2VL2C

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl2C00
2VLUA 4IVFA 2LJAA 4WETA 2CA8A 1Y25A 4KNDA 5D9XA 3M9JA 1TOFA 3HZ4A 2C3QA 2LV3A 1N2AA 2MZCA 2E2MA 3MSZA 3FR6A 2VL3A 3OR5A 2YZUA 4FO5A 1SL0B 1X0RA 5DALA 1V58A 3EMPA 1H4OA 3LGCA 4MCUA 4BA7A 1SK2A 4KCAA 3WGXA 2J9HA 1OYJA 4N0ZA 1C72A 1XW5A 5F05A 2V2GA 5J9CA 5J4UA 3A2WA 4FYCA 4NHWA 1O6JA 3ZITA 2HRFA 3ME7A 3DXBA 1F2EA 4HU7A 4XS4A 5J3RA 1XOBA 2H8LA 2YV7A 3TJBA 3CTFA 3HA9A 1ZYEA 3EINA 2B7JA 1YEXA 2X64A 3UAPA 4HEA2 3BD2A 1HD2A 3EC3A 10GSA 1HNBA 1X9WB 2QC7A 2CT6A 3QOUA 4HQZA 5IMAA 4F03A 3G7YA 1WJKA 3D0ZA 1TK0B 1KEBA 1R5AA 2DJKA 1OC9A 2G0FA 2H70A 3VWUA 1GTUA 3M0FA 1Q4JA 5GSTA 2L5LA 3VK9A 4KUNA 2H66A 3TKSA 4QL9A 4WF5A 1UN2A 2X8CA 6GSSA 1THXA 3GRXA 3FZ9A 4L0UA 5IPHA 3IA1A 3HCZA 3F6FA 3UBKA 1F37A 1PD21 4KX4A 5D9VA 2LNTA 5DBQA 2JSZA 2P5QA 4BVXA 3WYWA 2LRCA 2GZYA 2MBSA 1GUHA 2KP1A 1WPIA 1V40A 1H75A 3PR8A 2VIMA 4OFNA 4TW5A 3ME8A 3GSSA 3IPZA 1EWXA 1GSFA 5ECKB 1PKWA 2EIQA 5CRHA 5DVBA 5HR2A 1DSBA 3HVSA 4IJ3A 5IO0A 4AJ6A 2J23A 3TJJA 2X8GA 3KM6A 2OACA 1GTAA 5JCUA 1ZL9A 2GDRA 4N11A 2TIRA 5JWRB 2LRNA 5JCGA 4L5OA 4ZBDA 1FVJA 3ZL5A 4TRXA 2H1DA 3GL3A 4PQIA 1NHOA 1B4QA 2IMIA 2PVQA 2GT5A 2PERA 5D93A 2IJYA 4PUAA 3EWLA 3VFIA 5COHA 4TR0A 2V6OA 1DBYA 2IFQA 4CHSA 1GNEA 3GN3A 3Q19A 4ML1A 4BVYA 2C0FA 2KLXA 3TKSC 2MYGA 4PQ1A 1VF4A 3TJFA 4I8BA 2KUCA 3L4NA 1T4YA 2YPMA 2F3MA 5DCHA 1JZDA 4GWRA 1PX6A 3TOTA 2Z9SA 4NHZA 1SU9A 2H1BA 3TOUA 3P2AA 5EVOA 2I4AA 3ZFBA 2C8UA 3VI5A 1JHBA 1GWCA 3K8NA 3VLNA 4WEYA 2FCHA 3NZNA 3H79A 2JACA 2RM5A 4JE1A 5GAND 4YQVA 2M80A 2YP6A 3GX8A 2H0GA 5G5FA 1QXHA 2ZCTA 1NSWA 4KA0A 1HYUA 6GSYA 3RDWA 4FYBA 16GSA 2PN8A 4K6XA 3IV4A 3TKPA 2NVLA 3A5WA 2HZEB 3RPNA 3LFLA 2OE3A 5D8IA 3N9JA 2LS5A 1WP0A 2NBSA 2E7PA 1IYHA 2H72A 1FOVA 4X43A 4WKWA 3TKRA 3GYKA 1BAYA 1OE8A 5CP1A 3I9V2 1SJIA 4RQRA 2AV4A 1GUKA 2YJHA 3P90A 3KXOA 4MPGA 3UEMA 2A4VA 3LYKA 5IIZA 6GSXA 1K0AA 2B5XA 8GSSA 4PURA 1Z7RA 3ZVJD 3GH9A 4KCEA 2H71A 4IELA 1TXXA 3ZREA 3UVTA 2A2SA 2PPTA 1T7PB 2HRNA 1ML6A 1A23A 1ZCPA 3US3A 3UL3A 3O76A 5E4WA 4YH2A 3MNGA 4HS1A 5IM9A 2HE3A 5DAKA 4P3YB 1OKTA 5LCZA 4LA1A 4XIHA 2PMTA 3GTUB 4IJIA 1PN9A 5HR0A 12GSA 3Q74A 3FEUA 3Q6OA 2IIYA 2IMKA 3KP8A 2C3NA 1AW9A 3APQA 2VO4A 4GQCA 4BWQA 4N30A 2XC2A 1KBNA 4MDCA 1PKZA 3L9UA 2MMNA 1XVQA 3V1WA 3IOSA 4MJEA 1R5PA 4IHUA 1AUCA 2LSTA 1FAAA 4TXOA 2GQLA 1O8XA 2OADA 1AQWA 1WWJA 5JWOB 3F63A 5D9TA 2YN1A 4J56E 2XPEA 4XS6A 1ON4A 2WGRA 3FHKA 5IQYA 1XWBA 3VURA 2VCVA 3QD9A 1TP9A 3D22A 5KN0A 3L78A 5ECRB 5IOWA 3CMIA 2MMAA 4AF2A 1E2YA 2CZ2A 2O89A 1WE0A 4WBRD 3S9FA 3HJOA 1ST9A 1SKRB 1HNAA 2DJ0A 1OC3A 5ECLB 2MBTA 2LEGA 1YDKA 3IK9A 4POMA 2ON5A 1ERTA 2OJLA 3GKXA 4TR3A 3M8NA 4ZBBA 3P7XA 1WOUA 3GNJA 4XTSA 3DRNA 2H0IA 1TK8B 4WR4A 4IGJA 2VCZA 4NV2A 2RUFA 1A8YA 4BWSA 2GLRA 3APOA 1FO5A 1S3DA 3TJGA 2FY6A 2GSRA 3F4RA 2ES7A 4PXOA 1SD9A 17GSA 3ZYWA 5FT3A 3ZIJA 2GS3A 3KH7A 2CAIA 5A4WA 2YWNA 3IBHA 3VWWA 4ZIJA 4MJCA 2P5RA 3FR3A 3FKFA 4EF0A 4ISDA 4EUYA 1S3AA 1EEJA 1W89A 4I5QA 3DD3A 1K0OA 5H5QA 1XCCA 2IWTA 2PVOC 2DLXA 1AQVA 4YQMA 3UOMA 5C04A 2O8VB 3FYGA 3M1GA 2F9SA 1X5CA 2CVKA 2O7KA 3VWXA 4GXZA 1M0UA 2B1KA 3VWVA 3A2XA 2YJ7A 1SL2B 5A4UA 4HU9A 3HXSA 4F0BA 5IMZA 3KJYA 1EOHA 2EIRA 2LQOA 1ERUA 2GQMA 4OFTA 4POBA 4IP6A 2BTOT 1UA5A 4MK3A 3WGDA 2X99A 4ECBA 1J9BA 4PGTA 1TU7A 2VCWA 1TK5B 4EXJA 4I2TA 5ECOB 2H1GA 1TW9A 4JEDA 4EC0A 5IO2A 5AGYA 3KZQA 2BMXA 3FK8A 1G7EA 3QAGA 4WBJA 1I5GA 1U6TA 1AQXA 1Z9HA 4HJMA 1OKDA 2KOKA 3LSZA 2GSQA 1XPVA 1YY7A 5DJLA 3R2QA 3G7JA 3PINA 3EYTA 4V1Ap 13GSA 2VUPA 1THOA 3VI7A 3HHVA 1FB0A 4O32A 4HI7A 4G2EA 2G2QA 5JWQB 4RUVA 1S3CA 5D96A 1YZXA 3APSA 1GLPA 1GSEA 3LYPA 3I69A 4TVEA 2B5EA 3KCMA 1B8XA 4QQ7A 5CO3A 3LWAA 1FB6A 5DDLA 4FYUA 2ZNMA 5KN2A 3VPQA 4TN8A 1G6YA 4I2UA 4K9ZA 1SENA 1AC1A 2REMA 5IOXA 2AJQB 1TKDB 1YQ1A 2HSYA 1F6MC 2TRXA 1GULA 1B4PA 5EL8A 4IW9A 2VM1A 4F0CA 1K0DA 3CTGA 2XPDA 3HDCA 3DMLA 4K0GA 1J0FA 2C1YA 2CZ3A 2P0GA 1A24A 3GUSA 2GGTA 1T4ZA 2ZUPA 1XWKA 4EVMA 2JZSA 4XHMA 4H86A 2PGTA 3UMAA 4KSMA 3HVXA 4NPBA 1PX7A 3C8EA 1U87A 5FWGA 5G5EA 5JCWA 2HZEA 3I6AA 4MZCA 1BJXA 3IC4A 2FHEA 6GSVA 2C0GA 3CBUA 1PMTA 2QGVA 3GIXA 2CAQA 4D73B 1BEDA 5J9BA 1T00A 4GSNA 5HFKA 3BJ5A 3D6IA 1AIUA 3BCIA 2F8AA 5LNKe 4WF4A 3QDNA 4O7HA 5F06A 4DSSB 5A4VA 2M46A 3DEXA 2KP2A 1M9AA 1KNGA 3TB2A 4NWYA 1BQ7A 1LU4A 1B48A 2M72A 3KH9A 1K0MA 2YWIA 4I6XA 1A8LA 5ECQB 2YZHA 1JFUA 1XWCA 4TOPA 1XBSA 1G7OA 5AIVA 2N5FA 5HQPA 3L9SA 4V2LA 2GTUA 5ID2B 2JZRA 4JBBA 5AISA 1EP8A 1EV4A 4MA9A 1O7UA 3MWHA 2FWFA 2B6MA 1SKWB 4FH8A 2GSSA 1A2LA 3GL5A 3GTUA 5B7CA 3EMXA 5ABRA 1G0TA 2IN3A 5G31A 4MF5A 3TKQA 4LL4B 1O8WA 1A0RP 2VLVA 3TJKA 2E2GA 2WDUA 3NIVA 4YAPA 2WRTA 3O3TA 4GQFA 4JU5A 5G1LA 1GTIA 4K2DA 3TGZA 2HYXA 2DJ3A 1T3BA 2FD3A 4GLTA 5F07A 2LKUA 3WT1A 2DC5A 3F9UA 3H1NA 1V57A 3SWLA 3HY2A 1JLVA 1E6BA 4ID0A 5ECHB 1G6WA 3UIWA 4OO4A 4NV5A 2PU9C 2VOCA 2YV9A 3ZVJA 1SL1B 4N0VA 2DSAA 3RHBA 3FZ5A 4Q5RA 2I81A 1B9YC 3TRPA 2LJRA 4PX1A 1B9XC 3HJMA 5ECPB 2FWGA 1QUWA 1Z5YE 5A5KA 2R2JA 3CXGA 1Z6NA 2H73A 1XXUA 1RK4A 4PNFA 3EE2A 4ZL9A 2HXKA 3KMNA 2WS2A 1Q98A 1TRVA 3BBYA 2L57A 3DKSA 2IMFA 3C7MA 2C80A 4RI6A 1Z3EA 3ZMLA 20GSA 1JZOA 5ELGA 1Z6MA 3F6DA 3HKRA 3UARA 3EU4A 1VGLA 2I1UA 2NPBA 4I97A 4J57E 3QMXA 1V98A 4HQSA 2OE1A 3ZMKA 4DSRA 3IE3A 4G10A 1BYEA 4JZQA 3U6VA 4GRFA 5HFGA 1X9SB 4K7IA 2L4QA 2DJJA 4NMUA 4ACSA 2QKEA 2AHEA 1R7HA 2B3SA 3ED3A 3IDVA 3J7Yb 4K7OA 3HYPA 3FW2A 4MJBA 1TI3A 4YAVA 3L9VA 4ZB9A 4TR1B 4F2IA 1GUMA 1QQ2A 3BCKA 5CYYA 3DVXA 4OCEA 1DUGA 4KH7A 1TI1A 5DQYA 3KIJA 1EZKA 1PRXA 2B1LA 4ZL7A 3LEFA 2IFQB 1VF1A 3LG6A 2L59A 1HNCA 2MMZA 2L6CA 1XWGA 2DBCA 1PQNA 4NXIA 3EU3A 3QR6A 3I43A 4PUFC 7GSSA 5KEJA 4PQHA 4AJ8A 3FZ4A 4G9HA 1UC7A 3P8WA 1R26A 4KAEA 4MF6A 4MP4A 2HSHA 3RPPA 2HNLA 5J5NA 3KP9A 2DIYA 3D4TA 1GSQA 11GSA 3PGTA 3AY8A 4F9ZA 2JL4A 1A2MA 4DEJA 1JLWA 4WR5A 3SBCA 3TKSE 1A2JA 5CRGA 4Q5FA 2GQKA 2V41A 4GF0A 4ECIA 4DVCA 2VD0A 2TRCP 1ZZYA 4MF7A 2HLSA 1DE1A 3WT2A 4IP1A 2I3YA 3CYNA 3H8QA 2DJ1A 4ULXA 5LD0A 3A2VA 4OFMA 1QMVA 3F0IA 2LNSA 1U3IA 3KD0A 5HR3A 2YNXA 3GA4A 4KE3A 2VCXA 2DIZA 3FY7A 2RLIA 3C1RA 4HZ2A 3CSJA 3PH9A 2I9HA 4EKZA 4L5LA 2HI7A 2FUG2 2H75A 4EDYA 3GKKA 1O81A 2BJXA 2MMOA 9GSSA 3F8UA 2CVBA 1TRWA 1XOAA 2VLTA 2PUKC 4ML6A 3F3QA 1PL2A 5ENUA 2XBIA 4EDZA 2GSTA 5IMVA 2H0HA 4HJ2A 2AUVA 3GHAA 1U88A 1SYXA 3MDKA 4N10A 4XCSA 3GFKA 2O87A 3HVVA 1GSUA 3DWVA 4JR4A 1T8EB 1GH2A 3E9JB 2EIOA 3UBLA 1K0CA 5DAKB 1RW1A 2FA8A 1M2DA 1URMA 1VF3A 2XHFA 2WULA 1PL1A 4POLA 3JCML 3LQ7A 4D73A 1R4WA 2K6VA 1YKCA 1YKAA 3E3EA 1CQHA 5ECSA 4Q5QA 5CAXA 2FGXA 4MH2A 2L5OA 3A3TA 1GTBA 2AYTA 1WMJA 2YANA 5AN1A 4DSSA 4ZBAA 4DSQA 2CVDA 2K8SA 3GH6A 4V2NA 1FVKA 1TDIA 1YF1A 3C71A 4ZB6A 2H6ZA 3QAVA 4V2MA 1OVNA 3F4TA 2H74A 3BOAA 5ID2A 2JADA 4OWYA 2R37A 3ZZXA 5J41A 1PSQA 1LBKA 1GL8A 3DYRA 2JZTA 5G30A 2IL3A 5G1KA 1GSSA 2FWHA 4Q5NA 4J2FA 4OCFA 4MMMA 4RI7A 3TRXA 1ILOA 1U3AA 4GSTA 3HZ8A 4TR4A 3Q18A 3IXRA 2NTOA 3NOFA 2YWOA 1K3YA 1MD3A 1YJ6A 4L8EA 2L6DA 5DQSA 4K0NA 3FZAA 3UJ1A 4BL7A 4KDUA 1RQMA 4NAXA 3GV1A 2X8HA 1K0NA 3GKMA 4F82A 5KN3A 1JZWA 5B8BA 2EC4A 1TJDA 4CW9A 1K3OA 4MZWA 3H4KA 1X9MB 2DMMA 3FR9A 1NM3A 2CX4A 1MDIA 5IPGA 1PA3A 1ACVA 5F0GA 1TTZA 4E8EA 3ZRDA 4JRRA 1M99A 1WRYA 3ZLPA 3F4SA 4TKYA 4HUAA 1XFLA 3G7IA 3ISOA 3KTBA 3N5OA 1IYIA 4MPFA 3G9BA 3LORA 2K18A 1GRXA 3D21A 1NW2A 2LRTA 3RHCA 2C0DA 5KN1A 2GVPA 2V32A 3RBTA 5DJMA 1W4VA 4YQUA 4ILFA 1FG4A 4LMWA 3QPMA 3M9KA 3ZIVA 5G2ZA 3ZTLA 6GSTA 1K3LA 1A0FA 5GSSA 4O92A 4Z7XA 5FHIA 1LJRA 5CRDA 5D73A 2H30A 1PGTA 1OC8A 1TRUA 3U5RE 1FHEA 4OMVA 4TXVA 3LXZA 4K1FA 5EY6A 2IMEA 4MH3A 5CNWA 1CQGA 3O6TA 1YEPA 2OE0A 3LJRA 2VAFA 2E0QA 4IS0A 5GAPD 2OBKA 1ZOFA 2LJKA 1I9DA 3L0HA 3QFAC 1BG5A 1YF0A 14GSA 2H19A 5DALB 2ON7A 1ABAA 1ZMAA 2H6YA 1QFNA 5IMDA 22GSA 1F3AA 4ZXGA 1ERWA 2WCIA 3KMOA 4TR1A 2C4JA 4EL1A 3KTLA 1EGOA 5HR1A 4XS4B 4XS1A 4HZ4A 4IQAA 4MJAA 1NHYA 3DGQA 1XIYA 2FLSA 5L71A 1FW1A 2PWJA 2GT6A 1XZOA 2V6KA 3DIEA 2YOIA 1MD4A 4AGSA 2B5YA 1MDKA 1VF2A 4LL1B 5E59A 2N5AA 4L0WA 1XW6A 2JU5A 2RUEA 2CV4A 4MABA 5GZZB 4G19A 5ELAA 2WZ9A 1OC9B 3IHQA 3QFBC 4QL7A 1AXDA 2GZZA 1SK1A 2R6KA 1MTCA 3C73A 1O85A 4X1UA 6GSWA 4GCIA 4PNGA 1XW9A 2JSYA 3GMFA 3HJPA 1K0BA 5B8AA 2F51A 4X0XA 3IAS2 3TCOA 3EVIA 4KSOA 2R4VA 4IQ1A 3CSIA 1BX9A 3KEBA 1ERVA 3GURA 3WD6A 2WFCA 1AAZA 2VM2A 2H6XA 4IKHA 4KDXA 2CQ9A 4OO5A 1EOGA 4BPYA 3TUEA 1WIKA 1EGRA 5D9WA 4E8HA 4LMVA 4XRAA 1Y6EA 2RM6A 2ALBA 5B6NA 4O5RA 4GTUA 1Z7PA 2XBQA 1SKSB 3MAKA 1EV9A 1TRSA 1M2BA 4FIWA 5EPFA 5IMCA 1ZGNA 5F8BA 4IN0A 1N8JA 2IMDA 2HZFA 2K8VA 2IPAA 2V1MA 4HDEA 1DE2A 1USBA 2H76A 2RIIA 4POKA 3IRAA 1GP1A 2FA4A 5B6MA 3DVWA 3FRCA 3QAWA 4ECCA 2AAWA 5HFIA 3W6GA 4ECJA 3D5JA 3VPTA 3IK7A 3CRUA 2VCQA 4GSSA 5C00A 1SJ6A 3GKNA 3LXTA 3ERFA 5CREA 2WB9A 3CSHA 5DCGA 4JR6A 1EEMA 1GSYA 2B7KA 2C0EA 1HQOA 1GSDA 1UVZA 2YCDA 1VRSD 2D2ZA 4KDYA 1SD8A 4HOJA 4XRDA 2FNOA 18GSA 2NDOA 2O85A 2WJUA 5IMFA 3W8JA 2DMLA 1ZYQB 1O73A 3M3MA 4MLYA 2CX3A 2K9FA 1JZRA 2VL9A 2PBJA 2FWEA 2HFDA 5ECIB 4ZL8A 2KHPA 1OAZA 2C3TA 2VL2A 3CRTA 3E0UA 3H93A 4LLRA 1EP7A 1OE7A 3ERWA 2HT9A 2GZPA 1F3BA 2LTKA 4KGIA 2AB6A 2OBIA 2OKAA 2OA7A 5H5SA 1V9WA 3TDGA 1SK0A 4K8MA 1M9BA 1TU8A 4K7NA 2DJ2A 2LQQA 3UVHA 2H01A 3F3RA 1T1VA 2H1AA 3C1SA 4OD7A 1XWAA 4KW6A 3KGKA 3D4MA 3EURA 3QCPA 3HD5A 1J08A 2R5GA 5ECMB 3RAZA 4AJ7A 4IBPA 1MEKA 3WGEA 2P31A 2R3XA 5AIXA 3IR4A 1XVWA 1SJZA 4EO3A 4V1Ag 4MZBA 2LUSA 5CRWA 2YWMA 1M2AA 1GLQA 3W8SA 1V2AA 1QK8A 4WXTA 2N5BA 2VD1A 3GSTA 2L4CA 2VCTA 4RQXA 4KB3A 4ZB8A 1QGVA 5ECNB 3ERGA 5H5RA 1SYRA 1MDJA 3TRQA 1X5EA 4ZILA 2QSIA 3J7Yk 4EE0A 2VL2C 1M7TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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