2MA 1YEPA 5IOXA 4JEDA 1PX6A 4G10A 1S3CA 4PUFC 5F0GA 1DBYA 4TR1B 3S9FA 5KN0A 5IPGA 3TKSE 3IR4A 4K7OA 22GSA 3M8NA 4ID0A 4XHMA 5A4WA 1PN9A 3GKMA 4LLRA 2H0GA 4HZ4A 4G19A 4ZL7A 1FHEA 3TUEA 3LXTA 1R5AA 2IPAA 1THXA 2P31A 3HYPA 2ALBA 2OA7A 10GSA 3GTUA 2H73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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