2VL2A

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl2A00
1FB0A 1F9MA 2REMA 4WF4A 4J57E 4QL7A 1AC1A 1UA5A 5IPHA 5ENUA 1NW2A 3M0FA 4WEYA 5F07A 2R5GA 4DSRA 1XCCA 1K3YA 4TN8A 3TCOA 2VCQA 2LNSA 3D6IA 3VI5A 3GRXA 1YY7A 5A5KA 5D93A 1QGVA 3GURA 3WT1A 1TU7A 3KTLA 1SD9A 3DEXA 3ERWA 4ID0A 2YZHA 3C7MA 1B4QA 3FR9A 4ZB8A 1M2BA 2B7JA 1SK0A 2HSHA 2DIZA 3J7Yk 1PKWA 4I2UA 4Q5QA 6GSYA 2HNLA 5ECSA 3KH7A 3VLNA 4MCUA 2NVLA 2O8VB 4K0GA 1YKAA 2WZ9A 3DVXA 4X1UA 3F3RA 1MDKA 3GYKA 3GKNA 6GSTA 2G2QA 1IYHA 3GMFA 5GAND 4HZ2A 1X5CA 3TGZA 4WR5A 1OC3A 3L9SA 4XCSA 2H76A 3LYKA 1GRXA 5H5SA 5D8IA 1SK2A 9GSSA 2OADA 4PUFC 5FHIA 2WJUA 1XWKA 4IP6A 3G7YA 3TJJA 2E2MA 3ZZXA 1B8XA 1VRSD 2CZ3A 1GSDA 2M46A 1DUGA 1TRWA 3NZNA 2TIRA 2YJ7A 2H72A 1URMA 3UMAA 3LORA 3QAVA 1GSSA 4LMWA 2Z9SA 1ON4A 5G1LA 1G6WA 5ECHB 4EXJA 4O92A 1FW1A 3WGEA 3E9JB 2K18A 1JZDA 4WR4A 3GTUA 1ZZYA 1GSUA 3UAPA 3FZAA 1NSWA 4ZBAA 3HD5A 1HYUA 2KUCA 5ECMB 3N5OA 2BJXA 4JU5A 4RQXA 4TXVA 5ECOB 3J7Yb 4HZ4A 3HHVA 7GSSA 1DE2A 4AJ6A 4KDUA 5DCHA 1SYRA 2LRNA 2P31A 3APSA 4PNFA 1OE8A 1TI1A 5EVOA 5CP1A 2DBCA 8GSSA 3D21A 2L57A 1JFUA 2C8UA 2H6ZA 2B6MA 1GTIA 2I81A 1Y25A 1TRSA 4V1Ap 2JADA 1S3CA 4N10A 3JCML 3HJPA 2HZEA 2AAWA 4LMVA 1OE7A 1EGOA 3RDWA 1V9WA 1I5GA 3CTFA 4KDXA 5GAPD 2MMZA 4PQ1A 2IIYA 1MEKA 2E2GA 2X8GA 2R37A 1Z7RA 4I2TA 1THXA 2IMKA 3IE3A 1THOA 2C4JA 11GSA 2KP2A 3HVXA 2X8HA 3C1SA 3TRQA 2IN3A 3FZ4A 4KB3A 2B7KA 1FOVA 3H93A 1OC9A 2PBJA 2HRFA 1GSEA 1AIUA 2IMFA 2OE3A 4MA9A 3ZIVA 2TRXA 5IMAA 4YAPA 5D9XA 4Z7XA 5GZZB 3C8EA 4TXOB 1F2EA 2DC5A 4MF7A 1EP8A 2YWNA 2PWJA 1TKDB 2NTOA 3VWUA 1U6TA 1ERTA 5D9TA 4K7NA 4I5QA 2YCDA 1X9WB 2FWEA 1A2MA 1PA3A 1Z3EA 2LQQA 3QDNA 2VM1A 3VWXA 1K3LA 2VL3A 3F9UA 1GNEA 1V57A 4HU7A 4RI6A 4KW6A 1DE1A 1TP9A 1BEDA 5IIZA 1K3OA 4L5LA 3P8WA 2H1BA 1O85A 2H74A 4EUYA 3LQ7A 1Z9HA 2M72A 5INYA 1A0FA 1X9SB 1R5AA 1KBNA 5JCGA 5ID2B 2M80A 3TKSA 4KSMA 4N0ZA 3M8NA 2B5EA 2HT9A 2H30A 2YZUA 5DJMA 1EEMA 3IR4A 1PX7A 2XBQA 4HJMA 1E6BA 3APQA 4XRAA 1SENA 4BWQA 2V6OA 2LNTA 2LJAA 4Q5RA 4IVFA 2FHEA 1YF1A 2V1MA 1PL2A 2H1AA 1W89A 3CSHA 4GF0A 1AXDA 1RQMA 4GXZA 3FY7A 3HDCA 3L4NA 3MSZA 4KX4A 2K9FA 1GTBA 3DMLA 4TW5A 1GTAA 1CQHA 2F8AA 4GQFA 3VWWA 5DQSA 1Z5YE 1GNWA 3WD6A 1LBKA 1KEBA 4K7IA 2HFDA 2VD1A 3A5WA 4GCIA 3TJBA 4MF5A 5ECPB 3EU3A 5IPGA 2V41A 5KN0A 2X64A 2J23A 10GSA 5DQYA 3F8UA 4TRXA 2H66A 3LXZA 2OACA 1NHYA 5A4VA 4RI7A 4NAXA 2E0QA 1GULA 1AAZA 1BX9A 2R2JA 5HR2A 5JWQB 1RK4A 2L6DA 3M9JA 2C1YA 1EV9A 2XBIA 2YWOA 5IMCA 3GA4A 1AW9A 1A24A 1ZMAA 4N11A 1QMVA 1T00A 3IBHA 2FA8A 3QAWA 1F37A 1U88A 3TKPA 4O5RA 2DJ2A 1JZRA 2RUFA 2I9HA 3IAM2 2DIYA 3CSIA 3HCZA 4MZBA 4IBPA 2FY6A 1BAYA 1PQNA 4MLYA 5EL8A 2L59A 4POKA 3IAS2 3G7IA 3V1WA 2C3NA 4TR1A 4GRFA 4ZBBA 2WCIA 1M99A 1TK5B 2ALBA 3L9UA 5F06A 1X5DA 2VOCA 4O32A 2LV3A 3VWVA 3HA9A 2PVQA 2ON5A 5HFIA 4MK3A 1YKCA 2B5XA 3FZ9A 4HJ2A 2IMDA 4BWSA 4ML1A 4PUAA 2FA4A 3C73A 2HXKA 3QAGA 2F3MA 5J9BA 2VL9A 4KE3A 1S3DA 4L0WA 2F8FA 2O89A 4NV5A 3PGTA 2VCWA 3BBYA 5F0GA 3ZYWA 1Z6MA 5IO0A 2XC2A 4ZIJA 1FVKA 2C0FA 4KGIA 3A2WA 4MZWA 4EL1A 2CAIA 2WB9A 3DXBA 2BTOT 1UN2A 3UVTA 3ZL5A 1K0NA 1A8LA 5A4UA 1RW1A 3KP8A 3D22A 1QK8A 4I97A 2H73A 3KD0A 1Z7PA 1M9AA 4WBRD 1ZYEA 5H5RA 1K0BA 5IOXA 3UIWA 5ELAA 4BL7A 5J41A 4TR0A 2FNOA 3UL3A 1GTUA 5CRDA 1B4PA 1XW9A 3C71A 4IHUA 1X5EA 13GSA 2AV4A 14GSA 1XFLA 2VL2C 1JZOA 2C0EA 2DJ0A 1OKTA 1XXUA 2H70A 4MJAA 5B7CA 2WS2A 2O87A 2JU5A 1N8JA 3TKSC 4FYBA 2DMLA 1OC9B 3FEUA 2OE1A 4EDZA 5B6NA 2YOIA 2GT5A 2AB6A 2B3SA 1WJKA 4PNGA 1XVWA 1TW9A 5A4WA 3ZTLA 2FWHA 2MMOA 1KTEA 1U3IA 2CVDA 3IC4A 3KM6A 5IMFA 1H4OA 2GZPA 1M2DA 1SL2B 4GWRA 4N30A 4POLA 3CSJA 3W8JA 4OCEA 5CRGA 4AJ8A 2HSYA 1TU8A 5G5EA 3DIEA 2NPBA 2HE3A 2YN1A 4PQIA 1K0AA 2QSIA 1T4YA 3WYWA 1WP0A 5DALB 4ZB6A 2YV7A 2H6YA 3GNJA 5J4UA 5DDLA 1SL0B 1ZL9A 1PRXA 5KEJA 1M2AA 2H0IA 2HLSA 4ECBA 2C80A 3DRNA 2DJ1A 1G7OA 2GLRA 3LWAA 2A4VA 4WXTA 4IP1A 1J0FA 3EMPA 1QXHA 1H75A 4BA7A 2VUPA 3HZ4A 2EC4A 1B9XC 3QPMA 3CYNA 3O76A 2H0GA 2GSRA 3BCIA 1U87A 4KSOA 2P5RA 4PX1A 1G0TA 1V58A 4YQVA 3IPZA 1SJ6A 4XS4B 4WKWA 4E8EA 3G9BA 3UEMA 4OMVA 3EC3A 4ZXGA 4MH3A 4ZB9A 2H1GA 2MYGA 1AQWA 2AYTA 3UOMA 3D4TA 4G9HA 5HR3A 3K8NA 3DVWA 3HXSA 1GUHA 4IQAA 3RAZA 1M0UA 3W6GA 3KIJA 4X0XA 1UC7A 3VI7A 3F63A 2N5AA 3FZ5A 4MF6A 3LXTA 1VF4A 4LLRA 1XWCA 5DAKA 2GDRA 2V6KA 1MD4A 2FGXA 3PH9A 3L78A 3Q18A 1K0DA 2X8CA 5JWOB 4G10A 5B6MA 3F4SA 5ECQB 2YV9A 5C04A 2CX4A 4ECCA 1GSQA 3ERGA 1ML6A 4PXOA 1UVZA 2VCXA 2LUSA 3U6VA 3QMXA 5D73A 3VFIA 4KCAA 1GSYA 1YF0A 3H8QA 4YQUA 1F3BA 4JZQA 3LSZA 4XIHA 4AJ7A 3RPPA 4L0UA 4OFTA 5DJLA 3GSTA 4JR6A 1YQ1A 2VCZA 2CVKA 5H5QA 2PU9C 1HNAA 4MP4A 4K2DA 3F4TA 1FVJA 1V2AA 3KMOA 2P5QA 4F9ZA 2RM5A 5C00A 2QKEA 1YDKA 4MDCA 3TJGA 1V98A 2H8LA 1XOBA 1TI3A 1B9YC 2IFQB 3LJRA 4F2IA 3HVVA 4V2NA 3KTBA 4D73B 4GTUA 3NIVA 4ILFA 1ZYQB 2MZCA 5ECNB 1ILOA 2YNXA 1FHEA 1EZKA 5CAXA 3GIXA 2FUG2 3M9KA 3ZVJD 2CA8A 5IM9A 5CO3A 4Q5FA 3HY2A 1MDJA 1DSBA 1SD8A 2LRCA 4X43A 4NXIA 1X9MB 1DBYA 2VL2A 1MTCA 3IXRA 4GSNA 2JZRA 5E4WA 1OYJA 3LEFA 5KN1A 1HD2A 2LEGA 5DBQA 3H79A 3GL5A 1YEPA 4MZCA 5AN1A 4P3YB 3ZIJA 1R4WA 5KN3A 4MMMA 3FW2A 3F4RA 2HZFA 1Q4JA 3G7JA 3H1NA 5HFGA 3LFLA 4LL4B 1HNCA 3KZQA 2R4VA 2I3YA 2HI7A 1I9DA 4ZL8A 4I6XA 4YH2A 3I43A 2FCHA 4ZL7A 2H19A 3I9V2 3Q19A 1AQVA 3RHBA 4TVEA 3TOTA 1YJ6A 3IK9A 5JCUA 2I4AA 2HYXA 1PN9A 4IQ1A 1G7EA 2DLXA 4FO5A 4AF2A 2K6VA 4EF0A 2PUKC 3FR6A 3A2XA 4E8HA 4FH8A 3E3EA 3DYRA 2MBSA 3QFBC 3TKRA 1GSFA 2IJYA 22GSA 2GS3A 3LYPA 3EE2A 2ES7A 5F05A 2V32A 1SJZA 2TRCP 2CT6A 2JACA 2LJRA 5LCZA 3FK8A 4HI7A 1K0CA 1TXXA 4NPBA 1U3AA 3HJOA 3GKKA 1V40A 4JEDA 3M1GA 1O7UA 1GP1A 3KCMA 1QFNA 1WWJA 3ZMKA 1ACVA 4CW9A 18GSA 6GSWA 5D9WA 3WT2A 4NV2A 2C0GA 5GSSA 1A2LA 1JLVA 3GX8A 5CYYA 2DJJA 5J9CA 2HRNA 3IDVA 3GUSA 2DMMA 4PGTA 5B8BA 5D9VA 3QCPA 4RUVA 1A8YA 3TOUA 2VO4A 1XZOA 3BCKA 1GUMA 1GLQA 2NDOA 3F0IA 1O81A 5IMDA 2AHEA 2D2ZA 4Q5NA 3WGDA 2VAFA 3S9FA 3GN3A 3KGKA 3L9VA 2J9HA 4TXOA 1XWAA 3IRAA 4LA1A 3D4MA 4GLTA 2GSTA 2IPAA 4EE0A 1WRYA 2CV4A 3IA1A 2PVOC 1JLWA 3PINA 1GWCA 3W8SA 1XVQA 2CX3A 3RBTA 3LGCA 3GTUB 3CRUA 1SKRB 1XIYA 3VPTA 4EO3A 1XWBA 4MABA 20GSA 1PKZA 5ECLB 2E7PA 1A0RP 1FAAA 3ED3A 1PD21 2PERA 3GFKA 3TDGA 2RIIA 3GSSA 4IJ3A 4ISDA 4OO5A 4HDEA 3TRXA 4FIWA 5E59A 2VLUA 4QL9A 5DCGA 5ID2A 2GGTA 4IS0A 6GSVA 1QQ2A 1FO5A 4J56E 4L5OA 1TRVA 4TOPA 4DSSA 5ABRA 1WE0A 3HZ8A 3UVHA 3TJFA 2VIMA 2AUVA 2A2SA 5EY6A 2LS5A 2FWGA 4G19A 2EIOA 1JHBA 1T8EB 5DVBA 2HZEB 3MWHA 1OKDA 1N2AA 3R2QA 5G2ZA 4QQ7A 1XW6A 2YP6A 1R5PA 2RUEA 3LG6A 4I8BA 3Q74A 4ULXA 6GSXA 1TTZA 2OE0A 3GL3A 2K8SA 4IKHA 5ECRB 1EEJA 4OFMA 3H4KA 2XHFA 2JSZA 4KDYA 5IMZA 2ZUPA 4JRRA 5AISA 4POBA 4LL1B 1LJRA 1VF2A 4DEJA 3QOUA 2H01A 2QGVA 3EYTA 1SYXA 2VD0A 1EV4A 3UJ1A 1K0MA 3EMXA 1EOHA 4IW9A 1Z6NA 3GH6A 4GSTA 3P7XA 5HR1A 2JSYA 2GZYA 2GT6A 3KXOA 1BG5A 2EIRA 2IMIA 5J5NA 2LQOA 4EDYA 4F0BA 4F82A 1XW5A 3CMIA 17GSA 3ZMLA 3KP9A 3UBLA 5IO2A 1T1VA 2IWTA 4DVCA 2LSTA 4TKYA 3EU4A 1JZWA 4HUAA 2WRTA 4BVYA 3ZFBA 3E0UA 1SU9A 3I69A 3VPQA 2LKUA 3KJYA 4O7HA 2X99A 4GSSA 4JE1A 2ON7A 4V2LA 2O85A 5G1KA 3F6FA 2BMXA 3SBCA 3P2AA 4XS6A 16GSA 1VGLA 5ELGA 3CTGA 1ERUA 3EWLA 19GSA 2A2RA 5JWRB 1T4ZA 2RM6A 3QFAC 3ZRDA 5AIVA 1KNGA 4JBBA 2IL3A 1M9BA 1EGRA 3RPNA 2XPDA 3ERFA 5IOWA 2LTKA 3HVSA 4WF5A 3FYGA 5ECIB 6GSSA 4IN0A 4EVMA 2VLVA 5D96A 4CDOA 4V2MA 3U5RE 4KA0A 2OA7A 2H6XA 1G6YA 4TR4A 1SL1B 2OKAA 3GX0A 1ERWA 4BVXA 1S3AA 2EIQA 3NOFA 5JCWA 1XOAA 3AY8A 2C0DA 1XWGA 1OC8A 3BOAA 1X0RA 1EWXA 2FWFA 2P0GA 3MDKA 2I1UA 3L0HA 5AGYA 3BJ5A 2IMEA 4OD7A 1MD3A 3P90A 1F6MC 4KNDA 2PMTA 3DWVA 1NM3A 1A23A 4RQRA 4NWYA 3EURA 1O8XA 4OFNA 3ZREA 1PX6A 4XTSA 4G2EA 5ECKB 2YANA 1C72A 3VK9A 4WETA 4MJEA 1FG4A 5B8AA 4YAVA 3IK7A 3DGQA 1B48A 2FD3A 1LU4A 1PGTA 1Y6EA 2N5FA 2KP1A 1PSQA 4DSQA 1GH2A 1W4VA 4N0VA 4K9ZA 12GSA 4GQCA 1ZOFA 5FWGA 4EC0A 5J3RA 2DJ3A 3APOA 2H75A 2WFCA 3MNGA 5GSTA 1TJDA 5KN2A 2CQ9A 2GQMA 2R6KA 3FKFA 1R26A 3TRPA 1J9BA 1PL1A 3CXGA 2GQLA 4TR1B 2GVPA 3TJKA 3US3A 5F8BA 4H86A 5FT3A 2C3QA 3EINA 4WBJA 2PPTA 4POMA 5G5FA 2H0HA 3F6DA 4L8EA 2K8VA 2QC7A 1TK0B 2F9SA 3GV1A 4HU9A 2WULA 2L4QA 4NMUA 2R3XA 3A3TA 4NHWA 2NBSA 3GKMA 4K8MA 5LD0A 3TB2A 4JR4A 3ZLPA 4K7OA 1YEXA 5HQPA 5HFKA 1EOGA 1Q98A 1BQ7A 5AIXA 4TR3A 4HQZA 2GZZA 5DALA 4ZL9A 1O6JA 3N9JA 1NHOA 3HYPA 4IELA 3IV4A 1A2JA 1FB6A 4V1Ag 2KHPA 4ECIA 4F03A 2VLTA 2G0FA 2B1LA 4OO4A 4BPYA 5IQYA 2OBIA 4PURA 4K6XA 5LNKe 1EP7A 2YJHA 2MMAA 4OWYA 4PQHA 1XBSA 4DSSB 4XS1A 1SKWB 4K0NA 3O3TA 2XPEA 2KOKA 4MPGA 1F3AA 1E2YA 2MMNA 2ZNMA 3C1RA 3ZVJA 4KUNA 2DSAA 2JL4A 4CHSA 4XS4A 3TKQA 1GL8A 2VM2A 2VCVA 3QR6A 1BJXA 4MJCA 1TOFA 1AQXA 2GQKA 2YWIA 3ME7A 3TKSE 1ST9A 4ZILA 2PN8A 4FYCA 2YWMA 2WDUA 5CRHA 1WOUA 3IOSA 3HJMA 1ABAA 5IMVA 3HKRA 4IJIA 5CRWA 1R7HA 1WPIA 3TUEA 6GSUA 1T7PB 1SK1A 1USBA 2MBTA 2L6CA 2CZ2A 1TK8B 2CAQA 1IYIA 2B5YA 3Q6OA 1GUKA 2VCTA 1SJIA 2C3TA 4HEA2 4NHZA 4ACSA 3A2VA 4MH2A 5CNWA 2FLSA 3UBKA 3KMNA 3IHQA 4EKZA 3FR3A 5HR0A 2B1KA 1SKSB 1WMJA 4HS1A 2L5LA 3D0ZA 5G30A 4ZBDA 1QUWA 5COHA 2GSSA 2KLXA 3ME8A 2OBKA 3M3MA 3DD3A 5G31A 1O8WA 3QD9A 4K1FA 2L4CA 1XPVA 3WGXA 1ZCPA 4XRDA 1CQGA 3DKSA 1HNBA 3KEBA 1VF3A 4YQMA 1WIKA 2V2GA 3GKXA 2N5BA 2F51A 2JZSA 4OCFA 1J08A 2H71A 2LRTA 2IFQA 3FRCA 3CRTA 3I6AA 4D73A 3SWLA 4HQSA 1VF1A 3EVIA 4ECJA 1BYEA 4KCEA 1OVNA 2GSQA 2AJQB 1K0OA 3FHKA 2JZTA 4F0CA 4KAEA 3KH9A 3ZFLA 1AUCA 2ZCTA 3ZITA 2GTUA 1M7TA 1OAZA 1T3BA 3ISOA 4MPFA 2OJLA 3CBUA 3OR5A 4FYUA 2YPMA 2DJKA 3D5JA 4MJBA 3GHAA 1PMTA 4J2FA 1GLPA 4IGJA 2LJKA 4HOJA 3RHCA 3MAKA 1ERVA 3BD2A 2L5OA 4XHMA 3PR8A 1O73A 2CVBA 2PGTA 3UARA 5EPFA 1MDIA 2H1DA 1TDIA 5DAKB 2O7KA 5CREA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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