2VOCA

Thioredoxin a active site mutants form mixed disulfide dimers that resemble enzyme-substrate reaction intermediate
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
AIVKATDQSFSAETSEGVVLADFWAPWCGPSKMIAPVLEELDQEMGDKLKIVKIDVDENQETAGKYGVMSIPTLLVLKDGEVVETSVGFKPKEALQELVNKHLLEHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thioredoxin A active-site mutants form mixed disulfide dimers that resemble enzyme-substrate reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Electron transport
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
total genus 29
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vocA00
2FHEA 2XBIA 3CRUA 1S3CA 3HZ4A 2AAWA 4K8MA 3PR8A 4L8EA 1SL1B 1K3OA 3GKXA 3FZ5A 5DVBA 4YQVA 1T00A 3J7Yk 3R2QA 5A4WA 5F05A 3KCMA 4NHWA 1YF0A 4ZB9A 3GKNA 2WCIA 2YZUA 1BYEA 1FG4A 2H75A 2JACA 5AIVA 1FHEA 4Q5FA 4QL7A 2G0FA 1USBA 1SKSB 4NPBA 4TN8A 5FWGA 3DEXA 1U88A 1ERTA 4ECCA 1TU7A 4GLTA 4I8BA 1FAAA 3DIEA 3EMPA 4KDYA 3L9VA 4TXOA 3VI7A 5IMFA 5J9CA 3H79A 2H30A 1HYUA 3HJMA 2HE3A 3IRAA 2DJ1A 3VI5A 2XPEA 4KUNA 2N5FA 2L5LA 5EY6A 4IJIA 2FA4A 3G9BA 4EUYA 1A2MA 1O8XA 3UVTA 1AQWA 1YQ1A 4JR6A 1TK5B 4MP4A 2CX4A 2AB6A 1F9MA 3KJYA 1DBYA 1HNBA 1B9YC 3KMNA 4D73A 5F07A 2B1KA 2DC5A 5KN1A 2WGRA 4HUAA 1THXA 2OA7A 4N11A 1PL2A 4BVXA 4DSQA 5IM9A 1I9DA 4ISDA 2NBSA 1MDJA 1W89A 2H76A 4I97A 3APOA 1BAYA 4PGTA 2FWEA 5HR1A 4AGSA 3W6GA 3RHBA 4KDUA 4RI7A 2K9FA 1RW1A 5HR0A 5ECSA 1OAZA 4E8HA 4FO5A 4K9ZA 5JWRB 2XPDA 2AYTA 4MLYA 2AHEA 1VF4A 2JZTA 4EDYA 3RHCA 5IMZA 4BWQA 4L5LA 2VM2A 2RM6A 4TRXA 1URMA 3TOUA 2I3YA 3GTUB 1FB6A 2PVOC 3IPZA 4IJ3A 2MBSA 3ZZXA 3EYTA 2EC4A 1TOFA 1YEPA 5AN1A 4J2FA 4JU5A 5HFGA 4DVCA 4KW6A 3M1GA 4TR4A 3FR6A 4V2NA 2QGVA 2F3MA 2F9SA 2I9HA 3FR9A 3PGTA 2OACA 2C1YA 1SD8A 5D93A 3CYNA 3O76A 1A2JA 4MPFA 1YDKA 3QAWA 2H1DA 2VAFA 4DSRA 2HT9A 1NHOA 2H71A 1H4OA 1GUHA 3P7XA 4TXOB 2FLSA 1GTAA 4KA0A 1SJZA 1ABAA 3RDWA 3D6IA 2CV4A 6GSSA 1EZKA 1TRSA 3HY2A 3CSIA 3Q74A 1NW2A 1XOBA 3GX0A 1AQXA 1EEJA 2HXKA 1K0DA 3I9V2 5IMDA 2JADA 3IDVA 1Q4JA 2L6DA 4OFNA 1DSBA 2FUG2 1O7UA 4KB3A 4RI6A 3LXTA 2REMA 4V2LA 4D73B 1QGVA 3APQA 4GQCA 4N30A 5F06A 3UARA 4PURA 2FY6A 2C3NA 3LYPA 3M9KA 5FT3A 14GSA 5F8BA 1GL8A 3FHKA 5JCUA 3C7MA 4GTUA 1TKDB 5KN3A 1M2BA 2H0GA 1GH2A 3FW2A 1M7TA 3KP8A 3RAZA 4TR3A 2H0IA 2OBKA 4K0GA 3TJJA 5CREA 1DE2A 2FWFA 4WETA 1TRWA 1ZYQB 3IOSA 3ISOA 1TJDA 2R3XA 4MH2A 1JZWA 4E8EA 1JZRA 2HLSA 2P0GA 4YAVA 6GSUA 1TI1A 5GAND 1J9BA 4GSNA 2DIZA 4WEYA 2VL9A 2L59A 4OO5A 22GSA 4TW5A 5DJLA 3TKQA 4XRDA 1PRXA 4V1Ag 1ZL9A 4EO3A 3A2WA 3UAPA 1B4QA 2LQOA 4AJ8A 2MBTA 5ELGA 2EIOA 4FH8A 3GL5A 2LKUA 4HZ4A 1EGOA 1J0FA 1K3LA 3DMLA 2X64A 1K0NA 2MMAA 4EL1A 4X1UA 2L4CA 1DUGA 1AXDA 3E3EA 4YAPA 5ECIB 2O85A 4K1FA 1MD4A 2V2GA 3GH6A 4BPYA 3VWWA 6GSXA 3F4TA 4MCUA 2DSAA 2WRTA 2YV9A 2O89A 3EMXA 2V32A 4PQ1A 4IHUA 5FHIA 2DLXA 3L78A 4TOPA 2PVQA 3FZAA 3D4TA 2YN1A 3UBLA 1MTCA 1F2EA 2MMOA 2VL2A 2B5XA 4OFTA 1O8WA 3KXOA 1O6JA 5E4WA 5G2ZA 4IGJA 4NAXA 3MSZA 4F82A 3TDGA 4WBJA 3EVIA 2KOKA 3ZFBA 1X9WB 1CQGA 1PKZA 1WMJA 3F4SA 1N8JA 3VFIA 3KD0A 4KNDA 5CP1A 3W8JA 5B8AA 4MJAA 2H70A 5J3RA 1A2LA 1WOUA 3IR4A 2LRCA 4OCEA 2YCDA 4ML6A 3GHAA 4FYCA 3QD9A 5CRWA 1Z9HA 1FB0A 4XCSA 1T7PB 1SJ6A 4LMWA 1SK0A 1O85A 3LFLA 2OKAA 2XBQA 8GSSA 3UOMA 3D5JA 1SKRB 3N5OA 4IP1A 4BA7A 1YEXA 1ZZYA 2JZSA 1EV4A 1A8YA 2HZFA 2PERA 1VF1A 3BJ5A 1XIYA 2FGXA 3IE3A 2LRTA 1S3AA 3GURA 5D96A 5D9VA 1SK1A 1G7OA 2CQ9A 2HSYA 2V41A 3LQ7A 2VUPA 2MYGA 5B8BA 5CAXA 11GSA 3Q6OA 2VCZA 1WIKA 12GSA 1A0FA 1CQHA 2NPBA 2IFQA 4OFMA 2GSTA 4GSSA 1ZCPA 3UIWA 2FWHA 13GSA 2GSRA 5H5QA 3Q18A 3RPPA 4DEJA 2H19A 3L9SA 1XBSA 2NDOA 1Z5YE 4QQ7A 4RUVA 1TK8B 4MJBA 4I6XA 1KNGA 2TIRA 1QFNA 1YY7A 2CZ2A 5ENUA 4O32A 1V2AA 3IV4A 4HEA2 2JU5A 4LMVA 4CHSA 4POLA 1MDKA 1KEBA 1X5CA 4WKWA 3IBHA 2GS3A 3F3RA 3EE2A 3A3TA 3GTUA 3TJGA 4I5QA 1SYRA 16GSA 3IA1A 10GSA 1AC1A 4ACSA 4G9HA 3HHVA 4ZB8A 3VPQA 3ZREA 1MDIA 5E59A 4FIWA 2QC7A 2YOIA 5IPHA 1JZDA 2RUEA 1WE0A 1PSQA 2YZHA 1FVJA 4BL7A 1M99A 1ML6A 3FR3A 3HDCA 3CSJA 5DJMA 5IOXA 2F51A 5IQYA 1T4ZA 4JBBA 4F0BA 4F9ZA 4IW9A 2JL4A 3GSSA 4PNGA 1GTIA 3TUEA 4KSOA 2Z9SA 4KE3A 4I2UA 1B8XA 2B5EA 2VCWA 3KTLA 1ERVA 2LNTA 3EURA 1TW9A 1ZOFA 3GMFA 1YZXA 3F9UA 3D4MA 2OE0A 1GULA 1M2AA 4PUAA 1PN9A 3HD5A 3H93A 3HA9A 2F8AA 5ECKB 3FRCA 1THOA 1NHYA 1Z3EA 2FWGA 3TRXA 4GF0A 3TKSE 1X9SB 2C8UA 2ES7A 3TKSC 4K7OA 1O73A 5ECLB 4AJ7A 1OYJA 3ZFLA 2GQLA 4PNFA 2LSTA 4L0WA 2G2QA 2V1MA 1K0CA 2WS2A 4Q5RA 3ERWA 5A5KA 2B7JA 2ZUPA 2VL2C 5GZZB 2LS5A 4MJEA 1A8LA 1OKDA 1V98A 1NSWA 3TJFA 1EWXA 2IFQB 4YH2A 4MF6A 4KAEA 4K7IA 5HQPA 2DJKA 3US3A 4ZBDA 3J7Yb 2CAQA 1KBNA 3GIXA 1V9WA 1NM3A 1XVWA 2O7KA 1V57A 2VCVA 4TR1A 2L4QA 4NWYA 1K0OA 5CRGA 1Y6EA 1QUWA 2YNXA 2PPTA 3QDNA 4LL1B 1TRVA 1GSEA 3GN3A 1ERUA 2A2RA 3A5WA 1WJKA 2YPMA 4ULXA 2BMXA 2KP1A 4JZQA 3C1SA 3C8EA 2CX3A 4YQMA 2YV7A 2DJ2A 3FK8A 3ME8A 3LG6A 1V58A 3P8WA 4Q5QA 3HVXA 3E9JB 2A4VA 3ZVJD 3MWHA 4ML1A 3GRXA 1HD2A 2YWIA 2YJHA 2MZCA 3RBTA 3U6VA 2GDRA 3VWVA 1PKWA 1GSSA 1F37A 4XHMA 1UC7A 5A4VA 4MZCA 1XXUA 4MJCA 4Q5NA 3D0ZA 3QOUA 4PQIA 3TKPA 1S3DA 1RQMA 3ZLPA 2YJ7A 2QKEA 2KP2A 3QFBC 3KH7A 2HNLA 3OR5A 3C71A 2VD0A 3KM6A 3HVVA 3I69A 5CRHA 3CSHA 4O5RA 3P2AA 3A2VA 5G30A 2LJAA 2DBCA 1GTBA 4DSSA 1WP0A 2HRNA 3BD2A 4POMA 1A24A 3PINA 5DAKB 4EXJA 1T3BA 3NZNA 5HR3A 1QQ2A 3GH9A 4XS4A 3WD6A 2FNOA 4FYBA 1XW5A 1JHBA 3F8UA 2CA8A 1OE7A 4ZL7A 3M3MA 4EF0A 2BJXA 1ILOA 1K0BA 4NV5A 4CDOA 1LU4A 2IL3A 2CVDA 4TXVA 5J5NA 3O3TA 1QXHA 3DYRA 1WPIA 5LCZA 1QMVA 1ST9A 3UL3A 3D22A 1GNEA 4XTSA 4GSTA 1TDIA 4TR1B 2B7KA 1Z7PA 2GLRA 4V1Ap 3KMOA 4HI7A 2L5OA 1TXXA 1BEDA 3DVWA 2N5BA 3QFAC 1OKTA 3KZQA 5KN2A 3FZ9A 1KTEA 2X99A 4KSMA 2R37A 4ZBBA 4IQ1A 1GSFA 1UA5A 2WB9A 4ZB6A 2HFDA 1FW1A 1HNAA 3IC4A 2OBIA 4POKA 1ZGNA 1AQVA 3SBCA 3UBKA 3CTFA 1EGRA 3WGXA 2AUVA 2VIMA 1E6BA 1T8EB 2IMIA 3GYKA 5ECHB 4JRRA 3TKRA 2N5AA 2CAIA 4HZ2A 3GNJA 4N0VA 2OE3A 1A0RP 1XFLA 5D9TA 1BJXA 1FVKA 4EVMA 5LNKe 2E2MA 3TRPA 4WR4A 1GUKA 3AY8A 3LSZA 3EWLA 2WULA 3QCPA 2P5QA 18GSA 3VURA 4LA1A 3VWUA 3O6TA 5AIXA 3UEMA 2E7PA 4KDXA 2J23A 3EU3A 5CYYA 3WGEA 3H4KA 3RPNA 3LORA 2WFCA 2OJLA 4DSSB 2FA8A 5ECRB 9GSSA 4FYUA 1PMTA 3ERGA 1EEMA 4HU9A 3G7IA 3GKMA 1GTUA 2E2GA 5DBQA 2TRXA 1JLWA 4K0NA 3C1RA 4L0UA 4XS4B 3APSA 3GSTA 4HDEA 4IVFA 4IELA 3DVXA 3BOAA 5D73A 3TJBA 1VF2A 20GSA 1F6MC 1R5AA 3MAKA 4PQHA 2RIIA 2VLVA 3HXSA 1SD9A 2C4JA 1F3AA 2AJQB 2YWNA 4ZILA 3KEBA 1C72A 2H66A 3G7JA 4WXTA 2HRFA 1PD21 4ECBA 1LBKA 1XW6A 2DJJA 2EIQA 4MA9A 1ON4A 1SKWB 3CBUA 2X8HA 1UN2A 2LNSA 4QL9A 2YANA 2H6XA 2L57A 5DALB 1LJRA 2IIYA 1AAZA 2DMLA 2E0QA 2YWOA 3IK7A 4EDZA 4AF2A 2IMEA 5EPFA 3Q19A 2P31A 1X5DA 5B6NA 1IYIA 2GT6A 5DQSA 3K8NA 4KX4A 5JWOB 1XWGA 3MNGA 4GWRA 4ZIJA 2ZCTA 1OC3A 4EC0A 3DXBA 2C0FA 1Z6NA 2OE1A 5L71A 2J9HA 5ID2B 2IMFA 3ZYWA 6GSTA 4KCEA 4G19A 5J9BA 4GXZA 1M9BA 3VK9A 1AW9A 1PX7A 4JEDA 4BWSA 7GSSA 2NVLA 3EINA 4H86A 2MMZA 2K18A 4MMMA 3WT1A 2VOCA 2B6MA 5AISA 3GV1A 1XVQA 2H74A 1PQNA 4F03A 2LRNA 4XIHA 1G6YA 2H1GA 4PXOA 5F0GA 3C73A 1XWBA 4XS1A 4P3YB 3LGCA 4X0XA 2WDUA 4K7NA 4IN0A 3ZL5A 1VGLA 3LEFA 1N2AA 2ON7A 2C0GA 2RLIA 3DRNA 2DMMA 2OADA 1XCCA 2GVPA 2NTOA 1GWCA 2O87A 2CVKA 4ZBAA 2K8VA 2CT6A 3EC3A 3ZIVA 1XWKA 5HFKA 2F8FA 5DDLA 1Y25A 2XHFA 4LLRA 3ME7A 1EP8A 1B4PA 1HNCA 3CMIA 1X5EA 3IK9A 2LJKA 5LD0A 4O7HA 2JSYA 4AJ6A 2I4AA 5EVOA 4POBA 5G5EA 3IXRA 1SL0B 1U3IA 3SWLA 4OWYA 3VLNA 1SJIA 1SK2A 6GSWA 5IOWA 5DQYA 3CTGA 2GZYA 2GGTA 5D9WA 3LWAA 2H0HA 5IMVA 3VPTA 2V6KA 2IWTA 3F6DA 3QMXA 1M2DA 4HJ2A 5HR2A 5DAKA 2VO4A 3LJRA 4KH7A 3M0FA 2GTUA 3N9JA 2K8SA 3JCML 3I43A 1V40A 3ERFA 3U5RE 4MF7A 1PX6A 2PU9C 4ZXGA 1U87A 1ZYEA 2HZEB 2BTOT 2VCQA 1AIUA 4NHZA 2C3QA 2DIYA 3TB2A 3S9FA 2RUFA 4RQRA 4ZL8A 4KGIA 4V2MA 3FKFA 1DE1A 4J57E 3F3QA 4WBRD 4IQAA 2LTKA 1UVZA 4L5OA 1FO5A 2O8VB 5JWQB 4K2DA 1XW9A 3P90A 2C3TA 4O92A 3F6FA 2CVBA 4MZBA 1GNWA 2C0EA 5IPGA 3F63A 3DWVA 1RK4A 2ZNMA 3L0HA 2H6ZA 4MF5A 1SL2B 2I81A 3WGDA 5CO3A 2B5YA 3BCKA 2LUSA 2EIRA 3ZMKA 3DD3A 2WJUA 3H1NA 2K6VA 4X43A 3QAVA 2H72A 2ON5A 3KP9A 3HVSA 2R2JA 3GFKA 1AUCA 1F3BA 4WF4A 4ID0A 1EP7A 3FY7A 3HCZA 19GSA 4GQFA 3WYWA 1X9MB 3QPMA 1TI3A 2R4VA 4ZL9A 2GSSA 2X8CA 3HJPA 2CZ3A 4JE1A 3D21A 3LXZA 1W4VA 5COHA 3ZIJA 2VCXA 4YQUA 5JCGA 1SU9A 1EOHA 4CW9A 3QAGA 2V6OA 3HZ8A 3GL3A 2ALBA 1GP1A 1R7HA 2TRCP 4BVYA 4MH3A 1YKCA 1WRYA 2LEGA 4TVEA 5ECQB 2IJYA 3M8NA 5B7CA 3W8SA 1G0TA 1XOAA 2WZ9A 5B6MA 2B1LA 2IN3A 4N0ZA 1TRUA 3FYGA 4HU7A 4IKHA 2VLTA 4N10A 5DCHA 5ECNB 4LL4B 4JR4A 3IHQA 5ELAA 3ZRDA 3ZMLA 2C80A 4WF5A 1K0AA 2PBJA 4XS6A 3HJOA 1BX9A 1J08A 1X0RA 4TR0A 4Z7XA 5CNWA 1YF1A 1U3AA 4OMVA 2VLUA 2LQQA 4EKZA 4F2IA 1IYHA 2LJRA 2DJ0A 3UJ1A 2PMTA 2FD3A 2GT5A 1GSUA 4IP6A 3HYPA 2KLXA 1SENA 3TGZA 1GSQA 2JSZA 3CRTA 5IO0A 4WR5A 4GCIA 1QK8A 1Z7RA 1O81A 5AGYA 5KN0A 3TJKA 3ZITA 3KGKA 2H1BA 5DALA 1U6TA 3QR6A 4EE0A 4PX1A 2H01A 1HQOA 2RM5A 3NOFA 2H73A 5H5RA 2JZRA 1TTZA 1EOGA 3L9UA 3VWXA 1JLVA 3L4NA 1EV9A 5GSSA 5JCWA 3ZVJA 5J4UA 1GLPA 4XRAA 1TK0B 2C0DA 1BQ7A 1YKAA 1E2YA 4KCAA 5IMAA 2HYXA 2LV3A 5H5SA 5ID2A 1WWJA 2MMNA 5ECPB 2B3SA 1G6WA 2PGTA 3DKSA 5G31A 2PUKC 5ECMB 1T1VA 3CXGA 3A2XA 1FOVA 1OC9A 4OO4A 4HJMA 5G1LA 3FZ4A 5KEJA 4OD7A 2H1AA 3BBYA 3HKRA 5G5FA 1BG5A 1G7EA 4F0CA 4NV2A 1PL1A 1MD3A 5IIZA 1GSYA 1R5PA 3KTBA 4PUFC 2QSIA 4OCFA 3NIVA 1JFUA 17GSA 1GSDA 3GKKA 1R4WA 4TKYA 3TRQA 3G7YA 5CRDA 5G1KA 3TKSA 5C00A 3BCIA 5GSTA 1ZMAA 4IS0A 4I2TA 2YWMA 1PA3A 3V1WA 4HOJA 3ED3A 2IPAA 4NXIA 3IAS2 5HFIA 5DCGA 1GUMA 4MPGA 5IMCA 4G10A 1OC8A 3I6AA 1PGTA 2P5RA 1Z6MA 2X8GA 2GZPA 2M46A 2VL3A 1I5GA 4HQZA 2H6YA 1ERWA 2M72A 4J56E 1Q98A 1JZOA 4GRFA 3GX8A 1K3YA 3E0UA 1TU8A 5ECOB 3DGQA 2KHPA 2XC2A 3KIJA 2PWJA 4ECIA 3GA4A 1B9XC 1R26A 2M80A 1K0MA 5EL8A 4G2EA 1H75A 1M9AA 3ZTLA 3F0IA 2GQMA 3PH9A 2R5GA 1XWCA 2HZEA 4ECJA 2L6CA 5INYA 4IBPA 5IO2A 2GZZA 2I1UA 4MK3A 1OE8A 2KUCA 3EU4A 4RQXA 2IMKA 1VF3A 1GRXA 1XWAA 2GQKA 4HQSA 3TOTA 6GSYA 2A2SA 2VCTA 5J41A 3UMAA 4HS1A 4MABA 2H8LA 2HI7A 3M9JA 3H8QA 1XPVA 1GLQA 2VM1A 5GAPD 3MDKA 3WT2A 4NMUA 5A4UA 1OVNA 1OC9B 1VRSD 2HSHA 5ABRA 6GSVA 2DJ3A 1XZOA 4MZWA 1SYXA 3IAM2 3UVHA 4ILFA 2PN8A 2GSQA 3LYKA 4K6XA 5D8IA 5C04A 2FCHA 2YP6A 3KH9A 1ACVA 1M0UA 1MEKA 3FEUA 3F4RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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