2VL2 | Genus

Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	50
sequence length	162
structure length	161
Chain Sequence	SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTSLAPNIISQL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__477166984777141__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__477166984777141__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VL2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__477166984777141__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"477166984777141","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VL2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__477166984777141__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfdac4283e9c10edc9e5b22/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfdac4283e9c10edc9e5b22/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfdac4283e9c10edc9e5b22/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfdac4283e9c10edc9e5b22/pdb.gz): 197 ms

reading 161 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

161 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:160});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
publication title	The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PEROXIREDOXIN-5
total genus	50
structure length	161
sequence length	162
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2008-01-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08534	Redoxin	Redoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2vl2A00

3KP8A 1AC1A 4DSSB 4LLRA 2WRTA 4HJ2A 3D0ZA 1OKTA 3CTGA 1K0AA 4OD7A 3DVWA 1I9DA 1PX7A 3EVIA 3ISOA 3IAM2 1G7OA 1GTUA 1DBYA 3Q18A 4KW6A 2MMNA 2M46A 3H79A 2IFQA 2L4QA 3IBHA 3WGDA 1OYJA 3F3QA 3GUSA 4EXJA 2K8SA 2R3XA 1GL8A 5L71A 2VL3A 1EP8A 2O85A 3MNGA 5LCZA 2YANA 3FR3A 2H6ZA 3L4NA 4NXIA 1SJ6A 3ZRDA 2LQQA 4E8EA 4K0GA 3ZREA 2XHFA 2QGVA 4XS6A 2C0EA 2MMAA 2IIYA 3HD5A 1B9YC 3C7MA 5CRGA 2NTOA 1SKWB 3I69A 5A4WA 1ML6A 3RBTA 5IMVA 3F3RA 4IHUA 1YQ1A 3UBKA 1X5CA 3UBLA 3GKNA 4KH7A 2RM6A 1GNEA 1PD21 5ECHB 1M2BA 2LV3A 3E3EA 3FK8A 4IN0A 4QL7A 2PU9C 4MPGA 5HQPA 1YF1A 1F37A 4ULXA 2FWEA 1USBA 1MEKA 2PUKC 2A2RA 4WBJA 1NHYA 4N0ZA 4OCEA 5DBQA 5IM9A 1YF0A 5D8IA 1A0FA 2EC4A 2CVBA 3EINA 3A2XA 5IO2A 5HR1A 2J23A 3L9SA 5IQYA 1FHEA 5D96A 3KTLA 4TW5A 2F51A 5IOXA 5J9CA 5A5KA 4YAPA 4CW9A 1TRUA 1VF3A 4D73A 4Q5FA 1QXHA 2QKEA 4FH8A 1T3BA 5HR3A 1VF1A 2OA7A 1ZYQB 3GSSA 2B7KA 4JE1A 1O7UA 5D9VA 2JZSA 1SJIA 4NAXA 4MP4A 2VCVA 1GP1A 3IOSA 4Z7XA 1TKDB 2Z9SA 3TOTA 3LG6A 1KEBA 3K8NA 5DQYA 2VCXA 1FB6A 5GSSA 6GSUA 3MAKA 2LRNA 1SENA 2RLIA 3GYKA 4I6XA 1OAZA 3C1SA 2VLVA 3PH9A 1K0MA 4N10A 1M2AA 1RW1A 2JSZA 4MH2A 2AHEA 3F6DA 2CZ2A 1N2AA 3TJBA 3NOFA 3FHKA 18GSA 1K0BA 3P7XA 1ACVA 1WOUA 2ZCTA 3VWVA 16GSA 1YJ6A 2H71A 5CRWA 5LD0A 3TKSE 2C3NA 3UMAA 3ED3A 2HFDA 2FA8A 3E0UA 1ERUA 2AAWA 1EWXA 3FYGA 2H0HA 2V2GA 4KDXA 3R2QA 2K18A 3EMPA 3D21A 1A24A 5DAKB 5JWOB 5CRHA 4RQRA 1PL2A 2E0QA 2VUPA 4KAEA 4J56E 2GTUA 2C0FA 2YPMA 1F9MA 1TU7A 3ME8A 7GSSA 2JSYA 4Q5NA 3WD6A 2YJHA 1JZOA 1NHOA 1T1VA 4GRFA 4MCUA 5G5FA 2ALBA 4I2UA 2C4JA 4MH3A 6GSWA 2RIIA 4F03A 3U5RE 2LNSA 1BG5A 3GMFA 4Q5RA 1B4PA 3GRXA 2HRNA 3QAGA 3LJRA 4WETA 3BJ5A 4D73B 4HQSA 1V98A 1WE0A 1X9WB 1PN9A 3ERFA 1PQNA 5EPFA 1G0TA 3FW2A 2CX3A 3LYKA 3GH9A 3LEFA 5KN1A 1ZL9A 1WRYA 1TK8B 2JU5A 22GSA 5LNKe 5HR0A 3CSJA 4ML6A 3TJGA 1V40A 3KMOA 1XOAA 3QFAC 1LJRA 4HZ2A 1V57A 4DSQA 2LKUA 3HA9A 1XOBA 1F2EA 1ZZYA 2PPTA 1TU8A 1GNWA 1YKAA 3H1NA 2VL2C 4V2MA 1V9WA 3KP9A 17GSA 2H70A 3HVSA 3N9JA 1PA3A 2VAFA 3HCZA 1ERTA 1VGLA 4X1UA 5G2ZA 5A4UA 4O7HA 4FYUA 4ECJA 5KN2A 1FO5A 3I6AA 2NDOA 2B5XA 3P2AA 1Q4JA 4TVEA 4IQAA 3KZQA 4V2LA 2IL3A 4KDYA 3ZLPA 1AW9A 4PUAA 4IW9A 3UIWA 2BTOT 1N8JA 3DRNA 5HFKA 2R2JA 4MK3A 3HZ8A 4MF7A 2F3MA 4MZBA 2GT6A 1GULA 3CYNA 3KCMA 4N11A 1TRSA 5CNWA 1WPIA 3ZZXA 3HDCA 3JCML 3I43A 1K0DA 3UEMA 4NHZA 3CXGA 2CQ9A 1MD3A 4HJMA 1YKCA 1U3IA 3F0IA 1W89A 2P5QA 5IPHA 1K3YA 5GAND 2MMZA 5FWGA 1CQGA 5DDLA 3GA4A 1O81A 1EEMA 1T4YA 4GSSA 3HYPA 3RAZA 4QL9A 3SBCA 4ID0A 4GLTA 2DJKA 1XWGA 1SU9A 2H8LA 1B8XA 2LTKA 3EMXA 2JL4A 4I8BA 3VPQA 2H75A 1SL1B 1GLPA 3O6TA 3TRXA 5ABRA 4PUFC 2VD1A 3NZNA 3TRQA 3GH6A 3KM6A 1TJDA 3FEUA 3Q74A 3VWWA 4PQHA 2FY6A 4ZB8A 3TGZA 2RUFA 2DIYA 4V2NA 3KMNA 2PWJA 4KCAA 3ZVJD 3EWLA 1ERVA 5D73A 2FA4A 2C0DA 3HJMA 1EGOA 3Q6OA 4L0WA 4AF2A 4IP1A 2L5LA 2VM2A 5J4UA 2GSRA 5D93A 1YY7A 3FRCA 5GSTA 1K3OA 1G7EA 4HQZA 3M1GA 2YWNA 4HZ4A 2DIZA 2IWTA 2DMMA 2VO4A 2OE1A 10GSA 5E59A 5F8BA 2B1KA 4BWQA 1TXXA 1R26A 1XWKA 1YZXA 2KP2A 1TDIA 2H66A 3HVXA 3OR5A 4IJ3A 3IK9A 4PURA 4K0NA 3KXOA 3GL5A 4POMA 5AISA 2NVLA 2V1MA 2RUEA 3EU3A 3ZL5A 2C0GA 2DC5A 1DUGA 4TR1A 2ON7A 1AUCA 1ILOA 4X43A 5H5SA 2YWMA 3GKMA 3IE3A 3TDGA 3FZ9A 3CSIA 4FIWA 4F9ZA 4F82A 4KE3A 4JRRA 1ON4A 4V1Ag 2C1YA 1A2MA 3QR6A 2HLSA 6GSSA 2IMIA 2O7KA 3I9V2 2VL2A 1O8XA 5AIVA 2LJRA 1X9SB 1PX6A 2RM5A 4TRXA 3IPZA 3RHCA 1TRWA 2B1LA 2YCDA 2B6MA 4FYBA 2LS5A 4IGJA 2H1BA 4WXTA 4IS0A 1V2AA 4TN8A 3GV1A 2OBKA 1PL1A 3KJYA 3ZIJA 3U6VA 2HXKA 4GTUA 5HFGA 1OC3A 2YZUA 3EURA 4AGSA 4EUYA 1FVKA 1ZCPA 2F8AA 4ECCA 3W6GA 4EE0A 3IK7A 2G0FA 2NPBA 5G30A 2YJ7A 3H93A 4JBBA 1I5GA 5H5QA 1UN2A 1MDIA 2X8HA 2HI7A 6GSVA 3FZAA 1YEXA 3ZFBA 1Z6MA 1AAZA 1VF4A 4POKA 5ECLB 4ISDA 2YNXA 1XBSA 3VK9A 2O89A 2LRCA 1TI1A 2E2MA 4TOPA 6GSTA 4KX4A 3F4RA 5IIZA 1URMA 1WJKA 5DALB 1SD9A 1GSDA 2WDUA 3QCPA 1LU4A 3FZ5A 1S3AA 3C8EA 3BOAA 5D9TA 3CSHA 1GUMA 2R6KA 2WS2A 2N5AA 4TXOA 4LMVA 1QGVA 3GL3A 2G2QA 1UA5A 5ELGA 2CAIA 2MMOA 2XPDA 3GTUB 1GSFA 2K6VA 2BMXA 1UC7A 4F2IA 2WCIA 4ACSA 4J2FA 1F3BA 3F4SA 1SL0B 2L6DA 4MJCA 3LQ7A 3M8NA 2MBTA 4TXVA 4IBPA 5CO3A 2VM1A 4XTSA 5EL8A 1O85A 2IJYA 2O8VB 5E4WA 4ZXGA 3ERGA 1TOFA 2DJJA 1ZMAA 1OE8A 2NBSA 1R4WA 1J08A 2A2SA 5AIXA 3IV4A 4KSOA 2FWFA 3IA1A 4YQVA 3IRAA 1H75A 2IFQB 3KEBA 1Y6EA 4TR0A 4XCSA 1GUHA 1TW9A 5IPGA 4PNGA 3M0FA 4IVFA 3UL3A 1M99A 2DBCA 4LMWA 3CRTA 1F3AA 2AYTA 1GTAA 2VLTA 4X0XA 2HRFA 1JZWA 3IR4A 2I4AA 3QAWA 2HYXA 3TKQA 2H6YA 3TCOA 4GSTA 4IP6A 1TI3A 3GKXA 2PVQA 5ELAA 3ZVJA 3AY8A 1R7HA 4TR4A 1GRXA 5IOWA 5ECPB 1U87A 2H0IA 4POBA 1XZOA 3UVHA 3GFKA 1DSBA 1AIUA 3GX0A 1NW2A 4G10A 1SJZA 1U3AA 1B4QA 4JU5A 4GCIA 2C3QA 2OACA 5KEJA 2GQLA 3TKPA 4XRDA 2N5BA 2AUVA 5COHA 1VRSD 1GTIA 5AN1A 2DMLA 3BBYA 2H30A 5F06A 4I5QA 4OWYA 3QMXA 1M2DA 5ENUA 4NV2A 4EO3A 4O92A 1XCCA 3H8QA 2HZEA 3VFIA 20GSA 2H1AA 3CMIA 1SYXA 4G9HA 2ES7A 2CT6A 3L0HA 3PR8A 1OC9A 3P90A 4IKHA 3KTBA 5FHIA 1EV4A 2V6KA 1DE1A 1QQ2A 1XWBA 5CYYA 2PERA 2MYGA 1B48A 1G6WA 2XBQA 3QOUA 3CRUA 1YDKA 3W8JA 2P5RA 1X5EA 3EU4A 1K0NA 2QC7A 4MLYA 3L9VA 4H86A 1QMVA 2JACA 2H76A 1M9AA 4ILFA 4XS4A 3IAS2 2L4CA 2X8CA 2I9HA 1U88A 2DJ2A 3TOUA 4GQFA 5ECKB 2X8GA 1H4OA 2D2ZA 5IMFA 4AJ7A 4L8EA 4I97A 1X0RA 4WKWA 3PGTA 3TJKA 2XC2A 1JFUA 1K3LA 9GSSA 3APSA 2EIRA 1XWAA 3DWVA 3FKFA 3P8WA 1XIYA 3C71A 4LL1B 4OFNA 1HYUA 4ZL7A 3BCKA 1FG4A 5F07A 4HS1A 1GTBA 4Q5QA 2VCQA 6GSYA 1T8EB 3MSZA 1BX9A 3GURA 1NSWA 3APQA 2FUG2 2IMEA 4BWSA 2CX4A 2IMKA 1SKSB 2HE3A 1JLWA 2GT5A 1XVWA 4MF6A 2FNOA 5ECRB 1SD8A 4PXOA 4DSSA 3QD9A 1THOA 2L5OA 2CA8A 4MA9A 3LFLA 5HR2A 11GSA 12GSA 4K9ZA 2VLUA 1QUWA 2F9SA 3J7Yb 1X5DA 1JHBA 2VD0A 4EDYA 3FY7A 4RQXA 1XW5A 1EV9A 2KOKA 2PBJA 3S9FA 3A3TA 2B3SA 2CAQA 4NWYA 5KN0A 1BAYA 5J3RA 3VURA 2DJ1A 2JZRA 2WJUA 3A2WA 4DEJA 2H74A 4NMUA 2WZ9A 3MWHA 4O32A 3HJPA 5JWQB 4LA1A 3F9UA 3N5OA 1K0CA 1OKDA 3QPMA 5C04A 3V1WA 5D9WA 5EVOA 3TKSC 2CVDA 3GKKA 1XVQA 1PGTA 1TK0B 2QSIA 3C73A 3HXSA 3D4TA 4ECBA 2K9FA 4XS4B 3HVVA 4IQ1A 1T7PB 4GF0A 5JCUA 1PSQA 4AJ8A 2P31A 2HNLA 3EC3A 5B8BA 1PMTA 1Z3EA 3QAVA 3ZMLA 1WWJA 4YH2A 5CAXA 4EL1A 2V32A 5ECQB 4EVMA 1PKWA 3A2VA 3ZYWA 4XS1A 4ZBDA 2R5GA 1IYIA 5J41A 2JADA 4PX1A 3KH7A 13GSA 2LSTA 2M80A 1O73A 3WGXA 1FW1A 3DYRA 4YQUA 3LWAA 2LJAA 2WGRA 1WP0A 3WT1A 1HQOA 3ZFLA 2M72A 2CZ3A 4ZB6A 3LSZA 3ZMKA 4RI6A 1GWCA 1QFNA 5J9BA 4PNFA 2PGTA 1SK2A 1GLQA 5G1LA 5DVBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ON5 A;  4LL4 B;  1UVZ A;  1VF2 A;  4BVY B;  2VL9 A;  5DCH A;  3UJ1 A;  4ECI A;  4E8H A;  1OC9 B;  2X4A A;  2I81 A;  4OO5 A;  2HSH A;  5EY6 A;  4DSR A;  2O87 A;  2IPA A;  3E9J B;  2H72 A;  2TRC P;  1XPV A;  2QA1 A;  4PQ1 A;  4N30 A;  3C1R A;  4K7O A;  1XWC A;  5F0G A;  1M7T A;  4BVX A;  3TUE A;  4KSM A;  3DGQ A;  1MD4 A;  5CRD A;  4EDZ A;  4OCF A;  4MJE A;  1ABA A;  3FR6 A;  3RDW A;  3M9K A;  2IN3 A;  4PQI A;  4MDC A;  4MNN A;  1Z7P A;  2FGX A;  2N5F A;  5INY A;  3HJO A;  4OFM A;  4ZIL A;  2GZY A;  1EOH A;  1FOV A;  4YQM A;  4MF5 A;  1R5A A;  2GGT A;  2GQM A;  3TJJ A;  4GXZ A;  2WUL A;  2HZF A;  1JLV A;  3IC4 A;  2OE0 A;  2LQO A;  2GS3 A;  1IYH A;  5JCG A;  4CDO A;  1B9X C;  3SWL A;  2YWO A;  1Y25 A;  2JZT A;  4WR5 A;  5DAL A;  5GZZ B;  2C80 A;  4MMM A;  3NIV A;  1KTE A;  2DJ0 A;  4TR3 A;  5DJM A;  1XXU A;  1EGR A;  4P3Y B;  3IC8 A;  5J5N A;  1A8L A;  3VLN A;  2YV7 A;  1JZD A;  2B5Y A;  3GN3 A;  3GTU A;  4IEL A;  5ECI B;  4F0C A;  5B8A A;  2YP6 A;  1CQH A;  4K5R A;  3F4T A;  1GSY A;  2B5E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VL2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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