2VIMA

X-ray structure of fasciola hepatica thioredoxin
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
MRVLATAADLEKLINENKGRLIVVDFFAQWCGPCRNIAPKVEALAKEIPEVEFAKVDVDQNEEAAAKYSVTAMPTFVFIKDGKEVDRFSGANETKLRETITRHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Fasciola Hepatica Thioredoxin: High Resolution Structure Reveals Two Oxidation States.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Fasciola hepatica
total genus 37
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature ec 1.8.4.8: Phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin).
pdb deposition date 2007-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vimA00
1NHYA 4MLYA 1A0FA 8GSSA 4ZB8A 3QR6A 5AIVA 4YQUA 22GSA 3KJYA 4G19A 5LD0A 5J9CA 3GL3A 3FKFA 1BYEA 5G2ZA 1AQVA 3BBYA 1GLPA 1OC9A 3GL5A 1PRXA 5ID2A 4FH8A 3TDGA 4TXOA 3JCML 5F07A 1LJRA 2FA8A 4JR4A 5LCZA 5ENUA 4ECIA 2XPDA 3TKSC 3TCOA 2L4CA 2H8LA 4TXVA 4TKYA 1UC7A 4NXIA 1U88A 2I9HA 3GKKA 4OWYA 4IQ1A 1GULA 3EINA 4IS0A 4XS1A 4MJCA 2YV7A 3UJ1A 2TRXA 5HR3A 3RDWA 1X5DA 1Z6NA 4EUYA 3CRUA 3QFBC 4HOJA 4AJ7A 2VL2C 1MDIA 3E0UA 3GYKA 1XPVA 3HXSA 2PVOC 3LG6A 2O87A 7GSSA 6GSVA 2CVBA 4RQXA 1GRXA 3MWHA 2FHEA 1J9BA 4MABA 3HJOA 2H01A 2CV4A 3KMOA 5HR2A 4F0CA 20GSA 4L8EA 3VLNA 4MCUA 4G2EA 2RUEA 2P5QA 3M9JA 2K8SA 2KHPA 2C80A 1M2BA 1F9MA 3QFAC 5JWRB 2B5YA 2H1GA 2ZCTA 2MMNA 4ZBAA 2C3TA 3VWXA 5L71A 1Z7PA 4KW6A 3LWAA 3DD3A 2M46A 3TJJA 3F4SA 1O81A 4FO5A 3KM6A 5D8IA 4KX4A 2QC7A 1UVZA 1O7UA 2PN8A 1WIKA 3HDCA 4NMUA 3LFLA 5GAPD 1JLVA 3ZL5A 3A2VA 2VIMA 3G7JA 5HFGA 3ZITA 1EWXA 1X5CA 5IQYA 2P0GA 4PURA 1SK2A 4YH2A 4MK3A 4KGIA 2H6ZA 1ZYQB 1EV9A 2X8CA 3IE3A 3WGEA 1W89A 4EDZA 1FAAA 5B8AA 2VM2A 3O76A 3QAGA 4PXOA 2WCIA 1SL1B 5IMCA 2E7PA 5DAKB 4RI7A 4L0UA 1M2DA 3A2WA 1SU9A 3N9JA 2CT6A 3IDVA 3GIXA 2MBTA 3HVVA 4HI7A 3Q6OA 2LQOA 1O8WA 1R5PA 2YOIA 2L5OA 1H75A 2GZYA 3ME7A 5LNKe 1XXUA 1SK0A 3H8QA 1SJ6A 3GH6A 1T8EB 4N0ZA 3EURA 2GQLA 4L5OA 4DSRA 3CTFA 2ES7A 1JLWA 3SWLA 1ERVA 4GSNA 3WD6A 3PINA 1EEJA 2K18A 3LXZA 13GSA 2R2JA 2MMOA 2HYXA 3US3A 3D4TA 3D4MA 5GSTA 2MYGA 3TRQA 1UN2A 4YAPA 1O85A 4KE3A 4I2TA 2OE3A 3KGKA 3LYPA 2AJQB 2NBSA 2RIIA 1WRYA 4OFTA 4LLRA 2JZRA 3ISOA 2VL9A 3IXRA 5C04A 1BAYA 3UBKA 4PUAA 1TK5B 2L6CA 2LUSA 1TRVA 6GSXA 2PUKC 1VF4A 2ON7A 2VAFA 3UIWA 3UAPA 4N11A 2VM1A 2PBJA 1Z7RA 2YNXA 3TRPA 1AXDA 3BJ5A 3L78A 4NHZA 3TRXA 1YJ6A 2CVDA 4NV5A 2DJ3A 3DXBA 3W8JA 1JFUA 2VLVA 3OR5A 3IRAA 4AGSA 1EP7A 1TK8B 4MZCA 3KZQA 1NW2A 2C4JA 2WJUA 1M2AA 5G30A 3CSIA 2YZUA 1CQGA 1X9WB 4MA9A 3GSSA 4ML6A 1TI1A 3H1NA 2FNOA 1GTIA 2H72A 3UMAA 3FZ4A 3F4RA 4MF5A 5IOXA 2NTOA 1FVJA 4P3YB 4DEJA 5IMAA 4MF7A 3A3TA 1BG5A 1AIUA 2IIYA 3C73A 2LNTA 5G1LA 1S3CA 1T4YA 2HFDA 3DVXA 3A2XA 4ECBA 2B3SA 3J7Yb 1PA3A 4MMMA 2E0QA 1QFNA 4K7OA 4K2DA 4POLA 3DGQA 4HQZA 4KCEA 5JWOB 2FWEA 1ZOFA 4JU5A 4ULXA 3LGCA 1XW9A 4IQAA 2ZNMA 3VURA 5J41A 2K8VA 4D73A 1PL1A 3KH7A 1T7PB 2CZ2A 4MZBA 1XW5A 1HNCA 1B48A 1MEKA 2IMIA 3CYNA 3DEXA 4HZ2A 1XW6A 2CQ9A 4KDXA 3ZIJA 1OYJA 1O73A 5CNWA 1ML6A 1SYXA 4GWRA 3H4KA 3D22A 4XTSA 1B9XC 2AB6A 2H1AA 5CP1A 5H5SA 2YWOA 2L5LA 4IN0A 3P8WA 1WE0A 1FB0A 4OFNA 3PH9A 2R5GA 2NDOA 3UVHA 2LV3A 4BVYA 4K9ZA 1TRSA 2IL3A 5DDLA 3I6AA 3LJRA 2A4VA 4TR1B 5CYYA 3TKSA 2DIZA 4PQIA 3GUSA 1BQ7A 3ME8A 2GSQA 2GTUA 1ILOA 5E59A 3LORA 5ECOB 1DE2A 2DJKA 1EGOA 2XC2A 3ZZXA 3FR9A 3E9JB 2X99A 1K0MA 1VF1A 2VL2A 3IV4A 2P5RA 1CQHA 1GSEA 2C1YA 4ZL7A 2FLSA 1C72A 3KXOA 2DJ1A 2OBKA 5DVBA 2XHFA 2GT6A 2F8FA 2H73A 2IJYA 4GCIA 4QL9A 1R7HA 4K6XA 1HD2A 3HZ4A 4ECJA 4TR1A 4GTUA 5C00A 2OE0A 2C0GA 2PPTA 3QMXA 1ABAA 4K7NA 1M9AA 5J3RA 4KDYA 3GX8A 3FZ5A 3GA4A 1X0RA 5H5QA 3F63A 2DIYA 1B9YC 1EP8A 2HT9A 1TU8A 2X8GA 2XPEA 3UVTA 3EMXA 5D9XA 2IWTA 3IBHA 4ZIJA 3NIVA 1E2YA 2LQQA 1V2AA 3M8NA 2AAWA 2YN1A 3TOTA 1WWJA 4HEA2 4BVXA 3U6VA 4PGTA 1E6BA 4ISDA 5JWQB 1YDKA 4AJ6A 4ZL9A 1GNWA 2V2GA 1WJKA 4NPBA 2YWIA 4KH7A 2KP1A 5HFKA 2H1DA 2X64A 4Q5RA 4DSSB 3TOUA 1U87A 1XCCA 3L4NA 4BA7A 1EV4A 4FYBA 1GNEA 2B7KA 3FRCA 2JSYA 2OJLA 5IO0A 1Z3EA 2GVPA 5CO3A 2PERA 3ZIVA 2G0FA 3EVIA 2IMDA 2FCHA 2JACA 5J9BA 1TK0B 3LXTA 5COHA 2EIQA 2FWHA 5ECQB 5DBQA 2L57A 1AW9A 1U3AA 1FG4A 2GZPA 1V9WA 1I5GA 11GSA 5EVOA 3FR6A 3RPPA 5G5FA 5HQPA 2BJXA 5KN1A 1RW1A 3ERGA 1PKWA 4NAXA 3GRXA 1F6MC 4K1FA 4PQHA 4ZBDA 4DSSA 2OE1A 1U6TA 2VL3A 1F2EA 1URMA 3D5JA 3KMNA 1RK4A 3F0IA 3HA9A 1B4PA 1JZRA 2VCZA 3GNJA 1ZZYA 2VCVA 4BPYA 10GSA 4JEDA 3D6IA 2YANA 3ZLPA 1XZOA 4J56E 1GLQA 3DKSA 4TVEA 4Q5NA 3C7MA 1GTUA 3UOMA 1BEDA 1G0TA 4TOPA 3M0FA 5ELAA 4KSOA 1GTAA 1ZMAA 1PX7A 3ZVJA 3FZAA 1Z9HA 4IGJA 1YF1A 5IMDA 5JCUA 3F6FA 2B5XA 5DQSA 4J2FA 3MDKA 3H79A 4I5QA 1WOUA 4EC0A 4MPGA 1QQ2A 5DJMA 2F8AA 3I9V2 1GSYA 3GFKA 2JZSA 4XRAA 2AHEA 4EDYA 2IMFA 4XHMA 3RBTA 1SKSB 4O32A 1LU4A 4V1Ag 4POMA 1SL2B 2B1LA 2GSSA 1PKZA 1OAZA 5EPFA 3ZVJD 2B1KA 2H74A 5CRHA 3NOFA 2O85A 1ZCPA 1VF3A 3C1SA 1B4QA 4IP6A 2LS5A 4IVFA 3TJBA 4OO5A 3L0HA 2IMKA 5D96A 1THXA 3TKRA 5IOWA 2WRTA 4FYUA 2V6KA 1TOFA 1S3AA 1DUGA 4K0GA 5CREA 2VD0A 1SJZA 1TP9A 5D93A 3IK7A 4EKZA 4I97A 4TR4A 1A2LA 1NHOA 2EIRA 2LEGA 1XWAA 3F9UA 5FT3A 4RQRA 2O89A 4WXTA 1PX6A 1FW1A 1H4OA 4XCSA 4MH2A 3MAKA 2DBCA 4YQVA 4AF2A 3MSZA 1R26A 4WBJA 4JZQA 5DAKA 4GQFA 3CRTA 1ERTA 1K0CA 4HU9A 3M3MA 4G10A 5J5NA 1XOBA 3WGXA 5ELGA 1MD3A 4ZBBA 1J0FA 5CRDA 3HVXA 4H86A 4IELA 3ZYWA 1MDJA 4K8MA 4GQCA 1O6JA 1TI3A 2N5AA 1GSUA 5KEJA 1WPIA 5IO2A 3DRNA 1KNGA 3APSA 2VCQA 3RPNA 5IPGA 1U3IA 2H1BA 2VLUA 1YEXA 2HRFA 4LA1A 1KEBA 1V57A 3CMIA 4ZB6A 3LQ7A 1R4WA 2PGTA 2B5EA 2YV9A 3IR4A 2C0DA 2YJHA 2J23A 4GF0A 3M1GA 2FY6A 5DCHA 3S9FA 3EWLA 3LSZA 3U5RE 2DMLA 1A2MA 3IA1A 1PMTA 3KCMA 4OO4A 2GZZA 5CRGA 5G5EA 4L5LA 3IAM2 3R2QA 2VCWA 1A2JA 4F82A 4OCEA 2DJJA 3HHVA 5ECHB 4I2UA 1FB6A 2LRTA 2CAQA 1A24A 1F3BA 3BD2A 2YWMA 3QDNA 3TJGA 4LL1B 5ECNB 1GH2A 3F4TA 1PL2A 4FIWA 2A2SA 1I9DA 1MTCA 2H75A 1QGVA 2IN3A 2PU9C 3ZTLA 4AJ8A 3IK9A 4X0XA 3QOUA 2H0GA 2H0IA 2OA7A 2VO4A 1HQOA 1SJIA 2HNLA 1GP1A 6GSSA 1AUCA 2HI7A 3VK9A 1Z6MA 1JZDA 4WETA 2OKAA 2CX3A 3WT1A 2OADA 4IW9A 3ERWA 3BCKA 3EE2A 4HU7A 5JCGA 5G31A 2CVKA 3FEUA 4XIHA 4E8HA 4EO3A 2PVQA 3HVSA 4ID0A 2REMA 3IC4A 1TW9A 4MF6A 5ECKB 2H66A 2X8HA 2R6KA 1BX9A 3Q19A 2J9HA 4MZWA 2GQMA 2EC4A 1T00A 1SYRA 5DQYA 5AIXA 4NHWA 3A5WA 1W4VA 2E2GA 4EL1A 1GSDA 1ZYEA 4BWQA 1ON4A 6GSUA 1LBKA 4HJMA 1UA5A 5F06A 1K0BA 1XVWA 3VPTA 1OKTA 4GSTA 1GWCA 1TDIA 2V32A 1YF0A 3I43A 4OD7A 2L4QA 1K0AA 5D73A 3F3RA 1EEMA 3D0ZA 2DJ2A 3L9UA 4K7IA 3J7Yk 4PNGA 19GSA 2HZFA 2C3NA 2RM5A 3GSTA 3QAVA 2GLRA 2V6OA 2I81A 3TJKA 1YKCA 2DMMA 5KN0A 4POBA 3AY8A 2YJ7A 1K3LA 1MD4A 1QMVA 2LRNA 2ZUPA 4KNDA 5FWGA 3BCIA 5ECIB 3DYRA 2V41A 3GV1A 2H30A 1GUKA 1XFLA 3KTBA 2FA4A 2I4AA 2H6YA 3G9BA 2IFQB 2YP6A 5IPHA 3TKQA 1NM3A 4LMVA 3VWWA 3GMFA 2N5FA 3F6DA 2K6VA 4KSMA 3LEFA 1PN9A 3CTGA 4V2LA 1DE1A 1OC9B 3WGDA 1AQXA 17GSA 1XWKA 1B8XA 1HNBA 1RQMA 2K9FA 4HS1A 4Q5FA 1G6YA 1MDKA 1EGRA 3EU3A 4TR0A 2CZ3A 3SBCA 3C1RA 3KH9A 4F03A 2JSZA 3IHQA 6GSWA 4BL7A 2WDUA 3EMPA 1EOGA 2B6MA 4IJIA 5AISA 3CSJA 2WULA 3ZFBA 2CAIA 2H19A 4MJAA 1JZWA 2GSRA 2IFQA 3V1WA 5F0GA 4F2IA 4L0WA 5ABRA 2FD3A 1PGTA 1OVNA 4ML1A 4N30A 1AAZA 6GSTA 1M7TA 3P90A 1HNAA 2QKEA 3QAWA 1TJDA 3EYTA 4ZL8A 3ZREA 4WR5A 3PGTA 2QSIA 5GZZB 3D21A 4IJ3A 3EU4A 5DALB 2M80A 3FYGA 3P7XA 1M0UA 4ACSA 2YWNA 4PUFC 3GKMA 2XBQA 1XVQA 5ECSA 3HY2A 2WB9A 1X9SB 5ECLB 4GLTA 1V58A 4GXZA 4V2MA 5B6MA 2HZEB 2IPAA 2F9SA 3HCZA 3VWVA 1PD21 4Z7XA 2FGXA 2GQKA 3KD0A 2FWGA 1AC1A 3FHKA 3W6GA 3HYPA 1SD9A 1XWCA 2PMTA 4KUNA 5CRWA 3GKNA 3HD5A 5KN3A 4IKHA 2YPMA 5DALA 3DIEA 1K0DA 1F37A 5F8BA 4RI6A 1YZXA 3TB2A 4OMVA 3L9VA 1GUMA 3ZMLA 4NV2A 2LSTA 3I69A 4EVMA 1TKDB 5FHIA 2HZEA 1DSBA 3RHBA 3N5OA 2JL4A 1VF2A 3BOAA 1XWBA 2HRNA 5AN1A 5INYA 3IAS2 1OKDA 4TR3A 2KP2A 3FZ9A 2H70A 3CSHA 2EIOA 5EL8A 2DC5A 4JE1A 3FR3A 4YAVA 2VOCA 1ZGNA 1GSQA 5H5RA 2H0HA 2TRCP 4IP1A 3FW2A 1SD8A 2E2MA 5ECMB 2C0FA 2AUVA 1XOAA 2VUPA 3KIJA 3TGZA 3O6TA 2RLIA 3TUEA 3KP8A 3UARA 5HR1A 4WR4A 5G1KA 1QK8A 4TW5A 3VI7A 2VCTA 3DWVA 2NPBA 3FY7A 1OE7A 1WP0A 3TKSE 1J08A 4WBRD 3RAZA 2KUCA 1WMJA 3DMLA 2N5BA 4G9HA 1YQ1A 3QD9A 1K3OA 1TRWA 2GDRA 1THOA 4WF4A 2LNSA 4QQ7A 3F8UA 4HUAA 1OE8A 2R4VA 5F05A 2A2RA 4YQMA 4O5RA 4WKWA 4XRDA 1VGLA 2HSYA 4F0BA 1IYHA 4FYCA 1OC3A 2VLTA 2JADA 2I1UA 6GSYA 1VRSD 3GKXA 3G7YA 9GSSA 5A5KA 5A4WA 2C8UA 2WS2A 3UEMA 3FK8A 1JZOA 4JBBA 2V1MA 1SKWB 3DVWA 3HZ8A 2MBSA 3M9KA 5DCGA 5GSSA 4HZ4A 2DLXA 2BMXA 3ED3A 4RUVA 1KTEA 1N8JA 4N0VA 2AV4A 5B6NA 3GURA 4LL4B 3QPMA 1Y25A 2IMEA 4PNFA 1TU7A 2LRCA 2B7JA 2YCDA 3APQA 3RHCA 1PQNA 1Z5YE 4ILFA 1FOVA 1BJXA 4N10A 4V1Ap 3ZMKA 5IIZA 4WF5A 3KTLA 1ACVA 4HDEA 5D9TA 2ON5A 4X43A 2I3YA 2G2QA 2LTKA 4MH3A 4GRFA 4DSQA 2P31A 1IYIA 2MMAA 3P2AA 1R5AA 18GSA 2MMZA 1OC8A 2H71A 1V98A 2GSTA 1T4ZA 2AYTA 2LKUA 3G7IA 5KN2A 5IM9A 1NSWA 5IMVA 2D2ZA 4MJBA 2VCXA 2KOKA 1ZL9A 2JZTA 5A4VA 1A23A 2F3MA 4MJEA 12GSA 4D73B 2C0EA 2FWFA 3C8EA 3LYKA 2GGTA 5A4UA 1F3AA 5DJLA 2TIRA 3HJMA 4KA0A 3Q74A 2L6DA 4EXJA 2H76A 4IBPA 2LJKA 5AGYA 2DJ0A 3QCPA 1GTBA 5E4WA 1YKAA 4TRXA 2VD1A 1QUWA 3TKPA 2C3QA 2H6XA 3ZFLA 2JU5A 2HXKA 4E8EA 3GH9A 1K3YA 4CW9A 3UBLA 2OACA 3PR8A 1SL0B 3CXGA 4X1UA 5D9WA 2F51A 1AQWA 2KLXA 3ZRDA 1PSQA 1EZKA 4OCFA 2CX4A 3IPZA 2RM6A 1FVKA 1USBA 1X9MB 4TN8A 4JR6A 3GTUB 2DSAA 2HLSA 1V40A 14GSA 1M9BA 2RUFA 1Y6EA 5JCWA 4EF0A 3IOSA 4IHUA 1K0OA 3APOA 4CDOA 5GAND 2NVLA 1ERUA 1KBNA 4MP4A 3NZNA 2ALBA 5HR0A 1X5EA 3WT2A 4XS4B 1ERWA 1ST9A 2WZ9A 1TXXA 2L59A 4BWSA 3O3TA 4KAEA 2LJAA 4I6XA 2O8VB 1GL8A 4ZXGA 4HQSA 4K0NA 4JRRA 5ECPB 1S3DA 2WGRA 1JHBA 3E3EA 2R37A 3WYWA 1G7EA 3MNGA 4XS6A 2QGVA 3GTUA 4I8BA 4QL7A 1G7OA 4Q5QA 1SENA 1SK1A 3VFIA 4WEYA 4KCAA 5IMFA 1A8LA 2CA8A 2HSHA 3EC3A 2PWJA 3CBUA 3VWUA 5B8BA 4PX1A 1A8YA 5IMZA 3VI5A 4ECCA 4MDCA 4XS4A 1Q4JA 3TJFA 1HYUA 4O7HA 1QXHA 1DBYA 4KB3A 3VPQA 2LJRA 5HFIA 1XIYA 1GUHA 4F9ZA 1EOHA 2MZCA 4LMWA 2FUG2 2M72A 1SKRB 2OBIA 2GS3A 3K8NA 1O8XA 3KEBA 1YY7A 1M99A 3Q18A 2XBIA 3W8SA 1A0RP 5EY6A 5D9VA 1Q98A 4OFMA 4J57E 3L9SA 5CAXA 4KDUA 1YEPA 1N2AA 4CHSA 3KP9A 1GSFA 3H93A 4POKA 4V2NA 1T3BA 1XBSA 2HE3A 5ECRB 1K0NA 4ZB9A 2Z9SA 3C71A 3UL3A 1TRUA 2BTOT 2R3XA 4DVCA 3GN3A 4HJ2A 4GSSA 1FHEA 2O7KA 2GT5A 5ID2B 1FO5A 2WFCA 16GSA 4TXOB 4PQ1A 1T1VA 1G6WA 2YZHA 5B7CA 4MPFA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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