2VM1A

Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 1 crystallized using ammonium sulfate as precipitant
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
EGAVIACHTKQEFDTHMANGKDTGKLVIIDFTASWCGPCRVIAPVFAEYAKKFPGAIFLKVDVDELKDVAEAYNVEAMPTFLFIKDGEKVDSVVGGRKDDIHTKIVALMG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Hordeum vulgare var. distichum
publication title Crystal Structures of Barley Thioredoxin H Isoforms Hvtrxh1 and Hvtrxh2 Reveal Features Involved in Protein Recognition and Possibly in Discriminating the Isoform Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN H ISOFORM 1.
total genus 32
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2008-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vm1A01
3LYKA 1FVJA 3JCML 2K8SA 3KTLA 3QDNA 2DSAA 1JZRA 1YKAA 2VM1A 5CRHA 1KBNA 2D2ZA 3IK7A 5GAND 2JSZA 5G2ZA 2LNSA 1G0TA 3ZRDA 2LJRA 3H8QA 2I9HA 2IL3A 3KMOA 1A2MA 2OACA 2HXKA 3E3EA 2O7KA 1PKZA 4JR4A 2GLRA 2OA7A 1MD3A 5HFIA 2DJJA 2FCHA 4BVYA 4EDZA 1A23A 2FWEA 2HYXA 2LEGA 4IP1A 1EEJA 2LRCA 1W89A 1OC3A 1XWBA 3HZ8A 2PBJA 2YWOA 2DMMA 2RLIA 2MZCA 2AHEA 5E4WA 1K0MA 5G1LA 3IC4A 1Z6MA 3U6VA 2K9FA 8GSSA 4ILFA 4YH2A 3G9BA 6GSVA 1SL0B 2GT6A 2VM2A 4F03A 1BEDA 3FHKA 1Q4JA 1GSEA 3LJRA 2QKEA 1NHYA 2F8AA 4EXJA 2DBCA 2VCTA 3KIJA 4F9ZA 3D22A 4JE1A 1SKWB 1O81A 3CSJA 1A0RP 5ECSA 4Q5RA 3GTUB 2OADA 1AAZA 2H0IA 3EWLA 4I6XA 1GLQA 1Z7RA 2EIRA 2EIQA 1SENA 3DMLA 3US3A 4PNGA 1MDKA 3FK8A 2PVOC 4IGJA 1K0AA 2H72A 5G31A 3L78A 2NVLA 5DAKB 2CVKA 3C7MA 4N0VA 1X5DA 1JLWA 3GHAA 2GZYA 2YZUA 1UN2A 2LKUA 5KN3A 5FWGA 4BA7A 3FZ9A 4PQIA 10GSA 4GSNA 1E2YA 2R4VA 3EMXA 1B4PA 2AB6A 11GSA 4GQFA 1AQXA 1WMJA 1Z9HA 2CA8A 2VCZA 4NHWA 3APOA 4V2NA 4WEYA 2QSIA 3UBLA 3KP9A 4G10A 1AQWA 2GS3A 3FR6A 5DQYA 3D5JA 3Q6OA 4XS4A 1ILOA 5A4VA 3C71A 1SJZA 1XOBA 3GKXA 5G1KA 4PQHA 4ID0A 2XBIA 4TKYA 1OC8A 3A2VA 1T4ZA 4K7NA 3A2XA 5D96A 2JU5A 2R37A 1J0FA 2ALBA 5CRWA 3UVTA 2AJQB 4PNFA 2EC4A 1PL1A 1O73A 2Z9SA 2GSQA 3VI7A 4AJ6A 4EDYA 4I2UA 5F06A 1OC9B 5C04A 2YJ7A 5KN2A 3CXGA 4ZBAA 6GSTA 4K7IA 2FY6A 2WULA 2YV9A 1USBA 1R4WA 3UOMA 4F2IA 1XWKA 3CRUA 2OJLA 2MBTA 1G7OA 2FGXA 4WBJA 2BTOT 2P31A 4IN0A 5A5KA 3VWVA 4LL1B 4EF0A 3VWUA 5ELGA 2VLUA 5F0GA 1AW9A 2FUG2 2I3YA 2FHEA 5ID2B 4PQ1A 5GAPD 3HZ4A 4XS6A 4OFNA 2LRNA 4NHZA 4TOPA 2R3XA 4JRRA 2B7JA 2C3QA 2H66A 3RAZA 2P5QA 3VI5A 4MLYA 4K9ZA 1GSSA 1UVZA 2HZEB 1PMTA 3EE2A 1GUMA 5ECIB 1GUHA 4BWSA 4MH2A 4ZBDA 2NPBA 2E2GA 1I5GA 3GH9A 2L6CA 3C8EA 4HZ2A 3F4RA 3P90A 4MZBA 3IHQA 3QAGA 4CDOA 3V1WA 3VURA 3F3QA 3M1GA 3Q18A 5EY6A 1V57A 2K8VA 5F05A 3VLNA 2ZCTA 4JBBA 3QFBC 1QMVA 2KUCA 1FOVA 4DEJA 5ECQB 4MJEA 3HA9A 2LJAA 2VL9A 3HY2A 5JCUA 4PUAA 1EWXA 1QUWA 3H1NA 2JZSA 2C80A 2C3TA 4HU7A 3GA4A 3FW2A 4AGSA 4O7HA 4TN8A 3GTUA 5ENUA 1YEXA 4OCFA 5IMVA 2J9HA 5B6NA 3H4KA 4E8HA 2FA4A 4MA9A 1J08A 5H5SA 2MMOA 4LMWA 4DSSB 2IJYA 1QK8A 2B1LA 4V1Ag 2GSSA 1K3OA 2YWMA 1HNCA 2PU9C 4I2TA 3QPMA 4FYBA 4IKHA 4X0XA 3KTBA 5DAKA 4NPBA 3KM6A 3RHBA 2VCXA 1FAAA 1YF0A 2IN3A 2WDUA 4KB3A 3L0HA 5EPFA 3GURA 1XBSA 2CZ3A 3TKSC 4KW6A 2QC7A 2CQ9A 1AQVA 1YY7A 4IW9A 2H1GA 5AGYA 1ERTA 2CZ2A 3ZL5A 3IDVA 2TRXA 1SU9A 3ISOA 1PD21 3TUEA 1OKTA 1EGRA 4WR5A 2AUVA 2H75A 5ABRA 4HQSA 4MPGA 4EUYA 2NTOA 2OE0A 2H1BA 3BJ5A 1GL8A 3SBCA 2FNOA 2RUEA 4OFTA 3TKRA 4HU9A 4EC0A 18GSA 3F6DA 3M9KA 5IMDA 3ZFBA 4MP4A 3CTFA 3Q74A 2X8HA 1EEMA 4KGIA 1OC9A 3RHCA 1GTBA 3M3MA 3M9JA 1F6MC 4TR1B 1SK0A 3W8JA 2CVDA 3RDWA 3D21A 4WKWA 3BD2A 2GQLA 1XFLA 1GNWA 4N10A 1QFNA 2TRCP 1DUGA 2CAQA 5ECKB 2AV4A 1YQ1A 4HZ4A 2N5BA 4ZIJA 2VD0A 1TK0B 1UA5A 2WJUA 2C8UA 3CSHA 5ID2A 5ECOB 1T3BA 3GKNA 1OE8A 2HLSA 4GQCA 4MZWA 2LQOA 1DSBA 1O85A 4NAXA 2HZEA 2B5YA 4MDCA 4OO5A 3RBTA 4OMVA 3EU4A 1XIYA 1FO5A 3PR8A 4ISDA 2V32A 3F8UA 3GX0A 3HJPA 2A2RA 4PXOA 5AN1A 3CTGA 4Q5NA 4KCEA 2V6OA 2H0HA 1AC1A 1K0OA 2R2JA 5CP1A 2VAFA 4EL1A 4HI7A 5J41A 4V2MA 3GSTA 1X0RA 2LRTA 2R6KA 3DGQA 3RPPA 3WT1A 4IS0A 4CHSA 1TK5B 3EVIA 3H93A 5F8BA 1F3AA 4MF7A 2AYTA 5HR3A 1PL2A 1GTIA 2CX4A 2LV3A 1W4VA 4MF5A 1K0CA 1FG4A 5DDLA 1GSYA 2YANA 1OE7A 1EGOA 1TKDB 3VWWA 5CYYA 3TGZA 5GZZB 3FZ5A 4HOJA 7GSSA 4DSSA 1GULA 1A0FA 2JZRA 3GFKA 4FH8A 2CV4A 3GV1A 2F3MA 2YOIA 4LL4B 3TB2A 4BVXA 3ZYWA 2ES7A 3LGCA 2H1DA 2NDOA 1TRWA 5ECNB 4AF2A 1ZZYA 3HVSA 2BJXA 2I4AA 1M2AA 5HFKA 4ACSA 3I69A 1M9BA 1BAYA 5ECRB 4FYCA 4BWQA 3IA1A 3L9UA 5A4UA 1X9WB 1GLPA 3E9JB 4KDUA 4DSQA 5IMAA 5HFGA 3L9SA 3IAS2 1H75A 1YKCA 3ERFA 1AIUA 5IMZA 1XWGA 5IPGA 16GSA 1E6BA 3N5OA 2MBSA 2XBQA 3QOUA 4ZB6A 4IJIA 2FWFA 4F0CA 3HDCA 1IYHA 2JZTA 2JACA 2P0GA 3HJMA 3BCKA 4I97A 4OCEA 3F3RA 3FEUA 2L5LA 1KEBA 1YDKA 2YPMA 1T4YA 1V9WA 1TI3A 1TOFA 1HNAA 2HSHA 1JFUA 1BG5A 4FO5A 2F8FA 1PSQA 4K1FA 2XHFA 5J3RA 1QGVA 1PKWA 2B7KA 3IR4A 2VL2A 4IHUA 4TR1A 5INYA 2H6XA 1NW2A 2G2QA 2V2GA 2VL3A 3APSA 3HD5A 4K6XA 1ERWA 22GSA 1VF2A 1GSDA 2V6KA 4MJCA 3FZAA 5CRGA 3TJKA 1OVNA 2OBKA 4N11A 2H01A 2AAWA 2MMNA 3QAWA 1J9BA 2L5OA 2X8CA 4K0GA 1MDIA 3HXSA 2YN1A 3DYRA 3TKQA 4ZL7A 3IXRA 4XIHA 1O8XA 1HNBA 3O76A 3ZITA 3EU3A 5DCHA 1SL1B 1GH2A 3EURA 3WGEA 4XRDA 1R7HA 3CSIA 5CO3A 3TJGA 5LD0A 2YWNA 2L6DA 3F4SA 3GKMA 4NXIA 5F07A 3N9JA 4ZB8A 1Q98A 5DCGA 5B7CA 2GZZA 3MSZA 4YQUA 2XPDA 1MEKA 3KCMA 1AXDA 2YNXA 2B1KA 3G7JA 2E0QA 4NV2A 1JZDA 2HFDA 4XS1A 4MPFA 2WZ9A 3TRQA 4RQRA 2R5GA 3GL3A 4JR6A 4J2FA 1VF4A 4WF5A 1WRYA 2NBSA 1M7TA 4KNDA 1XXUA 3KP8A 2C0GA 3KMNA 1SK1A 3EMPA 13GSA 3F0IA 5ECHB 3EYTA 4MH3A 3F63A 1OYJA 4EE0A 5H5RA 3J7Yk 2LQQA 3KXOA 3VFIA 3UAPA 1YJ6A 1NM3A 3TDGA 5IPHA 2O87A 3UBKA 2PGTA 2HZFA 3KJYA 3F6FA 5GSSA 5G5EA 3A2WA 5D93A 5IO2A 4HUAA 1Z7PA 2PUKC 1HQOA 3ME8A 3HYPA 1G6YA 3DD3A 2X99A 2L4QA 3G7IA 5GSTA 1ZL9A 3Q19A 3I6AA 2HE3A 1QQ2A 3NIVA 4FYUA 1M0UA 1VF3A 1EP8A 2OBIA 2PPTA 4GRFA 5ELAA 3MDKA 1EV9A 4KUNA 1T8EB 2G0FA 5IIZA 1WPIA 4HEA2 5ECMB 5DJLA 2K6VA 3UIWA 1BQ7A 2X8GA 3AY8A 4JZQA 3UMAA 2PWJA 4OFMA 4L8EA 3ZVJA 1GRXA 3ME7A 3FYGA 3TKSE 2DJ3A 5DALB 4ZB9A 2IMDA 1G7EA 1X5EA 2DJ1A 4BPYA 1UC7A 5LCZA 2MMAA 4TW5A 2WRTA 1MD4A 3W8SA 2I81A 1S3CA 2LTKA 2M72A 2C0DA 2O89A 3GN3A 4P3YB 2H19A 1ZYQB 1SYRA 3LFLA 1TK8B 3KD0A 3ZLPA 3IK9A 3ZREA 4MMMA 3RPNA 1AUCA 1XW6A 4G9HA 3QMXA 5EL8A 2FWGA 2WCIA 3KZQA 3PINA 1JZOA 3IOSA 2DJ0A 1F2EA 1ZGNA 3MAKA 3IPZA 3E0UA 3EINA 3QCPA 3GMFA 1NSWA 4GWRA 4ECBA 1RK4A 4ECIA 1V40A 4ZL8A 4WR4A 4PGTA 3A5WA 3LORA 4ZBBA 3P8WA 1Z3EA 1U87A 1C72A 2YV7A 1XVQA 4TRXA 4O5RA 4AJ7A 1VF1A 2DJ2A 4GF0A 1X5CA 3HVVA 3P2AA 4BL7A 1WWJA 3TRXA 4HJ2A 4QL7A 1EOHA 1TW9A 2DLXA 3APQA 2QGVA 4KE3A 1OAZA 4YAPA 3CYNA 6GSSA 3CMIA 5JCGA 2RM5A 4DSRA 2DC5A 1ACVA 2N5AA 3I43A 4TR0A 4EVMA 3ZMKA 5IO0A 4N30A 2L4CA 3IBHA 2M46A 2HT9A 1ZYEA 2IMKA 3R2QA 4ZXGA 3BOAA 5AISA 1XWAA 4NV5A 1GSFA 3VPQA 4G2EA 4HQZA 4XRAA 3NOFA 2PMTA 1PN9A 3EC3A 4MZCA 3CRTA 4GLTA 1GP1A 2BMXA 2ON5A 1V98A 1B8XA 4KDYA 1WIKA 4TVEA 1GUKA 4NWYA 2RIIA 5ECPB 4RI7A 1T00A 2VO4A 1GSQA 2L57A 5FT3A 1OKDA 2KP2A 3FRCA 3HVXA 1A2LA 3NZNA 5IOWA 5B8AA 3C1SA 1YZXA 1SK2A 3FZ4A 4YAVA 3TRPA 1K0BA 1FB0A 1YF1A 4TXVA 4D73B 2YJHA 1H4OA 5DVBA 2IIYA 1XW9A 3ZVJD 4IBPA 4QQ7A 1EP7A 5LNKe 2B6MA 3IE3A 3TJFA 3M0FA 4KSOA 3VPTA 5KN1A 4KA0A 3DWVA 4TR3A 3DIEA 3IV4A 1A8YA 4EO3A 1K0DA 2O85A 2GQKA 4J57E 3GRXA 1T1VA 3LWAA 5IMFA 5J4UA 5D9TA 5IMCA 1BJXA 2IFQB 2OKAA 5DALA 4RUVA 5ECLB 1LJRA 3FKFA 2OE1A 3G7YA 4Q5QA 2LNTA 4LLRA 1T7PB 1XW5A 3GYKA 4PURA 1SKSB 3P7XA 4LA1A 2B5XA 3TOUA 3WGXA 4QL9A 1ERVA 4TR4A 4O32A 3IRAA 3D0ZA 6GSWA 3H79A 5IOXA 3S9FA 3GIXA 1KNGA 4JEDA 2KP1A 2WGRA 3C73A 4RI6A 1A24A 1U6TA 1M2BA 5DBQA 2XC2A 1SKRB 2V1MA 1B9XC 1PGTA 1ZMAA 2HRNA 3ED3A 1SJ6A 1THXA 3LG6A 4MCUA 4K7OA 3F4TA 4X1UA 2PN8A 3BBYA 1Z6NA 2H1AA 1JLVA 4TXOB 3LYPA 1FW1A 1GTAA 4GCIA 1R26A 4ECJA 1O6JA 1U3AA 2H6ZA 2B5EA 1Z5YE 2B3SA 5J9CA 1F3BA 4KCAA 1SD9A 1ERUA 1WJKA 2CAIA 3HKRA 2GQMA 1TI1A 4HJMA 5D9WA 3UVHA 1FHEA 5KN0A 3GSSA 1XPVA 2N5FA 2GZPA 2HNLA 4HDEA 3KGKA 1V58A 4GSTA 1LBKA 2A2SA 1XVWA 2VCQA 1TJDA 3C1RA 5D73A 2YCDA 3ERGA 4L0UA 3HJOA 1PA3A 3F9UA 5AIXA 1PQNA 2GDRA 5L71A 2RUFA 5CNWA 1PRXA 1Y6EA 1WP0A 4WXTA 2VOCA 3FY7A 5H5QA 3J7Yb 1FVKA 4LMVA 4I8BA 4OD7A 3GX8A 4H86A 3CBUA 4K8MA 2VIMA 3ZFLA 4IELA 2DMLA 1XZOA 1HYUA 2HSYA 1ABAA 1M2DA 3DEXA 2H70A 4ML6A 20GSA 1SL2B 4ULXA 3WD6A 4MJAA 1M99A 2OE3A 5CREA 2RM6A 5C00A 2VL2C 3W6GA 4D73A 3BCIA 5FHIA 4WBRD 2K18A 3UJ1A 1R5PA 5B8BA 4POKA 1ZOFA 1EOGA 1EV4A 3A3TA 1WE0A 2IMEA 4POBA 1PX7A 2IMFA 4O92A 1TU7A 1TXXA 4DVCA 1RW1A 1MDJA 4J56E 1GSUA 1RQMA 3QFAC 3D4MA 5DQSA 2LS5A 4HS1A 2IFQA 3U5RE 4XHMA 1U3IA 6GSXA 2C4JA 2GSTA 1X9SB 3TCOA 2CX3A 2LSTA 17GSA 3VK9A 5HQPA 4V1Ap 2FD3A 4XTSA 3QR6A 5J9BA 3O3TA 1EZKA 5HR0A 2EIOA 2H8LA 4MF6A 4OWYA 4N0ZA 5HR1A 1VRSD 2MYGA 1FB6A 3GUSA 1B48A 1K0NA 4YQMA 1JZWA 4OO4A 3LEFA 2ZUPA 1IYIA 1DBYA 2C3NA 3KH9A 4IQ1A 5IM9A 2P5RA 1N8JA 2C0EA 2PVQA 5DJMA 3TKPA 1A2JA 1TRVA 1TDIA 1QXHA 2VUPA 2MMZA 1TTZA 3FR3A 2LJKA 2JSYA 3ZTLA 1HD2A 1U88A 2ON7A 4TXOA 4ECCA 5JCWA 1DE1A 5JWRB 2E7PA 4E8EA 5JWOB 4ZL9A 1A8LA 1O7UA 2JL4A 3SWLA 2REMA 5HR2A 3ZIVA 1TRUA 1N2AA 1V2AA 2VCWA 2VD1A 1O8WA 1URMA 2YWIA 2H73A 4L0WA 5G30A 2J23A 1TP9A 1XWCA 3UL3A 2GGTA 3TKSA 1GTUA 2X64A 1SJIA 2C1YA 2A4VA 2DJKA 3ERWA 2CT6A 4IQAA 2DIYA 4X43A 2KHPA 4L5OA 3UARA 2L59A 1TRSA 1Y25A 2GVPA 4GXZA 1GWCA 2H30A 5IQYA 1B4QA 3L4NA 2IPAA 5EVOA 1ST9A 4F82A 1CQGA 2PERA 2VLVA 4MJBA 5KEJA 1YEPA 3GL5A 4V2LA 4Q5FA 5CRDA 3DXBA 1WOUA 4GTUA 4IP6A 3HCZA 4PX1A 2H6YA 1ZCPA 6GSUA 3ZZXA 3GNJA 5COHA 1S3DA 4ZILA 1SD8A 3HHVA 1BX9A 1X9MB 2GTUA 1PX6A 2VLTA 2CVBA 3ZIJA 1F37A 2WB9A 2I1UA 2H74A 3KH7A 3WYWA 4IVFA 1I9DA 5AIVA 2YZHA 9GSSA 4KAEA 5J5NA 4ML1A 3GH6A 14GSA 4CW9A 2V41A 2H76A 2FWHA 5D9VA 4AJ8A 1F9MA 2IWTA 4KSMA 1ON4A 3M8NA 2H0GA 1LU4A 5D8IA 3TOTA 3PH9A 4MK3A 4KX4A 3MWHA 1TU8A 19GSA 1G6WA 3LXZA 3WT2A 3DKSA 3VWXA 1S3AA 1JHBA 2HI7A 1GNEA 4POMA 4KH7A 1M9AA 2F9SA 1MTCA 2H71A 1DE2A 1K3YA 4PUFC 2TIRA 5JWQB 2ZNMA 3D4TA 2F51A 2KLXA 2XPEA 4WETA 3PGTA 3LXTA 2LUSA 3UEMA 4F0BA 12GSA 5E59A 1CQHA 3TJJA 2WFCA 3DVWA 3GKKA 1B9YC 4YQVA 4NMUA 4RQXA 1XOAA 3L9VA 4WF4A 4I5QA 2FLSA 4G19A 1ML6A 4JU5A 5B6MA 4POLA 1VGLA 1K3LA 4K0NA 3OR5A 1SYXA 2HRFA 2DIZA 4XS4B 4MABA 3WGDA 5A4WA 3I9V2 4XCSA 2FA8A 2O8VB 1R5AA 5CAXA 2VCVA 2WS2A 2JADA 4Z7XA 3DRNA 3IAM2 4IJ3A 1XCCA 3QAVA 3LSZA 2GSRA 1KTEA 2C0FA 2E2MA 4EKZA 3KEBA 5G5FA 6GSYA 2M80A 4K2DA 4L5LA 3TJBA 3K8NA 5D9XA 4FIWA 3D6IA 2YP6A 2KOKA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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