2VL2C

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl2C00
2IMEA 1ACVA 2CA8A 3IE3A 4POBA 2XPEA 3LG6A 1O85A 1OE7A 2LNSA 2JU5A 3DEXA 1TDIA 2HLSA 1JZOA 4XRDA 2PMTA 4MLYA 3GHAA 4NPBA 1AIUA 1B9YC 1XVQA 5F06A 22GSA 2GZZA 4K6XA 3QD9A 1V2AA 3ZIJA 1F2EA 2IJYA 2NPBA 2B1KA 1R26A 3RBTA 5IIZA 2VOCA 4FH8A 2XBQA 1V98A 2TIRA 4XS1A 4E8HA 4WBJA 2C8UA 4MABA 4OO5A 3QFAC 5G1KA 2I9HA 2YWMA 4RUVA 2YWOA 2C3NA 3VWUA 2ZCTA 1R5AA 4XTSA 4HI7A 2WJUA 2VIMA 1M7TA 4WETA 4K2DA 1PX7A 2WCIA 2B7KA 4N0ZA 4HZ4A 4MJEA 2LRNA 1AUCA 2WZ9A 2H30A 4G9HA 4X0XA 1ZYQB 1Q4JA 2LEGA 2AV4A 1T00A 1OC3A 3SBCA 1TP9A 2LQQA 1OC8A 2NVLA 5DDLA 4MK3A 5IMCA 1O73A 1ILOA 2RUFA 1QGVA 2GGTA 2MMAA 1XIYA 3A2VA 4ISDA 3EC3A 4PX1A 3KP8A 1HNCA 4ECCA 1X9WB 2AYTA 4GTUA 1YDKA 3M0FA 2I4AA 4O5RA 3U5RE 2DJJA 4KX4A 4KB3A 1TRVA 4NHZA 5EPFA 1YKAA 4HQSA 2TRXA 3IR4A 2HZFA 2GZPA 3HHVA 2H8LA 4XS4A 2V6KA 5J5NA 2H0GA 2JL4A 1MD3A 2V32A 2E2MA 3TJFA 3N9JA 2B5EA 5KEJA 3MSZA 3ZRDA 1GUKA 2QC7A 2KUCA 4JZQA 5F05A 4QQ7A 4EXJA 2VL3A 4XIHA 3GYKA 3J7Yb 3EMXA 2AUVA 1GH2A 2H76A 2OA7A 3ZTLA 2IFQA 4GQFA 1BG5A 5E4WA 2P5RA 2E7PA 2HZEA 4NMUA 1T4ZA 4PUAA 2VCVA 3M3MA 2O8VB 4CDOA 1GNEA 5EL8A 2DLXA 3NOFA 3GA4A 5HR2A 1GULA 1Y25A 2P31A 1FG4A 5D9XA 5ECQB 4IJIA 2DSAA 3WT1A 1EEMA 4JU5A 4MF7A 4FIWA 4HDEA 2N5BA 5F07A 2QSIA 4NHWA 1K0AA 1SKWB 1I9DA 1GSUA 4TVEA 1S3DA 2CX3A 1TK8B 1Z7RA 2HZEB 2CT6A 2VM2A 1Y6EA 5ECMB 1WJKA 2XPDA 4TR0A 3APSA 3EU3A 3DIEA 4MF5A 3UARA 2VD0A 3IRAA 2VLUA 2FWEA 3UMAA 4TRXA 3FR9A 3EE2A 3HA9A 2B7JA 3I43A 1T7PB 5G31A 4KSOA 5G5EA 1ZYEA 5CRGA 2R3XA 1MEKA 3GTUA 4K8MA 1F9MA 3ME8A 2IMFA 3GL5A 4QL7A 3QMXA 2IL3A 3FW2A 3GURA 3LGCA 3HZ8A 2H1AA 2F51A 2GQMA 4KNDA 2OBKA 2C0DA 2FCHA 2MBTA 1AC1A 1SJ6A 2PBJA 5CYYA 3GKMA 2JSYA 1XBSA 2OBIA 3KMNA 1GTUA 2AAWA 3C1RA 3M9JA 5EY6A 2EIQA 3LFLA 1SENA 1A8LA 1FO5A 4L5OA 3P2AA 1YF0A 1MDJA 3ZREA 5HR3A 2H71A 1S3CA 2CVKA 6GSXA 5J4UA 2A2RA 4NXIA 3TB2A 1DBYA 3QPMA 3DD3A 3EINA 2C3TA 3TOUA 4GQCA 2PERA 3LJRA 4F0BA 5H5RA 1TK5B 1BEDA 1HNBA 4HJMA 4EO3A 2O87A 3WT2A 3EMPA 2IWTA 2VM1A 3FZ4A 1J0FA 3QAVA 2FNOA 2FA4A 1QMVA 2Z9SA 4IGJA 2LJAA 5B7CA 3KCMA 4NV5A 3APOA 3TJJA 4ZB9A 3QAGA 2MBSA 4NWYA 2WB9A 3IOSA 4IJ3A 1Z7PA 3IC4A 1FVKA 2KP2A 2K6VA 3F63A 3HKRA 3J7Yk 3IAM2 2DMMA 1HQOA 1QQ2A 2YPMA 5DALA 7GSSA 2KOKA 1QFNA 1QXHA 2CV4A 4GXZA 2DC5A 1GRXA 1UVZA 3F9UA 1X5CA 1PRXA 4J56E 4AJ8A 2C0FA 1M2DA 3GFKA 4IVFA 1XCCA 2LKUA 3L78A 4TR1A 2EIOA 2H0IA 3D5JA 2XHFA 4HU9A 1EP8A 4NAXA 1VF1A 2LJRA 1ML6A 1O81A 3ERFA 2REMA 2B1LA 3FKFA 2K8VA 2TRCP 1TKDB 5B8AA 5C04A 5AN1A 4EC0A 2CAIA 1UA5A 1PGTA 1GSSA 4POKA 1V57A 5IMVA 4BL7A 2L5LA 1SK0A 3DXBA 4OFNA 4ID0A 2NDOA 4PQHA 3RHBA 4TOPA 1K0BA 4KE3A 1NW2A 4MZCA 3UVHA 4POLA 4TR1B 1GSDA 4HQZA 1BQ7A 3WGDA 3NIVA 3GKNA 2FD3A 4L5LA 1N2AA 3NZNA 2GSTA 5GSTA 1EZKA 4OO4A 3R2QA 3CSJA 1U3IA 2BMXA 4ZILA 2F8AA 2GS3A 2YOIA 2DJ0A 4LL4B 2O89A 1MTCA 6GSVA 2CZ2A 1HD2A 1TU8A 3QFBC 1OKTA 1MDKA 4K9ZA 1XWGA 3GL3A 1B4QA 3D6IA 4BVYA 3QOUA 5DJLA 4F82A 1SL2B 1FHEA 1TRSA 20GSA 3LQ7A 4X1UA 1OE8A 1WRYA 5LCZA 2R6KA 2H70A 12GSA 4JE1A 1YKCA 2H19A 2ES7A 3TDGA 2G0FA 2A2SA 3F4RA 1ZZYA 1LJRA 4KDYA 3W8SA 3UBKA 2R37A 3D21A 2PUKC 2ZUPA 4K0NA 3H79A 2IIYA 4I8BA 2R2JA 1PMTA 1E6BA 14GSA 3GSSA 2FWGA 3VLNA 2KLXA 5CREA 17GSA 2HFDA 3BD2A 3EU4A 2OJLA 2NTOA 2AHEA 1EGOA 4TXOA 3SWLA 2J9HA 3RHCA 2R5GA 3KH7A 4KCAA 4XCSA 4BWQA 2HXKA 3KZQA 1BAYA 4GF0A 3TUEA 1T3BA 4V2LA 1K3YA 1RW1A 2H6YA 2B5XA 4KA0A 2VUPA 1M99A 3HJOA 1MD4A 4ZB8A 1URMA 4L0WA 4MZBA 3TKPA 1YEXA 5G5FA 1YJ6A 1SYXA 3KJYA 4V1Ag 2OE3A 5CRWA 4HS1A 2EC4A 3ZMLA 4ILFA 2L4CA 2JZSA 2LNTA 4TXOB 19GSA 2VCTA 2HE3A 2LRTA 4MJBA 5EVOA 1TW9A 4ZXGA 2HI7A 4EUYA 3L9SA 4K7IA 2RUEA 1SJIA 3DYRA 2HNLA 2YCDA 1G7OA 1TOFA 4AGSA 1HYUA 2ZNMA 1BYEA 1UN2A 2FUG2 3BCIA 3KM6A 4JBBA 2JSZA 2DIZA 4IHUA 2YV7A 5GZZB 3GH6A 2MZCA 1Z6MA 3OR5A 1WMJA 2X99A 2VCXA 4HJ2A 1PSQA 2LUSA 3QCPA 1A23A 1GP1A 1E2YA 4BVXA 3F4SA 2GSRA 2VO4A 4ACSA 4CHSA 2CQ9A 2B5YA 1A2MA 4MMMA 3BJ5A 1CQHA 1N8JA 2X64A 2C0GA 4YAPA 3C7MA 5CO3A 4OMVA 3ZFLA 3WGEA 1FAAA 2JADA 2VCWA 3ED3A 1ERUA 2GT6A 1G7EA 1ERTA 5CP1A 2FWFA 5ECSA 5HR1A 4ULXA 3ZLPA 3UBLA 2FWHA 2LTKA 5B8BA 4FYBA 5IOXA 3IK7A 4HOJA 4RI7A 3F6DA 3GH9A 3HJMA 1GTIA 4K1FA 4YQMA 4BPYA 4N30A 2E0QA 2DMLA 3GMFA 4ML6A 2JACA 2L4QA 2RM5A 4XS4B 3HCZA 2YWIA 1ERVA 2MMNA 6GSUA 4OFTA 1MDIA 4I6XA 2GLRA 1JZRA 4I2TA 3GKXA 4OD7A 3QAWA 5J3RA 5B6NA 16GSA 5J9BA 1XWCA 4EL1A 1X9SB 3O76A 4MA9A 3UEMA 2K8SA 4TXVA 1F3BA 5DQYA 1THOA 3FZ9A 3L9VA 2H75A 1J9BA 5A5KA 4ML1A 2IMDA 2JZTA 1TTZA 4OFMA 1GTAA 2IFQB 1ZCPA 1U87A 1U88A 1G6WA 3IDVA 2DJ1A 4ECIA 2X8CA 1B8XA 3I69A 1H4OA 5IMAA 2CVDA 4TKYA 5D9TA 1DUGA 1OYJA 3KD0A 4GSNA 4YAVA 3H8QA 1AQXA 3F0IA 4JEDA 3BBYA 2VLVA 3DKSA 2X8GA 5D8IA 3FR3A 1YY7A 1K3OA 3VPQA 2CVBA 1X5EA 3DWVA 4NV2A 1QK8A 3A2XA 3CSIA 4GSSA 3TGZA 2C0EA 4KUNA 4IP1A 1FVJA 1R5PA 4G19A 2AB6A 1T1VA 2DIYA 3TKQA 3EWLA 5JWQB 3IPZA 2HRNA 1ZL9A 3I6AA 4ZBDA 1J08A 2YP6A 1JZWA 2WRTA 3UVTA 4BA7A 1F6MC 1M0UA 1TU7A 3QR6A 1OVNA 1LU4A 2C3QA 1AAZA 1THXA 4JRRA 4V2MA 3K8NA 1A0FA 1DE1A 4HU7A 3ME7A 4PQIA 2RIIA 1SKSB 1NSWA 2H1BA 1U6TA 2M80A 4Q5QA 3GTUB 4IN0A 4HUAA 3LYPA 5H5SA 4AF2A 2IPAA 2WULA 1SK1A 4YQUA 3G7YA 2V2GA 4D73A 1SL0B 1ZMAA 1A24A 5JCWA 5DVBA 4Q5FA 2D2ZA 2XBIA 1RK4A 3M1GA 5KN3A 2DJ2A 4P3YB 11GSA 4OWYA 3VFIA 5KN2A 1GWCA 1JZDA 3Q6OA 3TRXA 4G10A 4N10A 3PINA 3DRNA 2PGTA 2MYGA 1GUMA 1T4YA 3APQA 3MWHA 4O92A 3LWAA 5ID2A 3TKSA 4IQ1A 1NM3A 3JCML 4IELA 4JR4A 1K0MA 2IN3A 1EGRA 1FB6A 3HDCA 5DBQA 1V40A 1FB0A 1O7UA 5FT3A 3RPPA 1R4WA 1FW1A 1PKWA 3LXTA 4E8EA 5D9WA 2BJXA 1W4VA 3W8JA 4TR3A 3TRPA 1XW6A 2K18A 1SD8A 2N5FA 4TN8A 2PWJA 2HSHA 2PVQA 3VWXA 4BWSA 2NBSA 2LS5A 3VK9A 3KMOA 3ZITA 5HR0A 5JCGA 1XWAA 3KXOA 3WYWA 1LBKA 1SL1B 2L59A 5ID2B 4GRFA 2GQLA 1JHBA 2J23A 4KCEA 2DJKA 1JLVA 5DCGA 2O7KA 5IMDA 5J9CA 2VL2A 1SD9A 3L9UA 3S9FA 4MDCA 4MH2A 2OACA 3ISOA 5H5QA 5CRDA 4WR4A 4MH3A 1PX6A 1GSYA 1XFLA 1AW9A 3A2WA 2BTOT 3AY8A 1XVWA 5ECIB 3F8UA 2O85A 5DALB 1GL8A 1B4PA 1ZGNA 2YJHA 4Z7XA 4IW9A 2GSQA 4GLTA 4DSQA 5IQYA 3CBUA 4LA1A 5D9VA 5ECHB 4PGTA 4EVMA 2PVOC 1FOVA 4OCFA 2CX4A 5FHIA 2IMIA 5A4WA 3IBHA 4KW6A 4MPFA 3Q19A 1XZOA 3E0UA 4Q5NA 3ZFBA 1U3AA 2FLSA 5AIVA 2KHPA 4PUFC 4HEA2 4LMWA 2P0GA 1WE0A 3CRUA 5FWGA 5IO0A 2H1DA 3IXRA 4EDYA 3U6VA 3IK9A 4MCUA 5F0GA 5ECKB 2V41A 3H93A 4GCIA 4RI6A 4MPGA 3P8WA 4LL1B 4OCEA 3IV4A 2OE1A 2M46A 3LEFA 1GUHA 1RQMA 2GT5A 1KNGA 3MDKA 2PPTA 2VAFA 3Q74A 1TRUA 2YANA 1YF1A 1Z9HA 2MMOA 5DCHA 4QL9A 3A5WA 1IYHA 4MP4A 2OADA 3ZVJA 5KN1A 4K7OA 3KGKA 4WBRD 3TJGA 4WF4A 2L5OA 3C1SA 4WR5A 4G2EA 5DJMA 2X8HA 1GLPA 1K3LA 2LSTA 1TJDA 5ENUA 2AJQB 4ZIJA 2E2GA 1M2BA 4POMA 1YQ1A 1X5DA 5E59A 1QUWA 1WPIA 5AGYA 4EE0A 3EURA 1XOBA 6GSYA 1O6JA 3ZL5A 2PN8A 3GKKA 2G2QA 3HJPA 5IOWA 3G7JA 4WXTA 3C8EA 3GV1A 3VURA 1O8WA 3CXGA 4IS0A 2OKAA 6GSWA 2OE0A 1A2JA 1GTBA 3TKRA 1I5GA 1SU9A 3CSHA 2H66A 4FYUA 1XWBA 2GVPA 3GUSA 2RLIA 1K0DA 2HRFA 2LV3A 4I97A 1ST9A 5ECRB 3W6GA 3KTLA 1HNAA 2GZYA 1X0RA 1WOUA 2ON5A 1B48A 5ECOB 1YZXA 2YNXA 3P7XA 1GSFA 1KEBA 1M9AA 5CNWA 4MJAA 3FRCA 2FHEA 4PXOA 3ZVJD 5HFIA 4TW5A 2HYXA 1AQWA 3BOAA 1SYRA 2I1UA 2QGVA 3KEBA 4PURA 2LQOA 5KN0A 3TKSE 3RDWA 4N0VA 5GAND 4KDUA 2F8FA 4LLRA 1VF4A 2L6CA 3MNGA 2RM6A 3WGXA 5JWOB 2P5QA 3PR8A 3DVXA 5D93A 3TCOA 2V6OA 2EIRA 2JZRA 3G9BA 3HVXA 3IAS2 3HVSA 4TR4A 6GSSA 5IPGA 2M72A 3FEUA 5L71A 1T8EB 1OKDA 2MMZA 3HD5A 3ZZXA 3V1WA 1A2LA 1K0CA 5G30A 3I9V2 3CTGA 1X9MB 4DSSA 3VI7A 3HY2A 5A4VA 4EDZA 2YN1A 1OC9A 3FY7A 3E9JB 3DVWA 3CTFA 4N11A 5JCUA 2A4VA 4MF6A 3TOTA 4H86A 1BX9A 2HT9A 3E3EA 1C72A 4RQXA 4KSMA 2I81A 3F3RA 3F6FA 2H0HA 4RQRA 2WFCA 3KH9A 6GSTA 3KIJA 1B9XC 3GNJA 4AJ7A 4EF0A 1KBNA 2H1GA 1H75A 3FZAA 3LSZA 4K0GA 1Q98A 5D73A 3G7IA 3KP9A 3VI5A 5A4UA 18GSA 5CAXA 4DSSB 3D22A 5GAPD 5G1LA 3GRXA 1XPVA 5LNKe 4ECJA 1OC9B 3LXZA 3KTBA 4GWRA 3O6TA 3TKSC 2XC2A 4ZBAA 3WD6A 5IM9A 3HYPA 2FA8A 2H72A 4KGIA 4LMVA 5JWRB 4I5QA 4ZB6A 2IMKA 3HXSA 3UL3A 4K7NA 3TJKA 1W89A 3M9KA 3P90A 9GSSA 2VCZA 2B3SA 1PA3A 1EWXA 3O3TA 4IBPA 4PNFA 1OAZA 3UOMA 1SKRB 1IYIA 3VPTA 1K0OA 2HSYA 3ERGA 4IP6A 5DAKA 5GSSA 1XXUA 1Z6NA 3FZ5A 2C4JA 10GSA 1USBA 3M8NA 1SJZA 5G2ZA 1S3AA 13GSA 2VD1A 1F37A 4ZBBA 5ABRA 2WS2A 1SK2A 3Q18A 2VL2C 4CW9A 1DSBA 1PKZA 1TI1A 3FYGA 1NHOA 3GN3A 5D96A 1UC7A 4MZWA 1GSEA 3C73A 2FY6A 2YZHA 3GX8A 4F2IA 1F3AA 4F03A 4YQVA 1ON4A 5IO2A 2LRCA 1DE2A 2H01A 1ZOFA 4WF5A 3TRQA 2C80A 5DAKB 3FR6A 1A0RP 3FK8A 4DEJA 4DSRA 4DVCA 1BJXA 1EOHA 4AJ6A 3LYKA 1EV9A 4PQ1A 3ZMKA 1ABAA 3RPNA 1G0TA 2CZ3A 2ON7A 3ZYWA 2YV9A 5ELGA 2H6ZA 5IPHA 2K9FA 3HZ4A 1G6YA 1GLQA 1PQNA 2L6DA 3GSTA 1TXXA 4XRAA 4IQAA 1VGLA 8GSSA 1XW9A 2H74A 1EEJA 5LD0A 2C1YA 4J57E 2R4VA 3PH9A 3VWVA 1EP7A 1VF3A 2DBCA 4D73B 1PD21 2GSSA 3F4TA 1WWJA 4PNGA 4EKZA 4XS6A 3C71A 3CYNA 5IMFA 1EV4A 1XOAA 4V1Ap 2F3MA 4F9ZA 4KAEA 3US3A 1JLWA 5IMZA 3GIXA 4L0UA 5CRHA 4GSTA 4ZL8A 3TJBA 5B6MA 4WKWA 2VCQA 1A8YA 2LJKA 4Q5RA 1JFUA 5COHA 1VF2A 3QDNA 1VRSD 5C00A 2CAQA 4J2FA 2QKEA 1YEPA 4F0CA 2YJ7A 4ZL7A 4O7HA 5F8BA 2KP1A 5INYA 4KH7A 3DMLA 4FYCA 2YWNA 3UIWA 4HZ2A 1R7HA 2V1MA 1K0NA 3L4NA 2VL9A 3N5OA 5DQSA 4JR6A 1GNWA 5ECNB 5AISA 3BCKA 1EOGA 3GX0A 3F3QA 3LORA 1V58A 2ALBA 2WGRA 2F9SA 2WDUA 5HFKA 5ECLB 4X43A 4ECBA 1AXDA 2GDRA 4YH2A 3PGTA 3UJ1A 3H4KA 2H6XA 2H73A 2B6MA 1KTEA 3D0ZA 1ERWA 5HQPA 2I3YA 2PU9C 4L8EA 5J41A 3UAPA 3CMIA 2L57A 1WIKA 1TK0B 1PN9A 1XWKA 1GSQA 4IKHA 3EVIA 3FHKA 5ELAA 1PL1A 3CRTA 5AIXA 3L0HA 2VLTA 3D4TA 5HFGA 4I2UA 3RAZA 3EYTA 4MJCA 3DGQA 1Z5YE 4V2NA 4ZL9A 2N5AA 1WP0A 2GTUA 1TI3A 3VWWA 1V9WA 1M9BA 3D4MA 3IHQA 4FO5A 2YZUA 1CQGA 4O32A 3A3TA 1TRWA 3HVVA 1XW5A 2DJ3A 3ERWA 3IA1A 1PL2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite