2VUPA

Crystal structure of a type ii tryparedoxin-dependant peroxidase from trypanosoma brucei
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
AASSIFDFEVLDADHKPYNLVQHKGSPLLIYNVASKCGYTKGGYETATTLYNKYKSQGFTVLAFPCNQFGGQEPGNEEEIKEFVCTKFKAEFPIMAKINVNGENAHPLYEYMKKTKPGILKTKAIKWNFTSFLIDRDGVPVERFSPGASVKDIEKKLIPLLEST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Mechanistic Insights Into Type II Trypanosomatid Tryparedoxin-Dependent Peroxidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTATHIONE PEROXIDASE-LIKE PROTEIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei
total genus 48
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2008-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vupA00
4EDYA 4XIHA 1GL8A 4N10A 4POMA 2E0QA 3ME7A 2V32A 2H73A 2B5YA 1B4QA 1SYRA 1PGTA 5GSSA 5J5NA 2MYGA 1YEXA 3CRUA 1QK8A 1XBSA 1V58A 2I3YA 2OBKA 2VCWA 3TJJA 3GKKA 1X0RA 5IMZA 5A4UA 2RUEA 1U6TA 4EVMA 2QGVA 4KDXA 4TXOB 3FEUA 2HZEA 3FRCA 4GXZA 2H6ZA 4PUFC 3KCMA 1XWCA 1KNGA 1AC1A 5B6MA 4K0NA 2VCXA 2CZ2A 3LWAA 3Q74A 4GRFA 4ZBAA 2NTOA 4IKHA 4FYCA 2H1AA 3QCPA 1THOA 1ML6A 1OC9A 2RM6A 3GKMA 1BX9A 1XOAA 2LJAA 5F05A 3FR9A 1N8JA 1EV9A 2YZUA 1YKCA 2GSRA 1W89A 1WJKA 2C1YA 4OFMA 2H01A 2I1UA 2YNXA 3FK8A 2V41A 2HSHA 1T00A 2YP6A 3UMAA 1WWJA 4D73A 4O92A 5B7CA 4PNGA 3EINA 1HYUA 2HZEB 4Q5FA 3BCKA 4GSSA 11GSA 4MF7A 2WB9A 5CRHA 1OE7A 2VD0A 1M7TA 4X1UA 4H86A 4DSQA 2CX4A 8GSSA 4PQHA 2DJ2A 2YWMA 3BJ5A 3TUEA 3D21A 1PN9A 3KP9A 3TJKA 2CVKA 2K9FA 1EOGA 1F3BA 2LJKA 1O81A 1OC9B 4ACSA 1TRVA 1TK5B 5DAKB 2BMXA 5KEJA 5CRGA 1TXXA 2RUFA 3IPZA 5ECRB 1GUKA 3IK7A 14GSA 3ZVJD 3ISOA 5JCWA 4TR4A 1M0UA 3D22A 2FHEA 3GYKA 1EGOA 1SJIA 4ZXGA 4F0BA 3UBKA 5AN1A 4KNDA 3FZ9A 4D73B 1PX7A 5HR0A 5D93A 2JU5A 4HU9A 3RHBA 2C80A 1A0FA 3L9VA 1X5DA 1QUWA 4AF2A 3GX8A 9GSSA 1XZOA 3QOUA 5KN3A 5D73A 22GSA 1M2DA 1XWAA 4P3YB 4F2IA 4MH2A 2D2ZA 1YF1A 3QDNA 2FWEA 2WRTA 6GSVA 1PX6A 5DALA 2MZCA 3EWLA 2K8SA 3FZ5A 1PMTA 5AGYA 4KE3A 4OCFA 1XXUA 5FHIA 4PGTA 1GSQA 2GTUA 3ERFA 2KHPA 2H71A 4CHSA 4I6XA 2FWGA 3VI7A 2X8GA 4FYBA 3LJRA 1G7OA 3LXZA 4KDUA 2F3MA 1UA5A 3FKFA 5H5QA 4GQFA 2IMDA 2YCDA 1O8XA 3KTBA 4WEYA 3G7YA 4ZBBA 12GSA 2O87A 2WFCA 1AQWA 2M80A 5JWOB 3F6FA 3F8UA 4Q5QA 1I9DA 2GQMA 1GNEA 1EP8A 3BOAA 5ID2A 3S9FA 1Z5YE 5ECNB 4GSNA 2N5BA 3LYPA 5IO0A 2E2GA 5DALB 4EE0A 4JRRA 18GSA 2YV7A 2IL3A 2TRCP 1NHYA 1SKWB 4IGJA 1O85A 2DJ3A 1F6MC 5IOWA 1SKRB 2MBSA 1EEMA 2F9SA 1NW2A 5A4VA 1ZZYA 3VPTA 2PUKC 1F3AA 3D5JA 4IQAA 4MK3A 4MP4A 3KH9A 2FWHA 2XPDA 1JHBA 1SENA 1WPIA 1X9MB 3LGCA 1GSEA 1W4VA 1OAZA 5D96A 2RIIA 5IQYA 1A8YA 3IAM2 4WXTA 2L6CA 3ZIVA 1EWXA 4MJEA 3KP8A 3KM6A 4MZBA 3HY2A 2C0FA 2GT5A 3GNJA 2DMLA 3D4MA 1DSBA 4YQVA 4GTUA 2H74A 4CW9A 4FYUA 1VF2A 2WJUA 1FO5A 2H1DA 3NIVA 1FB0A 5HR1A 2YZHA 3WGEA 4MABA 4V1Ap 4HJMA 2B6MA 2C3QA 2B1KA 1F37A 3ME8A 2F8AA 5IMFA 3PR8A 4TW5A 4YQMA 3RAZA 3UARA 2TIRA 3MNGA 2B5XA 4KSOA 3WGXA 1GSSA 3Q18A 4KCAA 3GURA 3HYPA 1O73A 2DJ0A 5DJMA 4HZ4A 20GSA 4L0WA 3H4KA 1XWKA 2WULA 1SKSB 1SK1A 4IVFA 1H75A 3MSZA 5IPGA 1FG4A 4WR4A 5J9CA 1SK0A 2KLXA 2NBSA 1SD9A 2DBCA 1BG5A 3C7MA 4IELA 4ISDA 3HD5A 2MMZA 3W8JA 3M9JA 5INYA 4BVXA 2O8VB 4EC0A 1EV4A 4XRDA 5B6NA 2KP2A 2C0EA 3PH9A 2OE0A 1O8WA 1XW6A 1PA3A 2VL2C 4EF0A 1TK8B 2V6KA 1HNBA 2GGTA 5J3RA 5CRDA 2PMTA 4WETA 1WP0A 2O89A 1ACVA 2LQQA 1K3OA 4ZL8A 5CNWA 5D9TA 2FUG2 1PQNA 2JZTA 4J57E 3I69A 4HUAA 2JSZA 4BA7A 2H6XA 2DLXA 1MEKA 1DBYA 1LU4A 3QAVA 1B9XC 2GSSA 4ML1A 4TRXA 2HT9A 2KOKA 5AIXA 1R5AA 3GIXA 5IMVA 3FR6A 2GS3A 3DVWA 3TOUA 4QL9A 3IK9A 1A8LA 3DKSA 4GSTA 2H70A 4AJ7A 2VLTA 4WF5A 1KEBA 1TRSA 2E7PA 2PU9C 2WS2A 3DGQA 2C3TA 1X9SB 2DSAA 5JWRB 4G19A 3APQA 3QFAC 3GFKA 2V2GA 1T4ZA 4YH2A 5B8BA 3ZMKA 4WF4A 5EL8A 1GTBA 1A2LA 4ULXA 3EVIA 1M9BA 1YEPA 5CP1A 5ELAA 1NSWA 1R7HA 3DRNA 3CSJA 4MJAA 4BPYA 3ZYWA 4QL7A 4NAXA 4J56E 1H4OA 2DJJA 1BAYA 3GSSA 3I9V2 2L5LA 1ERTA 3VLNA 3M8NA 2K18A 3IV4A 1U3IA 2A2RA 2LRCA 1WIKA 2QC7A 1EZKA 2X8HA 2YJ7A 3C1RA 1TJDA 4IHUA 2AAWA 1SL0B 1EP7A 5ECHB 4EXJA 4HQSA 1JFUA 1XCCA 2J23A 3TJGA 1K3LA 1UC7A 3GX0A 3HDCA 3KIJA 4DSRA 2XHFA 5IM9A 1USBA 4N0ZA 4OO5A 4Q5NA 3RPNA 5EPFA 3VWVA 4MF6A 4KGIA 2X99A 2CX3A 1FW1A 2OACA 2WDUA 4LL4B 2FA8A 2PVOC 2HRNA 2C0GA 2VL2A 4IQ1A 1A2JA 1YY7A 2M46A 1VF3A 2GQKA 2HI7A 3TCOA 3A2VA 3IXRA 2WZ9A 2I4AA 2LRNA 4XS1A 1AUCA 4YAVA 4IN0A 3VWXA 1BYEA 4ZB8A 2G2QA 2H0IA 2H30A 4WKWA 2CT6A 1TTZA 2C3NA 3C73A 1FOVA 2H72A 2YANA 3P2AA 2VAFA 1Q98A 1G6WA 1SL2B 4K6XA 1QQ2A 2ON5A 5E59A 4CDOA 1SJZA 2P5QA 5LD0A 2PPTA 2QKEA 1XWGA 2GZYA 1K0AA 2EIOA 2NPBA 5CREA 2I9HA 3MWHA 5J4UA 3CRTA 2IMKA 13GSA 3UL3A 2K8VA 19GSA 4IW9A 3TJFA 3DVXA 2CQ9A 5IMDA 3F63A 5DCHA 1RQMA 4DSSA 2QSIA 1N2AA 4KUNA 4I2TA 1LBKA 1X5EA 4FO5A 3A2XA 2B1LA 4ZL9A 2IN3A 2H8LA 1R5PA 2VCTA 5ABRA 3M9KA 2L5OA 2IJYA 2MMNA 3ERWA 4TR0A 2BTOT 2F51A 3SBCA 1AXDA 2R6KA 2FA4A 3ZLPA 4JEDA 1OE8A 4HS1A 4IBPA 2N5FA 3ZFBA 4POBA 4YAPA 5DBQA 4Q5RA 4O5RA 3EC3A 3TB2A 5GZZB 2GDRA 5DDLA 2C4JA 4KA0A 5HQPA 4EUYA 1HNCA 5G30A 2GZPA 4F0CA 4MPFA 2JZRA 1B48A 2GZZA 4I2UA 2HLSA 1RK4A 1V57A 4K8MA 1K0CA 2AYTA 2VO4A 2YN1A 1JZRA 3ZZXA 3CMIA 1PL2A 3HZ4A 2JL4A 3EMPA 4XHMA 1MD4A 2B5EA 1Z6NA 3APSA 5CYYA 3N5OA 4ZB6A 1XPVA 2REMA 2CZ3A 4EL1A 4HU7A 3VK9A 3P7XA 3J7Yb 3KD0A 1ON4A 2WGRA 3BCIA 2DC5A 3GRXA 5DQYA 2CVDA 5ELGA 1GH2A 3L9SA 1ZYEA 1GUHA 4NHWA 4F9ZA 2VOCA 3R2QA 4DVCA 4I97A 1BQ7A 1EOHA 2R2JA 3GUSA 4MJCA 1FAAA 5JCGA 2CAIA 3HVSA 3WD6A 1OKTA 3BD2A 3CTGA 2LNTA 3HHVA 5LCZA 1ILOA 3IA1A 5CRWA 1K0OA 3F4TA 3QMXA 4MCUA 3GL3A 5A5KA 3VURA 3UIWA 2JADA 1A24A 3TKSC 1A0RP 2E2MA 3N9JA 2JACA 2LS5A 4L5OA 1NM3A 1TP9A 2OA7A 3BBYA 2H75A 4MH3A 4KSMA 4L5LA 1T7PB 3IOSA 3ZITA 3GH9A 1U3AA 4XTSA 3U5RE 1Z3EA 3IE3A 2L4CA 2H0GA 3KMNA 4GWRA 2H1GA 1K0BA 3HZ8A 4NXIA 1B8XA 4KAEA 1XFLA 5ID2B 1M2BA 5F06A 3US3A 2PN8A 3LQ7A 2IFQA 2CAQA 1O6JA 5ECIB 1M2AA 1TK0B 1TU7A 1X9WB 1V2AA 1XVWA 2R4VA 1S3AA 4V2MA 2YWOA 5F0GA 2V6OA 4QQ7A 3VFIA 1GNWA 1E2YA 1V98A 4TVEA 3UEMA 4ZBDA 2FWFA 2J9HA 1ABAA 2OE1A 2A2SA 5D9XA 2VM1A 1V9WA 3RPPA 3KGKA 1WOUA 2GSQA 1OVNA 4ID0A 2C0DA 3WT1A 4LMWA 4MJBA 4RQXA 3IAS2 3WGDA 6GSUA 4ML6A 2IMIA 3HJPA 4DEJA 2PBJA 5B8AA 1O7UA 4TR3A 3CBUA 2YJHA 3GHAA 4OWYA 2B7KA 3ERGA 5IO2A 1GTUA 3LG6A 1TRWA 2GQLA 3E3EA 3HCZA 5AIVA 1GP1A 1YDKA 4ECIA 4O7HA 3O6TA 4MLYA 1SYXA 2WCIA 4ILFA 2EIQA 4N11A 4AGSA 1KBNA 1SU9A 1GSFA 1PD21 2L57A 3IRAA 3M0FA 1QGVA 3ZVJA 1THXA 3UVHA 4RI6A 1MD3A 2FGXA 1IYHA 2YPMA 5GAPD 2VCZA 3TKSA 3PINA 3GKNA 3F4SA 1VRSD 2FY6A 3HJMA 3GA4A 1A2MA 5FWGA 3G9BA 1PKWA 3EMXA 3CXGA 3TJBA 2XC2A 1TRUA 3HA9A 3DXBA 2IMEA 4ECCA 5L71A 1R4WA 2PGTA 5HFGA 2GT6A 4ZILA 4HJ2A 4KX4A 2YWNA 2B3SA 2OJLA 4POKA 3WT2A 2XPEA 4WBRD 3F3RA 1CQGA 1YKAA 4HI7A 2JZSA 1TI3A 4V2NA 4I5QA 3TRQA 4ECBA 2VLVA 2N5AA 4V2LA 4XS6A 3HVVA 1YF0A 3W8SA 2AHEA 3M3MA 1SD8A 4RQRA 1G6YA 4K9ZA 4MZCA 1QXHA 4ZB9A 2XBQA 3HXSA 16GSA 3H93A 2P0GA 4IS0A 2DIZA 4K7NA 4K1FA 1Q4JA 2YOIA 2PVQA 4L8EA 3E9JB 2H76A 5FT3A 4HDEA 3FY7A 4JU5A 10GSA 1OKDA 3TOTA 2HYXA 4RI7A 3IBHA 3VPQA 2K6VA 5ECLB 2RLIA 2VUPA 2XBIA 4NPBA 3W6GA 1PRXA 3L0HA 4ZIJA 4BL7A 4MF5A 4KW6A 3A2WA 3GN3A 2AB6A 3TKQA 3MDKA 1Z7PA 4K7IA 2X64A 4LLRA 1RW1A 2IMFA 1XWBA 5COHA 3IC4A 3ZRDA 5G5FA 4N0VA 1M99A 4TKYA 2CV4A 2HXKA 1ZGNA 1ERWA 1OYJA 5ECMB 4GF0A 5HR2A 4JR4A 2H6YA 4NWYA 1ST9A 2VD1A 3I43A 4J2FA 1GLQA 2LTKA 2GSTA 3LFLA 4ZL7A 1BJXA 2O85A 1G7EA 2HSYA 2FLSA 5ECPB 2MMOA 5G5EA 4EDZA 3Q6OA 1V40A 2PERA 3LSZA 3FYGA 1GULA 4MZWA 4IJ3A 4RUVA 3RHCA 7GSSA 3CYNA 3OR5A 2LJRA 4F03A 3ZREA 2MBTA 2DJKA 3EU3A 1EEJA 1JZDA 3KJYA 2FNOA 2H1BA 3DYRA 2R3XA 3H1NA 4N30A 1ZCPA 1BEDA 1I5GA 4OFNA 5LNKe 5DCGA 2L59A 3HVXA 1FHEA 6GSYA 5F8BA 3EURA 3KMOA 2IPAA 3HJOA 5DJLA 5GAND 1T3BA 6GSWA 5DAKA 1VF1A 4G2EA 5G31A 3UBLA 3L78A 4PQ1A 3HKRA 1NHOA 1HQOA 1JZOA 4X43A 1QMVA 4V1Ag 5CO3A 2P31A 3EE2A 1JLWA 2ZNMA 3TKPA 3ZTLA 3MAKA 2B7JA 4TR1A 1TW9A 4FIWA 2LKUA 1K0MA 1TI1A 3PGTA 3KEBA 1TU8A 2BJXA 4IP6A 3IDVA 2LSTA 2OADA 3F6DA 1XW9A 3IHQA 4G9HA 1YQ1A 2LRTA 5F07A 4OCEA 1GWCA 3FHKA 3F4RA 2LV3A 3D6IA 1UVZA 1ZMAA 3QPMA 3CSIA 4HZ2A 1GTIA 3IR4A 1GLPA 4TXVA 3GV1A 4DSSB 1XOBA 2R37A 3WYWA 1U87A 4K0GA 1K3YA 4GCIA 3ZMLA 1XVQA 1GSYA 4X0XA 3L4NA 3LORA 3QD9A 3UJ1A 2OE3A 4TR1B 5G1KA 1AQXA 1MDKA 5HFIA 3DEXA 1FVJA 2HNLA 3NZNA 4JR6A 4OD7A 2VIMA 2GVPA 1HNAA 4GQCA 1GSDA 1F9MA 1VF4A 3GSTA 3J7Yk 3P90A 1Z6MA 3FZAA 5H5SA 3D0ZA 3KZQA 4PQIA 1YZXA 4AJ6A 4POLA 5C04A 4PNFA 3G7JA 3EYTA 3E0UA 4HQZA 2FD3A 3K8NA 4BWSA 2OBIA 3C1SA 1IYIA 4GLTA 2FCHA 1LJRA 2AV4A 1MTCA 3ED3A 1HD2A 1AIUA 3AY8A 4K7OA 2CA8A 1YJ6A 1GSUA 4XRAA 2IWTA 3FW2A 4IJIA 4TN8A 4E8EA 5ECKB 3UVTA 1AW9A 5H5RA 1URMA 17GSA 4FH8A 3V1WA 4BVYA 3TRXA 4EKZA 2L4QA 1TKDB 3GKXA 1DE1A 1WE0A 3KTLA 4NHZA 3TGZA 2H0HA 2LEGA 2ALBA 5JWQB 3RBTA 4PX1A 4JZQA 5ENUA 5ECQB 2HZFA 2O7KA 1TOFA 3ZIJA 3Q19A 3GTUA 5ECSA 5KN0A 2I81A 4NV5A 4PUAA 3VWUA 4MDCA 2X8CA 3TKRA 1T8EB 5KN1A 2ON7A 2R5GA 5IMCA 1FVKA 5ECOB 1QFNA 5IMAA 4XS4A 3QR6A 1SL1B 6GSTA 4PURA 5D8IA 2VLUA 1JLVA 1UN2A 1K0NA 2A4VA 3APOA 3UOMA 3F0IA 5DQSA 3ZFLA 1M9AA 3LYKA 3H79A 2HE3A 5DVBA 1J0FA 5HR3A 3GMFA 1GUMA 4EO3A 2NDOA 4LA1A 2M72A 1ERVA 2LUSA 2DJ1A 2EC4A 3GTUB 5EVOA 3SWLA 1XIYA 3DIEA 2IFQB 4I8BA 1PKZA 5CAXA 4KDYA 2DMMA 5G1LA 4BWQA 3F3QA 1OC3A 1GTAA 3L9UA 4XS4B 2OKAA 2HFDA 1DUGA 3GL5A 5KN2A 1AQVA 4TOPA 1GRXA 2YV9A 2Z9SA 2ZCTA 3FR3A 1FB6A 3KH7A 1MDIA 1F2EA 5AISA 3C71A 3NOFA 2LQOA 1DE2A 1XW5A 3A5WA 5HFKA 4LL1B 1VGLA 5J9BA 3DMLA 1PSQA 2EIRA 3CSHA 2HRFA 4K2DA 1CQHA 4G10A 2VL9A 3O3TA 1WMJA 1ZL9A 4JE1A 4WBJA 2KUCA 3DD3A 5E4WA 3M1GA 2YWIA 1G0TA 4OO4A 1JZWA 3QAWA 5D9WA 2H19A 1MDJA 1WRYA 1S3CA 1Y25A 2V1MA 2DIYA 2NVLA 1E6BA 4IP1A 1S3DA 2IIYA 5C00A 1Y6EA 1B9YC 2VCVA 4JBBA 3A3TA 3EU4A 1K0DA 5JCUA 1AAZA 4AJ8A 1C72A 2GLRA 4MMMA 3G7IA 1U88A 4NV2A 1KTEA 2F8FA 3P8WA 2ES7A 1T1VA 6GSSA 3TDGA 4MPGA 1PL1A 5IIZA 5J41A 6GSXA 5EY6A 3U6VA 3FZ4A 1Z7RA 1EGRA 2L6DA 4E8HA 1ERUA 4XCSA 4F82A 1R26A 2VL3A 5G2ZA 1SK2A 3I6AA 2P5RA 4Z7XA 4KB3A 1B4PA 3GH6A 2CVBA 4PXOA 5IPHA 2PWJA 3TRPA 2H66A 3UAPA 3DWVA 4MA9A 3H8QA 3O76A 1T4YA 1OC8A 4HOJA 1ZOFA 4NMUA 4KH7A 4WR5A 2ZUPA 5IOXA 3ZL5A 3VI5A 5D9VA 2MMAA 3VWWA 1ZYQB 5A4WA 4KCEA 3C8EA 1J08A 3F9UA 3QAGA 2RM5A 3LEFA 4OFTA 2C8UA 2LNSA 3LXTA 3TKSE 2VM2A 1TDIA 3KXOA 1A23A 2AUVA 2JSYA 1Z9HA 4LMVA 4YQUA 2TRXA 2KP1A 4TXOA 5GSTA 4ECJA 4OMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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